Мета-Ф
1.81K subscribers
15 photos
12 files
591 links
Про лекарства, регуляторику и не только

Также на https://www.youtube.com/c/PhED4ALL

и http://pharmadvisor.ru/
Download Telegram
#UK #КИ #статистика #2018 #с_2005

MHRA (британский регулятор) обновило статистику по клиническим исследованиям, включив в описание данные за 2018 г.

Показано число коммерческих и некоммерческих КИ, исследований, впервые проводимых у человека (ВПЧ), исследований I фазы и исследований II–IV фаз и другие данные за 2018 г., а также агрегированная сравнительная статистика, начиная с 2005 г.

https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/772023/12_December_2018.pdf
#EMA #ежегодный_отчет #статистика #новые_лекарства #научное_консультирование #инспекции #дети #Brexit

На днях Европейское агентство по лекарствам (EMA) опубликовало ежегодный отчет по итогам работы за истекший год. Документ занимает 100 страниц и позволяет увидеть, как много всего было сделано европейской сетью по регулированию лекарств (European medicines regulatory network, EMRN), неотъемлемой частью которой является EMA.

За 2018 г. агентство одобрило 58 новых лекарств, из них 42 — новые молекулярные сущности. Большая часть — онкология, далее неврология и инфекции. 9 биоаналогов, остальные — генерики. Больше 20 заявок на ускоренные процедуры — 13 согласовано.

Приводится красивый график длительности стандартных и ускоренных процедур. Отдельно видно, в течение какого времени заявители отвечают на вопросы экспертов. В случае большой фармы — около 200 дней, в случае малых и средних предпринимателей — до 300 дней. Вообще, EMA очень активно поддерживает предприятия малого и среднего бизнеса, занимающиеся разработкой лекарств (у нас бы так). Именно они активны в области лекарственных препаратов передовой терапии (т. е. генных и клеточных продуктов), орфанных лекарств, онкологии и других новых разработок. Научное консультирование перспективных разработок осуществляется в рамках PRIME — добровольной программы усиленного научного консультирования. В сумме было предоставлено более 600 научных консультаций по клиническим, доклиническим и фармацевтическим вопросам.

Отдельно заслуживает внимание работа агентства по обеспечению доступности детских лекарств (точнее, детских форм дозирования), ради них и работает педиатрический комитет, который провел более 200 различных процедур, в том числе одобрил 88 новых планов изучения у детей.

Фармаконадзор — еще одна большая сфера, в которой агентство играет одну из ведущих роле в мире.

Инспектирование производств, испытательных и исследовательских центров (GMP, GLP и GCP соответственно) не является обязанностью EMA, эта задача возложена на национальные уполномоченные органы, однако агентство координирует эту работу. Статистика инспекций также достаточно информативна и свидетельствует о том, что с помощью одних лишь собственных инспекционных ресурсов нереально проверить все производства и клинические центры. Это важно для регуляторов ЕАЭС, правила которого пока предполагают сплошные инспекции.

Агентство также проводит большую работу в области ветеринарных лекарств. Отдельно описаны усилия по организации и обеспечению максимально гладкого Брекзита с целью того, чтобы не пострадали пациенты и чтобы максимально сохранить целостность системы регулирования.

В завершение следует отметить прекрасное графическое исполнение документа, ради одних картинок и графиков которого его следует хотя бы пролистать.

https://www.ema.europa.eu/en/documents/annual-report/2018-annual-report-european-medicines-agency_en.pdf
#тканевая_терапия #клеточная_терапия #лекарства #FDA #статистика #инспекции #суд

Регулирование клеточных и тканевых препаратов в США достаточно сложное (столь же сложное, как в ЕС) и имеет несколько уровней. Однако такое регулирование оправдано в связи с рисками для здоровья доноров и реципиентов, этическими аспектами (включая посмертное донорство и донорство гамет), а также необходимостью обеспечения эпидемиологической безопасности людей. В США можно выделить 3 уровня регулирования клеток и тканей:

1. Клетки / ткани, которые извлекаются из организма донора во время операции и вводятся ему же в рамках той же хирургической операции без каких-либо дополнительных манипуляций так, чтобы такие клетки / ткани выполняли те же функции, что и до извлечения. В этом случае клетки и ткани отдельно не регулируются, медицинское учреждение должно выполнять стандартные медицинские требования. Есть специальный документ FDA, разъясняющий, какие ситуации подпадают под эту категорию.

2. Клетки / ткани, которые извлекаются у донора и могут подвергаться незначительным манипуляциям (есть перечень таких минимальных манипуляций). Такие клетки / ткани должны выполнять у реципиента те же функции, что и у донора до их извлечения (пересадка кожного лоскута, пересадка костного элемента, пересадка роговицы). Донор и реципиент могут не совпадать, процедуру трансплантации клеток / тканей допускается выполнять в рамках разных хирургических процедур.

В этом случае такие учреждения (банки тканей) обязаны встать на учет FDA и соблюдать процедуры, регулирующие донорство, заготовку, испытания, обработку, консервацию, хранение и реализацию тканей, т. е. соблюдать надлежащую тканевую практику (GTP).

Такие ситуации регулируются секцией 361 Закона о службе здравоохранения (принятого Конгрессом), на них распространяются требования части 1271 титула 21 Свода федеральных регламентов, составляемые FDA (21 CFR part 1271). Этот последний источник и содержит положения о надлежащей тканевой практике. Составлены десятки методических документов по выполнению требований, содержащихся в части 1271.

