ПЕРСИСТЕНЦИЯ SARS-CoV-2

Опубликован препринт, показывающий возможность персистенции SARS-CoV-2 [1].

Взято более 100 тысяч образцов у ~95 тысяч человек из ~75 тысяч домохозяйств.

Выявлен 381 случай возможной персистенции продолжительностью не менее 30 дней, из них не менее 54 случаев продолжительностью не менее 60 дней (0,09-0,5% инфекций).

Наблюдалась корреляция с длинным КОВИД (>50% большие шансы).

Почти в 70% случаев были длительные периоды, когда не наблюдалось слаженных изменений в сиквенсах (что говорит о том, что в эти периоды репликации, скорее всего, не наблюдалось).

Результаты также свидетельствуют о том, что повторные заражения той же основной линией наблюдаются крайне редко.

1. Mahan Ghafari et al, High number of SARS-CoV-2 persistent infections uncovered through genetic analysis of samples from a large community-based surveillance study, https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.01.29.23285160v1

Болезнь Паркинсона и чистота исследований

Совершенно новая (14.03.2023) работа [1] о трихлорэтилене как возможной причине болезни Паркинсона нашлась в обзоре, выпущенном «Смотровой Военврача» [2].

При внимательном рассмотрении можно обнаружить, что 500%-ный рост риска был обнаружен в другом исследовании 2011 года [3], где изучалась корреляция воздействия сольвентов на рост риска болезни Паркинсона у дискордантных пар близнецов (т.е. у таких, где у одного близнеца есть болезнь Паркинсона, а у другого нет).

Исследование [1] лишь ссылается на исследование [3], но не проверяет его результаты, которые были получены неврологическим тестированием после телефонного опроса на предмет симптомов паркинсонизма. Это валидный метод исследований, однако не подтверждающий наличие причинно-следственной связи между трихлорэтиленом и болезнью Паркинсона.

Если у нас имеется обоснованная гипотеза о том, что трихлорэтилен является причиной болезни, то таковая корреляция будет свидетельствовать в пользу гипотезы (при доверительном интервале 95% у нас есть всего лишь 5% вероятности, что корреляция является случайным выбросом). Если же у нас есть предположение о том, что какой-либо сольвент является причиной, и мы проверяем множество (в данном исследовании 6) сольвентов, то вероятности складываются: сложение вероятностей для совместных событий в данном случае даст 26.5% вероятность случайного выброса.

Исследования такого рода хороши для выявления гипотез, но эти гипотезы требуется подтверждать другими исследованиями на других данных, которые показывали бы непосредственную связь между трихлорэтиленом и болезнью.

При этом такое исследование, видимо, должно быть синхронным, поскольку частота выявления болезни Паркинсона растёт – но при этом растёт как продолжительность жизни людей, так и выявляемость, в случае диахронного исследования такая корреляция, несомненно, будет обнаружена – как и обратная корреляция количества пиратов и средней температуры планеты [4].

1. Dorsey, E. Ray et al, Trichloroethylene: An Invisible Cause of Parkinson’s Disease?, https://content.iospress.com/articles/journal-of-parkinsons-disease/jpd225047
2. Смотровая Военврача, https://t.me/dr_voenvrach/1384
3. Samuel M Goldman,Solvent Exposures and Parkinson’s Disease Risk in Twins, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3366287/
4. Влияние количества пиратов на глобальное потепление, https://commons.wikimedia.org/wiki/File:PiratesVsTemp.svg

Скандалы вокруг GISAID

GISAID – это глобальная инициатива по обмену данными о птичьем гриппе. Глобальность организации и приспособленность инфраструктуры обеспечило ей выход на первое место в мире в области обмена геномами SARS-CoV-2.

За последние дни организацию сотрясают скандалы. Первый из них касался возможной связи между пандемией COVID и енотовидными собаками (псовыми, которые крайне подвержены воздействию SARS-CoV-2).

GISAID отключил доступ ряду учёных, использовавших данные для подтверждения этой гипотезы, мотивировав это тем, что группа-источник данных ещё не опубликовала собственную статью [1].

Следующий скандал касался вопроса о первой публикации генома SARS-CoV-2 [2]. Согласно общепризнанной версии, первый публично доступный геном Чжан Юн-Чжэнь (вопреки запретам китайских властей) передал Эдварду Холмсу, который опубликовал его 10 января 2020 года на virological.org [3]. GISAID же не публиковал геном SARS-CoV-2 ранее 12 января 2020 года, однако сейчас (спустя три года) GISAID оспаривает эту версию, утверждая, что они опубликовали геном на несколько часов раньше [4], а именно 10 января 2020 между 0:41 и 0:44 UTC, и этот геном был предоставлен китайским центром контроля заболеваний, т. е. с разрешения китайских властей.

