Ревакцинация обязательна
Препринт, показывающий эффективность вакцин от COVID-19 на протяжении 9 месяцев на основании ретроспективного анализа [1].
Если коротко: Comirnaty показала снижение с 92% на 15-30 день (сравнимо со Спутник V) до 47% на 121-180 день (4-6 месяцев). С 211 дня (7 месяцев) эффективность была ниже пределов определения (23%, сравнимо с Ковиваком на 15-30 день). Эффективность против тяжёлых заболеваний же оставалось высокой на протяжении всего периода, но не для мужчин, пожилых и людей с сопутствующими заболеваниями.
Вакцина Vaxzevria/Covishield не обнаруживала эффективность начиная со 121 дня (4 месяца).
Вывод, сделанный исследователями: эффективность вакцин снижается со временем (что неудивительно), с разной скоростью в зависимости от типа вакцины и от пола/возраста вакцинированных (у мужчин и пожилых быстрее).
Хотя данные исследования, вероятно, не являются чистыми – группа непривитых мала и может состоять из преимущественно переболевших – падение эффективности вакцин со временем является бесспорным фактом, хотя, возможно, оно не столь значительно, как заявляется в исследовании.
Можем добавить, что ревакцинацию после инактивированных вакцин желательно провести не позже 4 месяцев от даты полной вакцинации, после мРНК-вакцин – 6-8 месяцев от даты полной вакцинации. Выбор интервала 6 месяцев для ревакцинации после Спутника V представляется разумным.
Вышесказанное не говорит о том, что дата следующей ревакцинации также должна быть назначена через полгода от даты первой ревакцинации; мы не знаем, насколько хорошо сохраняется иммунитет после третьей дозы вакцины. По всей видимости, этот интервал составит от 6 месяцев до 1 года (об интервале в 1 год также заявлял глава Pfizer [2]; объявление конкретных сроков, на наш взгляд, несколько преждевременно).
Добавим, что надежды на «клеточный иммунитет», что бы под этим ни подразумевалось, не оправдываются. B-клетки памяти, вероятнее всего, не успевают сработать в случае инфицирования дельта-вариантом SARS-CoV-2, а ответ T-киллеров, судя по всему, не играет решающей роли [3,4].
1. Peter Nordström et al, Effectiveness of Covid-19 Vaccination Against Risk of Symptomatic Infection, Hospitalization, and Death Up to 9 Months: A Swedish Total-Population Cohort Study, https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3949410
2. The Conversation, 3 doses, then 1 each year: why Pfizer, not AstraZeneca, is the best bet for the long haul, https://theconversation.com/3-doses-then-1-each-year-why-pfizer-not-astrazeneca-is-the-best-bet-for-the-long-haul-159137
3. GET OUT OF ME, https://t.me/getout_ofme/30
4. Ivan A. Molodtsov et al, A prospective study of the protective effect of SARS-CoV-2–specific antibodies and T cells in Moscow residents, https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.19.21262278v1
Препринт, показывающий эффективность вакцин от COVID-19 на протяжении 9 месяцев на основании ретроспективного анализа [1].
Если коротко: Comirnaty показала снижение с 92% на 15-30 день (сравнимо со Спутник V) до 47% на 121-180 день (4-6 месяцев). С 211 дня (7 месяцев) эффективность была ниже пределов определения (23%, сравнимо с Ковиваком на 15-30 день). Эффективность против тяжёлых заболеваний же оставалось высокой на протяжении всего периода, но не для мужчин, пожилых и людей с сопутствующими заболеваниями.
Вакцина Vaxzevria/Covishield не обнаруживала эффективность начиная со 121 дня (4 месяца).
Вывод, сделанный исследователями: эффективность вакцин снижается со временем (что неудивительно), с разной скоростью в зависимости от типа вакцины и от пола/возраста вакцинированных (у мужчин и пожилых быстрее).
Хотя данные исследования, вероятно, не являются чистыми – группа непривитых мала и может состоять из преимущественно переболевших – падение эффективности вакцин со временем является бесспорным фактом, хотя, возможно, оно не столь значительно, как заявляется в исследовании.
Можем добавить, что ревакцинацию после инактивированных вакцин желательно провести не позже 4 месяцев от даты полной вакцинации, после мРНК-вакцин – 6-8 месяцев от даты полной вакцинации. Выбор интервала 6 месяцев для ревакцинации после Спутника V представляется разумным.
Вышесказанное не говорит о том, что дата следующей ревакцинации также должна быть назначена через полгода от даты первой ревакцинации; мы не знаем, насколько хорошо сохраняется иммунитет после третьей дозы вакцины. По всей видимости, этот интервал составит от 6 месяцев до 1 года (об интервале в 1 год также заявлял глава Pfizer [2]; объявление конкретных сроков, на наш взгляд, несколько преждевременно).
Добавим, что надежды на «клеточный иммунитет», что бы под этим ни подразумевалось, не оправдываются. B-клетки памяти, вероятнее всего, не успевают сработать в случае инфицирования дельта-вариантом SARS-CoV-2, а ответ T-киллеров, судя по всему, не играет решающей роли [3,4].
1. Peter Nordström et al, Effectiveness of Covid-19 Vaccination Against Risk of Symptomatic Infection, Hospitalization, and Death Up to 9 Months: A Swedish Total-Population Cohort Study, https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3949410
2. The Conversation, 3 doses, then 1 each year: why Pfizer, not AstraZeneca, is the best bet for the long haul, https://theconversation.com/3-doses-then-1-each-year-why-pfizer-not-astrazeneca-is-the-best-bet-for-the-long-haul-159137
3. GET OUT OF ME, https://t.me/getout_ofme/30
4. Ivan A. Molodtsov et al, A prospective study of the protective effect of SARS-CoV-2–specific antibodies and T cells in Moscow residents, https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.19.21262278v1
Поскольку к нашей небольшой заметке «мРНК-вакцины хуже, чем векторные?» [1] возникли вопросы, нам бы хотелось проиллюстрировать увиденные нами данные.
Речь идёт о вопросе «Как вообще можно заподозрить буст там, где уровень bau вроде бы достаточно равномерно снижается?» [2]. Здесь мы настоятельно рекомендуем смотреть на диаграммы не в рассматриваемой статье [3], а в приложении к ней [4 Fig S1] – в представленной диаграмме чётко виден рост титра антител. Мы добавили симулированные данные для сравнения.
[1] Правда о прививках, мРНК-вакцины хуже, чем векторные?, https://t.me/vaccines_truth/29
[2] Врачи и учёные против COVID-19, https://t.me/doctors_scientists_against_covid/150487
[3] Ai-ris Y. Collier et al, Differential Kinetics of Immune Responses Elicited by Covid-19 Vaccines, https://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMc2115596
[4] Ai-ris Y. Collier et al, https://www.nejm.org/doi/suppl/10.1056/NEJMc2115596/suppl_file/nejmc2115596_appendix.pdf
Речь идёт о вопросе «Как вообще можно заподозрить буст там, где уровень bau вроде бы достаточно равномерно снижается?» [2]. Здесь мы настоятельно рекомендуем смотреть на диаграммы не в рассматриваемой статье [3], а в приложении к ней [4 Fig S1] – в представленной диаграмме чётко виден рост титра антител. Мы добавили симулированные данные для сравнения.
[1] Правда о прививках, мРНК-вакцины хуже, чем векторные?, https://t.me/vaccines_truth/29
[2] Врачи и учёные против COVID-19, https://t.me/doctors_scientists_against_covid/150487
[3] Ai-ris Y. Collier et al, Differential Kinetics of Immune Responses Elicited by Covid-19 Vaccines, https://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMc2115596
[4] Ai-ris Y. Collier et al, https://www.nejm.org/doi/suppl/10.1056/NEJMc2115596/suppl_file/nejmc2115596_appendix.pdf
Возможен ли конец пандемии?
...в тот момент, когда прививки и лекарства станут доступными во всем мире, пандемия закончится. По словам представителя компании Moderna, это может случится к осени 2023 года… [1]
Мы с огромным интересом наблюдали за распространением вариантов SARS-CoV-2 вне человеческой популяции. Как известно, практически с самого начала пандемии появились надёжные свидетельства передачи вируса от человека куньим (европейская норка), дальнейшей передачи вируса между норками и обратной передачи человеку [2,3]. Тогда речь шла о вспышке коронавирусной инфекции на зверофермах.
Возможность появления параллельной ветви эволюции SARS-CoV-2 среди животных вызывает особые опасения; беспокойство связано в том числе с быстрым уходом от нейтрализации благодаря приобретённым мутациям [4]. Для минимизации рисков этого была разработана вакцина Карнивак-Ков [5,6].
К сожалению, новости из США не самые радостные: в популяциях белохвостых оленей, живущих как в неволе, так и на свободе, зарегистрирована множественная передача SARS-CoV-2 от человека к животным и дальнейшее распространение вируса от оленей к оленям в популяции [7].
Данная публикация имеет статус препринта, однако представленные данные вызывают серьёзные опасения в том, что пандемию COVID-19 вообще удастся когда-либо прекратить.
1. https://t.me/israeltoday/3880
2. N. Oreshkova et al, SARS-CoV-2 infection in farmed minks, the Netherlands, April and May 2020, https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.23.2001005
3. A. Hammer et al, SARS-CoV-2 Transmission between Mink (Neovison vison) and Humans, Denmark, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7853580/
4. M. Hoffmann, SARS-CoV-2 mutations acquired in mink reduce antibody-mediated neutralization, https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2211124721003314
5. ФГБУ «ВНИИЗЖ», В России зарегистрирована первая в мире вакцина против новой коронавирусной инфекции COVID-19 для животных, разработанная учёными Россельхознадзора, https://www.arriah.ru/press-sluzhba/covid-19/?ELEMENT_ID=12096
6. Т. Галкина et al, Ветеринария сегодня, Создание вакцины против коронавирусной инфекции (COVID-19) плотоядных животных «Карнивак-Ков», https://veterinary.arriah.ru/jour/article/view/555/654
7. S. Kuchipudi et al, Multiple spillovers and onward transmission of SARS-Cov-2 in free-living and captive White-tailed deer (Odocoileus virginianus), https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.10.31.466677v1
...в тот момент, когда прививки и лекарства станут доступными во всем мире, пандемия закончится. По словам представителя компании Moderna, это может случится к осени 2023 года… [1]
Мы с огромным интересом наблюдали за распространением вариантов SARS-CoV-2 вне человеческой популяции. Как известно, практически с самого начала пандемии появились надёжные свидетельства передачи вируса от человека куньим (европейская норка), дальнейшей передачи вируса между норками и обратной передачи человеку [2,3]. Тогда речь шла о вспышке коронавирусной инфекции на зверофермах.
Возможность появления параллельной ветви эволюции SARS-CoV-2 среди животных вызывает особые опасения; беспокойство связано в том числе с быстрым уходом от нейтрализации благодаря приобретённым мутациям [4]. Для минимизации рисков этого была разработана вакцина Карнивак-Ков [5,6].
К сожалению, новости из США не самые радостные: в популяциях белохвостых оленей, живущих как в неволе, так и на свободе, зарегистрирована множественная передача SARS-CoV-2 от человека к животным и дальнейшее распространение вируса от оленей к оленям в популяции [7].
Данная публикация имеет статус препринта, однако представленные данные вызывают серьёзные опасения в том, что пандемию COVID-19 вообще удастся когда-либо прекратить.
1. https://t.me/israeltoday/3880
2. N. Oreshkova et al, SARS-CoV-2 infection in farmed minks, the Netherlands, April and May 2020, https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.23.2001005
3. A. Hammer et al, SARS-CoV-2 Transmission between Mink (Neovison vison) and Humans, Denmark, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7853580/
4. M. Hoffmann, SARS-CoV-2 mutations acquired in mink reduce antibody-mediated neutralization, https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2211124721003314
5. ФГБУ «ВНИИЗЖ», В России зарегистрирована первая в мире вакцина против новой коронавирусной инфекции COVID-19 для животных, разработанная учёными Россельхознадзора, https://www.arriah.ru/press-sluzhba/covid-19/?ELEMENT_ID=12096
6. Т. Галкина et al, Ветеринария сегодня, Создание вакцины против коронавирусной инфекции (COVID-19) плотоядных животных «Карнивак-Ков», https://veterinary.arriah.ru/jour/article/view/555/654
7. S. Kuchipudi et al, Multiple spillovers and onward transmission of SARS-Cov-2 in free-living and captive White-tailed deer (Odocoileus virginianus), https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.10.31.466677v1
Forwarded from GET OUT OF ME
Просим прощения у дорогих подписчиков, но сейчас не совсем о науке. Впрочем, скоро будет интересный пост о роли генетики хозяина в патогенезе COVID-19.
Недавно вновь всплыло смешное доковидное видео, в котором у иконы антивакцинаторов Александра НАШЕ ВСЁ Редько находят гору поддельных ксив. Полицейские со смехом читают фейковые звания разоблачителя вакцин, а он с серьезным лицом говорит: "Вы считаете, я что-то подделал?".
Вы когда-нибудь интересовались темой докторской диссертации Александра Алексеевича? Согласно биографическим статьям, он защитил докторскую диссертацию на тему "Здоровье населения мегаполиса и качество окружающей среды на примере Санкт-Петербурга" в 2004 году, однако найти какие-либо следы диссертации за его авторством или его собственные исследования на эту тему не удается. Сам Редько в 2010 утверждал, что материалы его диссертации "засекретили" (?!), а в elibrary за его соавторством можно отыскать аж целых четыре статьи (это единственный Редько Александр Алексеевич в РИНЦ), чего катастрофически недостаточно для получения докторской степени в России. Более того, все 4 статьи были опубликованы уже после якобы присуждения докторской степени, которое, согласно биографии, было в 2004 году. В WoS и Scopus ничего найти не удалось.
В биографии также указано, что до 2014 года Редько был профессором кафедры экономики и менеджмента в науке и социальной сфере в СПбГЭУ, такая кафедра действительно существовала, однако был ли Редько профессором этой кафедры, проверить возможности нет. Сейчас такой кафедры в структуре университета нет. Также неизвестно, получал ли Александр Алексеевич реальное, а не воображаемое звание профессора.
В связи с этим у нас возник вопрос к вам, дорогие читатели: вы видели какие-то намеки на диссертацию Редько или свидетелей защиты этой диссертации? Да и вообще хоть какую-то информацию из внятных источников, а не из уст самого Редько и его коллег-фейкоделов. Поскольку в данный момент складывается четкое впечатление, что уважаемый дохтур ноук и проФФесор является обыкновенным мошенником.
Можно поддержать репостами, потому что вопрос и в самом деле весьма интересный.
Недавно вновь всплыло смешное доковидное видео, в котором у иконы антивакцинаторов Александра НАШЕ ВСЁ Редько находят гору поддельных ксив. Полицейские со смехом читают фейковые звания разоблачителя вакцин, а он с серьезным лицом говорит: "Вы считаете, я что-то подделал?".
Вы когда-нибудь интересовались темой докторской диссертации Александра Алексеевича? Согласно биографическим статьям, он защитил докторскую диссертацию на тему "Здоровье населения мегаполиса и качество окружающей среды на примере Санкт-Петербурга" в 2004 году, однако найти какие-либо следы диссертации за его авторством или его собственные исследования на эту тему не удается. Сам Редько в 2010 утверждал, что материалы его диссертации "засекретили" (?!), а в elibrary за его соавторством можно отыскать аж целых четыре статьи (это единственный Редько Александр Алексеевич в РИНЦ), чего катастрофически недостаточно для получения докторской степени в России. Более того, все 4 статьи были опубликованы уже после якобы присуждения докторской степени, которое, согласно биографии, было в 2004 году. В WoS и Scopus ничего найти не удалось.
В биографии также указано, что до 2014 года Редько был профессором кафедры экономики и менеджмента в науке и социальной сфере в СПбГЭУ, такая кафедра действительно существовала, однако был ли Редько профессором этой кафедры, проверить возможности нет. Сейчас такой кафедры в структуре университета нет. Также неизвестно, получал ли Александр Алексеевич реальное, а не воображаемое звание профессора.
В связи с этим у нас возник вопрос к вам, дорогие читатели: вы видели какие-то намеки на диссертацию Редько или свидетелей защиты этой диссертации? Да и вообще хоть какую-то информацию из внятных источников, а не из уст самого Редько и его коллег-фейкоделов. Поскольку в данный момент складывается четкое впечатление, что уважаемый дохтур ноук и проФФесор является обыкновенным мошенником.
Можно поддержать репостами, потому что вопрос и в самом деле весьма интересный.
Телеканал Санкт-Петербург
Сотрудники ФСБ устроили охоту на «фантики» и спецсигналы | Телеканал Санкт-Петербург
На Загородном проспекте охота на машины только с «красивыми» номерами. Сотрудники ГИБДД ищут незаконные спецсигналы и пропуска-непроверяйки.
Вакцина Livzon Mabpharm V-1
Как заявляют СМИ, среди вакцин, поданных на регистрацию в России, может быть «вакцина V-01 китайского производителя Livzon Mabpharm Inc – это препарат, фактически аналогичный „ЭпиВакКороне“ „Вектора“» [1].