3. Клетки / ткани, которые извлекаются у донора и подвергаются значительным (сверх минимальных манипуляциям) или будут выполнять у реципиента функции, которые не совпадают с функцией этих клеток / тканей в организме донора (например, заготовка жировой ткани для получения мезенхимальных стволовых клеток для лечения заболеваний глаз). К сверхминимальным манипуляциям относятся генетическая модификация, формирование банка клеток, наращивание клеток, обработка клеток факторами роста, цитокинами или другими модификаторами их поведения, химическая консервация. Такие клетки / ткани могут применяться у любых соответствующих реципиентов.

На такие ситуации распространяются не только требования из п. 2 (21 CFR часть 1271), но поскольку клетки / ткани наделяются новыми свойствами, которыми они до этого не обладали и значит эти свойства не изучены и могут большую представлять опасность, продукты на их основе подпадают под регулирование на основании секции 351 Закона о службе здравоохранения, то есть как биологические лекарственные препараты, а значит на них распространяются требования по GMP (21 CFR part 200), они подлежат регистрации в качестве биопрепаратов (21 CFR part 600, сами процедуры регистрации описаны в 21 CFR part 310), при этом сначала они подлежат изучению в клинических исследованиях (21 CFR part 312) и доклинических исследованиях (21 CFR part 58).

За регулирование клеток и тканей в соответствии с п. 2 и 3 отвечает Центр экспертизы и изучения биопрепаратов (CBER) FDA, внутри которого есть офис тканевых и передовых терапий (OTAT), в рамках которого есть подразделения, отвечающие за ситуации из п. 2 и за ситуации из п. 3. Написано дополнительные несколько специальных десятков для таких случаев, включая требования к обеспечению качества, проведению доклинических и клинических исследований.
#UK #MHRA #статистика #регистрация #экспертиза #сроки

В рамках политики прозрачности Агентство по лекарствам и медицинским продуктам Соединенного Королевства Великобритании и Северной Ирландии (MHRA) опубликовала очередные статистические данные с июня 2018 по июнь 2019 гг., на этот раз речь о статистике по срокам (i) начала и (ii) завершения экспертизы, а также (iii) принятия решений по заявлениям:

- о регистрации — чисто национальные процедуры

- регистрации — децентрализованная процедура, в качестве референтного государства-члена (РГЧ)

- регистрации — децентрализованная процедура, в государства признания

- внесении (a) изменений II типа / основных групп изменений; (b) незначимых изменений / неосновных групп изменений — чисто национальные процедуры и в качества РГЧ в децентрализованной процедуре.

Что меня заинтересовало:

Регистрация по национальной процедуре: в 50 % случаев первый эксперт приступает к экспертизе в течение 20–50 дней после успешной валидации, в 90 % случаев — в течение 70–100 дней. То есть эксперты начинают проверку документов не тотчас (в России также).

Сроки завершения экспертизы незначимых/второстепенных изменений (т. е. IA, IA с немедленным уведомлением, IB и группы незначимых изменений не старше IB) выдерживаются — 30 дней как в национальной процедуре, так и децентрализованной, когда MHRA действует в качестве национального уполномоченного органа (НУО) РГЧ.

Сроки завершения экспертизы значимых/основных изменений (т. е. II типа и группы изменений с по меньшей мере одним изменением II типа) в целом выдерживались — 90 дней. Однако MHRA один раз сорвала сроки в национальной процедуре, и дважды в децентрализованной процедуре (НУО РГЧ).

Сроки завершения экспертизы заявлений о регистрации в целом выдерживались. Целевой срок для национальной процедуры — 150 дней (в среднем экспертиза завершалась в течение 100 дней), целевой срок для НУО РГЧ — 70 дней в децентрализованной процедуре.

Общие сроки принятия решения по заявлению (с момента успешной валидации до выдачи решения без учета остановки сроков течения для ответа заявителей на запрос)

- по 90 % заявлений о внесении изменений II типа и групповых изменений, национальные процедуры — 140–380 дней (лимит — 90 дней)

- по 90 % заявлений о внесении изменений II типа и групповых изменений, НУО РГЧ — 60–240 дней (лимит — 90 дней)

- по 90 % заявлений о регистрации, национальные процедуры — 250–650 дней (лимит — 210 + 30 дней)

- по 90 % заявлений о регистрации, НУО РГЧ — 240–250 дней (лимит — 210 + 30 дней)

- по 90 % заявлений о регистрации, НУО государство признания — 240–250 дней (лимит — 210 + 30 дней)

Выводы: действуя в рамках общих процедур с другими государствами ЕС (децентрализованная процедура) всегда укладывалась в установленные законом сроки, тогда как в рамках чисто национальной процедуры по сложным изменениям и регистрации MHRA не выдерживала общий срок, равный 210 + 30 дней.

Важно учитывать, что по национальным процедурам проходят только относительно простые препараты: либо давно зарегистрированные, либо генерики и простые гибриды, хорошо изученные лекарства, гомеопатия и растилка. Сложные препараты — централизованная процедура.