Оба заявления GISAID выглядят весьма подозрительными и весьма похожи на попытку обелить действия Китая – поскольку направлены на опровержение версий, утверждающих, что Китай скрывал данные о пандемии SARS-CoV-2.

1. https://gisaid.org/statements-clarifications/data-availability/
2. Martin Enserink, Dispute simmers over who first shared SARS-CoV-2’s genome, https://www.science.org/content/article/dispute-simmers-over-who-first-shared-sars-cov-2-s-genome
3. Edward Holmes, Novel 2019 coronavirus genome, https://virological.org/t/novel-2019-coronavirus-genome/319
4. Ben Branda, https://www.science.org/do/10.1126/science.adi0300/full/_28_march_2023_letter.pdf

Первая смерть от птичьего гриппа H3N8

Как сообщается [1], 56-летняя женщина из китайской провинции Гуандун заболела 22 февраля, была госпитализирована 3 марта и умерла 16 марта. Утверждается, что пациент контактировала с дикой птицей. Никто из её контактов не заболел, так что, вероятно, вирус не передаётся от человека к человеку.

Вариант H3N8 впервые был обнаружен в 2002 году у водоплавающих птиц в Северной Америке. Он способен поражать собак, свиней, лошадей, тюленей, ослов и людей [2].

ВОЗ заявляет, что симптомы варьируются от конъюнктивита и умеренного гриппоподобного состояния до серьёзного респираторного заболевания и смерти. Сообщается также о редких, но возможных желудочно-кишечных и неврологических симптомах.

1. [Media] Deutsche Welle, China meldet ersten H3N8-Vogelgrippe-Fall beim Menschen, https://www.dw.com/de/china-meldet-ersten-h3n8-vogelgrippe-fall-beim-menschen/a-61607486
2. [Preprint] Jiangtao Zhou et al, Continuing evolution and transmission of avian influenza A(H3N8) viruses is a potential threat to public health, https://www.researchgate.net/profile/Jiahao-Zhang-13/publication/365451743_Continuing_evolution_and_transmission_of_avian_influenza_AH3N8_viruses_is_a_potential_threat_to_public_health/links/637606f22f4bca7fd06a780a/Continuing-evolution-and-transmission-of-avian-influenza-AH3N8-viruses-is-a-potential-threat-to-public-health.pdf

Учёные против мифов

29-30 апреля проходят биологическая и космическая сессии «Учёных против мифов».

В биологический день заявлены:
Сергей Глаголев, переходные формы между рыбой и птицей, оппонент – Александр Соколов
Софья Пантелеева, инстинкты, оппонент – Евгения Тимонова
Георгий Куракин, криптиды, оппонент – Александр Панчин
Борис Жуков, евгеника, оппонент – Михаил Гельфанд.

В космический день во фрик-ринге участвует одна из администраторов V1V2 Ольга Землякова.

https://uch.pm/ (требуется регистрация, трансляция в youtube)

Друзья, нужна помощь для меня и всех ТБ-активистов мира.
Подпишите нашу петицию, пожалуйста. И если можете — опубликуйте её в каких-то своих чатах или двух-трёх ваших знакомых попросите подписать, это будет большая помощь для меня. Расшарить пост в ваших каналах — тоже.

https://chng.it/8JDy9Rw5

В сентябре будет важное событие — заседание Генеральной ассамблеи ООН по туберкулёзу. Эта петиция — обращение к комитету, чтобы они поддержали ТБ-сообщество и больше уделяли ему внимания.

Было много громких слов от лидеров разных стран на первом таком заседании в 2018 году (я там присутствовала тоже), а поддержки и внимания к проблеме так особо и не прибавилось.

К 27 июня нам нужно набрать хотя бы 2000 голосов, а то как-то совсем грустно.
Когда я взялась за продвижение петиции, там был 571 голос — и это, наверное, каждый из наших активисток и активистов уже отметился. Нас, к сожалению, мало на всю планету.

Перевод петиции на русский язык

https://docs.google.com/document/d/1qDspR7uPz7yx46eWGEPfDU7g3nXq71Dx/edit?usp=drivesdk&ouid=110133742832353445137&rtpof=true&sd=true

Профили метилирования ДНК коррелируют со старением

В исследовании [1] показана корреляция профилей метилирования ДНК с возрастом млекопитающих. Исследование охватывает 11754 наборов данных, 59 типов тканей и 185 видов млекопитающих. Прогностическая модель оказалась способна оценить возраст с высокой точностью (r > 0.96)

Старение связано с множественными специфическими изменениями, однако цитозиновое метилирование показало себя в этом исследовании как универсальный механизм «часов старения». Таким образом, такое исследования является аргументом за то, что старение эволюционно запрограммировано, а не является результатом случайных клеточных повреждений.

