Дельта и Омикрон, Альфа и Омега
С самого начала пандемии несколько регионов вызывали у нас особые опасения. В их число, безусловно, входили и Индия, и Южная Африка.
Страны Южной Африки – одни из беднейших стран мира с крайне важной особенностью: высокой долей людей, живущих с ВИЧ – кое-где доля ВИЧ-положительных подростков и взрослых 15-49 лет составляет 18,2-27,6% в ЮАР, Ботсване, Лесото и Эсватини (бывш. Свазиленд) [1]. Несмотря на успехи в тестировании и обеспечении ВААРТ ВИЧ-положительных жителей этого региона (цель 90-90-90: минимум 90% ВИЧ-положительных знают свой статус, минимум 90% их них принимают терапию, минимум 90% их них имеют неопределяемую вирусную нагрузку), в абсолютных числах количество людей, не знающих свой статус, не принимающих терапию или не достигших неопределяемой вирусной нагрузки, и с весьма высокой вероятностью иммунокомпрометированных вследствие этого, велико.
Как нам известно из множества кейсов [2,3], у таких пациентов возможна персистенция SARS-CoV-2. В случае ВИЧ-инфекции ситуация отягощена тем, что выпадает целое звено иммунитета – T-хелперы – без которого невозможно формирование полноценного иммунного ответа. За время персистенции, измеряемое месяцами, вирус успевает в достаточной мере мутировать, чтобы успеть уйти от начавших появляться антител. Именно поэтому мы увидели такую дисперсию в мутациях: Индия, благодаря высокой плотности населения, дала менее уходящий от иммунного ответа, но весьма быстро распространяющийся вариант дельта, а ЮАР дала вариант бета – менее патогенный, но хорошо уходящий от иммунного ответа. Вариант дельта оказался настолько успешным, что вытеснил все остальные варианты из поля зрения.
Появление нового варианта, сочетающего оба этих свойства, было достаточно ожидаемым. Эволюционировав – вероятнее всего – в иммунокомпрометированных, он был обнаружен среди полностью привитых в Ботсване [4]. Как сообщается, из трёх заболевших в Израиле один был привит двумя дозами Vaxzevria, один – двумя дозами Janssen, а один – 3 дозами вакцины Comirnaty [5], что особенно настораживает.
Новому варианту была присвоена буква греческого алфавита ο (омикрон). ПЦР-тесты пока что его способны распознать, но по отдельным сообщениям лабораторий один из тестов неспособен обнаружить один из трёх целевых генов [6].
Разработчики вакцин ожидают данных о том, насколько имеющиеся вакцины эффективны против нового варианта, в течение двух недель. Разработка и вывод на рынок обновления вакцины (если таковое потребуется) займёт порядка 100 дней [7].
1. UNAIDS Data 2020, https://www.unaids.org/sites/default/files/media_asset/2020_aids-data-book_en.pdf
2. Martin Martinot et al, Remdesivir failure with SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA-polymerase mutation in a B-cell immunodeficient patient with protracted Covid-19, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7543308/
3. Persistence and Evolution of SARS-CoV-2 in an Immunocompromised Host, https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2031364
4. Four cases of the new COVID-19 variant recorded in Botswana, https://www.mmegi.bw/news/four-cases-of-the-new-covid-19-variant-recorded-in-botswana/news
5. Israel 'on verge of emergency' as COVID Omicron variant found in country, https://www.jpost.com/breaking-news/south-african-variant-of-concern-discovered-in-israel-687074
6. Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern, https://www.who.int/news/item/26-11-2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)-sars-cov-2-variant-of-concern
7. Pfizer/BioNTech, Moderna expect data on shot's protection against new COVID-19 variant soon, https://www.reuters.com/business/healthcare-pharmaceuticals/biontech-says-expect-more-data-new-variant-2-weeks-2021-11-26/
С самого начала пандемии несколько регионов вызывали у нас особые опасения. В их число, безусловно, входили и Индия, и Южная Африка.
Страны Южной Африки – одни из беднейших стран мира с крайне важной особенностью: высокой долей людей, живущих с ВИЧ – кое-где доля ВИЧ-положительных подростков и взрослых 15-49 лет составляет 18,2-27,6% в ЮАР, Ботсване, Лесото и Эсватини (бывш. Свазиленд) [1]. Несмотря на успехи в тестировании и обеспечении ВААРТ ВИЧ-положительных жителей этого региона (цель 90-90-90: минимум 90% ВИЧ-положительных знают свой статус, минимум 90% их них принимают терапию, минимум 90% их них имеют неопределяемую вирусную нагрузку), в абсолютных числах количество людей, не знающих свой статус, не принимающих терапию или не достигших неопределяемой вирусной нагрузки, и с весьма высокой вероятностью иммунокомпрометированных вследствие этого, велико.
Как нам известно из множества кейсов [2,3], у таких пациентов возможна персистенция SARS-CoV-2. В случае ВИЧ-инфекции ситуация отягощена тем, что выпадает целое звено иммунитета – T-хелперы – без которого невозможно формирование полноценного иммунного ответа. За время персистенции, измеряемое месяцами, вирус успевает в достаточной мере мутировать, чтобы успеть уйти от начавших появляться антител. Именно поэтому мы увидели такую дисперсию в мутациях: Индия, благодаря высокой плотности населения, дала менее уходящий от иммунного ответа, но весьма быстро распространяющийся вариант дельта, а ЮАР дала вариант бета – менее патогенный, но хорошо уходящий от иммунного ответа. Вариант дельта оказался настолько успешным, что вытеснил все остальные варианты из поля зрения.
Появление нового варианта, сочетающего оба этих свойства, было достаточно ожидаемым. Эволюционировав – вероятнее всего – в иммунокомпрометированных, он был обнаружен среди полностью привитых в Ботсване [4]. Как сообщается, из трёх заболевших в Израиле один был привит двумя дозами Vaxzevria, один – двумя дозами Janssen, а один – 3 дозами вакцины Comirnaty [5], что особенно настораживает.
Новому варианту была присвоена буква греческого алфавита ο (омикрон). ПЦР-тесты пока что его способны распознать, но по отдельным сообщениям лабораторий один из тестов неспособен обнаружить один из трёх целевых генов [6].
