Прикольно на Озоне выборочно ставят плашку 18+, лол

#обозревая_происходящее #зоопарк_одобряет

Видели когда-нибудь статью в Nature Chemistry (IF = 24.274) , где был бы всего один автор, который был бы из России? При условии, что это именно исследование, а не Editorial?

Мы тоже раньше не видели. А оно есть. Автор из университета Сириус (и одновременно из Физтеха) буднично и просто показал, что регулирование экспрессии генов может определяться не только лишь комплементарностью пар и, соответственно, двойной спиралью ДНК, но и куда более слабыми с химической точки зрения взаимодействиями (совокупность которых дает эффект более или менее слабой аффинности). Иначе говоря, некомплементарность может давать куда больше возможностей регуляции работы генов, чем классическая модель.

Иными словами, он весьма убедительно говорит, что механизм "обработки" наследственной информации, содержащейся в нуклеиновых кислотах, может быть вообще иным, и показывает это экспериментально. Для специалистов: самое вкусное - на рис. 8.

Мнение Зоопарка: это очень редкий случай, когда работа подходит под определение РНФ "результаты изменяют представление о природе, структуре и закономерностях явлений, объектов" (с) Место этой работе было в Nature или Science. Это реально очень круто, без каких-либо условностей.

https://www.nature.com/articles/s41557-022-01111-y

Сегодня весь день переосаждал плазмиды. И завтра буду.
Занятие люто медитативное.

Из всех лабораторных методик я ненавижу те, где много повторяющихся действий и между ними регулярные перерывы/ожидания/инкубации в 10 минут. Ни покурить выйти, ни чего-либо параллельно делать невозможно.

#обозревая_происходящее #зоопарк_одобряет

Ковид никуда не исчезал, следовательно, продолжаются и его исследования. О том, что в организме людей, у которых есть проблемы с иммунной системой, ковид может очень нехорошо мутировать и вообще ведет себя отвратительно, писали и раньше - вот новый кейс: вирус продержался в организме 318 дней и получил за это время 40 изменений, из которых 12 сказались на его способности ускользать от иммунитета - но, что куда более неприятно, в том числе и Т-клеточного (пусть и не так сильно). Авторы (а это команда из Института гриппа (СПб), Сколтеха, ИППИ #РАН, питерского Первого меда и одной из питерских же больниц) полагают, что этот путь эволюции вируса пока что был недооценен.

Работа вышла в Nature Communications (IF = 17.69)

https://www.nature.com/articles/s41467-022-34033-x

*здесь должен быть внутренний мем с фоткой Максима с карабином*

Руководитель лаборатории нанобиотехнологий ФБМФ МФТИ Максим Петрович Никитин открыл механизм молекулярной коммутации цепей ДНК. Это принципиально иной механизм хранения и обработки информации ДНК/РНК, основанный на обратимых низкоаффинных взаимодействиях некомплементарных нуклеиновых кислот.

Статья в Nature Сhemistry раскрывает возможности хранения и обработки генетической информации за счет этих низкоаффинных взаимодействий, которые могут лежать в основе основных процессов в организме — от кратковременной памяти до рака, старения и эволюции.

Структура ДНК, открытая в 1953 году, предполагает, что каждая цепь должна иметь комплементарную. Эта уникальная избирательность взаимодействий приводит к удивительно высокой взаимной специфичности двух цепей, а многоточечное связывание обеспечивает исключительную силу и специфичность. За счет этих свойств ДНК хранит генетическую информацию. Однако, еще остаются загадкой некодирующие части генома, многие факторы регуляции транскрипции и трансляции.

Максим Никитин изучал многообразие взаимодействий между одноцепочечными молекулами ДНК как экспериментально, так и с помощью компьютерного моделирования. Ученый показал, что за счет механизма коммутации любая неструктурированная одноцепочечная ДНК может влиять на экспрессию заданного гена.

Читать подробнее на русском языке в материале “За науку”

Т-клетки - излюбленный тип клеток для генной/клеточной терапии. Но что мы знаем о пролиферативном потенциале Т-лимфоцитов? Новое исследование, длившееся почти 10 лет!, включающее последовательный пересев одних и тех же клонов лимфоцитов 17 мышам и 51 стимулирующую их пролиферацию иммунизацию!!! 😱😱 свидетельствуют о том, что Т-лимфоциты имеют ничем не ограниченный пролиферативный потенциал!! По консервативным подсчетам за время эксперимента 200 наивных Т-лимфоцитов могли дать начало 10 в 41 степени 🤯🤯 Т-лимфоцитов памяти, что приблизительно в 30 000 раз больше объема Земли. Подробнее по ссылке - https://www.nature.com/articles/s41586-022-05626-9

