Убираем пустые и закомментированные строки утилитой
grep Вывод только активных строчек (без комментариев и пробелов) из конфига:
grep -v '^$\|^#' config.conf
если есть комментарии начинающиеся не с начала строки то используем:
grep -v '^$\|^\s*\#' config.conf
#linux #grep