Forwarded from Зоопарк из слоновой кости
#их_нравы
Знают взрослые и дети известно, что если ИИ (тем более самому примитивному) дают писать научные статьи, он часто генерит фейковые ссылки, на чем и попадаются самые наглые и тупые учОные.
На этот раз такие ссылки нашли в статье в журнале... о научной этике (Journal of Academic Ethics).
М - метаирония
https://retractionwatch.com/2025/12/02/fake-references-chatgpt-journal-academic-ethics-springer-nature-whistleblowing/
На этот раз такие ссылки нашли в статье в журнале... о научной этике (Journal of Academic Ethics).
М - метаирония
https://retractionwatch.com/2025/12/02/fake-references-chatgpt-journal-academic-ethics-springer-nature-whistleblowing/
Retraction Watch
The case of the fake references in an ethics journal
Many would-be whistleblowers write to us about papers with nonexistent references, possibly hallucinated by artificial intelligence. One reader recently alerted us to fake references in … an ethics…
🥰13
Forwarded from Биоинформатика и лапки
ВЫШЛО ВЫШЛО ВЫШЛО ВЫШЛО ВЫШЛО ВЫШЛО ВЫШЛО https://peerj.com/articles/cs-3427/
PeerJ Computer Science
A vector database solution for rational design of CRISPR defense-avoidant phage therapy
Recently the field of phage therapy has gained considerable interest due to its potential benefits as an alternative to traditional antibiotics. Unfortunately, the effectiveness of phage therapy can be hindered by Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic…
🔥10
⬆️ У меня с уважаемым БРАТОМ @biolapki был спор, в комментах моего ныне почившего бусти, о фаговой терапии
Так вот этот ГИГАБАЗОВАННЫЙ СЛОНЯРА ответил на спор в комментах научной статьёй
Типикал СИГМА ГИГАЧАД МУВ, уважаю
Так вот этот ГИГАБАЗОВАННЫЙ СЛОНЯРА ответил на спор в комментах научной статьёй
Типикал СИГМА ГИГАЧАД МУВ, уважаю
🔥19
Forwarded from Сфероиды и ствижженое
Я постоянно занимаюсь всякими испытаниями на клеточных культурах штук, которые наварили химики-органики.
Типовой диалог:
- Оно растворяется в воде?
- Да, конечно, очень хорошо
- А в фосфатном буфере?
- Даааа
...
...
ЭТА ШТУКА НАСТОЛЬКО НЕ РАСТВОРЯЕТСЯ, ЧТО ОНА - ГЕЛЬ
Типовой диалог:
- Оно растворяется в воде?
- Да, конечно, очень хорошо
- А в фосфатном буфере?
- Даааа
...
...
ЭТА ШТУКА НАСТОЛЬКО НЕ РАСТВОРЯЕТСЯ, ЧТО ОНА - ГЕЛЬ
❤14🔥4
Forwarded from Умельцы-Фронту Белгород
Фронт никуда не делся. Ваша помощь обязательно пригодится!
Подсветки для артиллерии, сбросы, ампульницы, заряжайки, контейнеры для сборки боеприпасов, средства переноски детонаторов, защита для частей "мавиков", указатели для мин и так далее — все это пока еще нужно ребятам на фронте. Даже 100 или 200 рублей, закинутые в нашу "топку" превратятся во что-нибудь полезное.
Реквизиты для финансовой поддержки:
(номер копируется при нажатии)
При переводе ставьте пометку "На пластик", «Помощь», «Дар»
Сбор Т Банк:
https://tbank.ru/cf/5tsBoxFVM6o
🇷🇺 Вместе - победим! 🇷🇺
#УФБелгород
Подсветки для артиллерии, сбросы, ампульницы, заряжайки, контейнеры для сборки боеприпасов, средства переноски детонаторов, защита для частей "мавиков", указатели для мин и так далее — все это пока еще нужно ребятам на фронте. Даже 100 или 200 рублей, закинутые в нашу "топку" превратятся во что-нибудь полезное.
Реквизиты для финансовой поддержки:
2200700148090425 - 💳Тинькофф2202200183387917 - 💳Сбер2200153996532439 - 💳Альфа4893470406552056 - 💳ВТБ(номер копируется при нажатии)
При переводе ставьте пометку "На пластик", «Помощь», «Дар»
Сбор Т Банк:
https://tbank.ru/cf/5tsBoxFVM6o
🇷🇺 Вместе - победим! 🇷🇺
#УФБелгород
❤6💊5
Forwarded from Сфероиды и ствижженое
#Ствижжено у outside five sigma
Хотели миллион микро 3d Benchy (такая лодочка, стандартный объект для тестов 3d принтеров)? Их есть!
Статья про нанолитографию при помощи массива металинз, какие же офигенные там картинки!
Хотели миллион микро 3d Benchy (такая лодочка, стандартный объект для тестов 3d принтеров)? Их есть!
Статья про нанолитографию при помощи массива металинз, какие же офигенные там картинки!
❤3
Forwarded from N + 1
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
Инженеры разработали систему виртуальной реальности для крыс, чтобы те смогли насладиться игрой в классический шутер Doom. Грызун закрепляется в упряжи над свободно вращающимся пенопластовым шаром, который играет роль беговой дорожки. Его вращение считывается сенсорами и переводится в команды перемещения персонажа, а для стрельбы по демонам крыса должна нажимать лапой на небольшой рычаг. Изображение транслируется на изогнутый дисплей, закрывающий почти все поле зрения животного. За успешные действия в игре крыса получает порцию сладкой воды. Все чертежи и инструкцию по сборке авторы выложили в открытый доступ
#Гаджеты | #Биология | *2.4
#Гаджеты | #Биология | *2.4
❤16
Forwarded from Зоопарк из слоновой кости
#зоопарк_одобряет #дорогая_редакция
Клеточная линия - "биофабрика" для получения лекарственного белка дулаглутида
Дулаглутид - это препарат из того самого семейства, что и известные не только лишь топ-моделям,но и вообще многим не в меру отожравшимся оземпик и саксенда: вообще-то создавались они для лечения диабета 2 типа, но еще шикарно заходят для коррекции веса. В отличие от оземпика, дулаглутид не синтезируют химически из аминокислот и других предшественников, а получают целиком в клетках яичника китайского хомячка (CHO).
С поставками оригинального дулаглутида производства Eli Lilly в последние годы наблюдались перебои из-за внешних ограничений, так что импортозамещение здесь - вопрос не только имиджевый, но и социально значимый (а также денежный, что и говорить). В игру зашли коллеги из ФИЦ Биотехнологии #РАН (Москва) @fbras_ru, которые совместно с партнерами (завод "Медсинтез", на фоточке) нашли способ, как получать нужное вещество другим путем.
С технической стороны все по-взрослому: в качестве платформы использовали апоптоз-резистентные клетки CHO 4BGD с модифицированным геномом, полученные в ФИЦ Биотехнологии ранее (их там, кстати, раздают бесплатно), а дальше применили схему последовательной селекции на двух метаболических маркерах. Это позволило получить клон с вполне приличной продуктивностью (больше 1 г/л) без перебора десятков тысяч клонов клеток-продуцентов, который бигфарма может себе позволить проводить силами роботов.
Продуцент сохранял стабильность продукции без селекционных агентов в течение 69 дней, процесс очистки получился промышленно пригодным, а биологическая активность продукта была сопоставима с оригиналом в тесте на человеческой клеточной линии с рецептором ГПП-1. Это не "статья ради красивых цифр", а реальный технологический трансфер: молодые ученые, авторы статьи, ездили из Москвы на завод в суровый Новоуральск и сопровождали передачу и отработку процессов биобанкирования, культивирования, выделения и очистки.
Как отмечает один из авторов статьи,
с чем наш Зоопарк вполне солидарен.
Статья вышла в Pharmaceuticals (IF = 4.8)
https://www.mdpi.com/1424-8247/18/12/1896
Клеточная линия - "биофабрика" для получения лекарственного белка дулаглутида
Дулаглутид - это препарат из того самого семейства, что и известные не только лишь топ-моделям,
С поставками оригинального дулаглутида производства Eli Lilly в последние годы наблюдались перебои из-за внешних ограничений, так что импортозамещение здесь - вопрос не только имиджевый, но и социально значимый (а также денежный, что и говорить). В игру зашли коллеги из ФИЦ Биотехнологии #РАН (Москва) @fbras_ru, которые совместно с партнерами (завод "Медсинтез", на фоточке) нашли способ, как получать нужное вещество другим путем.
С технической стороны все по-взрослому: в качестве платформы использовали апоптоз-резистентные клетки CHO 4BGD с модифицированным геномом, полученные в ФИЦ Биотехнологии ранее (их там, кстати, раздают бесплатно), а дальше применили схему последовательной селекции на двух метаболических маркерах. Это позволило получить клон с вполне приличной продуктивностью (больше 1 г/л) без перебора десятков тысяч клонов клеток-продуцентов, который бигфарма может себе позволить проводить силами роботов.
Продуцент сохранял стабильность продукции без селекционных агентов в течение 69 дней, процесс очистки получился промышленно пригодным, а биологическая активность продукта была сопоставима с оригиналом в тесте на человеческой клеточной линии с рецептором ГПП-1. Это не "статья ради красивых цифр", а реальный технологический трансфер: молодые ученые, авторы статьи, ездили из Москвы на завод в суровый Новоуральск и сопровождали передачу и отработку процессов биобанкирования, культивирования, выделения и очистки.
Как отмечает один из авторов статьи,
Приятно видеть, что ФИЦ Биотехнологии не только пишет статьи, а реально доводит современные научные решения до производства, а молодые ученые центра не столько рассылают резюме по ВУЗам условного противника, сколько помогают решать проблему лекарственного дефицита в родной стране,
с чем наш Зоопарк вполне солидарен.
Статья вышла в Pharmaceuticals (IF = 4.8)
https://www.mdpi.com/1424-8247/18/12/1896
❤10
Forwarded from В 33-х парсеках от Земли
Как я подбираю праймеры для реал-тайма - гайд для начинающих (1)
Пока я разбираюсь с флуоресцентными зондами (как и положено цитометристу) и магией мультиплексной ПЦР, напишу о том, как подбираю праймеры для оценки экспрессии генов с помощью реал-тайма с SYBR Green.
Сразу оговорюсь, что у меня есть любимые сервисы и более-менее работающий алгоритм, который я сейчас и опишу. Можно найти любые другие по вкусу или исключить некоторые этапы, чтобы не было, как в анекдоте про маленькую сковородку и обрезанные сосиски.
1. Сначала нахожу нужную последовательность в Nucleotide GenBank. Поскольку мне нужна человеческая мРНК, применяю фильтры mRNA и RefSeq и организм (например, Homo sapiens).
2. В выдаче нахожу понравившуюся запись и ее ID (NM_). Выбираю нужную изоформу.
3. Далее иду в Primer Blast:
3.1. Выбираем, хотим ли мы подбирать для одной мишени или для нескольких (например, несколько изоформ) и заполняем поле с ID.
3.2. Если мы хотим, чтобы какой-то из праймером отжигался в определенном участке, то заполняем поля рядом (from & to). Еще можно ниже отметить галочку "подбирать ближе к 3'-концу", если праймер для обратной транскрипции - это oligo(dT). Если есть один из праймеров, копируем.
3.3. Моя любимая длина ампликона: 100-220.
3.4. Температура: я люблю ставить от 60-61, оптимум 62, максимум 64-65, разницу ставлю 1.5. Разные сервисы считают по-разному. Температуры от Primer Blast меня немного смущают. Я сравнивала Thermo Fisher Multiple Primer Analyzer, IDTDNA Oligo Analyzer и по UCSC In Silico PCR. Мои панели рассчитаны обычно на 64C. по последнему сервису, что обычно соответствует примерно 62C по IDTDNA.
3.5. Поскольку я обычно работаю без ДНКазы, я подбираю праймеры так, чтобы они не отжигались на геномке. Поэтому я ищу в двух режимах: "primers must span on exon-exon junctions" и "primers may not span...", но тогда ставлю галочку "разделять интроном от 1000 bp".
3.6. Если нет необходимости искать праймеры, специфичной для одной изоформы или нужно несколько, то ставлю галочку "allow to amplify splice-variants".
3.7. Галочки, какая база должна использоваться для бластования праймеров. Поскольку у меня клеточные культуры, я использую Homo sapiens RefSeq.
3.8. И еще галочка "open results in a new window" :)
4. Далее еще раз проверяю с помощью UCSC In silico PCR, есть ли отжиг на геномке (посмотреть, поднимутся ли псевдогены). На этом месте могу скорректировать праймеры на этом этапе вручную. Это уже немного пункт разряда "сковородка", но мне он значительно помогает в подборе.
5. С помощью сервиса IDTDNA Oligo Analyzer я проверяю шпильки, гомо- и гетеродимеры. Смотрю на наличие стеблей от 4 п.о., особенно на 3'-конце, и dG. Избегаю стеблей, содержащих от 4х CG-пар подряд (а возле 3'-конца стеблей от 3-4 п.о. быть не должно), и |dG| < 6 (оно же dG > -6). Если нужно, корректирую вручную.
