Новая версия Evo 2

Она способна автоматически распознавать ключевые элементы генома: гены, регуляторные участки ДНК, места сплайсинга и другие функциональные структуры. Модель обучалась на данных из всех трёх доменов жизни - бактерий, архей и эукариот - что делает её одной из самых универсальных систем анализа генома на сегодняшний день.

В основе системы лежит нейросетевая архитектура StripedHyena 2. Обучение происходило в два этапа. Сначала модель анализировала короткие фрагменты ДНК длиной около 8 000 нуклеотидов, чтобы научиться распознавать базовые генетические элементы. Затем ей начали подавать значительно более длинные последовательности - до миллиона нуклеотидов - что позволило выявлять более крупные структурные закономерности в геномах.

Для обучения использовался огромный набор данных OpenGenome2, содержащий около 8,8 триллиона пар оснований ДНК. На его основе были созданы две версии модели: меньшая - с 7 миллиардами параметров, и полная - с 40 миллиардами параметров. Интересно, что разработчики сознательно исключили вирусы, заражающие эукариот, чтобы снизить риск возможного злоупотребления системой для создания биологических угроз.

Главная сложность, которую должна была преодолеть модель, связана со структурой геномов сложных организмов. У бактерий гены расположены относительно просто: кодирующие участки идут подряд, без разрывов. Но у эукариот гены разбиты на фрагменты, разделённые некодирующими участками - интронами. Кроме того, регуляторные элементы могут находиться на большом расстоянии от самих генов, а значительная часть генома состоит из "мусорной" ДНК - фрагментов вирусов, повреждённых генов и других неактивных последовательностей. Всё это сильно усложняет анализ генома.

ИИ оказался особенно эффективным в распознавании тонких статистических закономерностей в таких сложных структурах. Например, модель научилась определять границы интронов и экзонов, а также выявлять участки ДНК, которые регулируют активность генов. Более того, она смогла распознавать некоторые структурные особенности белков, кодируемых генами, такие как альфа-спирали и бета-листы.

Чтобы проверить возможности системы, исследователи искусственно вводили точечные мутации в ДНК и анализировали реакцию модели. Evo 2 успешно определяла, насколько серьёзно изменение влияет на функцию гена. Например, она различала мутации, которые полностью останавливают синтез белка, и изменения, которые почти не влияют на работу клетки. Это особенно важно для оценки мутаций в генах, связанных с заболеваниями, например в гене BRCA2, мутации которого повышают риск развития рака.

Ещё одна интересная особенность модели - способность автоматически определять, с каким типом организма она работает. Некоторые виды используют изменённые генетические коды для завершения синтеза белков, и система корректно распознаёт такие различия.

Разработчики также проверили, может ли модель создавать новые генетические последовательности. В одном из экспериментов ей предложили спроектировать регуляторные участки ДНК, которые активны в одном типе клеток и неактивны в другом. Сгенерированные последовательности протестировали в клетках, и около 17% из них действительно показали заметную разницу в активности между клеточными типами. Это ещё далеко от полноценного проектирования новых биологических функций, но уже демонстрирует потенциал метода

https://www.nature.com/articles/s41586-026-10176-5

#искусственный_интеллект

Вам стоит осознать очень важную вещь. То, что ещё недавно обсуждалось в узких кругах биогеронтологов и трансгуманистов, постепенно выходит на уровень глобальной политики.

Выступление Синклера на Всемирном Правительственном Саммите в Дубае тому явный признак.

Вы можете обратить вспять старение на 75% за 6 недель... путем переустановки "программного обеспечения" тела, чтобы оно снова стало молодым

Он открыто заявляет, что старение следует рассматривать как медицинское состояние, которое можно лечить и потенциально обращать вспять.
Конечно, сам по себе этот тезис не новый для науки. Но принципиально важно другое: подобные идеи теперь звучат не на узкоспециализированных конференциях, а на глобальной площадке, где обсуждаются стратегии будущего государств.

Синклер также сообщил, что его команда готовится к первым клиническим испытаниям эпигенетического перепрограммирования - метода, основанного на факторах Яманака, позволяющих возвращать клеткам более молодое состояние.

Этот момент на самом деле важнее, чем вам может показаться. Когда на международных саммитах обсуждают возможность лечения старения, становится очевидно: долголетие постепенно превращается из футуристической идеи в стратегическое направление развития медицины и цивилизации

🚨🚨🚨

Eli Lilly подала уведомление в FTC о приобретении Insilico Medicine. FTC уже одобрила сделку в ускоренном порядке.

Деталей по сделке пока мало, но документ достоверный. Вот это да….

Экономика продления жизни. Стрыгин

Помните, я писал про то, что видел мешок с органами? Наконец-то могу рассказать детали и показать вам.

Известный журналист Эшли Вэнс (автор одной из первых биографий Илона Маска, выпущенной 2015) выпустил материал про Kind.bio. Компанию основал Джастин Ребо - по совместительству муж Кирстен Фортней, CEO BioAge ($BIOA).


🧬 Суть технологии:

Серией генетических правок Kind меняет развитие эмбриона так, что тот формирует органы, но не формирует конечности, ЦНС и мозг. То есть это не органоид в чашке и не химера, а полноценный эмбрион с отключёнными модулями «тело» и «голова» - только туловище с органами. Звучит как научная фантастика, но Kind уже проделала это сотни раз на мышах, а теперь и на крысах.

Человеческие бадиоиды планируют выращивать в свиньях или других крупных животных. В перспективе, когда технология дозреет, - в искусственной матке.

Интересно, что Kind решила выйти из тени, не забыв подстелить побольше соломки: слово «этика/этично» встречается в статье 5 раз.

Вряд ли это спасёт их от этических чисток в ближайшие пару недель, но долгосрочный прогресс не остановить: если это будет спасать людей от смерти, все довольно быстро позабудут, что это выглядит странно. В статье, к слову, есть показательная параллель: после первой пересадки сердца в 1967 госпиталь завалили письмами, что хирург - мясник, упырь и «играет в бога». Сегодня такие операции - рутина, и наоборот было бы неэтично лишать пациентов доступа к трансплантации.


Экономика продления жизни. Стрыгин

Ушел из жизни Крейг Вентер.

Он был для меня образцом для подражания. На моём рабочем месте в Сколково висели два портрета — его и Илона Маска. Вентер пришёл в биологию в зрелом возрасте, делал смелые исследования и ставил перед собой ещё более смелые задачи: в 2000 его компания Celera одновременно с международным консорциумом HGP секвенировали геном человека, ставил вопрос а какой набор минимальный набор генов необходим для жизни (ответ его группы - 473 гена), а в 2013 году основал Human Longevity Inc с амбициозной целью продлить жизнь человека на 50 лет через глубокую интеграцию геномных и фенотипических данных. К тому моменту уже было понятно: без фенотипа геном сам по себе мало что говорит.

В начале 2010-х Крейг занимался биотопливом из микроводорослей. Сейчас, постфактум, мы знаем, что переход от ДВС идёт скорее в сторону электромобилей. Но тогда на биотопливо ставили гораздо больше людей по простой причине: в теории оно позволяло использовать ту же инфраструктуру двигателей и заправок, тогда как инфраструктура для электромобилей была разве что на гольф-полях.

Ему было всего 79 лет. Причина смерти - неожиданная побочка от терапии недавно диагностированного онкозаболевания. Сам он надеялся пробить сотку, в 71 заявлял, что биовозраст его мозга - 40 лет, а в 67 - что у него есть ещё минимум 20-30 лет карьеры.

К сожалению, даже люди, глубоко погружённые в область и имеющие доступ к лучшим инструментам, продолжают умирать.

Экономика продления жизни. Стрыгин