Нам стоит опять вернуться к разбору ситуации вокруг ЭпиВакКороны и посмотреть на майский препринт Роспотребнадзора [1].
Согласно этому препринту, оценивалась «иммунологическая эффективность» вакцинации пептидным препаратом ЭпиВакКорона. Под «иммунологической эффективностью» в изложении Роспотребнадзора понимается попросту иммуногенность, к эффективности имеющая опосредованное отношение (эффективность строго меньше либо равна иммуногенности при отсутствии влияния факторов небиологических).
Согласно этому документу, из 807 человек, иммунизированных ЭпиВакКороной с 12 декабря 2020 года по 15 мая 2021 года, заболело после двух доз вакцины 37 (4,58%).
Две дозы вакцины могли быть получены не раньше чем через 14 дней после начала вакцинации, то есть 26 декабря 2020 года. На эту дату в Москве было зафиксировано 779584 заболевших, на конец периода – 1134308 заболевших, за указанный период заболело 354724 человек.
Численность населения Москвы составляет 12655050 человек [2]. Таким образом, заболеваемость составила 2,8%. Мы можем улучшить эту оценку: на 18 мая в Москве было вакцинировано 1300000 человек, таким образом, мы можем считать, что на 15 мая было не менее 1 миллиона человек, вакцинированных Гам-КОВИД-Ваком [4]. Мы примем эпидемиологическую эффективность Гам-КОВИД-Вака равной 70% [5]. Также мы можем считать, что в среднем детей в Москве 13% [6], в то время как болеют они существенно реже – 7,6% [7].
Заболеваемость среди непривитых тогда составила (354724-1000000*0,028*0,7)*0,924 / ((12655050-1000000)*0,87) = 3,05%
Количество смертей от коронавируса на начало периода составило 10840 человек, на конец – 19186 человек (0,066 %); среди иммунизированных ЭпиВакКороной – 2 человека (0,25%). Однако здесь статистика столь мала, что принимать её во внимание не стоило бы, если бы нам не было достоверно известно, что как минимум одна из этих смертей напрямую вызвана ковидом [3].
Таким образом, опираясь на данные Роспотребнадзора, эпидемиологическая эффективность ЭпиВакКороны составила порядка 1-(4,58/3,05) = -50% (минус 50%).
Резюме:
Учитывая наши предыдущие расчёты [5], показавшие похожую картину в Санкт-Петербурге, следует признать существование сильного свидетельства в пользу отрицательной эпидемиологической эффективности ЭпиВакКороны.
1. Плоскирева А.А. et al, Первый опыт вакцинопрофилактики коронавирусной инфекции COVID-19 пептидной вакциной «ЭпиВакКорона». https://covid19-preprints.microbe.ru/article/249
2. Росстат, Оценка численности постоянного населения на 1 января 2021 года и в среднем за 2020 год, https://web.archive.org/web/20210319185917/https://rosstat.gov.ru/storage/mediabank/wJkrbrPg/Popul2021_Site.xls
3. ЭпиВакКорона, Aurora-CoV новости, https://t.me/epivakoronews/1149
4. Gogov, Количество привитых от коронавируса в Москве, https://gogov.ru/covid-v-stats/msk#data
5. Правда о прививках, https://t.me/vaccines_truth/10
6. GISGeo, дети и пенсионеры на карте Москвы, https://www.gisgeo.org/research/city/demography-of-the-moscow-population.html
7. Interfax, Почти 2 тыс. детей госпитализированы с COVID-19 в Москве за время пандемии, https://www.interfax.ru/moscow/737006
Согласно этому препринту, оценивалась «иммунологическая эффективность» вакцинации пептидным препаратом ЭпиВакКорона. Под «иммунологической эффективностью» в изложении Роспотребнадзора понимается попросту иммуногенность, к эффективности имеющая опосредованное отношение (эффективность строго меньше либо равна иммуногенности при отсутствии влияния факторов небиологических).
Согласно этому документу, из 807 человек, иммунизированных ЭпиВакКороной с 12 декабря 2020 года по 15 мая 2021 года, заболело после двух доз вакцины 37 (4,58%).
Две дозы вакцины могли быть получены не раньше чем через 14 дней после начала вакцинации, то есть 26 декабря 2020 года. На эту дату в Москве было зафиксировано 779584 заболевших, на конец периода – 1134308 заболевших, за указанный период заболело 354724 человек.
Численность населения Москвы составляет 12655050 человек [2]. Таким образом, заболеваемость составила 2,8%. Мы можем улучшить эту оценку: на 18 мая в Москве было вакцинировано 1300000 человек, таким образом, мы можем считать, что на 15 мая было не менее 1 миллиона человек, вакцинированных Гам-КОВИД-Ваком [4]. Мы примем эпидемиологическую эффективность Гам-КОВИД-Вака равной 70% [5]. Также мы можем считать, что в среднем детей в Москве 13% [6], в то время как болеют они существенно реже – 7,6% [7].
Заболеваемость среди непривитых тогда составила (354724-1000000*0,028*0,7)*0,924 / ((12655050-1000000)*0,87) = 3,05%
Количество смертей от коронавируса на начало периода составило 10840 человек, на конец – 19186 человек (0,066 %); среди иммунизированных ЭпиВакКороной – 2 человека (0,25%). Однако здесь статистика столь мала, что принимать её во внимание не стоило бы, если бы нам не было достоверно известно, что как минимум одна из этих смертей напрямую вызвана ковидом [3].
Таким образом, опираясь на данные Роспотребнадзора, эпидемиологическая эффективность ЭпиВакКороны составила порядка 1-(4,58/3,05) = -50% (минус 50%).
Резюме:
Учитывая наши предыдущие расчёты [5], показавшие похожую картину в Санкт-Петербурге, следует признать существование сильного свидетельства в пользу отрицательной эпидемиологической эффективности ЭпиВакКороны.
1. Плоскирева А.А. et al, Первый опыт вакцинопрофилактики коронавирусной инфекции COVID-19 пептидной вакциной «ЭпиВакКорона». https://covid19-preprints.microbe.ru/article/249
2. Росстат, Оценка численности постоянного населения на 1 января 2021 года и в среднем за 2020 год, https://web.archive.org/web/20210319185917/https://rosstat.gov.ru/storage/mediabank/wJkrbrPg/Popul2021_Site.xls
3. ЭпиВакКорона, Aurora-CoV новости, https://t.me/epivakoronews/1149
4. Gogov, Количество привитых от коронавируса в Москве, https://gogov.ru/covid-v-stats/msk#data
5. Правда о прививках, https://t.me/vaccines_truth/10
6. GISGeo, дети и пенсионеры на карте Москвы, https://www.gisgeo.org/research/city/demography-of-the-moscow-population.html
7. Interfax, Почти 2 тыс. детей госпитализированы с COVID-19 в Москве за время пандемии, https://www.interfax.ru/moscow/737006
August 8, 2021
Опубликована [1] первая статистика по иммуногенности КовиВака (по данным народных отчётов V1V2)
Неболевшие и невакцинированные ранее: 218 отчётов с титрами IgG; тест-системы Diasorin (S), Abbott (RBD) и Mindray (N+RBD).
За референсы тест-систем были взяты нижние границы «серой зоны» тестов. Для Diasorin и Abbott указан порог чувствительности: 3,8 OE/ml и 21 AU/ml соответственно. Отрицательные результаты ранее 35-го дня после V1 не учитывались.
47,5% результатов Abbott и 50% результатов Diasorin были ниже порога чувствительности. 55% результатов Mindray были ниже референса. Выше референса были 34,8% результатов Abbott и 15% результатов Diasorin.
Неизвестно, насколько результаты выше порога чувствительности, но ниже референса могут иметь какое-либо значение.
Общая сероконверсия после 42 дней: 44,4%.
Спойлер (ждём публикации, можно самостоятельно найти в чате отчётов [2]):
Болевшие либо вакцинированные: в нескольких отчётах наблюдалось падение титра антител. Значимого роста зафиксировано не было.
Ревакцинация Спутником после Ковивака: во всех случаях наблюдался значительный (на два порядка) рост титра антител. Титр после иммунизации КовиВаком был выше либо незначительно ниже референса, но значительно выше порога чувствительности; таким образом, данных по ревакцинации серонегативных после КовиВака нет.
Близкие значения (47,5%; 50%, 55%) для разных тест-систем говорят о том, что иммуногенность вакцины КовиВак в отношении субъединиц S-белка и в отношении N-белка примерно одинакова.
Резюме:
– иммуногенность КовиВак ниже 50%, рассматривать как самостоятельную вакцину его не следует;
– использование КовиВака для ревакцинации не даёт значимого роста титра IgG;
– использование КовиВака как прайма с последующим бустом Спутником, вероятно, эффективно (в том случае, если титр антител был выше границы определения).
Согласно заявлениям центра Чумакова, иммуногенность вакцины во 2 фазе КИ находилась на уровне 85%. Можно выдвинуть следующие гипотезы, почему наблюдаемая иммуногенность в ГВ оказалась значительно ниже:
– нестабильное качество серий (различное количество и качество антигена);
– не отработан режим инактивации без потери иммуногенности;
– не соблюдается режим хранения и ввода;
– некачественный ввод на местах (важно для инактивированных препаратов).
[1] https://t.me/CoviVacChumakova/158367
[2] https://t.me/Covivac_results
Неболевшие и невакцинированные ранее: 218 отчётов с титрами IgG; тест-системы Diasorin (S), Abbott (RBD) и Mindray (N+RBD).
За референсы тест-систем были взяты нижние границы «серой зоны» тестов. Для Diasorin и Abbott указан порог чувствительности: 3,8 OE/ml и 21 AU/ml соответственно. Отрицательные результаты ранее 35-го дня после V1 не учитывались.
47,5% результатов Abbott и 50% результатов Diasorin были ниже порога чувствительности. 55% результатов Mindray были ниже референса. Выше референса были 34,8% результатов Abbott и 15% результатов Diasorin.
Неизвестно, насколько результаты выше порога чувствительности, но ниже референса могут иметь какое-либо значение.
Общая сероконверсия после 42 дней: 44,4%.
Спойлер (ждём публикации, можно самостоятельно найти в чате отчётов [2]):
Болевшие либо вакцинированные: в нескольких отчётах наблюдалось падение титра антител. Значимого роста зафиксировано не было.
Ревакцинация Спутником после Ковивака: во всех случаях наблюдался значительный (на два порядка) рост титра антител. Титр после иммунизации КовиВаком был выше либо незначительно ниже референса, но значительно выше порога чувствительности; таким образом, данных по ревакцинации серонегативных после КовиВака нет.
Близкие значения (47,5%; 50%, 55%) для разных тест-систем говорят о том, что иммуногенность вакцины КовиВак в отношении субъединиц S-белка и в отношении N-белка примерно одинакова.
Резюме:
– иммуногенность КовиВак ниже 50%, рассматривать как самостоятельную вакцину его не следует;
– использование КовиВака для ревакцинации не даёт значимого роста титра IgG;
– использование КовиВака как прайма с последующим бустом Спутником, вероятно, эффективно (в том случае, если титр антител был выше границы определения).
Согласно заявлениям центра Чумакова, иммуногенность вакцины во 2 фазе КИ находилась на уровне 85%. Можно выдвинуть следующие гипотезы, почему наблюдаемая иммуногенность в ГВ оказалась значительно ниже:
– нестабильное качество серий (различное количество и качество антигена);
– не отработан режим инактивации без потери иммуногенности;
– не соблюдается режим хранения и ввода;
– некачественный ввод на местах (важно для инактивированных препаратов).
[1] https://t.me/CoviVacChumakova/158367
[2] https://t.me/Covivac_results
August 12, 2021
Вы наверняка уже слышали про реакцию нейтрализации вируса, в контексте разных вакцин и разных вариантов вируса. А как, собственно, производят расчёты при оценке результатов?
Сама реакция нейтрализации основана на способности вируснейтрализующих антител блокировать патогенные свойства вируса. Её ставят на культурах клеток (не только, но нас интересует именно этот вариант).
