15.06.22 Санкт-Петербург семинар "Биотех 2022" от компании Аламед.

В программе презентация расходных материалов и лабораторного оборудования, генно-клеточные технологии, получение мРНК и AAV-вакцин, разработка таргетных противоопухолевых препаратов.

#мокрая_биология #семинар

А жизнь-то налаживается, наверное снова вернусь в [ДАННЫЕ УДАЛЕНЫ] и буду творить скотобойню во славу науки.
И да, с июля-августа скорее всего понадобятся падаваны (территориально - Москвабад).

Scalable biological signal recording in mammalian cells using Cas12a base editors | Nature Chemical Biology
https://www.nature.com/articles/s41589-022-01034-2

Задавшись вопросом, блокируют/взаимодействуют глутаримиды с барбитуратным сайтом гамк-ар, можно вспомнить сходу про такие препараты как бемегрид и глютетимид - производные глутаримида (оба предположительно гамк-а аллостерики по барбитуратному сайту, причем если второй ПАМ, то первый НАМ). Бемегрид использовался уже как аналептик, а глютетимид - как не-барбитуратное снотворное (в СССР торговое название глютетимида было "ноксирон"). И ещё как не-барбитуратное снотворное когда-то в середине 50х использовали ещё одно глутаримидое производное - талидомид. Да, тот самый препарат, чей тератогенный эффект в то время породил беспрецедентный скандал, по сути ставший отправной точкой стремительного развития доказательной медицины, но не суть. Разбирая из отрытых источников подробности сего скандала, можно вспомнить, что один из изомеров талидомида тератогенен, и что в организме энантиомеры переходят друг в друга, так что даже "чистый" талидомид все равно опасен. Но я больше скажу: за счёт того самого лежащего в основе тератогенности эффекта (модуляция е3-лигазы цереблона - и убиквитинирования с дальнейшей отправкой на протеасомную утилизацию множества белков-мишеней, из которых и куча интерлейкинов, и ФНО-альфа, и VEGF, и белки межклеточной адгезии (ICAM и VCAM), и активатор остеокластов и резорбции костей (катепсин К), и даже топоизомераза 2) и опосредуется её основной иммуномодулирующий эффект. А тропность к барбитуратному сайту (и ФДЭ-4, но уже фталимидным фрагментом) - так, в довесок.

На основе его молекулы, кстати, как раз и начали пилить таргетные убиквитинаторы - PROTAC-и. Тут когда-то писалось про биасед-агонисты (активизирующие путь утилизации того или иного белка). Еще ранее то ли так же здесь, то ли в смолфарме писалось про разрушение поломанного тетаноспазмином синаптобревина экзогенной фосфолипазой. Так вот эта штука, PROTAC, также направлена на утилизацию протеинов, но уже протеасомами: это две сшитых молекулы, одна которая крепко связывается с целевым протеинов, а другая - с е3-лигазой, которые затем с е2 и е1 образуют протеасомный комплекс, который и утилизирует белок. И все это - малая молекула. Причём за примерами связывающихся с е3-лизазами молекул далеко ходить не надо: есть цереблон, с которым плотно связывается старый добрый талидомид. И на талидомидной химерной основе можно пилить утилизаторы белков под что угодно - вплоть до нейропсихиатрических целей. Но что не дает покоя, так это пара моментов: 1) возможно ли собрать такой PROTAC, который был бы направлен на утилизацию белков в составе бляшек при нейродегенерациях? (тот же бета-амилоид, тау-протеин, альфа-синуклеин, дефектный паркин и гентингтин и т.д.); и 2) возможно ли PROTAC-ами в потенциале заменить моноклональные антитела?

Реконкиста научпопа

На написание этого текста и вообще создание канала меня сподвигло желание пропиарить паблик Фанерозой в ВК, который объявил крестовый поход засилью прозападной "либеральной" повест_очки в российском научпопе. Раздражение засильем у меня и моих товарищей имелось давно, но отсутствие медиа ресурса не позволяло с ним бороться. Сейчас же этим решили заняться люди с более-менее крупной аудиторией, так что считаю необходимым их поддержать.

Далее мои мысли по этому поводу. Традиционно, научная среда была более оппозиционной и "либеральной" среднего. Касается это не только России, хотя в каждой стране оппозиционность имеет свой характер (на западе интеллектуальная элита чуть ли не коммунизм готова строить). Соответственно, всё это просачивается и в научпоп, катализируясь западными фондами и НКО вроде "Династии" Зимина. Единственным способом противодействия этому вижу повышение видимости (бьём врага его же терминологией) альтернативной точки зрения в научной и околонаучной среде. Так что, если вы учёный в России и при этом не "либерал" западного глобалистского толка, то не бойтесь высказываться и высказывайтесь. