📊بنچمارک - مقایسه مپرهای NGS
#NGS #aligner #mapping #sequencing

👑ازمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

@practicalbioinformatics

▪️تبدیل فایل BAM به BED فرمت

✍️برای تبدیل فایل BAM به BED فرمت از این دستور پرل در خط فرمان استفاده کنید .👇👇

samtools view file.bam | perl -F'\t' -ane '$strand=($F[1]&16)?"-":"+";$length=1;$tmp=$F[5];$tmp =~ s/(\d+)[MD]/$length+=$1/eg;print "$F[2]\t$F[3]\t".($F[3]+$length)."\t$F[0]\t0\t$strand\n";'

#NGS #mapping
🥇آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics