#cnn #biology #dilation #ResNet #ScientificML

https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(18)31629-5

Отличная статья на биологическую тему - предсказание сайтов сплайсинга.
Коротко - у человека ген, кодирующий белок, не весь кодирует последовательность этого белка. Есть кодирующие его части - экзоны и некодирующие,регуляторные и просто мусорные части - интроны. Отвечает за вырезание из всей последовательности мРНК только нужных экзонов процесс, называемый сплайсинг.
Одной из важных задач является предсказание по последовательности гена экзонов и интронов - соответственно участков, в которых будет происходить вырезание.
В данной работе авторы это делают при помощи resnet-like архитектуры.

Более того - на самом деле некоторые участки в зависимости от условий/великого корейского рандома могут то трактоваться сплайсингом как интроны, то как экзоны. И скоры, которые выдает модель для сайтов сплайсинга коррелируют с вероятностью участка быть экзоном/интроном. Что тоже круто.

Ну и конечно, модель умеет в insilico-скрининг - мутируем последовательность интересующего нас гена и смотрим, изменится ли предсказание модели. Если изменилось, то поменялось то, как спласинг нарезает наш ген. Это часто приводит к чему-то нехорошему - наследственные болезни, опухоли и тд.

Модель хорошая и повсеместно используется. Можно вставлять в примеры архитектур CNN. Более того - она приятна еще и тем, что в ней активно используются dilation конволюции, примеров применения которых у нас в лекциях сейчас мало

Тэги доступные в канале на данный момент:
#alphafold2, #astronomy, #audio, #augmentation, #automl, #bayes, #biology, #botany, #captioning, #categorical, #chemistry, #classification, #clip, #cnn, #code, #community, #competition, #compression, #conference, #contrastivelearning, #course, #datasets, #debugging, #demo, #depth, #detection, #diffusion, #dilation, #dimensionality, #distillation, #earthscience, #economics, #explainability, #gan, #generative, #geometric, #gnn, #gpt, #gpu, #graph, #hardware, #holdontoyoirpapers, #image2text, #images, #inference, #joke, #julia, #jupyterlab, #jupyterlite, #labeling, #latex, #lnl, #medicine, #metrics, #mlp, #money, #multimodal, #nas, #news, #nlp, #noise, #novelviews, #optimizer, #outliers, #physics, #presentation, #python, #resnet, #resources, #rl, #rnn, #rocauc, #science, #scientificml, #segmentation, #SSL, #XAI, #separation, #sequences, #signal, #social, #sound, #speech, #styletransfer, #superresolution, #tabular, #text2image, #theory, #torrent, #training, #transformer, #translate, #tutorial, #twominutespapers, #video, #visualization, #waveforms, #гумунитарии, #дьяконов, #книги, #отборочные