Все это важно потому, что в России сроки сильно занижены, что ведет к принятию некачественных решений о регистрации. Не соблюсти срок у нас нельзя, накажут, а у них можно, если вопрос важный.
#UK #MHRA #клиника #статистика #фаза_I

В отличие от России, в которой официальной статистики по КИ нет (однако спасибо команде ТгК «Полный доступ», которая регулярно постит сводки, уполномоченный орган Соединенного Королевства (UK) — Агентство по регулированию лекарств и медицинских товаров (MHRA), в числе прочего, предоставляет регулярную описательную статистику по проводимым и проведенным клиническим исследованиям.

Свежая статистика описывает ситуацию с апреля по август 2019 гг., а также содержит ретроспективные данные с 2007 г.

Что видно из статистики и что в ней интересного:

Ежегодно в UK инициируется 900–1100 клинических исследований, что свидетельствует о высокой привлекательности их рынка КИ, а также инновационной ориентированности этой области науки. Ежемесячно разрешение выдается на 60–90 КИ.

В структуре разрешений большое число занимают исследования, впервые проводимые на человеке (ВПЧ, FIH), и другие исследования I фазы (ФК, ФД, диапазон безопасных доз), это еще один признак инновационности, поскольку испытаниям подвергаются большое число новых молекул. У нас же эти исследования почти не проводятся (необоснованный запрет для иностранцев [так ни в США, ни в ЕС такого запрета нет], очень низкая эффективность ранней разработки собственных молекул).

Следующее, что бросается в глаза: высокая доля (до 15–20 %) некоммерческих исследований, т. е. КИ, спонсорами которых выступают академические учреждения, консорциумы исследователей или крупные группы пациентов для проверки реальной эффективности либо для оценки свойств в орфанных сферах, которые не интересны коммерческим разработчикам. Некоммерческие разработчики проводят исследования, в первую очередь, из гуманитарных и научных соображений.

Львиную долю КИ составляют исследования II фазы, тогда как исследований III фазы меньше (но именно среди КИ III фазы преобладают некоммерческие исследования, что логично). Опять же это согласуется с нашими знаниями о том, что основная часть лекарств проваливается на II фазе (неспособность показать влияние на мишень).

С другой стороны, наметилась тенденция снижения числа раннефазных исследований, что может объясняться (согласно публикациям в Nature Reviews Drug Discovery) повышением эффективности скрининговых и доклинических испытаний, позволяющих еще до выход на клинику отсечь неспособные стать лекарством (non druggable) вещества.

В завершение приводится статистика по экспертизе заявлений на КИ (CTA). Научная экспертиза в среднем длится 15–25 дней (до 35 дней), на принятие административного решения затрачивается дополнительные 10 дней (в среднем). В 10–25 % случаев КИ (в зависимости от фазы) получает разрешение сразу, в остальных случаях выставляются замечания. Время, отводимое на экспертизу по замечаниям в среднем 10 дней.
#статистика #причинность #корреляция #confounder #диаграммы #рандомизация #курение #КИ #big_data #ИИ

Джудеа Пёрл (Judea Pearl) в своем произведении The Book of Why: The New Science of Cause and Effect (Книга о «почему»: новая наука причины и эффекта [следствия]) рассматривает, как понимание категорий «причина», «корреляция» и «следствие» изменило науку, в первую очередь статистику.

Серьезной наукой статистику сделали Пирсон и Фишер, но они же внесли в нее заблуждение, которое продолжает до сих пор существовать в некоторых формах. По их мнению в данных не может быть причинно-следственных связей, только корреляции. Они считали, что анализ данных не требует внешних гипотез, что все ответы содержатся в самой анализируемой совокупности (при условии достаточности размера выборки). Личности ученых тоже интересны. Пирсон, в частности, был одним из первых западных феминистов и пропагандировал равный доступ женщин и мужчин к образованию. Фишер знаменит своей эмоциональностью: любой, не разделявший его воззрений признавался либо глупцом, либо врагом (вплоть до физического насилия в отношении оппонентов).

Причинно-следственная связь рассматривалась ими количественно: чем выше корреляция, тем выше причинно-следственная связь, независимо от механистических взаимоотношений переменных. Корреляция, равная 1, знаменует 100%-ную причинность. Однако такая логика лишала статистику возможности объяснять даже относительно простые зависимости с несколькими переменными: искажающие факторы (confounder’ы) легко вносили путаницу, а иногда объявлялись причинами тех или иных явлений, не будучи таковыми.

Спасли статистику от статистиков — во многом — биологические и медицинские науки, в которых почти все биологические явления многофакторны, со сложными зависимостями между исходными, промежуточными и результирующими переменными, а также характерность строгих причинно-следственных механистических связей, которые легко обнаруживаются, к примеру, в области инфекционных заболеваний, а также в генетике.

Более того, научный аппарат медицины — рандомизированные ослепленные клинические исследования позволяет хорошо устанавливать причинно-следственные связи, нивелируя влияние конфаундеров. Именно невозможность проведения клинических исследований объясняла большой скепсис многих людей в США (не без подпитки от табачного лобби), когда главный хирург (Surgeon General of the U.S.) в 1964 г. — после двухлетнего изучения — признал курение причиной рака легких. Чуть позднее были сформулированы 9 критериев Хилла (английского ученого, под руководством которого Британия признала курение причиной рака легких за 2 года до этого) для выявления причинно-следственных связей при анализе эпидемиологических данных.