Так подбираю 2-3 пары праймеров, затем определяю диапазон температур отжига градиентной ПЦР (60-65С) и ставлю эффективность по 4 разведениям матрицы.
В комментариях скрины.
#surrealtime #лабораторный_могул
Пока я разбираюсь с флуоресцентными зондами (как и положено цитометристу) и магией мультиплексной ПЦР, напишу о том, как подбираю праймеры для оценки экспрессии генов с помощью реал-тайма с SYBR Green.
Сразу оговорюсь, что у меня есть любимые сервисы и более-менее работающий алгоритм, который я сейчас и опишу. Можно найти любые другие по вкусу или исключить некоторые этапы, чтобы не было, как в анекдоте про маленькую сковородку и обрезанные сосиски.
1. Сначала нахожу нужную последовательность в Nucleotide GenBank. Поскольку мне нужна человеческая мРНК, применяю фильтры mRNA и RefSeq и организм (например, Homo sapiens).
2. В выдаче нахожу понравившуюся запись и ее ID (NM_). Выбираю нужную изоформу.
3. Далее иду в Primer Blast:
3.1. Выбираем, хотим ли мы подбирать для одной мишени или для нескольких (например, несколько изоформ) и заполняем поле с ID.
3.2. Если мы хотим, чтобы какой-то из праймером отжигался в определенном участке, то заполняем поля рядом (from & to). Еще можно ниже отметить галочку "подбирать ближе к 3'-концу", если праймер для обратной транскрипции - это oligo(dT). Если есть один из праймеров, копируем.
3.3. Моя любимая длина ампликона: 100-220.
3.4. Температура: я люблю ставить от 60-61, оптимум 62, максимум 64-65, разницу ставлю 1.5. Разные сервисы считают по-разному. Температуры от Primer Blast меня немного смущают. Я сравнивала Thermo Fisher Multiple Primer Analyzer, IDTDNA Oligo Analyzer и по UCSC In Silico PCR. Мои панели рассчитаны обычно на 64C. по последнему сервису, что обычно соответствует примерно 62C по IDTDNA.
3.5. Поскольку я обычно работаю без ДНКазы, я подбираю праймеры так, чтобы они не отжигались на геномке. Поэтому я ищу в двух режимах: "primers must span on exon-exon junctions" и "primers may not span...", но тогда ставлю галочку "разделять интроном от 1000 bp".
3.6. Если нет необходимости искать праймеры, специфичной для одной изоформы или нужно несколько, то ставлю галочку "allow to amplify splice-variants".
3.7. Галочки, какая база должна использоваться для бластования праймеров. Поскольку у меня клеточные культуры, я использую Homo sapiens RefSeq.
3.8. И еще галочка "open results in a new window" :)
4. Далее еще раз проверяю с помощью UCSC In silico PCR, есть ли отжиг на геномке (посмотреть, поднимутся ли псевдогены). На этом месте могу скорректировать праймеры на этом этапе вручную. Это уже немного пункт разряда "сковородка", но мне он значительно помогает в подборе.
5. С помощью сервиса IDTDNA Oligo Analyzer я проверяю шпильки, гомо- и гетеродимеры. Смотрю на наличие стеблей от 4 п.о., особенно на 3'-конце, и dG. Избегаю стеблей, содержащих от 4х CG-пар подряд (а возле 3'-конца стеблей от 3-4 п.о. быть не должно), и |dG| < 6 (оно же dG > -6). Если нужно, корректирую вручную.
Так подбираю 2-3 пары праймеров, затем определяю диапазон температур отжига градиентной ПЦР (60-65С) и ставлю эффективность по 4 разведениям матрицы.
В комментариях скрины.
#surrealtime #лабораторный_могул
👍1
Forwarded from Свободная масса
Бывает, что люди плохо умеют писать текст, да и в целом не умеют взаимодействовать с текстовым представлением информации (потребляют т.н. стримы и пересказы стримеров). В надежде скрыть этот недуг они прибегают к помощи гопатыча, считая, что если он нагенерит больше слов и букв, неумение инициатора не будет заметным. В результате получается, что немощь масштабируется на бо́льшее количество слов и букв, принимая монструозный вид, однако, инициатор, не имея возможности это распознать (плохо взаимодействует с текстом), довольный публикует выхлоп. Хотелось бы, чтобы люди поднимали свой уровень качественно, а не масштабировали текущий уровень количественно.
👍15❤2