Точность универсальных часов не зависит от продолжительности жизни вида, однако для некоторых видов, например, гренландских китов, предсказанный возраст плохо совпадает с хронологическим (вид 4.11.1 на иллюстрации).

1. A.T.Lu et al, Universal DNA methylation age across mammalian tissues, https://www.nature.com/articles/s43587-023-00462-6

В Воронежской области обнаружен очаг сибирской язвы [1]. Корова не была привита, житель заразился во время разделки (вероятно, кожная форма заболевания). Туша коровы была продана неизвестным, обнаружено заражённое мясо (неизвестно, связаны ли эти случаи).

Сибирская язва – высоколетальное заболевание. Летальность зависит от формы: кожная ~ 20%; кишечная ~50-60%, с ранним лечением ~25%; лёгочная >85%, с ранним лечением ~45%.

Раннее начало лечения (антибиотики, патогенетическая терапия) максимально важно для любой из форм заболевания. При лёгочной форме заболевания применимы моноклональные антитела (раксибакумаб).

Для домашнего скота и для людей, которые с ним контактируют, доступны вакцины. Вегетативные формы сибиреязвенной бациллы неустойчивы к термообработке (кипячению), однако споры сибирской язвы таким способом уничтожить практически невозможно (требуется длительное автоклавирование). Максимально простой способ обезопасить себя от контакта с возбудителем – не покупать мясо неизвестного происхождения.

Лекарство от ВИЧ?

Венетоклакс давно рассматривается в качестве потенциального лекарства от ВИЧ, и новое исследование на гуманизированных мышах [1] показывает, что это возможно.

В патогенезе и персистенции ВИЧ активно участвует регулятор апоптоза – белок BCL-2 (B-cell lymphoma 2, такое название он получил потому, что был вторым из белков, описанных при наблюдении транслокаций хромосом 14 и 18 при лимфомах).

У людей, живущих с ВИЧ, наблюдается гибель CD4+ T-лимфоцитов, при этом персистенция ВИЧ зависит как раз от выживаемости инфицированных CD4+ клеток (резервуаров вируса). Скорее всего, ВИЧ удаётся персистировать, вызывая изменения в экспрессии BCL-2 [2].

Венетоклакс – ингибитор BCL-2 – был разработан для борьбы с гемобластозами (онкозаболеваниями кроветворной системы), но из-за участия BCL-2 в патогенезе и персистенции ВИЧ выбран в качестве потенциального лекарства при борьбе с резервуарами инфекции в организмах людей, живущих с этим вирусом.

Ранее комбинация венетоклакса и иксазомиба (также противоопухолевого средства, обратимого ингибитора протеасом) на клеточных моделях показывала хорошие результаты, но неприемлемую токсичность [3].

В скором времени в Дании и Австралии начнутся клинические исследования венетоклакса на людях, живущих с ВИЧ [4].

1. Philip Arandjelovic et al, Venetoclax, alone and in combination with the BH3 mimetic S63845, depletes HIV-1 latently infected cells and delays rebound in humanized mice: https://www.cell.com/cell-reports-medicine/fulltext/S2666-3791(23)00331-2
2. Aswath P. Chandrasekar et al, The Role of the BCL-2 Family of Proteins in HIV-1 Pathogenesis and Persistence: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6822993/
3. Alecia Alto et al, The Combination of Venetoclax and Ixazomib Selectively and Efficiently Kills HIV-Infected Cell Lines but Has Unacceptable Toxicity in Primary Cell Models: https://journals.asm.org/doi/full/10.1128/jvi.00138-21
4. Study finds potential HIV cure using existing cancer drug: https://www.news-medical.net/news/20230830/Study-finds-potential-HIV-cure-using-existing-cancer-drug.aspx

Таймлайн изобретения вакцин

Шнобелевскую премию в области здравоохранения дали за изобретение «КОВИД-унитаза»

В ряде исследований отмечается кишечный тропизм вируса SARS-CoV-2, что (в связи с долгим выделением РНК вируса) позволяет предположить фекально-оральный способ передачи (впрочем, ничем не подтверждённый на сегодняшний день). В исследовании, опубликованном в Nature, отмечается, что индивидуальный анализ (как делали в Китае) слишком навязчив и неприятен, поэтому он не стал общепринятым, а анализ сточных вод неточен из-за изменчивости их характера и к тому же не учитывает индивидуальные особенности организма человека.