Принцип заключается в том, что известный нам вирус (SARS-CoV-2) и исследуемую сыворотку (содержащую антитела) добавляют к культуре клеток. При нейтрализации вируса антителами индикаторные объекты – клетки – продолжают существовать, в контроле происходит их гибель (или характерные изменения).
Для этого готовят разведения сыворотки с определённым шагом (например, 1:2) и, начиная с определённого разведения (например, 1:8) проводят реакцию нейтрализации. Каждое разведение ставится кратно.
Для расчётной величины титра примем величину, при которой клеточная культура в 50% случаев окажется поражена (CPD50).
Исходные данные:
n – число лунок на каждое разведение;
d – логарифм шага разведения;
D – логарифм максимального шага разведения, ниже которого наблюдается 100% поражение;
p – число лунок, в которых наблюдается поражение клеток, для разведения, соответствующего D, и всех разведений ниже.
Тогда log CPD50 = D + (d/n) (p - n/2) = D + dp/n - d/2 – формула Спирмена-Кербера.
К примеру, у нас n = 4 лунки на каждое разведение, d = 1 (разведение 1:2, удобно использовать логарифм по основанию 2), результаты:
1:8 – 0 лунок
1:16 – 0
1:32 – 1
1:64 – 3
1:128 – 3
1:256 – 4 (разведение, соответствующее D)
1:512 – 4
p = 1+3+3+4 = 11
D = log₂ 1:256 = -8
log₂ CPD50 = D + dp/n - d/2 = -8 + 1*11/4 - 1/2 = -8 + 2,75 - 0,5 = -5,75
CPD50 = 2^-5,75 = 1/2^5,75= 1:54
Разумеется, мы могли бы считать через десятичный логарифм, d = lg 2 = 0,3; D = lg 1:256 = -2,408; lg CPD50 = -2,408 + (0,3*11) / 4 - 0,3/2 = -1,733; CPD50 = 1/10^1,733 = 1:54.
Формула Спирмена-Кербера очень удобна и даёт результат с высокой точностью.
* Обязательно ставятся контроль культуры (с нормальной сывороткой) и контроль вируса.
* Можно ставить и сыворотку с разведениями вируса. Обычно сыворотку 1:4 или 1:8 и десятикратные разведения вируса.
* В реакции микронейтрализации, возможной там, где есть культура, высокочувствительная к данному вирусу, четким ЦПД (цитопатическим действием), можно использовать большее число повторностей в каждом разведении, что увеличивает точность метода.
Сама реакция нейтрализации основана на способности вируснейтрализующих антител блокировать патогенные свойства вируса. Её ставят на культурах клеток (не только, но нас интересует именно этот вариант).
Принцип заключается в том, что известный нам вирус (SARS-CoV-2) и исследуемую сыворотку (содержащую антитела) добавляют к культуре клеток. При нейтрализации вируса антителами индикаторные объекты – клетки – продолжают существовать, в контроле происходит их гибель (или характерные изменения).
Для этого готовят разведения сыворотки с определённым шагом (например, 1:2) и, начиная с определённого разведения (например, 1:8) проводят реакцию нейтрализации. Каждое разведение ставится кратно.
Для расчётной величины титра примем величину, при которой клеточная культура в 50% случаев окажется поражена (CPD50).
Исходные данные:
n – число лунок на каждое разведение;
d – логарифм шага разведения;
D – логарифм максимального шага разведения, ниже которого наблюдается 100% поражение;
p – число лунок, в которых наблюдается поражение клеток, для разведения, соответствующего D, и всех разведений ниже.
Тогда log CPD50 = D + (d/n) (p - n/2) = D + dp/n - d/2 – формула Спирмена-Кербера.
К примеру, у нас n = 4 лунки на каждое разведение, d = 1 (разведение 1:2, удобно использовать логарифм по основанию 2), результаты:
1:8 – 0 лунок
1:16 – 0
1:32 – 1
1:64 – 3
1:128 – 3
1:256 – 4 (разведение, соответствующее D)
1:512 – 4
p = 1+3+3+4 = 11
D = log₂ 1:256 = -8
log₂ CPD50 = D + dp/n - d/2 = -8 + 1*11/4 - 1/2 = -8 + 2,75 - 0,5 = -5,75
CPD50 = 2^-5,75 = 1/2^5,75= 1:54
Разумеется, мы могли бы считать через десятичный логарифм, d = lg 2 = 0,3; D = lg 1:256 = -2,408; lg CPD50 = -2,408 + (0,3*11) / 4 - 0,3/2 = -1,733; CPD50 = 1/10^1,733 = 1:54.
Формула Спирмена-Кербера очень удобна и даёт результат с высокой точностью.
* Обязательно ставятся контроль культуры (с нормальной сывороткой) и контроль вируса.
* Можно ставить и сыворотку с разведениями вируса. Обычно сыворотку 1:4 или 1:8 и десятикратные разведения вируса.
* В реакции микронейтрализации, возможной там, где есть культура, высокочувствительная к данному вирусу, четким ЦПД (цитопатическим действием), можно использовать большее число повторностей в каждом разведении, что увеличивает точность метода.
August 14, 2021
Нам принесли интересную статью про вакцинацию в Эстонии [1], где говорится о том, что ~22% заболевших были вакцинированы. Давайте возьмём сырые цифры и посмотрим хотя бы примерно на эффективность вакцины (разумеется, при полном цикле вакцинации):
344 случая заболевания всего
270 невакцинированы (nv)
17 вакцинированы полностью (v2)
57 вакцинированы одной дозой
В целом по стране:
585918 человек вакцинировано полностью (pv2)
675335 человек получили как минимум одну дозу
Население 1330068 человек [2], таким образом, невакцинированных 654733 человека (pnv).
Процент заболевших среди вакцинированных v2r = 17/585918 = 0,003%
Процент заболевших среди невакцинированных nvr = 270/654733 = 0,041%
Эффективность = 1 - (v2r/nvr) = 1 - (v2/pv2) / (nv/pnv) = 1 - v2*pnv/pv2*nv = 1 - 17*654733/585918*270 = 93%
Это поистине потрясающая эффективность даже без учёта возрастных групп.
1. За сутки в Эстонии прибавилось 344 случая заражения коронавирусом, 78% не прошли вакцинацию. Скончались два человека: https://rus.delfi.ee/statja/94270291/za-sutki-v-estonii-pribavilos-344-sluchaya-zarazheniya-koronavirusom-78-ne-proshli-vakcinaciyu-skonchalis-dva-cheloveka
2. Statistics Estonia, Statistical Database: https://andmed.stat.ee/en/stat/rahvastik__rahvastikunaitajad-ja-koosseis__rahvaarv-ja-rahvastiku-koosseis/RV021
344 случая заболевания всего
270 невакцинированы (nv)
17 вакцинированы полностью (v2)
57 вакцинированы одной дозой
В целом по стране:
585918 человек вакцинировано полностью (pv2)
675335 человек получили как минимум одну дозу
Население 1330068 человек [2], таким образом, невакцинированных 654733 человека (pnv).
Процент заболевших среди вакцинированных v2r = 17/585918 = 0,003%
Процент заболевших среди невакцинированных nvr = 270/654733 = 0,041%
Эффективность = 1 - (v2r/nvr) = 1 - (v2/pv2) / (nv/pnv) = 1 - v2*pnv/pv2*nv = 1 - 17*654733/585918*270 = 93%
Это поистине потрясающая эффективность даже без учёта возрастных групп.
1. За сутки в Эстонии прибавилось 344 случая заражения коронавирусом, 78% не прошли вакцинацию. Скончались два человека: https://rus.delfi.ee/statja/94270291/za-sutki-v-estonii-pribavilos-344-sluchaya-zarazheniya-koronavirusom-78-ne-proshli-vakcinaciyu-skonchalis-dva-cheloveka
2. Statistics Estonia, Statistical Database: https://andmed.stat.ee/en/stat/rahvastik__rahvastikunaitajad-ja-koosseis__rahvaarv-ja-rahvastiku-koosseis/RV021
August 15, 2021
Шиповидный белок (спайк, S-белок) SARS-CoV-2 является гомотримером (состоит из трёх одинаковых частей). В S-белке можно выделить субъединицы S1 (связывание) и S2 (слияние).
S1 содержит три домена:
NTD – N-терминальный домен
RBD – рецептор-связывающий домен, содержащий RBM – рецептор-связывающий мотив, участок, непосредственно связывающийся с рецептором клетки ACE2 (АПФ2, ангиотензин-превращающий фермент 2)
CTD – C-терминальный домен
На иллюстрации (PDB ID: 7DDN) мы раскрасили различные домены S1 и субъединицу S2 одного из мономеров шиповидного белка.
S1 содержит три домена:
NTD – N-терминальный домен
RBD – рецептор-связывающий домен, содержащий RBM – рецептор-связывающий мотив, участок, непосредственно связывающийся с рецептором клетки ACE2 (АПФ2, ангиотензин-превращающий фермент 2)
CTD – C-терминальный домен
На иллюстрации (PDB ID: 7DDN) мы раскрасили различные домены S1 и субъединицу S2 одного из мономеров шиповидного белка.
August 18, 2021
Нам принесли публицистическую статью [1], описывающую ряд случаев возможных поствакцинальных осложнений (ПВО). Нам бы хотелось обратить внимание на несколько рассуждений, касающихся поиска причинно-следственной связи этих явлений с вакцинацией.
Несмотря на то, что вакцинация является самым безопасным методом борьбы с инфекционными заболеваниями, уже достоверно установлена связь применения вакцины AstraZeneca с редкими тромбозами [2], преимущественно у молодых женщин, а мРНК-вакцин – с миокардитами [3], в основном у молодых мужчин (следует отметить, что миокардиты в целом встречаются чаще в этой группе).
Как такую связь установить? Самый очевидный путь – накопить статистику и провести анализ. Однако эти события столь редки, что заметить их практически невозможно – как, например, тромбозы после AstraZeneca не будут видны в общей картине тромбозов; более того, количество тромбозов в группе вакцинированных может быть даже ниже, чем в контрольной группе.
Тем не менее эти тромбозы наступают спустя определённое время после вакцинации и характеризуются наличием антител к комплексу PF4/полианион; если мы примем это во внимание, то действительно сможем в статистике по нескольким десяткам миллионов человек увидеть крошечный пик (частота 1:100000 или ниже).
Есть, впрочем, способы нестатистические: например, в том случае, когда поражение наблюдается локально, а современные методы исследования чётко указывают на место инъекции как на источник распространения проблемы (нам известно о таком инциденте).
Однако большинство случаев нежелательных явлений и возможных ПВО, которым приписывается связь с вакцинацией, являются обычным совпадением, которого не избежать на больших выборках. Другая часть явлений явно должна быть отнесена к заражению ковидом в период вакцинации (вакцинация не утяжелит, но и не облегчит течение ковида).
Призываем вас носить средства индивидуальной защиты до, во время и после вакцинации. Также нам очень бы хотелось, чтобы была доступна открытая официальная статистика по нежелательным явлениям и возможным поствакцинационным осложнениям, как это делается во всём цивилизованном мире, а также разработаны рекомендации по раннему выявлению и своевременному лечению подобных явлений, если они действительно существуют.
1. Я умер спустя семь часов, https://holod.media/2021/08/17/side-effects/
2. Правда о прививках, https://t.me/vaccines_truth/3
3. Myocarditis After BNT162b2 and mRNA-1273 Vaccination, https://www.ahajournals.org/doi/10.1161/CIRCULATIONAHA.121.055913
Несмотря на то, что вакцинация является самым безопасным методом борьбы с инфекционными заболеваниями, уже достоверно установлена связь применения вакцины AstraZeneca с редкими тромбозами [2], преимущественно у молодых женщин, а мРНК-вакцин – с миокардитами [3], в основном у молодых мужчин (следует отметить, что миокардиты в целом встречаются чаще в этой группе).
Как такую связь установить? Самый очевидный путь – накопить статистику и провести анализ. Однако эти события столь редки, что заметить их практически невозможно – как, например, тромбозы после AstraZeneca не будут видны в общей картине тромбозов; более того, количество тромбозов в группе вакцинированных может быть даже ниже, чем в контрольной группе.
Тем не менее эти тромбозы наступают спустя определённое время после вакцинации и характеризуются наличием антител к комплексу PF4/полианион; если мы примем это во внимание, то действительно сможем в статистике по нескольким десяткам миллионов человек увидеть крошечный пик (частота 1:100000 или ниже).
Есть, впрочем, способы нестатистические: например, в том случае, когда поражение наблюдается локально, а современные методы исследования чётко указывают на место инъекции как на источник распространения проблемы (нам известно о таком инциденте).
Однако большинство случаев нежелательных явлений и возможных ПВО, которым приписывается связь с вакцинацией, являются обычным совпадением, которого не избежать на больших выборках. Другая часть явлений явно должна быть отнесена к заражению ковидом в период вакцинации (вакцинация не утяжелит, но и не облегчит течение ковида).
Призываем вас носить средства индивидуальной защиты до, во время и после вакцинации. Также нам очень бы хотелось, чтобы была доступна открытая официальная статистика по нежелательным явлениям и возможным поствакцинационным осложнениям, как это делается во всём цивилизованном мире, а также разработаны рекомендации по раннему выявлению и своевременному лечению подобных явлений, если они действительно существуют.
1. Я умер спустя семь часов, https://holod.media/2021/08/17/side-effects/
2. Правда о прививках, https://t.me/vaccines_truth/3
3. Myocarditis After BNT162b2 and mRNA-1273 Vaccination, https://www.ahajournals.org/doi/10.1161/CIRCULATIONAHA.121.055913
August 18, 2021
Немного странный пресс-релиз [1,2], который гласит, что защита от тяжёлого течения после вакцинации Спутником составляет 81%. Нам не удалось найти сам препринт (правда, не сильно и старались), и пока что не совсем понятно, как был получен результат.
Дело в том, что исследование проводилось на группе людей, заболевших COVID-19, а посчитать эффективность вакцины от тяжёлого течения заболевания или летального исхода нельзя без данных об остальной популяции (вероятно, эти данные использовались, потому что средняя оценка, полученная нами, близка к заявленному 81%).
В случае, когда не используем данные о популяции, мы сталкиваемся здесь с вероятностным парадоксом, связанным с нерепрезентативной выборкой (другой пример – попытки посмотреть на количество тяжело болеющих в Израиле, парадокс Симпсона – просто оставим ссылку [3]).
В чём же здесь может крыться парадокс? Рассмотрим гипотетическую ситуацию с группами в 100.000 человек, привитых и непривитых. Допустим, у нас будет:
Непривитых 1.000 больных, 100 тяжело больных;
Привитых 100 больных, 30 тяжело больных.
Если мы будем считать относительно количества больных, то получим отрицательную эффективность:
1 - (30/100)/(100/1000) = 1 - 0.3/0.1 = 1 - 3 = -200%,
хотя на самом деле, конечно же, эффективность против тяжёлого течения составляет
1 - (30/100) = 70%
Таким образом, чтобы рассчитать эффективность вакцинации против тяжёлого течения, нам потребуется знать размер групп привитых и непривитых (либо их соотношение). Так, мы знаем, что на 7 августа (примерная дата окончания исследования) в Санкт-Петербурге полностью привито примерно 20,5% населения, а одним компонентом – 25,7% [4]. Исходя из количества в 17 тяжело заболевших привитых и 467 непривитых [2], эффективность против тяжёлого течения составила:
1 - (17/привитых)/(467/непривитых) = 1 - (17/467)(непривитых/привитых) = 1 - (17/467)((100-25,7) / 20,5) = 86,8%
Если мы будем считать на начало периода (3 июля), то полностью привитых будет 13,4%, одним компонентом – 17,5%, и эффективность составит:
1-(17/467)((100-17,5) / 13,4) = 77,6%
Средняя оценка (82,2%), таким образом, действительно близка к заявленной эффективности против тяжёлого течения в 81%.
Нам бы хотелось увидеть методику расчёта, применённую в этом исследовании для того, чтобы делать какие-то окончательные выводы, и обратить внимание на то, что нам неизвестно, какой именно вакциной были привиты эти самые 17 человек – а это, на наш взгляд, крайне важно.
1. Вакцинация защищает пациентов с COVID-19 от госпитализации и тяжелого поражения легких: независимое исследование, https://eusp.org/news/vakcinaciya-zaschischaet-pacientov-s-covid-19-ot-gospitalizacii-i-tyazhelogo-porazheniya-legkikh-rezultaty-nezavisimogo-issledovaniya
2. Эффективность "Спутника" равна 81%, выяснили ученые из Петербурга, https://www.bbc.com/russian/news-58235075
3. https://twitter.com/nat_anest/status/1428297840808374280?s=21
4. Статистика вакцинации от коронавируса, https://gogov.ru/articles/covid-v-stats
Дело в том, что исследование проводилось на группе людей, заболевших COVID-19, а посчитать эффективность вакцины от тяжёлого течения заболевания или летального исхода нельзя без данных об остальной популяции (вероятно, эти данные использовались, потому что средняя оценка, полученная нами, близка к заявленному 81%).
В случае, когда не используем данные о популяции, мы сталкиваемся здесь с вероятностным парадоксом, связанным с нерепрезентативной выборкой (другой пример – попытки посмотреть на количество тяжело болеющих в Израиле, парадокс Симпсона – просто оставим ссылку [3]).
В чём же здесь может крыться парадокс? Рассмотрим гипотетическую ситуацию с группами в 100.000 человек, привитых и непривитых. Допустим, у нас будет:
Непривитых 1.000 больных, 100 тяжело больных;
Привитых 100 больных, 30 тяжело больных.
Если мы будем считать относительно количества больных, то получим отрицательную эффективность:
1 - (30/100)/(100/1000) = 1 - 0.3/0.1 = 1 - 3 = -200%,
хотя на самом деле, конечно же, эффективность против тяжёлого течения составляет
1 - (30/100) = 70%
Таким образом, чтобы рассчитать эффективность вакцинации против тяжёлого течения, нам потребуется знать размер групп привитых и непривитых (либо их соотношение). Так, мы знаем, что на 7 августа (примерная дата окончания исследования) в Санкт-Петербурге полностью привито примерно 20,5% населения, а одним компонентом – 25,7% [4]. Исходя из количества в 17 тяжело заболевших привитых и 467 непривитых [2], эффективность против тяжёлого течения составила:
1 - (17/привитых)/(467/непривитых) = 1 - (17/467)(непривитых/привитых) = 1 - (17/467)((100-25,7) / 20,5) = 86,8%
Если мы будем считать на начало периода (3 июля), то полностью привитых будет 13,4%, одним компонентом – 17,5%, и эффективность составит:
1-(17/467)((100-17,5) / 13,4) = 77,6%
Средняя оценка (82,2%), таким образом, действительно близка к заявленной эффективности против тяжёлого течения в 81%.
Нам бы хотелось увидеть методику расчёта, применённую в этом исследовании для того, чтобы делать какие-то окончательные выводы, и обратить внимание на то, что нам неизвестно, какой именно вакциной были привиты эти самые 17 человек – а это, на наш взгляд, крайне важно.
1. Вакцинация защищает пациентов с COVID-19 от госпитализации и тяжелого поражения легких: независимое исследование, https://eusp.org/news/vakcinaciya-zaschischaet-pacientov-s-covid-19-ot-gospitalizacii-i-tyazhelogo-porazheniya-legkikh-rezultaty-nezavisimogo-issledovaniya
2. Эффективность "Спутника" равна 81%, выяснили ученые из Петербурга, https://www.bbc.com/russian/news-58235075
3. https://twitter.com/nat_anest/status/1428297840808374280?s=21
4. Статистика вакцинации от коронавируса, https://gogov.ru/articles/covid-v-stats
August 20, 2021
Очень интересный препринт [1], показывающий, что наличие Т-клеточного ответа при титре антител ниже референса (однако, значимо отличимых от шума) не особо отличается в плане протективности от отсутствия какого-либо ответа. Это предполагалось и ранее, теперь есть сильное свидетельство.
Напомним, что по результатам народного исследования иммуногенности вакцины КовиВак [2] была получена следующая оценка: в ~50% случаев сероконверсии не было вообще, а какая-либо значимая оценка титра антител наблюдалась в единичных случаях: 1-3 квартили по Abbott Architect поместились ниже 100 AU/ml, лишь 35% значений было выше референса теста, в случае Diasorin лишь 15% значений было в серой зоне либо выше. Это как раз тот случай, что рассматривается в исследовании [1].
В настоящий момент подходит к заключительной фазе исследование «Ищем защитный титр для Delta» [3], основанное как раз на оценке титра антител этими тестами. Это исследование предварительно показывает значимую корреляцию оценки титра с вероятностью заболевания, и оценки титра антител, необходимые для значимой протективности, нерадужные даже для тех вакцинированных КовиВаком, кто имеет значения выше референса.
На нынешний момент КовиВак не должен рассматриваться как вакцина в принципе; например, не рассматривается как вакцина показавшая значительно лучшие результаты CureVac CVnCoV[4].
Вероятно, следует констатировать, что из двух российских вакцин получилась только одна – Спутник (двух, потому что ЭпиВакКорона вакциной не является). В приоритете для вакцинированных КовиВаком должен быть буст векторной или мРНК-вакциной, причём чем скорее, тем лучше. А практика введения в оборот вакцин без должным образом пройденной 3 фазы КИ ведёт к печальным последствиям.
1. A prospective study of the protective effect of SARS-CoV-2-specific antibodies and T cells in Moscow residents, https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.19.21262278v1
2. Единая Вакцина. Новости вакцинации от коронавируса, https://t.me/vaccinationcovid/3181
3. Телеграм-КИ «Ищем защитный титр для Delta», https://t.me/delta_self_research
4. CureVac COVID vaccine let-down spotlights mRNA design challenges, https://www.nature.com/articles/d41586-021-01661-0
Напомним, что по результатам народного исследования иммуногенности вакцины КовиВак [2] была получена следующая оценка: в ~50% случаев сероконверсии не было вообще, а какая-либо значимая оценка титра антител наблюдалась в единичных случаях: 1-3 квартили по Abbott Architect поместились ниже 100 AU/ml, лишь 35% значений было выше референса теста, в случае Diasorin лишь 15% значений было в серой зоне либо выше. Это как раз тот случай, что рассматривается в исследовании [1].
В настоящий момент подходит к заключительной фазе исследование «Ищем защитный титр для Delta» [3], основанное как раз на оценке титра антител этими тестами. Это исследование предварительно показывает значимую корреляцию оценки титра с вероятностью заболевания, и оценки титра антител, необходимые для значимой протективности, нерадужные даже для тех вакцинированных КовиВаком, кто имеет значения выше референса.
На нынешний момент КовиВак не должен рассматриваться как вакцина в принципе; например, не рассматривается как вакцина показавшая значительно лучшие результаты CureVac CVnCoV[4].
Вероятно, следует констатировать, что из двух российских вакцин получилась только одна – Спутник (двух, потому что ЭпиВакКорона вакциной не является). В приоритете для вакцинированных КовиВаком должен быть буст векторной или мРНК-вакциной, причём чем скорее, тем лучше. А практика введения в оборот вакцин без должным образом пройденной 3 фазы КИ ведёт к печальным последствиям.
1. A prospective study of the protective effect of SARS-CoV-2-specific antibodies and T cells in Moscow residents, https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.19.21262278v1
2. Единая Вакцина. Новости вакцинации от коронавируса, https://t.me/vaccinationcovid/3181
3. Телеграм-КИ «Ищем защитный титр для Delta», https://t.me/delta_self_research
4. CureVac COVID vaccine let-down spotlights mRNA design challenges, https://www.nature.com/articles/d41586-021-01661-0
August 23, 2021
Группа независимых исследований вакцины «ЭпиВакКорона» опубликовала статистику по заболеваемости в разрезе различных вакцин [1]. Отталкиваясь от этих данных (считая, что количество привитых различными вакцинами оценено правильно), мы можем посчитать доверительные интервалы и примерную эффективность каждой вакцины.
Для расчёта доверительного интервала мы используем угловое преобразование Фишера (также можно использовать метод Уилсона, в русскоязычной литературе применяется реже) [2].