С тех пор стал формироваться статистический/биостатистический аппарат для моделирования протекающих процессов, чтобы выяснять причинно-следственные связи, находить и понимать конфаундеры и т. п. В частности, одним из таких методов является составление диаграмм причинности, которая позволяет механистически визуализировать протекающие процессы и влияние элементов модели друг на друга. Поправка на конфаундеры [back-door anjustment] (т. е. поправки на ковариаты) является мощным инструментом повышения мощности клинических исследований, хотя, конечно, не решает всех проблем, ибо могут быть и есть неизвестные конфаундеры, нейтрализовать эффект которых способна только полноценная рандомизация.

Осознание важности причинности само по себе не явилось непосредственной причиной великих открытий, поскольку совершенствование статистического аналитического аппарата незримо обывателю, однако без этой трансформации статистики не было бы многих достижений науки, особенно в области медицины, которыми мы пользуемся по сей день. Кстати, неэффективность или низкая эффективность многих относительно старых лекарств может объясняться именно несовершенством аналитического биостатистического аппарата, когда не выдерживались строгие научные критерии для выявления причинно-следственных связей и вклада переменных в конечный результат / клинический исход.
#Мукерджи #медицина #законы #решения #статистика #Bayes

Сиддхартха Мукерджи — американский врач индийского происхождения, в 2015 г. написал короткий очерк The Laws of Medicine («Законы медицины»). Мукерджи также является автором книг «Царь всех болезней. Биография рака» и «Ген: детальная история» (см. пост от 30 декабря 2019 г.). В небольшом произведении (100 страниц, 2 часа аудио) автор описывает три «закона», к которым он пришел эмпирически, практикуя медицину. Вместе с тем, как подчеркивает Мукерджи, эти правила являются универсальными, поскольку в их основе лежит необходимость работы в условиях неопределенности, принятия решений в отсутствие полных данных, а также вероятностного характера правильности принимаемых решений. По этой причине сформулированные «законы» применимы в любых ситуациях, требующих принятия не до конца информированных решений.

Свои три закона медицины Мукерджи формулирует следующим образом:

1. Сильная интуиция гораздо лучше слабого диагностического теста
В числе прочего автор описывает ситуацию из своей бостонской практики, когда у благополучного по внешнему виду мужчины, стала неуклонно снижаться масса тела. Все тесты на онкологию оказались отрицательными, и только после того, как Мукерджи случайно увидел пациента, посещающим неблагополучный район, он заподозрил наркотическую зависимость, а далее ВИЧ, точнее терминальную стадию — СПИД.

2. «Нормальные» учат нас правилам, «резко выделяющиеся значения» (outlier'ы, «выбросы») учат нас законам
Здесь Мукерджи описывает упоминает труды Ослера и его соратников. Тогда, в начале 20-го века у ведущих врачей США появилось понимание, что медицина того времени, фактически не обладает сколько-нибудь значимыми методами терапии, способными кардинально изменить течение заболевания или даже помочь выздороветь. В этой связи подчеркивалась необходимость наблюдения и отказа от существующих, как правило, не только неэффективных, но и мошеннических методов терапии. Только после того, как было накоплено достаточно знаний и понимания патофизиологии заболеваний, стали появляться и методы лечения, основанные на научных принципах, а медицина стала стремиться к получению статуса науки.

3. Для каждого совершенного медицинского эксперимента будет совершенное человеческое предубеждение (bias, систематическая ошибка)
Автор описывает труды Уильяма Халстеда, внесшего большой вклад в хирургическое лечение рака молочной железы. Поскольку после «стандартной» мастэктомии нередко возникали метастазы, Халстед пришел к выводу, что во время простой мастэктомии оставались опухолевые очаги, поэтому он предложил радикальную мастэктомию с удалением молочной железы, близлежащих мышц и подмышечных лимфатических узлов; операция была гораздо более инвалидизирующей. Лишь спустя 80 лет после начала ее применения было проведено исследование, которое показало, что радикальная мастэктомия не улучшает прогноз по сравнению с простой мастэктомией, однако потребовалось несколько раз воспроизвести это исследование, чтобы хирурги США окончательно отказались от этой калечащей операции.

В конце автор еще раз останавливается на важности понимания, что многие решения в жизни принимаются в отсутствие полноты информации, поэтому критично уметь принимать взвешенные решения на основании существующих данных, правильно подбирать диагностические тесты для поиска или исключения наиболее вероятных причин и т. д. Другими словами важно понимать и учитывать байесовскую статистику.

Кстати, хорошее начальное объяснение теоремы Байеса дает Грант Сандерсон на своем канале 3Blue1Brown. Видео пока не содержит перевод на русский язык, но графически очень понятное.
#EMA #ежегодный_отчет #статистика #новые_лекарства #научное_консультирование #инспекции #дети #Brexit

Несколько дней назад Европейское агентство по лекарствам (EMA) опубликовало очередной ежегодный отчет по итогам работы за истекший год (2019). Документ занимает 100 страниц (не считая приложений) и позволяет оценить, что удалось в 2019 г. сделать европейской сети по регулированию лекарств (European medicines regulatory network, EMRN), неотъемлемой частью которой является EMA.

