🔬 Новый семинар лектория СМУ: Рациональный дизайн CRISPR-устойчивых фаговых терапий

Уважаемые коллеги!
Приглашаем вас на очередной семинар лектория СМУ ВНИИСБ. На этот раз перед нами выступит Богдан Кириллов — выпускник аспирантуры Сколтеха (под руководством Константина Северинова и Максима Панова), кандидат биологических наук, биоинформатик, работавший в ИБГ, Национальном центре биотехнологической информации (США) в лаборатории Евгения Кунина.
🧬 Тема доклада:
«Рациональный дизайн CRISPR-устойчивых фаговых терапий»
🗓 Дата: 29 апреля (среда) 2026 года
⏰ Время: 12:00
📍 Место: Малый зал ВНИИСБ

О докладчике
Богдан Кириллов — специалист в области популяционной генетики, биопечати и анализа данных CRISPR. Его диссертация посвящена планированию экспериментов по генному редактированию с помощью CRISPR-Cas-систем.
В центре внимания его текущей работы — проблема устойчивости бактериофагов к CRISPR-иммунитету бактерий и пути создания фаговых терапий, способных преодолевать эти защитные механизмы.

📢 Ждём вас на семинаре!
#лекторийСМУ #событияВНИИСБ #CRISPR #фаготерапия #биоинформатика

Как же он прав(

Главное отличие ИИ от полноценного интеллекта - это уязвимость к BLIT-подобным атакам.

Очень интересный кейс.

Никакой AlphaFold не предсказал бы, что KDM3A гидроксилирует ацетилированный лизин. Почему? Потому что модель обучена на известных структурах и реакциях. А тут — совершенно новая реакция для этого класса ферментов (JmjC), хотя механистически она близка к деметилированию: тот же Fe(II), 2-оксоглутарат, кислород, тот же гидроксилирование метильной группы. Но вместо отщепления формальдегида (как при деметилировании) продукт остаётся стабильным.

Что сделали авторы? Они сделали классическую биохимию.

Взяли рекомбинантный фермент. Взяли набор потенциальных субстратов (пептиды с разными модификациями лизина). Взяли MALDI-TOF + MS/MS для идентификации продукта. Сделали18O2 мечение для подтверждения источника кислорода. Кинетика, конкурентные эксперименты, мутанты, антитела...

Это именно та «скучная» работа, которая создаёт фундамент. И без неё никакой ИИ не сгенерирует новую модификацию in silico.


https://t.me/bio_cr_eng/78

Хотя уже есть работы о роли RAGE в воспалении, клеточном старении и возрастных изменениях тканей, убедительных клинических данных о готовой anti-aging генотерапии против RAGE у людей пока не найдено.

Одна из часто цитируемых работ вышла в Aging Cell ещё в далёком 2019 году: у мышей с выключенным геном Ager, кодирующим рецептор RAGE, возрастные изменения почек и старческий амилоидоз были менее выражены, чем у контрольных животных.
Это не доказывает геропротективный эффект у человека, но подтверждает идею RAGE как потенциальной мишени для вмешательств против возрастных нарушений.

Есть и другие экспериментальные данные в пользу этой гипотезы.
В одной работе блокада RAGE уменьшала воспалительное повреждение печени в модели ускоренного старения, а в другой дефицит RAGE ослаблял маркеры клеточной сенесценции и воспалительный секреторный фенотип в жировой ткани.

Кстати, уже существуют нуклеиновые подходы к подавлению RAGE у человека, например RNAi-препарат ARO-RAGE, но он разрабатывается для заболеваний лёгких, а не как средство против старения.
Поэтому громкие заявления о «лекарстве от старости» пока заметно опережают объём подтверждённых клинических данных.

#обозревая_происходящее

⚡️Внимание, фейк!

Научные организации страны сегодня получили очередное фейковое письмо якобы из Минобрнауки (отправленное с почты yahoo), предписывающее руководству вузов с институтами не пущать народ за границу, а также (отдельно) составить списки сотрудников, выезжавших за границу и собирающихся туда ехать (когда-куда-зачем), и отправить на специальный адрес. Особое внимание предписывается обратить на тех, кто работает по оборонке.

По данным нашего Зоопарка, некоторые особо одаренные товарищи даже кинулись такие списки составлять.

Зоопарк предупреждает:

-это письмо, разумеется, фейк. Для руководителей институтов можно смело проводить конкурс "найди Х фатальных несоответствий, которые не просто говорят - кричат о том, что это липа" (перечислять здесь не будем, чтобы не учить противника, но ляпов там хватает),

-цель фейка - не только деморализация ученых, но и получение вражескими спецслужбами разведывательной информации. В том числе для охоты на наших ученых (тем более работающих по "чувствительным" тематикам) за границей (дело Бутягина, надеемся, помнят все),

-сотрудникам администраций, которые не включают голову и сразу кидаются готовить списки с персданными и отправлять неведомо кому (на еще один липовый адрес) стоит помнить о том, что незнание закона не освобождает от ответственности: вообще-то персданные в России подлежат защите, а отправка таких сообщений - серьезное правонарушение.

-ну и вообще нужно запомнить раз и навсегда: есть официальные каналы коммуникации с Минобрнауки. При малейших сомнениях в подлинности письма - проверять и перепроверять, звонить на Тверскую (сто раз уже говорили, что на этот счет у Минобра должна быть горячая линия, но в любом случае достучаться можно - у каждой организации есть как минимум один минобровский куратор),

-и еще для администраторов: получили такое письмо - не забудьте немедленно предупредить нашего российского товарища майора. Он знает, что делать с такой информацией.

Будьте бдительны и предупредите коллег!

Не надо заниматься старением, посоны и тяны

Презентуем архив Егора!

14 лет назад появился Спутник и Погром, самое культовое детище Егора Просвирнина. Спутника и Погрома нет уже 8 лет, а 4 года нет и самого Егора Просвирнина. Но слово его живёт.

Вместе с командой волонтёров мы собирали и каталогизировали архив в течение двух лет. Русские люди разного возраста, пола, живущие на разных континентах искали материалы, ставили теги, боролись с дублями, разрабатывали дизайн, собирали сайт.

И вот архив готов: egorpogrom.com

Архив создан для удобства ознакомления, перечитывания и распространения творчества Егора Просвирнина. Сайт охватывает все периоды творчества Егора — от игрожура до Царь.ТВ. Всего на нём 3,5 тысячи уникальных материалов Погрома.

На главной странице сайта есть случайная выдача материалов. Хороший повод добавить сайт в закладки и раз в сутки знакомиться или переоткрывать себе Егора.

Архив претендует на полноту. Однако даже в современном мире творчество имеет свойство исчезать без следа. Так, оригинального ЖЖ Егора в интернете попросту нет — его мы собирали по крупицам.

Мы могли что-то упустить. На заглавной странице архива есть форма обратной связи. Присылайте туда материалы, которые, как вы считаете, должны быть в архиве.

#зоопарк_одобряет #дорогая_редакция

Свеженькая статья в Post Nature and Science Proceedings of the National Academy of Sciences от авторов из Сколтеха.

Слово авторам, в их же редакции (многабукаф, но оно того стоит):

Мы показали, как из шумных биологических данных можно извлечь физический параметр упаковки ДНК. Наши хромосомы в ядре всё время собираются в петли. Петли эти делает когезин — белковая машинка с очень двусмысленной биографией. Ещё не так давно про него в основном говорили как про консервативного трудягу, который держит вместе сестринские хроматиды после репликации. А теперь выясняется, что этот персонаж, возможно, большую часть жизни клетки занят совсем другим: непрерывно выпетливает геном и физически организует хроматин.

Главный метод, которым смотрят на трёхмерную организацию генома, называется Hi-C. Проблема в том, что Hi-C, как это часто бывает с модными биометодами, показывает не только свойства измеряемой системы, но и собственные экспериментальные закидоны: где подшили, где разрезали, где что слиплось, где рыбу заворачивали. В результате в сигнале намешано всё подряд.

Что сделали мы? Докрутили недостающую физику. Построили теорию, которая отдельно учитывает и полимерную природу ДНК с петлями, и биофизическую кухню самого Hi-C. То есть научились отделять устройство природы от артефактов прибора.

Оказалось, что в клетках млекопитающих плотность петель — примерно шесть на мегабазу, а значит, 60–70% всего генома сидят в петлях. То есть больше половины всей ДНК в клетке — это не абстрактный “генетический текст”, а вполне конкретная физическая конструкция, которую клетка всё время собирает, разбирает и пересобирает в режиме непрерывного молекулярного макраме.

