Я как-то упоминала о сенсоре митофагии. Он представляет собой клетки со стабильной экспрессией химерного флуоресцентного белка, находящегося в митохондриях, - mCherry-GFP-FIS1. Он сделан по аналогии с репортером на аутофагию - белком mCherry-GFP-LC3B, считающимся на данный момент самым оптимальным сенсором аутофагии, поскольку он позволяет оценить и раннюю, и позднюю аутофагию.
При индукции аутофагии LC3 (он же ATG8) накапливается и процессируется. Более длинная форма (LC3-I) локализована в цитозоле, а более короткая липофильная форма (LC3-II), связываясь с фосфатидилэтаноламином, находится в мембране аутофагосомы. Поэтому при низком уровне аутофагии мы видим преимущественно светящуюся желтым цитоплазму за счет свечения обоих белков тандема. Образующиеся при индукции аутофагии аутофагосомы выглядят как желтые везикулы (puncta). После слияния с лизосомами GFP гаснет из-за низкого рН, и в фаголизосомы светятся только красным, что позволяет разделить раннюю и позднюю аутофагию. Именно поэтому невозможно верно оценить уровень аутофагии с помощью традиционного репортера GFP-LC3, не позволяющего визуализировать фаголизосомы и позднюю аутофагию.

В случае сенсора митофагии вместо LC3 mCherry-GFP слит с FIS1, заякоренным во внешней митохондриальной мембране, и в норме мы видим красивые желтые (ну или как получится) митохондрии. При митофагии фрагмент митохондрии, направляемый на деградацию, оказывается в митофагосоме, которая, как и аутофагосома, выглядит как желтая везикула, и образующаяся после ее слияния с лизосомой митолизосома окрашена только в красный цвет - аналогично сенсору митофагии.
Кстати, оценить митофагию окрашиванием митотрекером MTR (Mitotracker Red) и лизотрекером LTG (Lysotracker Green), которые обычно используются парой, не получится, потому что при окрашивании после обработки они в принципе колокализоваться не должны. MTR - потенциалзависимая краска, а митохондрии в лизосомах теряют потенциал. Но пару статей, где так красили, я видел - штош, случается. А вот при окрашивании до обработки их колокализация возможна, поскольку MTR не выходит из митохондрий. В любом случае такой вариант должен подходить лишь для коротких воздействий - до нескольких часов, а для ночной или еще более долгой инкубации этот способ вряд ли прокатит . Так что в случае клеток, которые относительно эффективно трансдуцируются, работать с этими репортерами приятно, и их использование стильно, модно, молодежно рекомендуется для детекции аутофагии.

Уровень аутофагии или митофагии оценивается по числу аутофагосом/митофагосом и аутолизосом/митолизосом. Когда долго сидишь за микроскопом, пытаясь нащелкать достаточно клеток, чтобы набрать статистику, и выходишь уже ночером на улицу, начинаешь автоматически подсчитывать все встречные светофоры.