Перед использованием КОВИД-унитаза предлагается отсканировать QR-код, тем самым дав согласие на анализ. Результат исследования будет доступен на смартфоне в течение нескольких минут, также возможна интеграция по Bluetooth с другими умными устройствами.

Сеть таких туалетов позволит строить карты распространения инфекции. Также в будущем можно будет применять эту платформу для других инфекционных заболеваний, таких, как норовирусная инфекция и другие.

https://www.youtube.com/watch?v=ePjE8G5Tn3Q

Шнобелевскую премию в области машиностроения дали за использование мёртвых пауков в качестве частей роботов [1]

Внимание: эта заметка очень паучительная.

Некоторые высокотехнологические вещи были подсмотрены у природы, такие, как адгезивные захваты – у гекконов. В этой работе исследователи пошли дальше и использовали непосредственно пауков в качестве манипуляторов.

В действительности, конечности пауков вызывают определённый интерес из-за своего уникального устройства – у них есть лишь мышцы-сгибатели, которые сгибают ноги паука «внутрь». Мышц-разгибателей нет, а разгибание «наружу» выполняется за счёт давления гемолимфы.

Когда паук умирает, давление гемолимфы уже не оказывает сопротивления мышцам-сгибателям, и у умерших пауков ноги обычно скручиваются внутрь.

Исследователи перепрофилировали труп паука, чтобы создать некробиотический захват с пневматическим приводом. Захват оказался способен поднять объект с весом, в 1,3 раза превышающий его собственный.

Планируется добавить в систему дополнительные уровни интеллекта для автономной навигации и обнаружения объектов с тем, чтобы позволить некробиотическому захвату манипулировать малыми и хрупкими объектами, а также незаметно захватывать небольших биологических существ для сбора образцов.

1. Te Faye Yap, Zhen Liu, Anoop Rajappan, Trevor J. Shimokusu & Daniel J. Preston, Necrobotics: Biotic Materials as Ready-to-Use Actuators, https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/advs.202201174

Нобелевская премия по физиологии и медицине – 2023

Каталин Карико и Дрю Вайсман получили свою заслуженную премию за разработку технологии мРНК-вакцин [1]. Напомним вкратце, в чём заключался их прорыв.

Карико и Вайсман заметили, что дендритные клетки разпознают транскрибитованную in vitro мРНК как чужеродную, что приводит к высвобождению провоспалительных сигнальных молекул и в результате к существенно меньшей экспрессии белка, ген которого несёт эта мРНК. В то же время мРНК из клеток млекопитающих такой реакции не вызывала.

Исследователи знали, что основания РНК могут быть химически модифицированы в клетках млекопитающих (а та РНК, которую они получали in vitro, модификации не подвергалась). Они создали ряд модификаций РНК и добились практически полного исчезновения провоспалительной реакции, заменив уридин (U) на превдоуридин (Ψ).

Эта работа Карико и Вайсмана была проведена в 2005 году, и именно с неё начался всплеск интереса к мРНК-вакцинам, приведший к тому, что мы победили пандемию Ковид-19.

К сожалению, ни Роберт Мэлоун, ни Филип Фельгнер не получили часть премии за создание другого прорывного компонента мРНК-вакцин – липидных наночастиц (1987). Роберт Мэлоун в 1996 году пытался добиться государственного финансирования для создания мРНК-вакцин против сезонных коронавирусов. Впрочем, без модифицированных нуклеотидов такие вакцины вряд ли получились бы рабочими. Из опыта компании CureVac, сделавшей совместно с GlaxoSmithKline такую вакцину, мы знаем, что эффективность такой вакцины была всего лишь 47%, что ниже допустимого минимума.

1. The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2023, Katalin Karikó, Drew Weissman: Press release: https://www.nobelprize.org/prizes/medicine/2023/press-release/

Нобель и Шнобель – 2023

Почему Карико и Вайсман заслужили Нобелевскую премию, и почему шутливая Шнобелевская премия имеет непосредтвенное отношение к науке.

Использованы и наши паучительные заметки.

(сегодня в 18:00 по центральноевропейскому, 19:00 по восточноевропейскому времени)
https://www.youtube.com/watch?v=6vWuOsO5mDo

Поскольку среди наших читателей наверняка есть жители Москвы, знакомые попросили распространить информацию о наборе детей с поражением опорно-двигательного аппарата и с сохранным интеллектом в спортивную школу по плаванию.

Телефон +7-910-492-95-09, Сиреневый бульвар 2, 1А

Объявление попросил опубликовать не тренер, а бывшие его спортсмены.