Это интересно еще и потому, что сами петли случайны и динамичны, напрямую увидеть их трудно. В этом смысле теория работает как статистический микроскоп: позволяет восстановить свойства невидимой структуры по ее следам в усреднённых данных.

Важно это не только как абстрактный «архитектурный стиль» ДНК. Идея активного выпетливания моторами-когезинами возникла всего 10 лет назад в MIT. Если аж 60–70% генома — как теперь выясняется — находится внутри петель, то нарушения в работе когезина означают не локальный дефект, а масштабную перестройку всех хромосом. А это уже напрямую связано с нарушениями развития, работой иммунной системы, онкологией и, вероятно, многими другими биомедицинскими процессами.

По традиции отметим, что работа поддержана РНФ

И снова я стал жертвой флуктуаций рынка тортиков и энергетиков, но вы можете совершить инвестиционную коррекцию, вложив немного в постинг мемасов от адмема:

2200 2302 6931 6342

И сижек :3

Оппа, Крейг Вентер рипнулся(((
F

⬆️ Я не устану повторять, что шаверма и бургер - это самые полноценные продукты с точки зрения их КБЖУ.

SoM возрожденный. Полгода спустя.

Сегодня полгода как историко-философский проект Sons of Medicine возрожден. Самайн сменился белтейном. Осень весной. А SoM в возрожденном виде представил множество новых исторических материалов и даже целый цикл, посвященный истории медицины Российской империи. Это стало возможным благодаря тому, что старые авторы и несколько новых собрались вместе, чтобы возродить легендарный проект после его длительного анабиоза.

SoM появился в декабре 2014 года, когда истории медицины внутри Медача было тесно. Тесно было и экзистенциальным мыслям, нуару и прочей "сельской готике". Был какой-то невнятный образ, напоминающий игру Bloodborne и Dark Academia, причем ни самой Bloodborne ни оформленной в субкультуру эстетики Dark Academia еще не было. Только образы. Тогда я написал такой текст:

"В последнее время меня все чаще посещает идея создания околонуарного паблика с эстетикой медицины про медиков и для медиков. И чтобы такая мужицкая музыка была аля драгс энд буз. Нужна отдушина ,знаете, от этих старых обшарпанных больничных стен и унылых университетов. Чтобы мы упивались постсоветской депрессией, потому что какие к черту картинки про миньонов в хирургической одежде и шутки про височную кость когда тут такое вот это все. Хочу чернухи и скальпелей."

Drugs and Booze – это популярное в то время сообщество в VK с таким стилем, который можно охарактеризовать как "жирный стоунер дум, старый форд мустанг и бутылка вискаря" – выкладывали альбомы и музыку соответствующих жанров и эстетики. Интересная отправная точка для медицинского сообщества не правда ли? В алхимической реторте под плейлист из Down, Crowbar, дарк кантри и оцифрованных фотографий медицинских палаток времен Гражданской войны в США тогда и был рожден Sons of Medicine.

Прошло 12 лет. Из подборок картинок из Pinterest и Tumblr SoM превратился в проект с собственной настоящей философией, расширился до издания гонзо рассказов и выпуска полноценных исторических расследований. Вокруг SoM собралась мощная команда и он стал неотъемлемой частью Медача, сохраняя при свою самобытность. Он пережил множество внутренних кризисов от поиска идентичности до фактического закрытия и смерти одного из основателей, но в итоге выжил и возродился.

Что до почившего Владимира Бросалова, подписывавшегося как Бровламих Мантис, то это был человек, который во много определил образ SoM. Это был его собственный храм, к которому он относился соответствующе. И мы храним и ценим тот визуальный и эстетический код проекта, что он создал.

Мы бережно сохранили все то лучшее, что было в SoM, чтобы запустить его вновь в обновленном виде, но при этом не пытаясь играться в повторение прошлого. Да и сами мы уже давно не студенты. Годы анабиоза проекта позволили переосмыслить то, что это такое и что мы создали, чтобы затем вернуться и начать новую главу.

А получилось у нас или нет вы можете посмотреть здесь: https://t.me/sonsofmedicine

Константин Крылов, 2 мая 2015:

2 мая – день рождения украинской нации.