– Спутник V: 2.990.000 вакцинированных, 256 заболевших, 86 (95% CI = 75..96) заболевших на 1 миллион;
– ЭпиВакКорона: 90.000 вакцинированных, 61 заболевший, 678 (95% CI = 518..858) заболевших на 1 миллион;
– КовиВак: 20.000 вакцинированных, 4 заболевших, 200 (95% CI = 52..444) заболевших на 1 миллион;
– Невакцинированные: 4344 заболевших, 600 (95% CI = 582..618) заболевших на миллион (указанное значение в 248 дано с учётом иммунной прослойки населения, но посчитано некорректно; также мы считаем некорректным вычитать иммунную прослойку населения, так как переболевшие вакцинируются тоже; вопрос расчёта иммунной прослойки лежит за пределами нашей небольшой заметки).
Таким образом, мы можем рассчитать эффективность каждой из вакцин на основе представленных данных:
– Спутник V: 83,5..87,9%
– ЭпиВакКорона: (минус) -47,4..16,2%
– КовиВак: 23,7..91,6%
Результаты совпадают с ожиданиями: Спутник V показывает высокую эффективность, ЭпиВакКорона – полную неэффективность, для расчёта эффективности КовиВака данных недостаточно.
1. ЭпиВакКорона, Aurora-CoV новости, https://t.me/epivakoronews/2125
2. А. М. Гржибовский, Доверительные интервалы для частот и долей, http://medstatistic.ru/articles/doveritelnye-intervaly-dlya-chastot-i-doley.pdf
Для расчёта доверительного интервала мы используем угловое преобразование Фишера (также можно использовать метод Уилсона, в русскоязычной литературе применяется реже) [2].
– Спутник V: 2.990.000 вакцинированных, 256 заболевших, 86 (95% CI = 75..96) заболевших на 1 миллион;
– ЭпиВакКорона: 90.000 вакцинированных, 61 заболевший, 678 (95% CI = 518..858) заболевших на 1 миллион;
– КовиВак: 20.000 вакцинированных, 4 заболевших, 200 (95% CI = 52..444) заболевших на 1 миллион;
– Невакцинированные: 4344 заболевших, 600 (95% CI = 582..618) заболевших на миллион (указанное значение в 248 дано с учётом иммунной прослойки населения, но посчитано некорректно; также мы считаем некорректным вычитать иммунную прослойку населения, так как переболевшие вакцинируются тоже; вопрос расчёта иммунной прослойки лежит за пределами нашей небольшой заметки).
Таким образом, мы можем рассчитать эффективность каждой из вакцин на основе представленных данных:
– Спутник V: 83,5..87,9%
– ЭпиВакКорона: (минус) -47,4..16,2%
– КовиВак: 23,7..91,6%
Результаты совпадают с ожиданиями: Спутник V показывает высокую эффективность, ЭпиВакКорона – полную неэффективность, для расчёта эффективности КовиВака данных недостаточно.
1. ЭпиВакКорона, Aurora-CoV новости, https://t.me/epivakoronews/2125
2. А. М. Гржибовский, Доверительные интервалы для частот и долей, http://medstatistic.ru/articles/doveritelnye-intervaly-dlya-chastot-i-doley.pdf
August 25, 2021
Индия одобрила первую в мире вакцину на основе ДНК против COVID-19, не требующую инъекции [1], но есть несколько моментов.
Если мы откроем исследование, посвящённое I/II фазам КИ [2], то и без того небольшую группу в 126 человек разделили на 4 подгруппы (плеча исследования):
- 1 мг, обычная инъекция
- 1 мг, безыгольная инъекция (NFIS = needle-free injection system)
- 2 мг, обычная инъекция
- 2 мг, безыгольная инъекция
Для полной иммунизации требовалось 3 инъекции по схеме 0-28-56 дней, при этом 100% иммуногенность (ожидаемая для такой небольшой группы, ДНК-вакцины, трёх введений препарата и увеличенного интервала по сравнению с другими вакцинами) наблюдалась исключительно в группе 2 мг, обычная инъекция. Для 2 введений 100% иммуногенность не была достигнута ни в одном плече исследования.
Можно констатировать, что в целом исследование интересное, но данная ДНК-вакцина пока что не достигает показателей векторных или мРНК-вакцин. Сама идея ДНК-вакцин, безусловно, заслуживает пристального внимания, и мы надеемся на успех этой разработки.
Система безыгольной инъекции не оправдывает своё предназначение и, как мы считаем, не должна использоваться без существенной доработки.
Саму вакцину имеет смысл использовать в III фазе КИ исключительно в дозировке 2 мг, 3 обычных инъекции по схеме 0-28-56 дней.
1. https://t.me/covid19_docmed/309
2. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S258953702100300X
Если мы откроем исследование, посвящённое I/II фазам КИ [2], то и без того небольшую группу в 126 человек разделили на 4 подгруппы (плеча исследования):
- 1 мг, обычная инъекция
- 1 мг, безыгольная инъекция (NFIS = needle-free injection system)
- 2 мг, обычная инъекция
- 2 мг, безыгольная инъекция
Для полной иммунизации требовалось 3 инъекции по схеме 0-28-56 дней, при этом 100% иммуногенность (ожидаемая для такой небольшой группы, ДНК-вакцины, трёх введений препарата и увеличенного интервала по сравнению с другими вакцинами) наблюдалась исключительно в группе 2 мг, обычная инъекция. Для 2 введений 100% иммуногенность не была достигнута ни в одном плече исследования.
Можно констатировать, что в целом исследование интересное, но данная ДНК-вакцина пока что не достигает показателей векторных или мРНК-вакцин. Сама идея ДНК-вакцин, безусловно, заслуживает пристального внимания, и мы надеемся на успех этой разработки.
Система безыгольной инъекции не оправдывает своё предназначение и, как мы считаем, не должна использоваться без существенной доработки.
Саму вакцину имеет смысл использовать в III фазе КИ исключительно в дозировке 2 мг, 3 обычных инъекции по схеме 0-28-56 дней.
1. https://t.me/covid19_docmed/309
2. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S258953702100300X
September 3, 2021
Нас попросили прокомментировать интервью Жолобак «Это не панацея, а моделирование вирусного инфекционного процесса» [1]. Мы использовали уже имевшийся разбор статьи Жолобак в чате сомнений системы V1V2 [2] с разрешения автора.
Итак, по словам Жолобак,
– Когда человек сталкивается с обычным вирусом… Организм никогда не начнет реагировать сразу бурно и неадекватно.
Одно из проявлений бурной и неадекватной реакции иммунной системы нам хорошо знакомо – цитокиновый шторм. Он играет одну из ключевых ролей в летальности COVID-19 [3]. Другое явление, связанное как раз с бурной ранней реакцией – низкое фукозилирование IgG, по всей видимости, связанное не только с воспалением [4], но также и с тромбозами при COVID-19.
– Сначала включаются более легкие формы, а потом, если надо, запускается формирование
антител. Они формируются примерно на седьмые сутки.
Антитела в начале болезни не формируются не потому, что они не нужны, а потому, что иммунная система не умеет их производить. Сам процесс запускается очень быстро, но V(D)J-рекомбинации (процессу рекомбинации ДНК, благодаря которому у лимфоцитов появляется возможность распознавать конкретный антиген) нужно время, чтобы научиться производить антитела (иммуноглобулины M, затем идёт переключение на другие классы).
Всё это время вирус продолжает реплицироваться в организме, нанося урон организму и не обращая особого внимания на неспецифический иммунный ответ, и когда иммунный ответ появляется, может быть уже слишком поздно (а антител нужно производить очень много, потому что в организме полно антигена).
В случае вакцинации же «настройка» лимфоцитов против конкретного возбудителя производится гораздо более элегантно, схемой прайм-буст: прайм запускает ту самую V(D)J-рекомбинацию, а через три недели (или позже) повторное введение вакцины запускает немедленный ответ лимфоцитов, уже «знающих» этот конкретный антиген. Не нужно буквально затапливать организм чужеродным белком, достаточно небольших доз, но двумя разными введениями.
– И в таких условиях организм хорошо запоминает контакт с возбудителем.
Как показывают исследования, у 36% переболевших не обнаруживается в крови антител к этому заболеванию [5]. При этом у человека есть ~2% шанс не пережить контакт с возбудителем. В случае вакцинации у человека есть 100% шанс таковую пережить и только около ~2% не получить ответ на вакцину. Само предложение «переболеть для того, чтобы выработать иммунный ответ к заболеванию» не поддаётся никакому логическому объяснению.
(продолжение следует)
[1] «Это не панацея, а моделирование вирусного инфекционного процесса», https://www.nakanune.ru/articles/117607/
[2] https://t.me/sputnikv_or_not_to_be/431137
[3] Biying Hu et al, The cytokine storm and COVID-19, https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/jmv.26232
[4] Willianne Hoepel, High titers and low fucosylation of early human anti–SARS-CoV-2 IgG promote inflammation by alveolar macrophages, https://www.science.org/doi/10.1126/scitranslmed.abf8654
[5] Weimin Liu et al, Predictors of Nonseroconversion after SARS-CoV-2 Infection, https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/27/9/21-1042_article
Итак, по словам Жолобак,
– Когда человек сталкивается с обычным вирусом… Организм никогда не начнет реагировать сразу бурно и неадекватно.
Одно из проявлений бурной и неадекватной реакции иммунной системы нам хорошо знакомо – цитокиновый шторм. Он играет одну из ключевых ролей в летальности COVID-19 [3]. Другое явление, связанное как раз с бурной ранней реакцией – низкое фукозилирование IgG, по всей видимости, связанное не только с воспалением [4], но также и с тромбозами при COVID-19.
– Сначала включаются более легкие формы, а потом, если надо, запускается формирование
антител. Они формируются примерно на седьмые сутки.
Антитела в начале болезни не формируются не потому, что они не нужны, а потому, что иммунная система не умеет их производить. Сам процесс запускается очень быстро, но V(D)J-рекомбинации (процессу рекомбинации ДНК, благодаря которому у лимфоцитов появляется возможность распознавать конкретный антиген) нужно время, чтобы научиться производить антитела (иммуноглобулины M, затем идёт переключение на другие классы).
Всё это время вирус продолжает реплицироваться в организме, нанося урон организму и не обращая особого внимания на неспецифический иммунный ответ, и когда иммунный ответ появляется, может быть уже слишком поздно (а антител нужно производить очень много, потому что в организме полно антигена).
В случае вакцинации же «настройка» лимфоцитов против конкретного возбудителя производится гораздо более элегантно, схемой прайм-буст: прайм запускает ту самую V(D)J-рекомбинацию, а через три недели (или позже) повторное введение вакцины запускает немедленный ответ лимфоцитов, уже «знающих» этот конкретный антиген. Не нужно буквально затапливать организм чужеродным белком, достаточно небольших доз, но двумя разными введениями.
– И в таких условиях организм хорошо запоминает контакт с возбудителем.
Как показывают исследования, у 36% переболевших не обнаруживается в крови антител к этому заболеванию [5]. При этом у человека есть ~2% шанс не пережить контакт с возбудителем. В случае вакцинации у человека есть 100% шанс таковую пережить и только около ~2% не получить ответ на вакцину. Само предложение «переболеть для того, чтобы выработать иммунный ответ к заболеванию» не поддаётся никакому логическому объяснению.
(продолжение следует)
[1] «Это не панацея, а моделирование вирусного инфекционного процесса», https://www.nakanune.ru/articles/117607/
[2] https://t.me/sputnikv_or_not_to_be/431137
[3] Biying Hu et al, The cytokine storm and COVID-19, https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/jmv.26232
[4] Willianne Hoepel, High titers and low fucosylation of early human anti–SARS-CoV-2 IgG promote inflammation by alveolar macrophages, https://www.science.org/doi/10.1126/scitranslmed.abf8654
[5] Weimin Liu et al, Predictors of Nonseroconversion after SARS-CoV-2 Infection, https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/27/9/21-1042_article
October 18, 2021
Разбор интервью Жолобак, часть 2
– Против вируса иммунный ответ преимущественно клеточный.