Нам неизвестно, подавала ли компания Livzon такую заявку, однако, судя по всему, в этой вакцине используется химерный белок, в качестве антигена в котором служит полноценный рецептор-связывающий домен (RBD) S-белка [2].
RBD является небольшим участком белка (см. иллюстрацию [3]), поэтому идея создания химерного белка, обладающего большей иммуногенностью, выглядит весьма привлекательной; однако такую вакцину никак нельзя назвать пептидной, она относится к классу белковых субъединичных.
Об эффективности вакцины Livzon V-1 нам неизвестно ничего, однако по итогам I/II фаз КИ она удовлетворила критериям безопасности и является в достаточной мере иммуногенной (сероконверсия 97%) [2].
Такая вакцина является аналогом кубинской Abdala, а вовсе не ЭпиВакКороны.
1. Известия, Фармацевт рассказал о якобы заявленной на регистрацию в России вакцине от COVID-19, https://iz.ru/1192344/2021-07-13/farmatcevt-rasskazal-o-iakoby-zaiavlennoi-na-registratciiu-v-rossii-vaktcine-ot-covid-19
2. https://www.51ldb.com/shsldb/tj/content/81b1b453-e8ae-4fcc-8898-273cfb1da5db.html
3. https://t.me/vaccines_truth/19
Как заявляют СМИ, среди вакцин, поданных на регистрацию в России, может быть «вакцина V-01 китайского производителя Livzon Mabpharm Inc – это препарат, фактически аналогичный „ЭпиВакКороне“ „Вектора“» [1].
Нам неизвестно, подавала ли компания Livzon такую заявку, однако, судя по всему, в этой вакцине используется химерный белок, в качестве антигена в котором служит полноценный рецептор-связывающий домен (RBD) S-белка [2].
RBD является небольшим участком белка (см. иллюстрацию [3]), поэтому идея создания химерного белка, обладающего большей иммуногенностью, выглядит весьма привлекательной; однако такую вакцину никак нельзя назвать пептидной, она относится к классу белковых субъединичных.
Об эффективности вакцины Livzon V-1 нам неизвестно ничего, однако по итогам I/II фаз КИ она удовлетворила критериям безопасности и является в достаточной мере иммуногенной (сероконверсия 97%) [2].
Такая вакцина является аналогом кубинской Abdala, а вовсе не ЭпиВакКороны.
1. Известия, Фармацевт рассказал о якобы заявленной на регистрацию в России вакцине от COVID-19, https://iz.ru/1192344/2021-07-13/farmatcevt-rasskazal-o-iakoby-zaiavlennoi-na-registratciiu-v-rossii-vaktcine-ot-covid-19
2. https://www.51ldb.com/shsldb/tj/content/81b1b453-e8ae-4fcc-8898-273cfb1da5db.html
3. https://t.me/vaccines_truth/19
Защитный титр антител и BAU
Как мы уже говорили, титр антител можно посчитать в реакции нейтрализации ЦПД [1]. ИФА/ИХЛА дают примерную оценку титра антител в своих собственных единицах, и прямую зависимость между ними и титром нейтрализации установить можно только с достаточно большой погрешностью [2].
Поскольку коммерческие тест-системы широко доступны и массово используются, например, в России, многие существующие исследования – включая Телеграм-КИ проекта V1V2 [3] направлены на установление «защитного титра» антител, выраженного в международных единицах – BAU (binding antibody units, единицы связывающих антител). Поскольку разные тест-системы выдают существенно отличающиеся оценки титра антител в этих самых единицах [4], то исследования направлены в основном на тест-системы Abbott и Diasorin Liaison.
Однако мы можем услышать самые различные оценки, вплоть до 2200 BAU/мл [5], опираясь на исследование [6]. Что с этими оценками не так?
Не существует такого значения, которое бы защищало от заражения со 100% вероятностью. Мы можем сколь угодно близко приближаться к 100%, но никогда этого значения не достигнуть. Очевидно, что практическую ценность имеет такая защита, которая снизит эффективное репродуктивное число до значений меньше 1.
В случае с базовым репродуктивным числом = 8..10 (∂-вариант SARS-CoV-2) мы будем считать удовлетворительной защиту от заражения в ~90% в том случае, если она также обеспечивает высокий уровень защиты от среднетяжёлого течения (=госпитализации).
В том же самом исследовании [6], основанном на применении тест-системы ИФА Wantai, защита от заражения составила 89,3% для концентраций антител 141..1700 BAU/мл, заражения выше уровня 1700 BAU/мл зафиксированы не были.
Учитывая всё вышесказанное, такие оценки, как 2200 BAU/мл, кажутся абсолютно бессмысленными. Если бы нам потребовался ориентир для уверенной защиты по ИФА Wantai, можно было бы взять в качестве первого приближения середину интервала 141..1700 BAU/мл = 489 BAU/мл (среднее геометрическое).
Мы не можем рекомендовать проводить досрочную ревакцинацию в погоне за сверхвысокими BAU.
1. Правда о прививках, Как считают титр антител, https://t.me/vaccines_truth/17
2. MS Tang et al, Association between SARS-CoV-2 Neutralizing Antibodies and Commercial Serological Assays, https://academic.oup.com/clinchem/article/66/12/1538/5902446
3. Телеграм-КИ :: проект V1V2, https://t.me/delta_self_research
4. Правда о прививках, https://t.me/vaccines_truth/6
5. Так всё-таки делать прививку от SARS-CoV-2 или нет? Чат СОМнений, https://t.me/sputnikv_or_not_to_be/517125
6. C. Dimeglio et al, Antibody titers and protection against a SARS-CoV-2 infection, https://www.journalofinfection.com/article/S0163-4453(21)00483-7/fulltext
Как мы уже говорили, титр антител можно посчитать в реакции нейтрализации ЦПД [1]. ИФА/ИХЛА дают примерную оценку титра антител в своих собственных единицах, и прямую зависимость между ними и титром нейтрализации установить можно только с достаточно большой погрешностью [2].
Поскольку коммерческие тест-системы широко доступны и массово используются, например, в России, многие существующие исследования – включая Телеграм-КИ проекта V1V2 [3] направлены на установление «защитного титра» антител, выраженного в международных единицах – BAU (binding antibody units, единицы связывающих антител). Поскольку разные тест-системы выдают существенно отличающиеся оценки титра антител в этих самых единицах [4], то исследования направлены в основном на тест-системы Abbott и Diasorin Liaison.
Однако мы можем услышать самые различные оценки, вплоть до 2200 BAU/мл [5], опираясь на исследование [6]. Что с этими оценками не так?
Не существует такого значения, которое бы защищало от заражения со 100% вероятностью. Мы можем сколь угодно близко приближаться к 100%, но никогда этого значения не достигнуть. Очевидно, что практическую ценность имеет такая защита, которая снизит эффективное репродуктивное число до значений меньше 1.
В случае с базовым репродуктивным числом = 8..10 (∂-вариант SARS-CoV-2) мы будем считать удовлетворительной защиту от заражения в ~90% в том случае, если она также обеспечивает высокий уровень защиты от среднетяжёлого течения (=госпитализации).
В том же самом исследовании [6], основанном на применении тест-системы ИФА Wantai, защита от заражения составила 89,3% для концентраций антител 141..1700 BAU/мл, заражения выше уровня 1700 BAU/мл зафиксированы не были.
Учитывая всё вышесказанное, такие оценки, как 2200 BAU/мл, кажутся абсолютно бессмысленными. Если бы нам потребовался ориентир для уверенной защиты по ИФА Wantai, можно было бы взять в качестве первого приближения середину интервала 141..1700 BAU/мл = 489 BAU/мл (среднее геометрическое).
Мы не можем рекомендовать проводить досрочную ревакцинацию в погоне за сверхвысокими BAU.
1. Правда о прививках, Как считают титр антител, https://t.me/vaccines_truth/17
2. MS Tang et al, Association between SARS-CoV-2 Neutralizing Antibodies and Commercial Serological Assays, https://academic.oup.com/clinchem/article/66/12/1538/5902446
3. Телеграм-КИ :: проект V1V2, https://t.me/delta_self_research
4. Правда о прививках, https://t.me/vaccines_truth/6
5. Так всё-таки делать прививку от SARS-CoV-2 или нет? Чат СОМнений, https://t.me/sputnikv_or_not_to_be/517125
6. C. Dimeglio et al, Antibody titers and protection against a SARS-CoV-2 infection, https://www.journalofinfection.com/article/S0163-4453(21)00483-7/fulltext
Сингапур: все вакцинированы, но смерти продолжаются?