An RNA-targeting CRISPR–Cas13d system alleviates disease-related phenotypes in Huntington’s disease models

Болезнь Хантингтона характеризуется наличием большого количества CAG повторов в 1м экзоне белка хантингтина (HTT), при этом вторая аллель у пациентов обычно несёт нормальный вариант белка HTT. Для того, чтобы прицельно убрать у пациентов мутантный аллель, авторы разработали специфичную CRISPR-Cas13d систему против CAG-повторов. Особенностью белка Cas13d является то, что он связывается с РНК, а не ДНК, и разрезает её, таким образом сохраняя геном интактным. Авторы создали лентивирусный и AAV9 вектор с CRISPR-Cas13d системой и последовательностью гидовой РНК для последующих манипуляций.
В ходе экспериментов лентивирусный вектор апплицировали индуцированным нейронам пациентов, при этом нейроны обладали свойствами нейронов стриатума. Анализ показал снижение РНК мутантного аллеля, а также уменьшение количества клеток с аггрегатами мутантного белка. Транскриптомный анализ индуцированных нейронов показал частичное восстановление экспрессии генов в сторону нормальных значений, а также снижение экспрессии 7 генов (офф-таргеты), несущих тандемные повторы. Эти гены, как предполагают авторы, не вовлечены в работу взрослого мозга, так что данную систему они решили использовать для дальнейшего анализа.
Далее авторы использовали AAV9 вектор с данной системой, поскольку Cas13d имеет маленькие размеры. Вектор ввели билатерально в стриатумы 2-месячных мышей, несущих гетерозитотную мутацию гена HTT. В возрасте 8 месяцев данная линия мышей показывает двигательный дефицит, в то время как мыши с иъекцией рабочего вируса показали значимое улучшение по сравнению с мышами с контрольным вирусом. Кроме того, МРТ сканирование показало сохранность объема стриатума у мышей с инъекцией рабочего вируса. Также было показано, что нормальный белок HTT сохранялся, в то время как уровень мутантного белка был снижен примерно на 60%.
Таким образом, использование системы CRISPR-Cas13d является многообещающей стратегией для разработки лечения болезни Хантингтона.

Нашёл удивительный термин - lie-to-children
Вкратце - это сильно упрощённое объяснение того или иного физического явления или объекта, дающее лишь приближенное понимание. Большинство "знаний" в школьных учебниках подпадает под эту категорию:

"In fact, this is an engineering model, in the same way that, [for an] electrical resistor, we write down a model V = IR—it's approximately true, but it's not really true; if I put enough current through the resistor, it goes boom, so the voltage is not always proportional to the current, but for some purposes the model is appropriate."
https://en.wikipedia.org/wiki/Lie-to-children

Это искажение используется в материалах многих пульверизаторов навуки, некоторые даже сделали карьеру на этом.
Что я хочу от "популяризации здорового человека": внятного объяснения сложных, но более реалистичных моделей физических процессов или явлений.

#job

В институте Цитологии и Генетики (ИЦиГ СО РАН, Новосибирск) стартуют большой и, как сейчас принято говорить, «амбициозный» проект по разработке технологий генетической модификации свиней, с целью в будущем создавать органы для ксенотрансплантации.

В связи с этим, ищем команду, которая захочет активно работать в этом направлении:
— руководителя проекта (молодой ученый с проактивной позицией, умением организовать процессы вокруг себя, желанием построить что-то новое и уникальное, в идеале — с бэкграундом в области молекулярной биологии/генетики и обязательно с возможностью находиться в Новосибирске 90% своего рабочего времени);
— сотрудника с опытом эмбриологической работы.


Контакты: Вениамин Фишман, minja-f@ya.ru

Казалось, дно пробито уже в момент переписи исторических книг.
Но снизу постучалась украинская таблица Менделеева.

Украиниум вместо московия.

Поздняков. Подписаться

В российских тюрьмах стал популярным новый наркотик - ройбуч.

Как сообщает неназванный источник, в отечественных колониях вспыхнул новый тренд на употребление напитка под названием "ройбуч". Готовится он по принципу чифира, но вместо чёрного чая используется чай ройбуш.

Ройбуш - это листья африканского растения аспалагус (Aspalathus linearis). Его уже давно можно приобрести в любом супермаркете в виде пакетированного чая, но никто никогда не пробовал сварить из него чифирь. Оказалось, что в концентрированном виде он выполняет роль миорелаксанта, даёт чувство умиротворения и эйфории.

Растение не является запрещённым на территории РФ, поэтому ФСИН не может запретить передавать его заключенным. Это делает злоупотребление среди арестантов практически неизбежным. Тем временем, обычный чёрный чай практически перестал "заходить на зоны", чем особенно обеспокоены производители "Принцессы Нури" и "Майского".

Источник: https://t.me/neocreative