За 2018 г. агентство одобрило 66 новых лекарств, из них 30 — новые молекулярные сущности. Большая часть — онкология, далее неврология и инфекции. 5 биоаналогов, остальные — генерики. Выдано 8 условных разрешений на продажу, т. е. без полного доказательства эффективности перед выпуском на рынок. Средняя продолжительность рассмотрения — 423 дня, из которых 193 — экспертиза EMA, 5 дней — пост-экспертиза, 57 — Еврокомиссия, 168 — ответ заявителя на запросы. В числе прочих, одобрена вакцина для профилактики Эболы.

Проведена масштабная работа по научному консультированию: 669 заявок, из которых 185 от организаций малого и среднего предпринимательства. Приоритетное рассмотрение — заявлено 57, одобрено 16 заявлений.

Отдельно заслуживает внимание работа агентства по обеспечению доступности детских лекарств (точнее, детских форм дозирования), ради них и работает педиатрический комитет, который провел более 200 различных процедур, в том числе одобрил 88 новых планов изучения у детей.

За это же время агентство переехало в Амстердам. Усилена работа по предотвращению дефицита лекарств на рынке и сохранению целостности поставок. Одобрена стратегия развития регуляторной науки в Европе до 2025 г. Активно ведется работа по выработке подходов к использованию больших данных в оценке лекарств. Началось масштабное расследование наличия нитрозаминовых примесей во всех лекарственных препаратах, содержащих низкомолекулярные действующие вещества. Продолжается работа по сдерживанию антимикробной резистентности, обусловленной лекарствами.

Фармаконадзор — еще одна большая сфера, в которой агентство играет одну из ведущих роле в мире. Проводится большая работа по мониторингу и выявлению сигналов, систематизированной оценке регулярных обновляемых отчетов о безопасности (PSUR/PBRER).

Отмечается тенденция по снижению числа арбитражей в EMA/КМЛП, что может объясняться высокой гармонизацией и снижением числа разногласий между государствами-членами в рамках процедур взаимного признания.

Совокупное число экспертов национальных уполномоченных органов, вносящих вклад в работу EMA, — 4143 (т. е. не считая штатных служащих самого агентства).

Инспектирование производств, испытательных и исследовательских центров (GMP, GLP и GCP соответственно) не является обязанностью EMA, эта задача возложена на национальные уполномоченные органы, однако агентство координирует эту работу. Статистика инспекций также достаточно информативна и свидетельствует о том, что с помощью одних лишь собственных инспекционных ресурсов нереально проверить все производства и клинические центры. Число GMP-инспекций за 2019 г. — 497, выдано 2626 сертификатов, в 16 случаях констатировано несоответствие. Число GCP-инспекций — 137, больше всего критичных находок отмечено в США

Агентство также проводит большую работу в области ветеринарных лекарств. Также приводится статистика по запрошенным документам (в рамках законодательства о прозрачности работы госслужащих ЕС) и удовлетворенным запросам. В конце отчета — сводка по работе в международных организациях и взаимодействию с зарубежными коллегами и ВОЗ. Также приведены бюджет и штатное расписание (в динамике за пять лет + гендерный баланс руководства агентства); 818 человек на конец 2019 г.

В завершение следует отметить прекрасное графическое исполнение документа, ради одних картинок и графиков которого его следует хотя бы пролистать.

Отчет имеет 22 приложения, включая перечисление ключевых сотрудников, членов правления, научных комитетов, рабочих групп и т.д.

Отчет за 2018 г. здесь.
#статистика #учеба #биостат #медстат

Наконец, дошли руки до статистики. У Стэнфорда есть неплохой почти вводный курс медицинской статистики с интересными примерами, разборами публикаций в эпидемиологических и клинических исследований (токсичен ли свинец в помаде, живут ли получатели Оскара дольше номинантов, способствует ли шоколад похуданию и т. д.).

В курсе даются элементы математической стата, но они опциональны. Кроме того, важной частью является введение в SAS или R (можно сразу оба).

Тем не менее перед взятием курса лучше предварительно погрузиться в основы с помощью Khan Academy (Сэл нередко обосновывает, погружаясь в математическую статистику) или Professor Leonard (исчерпывающе решает задачи по статистике).
#статистика #обучение #ошибки #заблуждения

Погружаясь в какой-то предмет, добиться большей отдачи можно, черпая информацию и знания о нем из разных источников. Чтобы усилить эффект от прохождения стэнфордского курса, я решил также послушать книгу David Spiegelhalter — The Art of Statistics: How to Learn from Data («Искусство статистики: как учиться на данных»), которая была рекомендована в качестве полезного произведения о статистике в подкасте Nature.

Книга словно реверберировала все то, что было в курсе по статистике (описательная статистика —> предиктивная статистика —> объяснительная; от простых описательных статистик до регрессий, обобщенных линейных моделей и смешанных эффектов + условная вероятность), однако освещала вопросы в большей мере описательно и объяснительно, чем количественно.

Интересно было узнать, что чемпионом по преподаванию статистики в школе является Новая Зеландия, которой удалось создать такую программу, которая была бы понятна детям. Именно в Новой Зеландии отмечается наибольшая статистическая грамотность. (Автор приводит результаты интересного исследования: 3/4 депутатов Британского парламента неправильно ответили на вопрос, какова вероятность выбросить два орла при двукратном подкидывании монеты.) Автор отмечает, что по результатам большого опыта преподавания статистики в мире выяснилось, что уяснить статистические закономерности легче всего с помощью дерева вероятностей.

Интересны рассуждения автора на тему того, почему статистика столь интуитивно непонятна: до сих пор не найдено удовлетворяющего определения того, что есть вероятность, когда речь идет о единичных событиях. Да, статистическое, геометрическое и т. д. определения существуют, однако интуитивное объяснение до сих пор является предметом споров. Например, как понимать вероятность дождя после обеда, равную 30 %? Можно было бы сказать, что в 30 из 100 подобных дней прошел бы дождь. Но что это значит? ведь день только один и другого такого дня не будет.

Наконец, наряду с обсуждением статистических концепций David Spiegelhalter много времени уделяет заблуждениям при интерпретации статистики, в особенности журналистами, а также рассказывает о различных программах по повышению статистической грамотности при донесении результатов научных исследований в средствах массовой информации.
#PharmAdvisor #Q1 #стабильность #брекетинг #матрицирование #статистика #ICH

Руководства ICH по стабильности Q1A–E в открытом доступе на русском языке

Сегодня мы выкладываем в открытый доступ Руководства Международного совета по гармонизации (ICH), регламентирующие вопросы оценки стабильности:

- Q1A(R2): «Испытания лекарственных веществ и препаратов на стабильность»

- Q1B: «Испытания на стабильность: испытание новых лекарственных веществ и препаратов на фотостабильность»

- Q1C: «Испытания новых лекарственных форм на стабильность»

- Q1D: «Дизайны брекетинга и матрицирования для испытания новых лекарственных веществ и препаратов на стабильность»

- Q1E: «Оценка данных о стабильности»

В документах освещаются требования и подходы к оценке стабильности новых (оригинальных) лекарственных веществ и препаратов. Вместе с тем на этих же подходах основывается оценка стабильности воспроизведенных и гибридных лекарственных препаратов, поскольку новизна (отсутствие новизны) действующего вещества не влияют на принципы оценки физической, химической, коллоидной и биологической стабильности. В документе детально рассматриваются:

– общие принципы оценки, включая основополагающий — методы, используемые для оценки стабильности, должны свидетельствовать о стабильности (stability-indicating), т. е. позволять отличать стабильный продукт от нестабильного; должна использоваться матрица методов, чтобы стабильность могла быть охарактеризована всесторонне
– подходы к выбору серий для оценки стабильности, а также учет системы контейнер/укупорка
– влияние на составление спецификаций (оцениваемые на стабильность показатели должны быть сопряжены с составлением спецификаций)
– частота испытаний
– используемые условия
– обязательства по стабильности в случае экстраполяции сроков годности
– сокращенные дизайны
– использование статистических подходов для оценки стабильности по нескольким факторам или их комбинациям

Комплекс документов закладывает основу для оценки стабильности лекарственных веществ и препаратов во всем мире.

Следует отметить, что руководства ICH Q1A–E приняты в ЕАЭС в составе документа по оценке стабильности, однако при их переводе были допущены неточности, в ряде случаев существенно влияющие на смысл.

Настоящий перевод проработан совместно с Маргаритой Прохоровой из Центра экспертиз и испытаний в здравоохранении Беларуси, поэтому в нем устранены многие недочеты и изъяны, которые есть в документе ЕАЭС, а также повышена удобочитаемость.

Документы доступны в двуязычном формате (билингва: первый, второй, третий, четвертый и пятый), в котором английский оригинал и русская версия сопоставлены поабзацно. Это позволяет до конца осмыслить русскоязычный текст, подтянуть фармацевтический и регуляторный английский и сверить правильность перевода.

P.S. Англоязычный термин assay переведен не как количественное определение (т. к. такой перевод искажает смыслы в ряде контекстов), а в соответствии с обыкновенным переводом этого слова — анализ.
#PharmAdvisor #Q5C #стабильность #биопрепараты #вакцины #статистика #ICH

Руководство ICH Q5C по стабильности биотехнологических/биологических препаратов в открытом доступе на русском языке

Сегодня мы выкладываем в открытый доступ Руководство Международного совета по гармонизации (ICH) Q5C «Качество биотехнологических препаратов: испытание биотехнологических/биологических препаратов на стабильность». Руководство принято в 1995 г. и остается актуальным сегодня.

Документ принят с тем, чтобы объяснить, что стандартные методы к оценке стабильности, установленные в отношении низкомолекулярных лекарств и выраженные в документах ICH Q1A-E, не применимы к биопрепаратам. Чтобы правильно оценить стабильность биопрепарата, подходы, изложенные в семействе Q1, требуется модифицировать, поскольку биопрепараты особенно чувствительны к таким окружающим факторам, как изменение температуры, окисление, свет, содержание ионов и сдвиг напряжения (shear force).

Оценка стабильности биопрепаратов может требовать сложных аналитических методологий. Анализы на биологическую активность должны быть частью опорных исследований стабильности. Соответствующие физико-химические, биохимические и иммунохимические методы анализа целевой молекуляры и количественного обнаружения продуктов деградации должны также быть частью программы стабильности во всех случаях.

В отношении биопрепаратов важно, чтобы основные данные для обоснования периода хранения лекарственного вещества или лекарственного препарата, основывались на исследованиях долгосрочного хранения в реальном времени в реальных условиях.

Следует отметить, что руководство ICH Q5C принято в ЕАЭС в составе Правил проведения исследований биологических лекарственных средств, глава 8. При их переводе были допущены неточности, в ряде случаев существенно влияющие на смысл, которые устранены в переводе.