Сложная эпидемиологическая ситуация в Сингапуре вызвала интерес как противников, так и сторонников вакцинации. К началу сентября в Сингапуре было полностью привито примерно 82% населения; тем не менее, примерно с 4 сентября начался быстрый рост количества как новых случаев, так и летальных исходов; при этом две волны до начала вакцинации были значительно более слабыми [1]. Что же виновато в таком развитии событий?
Несложно убедиться, что за лето в Сингапуре дельта-вариант вытеснил все остальные [1]: в это же время завершалась основная фаза прививочной кампании. К сентябрю защита от заражения у людей, первыми получивших обе дозы вакцины, уже в достаточной мере ослабла, чтобы они участвовали в цепочке передач вируса от одного человека к другому – в гораздо менее значимой мере, впрочем, чем непривитые. Определённую роль в этом сыграло использование инактивированных вакцин Sinopharm BBIBP и Sinovac CoronaVac; совершенно логичной на этом фоне является рекомендация всем привитым этими вакцинами сделать ревакцинацию мРНК-вакцинами [2].
Если мы посмотрим на официальный отчёт министерства здравоохранения Сингапура [3], то увидим, что непривитые всё так же создают десяти-пятидесятикратно большую нагрузку на систему здравоохранения. Большинство тяжёлых пациентов при этом относится к возрастной группе 60+ [3,4]; при этом можно отметить, что ковидными больными занята треть всего коечного фонда интенсивной терапии, не менее половины из которых занимают непривитые (при показателях вакцинации взрослого населения 94%).
В связи с этим правительство Сингапура приняло логичное решение: рассмотреть возможность вакцинации детей 5-11 лет, уделить особое внимание ревакцинации (на нынешний момент 82% жителей старше 60 лет уже ревакцинированы) и отказать в бесплатной медицинской помощи невакцинированным пациентам с COVID-19 [5].
1. Our world in data, https://ourworldindata.org/covid-vaccinations?country=SGP
2. Sinovac-CoronaVac included in the National Vaccination Programme, https://www.gov.sg/article/sinovac-coronavac-included-in-the-national-vaccination-programme
3. Singapore Ministry of Health, Update on local COVID-19 situation, https://www.moh.gov.sg/news-highlights/details/update-on-local-covid-19-situation_18_November_2021
4. Singapore Ministry of Health, COVID-19 statistics, https://www.moh.gov.sg/covid-19/statistics
5. Singapore Ministry of Health, Calibrated Adjustment in stabilisation phase, https://www.moh.gov.sg/news-highlights/details/calibrated-adjustments-in-stabilisation-phase_8Nov2021
Сложная эпидемиологическая ситуация в Сингапуре вызвала интерес как противников, так и сторонников вакцинации. К началу сентября в Сингапуре было полностью привито примерно 82% населения; тем не менее, примерно с 4 сентября начался быстрый рост количества как новых случаев, так и летальных исходов; при этом две волны до начала вакцинации были значительно более слабыми [1]. Что же виновато в таком развитии событий?
Несложно убедиться, что за лето в Сингапуре дельта-вариант вытеснил все остальные [1]: в это же время завершалась основная фаза прививочной кампании. К сентябрю защита от заражения у людей, первыми получивших обе дозы вакцины, уже в достаточной мере ослабла, чтобы они участвовали в цепочке передач вируса от одного человека к другому – в гораздо менее значимой мере, впрочем, чем непривитые. Определённую роль в этом сыграло использование инактивированных вакцин Sinopharm BBIBP и Sinovac CoronaVac; совершенно логичной на этом фоне является рекомендация всем привитым этими вакцинами сделать ревакцинацию мРНК-вакцинами [2].
Если мы посмотрим на официальный отчёт министерства здравоохранения Сингапура [3], то увидим, что непривитые всё так же создают десяти-пятидесятикратно большую нагрузку на систему здравоохранения. Большинство тяжёлых пациентов при этом относится к возрастной группе 60+ [3,4]; при этом можно отметить, что ковидными больными занята треть всего коечного фонда интенсивной терапии, не менее половины из которых занимают непривитые (при показателях вакцинации взрослого населения 94%).
В связи с этим правительство Сингапура приняло логичное решение: рассмотреть возможность вакцинации детей 5-11 лет, уделить особое внимание ревакцинации (на нынешний момент 82% жителей старше 60 лет уже ревакцинированы) и отказать в бесплатной медицинской помощи невакцинированным пациентам с COVID-19 [5].
1. Our world in data, https://ourworldindata.org/covid-vaccinations?country=SGP
2. Sinovac-CoronaVac included in the National Vaccination Programme, https://www.gov.sg/article/sinovac-coronavac-included-in-the-national-vaccination-programme
3. Singapore Ministry of Health, Update on local COVID-19 situation, https://www.moh.gov.sg/news-highlights/details/update-on-local-covid-19-situation_18_November_2021
4. Singapore Ministry of Health, COVID-19 statistics, https://www.moh.gov.sg/covid-19/statistics
5. Singapore Ministry of Health, Calibrated Adjustment in stabilisation phase, https://www.moh.gov.sg/news-highlights/details/calibrated-adjustments-in-stabilisation-phase_8Nov2021
Ревакцинация вакцинами Спутник Лайт и Спутник V
Несмотря на то, что рекомендацию проводить ревакцинацию раз в 6 месяцев мы считаем разумной, хотелось бы обратить внимание на то, что официальная ревакцинация ранее 6 месяцев невозможна в принципе. При этом надо учитывать следующие моменты:
– насколько нам известно, защитные значения выше 50%, например, для вакцины Comirnaty существуют порядка 5 месяцев от даты V2;
– если QR-коды для вакцинированных будут выдаваться на 6 месяцев, то ревакцинация возможна только по истечении действия QR-кода и какое-то время человек неизбежно будет ограничен в своих правах;
– в отличие от первичной вакцинации, во время ревакцинации Спутником V нет необходимости спешить с вводом RV2 (RV1 уже будет бустом);
– длительность иммунитета к вектору составляет порядка 8 недель.
Исходя из вышеперечисленного, нам казалось бы разумным применять несколько иной подход к ревакцинации, в частности:
– разрешить ревакцинацию не через 6 месяцев, а через 4,5 (18 недель) – это создаст комфортный интервал для выбора времени ревакцинации и не скажется на эффективности защиты;
– более точно обозначить группы, для которых рекомендована ревакцинация Спутником V: это не только группа 60+, но и люди, применяющие иммуносупрессивные препараты и иные иммунокомпрометированные лица;
– разрешить ревакцинацию для онкобольных, получающих химио- и лучевую терапию, через 12 недель (ввиду того, что данные виды терапии крайне нежелательно сдвигать по времени);
– при наличии свидетельства того, что вакцинация либо ревакцинация не сработали, предоставить возможность ревакцинироваться спустя 12 недель от последней полученной дозы вакцины;
– изменить интервал по умолчанию между RV1 и RV2 с 3 до 6-8 недель (оставив возможность выбирать в пределах 3-12 недель).
Такие меры могли бы предотвратить значительное количество случаев заболевания COVID-19, и, кроме того, сильно упростили бы жизнь людей.
Вместе с тем хотелось бы отметить, что мы не говорим о необходимости снижения интервала между ревакцинациями; речь идёт лишь о том, чтобы позволить людям выбирать даты ревакцинации, не отменяя своих планов.
Мы также ожидаем окончания исследования двухдозовой комбинации AstraZeneca + Спутник и надеемся, что мРНК-вакцины также появятся на рынке. Гетерологичный буст, вероятно, даёт достаточно хорошие результаты и позволит избежать единичных случаев с отсутствием буста во время ревакцинации.
Несмотря на то, что рекомендацию проводить ревакцинацию раз в 6 месяцев мы считаем разумной, хотелось бы обратить внимание на то, что официальная ревакцинация ранее 6 месяцев невозможна в принципе. При этом надо учитывать следующие моменты:
– насколько нам известно, защитные значения выше 50%, например, для вакцины Comirnaty существуют порядка 5 месяцев от даты V2;
– если QR-коды для вакцинированных будут выдаваться на 6 месяцев, то ревакцинация возможна только по истечении действия QR-кода и какое-то время человек неизбежно будет ограничен в своих правах;
– в отличие от первичной вакцинации, во время ревакцинации Спутником V нет необходимости спешить с вводом RV2 (RV1 уже будет бустом);
– длительность иммунитета к вектору составляет порядка 8 недель.