Разработчики вакцин ожидают данных о том, насколько имеющиеся вакцины эффективны против нового варианта, в течение двух недель. Разработка и вывод на рынок обновления вакцины (если таковое потребуется) займёт порядка 100 дней [7].
1. UNAIDS Data 2020, https://www.unaids.org/sites/default/files/media_asset/2020_aids-data-book_en.pdf
2. Martin Martinot et al, Remdesivir failure with SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA-polymerase mutation in a B-cell immunodeficient patient with protracted Covid-19, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7543308/
3. Persistence and Evolution of SARS-CoV-2 in an Immunocompromised Host, https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2031364
4. Four cases of the new COVID-19 variant recorded in Botswana, https://www.mmegi.bw/news/four-cases-of-the-new-covid-19-variant-recorded-in-botswana/news
5. Israel 'on verge of emergency' as COVID Omicron variant found in country, https://www.jpost.com/breaking-news/south-african-variant-of-concern-discovered-in-israel-687074
6. Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern, https://www.who.int/news/item/26-11-2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)-sars-cov-2-variant-of-concern
7. Pfizer/BioNTech, Moderna expect data on shot's protection against new COVID-19 variant soon, https://www.reuters.com/business/healthcare-pharmaceuticals/biontech-says-expect-more-data-new-variant-2-weeks-2021-11-26/
Омикрон, дети и АЗУИ
Чепурнов предположил возможность АЗУИ у переболевших [1] на основе моделирования рисков первичного/повторного заболевания [2]. Действительно, в этом исследовании говорится о снижении риска первичного заболевания для омикрона и об увеличении риска повторного, но это не значит, что риск повторного заболевания превышает риск первичного. В том же исследовании указано, что защита переболевших существует, но не упала ниже нуля.
Одним из признаков наличия АЗУИ было бы увеличение тяжести заболевания у иммунных, чего мы не наблюдаем. В действительности омикрон хорошо уклоняется от иммунного ответа, но при этом у вакцинированных защита от тяжёлого течения остаётся, судя по имеющимся данным. При этом разрабатывавшиеся вакцины для дельта-варианта, вполне вероятно, хуже защищали бы от заражения омикроном, чем вакцины на основе уханьского варианта. Фактически, омикрон эволюционировал достаточно далеко от основных вариантов, до этого распространённых в Южной Африке (как и во всём мире) [3] и научился обходить иммунный ответ.
Мы по-прежнему оцениваем вероятность АЗУИ как низкую. В реальности основная опасность омикрона, вероятно, будет исходить из событий суперспрединга [4]. Несмотря на заявления медицинских чиновников ЮАР, мы не склонны оценивать ситуацию как оптимистичную, учитывая крайне высокий базовый индекс репродукции омикрона (исходя из событий суперспрединга среди вакцинированных во время перелётов и на общественных мероприятиях).
Другую опасность представляет сдвиг в сторону заражения детей [5] и роста занятости педиатрических коек в ЮАР [6], в том числе в сторону группы 0-5 лет. Также непонятны возможные долгосрочные последствия заболевания – вполне вероятно, что мы узнаем о них не раньше, чем через полгода или позже.
Исходя из вышесказанного, в Восточной Европе, в том числе России, следует предположить ещё более пессимистичный сценарий развития событий, чем в ЮАР, учитывая низкую долю реально вакцинированных и наличие крайне сомнительных кандидатов в вакцины в гражданской вакцинации (таких, как Ковивак и Эпиваккорона).
Как и прежде, лучшей стратегией защиты является вакцинация, в том числе детей школьного возраста, в том числе после перенесённого заболевания COVID-19; ношение СИЗ; социальное дистанцирование.
Отсутствие вакцинации детей в России сыграет самую негативную роль в разворачивающемся процессе, так как вследствие вышеуказанного «стадный иммунитет», полученный вследствие переболевания дельтой, с большой степенью вероятности будет гораздо хуже работать против омикрона [2]. Немедленный ввод вакцин, прошедших III фазу КИ на взрослых и I/II фазы на детях, мог бы существенно снизить тяжкие последствия.
1. https://www.gazeta.ru/social/news/2021/12/04/n_16962877.shtml
2. Juliet R.C. Pulliam et al, Increased risk of SARS-CoV-2 reinfection associated with emergence of the Omicron variant in South Africa, https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.11.11.21266068v2
3. https://nextstrain.org/ncov/gisaid/africa
4. https://www.wsj.com/articles/omicron-cases-at-norway-christmas-party-provide-clues-on-new-variants-spread-11638554033
5. https://twitter.com/miamalan/status/1466680004809568256
6. https://www.reuters.com/world/africa/safrican-official-says-number-children-sick-with-covid-19-is-not-cause-panic-2021-12-04/
Чепурнов предположил возможность АЗУИ у переболевших [1] на основе моделирования рисков первичного/повторного заболевания [2]. Действительно, в этом исследовании говорится о снижении риска первичного заболевания для омикрона и об увеличении риска повторного, но это не значит, что риск повторного заболевания превышает риск первичного. В том же исследовании указано, что защита переболевших существует, но не упала ниже нуля.
Одним из признаков наличия АЗУИ было бы увеличение тяжести заболевания у иммунных, чего мы не наблюдаем. В действительности омикрон хорошо уклоняется от иммунного ответа, но при этом у вакцинированных защита от тяжёлого течения остаётся, судя по имеющимся данным. При этом разрабатывавшиеся вакцины для дельта-варианта, вполне вероятно, хуже защищали бы от заражения омикроном, чем вакцины на основе уханьского варианта. Фактически, омикрон эволюционировал достаточно далеко от основных вариантов, до этого распространённых в Южной Африке (как и во всём мире) [3] и научился обходить иммунный ответ.
Мы по-прежнему оцениваем вероятность АЗУИ как низкую. В реальности основная опасность омикрона, вероятно, будет исходить из событий суперспрединга [4]. Несмотря на заявления медицинских чиновников ЮАР, мы не склонны оценивать ситуацию как оптимистичную, учитывая крайне высокий базовый индекс репродукции омикрона (исходя из событий суперспрединга среди вакцинированных во время перелётов и на общественных мероприятиях).
Другую опасность представляет сдвиг в сторону заражения детей [5] и роста занятости педиатрических коек в ЮАР [6], в том числе в сторону группы 0-5 лет. Также непонятны возможные долгосрочные последствия заболевания – вполне вероятно, что мы узнаем о них не раньше, чем через полгода или позже.
Исходя из вышесказанного, в Восточной Европе, в том числе России, следует предположить ещё более пессимистичный сценарий развития событий, чем в ЮАР, учитывая низкую долю реально вакцинированных и наличие крайне сомнительных кандидатов в вакцины в гражданской вакцинации (таких, как Ковивак и Эпиваккорона).
Как и прежде, лучшей стратегией защиты является вакцинация, в том числе детей школьного возраста, в том числе после перенесённого заболевания COVID-19; ношение СИЗ; социальное дистанцирование.
Отсутствие вакцинации детей в России сыграет самую негативную роль в разворачивающемся процессе, так как вследствие вышеуказанного «стадный иммунитет», полученный вследствие переболевания дельтой, с большой степенью вероятности будет гораздо хуже работать против омикрона [2]. Немедленный ввод вакцин, прошедших III фазу КИ на взрослых и I/II фазы на детях, мог бы существенно снизить тяжкие последствия.
1. https://www.gazeta.ru/social/news/2021/12/04/n_16962877.shtml
2. Juliet R.C. Pulliam et al, Increased risk of SARS-CoV-2 reinfection associated with emergence of the Omicron variant in South Africa, https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.11.11.21266068v2
3. https://nextstrain.org/ncov/gisaid/africa
4. https://www.wsj.com/articles/omicron-cases-at-norway-christmas-party-provide-clues-on-new-variants-spread-11638554033
5. https://twitter.com/miamalan/status/1466680004809568256
6. https://www.reuters.com/world/africa/safrican-official-says-number-children-sick-with-covid-19-is-not-cause-panic-2021-12-04/
Омикрон-вариант SARS-CoV-2 и Спутник V
Центр Гамалеи опубликовал данные о падении нейтрализации в 11,8 раза с омикрон-вариантом коронавируса SARS-CoV-2 для вакцины Спутник V.
Незадолго до этого центр Гамалеи выпустил пресс-релиз [2], где обвинил авторов исследования «Broadly neutralizing antibodies overcome SARS-CoV-2 Omicron antigenic shift» [3] в намеренном («deliberately») использовании нерепрезентативных сывороток (нам не удалось обнаружить признаков намеренного искажения данных – какие сыворотки были, такие и взяли).
При этом опубликованные данные о нейтрализации ЦПД (цитопатического действия) вируса сывороткой плазмы иммунизированных Спутником V как раз содержат пример манипуляции данными: на представленной иллюстрации [4] титр нейтрализации для каждой вакцины выровнен по отметке 100%, хотя очевидно, что он будет разным для каждой вакцины (здесь можно было бы использовать violin plot вместо bar chart для того, чтобы отобразить реальные данные).
Представленные на другой иллюстрации [5] данные (можно взять за условную отсечку нейтрализацию 1:16) говорят о том, что по нейтрализации и длительности иммунитета Спутник V можно считать, вероятно, находящимся в одной категории с мРНК-вакцинами.
Гипотеза о том, что неиспользование пролинов вызывает меньшее падение в нейтрализации, вызывает всё большие сомнения, поскольку в исследовании [3] мы не видим подобной картины у вакцины AstraZeneca Vaxzevria/Covishield, которая содержит код «дикого» варианта S-белка.
Подобные пресс-релизы вызывают крайнюю озабоченность и не вызывают доверия, в особенности по сравнению с пресс-релизами компании Moderna, честно признавшими необходимость создания специфического для омикрон-варианта буста [6].
1. https://twitter.com/i/broadcasts/1lDGLLEnAEZGm
2. https://sputnikvaccine.com/newsroom/pressreleases/the-gamaleya-center-statement-omicron/
3. Elisabetta Cameroni et al, Broadly neutralizing antibodies overcome SARS-CoV-2 Omicron antigenic shift, https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.12.472269v1.full
4. https://twitter.com/sputnikvaccine/status/1471857926155419648/photo/1
5. https://twitter.com/sputnikvaccine/status/1471812455517011973/photo/1
6. Moderna announces strategy to address Omicron (B.1.1.529) SARS-COV-2 Variant, https://investors.modernatx.com/news/news-details/2021/Moderna-Announces-Strategy-to-Address-Omicron-B.1.1.529-SARS-CoV-2-Variant/default.aspx
Центр Гамалеи опубликовал данные о падении нейтрализации в 11,8 раза с омикрон-вариантом коронавируса SARS-CoV-2 для вакцины Спутник V.
Незадолго до этого центр Гамалеи выпустил пресс-релиз [2], где обвинил авторов исследования «Broadly neutralizing antibodies overcome SARS-CoV-2 Omicron antigenic shift» [3] в намеренном («deliberately») использовании нерепрезентативных сывороток (нам не удалось обнаружить признаков намеренного искажения данных – какие сыворотки были, такие и взяли).
При этом опубликованные данные о нейтрализации ЦПД (цитопатического действия) вируса сывороткой плазмы иммунизированных Спутником V как раз содержат пример манипуляции данными: на представленной иллюстрации [4] титр нейтрализации для каждой вакцины выровнен по отметке 100%, хотя очевидно, что он будет разным для каждой вакцины (здесь можно было бы использовать violin plot вместо bar chart для того, чтобы отобразить реальные данные).
Представленные на другой иллюстрации [5] данные (можно взять за условную отсечку нейтрализацию 1:16) говорят о том, что по нейтрализации и длительности иммунитета Спутник V можно считать, вероятно, находящимся в одной категории с мРНК-вакцинами.
Гипотеза о том, что неиспользование пролинов вызывает меньшее падение в нейтрализации, вызывает всё большие сомнения, поскольку в исследовании [3] мы не видим подобной картины у вакцины AstraZeneca Vaxzevria/Covishield, которая содержит код «дикого» варианта S-белка.
