Forwarded from Ivan Begtin (Ivan Begtin)
В Nature статья о переосмыслении научных статей, и перевод их в формат "исполняемых статей" (executable papers) [1] идея в том что электронная научная публикация должна иметь формат аналогичный цифровым записным книжкам таким как Jupyter Notebook или Wolfram Notebook и должна включать всё необходимое, исходный код и данные для её перепроверки. Эта концепция не нова, и давно присутствует, например, в Codalab [2], но пока ещё она не стала всеобъемлющей.
Автор приводит пример с его статьей с анализом данных температуры земли, опубликованными данными и кодом [3]. А также множество примеров проектов готовых шаблонов воспроизводимых проектов [4].
Основной и важнейший, можно сказать инновационный, подход в том что научная статья/публикация - это не документ, а некий интерактивный открытый цифровой продукт, включающий как описания и выводы, так и исходный код, данные и формулы организованные таким образом чтобы можно было максимально упросить работу по воспроизведению результатов.
Определение из CodaLab звучит как
A CodaLab executable paper is a worksheet that contains the code, data, main experiments, tables, and graphs used in a published paper (think of it as an appendix or supplementary material).
Ещё в 2013 году об этом писали в Elsevier Labs [6], а ещё в 2011 году запускали конкурс "исполняемых статей" [7] [8], но мир изменился с тех пор и сейчас главным приоритетом является именно открытость таких публикаций и использование свободных и открытых инструментов и сервисов хранения данных.
Практика публикации исполняемых статей есть, например, в журнале eLife [9], а обзор открытых инструментов для их подготовки есть в статье Publishing computational research - a review of infrastructures for reproducible and transparent scholarly communication [8]. Если вкратце, существует как минимум 11 сервисов, большая часть, но не все из которых основаны на Jupiter Notebook.
Больше публикаций об этом можно найти, например, в результатах проекта Open Reproducible Research II [11] в Universität Münster
По всем впечатлениям скоро исполняемые статьи станут мейнстримом во всех работах где есть работа с данными и создание кода, а в течение нескольких лет, а может и быстрее, появятся формальные стандарты на основе существующих стандартов де-факто.
Ссылки:
[1] https://www.nature.com/articles/s42005-020-00403-4
[2] https://codalab-worksheets.readthedocs.io/en/latest/Executable-Papers/
[3] https://zenodo.org/record/3831237#.X3QQDO1n1hE
[4] https://gitlab.com/makhlaghi/reproducible-paper
[5] https://codalab-worksheets.readthedocs.io/en/latest/Executable-Papers/
[6] https://www.elsevier.com/connect/executable-papers-in-computer-science-go-live-on-sciencedirect
[7] https://www.journals.elsevier.com/pattern-recognition-letters/news/introducing-executable-papers
[8] https://www.slideshare.net/anitawaard/executable-papers
[9] https://elifesciences.org/for-the-press/eb096af1/elife-launches-executable-research-articles-for-publishing-computationally-reproducible-results
[10] https://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/2001/2001.00484.pdf
[11] https://www.uni-muenster.de/forschungaz/project/12343?lang=en
#data #opendata #openscience #openaccess
Автор приводит пример с его статьей с анализом данных температуры земли, опубликованными данными и кодом [3]. А также множество примеров проектов готовых шаблонов воспроизводимых проектов [4].
Основной и важнейший, можно сказать инновационный, подход в том что научная статья/публикация - это не документ, а некий интерактивный открытый цифровой продукт, включающий как описания и выводы, так и исходный код, данные и формулы организованные таким образом чтобы можно было максимально упросить работу по воспроизведению результатов.
Определение из CodaLab звучит как
A CodaLab executable paper is a worksheet that contains the code, data, main experiments, tables, and graphs used in a published paper (think of it as an appendix or supplementary material).
Ещё в 2013 году об этом писали в Elsevier Labs [6], а ещё в 2011 году запускали конкурс "исполняемых статей" [7] [8], но мир изменился с тех пор и сейчас главным приоритетом является именно открытость таких публикаций и использование свободных и открытых инструментов и сервисов хранения данных.
Практика публикации исполняемых статей есть, например, в журнале eLife [9], а обзор открытых инструментов для их подготовки есть в статье Publishing computational research - a review of infrastructures for reproducible and transparent scholarly communication [8]. Если вкратце, существует как минимум 11 сервисов, большая часть, но не все из которых основаны на Jupiter Notebook.
Больше публикаций об этом можно найти, например, в результатах проекта Open Reproducible Research II [11] в Universität Münster
По всем впечатлениям скоро исполняемые статьи станут мейнстримом во всех работах где есть работа с данными и создание кода, а в течение нескольких лет, а может и быстрее, появятся формальные стандарты на основе существующих стандартов де-факто.
Ссылки:
[1] https://www.nature.com/articles/s42005-020-00403-4
[2] https://codalab-worksheets.readthedocs.io/en/latest/Executable-Papers/
[3] https://zenodo.org/record/3831237#.X3QQDO1n1hE
[4] https://gitlab.com/makhlaghi/reproducible-paper
[5] https://codalab-worksheets.readthedocs.io/en/latest/Executable-Papers/
[6] https://www.elsevier.com/connect/executable-papers-in-computer-science-go-live-on-sciencedirect
[7] https://www.journals.elsevier.com/pattern-recognition-letters/news/introducing-executable-papers
[8] https://www.slideshare.net/anitawaard/executable-papers
[9] https://elifesciences.org/for-the-press/eb096af1/elife-launches-executable-research-articles-for-publishing-computationally-reproducible-results
[10] https://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/2001/2001.00484.pdf
[11] https://www.uni-muenster.de/forschungaz/project/12343?lang=en
#data #opendata #openscience #openaccess
Nature
Creating an executable paper is a journey through Open Science
Communications Physics - Executable papers take transparency and openness in research communication one step further. In this comment, an early career researcher reports her experience of creating...