Это утверждение не основано ни на каких исследованиях. Более того, само понятие «клеточного ответа» не должно рассматриваться вообще, потому что непонятно, о чём идёт речь. Если это цитотоксический ответ со стороны Т-киллеров, то наблюдения за пациентами с B-клеточными иммунодефицитами показывают, что без гуморального ответа пациент не может справиться с заболеванием, и ему нужна плазма реконвалесцентов [6] либо же моноклональные антитела.
Исследования также напрямую показывают то, что антитела являются хорошим коррелятом защиты [7, 8].
Ответ T-киллеров после вакцинации векторными либо мРНК-вакцинами на последовательности S-белка также будет наблюдаться. Вопрос, нужно ли включать иные белки (например, неструктурные) в вакцину, должен рассматриваться отдельно, и пока что ответа на него нет.
– Лучше, чтобы уже на слизистой был клеточный иммунный ответ, потому что антителозависимого усиления никто не отменял.
На слизистой, конечно же, ответ гуморальный, это иммуноглобулины A. Нас конкретно интересуют IgA2, которые как раз и составляют первую линию защиты нашего организма.
Насколько нам известно [9], IgA после вакцинации появляются (и наоборот, назальное применение векторных вакцин даёт буст IgG) [10].
– Организм контактирует с изменившимся возбудителем, то ему сложно сразу перестроиться на новый возбудитель. И он "втупую" продуцирует те антитела, на которые его надрессировали. Они не нейтрализуют вирус, то есть он остается опасным для организма.
Исследования показывают падение титра нейтрализации с новыми вариантами SARS-CoV-2 [11], тем не менее, нейтрализация остаётся и нет причин думать, что она может исчезнуть совсем.
– Но в данном случае это не нейтрализованный, а активный вирус. То есть мы сами способствуем попаданию вируса в клетки. Антитела не защитили, а наоборот, помогли вирусу попасть внутрь клетки.
Мы уже писали про эффект АЗУИ, что он не наблюдался в случае SARS-CoV-2 и почему ныне существующие вакцины не допускают его появления [12].
(продолжение следует)
[6] Martin Martinot et al, Remdesivir failure with SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA-polymerase mutation in a B-cell immunodeficient patient with protracted Covid-19, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7543308/
[7] GET OUT OF ME, https://t.me/getout_ofme/30
[8] Ivan A. Molodtsov et al, A prospective study of the protective effect of SARS-CoV-2–specific antibodies and T cells in Moscow residents, https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.19.21262278v1
[9] Joana Barros-Martins et al, Immune responses against SARS-CoV-2 variants after heterologous and homologous ChAdOx1 nCoV-19/BNT162b2 vaccination, https://www.nature.com/articles/s41591-021-01449-9
[10] Alena Makarova et al, Иммунологическая эффективность вакцины Ковивак, https://t.me/vaccinationcovid/3181
[11] Vladimir Gushchin et al, Neutralizing Activity of Sera from Sputnik V-Vaccinated People against Variants of Concern (VOC: B.1.1.7, B.1.351, P.1, B.1.617.2, B.1.617.3) and Moscow Endemic SARS-CoV-2 Variants, https://www.mdpi.com/2076-393X/9/7/779
[12] Правда о прививках, Антителозависимое усиление инфекции (АЗУИ, ADE) и SARS-CoV-2, https://t.me/vaccines_truth/13
– Против вируса иммунный ответ преимущественно клеточный.
Это утверждение не основано ни на каких исследованиях. Более того, само понятие «клеточного ответа» не должно рассматриваться вообще, потому что непонятно, о чём идёт речь. Если это цитотоксический ответ со стороны Т-киллеров, то наблюдения за пациентами с B-клеточными иммунодефицитами показывают, что без гуморального ответа пациент не может справиться с заболеванием, и ему нужна плазма реконвалесцентов [6] либо же моноклональные антитела.
Исследования также напрямую показывают то, что антитела являются хорошим коррелятом защиты [7, 8].
Ответ T-киллеров после вакцинации векторными либо мРНК-вакцинами на последовательности S-белка также будет наблюдаться. Вопрос, нужно ли включать иные белки (например, неструктурные) в вакцину, должен рассматриваться отдельно, и пока что ответа на него нет.
– Лучше, чтобы уже на слизистой был клеточный иммунный ответ, потому что антителозависимого усиления никто не отменял.
На слизистой, конечно же, ответ гуморальный, это иммуноглобулины A. Нас конкретно интересуют IgA2, которые как раз и составляют первую линию защиты нашего организма.
Насколько нам известно [9], IgA после вакцинации появляются (и наоборот, назальное применение векторных вакцин даёт буст IgG) [10].
– Организм контактирует с изменившимся возбудителем, то ему сложно сразу перестроиться на новый возбудитель. И он "втупую" продуцирует те антитела, на которые его надрессировали. Они не нейтрализуют вирус, то есть он остается опасным для организма.
Исследования показывают падение титра нейтрализации с новыми вариантами SARS-CoV-2 [11], тем не менее, нейтрализация остаётся и нет причин думать, что она может исчезнуть совсем.
– Но в данном случае это не нейтрализованный, а активный вирус. То есть мы сами способствуем попаданию вируса в клетки. Антитела не защитили, а наоборот, помогли вирусу попасть внутрь клетки.
Мы уже писали про эффект АЗУИ, что он не наблюдался в случае SARS-CoV-2 и почему ныне существующие вакцины не допускают его появления [12].
(продолжение следует)
[6] Martin Martinot et al, Remdesivir failure with SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA-polymerase mutation in a B-cell immunodeficient patient with protracted Covid-19, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7543308/
[7] GET OUT OF ME, https://t.me/getout_ofme/30
[8] Ivan A. Molodtsov et al, A prospective study of the protective effect of SARS-CoV-2–specific antibodies and T cells in Moscow residents, https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.19.21262278v1
[9] Joana Barros-Martins et al, Immune responses against SARS-CoV-2 variants after heterologous and homologous ChAdOx1 nCoV-19/BNT162b2 vaccination, https://www.nature.com/articles/s41591-021-01449-9
[10] Alena Makarova et al, Иммунологическая эффективность вакцины Ковивак, https://t.me/vaccinationcovid/3181
[11] Vladimir Gushchin et al, Neutralizing Activity of Sera from Sputnik V-Vaccinated People against Variants of Concern (VOC: B.1.1.7, B.1.351, P.1, B.1.617.2, B.1.617.3) and Moscow Endemic SARS-CoV-2 Variants, https://www.mdpi.com/2076-393X/9/7/779
[12] Правда о прививках, Антителозависимое усиление инфекции (АЗУИ, ADE) и SARS-CoV-2, https://t.me/vaccines_truth/13
October 18, 2021
Разбор интервью Жолобак, часть 3
– Когда иммунная система начинает продуцировать антитела против белков, это должно настораживать. Может запускаться аутоиммунный процесс. Была серьезная работа китайских и американских ученых о том, что спайк-белок, попадая в кровеносное русло, вызывает воспаление сосудов.
Мы полагаем, что речь идёт о работе [13], в которой говорится, что шиповидный белок сам по себе может вызывать повреждение сосудов у сирийских хомячков. Действительно, в высоких концентрациях любой белок может быть токсичным, но высокие концентрации скорее будут достигнуты при реальном заражении (и никогда при вакцинации). Даже сильнейшие яды небелковой природы не окажут сколь-либо заметного токсического действия в тех концентрациях, которые достигаются при вакцинации.
Кроме того, в этой работе абсолютно ничего не говорится об аутоиммунном процессе. Иммунная система всегда вырабатывает антитела против белков, это её функция.
А вот как раз коронавирусная инфекция может запускать аутоиммунные заболевания [14].
– Мы получаем побочные эффекты, о которых много говорят: миокардит, тромбообразование, воспаление околосердечной сумки.
Миокардиты и перикардиты действительно являются крайне редкими побочными эффектами при вакцинации двумя мРНК-вакцинами. Миокардиты возникают (в основном) у молодых мужчин, которые в принципе склонны к таким явлениям, перикардиты – у более пожилых [15, 16]. Общая рекомендация на сегодняшний день – следует воздерживаться от чрезмерной физической активности в течение 2-3 дней после вакцинации.
Тромбообразование само по себе вследствие вакцинации является, как мы уже разбирали, мифом: единственное крайне редкое явление, так или иначе связанное с тромбообразованием (VITT), наблюдалось у вакцин AstraZeneca и Janssen [17] и не наблюдается у Спутника V.
– По ее мнению, это объясняет то, почему вскоре после вакцинации люди часто заболевают и иногда даже умирают. … На фоне вакцинации ослабляется иммунный ответ против патогенов, которые есть в окружающей среде, то есть человек становится более уязвим.
В данном случае объяснять нечего: данного эффекта попросту нет, достаточно взглянуть на кривые Каплана-Майера [18 Fig 2] для групп вакцинированных и плацебо. Эти кривые очень хорошо показывают, что заболеваемость вакцинированных никогда не превышает таковую в группе плацебо: следовательно, эффект, который пытается объяснить Жолобак, попросту отсутствует.
(продолжение следует)
[13] Yuyang Lei et al, SARS-CoV-2 Spike Protein Impairs Endothelial Function via Downregulation of ACE 2, https://www.ahajournals.org/doi/10.1161/CIRCRESAHA.121.318902
[14] Si-Yu Zhou, Emerging roles of coronavirus in autoimmune diseases, https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0188440921000837
[15] Безвольные каменщики, https://t.me/kamenschiki/879
[16] George A. Diaz, Myocarditis and Pericarditis After Vaccination for COVID-19, https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2782900
[17] Правда о прививках, https://t.me/vaccines_truth/3
[18] Denis Y. Logunov et al, Safety and efficacy of an rAd26 and rAd5 vector-based heterologous prime-boost COVID-19 vaccine: an interim analysis of a randomised controlled phase 3 trial in Russia, https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)00234-8/fulltext
– Когда иммунная система начинает продуцировать антитела против белков, это должно настораживать. Может запускаться аутоиммунный процесс. Была серьезная работа китайских и американских ученых о том, что спайк-белок, попадая в кровеносное русло, вызывает воспаление сосудов.
Мы полагаем, что речь идёт о работе [13], в которой говорится, что шиповидный белок сам по себе может вызывать повреждение сосудов у сирийских хомячков. Действительно, в высоких концентрациях любой белок может быть токсичным, но высокие концентрации скорее будут достигнуты при реальном заражении (и никогда при вакцинации). Даже сильнейшие яды небелковой природы не окажут сколь-либо заметного токсического действия в тех концентрациях, которые достигаются при вакцинации.
Кроме того, в этой работе абсолютно ничего не говорится об аутоиммунном процессе. Иммунная система всегда вырабатывает антитела против белков, это её функция.
А вот как раз коронавирусная инфекция может запускать аутоиммунные заболевания [14].
– Мы получаем побочные эффекты, о которых много говорят: миокардит, тромбообразование, воспаление околосердечной сумки.
Миокардиты и перикардиты действительно являются крайне редкими побочными эффектами при вакцинации двумя мРНК-вакцинами. Миокардиты возникают (в основном) у молодых мужчин, которые в принципе склонны к таким явлениям, перикардиты – у более пожилых [15, 16]. Общая рекомендация на сегодняшний день – следует воздерживаться от чрезмерной физической активности в течение 2-3 дней после вакцинации.
Тромбообразование само по себе вследствие вакцинации является, как мы уже разбирали, мифом: единственное крайне редкое явление, так или иначе связанное с тромбообразованием (VITT), наблюдалось у вакцин AstraZeneca и Janssen [17] и не наблюдается у Спутника V.
– По ее мнению, это объясняет то, почему вскоре после вакцинации люди часто заболевают и иногда даже умирают. … На фоне вакцинации ослабляется иммунный ответ против патогенов, которые есть в окружающей среде, то есть человек становится более уязвим.
В данном случае объяснять нечего: данного эффекта попросту нет, достаточно взглянуть на кривые Каплана-Майера [18 Fig 2] для групп вакцинированных и плацебо. Эти кривые очень хорошо показывают, что заболеваемость вакцинированных никогда не превышает таковую в группе плацебо: следовательно, эффект, который пытается объяснить Жолобак, попросту отсутствует.