Подобные пресс-релизы вызывают крайнюю озабоченность и не вызывают доверия, в особенности по сравнению с пресс-релизами компании Moderna, честно признавшими необходимость создания специфического для омикрон-варианта буста [6].
1. https://twitter.com/i/broadcasts/1lDGLLEnAEZGm
2. https://sputnikvaccine.com/newsroom/pressreleases/the-gamaleya-center-statement-omicron/
3. Elisabetta Cameroni et al, Broadly neutralizing antibodies overcome SARS-CoV-2 Omicron antigenic shift, https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.12.472269v1.full
4. https://twitter.com/sputnikvaccine/status/1471857926155419648/photo/1
5. https://twitter.com/sputnikvaccine/status/1471812455517011973/photo/1
6. Moderna announces strategy to address Omicron (B.1.1.529) SARS-COV-2 Variant, https://investors.modernatx.com/news/news-details/2021/Moderna-Announces-Strategy-to-Address-Omicron-B.1.1.529-SARS-CoV-2-Variant/default.aspx
Падение титра нейтрализации ЦПД вируса SARS-CoV-2, омикрон-вариант
1. https://twitter.com/sputnikvaccine/status/1471812455517011973/photo/1
2. Elisabetta Cameroni et al, Broadly neutralizing antibodies overcome SARS-CoV-2 Omicron antigenic shift, https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.12.472269v1.full
1. https://twitter.com/sputnikvaccine/status/1471812455517011973/photo/1
2. Elisabetta Cameroni et al, Broadly neutralizing antibodies overcome SARS-CoV-2 Omicron antigenic shift, https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.12.472269v1.full
Омикрон-вариант, падение титра нейтрализации, центр Гамалеи
Вернёмся к теме ранее рассмотренного [1] нам пресс-релиза центра Гамалеи [2], где авторов исследования [3] обвинили в намеренном использовании нерепрезентативных сывороток.
Если мы внимательно сравним графики в постановках нейтрализации цитопатического действия вируса, выполненные командами Elisabetta Cameroni et al и центра Гамалеи [3,4], можно обнаружить, что данные центра Гамалеи располагаются строго по степеням двойки, а падение титра нейтрализации с омикрон-вариантом в 11,8 раза, вероятно, является средним значением (здесь применимо среднее геометрическое). Для удобства сравнения мы разместили графики на отдельной иллюстрации [5].
Расположение значений по степеням двойки говорит о том, что за значение титра взяли одно конкретное разведение. Погрешность в этом случае крайне велика, рекомендуется использовать более точные методы (как, например, описанный нами ранее метод Спирмена-Кербера [6]).
Таким образом, в представленном сравнении вакцин использовалось не только сравнение относительного падения титра нейтрализации [1] вместо абсолютных значений, но применялось ещё и некорректное сравнение более точных данных по падению нейтрализации сывороткой плазмы иммунизированных вакцинами BioNTech/Pfizer Comirnaty и Moderna Spikevax с гораздо менее точными данными, представленными центром Гамалеи.
Повторим, что, несмотря на то, что Спутник V, безусловно, является весьма эффективной вакциной, подобные пресс-релизы крайне негативно сказываются на репутации как центра Гамалеи, вакцины Спутник V, так и на всей прививочной кампании в целом.
1. https://t.me/vaccines_truth/40
2. https://sputnikvaccine.com/newsroom/pressreleases/the-gamaleya-center-statement-omicron/
3. Elisabetta Cameroni et al, Broadly neutralizing antibodies overcome SARS-CoV-2 Omicron antigenic shift, https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.12.472269v1.full
4. https://twitter.com/sputnikvaccine/status/1471812455517011973/photo/1
5. https://t.me/vaccines_truth/41
6. https://t.me/vaccines_truth/17
Вернёмся к теме ранее рассмотренного [1] нам пресс-релиза центра Гамалеи [2], где авторов исследования [3] обвинили в намеренном использовании нерепрезентативных сывороток.
Если мы внимательно сравним графики в постановках нейтрализации цитопатического действия вируса, выполненные командами Elisabetta Cameroni et al и центра Гамалеи [3,4], можно обнаружить, что данные центра Гамалеи располагаются строго по степеням двойки, а падение титра нейтрализации с омикрон-вариантом в 11,8 раза, вероятно, является средним значением (здесь применимо среднее геометрическое). Для удобства сравнения мы разместили графики на отдельной иллюстрации [5].
Расположение значений по степеням двойки говорит о том, что за значение титра взяли одно конкретное разведение. Погрешность в этом случае крайне велика, рекомендуется использовать более точные методы (как, например, описанный нами ранее метод Спирмена-Кербера [6]).
Таким образом, в представленном сравнении вакцин использовалось не только сравнение относительного падения титра нейтрализации [1] вместо абсолютных значений, но применялось ещё и некорректное сравнение более точных данных по падению нейтрализации сывороткой плазмы иммунизированных вакцинами BioNTech/Pfizer Comirnaty и Moderna Spikevax с гораздо менее точными данными, представленными центром Гамалеи.
Повторим, что, несмотря на то, что Спутник V, безусловно, является весьма эффективной вакциной, подобные пресс-релизы крайне негативно сказываются на репутации как центра Гамалеи, вакцины Спутник V, так и на всей прививочной кампании в целом.
1. https://t.me/vaccines_truth/40
2. https://sputnikvaccine.com/newsroom/pressreleases/the-gamaleya-center-statement-omicron/
3. Elisabetta Cameroni et al, Broadly neutralizing antibodies overcome SARS-CoV-2 Omicron antigenic shift, https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.12.472269v1.full
4. https://twitter.com/sputnikvaccine/status/1471812455517011973/photo/1
5. https://t.me/vaccines_truth/41
6. https://t.me/vaccines_truth/17
Омикрон – новый серотип?
Внимательно изучив данные по нейтрализации ЦПД омикрон-варианта [1], мы обратили внимание на возможность отделения омикрон-варианта в отдельный серотип (такие предположения уже делались [2]).