Исходя из вышеперечисленного, нам казалось бы разумным применять несколько иной подход к ревакцинации, в частности:
– разрешить ревакцинацию не через 6 месяцев, а через 4,5 (18 недель) – это создаст комфортный интервал для выбора времени ревакцинации и не скажется на эффективности защиты;
– более точно обозначить группы, для которых рекомендована ревакцинация Спутником V: это не только группа 60+, но и люди, применяющие иммуносупрессивные препараты и иные иммунокомпрометированные лица;
– разрешить ревакцинацию для онкобольных, получающих химио- и лучевую терапию, через 12 недель (ввиду того, что данные виды терапии крайне нежелательно сдвигать по времени);
– при наличии свидетельства того, что вакцинация либо ревакцинация не сработали, предоставить возможность ревакцинироваться спустя 12 недель от последней полученной дозы вакцины;
– изменить интервал по умолчанию между RV1 и RV2 с 3 до 6-8 недель (оставив возможность выбирать в пределах 3-12 недель).
Такие меры могли бы предотвратить значительное количество случаев заболевания COVID-19, и, кроме того, сильно упростили бы жизнь людей.
Вместе с тем хотелось бы отметить, что мы не говорим о необходимости снижения интервала между ревакцинациями; речь идёт лишь о том, чтобы позволить людям выбирать даты ревакцинации, не отменяя своих планов.
Мы также ожидаем окончания исследования двухдозовой комбинации AstraZeneca + Спутник и надеемся, что мРНК-вакцины также появятся на рынке. Гетерологичный буст, вероятно, даёт достаточно хорошие результаты и позволит избежать единичных случаев с отсутствием буста во время ревакцинации.
Дельта и Омикрон, Альфа и Омега
С самого начала пандемии несколько регионов вызывали у нас особые опасения. В их число, безусловно, входили и Индия, и Южная Африка.
Страны Южной Африки – одни из беднейших стран мира с крайне важной особенностью: высокой долей людей, живущих с ВИЧ – кое-где доля ВИЧ-положительных подростков и взрослых 15-49 лет составляет 18,2-27,6% в ЮАР, Ботсване, Лесото и Эсватини (бывш. Свазиленд) [1]. Несмотря на успехи в тестировании и обеспечении ВААРТ ВИЧ-положительных жителей этого региона (цель 90-90-90: минимум 90% ВИЧ-положительных знают свой статус, минимум 90% их них принимают терапию, минимум 90% их них имеют неопределяемую вирусную нагрузку), в абсолютных числах количество людей, не знающих свой статус, не принимающих терапию или не достигших неопределяемой вирусной нагрузки, и с весьма высокой вероятностью иммунокомпрометированных вследствие этого, велико.
Как нам известно из множества кейсов [2,3], у таких пациентов возможна персистенция SARS-CoV-2. В случае ВИЧ-инфекции ситуация отягощена тем, что выпадает целое звено иммунитета – T-хелперы – без которого невозможно формирование полноценного иммунного ответа. За время персистенции, измеряемое месяцами, вирус успевает в достаточной мере мутировать, чтобы успеть уйти от начавших появляться антител. Именно поэтому мы увидели такую дисперсию в мутациях: Индия, благодаря высокой плотности населения, дала менее уходящий от иммунного ответа, но весьма быстро распространяющийся вариант дельта, а ЮАР дала вариант бета – менее патогенный, но хорошо уходящий от иммунного ответа. Вариант дельта оказался настолько успешным, что вытеснил все остальные варианты из поля зрения.
Появление нового варианта, сочетающего оба этих свойства, было достаточно ожидаемым. Эволюционировав – вероятнее всего – в иммунокомпрометированных, он был обнаружен среди полностью привитых в Ботсване [4]. Как сообщается, из трёх заболевших в Израиле один был привит двумя дозами Vaxzevria, один – двумя дозами Janssen, а один – 3 дозами вакцины Comirnaty [5], что особенно настораживает.
Новому варианту была присвоена буква греческого алфавита ο (омикрон). ПЦР-тесты пока что его способны распознать, но по отдельным сообщениям лабораторий один из тестов неспособен обнаружить один из трёх целевых генов [6].
Разработчики вакцин ожидают данных о том, насколько имеющиеся вакцины эффективны против нового варианта, в течение двух недель. Разработка и вывод на рынок обновления вакцины (если таковое потребуется) займёт порядка 100 дней [7].
1. UNAIDS Data 2020, https://www.unaids.org/sites/default/files/media_asset/2020_aids-data-book_en.pdf
2. Martin Martinot et al, Remdesivir failure with SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA-polymerase mutation in a B-cell immunodeficient patient with protracted Covid-19, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7543308/
3. Persistence and Evolution of SARS-CoV-2 in an Immunocompromised Host, https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2031364
4. Four cases of the new COVID-19 variant recorded in Botswana, https://www.mmegi.bw/news/four-cases-of-the-new-covid-19-variant-recorded-in-botswana/news
5. Israel 'on verge of emergency' as COVID Omicron variant found in country, https://www.jpost.com/breaking-news/south-african-variant-of-concern-discovered-in-israel-687074
6. Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern, https://www.who.int/news/item/26-11-2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)-sars-cov-2-variant-of-concern
7. Pfizer/BioNTech, Moderna expect data on shot's protection against new COVID-19 variant soon, https://www.reuters.com/business/healthcare-pharmaceuticals/biontech-says-expect-more-data-new-variant-2-weeks-2021-11-26/
С самого начала пандемии несколько регионов вызывали у нас особые опасения. В их число, безусловно, входили и Индия, и Южная Африка.
Страны Южной Африки – одни из беднейших стран мира с крайне важной особенностью: высокой долей людей, живущих с ВИЧ – кое-где доля ВИЧ-положительных подростков и взрослых 15-49 лет составляет 18,2-27,6% в ЮАР, Ботсване, Лесото и Эсватини (бывш. Свазиленд) [1]. Несмотря на успехи в тестировании и обеспечении ВААРТ ВИЧ-положительных жителей этого региона (цель 90-90-90: минимум 90% ВИЧ-положительных знают свой статус, минимум 90% их них принимают терапию, минимум 90% их них имеют неопределяемую вирусную нагрузку), в абсолютных числах количество людей, не знающих свой статус, не принимающих терапию или не достигших неопределяемой вирусной нагрузки, и с весьма высокой вероятностью иммунокомпрометированных вследствие этого, велико.
Как нам известно из множества кейсов [2,3], у таких пациентов возможна персистенция SARS-CoV-2. В случае ВИЧ-инфекции ситуация отягощена тем, что выпадает целое звено иммунитета – T-хелперы – без которого невозможно формирование полноценного иммунного ответа. За время персистенции, измеряемое месяцами, вирус успевает в достаточной мере мутировать, чтобы успеть уйти от начавших появляться антител. Именно поэтому мы увидели такую дисперсию в мутациях: Индия, благодаря высокой плотности населения, дала менее уходящий от иммунного ответа, но весьма быстро распространяющийся вариант дельта, а ЮАР дала вариант бета – менее патогенный, но хорошо уходящий от иммунного ответа. Вариант дельта оказался настолько успешным, что вытеснил все остальные варианты из поля зрения.
Появление нового варианта, сочетающего оба этих свойства, было достаточно ожидаемым. Эволюционировав – вероятнее всего – в иммунокомпрометированных, он был обнаружен среди полностью привитых в Ботсване [4]. Как сообщается, из трёх заболевших в Израиле один был привит двумя дозами Vaxzevria, один – двумя дозами Janssen, а один – 3 дозами вакцины Comirnaty [5], что особенно настораживает.
Новому варианту была присвоена буква греческого алфавита ο (омикрон). ПЦР-тесты пока что его способны распознать, но по отдельным сообщениям лабораторий один из тестов неспособен обнаружить один из трёх целевых генов [6].
Разработчики вакцин ожидают данных о том, насколько имеющиеся вакцины эффективны против нового варианта, в течение двух недель. Разработка и вывод на рынок обновления вакцины (если таковое потребуется) займёт порядка 100 дней [7].
1. UNAIDS Data 2020, https://www.unaids.org/sites/default/files/media_asset/2020_aids-data-book_en.pdf
2. Martin Martinot et al, Remdesivir failure with SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA-polymerase mutation in a B-cell immunodeficient patient with protracted Covid-19, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7543308/
3. Persistence and Evolution of SARS-CoV-2 in an Immunocompromised Host, https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2031364
4. Four cases of the new COVID-19 variant recorded in Botswana, https://www.mmegi.bw/news/four-cases-of-the-new-covid-19-variant-recorded-in-botswana/news
5. Israel 'on verge of emergency' as COVID Omicron variant found in country, https://www.jpost.com/breaking-news/south-african-variant-of-concern-discovered-in-israel-687074
6. Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern, https://www.who.int/news/item/26-11-2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)-sars-cov-2-variant-of-concern
7. Pfizer/BioNTech, Moderna expect data on shot's protection against new COVID-19 variant soon, https://www.reuters.com/business/healthcare-pharmaceuticals/biontech-says-expect-more-data-new-variant-2-weeks-2021-11-26/
Омикрон, дети и АЗУИ
Чепурнов предположил возможность АЗУИ у переболевших [1] на основе моделирования рисков первичного/повторного заболевания [2]. Действительно, в этом исследовании говорится о снижении риска первичного заболевания для омикрона и об увеличении риска повторного, но это не значит, что риск повторного заболевания превышает риск первичного. В том же исследовании указано, что защита переболевших существует, но не упала ниже нуля.
Одним из признаков наличия АЗУИ было бы увеличение тяжести заболевания у иммунных, чего мы не наблюдаем. В действительности омикрон хорошо уклоняется от иммунного ответа, но при этом у вакцинированных защита от тяжёлого течения остаётся, судя по имеющимся данным. При этом разрабатывавшиеся вакцины для дельта-варианта, вполне вероятно, хуже защищали бы от заражения омикроном, чем вакцины на основе уханьского варианта. Фактически, омикрон эволюционировал достаточно далеко от основных вариантов, до этого распространённых в Южной Африке (как и во всём мире) [3] и научился обходить иммунный ответ.
Мы по-прежнему оцениваем вероятность АЗУИ как низкую. В реальности основная опасность омикрона, вероятно, будет исходить из событий суперспрединга [4]. Несмотря на заявления медицинских чиновников ЮАР, мы не склонны оценивать ситуацию как оптимистичную, учитывая крайне высокий базовый индекс репродукции омикрона (исходя из событий суперспрединга среди вакцинированных во время перелётов и на общественных мероприятиях).
Другую опасность представляет сдвиг в сторону заражения детей [5] и роста занятости педиатрических коек в ЮАР [6], в том числе в сторону группы 0-5 лет. Также непонятны возможные долгосрочные последствия заболевания – вполне вероятно, что мы узнаем о них не раньше, чем через полгода или позже.
Исходя из вышесказанного, в Восточной Европе, в том числе России, следует предположить ещё более пессимистичный сценарий развития событий, чем в ЮАР, учитывая низкую долю реально вакцинированных и наличие крайне сомнительных кандидатов в вакцины в гражданской вакцинации (таких, как Ковивак и Эпиваккорона).
Как и прежде, лучшей стратегией защиты является вакцинация, в том числе детей школьного возраста, в том числе после перенесённого заболевания COVID-19; ношение СИЗ; социальное дистанцирование.
Отсутствие вакцинации детей в России сыграет самую негативную роль в разворачивающемся процессе, так как вследствие вышеуказанного «стадный иммунитет», полученный вследствие переболевания дельтой, с большой степенью вероятности будет гораздо хуже работать против омикрона [2]. Немедленный ввод вакцин, прошедших III фазу КИ на взрослых и I/II фазы на детях, мог бы существенно снизить тяжкие последствия.
1. https://www.gazeta.ru/social/news/2021/12/04/n_16962877.shtml
2. Juliet R.C. Pulliam et al, Increased risk of SARS-CoV-2 reinfection associated with emergence of the Omicron variant in South Africa, https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.11.11.21266068v2
3. https://nextstrain.org/ncov/gisaid/africa
4. https://www.wsj.com/articles/omicron-cases-at-norway-christmas-party-provide-clues-on-new-variants-spread-11638554033
5. https://twitter.com/miamalan/status/1466680004809568256
6. https://www.reuters.com/world/africa/safrican-official-says-number-children-sick-with-covid-19-is-not-cause-panic-2021-12-04/
Чепурнов предположил возможность АЗУИ у переболевших [1] на основе моделирования рисков первичного/повторного заболевания [2]. Действительно, в этом исследовании говорится о снижении риска первичного заболевания для омикрона и об увеличении риска повторного, но это не значит, что риск повторного заболевания превышает риск первичного. В том же исследовании указано, что защита переболевших существует, но не упала ниже нуля.
Одним из признаков наличия АЗУИ было бы увеличение тяжести заболевания у иммунных, чего мы не наблюдаем. В действительности омикрон хорошо уклоняется от иммунного ответа, но при этом у вакцинированных защита от тяжёлого течения остаётся, судя по имеющимся данным. При этом разрабатывавшиеся вакцины для дельта-варианта, вполне вероятно, хуже защищали бы от заражения омикроном, чем вакцины на основе уханьского варианта. Фактически, омикрон эволюционировал достаточно далеко от основных вариантов, до этого распространённых в Южной Африке (как и во всём мире) [3] и научился обходить иммунный ответ.
Мы по-прежнему оцениваем вероятность АЗУИ как низкую. В реальности основная опасность омикрона, вероятно, будет исходить из событий суперспрединга [4]. Несмотря на заявления медицинских чиновников ЮАР, мы не склонны оценивать ситуацию как оптимистичную, учитывая крайне высокий базовый индекс репродукции омикрона (исходя из событий суперспрединга среди вакцинированных во время перелётов и на общественных мероприятиях).
Другую опасность представляет сдвиг в сторону заражения детей [5] и роста занятости педиатрических коек в ЮАР [6], в том числе в сторону группы 0-5 лет. Также непонятны возможные долгосрочные последствия заболевания – вполне вероятно, что мы узнаем о них не раньше, чем через полгода или позже.
Исходя из вышесказанного, в Восточной Европе, в том числе России, следует предположить ещё более пессимистичный сценарий развития событий, чем в ЮАР, учитывая низкую долю реально вакцинированных и наличие крайне сомнительных кандидатов в вакцины в гражданской вакцинации (таких, как Ковивак и Эпиваккорона).
Как и прежде, лучшей стратегией защиты является вакцинация, в том числе детей школьного возраста, в том числе после перенесённого заболевания COVID-19; ношение СИЗ; социальное дистанцирование.
Отсутствие вакцинации детей в России сыграет самую негативную роль в разворачивающемся процессе, так как вследствие вышеуказанного «стадный иммунитет», полученный вследствие переболевания дельтой, с большой степенью вероятности будет гораздо хуже работать против омикрона [2]. Немедленный ввод вакцин, прошедших III фазу КИ на взрослых и I/II фазы на детях, мог бы существенно снизить тяжкие последствия.
1. https://www.gazeta.ru/social/news/2021/12/04/n_16962877.shtml
2. Juliet R.C. Pulliam et al, Increased risk of SARS-CoV-2 reinfection associated with emergence of the Omicron variant in South Africa, https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.11.11.21266068v2
3. https://nextstrain.org/ncov/gisaid/africa
4. https://www.wsj.com/articles/omicron-cases-at-norway-christmas-party-provide-clues-on-new-variants-spread-11638554033
5. https://twitter.com/miamalan/status/1466680004809568256
6. https://www.reuters.com/world/africa/safrican-official-says-number-children-sick-with-covid-19-is-not-cause-panic-2021-12-04/
Омикрон-вариант SARS-CoV-2 и Спутник V
Центр Гамалеи опубликовал данные о падении нейтрализации в 11,8 раза с омикрон-вариантом коронавируса SARS-CoV-2 для вакцины Спутник V.
Незадолго до этого центр Гамалеи выпустил пресс-релиз [2], где обвинил авторов исследования «Broadly neutralizing antibodies overcome SARS-CoV-2 Omicron antigenic shift» [3] в намеренном («deliberately») использовании нерепрезентативных сывороток (нам не удалось обнаружить признаков намеренного искажения данных – какие сыворотки были, такие и взяли).
При этом опубликованные данные о нейтрализации ЦПД (цитопатического действия) вируса сывороткой плазмы иммунизированных Спутником V как раз содержат пример манипуляции данными: на представленной иллюстрации [4] титр нейтрализации для каждой вакцины выровнен по отметке 100%, хотя очевидно, что он будет разным для каждой вакцины (здесь можно было бы использовать violin plot вместо bar chart для того, чтобы отобразить реальные данные).
Представленные на другой иллюстрации [5] данные (можно взять за условную отсечку нейтрализацию 1:16) говорят о том, что по нейтрализации и длительности иммунитета Спутник V можно считать, вероятно, находящимся в одной категории с мРНК-вакцинами.
Гипотеза о том, что неиспользование пролинов вызывает меньшее падение в нейтрализации, вызывает всё большие сомнения, поскольку в исследовании [3] мы не видим подобной картины у вакцины AstraZeneca Vaxzevria/Covishield, которая содержит код «дикого» варианта S-белка.