(продолжение следует)
[13] Yuyang Lei et al, SARS-CoV-2 Spike Protein Impairs Endothelial Function via Downregulation of ACE 2, https://www.ahajournals.org/doi/10.1161/CIRCRESAHA.121.318902
[14] Si-Yu Zhou, Emerging roles of coronavirus in autoimmune diseases, https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0188440921000837
[15] Безвольные каменщики, https://t.me/kamenschiki/879
[16] George A. Diaz, Myocarditis and Pericarditis After Vaccination for COVID-19, https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2782900
[17] Правда о прививках, https://t.me/vaccines_truth/3
[18] Denis Y. Logunov et al, Safety and efficacy of an rAd26 and rAd5 vector-based heterologous prime-boost COVID-19 vaccine: an interim analysis of a randomised controlled phase 3 trial in Russia, https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)00234-8/fulltext
October 19, 2021
Разбор интервью Жолобак, часть 4 (окончание)
– Дети почти не реагируют на коронавирус. Это связано с тем, что на поверхности их чувствительных клеток еще нет достаточного количества тех рецепторов, которые есть у взрослых. Поэтому коронавирусная инфекция для них особой опасности не представляет. С точки зрения вирусологии сложно объяснить, зачем вакцинировать детей.
Здесь нам придётся обратиться к опыту США, которые публикуют открытую статистику по детям: 558 зарегистрированных летальных исходов, 23582 госпитализаций (2,5% от общего числа), 6177946 зарегистрированных случаев заболевания (16,4% от общего числа) [19]. Вакцинация помогла бы предотвратить эти летальные исходы и случаи госпитализации (= снизила бы нагрузку на систему здравоохранения).
Особое беспокойство доставляет вероятное влияние COVID-19 на фертильность: во многом благодаря сходству с SARS-CoV [20] наиболее широко рассматриваемым аспектом на данных момент является влияние на мужскую фертильность [21], а влияние на женскую фертильность ещё только предстоит оценить [22].
Вакцинация детей также помогла бы исключить случаи передачи вируса людям других поколений, в том числе наиболее подверженных риску тяжёлых последствий и летального исхода. Вакцина не является панацеей: иммунокомпрометированный человек может получить слишком слабый ответ на вакцину, и особенно важно, чтобы все контактные персоны тоже были вакцинированы (включая детей). Действующие вакцины позволяют провести вакцинацию детей в возрасте от 5 лет, и мы надеемся, что вскоре появятся результаты исследований на детях от 1 года.
[19] Children and COVID-19: State Data Report (14.10.2021), https://www.aap.org/en/pages/2019-novel-coronavirus-covid-19-infections/children-and-covid-19-state-level-data-report/
[20] G. Corona et al, SARS-CoV-2 infection, male fertility and sperm cryopreservation: a position statement of the Italian Society of Andrology and Sexual Medicine (SIAMS) (Società Italiana di Andrologia e Medicina della Sessualità), https://link.springer.com/article/10.1007/s40618-020-01290-w
[21] Mohamman Ali Khalili et al, Male Fertility and the COVID-19 Pandemic: Systematic Review of the Literature, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7502312/
[22] Soodeh Mahdian et al, COVID-19 Mediated by Basigin Can Affect Male and Female Fertility, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7604703/
– Дети почти не реагируют на коронавирус. Это связано с тем, что на поверхности их чувствительных клеток еще нет достаточного количества тех рецепторов, которые есть у взрослых. Поэтому коронавирусная инфекция для них особой опасности не представляет. С точки зрения вирусологии сложно объяснить, зачем вакцинировать детей.
Здесь нам придётся обратиться к опыту США, которые публикуют открытую статистику по детям: 558 зарегистрированных летальных исходов, 23582 госпитализаций (2,5% от общего числа), 6177946 зарегистрированных случаев заболевания (16,4% от общего числа) [19]. Вакцинация помогла бы предотвратить эти летальные исходы и случаи госпитализации (= снизила бы нагрузку на систему здравоохранения).
Особое беспокойство доставляет вероятное влияние COVID-19 на фертильность: во многом благодаря сходству с SARS-CoV [20] наиболее широко рассматриваемым аспектом на данных момент является влияние на мужскую фертильность [21], а влияние на женскую фертильность ещё только предстоит оценить [22].
Вакцинация детей также помогла бы исключить случаи передачи вируса людям других поколений, в том числе наиболее подверженных риску тяжёлых последствий и летального исхода. Вакцина не является панацеей: иммунокомпрометированный человек может получить слишком слабый ответ на вакцину, и особенно важно, чтобы все контактные персоны тоже были вакцинированы (включая детей). Действующие вакцины позволяют провести вакцинацию детей в возрасте от 5 лет, и мы надеемся, что вскоре появятся результаты исследований на детях от 1 года.
[19] Children and COVID-19: State Data Report (14.10.2021), https://www.aap.org/en/pages/2019-novel-coronavirus-covid-19-infections/children-and-covid-19-state-level-data-report/
[20] G. Corona et al, SARS-CoV-2 infection, male fertility and sperm cryopreservation: a position statement of the Italian Society of Andrology and Sexual Medicine (SIAMS) (Società Italiana di Andrologia e Medicina della Sessualità), https://link.springer.com/article/10.1007/s40618-020-01290-w
[21] Mohamman Ali Khalili et al, Male Fertility and the COVID-19 Pandemic: Systematic Review of the Literature, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7502312/
[22] Soodeh Mahdian et al, COVID-19 Mediated by Basigin Can Affect Male and Female Fertility, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7604703/
October 19, 2021
мРНК-вакцины хуже, чем векторные?
По крайней мере, так утверждает, например, Дмитрий Кулиш [1] на основе сравнения вакцин Comirnaty, Spikevax и Janssen [2]: титр антител у привитых векторной вакциной Janssen ниже непосредственно после вакцинации, но выше через 8 месяцев.
В действительности у нас есть серьёзные основания подозревать, что ревакцинация третьей дозой мРНК-вакцин нужна уже через полгода [3]; в свою очередь, получается, что однодозовая вакцина Janssen (которая содержит меньше векторов, чем первая доза Спутника) обеспечивает гораздо более «долгоиграющий» ответ? Каким образом это возможно?
Для того, чтобы получить ответ на этот вопрос, нам нужно взглянуть внимательно на представленные графики и обнаружить, что медианный титр антител на отрезке 8 месяцев увеличивается по сравнению с пиковым для вакцины Janssen. То есть где-то на этом участке вакцинированные получили буст: это несложно увидеть, заглянув в приложение к этому исследованию [4 Fig S1]: вакцина Janssen настолько слабее по сравнению с мРНК-вакцинами, что примерно в половине случаев вакцинированные успели получить буст коронавирусной инфекцией (возможно, что бессимптомно), в то время как для каждой из мРНК-вакцин наблюдалось (судя по представленным графикам) только по 1 случаю заболевания.
Нечто подобное можно встретить в работах по дозреванию аффинности антител со временем, если они проводятся на медработниках (которые, естественно, контактируют с SARS-CoV-2). К сожалению, мы не знаем профессиональных характеристик популяции в этом сравнении, да и сама выборка является достаточно небольшой.
Мы не хотим сказать, что мРНК-вакцины намного лучше векторных и считаем, что дело в схеме прайм-буст, которая была применена для мРНК-вакцин, для Спутника, но не для однодозовой вакцины Janssen. Мы просто хотим предложить взглянуть на приложение к этой работе прежде, чем возносить оды векторным вакцинам.
[1] Единая Вакцина, https://t.me/vaccinationcovid/3686
[2] Ai-ris Y. Collier et al, Differential Kinetics of Immune Responses Elicited by Covid-19 Vaccines, https://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMc2115596
[3] European Medicines Agency, Comirnaty and Spikevax: EMA recommendations on extra doses and boosters Share, https://www.ema.europa.eu/en/news/comirnaty-spikevax-ema-recommendations-extra-doses-boosters
[4] Ai-ris Y. Collier et al, https://www.nejm.org/doi/suppl/10.1056/NEJMc2115596/suppl_file/nejmc2115596_appendix.pdf
По крайней мере, так утверждает, например, Дмитрий Кулиш [1] на основе сравнения вакцин Comirnaty, Spikevax и Janssen [2]: титр антител у привитых векторной вакциной Janssen ниже непосредственно после вакцинации, но выше через 8 месяцев.
В действительности у нас есть серьёзные основания подозревать, что ревакцинация третьей дозой мРНК-вакцин нужна уже через полгода [3]; в свою очередь, получается, что однодозовая вакцина Janssen (которая содержит меньше векторов, чем первая доза Спутника) обеспечивает гораздо более «долгоиграющий» ответ? Каким образом это возможно?
Для того, чтобы получить ответ на этот вопрос, нам нужно взглянуть внимательно на представленные графики и обнаружить, что медианный титр антител на отрезке 8 месяцев увеличивается по сравнению с пиковым для вакцины Janssen. То есть где-то на этом участке вакцинированные получили буст: это несложно увидеть, заглянув в приложение к этому исследованию [4 Fig S1]: вакцина Janssen настолько слабее по сравнению с мРНК-вакцинами, что примерно в половине случаев вакцинированные успели получить буст коронавирусной инфекцией (возможно, что бессимптомно), в то время как для каждой из мРНК-вакцин наблюдалось (судя по представленным графикам) только по 1 случаю заболевания.
Нечто подобное можно встретить в работах по дозреванию аффинности антител со временем, если они проводятся на медработниках (которые, естественно, контактируют с SARS-CoV-2). К сожалению, мы не знаем профессиональных характеристик популяции в этом сравнении, да и сама выборка является достаточно небольшой.
Мы не хотим сказать, что мРНК-вакцины намного лучше векторных и считаем, что дело в схеме прайм-буст, которая была применена для мРНК-вакцин, для Спутника, но не для однодозовой вакцины Janssen. Мы просто хотим предложить взглянуть на приложение к этой работе прежде, чем возносить оды векторным вакцинам.
[1] Единая Вакцина, https://t.me/vaccinationcovid/3686
[2] Ai-ris Y. Collier et al, Differential Kinetics of Immune Responses Elicited by Covid-19 Vaccines, https://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMc2115596
[3] European Medicines Agency, Comirnaty and Spikevax: EMA recommendations on extra doses and boosters Share, https://www.ema.europa.eu/en/news/comirnaty-spikevax-ema-recommendations-extra-doses-boosters
[4] Ai-ris Y. Collier et al, https://www.nejm.org/doi/suppl/10.1056/NEJMc2115596/suppl_file/nejmc2115596_appendix.pdf
October 20, 2021
Ревакцинация обязательна
Препринт, показывающий эффективность вакцин от COVID-19 на протяжении 9 месяцев на основании ретроспективного анализа [1].
Если коротко: Comirnaty показала снижение с 92% на 15-30 день (сравнимо со Спутник V) до 47% на 121-180 день (4-6 месяцев). С 211 дня (7 месяцев) эффективность была ниже пределов определения (23%, сравнимо с Ковиваком на 15-30 день). Эффективность против тяжёлых заболеваний же оставалось высокой на протяжении всего периода, но не для мужчин, пожилых и людей с сопутствующими заболеваниями.
Вакцина Vaxzevria/Covishield не обнаруживала эффективность начиная со 121 дня (4 месяца).
Вывод, сделанный исследователями: эффективность вакцин снижается со временем (что неудивительно), с разной скоростью в зависимости от типа вакцины и от пола/возраста вакцинированных (у мужчин и пожилых быстрее).
Хотя данные исследования, вероятно, не являются чистыми – группа непривитых мала и может состоять из преимущественно переболевших – падение эффективности вакцин со временем является бесспорным фактом, хотя, возможно, оно не столь значительно, как заявляется в исследовании.
Можем добавить, что ревакцинацию после инактивированных вакцин желательно провести не позже 4 месяцев от даты полной вакцинации, после мРНК-вакцин – 6-8 месяцев от даты полной вакцинации. Выбор интервала 6 месяцев для ревакцинации после Спутника V представляется разумным.
Вышесказанное не говорит о том, что дата следующей ревакцинации также должна быть назначена через полгода от даты первой ревакцинации; мы не знаем, насколько хорошо сохраняется иммунитет после третьей дозы вакцины. По всей видимости, этот интервал составит от 6 месяцев до 1 года (об интервале в 1 год также заявлял глава Pfizer [2]; объявление конкретных сроков, на наш взгляд, несколько преждевременно).
Добавим, что надежды на «клеточный иммунитет», что бы под этим ни подразумевалось, не оправдываются. B-клетки памяти, вероятнее всего, не успевают сработать в случае инфицирования дельта-вариантом SARS-CoV-2, а ответ T-киллеров, судя по всему, не играет решающей роли [3,4].
1. Peter Nordström et al, Effectiveness of Covid-19 Vaccination Against Risk of Symptomatic Infection, Hospitalization, and Death Up to 9 Months: A Swedish Total-Population Cohort Study, https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3949410
2. The Conversation, 3 doses, then 1 each year: why Pfizer, not AstraZeneca, is the best bet for the long haul, https://theconversation.com/3-doses-then-1-each-year-why-pfizer-not-astrazeneca-is-the-best-bet-for-the-long-haul-159137
3. GET OUT OF ME, https://t.me/getout_ofme/30
4. Ivan A. Molodtsov et al, A prospective study of the protective effect of SARS-CoV-2–specific antibodies and T cells in Moscow residents, https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.19.21262278v1
Препринт, показывающий эффективность вакцин от COVID-19 на протяжении 9 месяцев на основании ретроспективного анализа [1].
Если коротко: Comirnaty показала снижение с 92% на 15-30 день (сравнимо со Спутник V) до 47% на 121-180 день (4-6 месяцев). С 211 дня (7 месяцев) эффективность была ниже пределов определения (23%, сравнимо с Ковиваком на 15-30 день). Эффективность против тяжёлых заболеваний же оставалось высокой на протяжении всего периода, но не для мужчин, пожилых и людей с сопутствующими заболеваниями.
Вакцина Vaxzevria/Covishield не обнаруживала эффективность начиная со 121 дня (4 месяца).
Вывод, сделанный исследователями: эффективность вакцин снижается со временем (что неудивительно), с разной скоростью в зависимости от типа вакцины и от пола/возраста вакцинированных (у мужчин и пожилых быстрее).
Хотя данные исследования, вероятно, не являются чистыми – группа непривитых мала и может состоять из преимущественно переболевших – падение эффективности вакцин со временем является бесспорным фактом, хотя, возможно, оно не столь значительно, как заявляется в исследовании.
Можем добавить, что ревакцинацию после инактивированных вакцин желательно провести не позже 4 месяцев от даты полной вакцинации, после мРНК-вакцин – 6-8 месяцев от даты полной вакцинации. Выбор интервала 6 месяцев для ревакцинации после Спутника V представляется разумным.
Вышесказанное не говорит о том, что дата следующей ревакцинации также должна быть назначена через полгода от даты первой ревакцинации; мы не знаем, насколько хорошо сохраняется иммунитет после третьей дозы вакцины. По всей видимости, этот интервал составит от 6 месяцев до 1 года (об интервале в 1 год также заявлял глава Pfizer [2]; объявление конкретных сроков, на наш взгляд, несколько преждевременно).
Добавим, что надежды на «клеточный иммунитет», что бы под этим ни подразумевалось, не оправдываются. B-клетки памяти, вероятнее всего, не успевают сработать в случае инфицирования дельта-вариантом SARS-CoV-2, а ответ T-киллеров, судя по всему, не играет решающей роли [3,4].
1. Peter Nordström et al, Effectiveness of Covid-19 Vaccination Against Risk of Symptomatic Infection, Hospitalization, and Death Up to 9 Months: A Swedish Total-Population Cohort Study, https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3949410
2. The Conversation, 3 doses, then 1 each year: why Pfizer, not AstraZeneca, is the best bet for the long haul, https://theconversation.com/3-doses-then-1-each-year-why-pfizer-not-astrazeneca-is-the-best-bet-for-the-long-haul-159137
3. GET OUT OF ME, https://t.me/getout_ofme/30
4. Ivan A. Molodtsov et al, A prospective study of the protective effect of SARS-CoV-2–specific antibodies and T cells in Moscow residents, https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.19.21262278v1
October 27, 2021
Поскольку к нашей небольшой заметке «мРНК-вакцины хуже, чем векторные?» [1] возникли вопросы, нам бы хотелось проиллюстрировать увиденные нами данные.
Речь идёт о вопросе «Как вообще можно заподозрить буст там, где уровень bau вроде бы достаточно равномерно снижается?» [2]. Здесь мы настоятельно рекомендуем смотреть на диаграммы не в рассматриваемой статье [3], а в приложении к ней [4 Fig S1] – в представленной диаграмме чётко виден рост титра антител. Мы добавили симулированные данные для сравнения.
[1] Правда о прививках, мРНК-вакцины хуже, чем векторные?, https://t.me/vaccines_truth/29
[2] Врачи и учёные против COVID-19, https://t.me/doctors_scientists_against_covid/150487
[3] Ai-ris Y. Collier et al, Differential Kinetics of Immune Responses Elicited by Covid-19 Vaccines, https://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMc2115596
[4] Ai-ris Y. Collier et al, https://www.nejm.org/doi/suppl/10.1056/NEJMc2115596/suppl_file/nejmc2115596_appendix.pdf
Речь идёт о вопросе «Как вообще можно заподозрить буст там, где уровень bau вроде бы достаточно равномерно снижается?» [2]. Здесь мы настоятельно рекомендуем смотреть на диаграммы не в рассматриваемой статье [3], а в приложении к ней [4 Fig S1] – в представленной диаграмме чётко виден рост титра антител. Мы добавили симулированные данные для сравнения.
[1] Правда о прививках, мРНК-вакцины хуже, чем векторные?, https://t.me/vaccines_truth/29
[2] Врачи и учёные против COVID-19, https://t.me/doctors_scientists_against_covid/150487
[3] Ai-ris Y. Collier et al, Differential Kinetics of Immune Responses Elicited by Covid-19 Vaccines, https://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMc2115596
[4] Ai-ris Y. Collier et al, https://www.nejm.org/doi/suppl/10.1056/NEJMc2115596/suppl_file/nejmc2115596_appendix.pdf
October 28, 2021
Возможен ли конец пандемии?
...в тот момент, когда прививки и лекарства станут доступными во всем мире, пандемия закончится. По словам представителя компании Moderna, это может случится к осени 2023 года… [1]
Мы с огромным интересом наблюдали за распространением вариантов SARS-CoV-2 вне человеческой популяции. Как известно, практически с самого начала пандемии появились надёжные свидетельства передачи вируса от человека куньим (европейская норка), дальнейшей передачи вируса между норками и обратной передачи человеку [2,3]. Тогда речь шла о вспышке коронавирусной инфекции на зверофермах.
Возможность появления параллельной ветви эволюции SARS-CoV-2 среди животных вызывает особые опасения; беспокойство связано в том числе с быстрым уходом от нейтрализации благодаря приобретённым мутациям [4]. Для минимизации рисков этого была разработана вакцина Карнивак-Ков [5,6].
К сожалению, новости из США не самые радостные: в популяциях белохвостых оленей, живущих как в неволе, так и на свободе, зарегистрирована множественная передача SARS-CoV-2 от человека к животным и дальнейшее распространение вируса от оленей к оленям в популяции [7].
Данная публикация имеет статус препринта, однако представленные данные вызывают серьёзные опасения в том, что пандемию COVID-19 вообще удастся когда-либо прекратить.
1. https://t.me/israeltoday/3880
2. N. Oreshkova et al, SARS-CoV-2 infection in farmed minks, the Netherlands, April and May 2020, https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.23.2001005
3. A. Hammer et al, SARS-CoV-2 Transmission between Mink (Neovison vison) and Humans, Denmark, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7853580/
4. M. Hoffmann, SARS-CoV-2 mutations acquired in mink reduce antibody-mediated neutralization, https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2211124721003314
5. ФГБУ «ВНИИЗЖ», В России зарегистрирована первая в мире вакцина против новой коронавирусной инфекции COVID-19 для животных, разработанная учёными Россельхознадзора, https://www.arriah.ru/press-sluzhba/covid-19/?ELEMENT_ID=12096
6. Т. Галкина et al, Ветеринария сегодня, Создание вакцины против коронавирусной инфекции (COVID-19) плотоядных животных «Карнивак-Ков», https://veterinary.arriah.ru/jour/article/view/555/654
7. S. Kuchipudi et al, Multiple spillovers and onward transmission of SARS-Cov-2 in free-living and captive White-tailed deer (Odocoileus virginianus), https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.10.31.466677v1
...в тот момент, когда прививки и лекарства станут доступными во всем мире, пандемия закончится. По словам представителя компании Moderna, это может случится к осени 2023 года… [1]
Мы с огромным интересом наблюдали за распространением вариантов SARS-CoV-2 вне человеческой популяции. Как известно, практически с самого начала пандемии появились надёжные свидетельства передачи вируса от человека куньим (европейская норка), дальнейшей передачи вируса между норками и обратной передачи человеку [2,3]. Тогда речь шла о вспышке коронавирусной инфекции на зверофермах.
Возможность появления параллельной ветви эволюции SARS-CoV-2 среди животных вызывает особые опасения; беспокойство связано в том числе с быстрым уходом от нейтрализации благодаря приобретённым мутациям [4]. Для минимизации рисков этого была разработана вакцина Карнивак-Ков [5,6].
К сожалению, новости из США не самые радостные: в популяциях белохвостых оленей, живущих как в неволе, так и на свободе, зарегистрирована множественная передача SARS-CoV-2 от человека к животным и дальнейшее распространение вируса от оленей к оленям в популяции [7].
Данная публикация имеет статус препринта, однако представленные данные вызывают серьёзные опасения в том, что пандемию COVID-19 вообще удастся когда-либо прекратить.
1. https://t.me/israeltoday/3880
2. N. Oreshkova et al, SARS-CoV-2 infection in farmed minks, the Netherlands, April and May 2020, https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.23.2001005
3. A. Hammer et al, SARS-CoV-2 Transmission between Mink (Neovison vison) and Humans, Denmark, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7853580/
4. M. Hoffmann, SARS-CoV-2 mutations acquired in mink reduce antibody-mediated neutralization, https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2211124721003314
5. ФГБУ «ВНИИЗЖ», В России зарегистрирована первая в мире вакцина против новой коронавирусной инфекции COVID-19 для животных, разработанная учёными Россельхознадзора, https://www.arriah.ru/press-sluzhba/covid-19/?ELEMENT_ID=12096
6. Т. Галкина et al, Ветеринария сегодня, Создание вакцины против коронавирусной инфекции (COVID-19) плотоядных животных «Карнивак-Ков», https://veterinary.arriah.ru/jour/article/view/555/654
7. S. Kuchipudi et al, Multiple spillovers and onward transmission of SARS-Cov-2 in free-living and captive White-tailed deer (Odocoileus virginianus), https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.10.31.466677v1
November 5, 2021
Forwarded from GET OUT OF ME
Просим прощения у дорогих подписчиков, но сейчас не совсем о науке. Впрочем, скоро будет интересный пост о роли генетики хозяина в патогенезе COVID-19.
Недавно вновь всплыло смешное доковидное видео, в котором у иконы антивакцинаторов Александра НАШЕ ВСЁ Редько находят гору поддельных ксив. Полицейские со смехом читают фейковые звания разоблачителя вакцин, а он с серьезным лицом говорит: "Вы считаете, я что-то подделал?".
Вы когда-нибудь интересовались темой докторской диссертации Александра Алексеевича? Согласно биографическим статьям, он защитил докторскую диссертацию на тему "Здоровье населения мегаполиса и качество окружающей среды на примере Санкт-Петербурга" в 2004 году, однако найти какие-либо следы диссертации за его авторством или его собственные исследования на эту тему не удается. Сам Редько в 2010 утверждал, что материалы его диссертации "засекретили" (?!), а в elibrary за его соавторством можно отыскать аж целых четыре статьи (это единственный Редько Александр Алексеевич в РИНЦ), чего катастрофически недостаточно для получения докторской степени в России. Более того, все 4 статьи были опубликованы уже после якобы присуждения докторской степени, которое, согласно биографии, было в 2004 году. В WoS и Scopus ничего найти не удалось.