Документ доступен в двуязычном формате (билингва), в котором английский оригинал и русская версия сопоставлены поабзацно. Это позволяет до конца осмыслить русскоязычный текст, подтянуть фармацевтический и регуляторный английский и сверить правильность перевода.
#MHRA #GCP #статистика #нарушения #исследователь

GCP-инспекторат (инспекторат, проверяющий соблюдение спонсорами клинических исследователей и исследователями соблюдение правил надлежащей клинической практики) Агентства по лекарствам и медицинским продуктам Соединенного Королевства (MHRA) опубликовал отчет об инспекционных метриках за периода с апреля 2018 г. по март 2019 г.

За это время инспекторат выполнил 91 инспекцию в Соединенном Королевстве (СК) и 17 инспекций за рубежом. Проведено 19 внеплановых инспекций для проверки подозрений в связи с обращениями в инспекторат других государственных органов или организаций.

При инспектировании коммерческих спонсоров в общей сложности выявлено 7 критических находок (нарушений), предполагающих, что данные клинического исследования могут быть не приняты или могли иметь место серьезные недочеты в обеспечении безопасности и благополучия пациентов. Были выявлены следующие критические находки: сбор и репортирование данных о серьезных непредвиденных нежелательных реакциях, SUSAR; ведение записей и основных документов исследования; актуализация разрешения на клиническое исследование после внесения существенных изменений в исследование; несоблюдение протокола; невыполнение корректирующих и предотвращающих действий после выявления критических находок во время предыдущей инспекции; ненадлежащий контроль целостности данных.

При инспектировании клинических исследовательских организаций выявлено 6 критических находок и всего 3 критические находки при инспектировании некоммерческих организаций. Семь критических находок выявлено в исследовательских центрах, в первую очередь касающихся получения разрешения на клиническое исследование и соблюдение протокола.

Отчет содержит детальное описание каждого нарушения, а также обобщающие статистики.

Кроме того, MHRA приводит справку о дисквалифицированных исследователях в связи с допущенными нарушениями, включая данные о возврате квалификации после прохождения обучения требованиям GCP (ближе к концу веб-страницы).
#учеба #Stanford #диффуры #кинетика #статистика

4 июня закончилась моя первая четверть в Стэнфорде как соискателя магистерской степени в области химической инженерии (и пятая, если считать курсы, которые я брал как внешний слушатель). Четверть была достаточно напряженная (хотя не столь напряженная, как осенняя, когда я брал курс по статистической механике и вводный курс по программированию [подробнее здесь]).

Было два предмета: кинетика и инженерия химических реакций (CHEMENG 320) и дифференциальные уравнения в частных производных, включая численные методы (CME 104). Первый курс был своего рода переосмыслением химической кинетики, поскольку в нем больше уделялось внимание механистическим аспектам объяснения скорости химических и биохимических реакций, катализа и биокатализа. Можно сказать, что в основном разбор шел с точки зрения квантовой механики и статистической механики при рассмотрении теории переходных состояний, а также с точки зрения теории вероятности — в части объяснения стохастичности элементарных взаимодействий. Кроме того, преподаватель уделял большое внимание моделированию (бутстрэппинг и Монте Карло) и статистическому оцениванию предположений (метод максимального правдоподобия), поэтому половина домашек состояла из программирования для реализации этих методов. Было достаточно сложно, поэтому дополнительно занимался с репетитором.

Второй предмет — давняя мечта. Я получал удовольствие и от лекций, и от сложных домашек, наслаждаясь освоением предмета на всем его протяжении. Предмет вел выходец из России (уехавший в США после окончания школы и отучившийся там), ныне аэронавигационный инженер Lockheed Martin. В начале мая в космос были запущены несколько десятков спутников, работу над которыми он вел в течение нескольких лет. И хотя в начале мне показалось, что его объяснения не были столь изящными, как в суперизвестном курсе MIT 18.03 по обыкновенным диффурам, в итоге инженерный метод преподавания оказался очень эффективным, понятным и позволяющим понимать и осваивать предмет.

Забавно, что в январе прошлого года, когда столкнулся с первым интегралом и осознал, что матан я, можно сказать, не знаю, и начал искать разные пути восполнения этого пробела, один из математиков, с которым я консультировался, вкратце объяснил мне структуру освоения матана (с непременным изучением линейной алгебры) и в конце добавил, что «ну а потом можно браться и за уравнения математической физики». Я тогда еще подумал: «Ну зачем мне этот предмет вообще? Да и название странное, я же собираюсь заниматься биотехнологией».

Примерно на середине курса по дифференциальным уравнениям в частных производных, я выяснил, что предмет, туманно называемый в России «Уравнения (методы) математической физики», как раз и имеет дело с дифференциальными уравнениями. Надо сказать, что все необходимые для освоения диффуров в частных производных предметы, я освоил самостоятельно с помощью имеющихся курсов на YouTube по матану (анализ функции одной переменной, векторный анализ, анализ функций нескольких переменных), линейной алгебре и обыкновенным дифференциальным уравнениям. Т. е. это вполне реально и доступно: материалы на английском очень высокого качества с хорошим объяснением, разбором и заданиями.

Несмотря на то что магия несколько развеялась, все равно здорово понимать айген-значения, айген-векторы и айген-функции, как они определяют, куда движется система в пространстве и времени или энергетически. Теперь будет легче брать другие предметы, в первую очередь касающиеся тепломассообмена для лучшего понимания процессов, протекающих в живой клетке на микроуровне. Кроме того, количественный подход к фармакологии также подразумевает решение дифференциальных уравнений, поэтому удается убить сразу нескольких зайцев.
#EMA #ежегодный_отчет #статистика #новые_лекарства #COVID #инспекции #дети #Brexit

Несколько дней назад Европейское агентство по лекарствам (EMA) опубликовало очередной ежегодный отчет по итогам работы за истекший год (2020). Документ занимает 116 страниц (не считая приложений) и позволяет оценить, что удалось в 2020 г. сделать европейской сети по регулированию лекарств (European medicines regulatory network, EMRN), неотъемлемой частью которой является EMA. Впервые документ опубликован в виде полноценного html.

Прошлый год для EMA был богат на события, to say the least. Отмечалось 25-летие агентства; избран новый исполнительный директор (Emer Cooke); финализирован Брекзит, в результате чего лекарственный регулятор Соединенного Королевства (MHRA) покинул EMRN; был одобрен важный документ, посвященный стратегии развития регуляторной науки до 2025 г.; вся работа осуществлялась на фоне пандемии.

Важным аспектом стал еще больший переход на электронное взаимодействие, в том числе не только в области экспертизы, проведения научных заседаний, голосований, принятия решений, проведения конференций, но и выполнения инспекций производственных площадок (GMP) и исследовательских центров (GCP). Тем не менее число инспекций все же значительно снизилось (больше чем в 2 раза).

За прошедший год одобрено 97 лекарств для медицинского применения (рекорд за последние 10 лет) [тем не менее больше, не значит лучше]; была обновлена информация о 490 продуктах, одобренных по централизованной процедуре, главным координатором которой является агентство.

Посты об отчетах за 2019, 2018 гг.
#учеба #Stanford #математика #диффуры #теорвер #статистика

10 декабря закончилась моя осенняя четверть в Стэнфорде. Несмотря на то что я думал, что четверть будет легче, чем остальные, таковой она отнюдь не была. В этой четверти взял два предмета.

Первый — теория вероятности. Стандартный академический курс: случайные процессы, распределения (в т. ч. бета, гамма, отрицательное биномиальное, гипергеометрическое), процессы Бернулли и Пуассона, объединенные распределения, условная вероятность, производящие функции. Знание матана до уровня функций нескольких переменных (для объединенных распределений). Курс уровня 200 (базовые магистерские курсы или продвинутые курсы бакалавриата). Программирования не было, и его немного даже не хватало, хотя и без того курс был очень насыщенным.

Второй — прикладная математика для химических и биологических наук. Курс уровня 300 (повышенная сложность). Планировал его брать в прошлом году, т. к. легкомысленно думал, что он, вероятно, не такой уж и сложный. Но так получилось, что все-таки в прошлом году взял статистическую механику / молекулярную термодинамику. В весеннюю четверть общался с сокурсницей по поводу CHEMENG 300 и выяснил, что это далеко не a walk in the park, что и оказалось на самом деле, если не сказать больше.

Темы включали: тензорный анализ, функции, генерирующие моменты, дифференциальные уравнения (обыкновенные и в частных производных), в т. ч. задача Штурма-Луивилля, преобразования Фурье и Лапласа, функции Грина, регулярная и сингулярная теории возмущений, комплексный анализ (включая интегрирование по замкнутому контуру, полюсы и теорема вычетов), стохастические процессы (кинетика и броуновское движение).

Многие задачи для домашних заданий так или иначе были взяты из личных работ преподавателя, за исключением, пожалуй, задачи по квантовой механике. Контрольных/экзаменов не было, т. к. и без них было очень тяжело. Вместе с тем был финальный проект, который в моем случае состоял в повторной разработке модели движения хромосомы (частица в вязкоупругой жидкости). Нужно было проанализировать ряд статей преподавателя, найти необходимы выражения и прийти к ним с помощью расчетов.

При решении задачи одно из выражений никак не удавалось получить ни с помощью методов, которые давали на курсе, ни с помощью численного интегрирования. В частности, не удавалось преобразовать функцию по Лапласу, поскольку она не была стандартной. При общении с преподавателем он, как бы невзначай, предложил воспользоваться аналитическим продолжением: «Посмотрите в интернете, как это делается». Конечно, с помощью этого метода получилось решить проблему, но для меня это оказалось очень нетривиально.

Весь курс был пронизан инженерным подходом к решению задач: пытаться делать разное, используя известные математические приемы, но без попытки строго математически доказать при этом с перепроверкой при помощи компьютерного моделирования.

Во время прохождения курса работал с двумя репетиторами-технарями, которые позволяли глубже прочувствовать тему, осознать материал/вопрос. Их прямо сейчас можно трудоустроить в отделы производства и разработок фармы, поскольку они на лету понимают проблемы (ведь в фарме они во многом технические) и предлагают различные адекватные пути их решений.

Завершив данный курс, я закрыл минимум по курсам категории 300 обязательный программы своей магистратуры. Поистенне это были тяжелые изнуряющие курсы, но дающие глубинное понимание закономерностей поведения материи, включая химических/биологических материалов и живых тканей.