В настоящее время об этом рано говорить определённо, нужно показать следующее:
– существенное падение нейтрализации ЦПД омикрон-варианта сывороткой плазмы вакцинированных/реконвалесцентов (выполнено как минимум частично, однако нейтрализация всё ещё остаётся значительной с сывороткой плазмы ревакцинированных)
– пропорционально большую активность гомологичных антител
Для разных серотипов возможность коинфекции/суперинфекции представляет опасность с точки зрения рекомбинации генетического материала.
Формально омикрон-вариант пока что нельзя выделить в новый серотип, однако ситуация представляется крайне непростой.
1. https://t.me/vaccines_truth/41
2. https://t.me/healthpravda/899
Внимательно изучив данные по нейтрализации ЦПД омикрон-варианта [1], мы обратили внимание на возможность отделения омикрон-варианта в отдельный серотип (такие предположения уже делались [2]).
В настоящее время об этом рано говорить определённо, нужно показать следующее:
– существенное падение нейтрализации ЦПД омикрон-варианта сывороткой плазмы вакцинированных/реконвалесцентов (выполнено как минимум частично, однако нейтрализация всё ещё остаётся значительной с сывороткой плазмы ревакцинированных)
– пропорционально большую активность гомологичных антител
Для разных серотипов возможность коинфекции/суперинфекции представляет опасность с точки зрения рекомбинации генетического материала.
Формально омикрон-вариант пока что нельзя выделить в новый серотип, однако ситуация представляется крайне непростой.
1. https://t.me/vaccines_truth/41
2. https://t.me/healthpravda/899
Возражения Анче Барановой
Профессор Анча Баранова опубликовала пост [1] о перспективах иммунопрофилактики и лечения омикрон-варианта SARS-CoV-2. Нам бы хотелось разобрать некоторые утверждения
Слайд 2: BioNTech Comirnaty и Moderna Spikevax сохраняют больше остаточной активности, чем Janssen, AstraZeneca Vaxzevria и Спутник V. Так сказать нельзя. Как видим, сыворотки иммунизированных Спутником изначально обладали низкой активностью, и здесь, скорее, вопрос репрезентативности этих выборок [2], о чём Анча Баранова и говорила на своём стриме [3].
Слайд 3: Важен не тип вакцины, а количество антител в BAU. Так опять же сказать нельзя, например, падение эффективности инактивированных вакцин (Sinopharm и Sinovac, Ковивак вакциной назвать нельзя) в отношении предотвращения тяжёлого заболевания может быть более существенным, чем у векторных и мРНК, именно за счёт отсутствия/крайне слабого T-клеточного цитотоксического ответа. Также мы ориентировались бы на давность вакцинации (наиболее реалистичными выглядят сроки ревакцинации 4-5 месяцев, а не 6).
Слайд 5: Антитела к RBD больше не имеют значения. Мы можем так сказать только про конкретные моноклональные антитела, но не про любые антитела к RBD в целом.
Слайд 7: Терапия рекомбинантным ангиотензинпревращающим ферментом (АПФ2, ACE2) никогда не показывала никакой эффективности in vivo, хотя статьи о попытках создания такой терапии появлялись как в 2020, так и в 2021 [4] годах. Попытки применения препаратов такого рода (ингибиторов слияния) были предприняты в отношении ВИЧ, но успех был сомнителен.
Мы призываем к особо тщательному выбору формулировок высказываний. Также мы с крайним скепсисом относимся к йота-каррагинану, поскольку за ним не стоит никакой серьёзной доказательной базы in vivo.
1. https://t.me/anchabaranova/208
2. https://t.me/vaccines_truth/40
3. https://www.youtube.com/watch?v=1B68mdYh5Lw
4. Liang Guo et al, Engineered trimeric ACE2 binds viral spike protein and locks it in “Three-up” conformation to potently inhibit SARS-CoV-2 infection, https://www.nature.com/articles/s41422-020-00438-w
Профессор Анча Баранова опубликовала пост [1] о перспективах иммунопрофилактики и лечения омикрон-варианта SARS-CoV-2. Нам бы хотелось разобрать некоторые утверждения
Слайд 2: BioNTech Comirnaty и Moderna Spikevax сохраняют больше остаточной активности, чем Janssen, AstraZeneca Vaxzevria и Спутник V. Так сказать нельзя. Как видим, сыворотки иммунизированных Спутником изначально обладали низкой активностью, и здесь, скорее, вопрос репрезентативности этих выборок [2], о чём Анча Баранова и говорила на своём стриме [3].
Слайд 3: Важен не тип вакцины, а количество антител в BAU. Так опять же сказать нельзя, например, падение эффективности инактивированных вакцин (Sinopharm и Sinovac, Ковивак вакциной назвать нельзя) в отношении предотвращения тяжёлого заболевания может быть более существенным, чем у векторных и мРНК, именно за счёт отсутствия/крайне слабого T-клеточного цитотоксического ответа. Также мы ориентировались бы на давность вакцинации (наиболее реалистичными выглядят сроки ревакцинации 4-5 месяцев, а не 6).
Слайд 5: Антитела к RBD больше не имеют значения. Мы можем так сказать только про конкретные моноклональные антитела, но не про любые антитела к RBD в целом.
Слайд 7: Терапия рекомбинантным ангиотензинпревращающим ферментом (АПФ2, ACE2) никогда не показывала никакой эффективности in vivo, хотя статьи о попытках создания такой терапии появлялись как в 2020, так и в 2021 [4] годах. Попытки применения препаратов такого рода (ингибиторов слияния) были предприняты в отношении ВИЧ, но успех был сомнителен.
Мы призываем к особо тщательному выбору формулировок высказываний. Также мы с крайним скепсисом относимся к йота-каррагинану, поскольку за ним не стоит никакой серьёзной доказательной базы in vivo.
1. https://t.me/anchabaranova/208
2. https://t.me/vaccines_truth/40
3. https://www.youtube.com/watch?v=1B68mdYh5Lw
4. Liang Guo et al, Engineered trimeric ACE2 binds viral spike protein and locks it in “Three-up” conformation to potently inhibit SARS-CoV-2 infection, https://www.nature.com/articles/s41422-020-00438-w
Опубликованная Росстатом статистика за ноябрь 2021 года [1] показывает, что прогнозы по избыточной смертности были верны. Если свести данные за 2015-2019 годы, то построенный линейный тренд покажет следующие прогнозируемые значения смертности:
2015 – 147626
2016 – 156836
2017 – 145248
2018 – 143519
2019 – 141331
2020 – 139139 (прогноз) / 219872 (реальное значение)
2021 – 136549 (прогноз) / 257292 (реальное значение)
Таким образом, избыточная смертность составила 80733 человека в ноябре 2020 года и 120743 человека в ноябре 2021 года.
Указанное значение 87527 ковид-ассоциированных смертей, которое находится гораздо ближе к реальности по сравнению с цифрами Оперштаба, всё равно говорит о недоучёте 27,5%.
Смерть 0,1% населения страны от ковида за 1 месяц, несомненно, является катастрофой.
1. https://rosstat.gov.ru/storage/mediabank/2021_edn11.htm
2015 – 147626
2016 – 156836
2017 – 145248
2018 – 143519
2019 – 141331
2020 – 139139 (прогноз) / 219872 (реальное значение)
2021 – 136549 (прогноз) / 257292 (реальное значение)
Таким образом, избыточная смертность составила 80733 человека в ноябре 2020 года и 120743 человека в ноябре 2021 года.
Указанное значение 87527 ковид-ассоциированных смертей, которое находится гораздо ближе к реальности по сравнению с цифрами Оперштаба, всё равно говорит о недоучёте 27,5%.
Смерть 0,1% населения страны от ковида за 1 месяц, несомненно, является катастрофой.
1. https://rosstat.gov.ru/storage/mediabank/2021_edn11.htm
С новым годом!
Бактерии, агар.
Источник: https://www.glendale.edu/academics/academic-divisions/biology/biology-undergraduate-research-collaborative/agar-bacterial-art
Бактерии, агар.
Источник: https://www.glendale.edu/academics/academic-divisions/biology/biology-undergraduate-research-collaborative/agar-bacterial-art
Сравнение вакцин.png
685.1 KB
Попробовали сделать простую инфографику о вакцинах
В прошлом году мы опубликовали разбор интервью Жолобак в четырёх частях. Кажется, сейчас нам удалось разобраться с telegraph и собрать этот разбор в одну статью:
https://telegra.ph/Razbor-intervyu-ZHolobak-01-23
https://telegra.ph/Razbor-intervyu-ZHolobak-01-23
Telegraph
Разбор интервью Жолобак
Нас попросили прокомментировать интервью Жолобак «Это не панацея, а моделирование вирусного инфекционного процесса» [1]. Мы использовали уже имевшийся разбор статьи Жолобак в чате сомнений системы V1V2 [2] с разрешения автора. Итак, по словам Жолобак,
Вакцина «Конвасэл» СПбВНИИС ФМБА
Согласно данным, предоставленным СПбВНИИС, вакцина «Конвасэл» содержит рекомбинантный N-белок вируса SARS-CoV-2, полученный в E.coli, и рассчитана на получение T-клеточного иммунитета [1].
Иммуногенность Конвасэла определялась по сероконверсии испытуемых (IgG к N-белку) и наличию активированных CD4+ T-клеток. Проверка наличия CD4+ является в данном случае абслютно лишней: если есть IgG к N, то CD4+ клетки (T-хелперы) существуют. Однако это свидетельствует лишь о наличии гуморального ответа, а вовсе не T-клеточного цитотоксического [2]. Гуморальный ответ к N-белку не может связывать и нейтрализовать вирионы: N-белок находится внутри вириона и недоступен для антител. Т-хелперы непосредственно задействованы в формировании гуморального ответа – они активируют B-клетки. T-клеточный цитотоксический ответ реализуется посредством T-киллеров и в случае вакцины Конвасэл, очевидно, не наблюдался.
Также заявляется [1], что СПбВНИИС наблюдали антителозависимую цитотоксичность. Это заявление звучит как минимум странно: нуклеокапсидный белок не является мембранным, что является необходимым условием для реализации этого механизма защиты.
На данный момент можно с высокой вероятностью заявить, что эффективность этого кандидата в вакцины будет равна нулю.
1. https://spbniivs.ru/press-center/news/fmba-rossii-podalo-zayavlenie-v-minzdrav-rossii-na-gosudarstvennuyu-registratsiyu-vaktsiny-konvasel/
2. https://t.me/vaccines_truth/4
Согласно данным, предоставленным СПбВНИИС, вакцина «Конвасэл» содержит рекомбинантный N-белок вируса SARS-CoV-2, полученный в E.coli, и рассчитана на получение T-клеточного иммунитета [1].
Иммуногенность Конвасэла определялась по сероконверсии испытуемых (IgG к N-белку) и наличию активированных CD4+ T-клеток. Проверка наличия CD4+ является в данном случае абслютно лишней: если есть IgG к N, то CD4+ клетки (T-хелперы) существуют. Однако это свидетельствует лишь о наличии гуморального ответа, а вовсе не T-клеточного цитотоксического [2]. Гуморальный ответ к N-белку не может связывать и нейтрализовать вирионы: N-белок находится внутри вириона и недоступен для антител. Т-хелперы непосредственно задействованы в формировании гуморального ответа – они активируют B-клетки. T-клеточный цитотоксический ответ реализуется посредством T-киллеров и в случае вакцины Конвасэл, очевидно, не наблюдался.
Также заявляется [1], что СПбВНИИС наблюдали антителозависимую цитотоксичность. Это заявление звучит как минимум странно: нуклеокапсидный белок не является мембранным, что является необходимым условием для реализации этого механизма защиты.
На данный момент можно с высокой вероятностью заявить, что эффективность этого кандидата в вакцины будет равна нулю.
1. https://spbniivs.ru/press-center/news/fmba-rossii-podalo-zayavlenie-v-minzdrav-rossii-na-gosudarstvennuyu-registratsiyu-vaktsiny-konvasel/
2. https://t.me/vaccines_truth/4
Смертность, итоги 2020-2021 годов
Избыточная смертность в России за 2020-2021 годы составила 1.066.191 человек. Большей части этих смертей можно было бы избежать.
https://telegra.ph/Smertnost-itogi-2020-2021-godov-01-29
Избыточная смертность в России за 2020-2021 годы составила 1.066.191 человек. Большей части этих смертей можно было бы избежать.
https://telegra.ph/Smertnost-itogi-2020-2021-godov-01-29
Telegraph
Смертность, итоги 2020-2021 годов
Правда о прививках Росстат опубликовал статистику за декабрь 2021 года [1]. Если взять все доступные данные по смертности (начиная с 2015 года) и посчитать (учитывая сезонность) помесячный тренд смертности методом наименьших квадратов, мы можем посчитать…
Вакцинация подростков и детей: Moderna Spikevax, Спутник М
Начинаются исследования вакцин для возрастной группы 6-11 лет
https://telegra.ph/Vakcinaciya-podrostkov-i-detej-Moderna-Spikevax-Sputnik-M-02-01
Начинаются исследования вакцин для возрастной группы 6-11 лет
https://telegra.ph/Vakcinaciya-podrostkov-i-detej-Moderna-Spikevax-Sputnik-M-02-01
Telegraph
Вакцинация подростков и детей: Moderna Spikevax, Спутник М
Исследование [1], показывающее нейтрализацию после вакцинации Moderna mRNA-1273 (Spikevax) у подростков и детей в сравнении со взрослыми. 3 группы: 18+, 12-17, 6-11 лет, показано наличие нейтрализации как D614G (одного из корневых вариантов, начавшего доминировать…
Вакцинация подростков Спутником М: нежелательные явления умеренны
Мы проанализировали первые 47 отчётов о вакцинации подростков Спутником М из чата народных отчётов системы V1V2
https://telegra.ph/Vakcinaciya-podrostkov-Sputnikom-M-nezhelatelnye-yavleniya-umerenny-02-01
Мы проанализировали первые 47 отчётов о вакцинации подростков Спутником М из чата народных отчётов системы V1V2
https://telegra.ph/Vakcinaciya-podrostkov-Sputnikom-M-nezhelatelnye-yavleniya-umerenny-02-01
Telegraph
Вакцинация подростков Спутником М: нежелательные явления умеренны
Мы проанализировали первые 47 отчётов о вакцинации подростков Спутником М из чата народных отчётов системы V1V2 [1]. Разумеется, эти данные можно считать исключительно предварительными, и, без сомнения, V1V2 проведут собственное исследование, но нам бы хотелось…
Структура биополимеров: N- и C-концы пептидов
Немного о том, что обозначают NTD и CTD в структуре белка.
https://telegra.ph/Struktura-biopolimerov-N--i-C-koncy-peptidov-02-03
Немного о том, что обозначают NTD и CTD в структуре белка.
https://telegra.ph/Struktura-biopolimerov-N--i-C-koncy-peptidov-02-03
Telegraph
Структура биополимеров: N- и C-концы пептидов
Как нам известно, белки состоят из аминокислот, а точнее, из 20 конкретных аминокислот. Каждая аминокислота состоит из аминогруппы (N-группы) -NH2, карбоксильной группы (C-группы) -COOH и радикала R, отличающегося для каждой из аминокислот. N-группа, C-группа…
Вакцинация подростков продолжается, и количество отчётов [1] о вакцинации Спутником М увеличилось на 50%. Мы обновили нашу инфографику по нежелательным явлениям с учётом старых данных и новых отчётов.
[1] https://t.me/Sputnik_results
[1] https://t.me/Sputnik_results
Некоторые комментарии к диагностике при подозрении на инфекцию COVID-19
С начала пандемии COVID-19 возник вопрос о дифференциальной диагностике этого заболевания. В связи с отсутствием наборов для тестирования (ПЦР) диагноз мог ставиться по картине интерстициальной пневмонии по КТ, что, в связи с широким распространением заболевания, почти всегда свидетельствовало в пользу COVID-19, однако оставался ряд исключений: например, пневмоцистная пневмония, характерная для иммунокомпрометированных пациентов (в основном ВИЧ+) даёт схожую картину («матовое стекло»).
С появлением тест-наборов ситуация должна была бы улучшиться, однако, в связи с высокой нагрузкой тест-центров, вызванной в том числе провалом стратегии борьбы с пандемией в отдельно взятых странах [1], ошибками при заборе и хранении образцов и другими факторами не всегда точный диагноз становится известен.
Здесь мы рассмотрим один кейс, описанный Андреем Кочетковым из присланных ему документов.
Пациентка 34 лет обратилась с жалобами на осиплость голоса, лающий кашель («тюлений лай») и фебрильную температуру (39ºC). Проведённое обследование показало:
ПЦР SARS-CoV-2 отрицательно
СОЭ 36
T 38,4ºC
SpO2 97%
КТ лёгких без признаков очаговых и инфильтративных изменений
Все остальные показатели в норме.
Назначены парацетамол/амоксиклав. Сбить температуру удаётся только аспирин/анальгин. Улучшения не наблюдается, консультация пульмонолога результатов не приносит. Предполагаются постковидные проявления.
В итоге ответ даёт серология: IgM к Bordetella pertussis выше референса, IgG чуть ниже референса, диагноз – коклюш.
В России в национальный календарь профилактических прививок [2] входит ревакцинация против дифтерии и столбняка каждые 10 лет (вакцина АДС-М [3]) без коклюшного компонента, присутствующего в вакцине Адасель [4] и некоторых других. Соответственно взрослые оказываются незащищёнными против этого чрезвычайно опасного заболевания.
Коклюш наиболее опасен для детей до 2 лет, однако это не значит, что он не опасен для взрослых: напряжённость иммунитета со временем падает, и в отсутствие ревакцинации коклюш может привести к тяжёлым последствиям, включающим в себя пневмоторакс, энцефалопатию как результат гипоксии, сломанные в результате кашля рёбра и многое другое [5].
Масштабы распространения коклюша среди взрослых могут быть достаточно велики в силу недостаточной диагностики этого заболевания (например, в качестве диагноза может фигурировать хронический бронхит).
