🏴نقشه راه برای انالیز دیتاهای NGS
📂 Next Generation Data Analysis Pipeline

#NGS #RNA_seq
🔎 عضویت در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🔔 مقاله جالب و به روز درباره مقایسه ابزارهای شبیه ساز نتایج NGS
📝 A comparison of tools for the simulation of genomic next-generation sequencing data
💾 Nature Reviews Genetics (2016)
💡 doi:10.1038/nrg.2016.5
⏳Published online: 20 June 2016
✨ #NGS
🌐 www.ParsSilico.com
آزمایشگاه پارس سیلیکو
🔗https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

💾 Nature Reviews Genetics (2016)
💡 doi:10.1038/nrg.2016.5
⏳Published online: 20 June 2016
✨ #NGS
🌐 www.ParsSilico.com

📚 کتاب هفته:
📙 Big Data Analysis for Bioinformatics and ..
✒️ Author: Ye, Shui Qing
⏳ Year: 2016
💾 Size: 6 MB
✨ #NGS #Book
🌐 www.DrugDesign.ir
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

📙 Big Data Analysis for Bioinformatics and ..
✒️ Author: Ye, Shui Qing
⏳ Year: 2016
💾 Size: 6 MB
✨ #NGS #Book
🌐 www.DrugDesign.ir
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🔔 مقاله برتر

⬅️ این مقاله جالب با عنوان "متاژنومیکس: ابزارها و بینش مورد نیاز برای آنالیز داده های توالی یابی نسل بعد (NGS) که از پژوهش های تنوع زیستی بدست آمده اند.
پیشرفت در روش توالی یابی نسل بعد (NGS) موجبات وقوع جهش های عظیمی در مطالعات اکولوژی میکروبی را فراهم آورده است. این امر به توسعه ی سریع پژوهشهایی در درون محیط طبیعی زندگی میکروبها و شکل گیری علمی با نام "متاژنومیکس" منجر شده است. این عبارت غالبا تحت عنوان "آنالیز DNA درون اجتماعات میکروبی و در نمونه های محیطی بدون نیاز به کشت دادن آنها" تعریف می شود. بسیاری از ابزارهای محاسباتی/آماری متاژنومیکس و پایگاه های داده ی مربوط به آنها به منظور بهره برداری از هجوم عظیم داده هایی که مرتبا تولید می شوند، ایجاد شده اند.
دراین مقاله ی مروری ما به بررسی این موضوع پرداخته ایم که چگونه فناوریهای توالی یابی به طرز بی نظیری با انواع مختلف پژوهش های متاژنومیکس وفق داده و سازگار شده اند. دراین میانه تمرکز ما بر تکنیک ها، ابزارها و روش های بیوانفورماتیکی بوده است که در حال حاضر در دسترس ما هستند تا بتوانیم هر بخش منحصر بفرد از آنالیز مجموعه داده های متاژنومیک خاص را انجام دهیم. از سوی دیگر، سرنوشت و روند آینده ی این مطالعات را با توجه به توسعه ی ابزارها و فناوری های موجود، مورد بررسی قرار داده ایم. علاوه بر تمام اینها، ما ابزارهای مدیریت، توزیع و یکپارچه سازی داده ها را مورد بحث قرار داده ایم. ابزارهایی که ظرفیت و توان بالقوه ی انجام تحلیل های مقایسه ای متاژنومیک را بر روی مجموعه داده های چندگانه، دارا هستند و این عمل را از طریق استفاده از دیتابیس های خوش ساخت و استانداردهای تفسیر موجود انجام می دهند.

📝 Metagenomics: Tools and Insights for Analyzing Next-Generation Sequencing Data Derived from Biodiversity Studies

💾 Bioinformatics and Biology Insights (2015)

💡 doi:10.1093/gbe/evw046

✨ #Metagenomics #NGS

🌐 www.ParsSilico.com

🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🎥 1) Next Generation Sequencing (NGS) - An Introduction
⏳ Duration: 10 min
💾 Size: 17 MB
✨ #NGS
🌐 www.ParsSilico.com
آزمایشگاه پارس سیلیکو

🎥 2) Next Generation Sequencing (NGS) - Sample Preparation
⏳ Duration: 13 min
💾 Size: 20 MB
✨ #NGS
🌐 www.ParsSilico.com
آزمایشگاه پارس سیلیکو

🎥 3) Next Generation Sequencing (NGS) - Coverage & Sample Quality Control
⏳ Duration: 6 min
💾 Size: 11 MB
✨ #NGS
🌐 www.ParsSilico.com
آزمایشگاه پارس سیلیکو

🎥 4) Next Generation Sequencing (NGS) - Data Analysis
⏳ Duration: 7 min
💾 Size: 10 MB
✨ #NGS
🌐 www.ParsSilico.com
آزمایشگاه پارس سیلیکو

📊بنچمارک - مقایسه مپرهای NGS
#NGS #aligner #mapping #sequencing

👑ازمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

@practicalbioinformatics

▪️تبدیل فرمت FASTQ به FASTA با استفاده از خط فرمان

✍️ابزار های فراوانی برای تبدیل FASTQ به FASTA وجود دارد ولی یک دستور ساده در ترمینال لینوکس به راحتی میتونه این کارو انجام بدهد. و نیازی به دانلود و نصب نرم افزاری نیست.👇

paste - - - - < file.fq | cut -f 1,2 | sed 's/^@/>/' | tr "\t" "\n" > file.fa

#NGS
🥇آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

@practicalbioinformatics

▪️تبدیل فایل BAM به BED فرمت

✍️برای تبدیل فایل BAM به BED فرمت از این دستور پرل در خط فرمان استفاده کنید .👇👇

samtools view file.bam | perl -F'\t' -ane '$strand=($F[1]&16)?"-":"+";$length=1;$tmp=$F[5];$tmp =~ s/(\d+)[MD]/$length+=$1/eg;print "$F[2]\t$F[3]\t".($F[3]+$length)."\t$F[0]\t0\t$strand\n";'

#NGS #mapping
🥇آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics