2.geWorkbench
این ابزار به عنوان یک میز کار ژنومی بر پایه ی جاوا، یکی از کاربردی ترین برنامه های بیوانفورماتیکی لینوکس است. این نرم افزار بیش از 70 پلاگین مختلف برای کارهای متفاوت دارد از جمله تصویر سازی و آنالیز داده های توالی. از مزایای geWorkbench می توان به وجود ابزار هایی برای آنالیز های محاسباتی نظیر t-test، self-organizing map و hierarchial clustering اشاره کرد. همچنین ابزارهایی جهت بررسی شبکه های میانکنش مولکول ها، ساختارهای پروتئینی و pathwayها را نیز دارا می باشد.
#linux
#bioinformatics
@genomefan

🖥توجه به پزشکی شخصی روز به روز در حال افزایش است. این امر با تغییر اساسی الگوی (یک اندازه، متناسب با همه) برای معالجه بیماران با شرایط و استعداد های مختلف و اقدامات درمانی متناسب برای رسیدن به بهترین نتیجه ممکن، امکانپذیر می شود. توالی یابی اگزوم و توالی یابی هدفمند، بر خلاف توالی یابی کل ژنوم (WGS)، تعادلی بین منفعت و هزینه ایجاد کرده اند. توالی یابی کامل اگزوم (WES) تقریبا 3% از کل ژنوم که بخش اصلی ژن های کد کننده پروتئین را شامل می شوند، هدف قرار می دهد. با این حال آنالیز داده های حاصل از توالی یابی اگزوم نیز همچنان حجم بالایی دارند. در این مقاله سعی شده با استفاده از بانک های اطلاعاتی بیولوژیکی و ابزارهای بیو انفورماتیکی موجود و همچنین هوش مصنوعی راه حل هایی برای گذر از تنگناهای پردازش و آنالیز ابر داده ها ارائه شود.
#NGS #WES @genomefan

#book #bioinformatics @genomefan

#book #bioinformatics @genomefan

این کتاب صرفا جهت یادگیری تعاریف اولیه توصیه می شود. به دلیل قدیمی بودن کتاب، قسمت مربوط به سایت ها و پایگاه های داده تغییر کرده است.

ژن فن پیشرو طب جهت فراگیری مهارت های بیوانفورماتیک مورد نیاز جهت اپلای و ارتقای رزومه علمی، در کنار شماست.
https://www.ru.nl/werken-bij/vacature/details-vacature/?recid=1071051&doel=embed&taal=nl
@genomefan

🧫🧬🖥متاژنومیکس چیست؟
#metagenomics
#bioinformatics
@genomefan

📚📚کتابی فوق العاده کاربردی با بیانی روان. دربرگیرنده مباحث بیوانفورماتیک از پایه تا پیشرفته👌

#book
#bioinformatics
@genomefan

#book #bioinformatics @genomefan

#targeted_sequencing #NGS @genomefan

🧬🖥️مقدمه ای برای توالی یابی هدفمند

با توالی یابی هدفمند ، مجموعه ای از ژن ها یا مناطق ژنومی مجزا توالی یابی می شوند. رویکردهای هدفمند با استفاده از توالی یابی نسل بعد (NGS) به محققان اجازه می دهد تا زمان ، هزینه و تجزیه و تحلیل داده ها را در مناطق خاص و مورد علاقه متمرکز کنند. توالی یابی هدفمند می تواند شامل exome (بخش کد کننده پروتئین) ، ژن های خاص مورد علاقه (پنل ژنی) ، اهداف درون ژن ها یا DNA میتوکندری باشد.

🔴مزایای توالی یابی هدفمند

• بر مناطق مورد علاقه متمرکز می شود و مجموعه ای از داده های قابل کنترل و کوچکتر را ایجاد می کند
• هزینه های توالی یابی و بار تجزیه و تحلیل داده ها را کاهش می دهد
• زمان چرخه کاری را در مقایسه با رویکردهای گسترده تر کاهش می دهد
• تعیین توالی عمیق با سطوح بالای پوشش برای شناسایی واریانت های نادر امکان پذیر است

در مقایسه با رویکردهای وسیع تر ، مانند توالی یابی کل ژنوم ، توالی یابی هدفمند، روشی مقرون به صرفه تر برای بررسی مناطق مورد علاقه است. تحقیقات هدفمند محققان را قادر می سازد تا بر مناطقی که احتمالاً در فنوتیپ مورد مطالعه درگیر هستند ، صرفه جویی در منابع و ایجاد یک مجموعه داده کوچکتر و قابل کنترل تر ، تمرکز کنند. رویکردهای هدفمند همچنین می توانند سطح پوشش بسیار بالاتر و امکان شناسایی واریانت های نادر تری را نسبت به روش های هزینه بر تر مانند توالی یابی کل ژنوم یا Sanger ارائه دهند.
#targeted_sequencing
#NGS
@genomefan

📚📚کتابی فراگیر که از هر مبحثی در بیوانفورماتیک مقداری توضیح داده است👌

#book
#bioinformatics
@genomefan

#book #bioinformatics @genomefan

📚📚کتابی مناسب برای آشنایی مقدماتی با آنالیز داده های NGS👌

#NGS
#book
#bioinformatics
@genomefan

#NGS #book
#bioinformatics
@genomefan

3.Biopython
🔴ابزار بیوانفورماتیکی Biopython که توسط یک تیم بین المللی توسعه دهنده ایجاد شده و مبتنی بر برنامه پایتون نوشته شده است ، برای محاسبه بیولوژیکی استفاده می شود. این ابزار دسترسی گسترده ای را ارائه می دهد. BLAST ، Clustalw ، FASTA ، Genbank و دسترسی به خدمات آنلاین مانند NCBI و Expasy را امکان پذیر می کند.
#linux
#bioinformatics
@genomefan