В биографии также указано, что до 2014 года Редько был профессором кафедры экономики и менеджмента в науке и социальной сфере в СПбГЭУ, такая кафедра действительно существовала, однако был ли Редько профессором этой кафедры, проверить возможности нет. Сейчас такой кафедры в структуре университета нет. Также неизвестно, получал ли Александр Алексеевич реальное, а не воображаемое звание профессора.
В связи с этим у нас возник вопрос к вам, дорогие читатели: вы видели какие-то намеки на диссертацию Редько или свидетелей защиты этой диссертации? Да и вообще хоть какую-то информацию из внятных источников, а не из уст самого Редько и его коллег-фейкоделов. Поскольку в данный момент складывается четкое впечатление, что уважаемый дохтур ноук и проФФесор является обыкновенным мошенником.
Можно поддержать репостами, потому что вопрос и в самом деле весьма интересный.
Недавно вновь всплыло смешное доковидное видео, в котором у иконы антивакцинаторов Александра НАШЕ ВСЁ Редько находят гору поддельных ксив. Полицейские со смехом читают фейковые звания разоблачителя вакцин, а он с серьезным лицом говорит: "Вы считаете, я что-то подделал?".
Вы когда-нибудь интересовались темой докторской диссертации Александра Алексеевича? Согласно биографическим статьям, он защитил докторскую диссертацию на тему "Здоровье населения мегаполиса и качество окружающей среды на примере Санкт-Петербурга" в 2004 году, однако найти какие-либо следы диссертации за его авторством или его собственные исследования на эту тему не удается. Сам Редько в 2010 утверждал, что материалы его диссертации "засекретили" (?!), а в elibrary за его соавторством можно отыскать аж целых четыре статьи (это единственный Редько Александр Алексеевич в РИНЦ), чего катастрофически недостаточно для получения докторской степени в России. Более того, все 4 статьи были опубликованы уже после якобы присуждения докторской степени, которое, согласно биографии, было в 2004 году. В WoS и Scopus ничего найти не удалось.
В биографии также указано, что до 2014 года Редько был профессором кафедры экономики и менеджмента в науке и социальной сфере в СПбГЭУ, такая кафедра действительно существовала, однако был ли Редько профессором этой кафедры, проверить возможности нет. Сейчас такой кафедры в структуре университета нет. Также неизвестно, получал ли Александр Алексеевич реальное, а не воображаемое звание профессора.
В связи с этим у нас возник вопрос к вам, дорогие читатели: вы видели какие-то намеки на диссертацию Редько или свидетелей защиты этой диссертации? Да и вообще хоть какую-то информацию из внятных источников, а не из уст самого Редько и его коллег-фейкоделов. Поскольку в данный момент складывается четкое впечатление, что уважаемый дохтур ноук и проФФесор является обыкновенным мошенником.
Можно поддержать репостами, потому что вопрос и в самом деле весьма интересный.
Телеканал Санкт-Петербург
Сотрудники ФСБ устроили охоту на «фантики» и спецсигналы | Телеканал Санкт-Петербург
На Загородном проспекте охота на машины только с «красивыми» номерами. Сотрудники ГИБДД ищут незаконные спецсигналы и пропуска-непроверяйки.
November 8, 2021
Вакцина Livzon Mabpharm V-1
Как заявляют СМИ, среди вакцин, поданных на регистрацию в России, может быть «вакцина V-01 китайского производителя Livzon Mabpharm Inc – это препарат, фактически аналогичный „ЭпиВакКороне“ „Вектора“» [1].
Нам неизвестно, подавала ли компания Livzon такую заявку, однако, судя по всему, в этой вакцине используется химерный белок, в качестве антигена в котором служит полноценный рецептор-связывающий домен (RBD) S-белка [2].
RBD является небольшим участком белка (см. иллюстрацию [3]), поэтому идея создания химерного белка, обладающего большей иммуногенностью, выглядит весьма привлекательной; однако такую вакцину никак нельзя назвать пептидной, она относится к классу белковых субъединичных.
Об эффективности вакцины Livzon V-1 нам неизвестно ничего, однако по итогам I/II фаз КИ она удовлетворила критериям безопасности и является в достаточной мере иммуногенной (сероконверсия 97%) [2].
Такая вакцина является аналогом кубинской Abdala, а вовсе не ЭпиВакКороны.
1. Известия, Фармацевт рассказал о якобы заявленной на регистрацию в России вакцине от COVID-19, https://iz.ru/1192344/2021-07-13/farmatcevt-rasskazal-o-iakoby-zaiavlennoi-na-registratciiu-v-rossii-vaktcine-ot-covid-19
2. https://www.51ldb.com/shsldb/tj/content/81b1b453-e8ae-4fcc-8898-273cfb1da5db.html
3. https://t.me/vaccines_truth/19
Как заявляют СМИ, среди вакцин, поданных на регистрацию в России, может быть «вакцина V-01 китайского производителя Livzon Mabpharm Inc – это препарат, фактически аналогичный „ЭпиВакКороне“ „Вектора“» [1].
Нам неизвестно, подавала ли компания Livzon такую заявку, однако, судя по всему, в этой вакцине используется химерный белок, в качестве антигена в котором служит полноценный рецептор-связывающий домен (RBD) S-белка [2].
RBD является небольшим участком белка (см. иллюстрацию [3]), поэтому идея создания химерного белка, обладающего большей иммуногенностью, выглядит весьма привлекательной; однако такую вакцину никак нельзя назвать пептидной, она относится к классу белковых субъединичных.
Об эффективности вакцины Livzon V-1 нам неизвестно ничего, однако по итогам I/II фаз КИ она удовлетворила критериям безопасности и является в достаточной мере иммуногенной (сероконверсия 97%) [2].
Такая вакцина является аналогом кубинской Abdala, а вовсе не ЭпиВакКороны.
1. Известия, Фармацевт рассказал о якобы заявленной на регистрацию в России вакцине от COVID-19, https://iz.ru/1192344/2021-07-13/farmatcevt-rasskazal-o-iakoby-zaiavlennoi-na-registratciiu-v-rossii-vaktcine-ot-covid-19
2. https://www.51ldb.com/shsldb/tj/content/81b1b453-e8ae-4fcc-8898-273cfb1da5db.html
3. https://t.me/vaccines_truth/19
November 8, 2021
Защитный титр антител и BAU
Как мы уже говорили, титр антител можно посчитать в реакции нейтрализации ЦПД [1]. ИФА/ИХЛА дают примерную оценку титра антител в своих собственных единицах, и прямую зависимость между ними и титром нейтрализации установить можно только с достаточно большой погрешностью [2].
Поскольку коммерческие тест-системы широко доступны и массово используются, например, в России, многие существующие исследования – включая Телеграм-КИ проекта V1V2 [3] направлены на установление «защитного титра» антител, выраженного в международных единицах – BAU (binding antibody units, единицы связывающих антител). Поскольку разные тест-системы выдают существенно отличающиеся оценки титра антител в этих самых единицах [4], то исследования направлены в основном на тест-системы Abbott и Diasorin Liaison.
Однако мы можем услышать самые различные оценки, вплоть до 2200 BAU/мл [5], опираясь на исследование [6]. Что с этими оценками не так?
Не существует такого значения, которое бы защищало от заражения со 100% вероятностью. Мы можем сколь угодно близко приближаться к 100%, но никогда этого значения не достигнуть. Очевидно, что практическую ценность имеет такая защита, которая снизит эффективное репродуктивное число до значений меньше 1.
В случае с базовым репродуктивным числом = 8..10 (∂-вариант SARS-CoV-2) мы будем считать удовлетворительной защиту от заражения в ~90% в том случае, если она также обеспечивает высокий уровень защиты от среднетяжёлого течения (=госпитализации).
В том же самом исследовании [6], основанном на применении тест-системы ИФА Wantai, защита от заражения составила 89,3% для концентраций антител 141..1700 BAU/мл, заражения выше уровня 1700 BAU/мл зафиксированы не были.
Учитывая всё вышесказанное, такие оценки, как 2200 BAU/мл, кажутся абсолютно бессмысленными. Если бы нам потребовался ориентир для уверенной защиты по ИФА Wantai, можно было бы взять в качестве первого приближения середину интервала 141..1700 BAU/мл = 489 BAU/мл (среднее геометрическое).
Мы не можем рекомендовать проводить досрочную ревакцинацию в погоне за сверхвысокими BAU.
1. Правда о прививках, Как считают титр антител, https://t.me/vaccines_truth/17
2. MS Tang et al, Association between SARS-CoV-2 Neutralizing Antibodies and Commercial Serological Assays, https://academic.oup.com/clinchem/article/66/12/1538/5902446
3. Телеграм-КИ :: проект V1V2, https://t.me/delta_self_research
4. Правда о прививках, https://t.me/vaccines_truth/6
5. Так всё-таки делать прививку от SARS-CoV-2 или нет? Чат СОМнений, https://t.me/sputnikv_or_not_to_be/517125
6. C. Dimeglio et al, Antibody titers and protection against a SARS-CoV-2 infection, https://www.journalofinfection.com/article/S0163-4453(21)00483-7/fulltext
Как мы уже говорили, титр антител можно посчитать в реакции нейтрализации ЦПД [1]. ИФА/ИХЛА дают примерную оценку титра антител в своих собственных единицах, и прямую зависимость между ними и титром нейтрализации установить можно только с достаточно большой погрешностью [2].
Поскольку коммерческие тест-системы широко доступны и массово используются, например, в России, многие существующие исследования – включая Телеграм-КИ проекта V1V2 [3] направлены на установление «защитного титра» антител, выраженного в международных единицах – BAU (binding antibody units, единицы связывающих антител). Поскольку разные тест-системы выдают существенно отличающиеся оценки титра антител в этих самых единицах [4], то исследования направлены в основном на тест-системы Abbott и Diasorin Liaison.
Однако мы можем услышать самые различные оценки, вплоть до 2200 BAU/мл [5], опираясь на исследование [6]. Что с этими оценками не так?
Не существует такого значения, которое бы защищало от заражения со 100% вероятностью. Мы можем сколь угодно близко приближаться к 100%, но никогда этого значения не достигнуть. Очевидно, что практическую ценность имеет такая защита, которая снизит эффективное репродуктивное число до значений меньше 1.
В случае с базовым репродуктивным числом = 8..10 (∂-вариант SARS-CoV-2) мы будем считать удовлетворительной защиту от заражения в ~90% в том случае, если она также обеспечивает высокий уровень защиты от среднетяжёлого течения (=госпитализации).
В том же самом исследовании [6], основанном на применении тест-системы ИФА Wantai, защита от заражения составила 89,3% для концентраций антител 141..1700 BAU/мл, заражения выше уровня 1700 BAU/мл зафиксированы не были.
Учитывая всё вышесказанное, такие оценки, как 2200 BAU/мл, кажутся абсолютно бессмысленными. Если бы нам потребовался ориентир для уверенной защиты по ИФА Wantai, можно было бы взять в качестве первого приближения середину интервала 141..1700 BAU/мл = 489 BAU/мл (среднее геометрическое).
Мы не можем рекомендовать проводить досрочную ревакцинацию в погоне за сверхвысокими BAU.
1. Правда о прививках, Как считают титр антител, https://t.me/vaccines_truth/17
2. MS Tang et al, Association between SARS-CoV-2 Neutralizing Antibodies and Commercial Serological Assays, https://academic.oup.com/clinchem/article/66/12/1538/5902446
3. Телеграм-КИ :: проект V1V2, https://t.me/delta_self_research
4. Правда о прививках, https://t.me/vaccines_truth/6
5. Так всё-таки делать прививку от SARS-CoV-2 или нет? Чат СОМнений, https://t.me/sputnikv_or_not_to_be/517125
6. C. Dimeglio et al, Antibody titers and protection against a SARS-CoV-2 infection, https://www.journalofinfection.com/article/S0163-4453(21)00483-7/fulltext
November 18, 2021