Нацию создаёт событие, вызвавшее всеобщий восторг. Именно восторг и именно всеобщий. Частные радости остаются частным делом. Общая скорбь соединяет, но не одушевляет. Это нектар или мёртвая вода, которая может соединить части целого, но не вдохнуть в него душу. Нужен ещё и амброзия, живая вода жизни, одушевляющее во всех смыслах начало. Если его не случилось – нация остаётся всего лишь големом, истуканом, проектом реализованным, но не запущенным.
И лишь восторг всеобщий, восторг целого, которое само рождается в этот крылатый миг – только этот восторг воистину создаёт национальное тело.

Украинская нация рождалась мучительно и трудно именно потому, что ей никак не удавалось испить этой живой воды. Два Майдана, при всём том подъёме, который они некогда вызывали, События не породили. Что-то не складывалось, что-то не цепляло, голоса не сливались в единый хор. В душах украинцев не рождалось этого ощущения мгновенного ликующего узнавания – «О да! Да! Именно Этого мы хотели, именно об Этом мы мечтали, и слава нам, что мы совершили Это».

Но чаемое Событие всё-таки произошло. И произошло оно именно 2 мая, когда украинцам удалось сжечь заживо сорок шесть человек. Что вызвало всеобщее ликование всего украинского народа. Нет, даже не так – только тот, кто ликовал в тот день, и составили украинский народ, вошёл в его плоть и стал частью этой новой общности.

Что, собственно, произошло? Украинцы сожгли русских – или людей, которых рождающаяся украинская нация приняла за русских. Сожгли – то есть подвергли самой мучительной из известных человечеству казней. Более того, удалось насладиться не только муками жертв, но и их тщетными попытками спастись. Это доставило и доставляет украинцам особенное наслаждение – находясь в безопасности, смотреть на мечущихся в огне людей. Эта безопасность, то есть полная невозможность убиваемых людей хотя бы плюнуть в убийц, вызывала у украинцев особенно острый восторг. Нет, это не упоение боя, где у противника есть шансы – это именно упоенье всевластного мучителя, который истязает беспомощную жертву. И наконец, возможность добивать искалеченных и обожжённых людей, уже не способных ни на какое сопротивление, даже молящих о помощи – это последняя, самая сладкая нота, трогающая украинца за средоточье души.

Заметим: дело не в масштабах события. В другие времена и другие народы убивали больше, да и сами украинцы с той поры существенно продвинулись вперёд. Важен был этот счастливый миг узнавания: вся украинская нация УЗНАЛА СЕБЯ в этом воистину всенародном украинском деле. Все украинцы постигли свою суть, свои желания, заглянули в волшебное зеркало и увидели там себя. Украинцы получили ОПРЕДЕЛЕНИЕ – «мы – те, кто сожгли русских, мы – те, кто ликовали и упивались запахом горелого русского мяса». И это верно: пусть не все украинцы смогли участвовать в сожжении русских непосредственно, но все насладились этим.

И поток восторга – чистого, незамутнённого восторга, который охватил мужей и жён, детей и стариков, простецов и интеллектуалов, вообще всех украинцев, вообще всех, сколько их ни есть – был законной наградой за этот миг самопознания.

С тех пор этот поток восторга не иссякал – и, скорее всего, уже не иссякнет. Так, острые или прикровенные шутки про «жареных колорадов» и «майский шашлык» стали шиболетом, способом опознания украинцами своих. Всякий, кто в майскую ночь попробовал этот шашлык из русского мяса, тем самым причастился украинству – и осознаёт это, осознаёт с гордостью, с ликующим восторгом, и даже с ощущением того, что он ступил на иной онтологический уровень. Были сбродом, проектом, толпой – а теперь они единое целое, и весьма успешное. Включая наших российских заукраинцев, которые – часть той же нации, пусть и второсортная, но и это для них честь.

Что ж, их можно с этим поздравить, хотя бы из вежливости. А также и потому, что ясность всегда хороша. Украинская нация, наконец, явилась на свет - и она именно такова, какой она была 2 мая 2014 года.

Такой она и останется – ныне, присно и вовеки веков.

Переводчики названий фильмов - совершенно профнепригодные люди, без какого-либо понимания и знания культурного контекста. И я даже не про различную вторичноротую братву, а про свежий Hail Mary с Гослингом - его нужно было перевести как "последний шанс", а не буквально как "Аве Мария".
Тьфублять, пусть хоть Библию короля Якова почитают, чтоб понимать отсылки (спойлер: их в английской книжной речи - дофига и более)