Подобные пресс-релизы вызывают крайнюю озабоченность и не вызывают доверия, в особенности по сравнению с пресс-релизами компании Moderna, честно признавшими необходимость создания специфического для омикрон-варианта буста [6].
1. https://twitter.com/i/broadcasts/1lDGLLEnAEZGm
2. https://sputnikvaccine.com/newsroom/pressreleases/the-gamaleya-center-statement-omicron/
3. Elisabetta Cameroni et al, Broadly neutralizing antibodies overcome SARS-CoV-2 Omicron antigenic shift, https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.12.472269v1.full
4. https://twitter.com/sputnikvaccine/status/1471857926155419648/photo/1
5. https://twitter.com/sputnikvaccine/status/1471812455517011973/photo/1
6. Moderna announces strategy to address Omicron (B.1.1.529) SARS-COV-2 Variant, https://investors.modernatx.com/news/news-details/2021/Moderna-Announces-Strategy-to-Address-Omicron-B.1.1.529-SARS-CoV-2-Variant/default.aspx
Центр Гамалеи опубликовал данные о падении нейтрализации в 11,8 раза с омикрон-вариантом коронавируса SARS-CoV-2 для вакцины Спутник V.
Незадолго до этого центр Гамалеи выпустил пресс-релиз [2], где обвинил авторов исследования «Broadly neutralizing antibodies overcome SARS-CoV-2 Omicron antigenic shift» [3] в намеренном («deliberately») использовании нерепрезентативных сывороток (нам не удалось обнаружить признаков намеренного искажения данных – какие сыворотки были, такие и взяли).
При этом опубликованные данные о нейтрализации ЦПД (цитопатического действия) вируса сывороткой плазмы иммунизированных Спутником V как раз содержат пример манипуляции данными: на представленной иллюстрации [4] титр нейтрализации для каждой вакцины выровнен по отметке 100%, хотя очевидно, что он будет разным для каждой вакцины (здесь можно было бы использовать violin plot вместо bar chart для того, чтобы отобразить реальные данные).
Представленные на другой иллюстрации [5] данные (можно взять за условную отсечку нейтрализацию 1:16) говорят о том, что по нейтрализации и длительности иммунитета Спутник V можно считать, вероятно, находящимся в одной категории с мРНК-вакцинами.
Гипотеза о том, что неиспользование пролинов вызывает меньшее падение в нейтрализации, вызывает всё большие сомнения, поскольку в исследовании [3] мы не видим подобной картины у вакцины AstraZeneca Vaxzevria/Covishield, которая содержит код «дикого» варианта S-белка.
Подобные пресс-релизы вызывают крайнюю озабоченность и не вызывают доверия, в особенности по сравнению с пресс-релизами компании Moderna, честно признавшими необходимость создания специфического для омикрон-варианта буста [6].
1. https://twitter.com/i/broadcasts/1lDGLLEnAEZGm
2. https://sputnikvaccine.com/newsroom/pressreleases/the-gamaleya-center-statement-omicron/
3. Elisabetta Cameroni et al, Broadly neutralizing antibodies overcome SARS-CoV-2 Omicron antigenic shift, https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.12.472269v1.full
4. https://twitter.com/sputnikvaccine/status/1471857926155419648/photo/1
5. https://twitter.com/sputnikvaccine/status/1471812455517011973/photo/1
6. Moderna announces strategy to address Omicron (B.1.1.529) SARS-COV-2 Variant, https://investors.modernatx.com/news/news-details/2021/Moderna-Announces-Strategy-to-Address-Omicron-B.1.1.529-SARS-CoV-2-Variant/default.aspx
Падение титра нейтрализации ЦПД вируса SARS-CoV-2, омикрон-вариант
1. https://twitter.com/sputnikvaccine/status/1471812455517011973/photo/1
2. Elisabetta Cameroni et al, Broadly neutralizing antibodies overcome SARS-CoV-2 Omicron antigenic shift, https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.12.472269v1.full
1. https://twitter.com/sputnikvaccine/status/1471812455517011973/photo/1
2. Elisabetta Cameroni et al, Broadly neutralizing antibodies overcome SARS-CoV-2 Omicron antigenic shift, https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.12.472269v1.full
Омикрон-вариант, падение титра нейтрализации, центр Гамалеи
Вернёмся к теме ранее рассмотренного [1] нам пресс-релиза центра Гамалеи [2], где авторов исследования [3] обвинили в намеренном использовании нерепрезентативных сывороток.
Если мы внимательно сравним графики в постановках нейтрализации цитопатического действия вируса, выполненные командами Elisabetta Cameroni et al и центра Гамалеи [3,4], можно обнаружить, что данные центра Гамалеи располагаются строго по степеням двойки, а падение титра нейтрализации с омикрон-вариантом в 11,8 раза, вероятно, является средним значением (здесь применимо среднее геометрическое). Для удобства сравнения мы разместили графики на отдельной иллюстрации [5].
Расположение значений по степеням двойки говорит о том, что за значение титра взяли одно конкретное разведение. Погрешность в этом случае крайне велика, рекомендуется использовать более точные методы (как, например, описанный нами ранее метод Спирмена-Кербера [6]).
Таким образом, в представленном сравнении вакцин использовалось не только сравнение относительного падения титра нейтрализации [1] вместо абсолютных значений, но применялось ещё и некорректное сравнение более точных данных по падению нейтрализации сывороткой плазмы иммунизированных вакцинами BioNTech/Pfizer Comirnaty и Moderna Spikevax с гораздо менее точными данными, представленными центром Гамалеи.
Повторим, что, несмотря на то, что Спутник V, безусловно, является весьма эффективной вакциной, подобные пресс-релизы крайне негативно сказываются на репутации как центра Гамалеи, вакцины Спутник V, так и на всей прививочной кампании в целом.
1. https://t.me/vaccines_truth/40
2. https://sputnikvaccine.com/newsroom/pressreleases/the-gamaleya-center-statement-omicron/
3. Elisabetta Cameroni et al, Broadly neutralizing antibodies overcome SARS-CoV-2 Omicron antigenic shift, https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.12.472269v1.full
4. https://twitter.com/sputnikvaccine/status/1471812455517011973/photo/1
5. https://t.me/vaccines_truth/41
6. https://t.me/vaccines_truth/17
Вернёмся к теме ранее рассмотренного [1] нам пресс-релиза центра Гамалеи [2], где авторов исследования [3] обвинили в намеренном использовании нерепрезентативных сывороток.
Если мы внимательно сравним графики в постановках нейтрализации цитопатического действия вируса, выполненные командами Elisabetta Cameroni et al и центра Гамалеи [3,4], можно обнаружить, что данные центра Гамалеи располагаются строго по степеням двойки, а падение титра нейтрализации с омикрон-вариантом в 11,8 раза, вероятно, является средним значением (здесь применимо среднее геометрическое). Для удобства сравнения мы разместили графики на отдельной иллюстрации [5].
Расположение значений по степеням двойки говорит о том, что за значение титра взяли одно конкретное разведение. Погрешность в этом случае крайне велика, рекомендуется использовать более точные методы (как, например, описанный нами ранее метод Спирмена-Кербера [6]).
Таким образом, в представленном сравнении вакцин использовалось не только сравнение относительного падения титра нейтрализации [1] вместо абсолютных значений, но применялось ещё и некорректное сравнение более точных данных по падению нейтрализации сывороткой плазмы иммунизированных вакцинами BioNTech/Pfizer Comirnaty и Moderna Spikevax с гораздо менее точными данными, представленными центром Гамалеи.
Повторим, что, несмотря на то, что Спутник V, безусловно, является весьма эффективной вакциной, подобные пресс-релизы крайне негативно сказываются на репутации как центра Гамалеи, вакцины Спутник V, так и на всей прививочной кампании в целом.
1. https://t.me/vaccines_truth/40
2. https://sputnikvaccine.com/newsroom/pressreleases/the-gamaleya-center-statement-omicron/
3. Elisabetta Cameroni et al, Broadly neutralizing antibodies overcome SARS-CoV-2 Omicron antigenic shift, https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.12.472269v1.full
4. https://twitter.com/sputnikvaccine/status/1471812455517011973/photo/1
5. https://t.me/vaccines_truth/41
6. https://t.me/vaccines_truth/17
Омикрон – новый серотип?
Внимательно изучив данные по нейтрализации ЦПД омикрон-варианта [1], мы обратили внимание на возможность отделения омикрон-варианта в отдельный серотип (такие предположения уже делались [2]).
В настоящее время об этом рано говорить определённо, нужно показать следующее:
– существенное падение нейтрализации ЦПД омикрон-варианта сывороткой плазмы вакцинированных/реконвалесцентов (выполнено как минимум частично, однако нейтрализация всё ещё остаётся значительной с сывороткой плазмы ревакцинированных)
– пропорционально большую активность гомологичных антител
Для разных серотипов возможность коинфекции/суперинфекции представляет опасность с точки зрения рекомбинации генетического материала.
Формально омикрон-вариант пока что нельзя выделить в новый серотип, однако ситуация представляется крайне непростой.
1. https://t.me/vaccines_truth/41
2. https://t.me/healthpravda/899
Внимательно изучив данные по нейтрализации ЦПД омикрон-варианта [1], мы обратили внимание на возможность отделения омикрон-варианта в отдельный серотип (такие предположения уже делались [2]).
В настоящее время об этом рано говорить определённо, нужно показать следующее:
– существенное падение нейтрализации ЦПД омикрон-варианта сывороткой плазмы вакцинированных/реконвалесцентов (выполнено как минимум частично, однако нейтрализация всё ещё остаётся значительной с сывороткой плазмы ревакцинированных)
– пропорционально большую активность гомологичных антител
Для разных серотипов возможность коинфекции/суперинфекции представляет опасность с точки зрения рекомбинации генетического материала.
Формально омикрон-вариант пока что нельзя выделить в новый серотип, однако ситуация представляется крайне непростой.
1. https://t.me/vaccines_truth/41
2. https://t.me/healthpravda/899
Возражения Анче Барановой
Профессор Анча Баранова опубликовала пост [1] о перспективах иммунопрофилактики и лечения омикрон-варианта SARS-CoV-2. Нам бы хотелось разобрать некоторые утверждения
Слайд 2: BioNTech Comirnaty и Moderna Spikevax сохраняют больше остаточной активности, чем Janssen, AstraZeneca Vaxzevria и Спутник V. Так сказать нельзя. Как видим, сыворотки иммунизированных Спутником изначально обладали низкой активностью, и здесь, скорее, вопрос репрезентативности этих выборок [2], о чём Анча Баранова и говорила на своём стриме [3].
Слайд 3: Важен не тип вакцины, а количество антител в BAU. Так опять же сказать нельзя, например, падение эффективности инактивированных вакцин (Sinopharm и Sinovac, Ковивак вакциной назвать нельзя) в отношении предотвращения тяжёлого заболевания может быть более существенным, чем у векторных и мРНК, именно за счёт отсутствия/крайне слабого T-клеточного цитотоксического ответа. Также мы ориентировались бы на давность вакцинации (наиболее реалистичными выглядят сроки ревакцинации 4-5 месяцев, а не 6).
Слайд 5: Антитела к RBD больше не имеют значения. Мы можем так сказать только про конкретные моноклональные антитела, но не про любые антитела к RBD в целом.
Слайд 7: Терапия рекомбинантным ангиотензинпревращающим ферментом (АПФ2, ACE2) никогда не показывала никакой эффективности in vivo, хотя статьи о попытках создания такой терапии появлялись как в 2020, так и в 2021 [4] годах. Попытки применения препаратов такого рода (ингибиторов слияния) были предприняты в отношении ВИЧ, но успех был сомнителен.
Мы призываем к особо тщательному выбору формулировок высказываний. Также мы с крайним скепсисом относимся к йота-каррагинану, поскольку за ним не стоит никакой серьёзной доказательной базы in vivo.
1. https://t.me/anchabaranova/208
2. https://t.me/vaccines_truth/40
3. https://www.youtube.com/watch?v=1B68mdYh5Lw
4. Liang Guo et al, Engineered trimeric ACE2 binds viral spike protein and locks it in “Three-up” conformation to potently inhibit SARS-CoV-2 infection, https://www.nature.com/articles/s41422-020-00438-w
Профессор Анча Баранова опубликовала пост [1] о перспективах иммунопрофилактики и лечения омикрон-варианта SARS-CoV-2. Нам бы хотелось разобрать некоторые утверждения
Слайд 2: BioNTech Comirnaty и Moderna Spikevax сохраняют больше остаточной активности, чем Janssen, AstraZeneca Vaxzevria и Спутник V. Так сказать нельзя. Как видим, сыворотки иммунизированных Спутником изначально обладали низкой активностью, и здесь, скорее, вопрос репрезентативности этих выборок [2], о чём Анча Баранова и говорила на своём стриме [3].
Слайд 3: Важен не тип вакцины, а количество антител в BAU. Так опять же сказать нельзя, например, падение эффективности инактивированных вакцин (Sinopharm и Sinovac, Ковивак вакциной назвать нельзя) в отношении предотвращения тяжёлого заболевания может быть более существенным, чем у векторных и мРНК, именно за счёт отсутствия/крайне слабого T-клеточного цитотоксического ответа. Также мы ориентировались бы на давность вакцинации (наиболее реалистичными выглядят сроки ревакцинации 4-5 месяцев, а не 6).
Слайд 5: Антитела к RBD больше не имеют значения. Мы можем так сказать только про конкретные моноклональные антитела, но не про любые антитела к RBD в целом.
Слайд 7: Терапия рекомбинантным ангиотензинпревращающим ферментом (АПФ2, ACE2) никогда не показывала никакой эффективности in vivo, хотя статьи о попытках создания такой терапии появлялись как в 2020, так и в 2021 [4] годах. Попытки применения препаратов такого рода (ингибиторов слияния) были предприняты в отношении ВИЧ, но успех был сомнителен.
Мы призываем к особо тщательному выбору формулировок высказываний. Также мы с крайним скепсисом относимся к йота-каррагинану, поскольку за ним не стоит никакой серьёзной доказательной базы in vivo.
1. https://t.me/anchabaranova/208
2. https://t.me/vaccines_truth/40
3. https://www.youtube.com/watch?v=1B68mdYh5Lw
4. Liang Guo et al, Engineered trimeric ACE2 binds viral spike protein and locks it in “Three-up” conformation to potently inhibit SARS-CoV-2 infection, https://www.nature.com/articles/s41422-020-00438-w
Опубликованная Росстатом статистика за ноябрь 2021 года [1] показывает, что прогнозы по избыточной смертности были верны. Если свести данные за 2015-2019 годы, то построенный линейный тренд покажет следующие прогнозируемые значения смертности:
2015 – 147626
2016 – 156836
2017 – 145248
2018 – 143519
2019 – 141331
2020 – 139139 (прогноз) / 219872 (реальное значение)
2021 – 136549 (прогноз) / 257292 (реальное значение)
Таким образом, избыточная смертность составила 80733 человека в ноябре 2020 года и 120743 человека в ноябре 2021 года.
Указанное значение 87527 ковид-ассоциированных смертей, которое находится гораздо ближе к реальности по сравнению с цифрами Оперштаба, всё равно говорит о недоучёте 27,5%.
Смерть 0,1% населения страны от ковида за 1 месяц, несомненно, является катастрофой.
1. https://rosstat.gov.ru/storage/mediabank/2021_edn11.htm
2015 – 147626
2016 – 156836
2017 – 145248
2018 – 143519
2019 – 141331
2020 – 139139 (прогноз) / 219872 (реальное значение)
2021 – 136549 (прогноз) / 257292 (реальное значение)
Таким образом, избыточная смертность составила 80733 человека в ноябре 2020 года и 120743 человека в ноябре 2021 года.
Указанное значение 87527 ковид-ассоциированных смертей, которое находится гораздо ближе к реальности по сравнению с цифрами Оперштаба, всё равно говорит о недоучёте 27,5%.
Смерть 0,1% населения страны от ковида за 1 месяц, несомненно, является катастрофой.
1. https://rosstat.gov.ru/storage/mediabank/2021_edn11.htm
С новым годом!
Бактерии, агар.
Источник: https://www.glendale.edu/academics/academic-divisions/biology/biology-undergraduate-research-collaborative/agar-bacterial-art
Бактерии, агар.
Источник: https://www.glendale.edu/academics/academic-divisions/biology/biology-undergraduate-research-collaborative/agar-bacterial-art
Сравнение вакцин.png
685.1 KB
Попробовали сделать простую инфографику о вакцинах
В прошлом году мы опубликовали разбор интервью Жолобак в четырёх частях. Кажется, сейчас нам удалось разобраться с telegraph и собрать этот разбор в одну статью:
https://telegra.ph/Razbor-intervyu-ZHolobak-01-23
https://telegra.ph/Razbor-intervyu-ZHolobak-01-23
Telegraph
Разбор интервью Жолобак
Нас попросили прокомментировать интервью Жолобак «Это не панацея, а моделирование вирусного инфекционного процесса» [1]. Мы использовали уже имевшийся разбор статьи Жолобак в чате сомнений системы V1V2 [2] с разрешения автора. Итак, по словам Жолобак,