4.GROMACS
🔵یک شبیه ساز مولکولی پویا است. این بسته تطبیق پذیر است و می تواند روی دینامیک مولکولی کار کند. برای مثال؛ می تواند معادله حرکت نیوتن را از صدها تا هزاران ذره شبیه سازی کند. در مرحله اول ، برنامه ریزی شده بود تا روی مولکول های بیوشیمیایی ، یعنی پروتئین و چربی هایی که با فعل و انفعالات پیچیده پیوند خورده اند ، کار کند.

#linux
#bioinformatics
@genomefan

🔴22 ماده غذایی تایید شده توسط متخصصین پوست برای پوستی بهتر

از متخصصین پوست در مورد غذاهای مناسب برای داشتن پوستی بهتر سوال کردم. این توصیه ها شامل مواردی جهت تقویت کلاژن ، مبارزه با چین و چروک ها یا به طور کلی داشتن پوستی سالم تر است. گنجاندن این غذاها در رژیم غذایی شما می تواند به شما کمک کند تا از فیلتر عکس بگذرید و زیبایی طبیعی خود را نشان دهید.

1. سالمون
جوشوا زایخنر ، M.D ، مدیر تحقیقات زیبایی و بالینی در پوست و مو در بیمارستان Mount Sinai در شهر نیویورک گفت: ماهی قزل آلا سرشار از آنتی اکسیدان ها است که التهاب را آرام می کند. "اسیدهای چرب آزاد به عنوان بلوکی برای سلولهای سالم پوست عمل می کنند." دقیقا چطور؟ دکتر لسلی بامان ، متخصص پوست و مو می گوید: "از آنجا که بدن ما توانایی تولید اسیدهای چرب را ندارد ، [خوردن آنها] به تقویت حفاظ پوست شما کمک می کند و رطوبت را در بدن حفظ می کند." موسسه تحقیقاتی او توصیه می کند برای دوز بهینه امگا 3 بهتر است ماهی های سالمون طبیعی استفاده شود تا پرورشی.

2. هندوانه
بامان می گوید: "گرچه ممکن است خیلی لطیف به نظر نرسد ، اما غلظت بالای آب در هندوانه می تواند در واقع احتباس آب را که منجر به پف دور چشم می شود ، کاهش دهد." "و از آنجا که هندوانه قند کمی - در مقایسه با بسیاری از میوه های دیگردارد ، شما نیازی به نگرانی در مورد گلیکاسیون ندارید ، واکنش شیمیایی که کلاژن را به خطر می اندازد و منجر به خط و چروک می شود. "

3. چای سبز
دکتر کالرووی پاپانتونیو ، متخصص پوست و مو می گوید: "از آنجا که چای سبز حاوی پلی فنول است ، که آن را به عنوان یک آنتی اکسیدان و ضد التهاب قرار می دهد ، می تواند به عنوان یک تونر عالی برای درمان آکنه استفاده شود." وی گفت: "این ماده برای رفع لکه ها و زخم ها بسیار عالی است ، سموم بدن را از بین می برد و پوست را نیز حفظ می کند. ویتامین K موجود در چای سبز به روشن شدن دایره های تیره زیر چشم نیز کمک می کند.

4. گوجه فرنگی
زیچر می گوید ، گوجه فرنگی سرشار از لیکوپن است ، یک آنتی اکسیدان قوی برای محافظت از پوست در برابر آسیب UV. در حقیقت ، یک مطالعه در مجله پوست و مو در انگلیس نشان داد شرکت کنندگان که روزانه پنج قاشق غذاخوری رب گوجه فرنگی می خورند ، نسبت به گروه کنترل ، 33 درصد بیشتردر برابر آفتاب سوختگی محافظت شده اند.

5. هویج
باومن می گوید: "این سبزی نارنجی رنگ به لطف مقادیر زیاد بتاکاروتن ، که ماده اولیه ویتامین A است و به عنوان یک ماده اصلی فعال در Retin-A شناخته می شود." "این ویتامین در کاهش تولید چربی پوست نقش داشته و همچنین شواهدی وجود دارد که می تواند باعث بهبود پسوریازیس شود."

6. آووکادو
یک دلیل وجود دارد که آووکادو ماده ای محبوب برای ماسک های صورت است. پاپانتونیو می گوید: "آووکادو در عمیق ترین سطح به سلول ها نفوذ می کند ، و در واقع روشی موثر برای دریافت یک دوز پوستی از ویتامین های A ، D و E ، چربی های خوب و مواد مغذی است." واقعا کاری هست که این میوه انجام نده؟

7. روغن زیتون
ماری جین ، M.D ، متخصص پوست و نویسنده اسرار زیبایی آسیا می گوید: "حدود 75 درصد چربی های موجود در روغن زیتون اسیدهای چرب اشباع نشده است که ممکن است در تقویت جوانی نقش داشته باشند." "پلی فنول های آنتی اکسیدانی موجود در روغن زیتون همچنین می توانند رادیکال های آزاد را از بین ببرند."

با ژن فن همراه باشید
ادامه دارد...
#skincare
#personalized_medicine
@genomefan

https://www.eatthis.com/foods-for-better-skin/