Со своей стороны мы призываем включить вакцинацию от коклюша в национальный календарь прививок. Пока этого не произошло, мы бы рекомендовали делать индивидуальный выбор в пользу вакцины, включающей в себя коклюшный компонент.
1. Правда о прививках, Смертность, итоги 2020-2021 годов, https://telegra.ph/Smertnost-itogi-2020-2021-godov-01-29
2. Национальный календарь профилактических прививок, https://minzdrav.gov.ru/opendata/7707778246-natskalendarprofilakprivivok2015/visual
3. ViDAL, Анатоксин дифтерийно-столбнячный очищенный адсорбированный с уменьшенным содержанием антигенов жидкий (АДС-М анатоксин) (Anatoxinum diphthericotetanicum purificatum adsorptum fluidum (ADT-anatoxinum)), https://www.vidal.ru/drugs/anatoxinum_diphthericotetanicum_purificatum_adsorptum_fluidum_adt-anatoxinum___18929
4. ViDAL, Адасель® (Adacel) инструкция по применению, https://www.vidal.ru/drugs/adacel
5. CDC, Pertussis (Whooping cough): Clinical Complications, https://www.cdc.gov/pertussis/clinical/complications.html
С начала пандемии COVID-19 возник вопрос о дифференциальной диагностике этого заболевания. В связи с отсутствием наборов для тестирования (ПЦР) диагноз мог ставиться по картине интерстициальной пневмонии по КТ, что, в связи с широким распространением заболевания, почти всегда свидетельствовало в пользу COVID-19, однако оставался ряд исключений: например, пневмоцистная пневмония, характерная для иммунокомпрометированных пациентов (в основном ВИЧ+) даёт схожую картину («матовое стекло»).
С появлением тест-наборов ситуация должна была бы улучшиться, однако, в связи с высокой нагрузкой тест-центров, вызванной в том числе провалом стратегии борьбы с пандемией в отдельно взятых странах [1], ошибками при заборе и хранении образцов и другими факторами не всегда точный диагноз становится известен.
Здесь мы рассмотрим один кейс, описанный Андреем Кочетковым из присланных ему документов.
Пациентка 34 лет обратилась с жалобами на осиплость голоса, лающий кашель («тюлений лай») и фебрильную температуру (39ºC). Проведённое обследование показало:
ПЦР SARS-CoV-2 отрицательно
СОЭ 36
T 38,4ºC
SpO2 97%
КТ лёгких без признаков очаговых и инфильтративных изменений
Все остальные показатели в норме.
Назначены парацетамол/амоксиклав. Сбить температуру удаётся только аспирин/анальгин. Улучшения не наблюдается, консультация пульмонолога результатов не приносит. Предполагаются постковидные проявления.
В итоге ответ даёт серология: IgM к Bordetella pertussis выше референса, IgG чуть ниже референса, диагноз – коклюш.
В России в национальный календарь профилактических прививок [2] входит ревакцинация против дифтерии и столбняка каждые 10 лет (вакцина АДС-М [3]) без коклюшного компонента, присутствующего в вакцине Адасель [4] и некоторых других. Соответственно взрослые оказываются незащищёнными против этого чрезвычайно опасного заболевания.
Коклюш наиболее опасен для детей до 2 лет, однако это не значит, что он не опасен для взрослых: напряжённость иммунитета со временем падает, и в отсутствие ревакцинации коклюш может привести к тяжёлым последствиям, включающим в себя пневмоторакс, энцефалопатию как результат гипоксии, сломанные в результате кашля рёбра и многое другое [5].
Масштабы распространения коклюша среди взрослых могут быть достаточно велики в силу недостаточной диагностики этого заболевания (например, в качестве диагноза может фигурировать хронический бронхит).
Со своей стороны мы призываем включить вакцинацию от коклюша в национальный календарь прививок. Пока этого не произошло, мы бы рекомендовали делать индивидуальный выбор в пользу вакцины, включающей в себя коклюшный компонент.
1. Правда о прививках, Смертность, итоги 2020-2021 годов, https://telegra.ph/Smertnost-itogi-2020-2021-godov-01-29
2. Национальный календарь профилактических прививок, https://minzdrav.gov.ru/opendata/7707778246-natskalendarprofilakprivivok2015/visual
3. ViDAL, Анатоксин дифтерийно-столбнячный очищенный адсорбированный с уменьшенным содержанием антигенов жидкий (АДС-М анатоксин) (Anatoxinum diphthericotetanicum purificatum adsorptum fluidum (ADT-anatoxinum)), https://www.vidal.ru/drugs/anatoxinum_diphthericotetanicum_purificatum_adsorptum_fluidum_adt-anatoxinum___18929
4. ViDAL, Адасель® (Adacel) инструкция по применению, https://www.vidal.ru/drugs/adacel
5. CDC, Pertussis (Whooping cough): Clinical Complications, https://www.cdc.gov/pertussis/clinical/complications.html
Вакцинация подростков Спутником М: нежелательные явления по возрастнополовым группам
Разбивка по возрастнополовым группам не показывает статистически значимого отличия в частоте нежелательных явлений между ними.
В то же самое время Министерство здравоохранения РФ выдало разрешение на проведение 3 фазы КИ кандидата в вакцины «КовиВак» с участием детей.
https://telegra.ph/Vakcinaciya-podrostkov-Sputnikom-M-nezhelatelnye-yavleniya-po-vozrastnopolovym-gruppam-02-08
Разбивка по возрастнополовым группам не показывает статистически значимого отличия в частоте нежелательных явлений между ними.
В то же самое время Министерство здравоохранения РФ выдало разрешение на проведение 3 фазы КИ кандидата в вакцины «КовиВак» с участием детей.
https://telegra.ph/Vakcinaciya-podrostkov-Sputnikom-M-nezhelatelnye-yavleniya-po-vozrastnopolovym-gruppam-02-08
Telegraph
Вакцинация подростков Спутником М: нежелательные явления по возрастнополовым группам
Ранее мы проводили предварительную оценку наиболее частых нежелательных явлений после вакцинации подростков (12-17 лет) вакциной Гам-КОВИД-Вак-М (Спутник М) [1] на основе данных народных отчётов о вакцинации системы V1V2 [2]. Новые данные подтверждают наше…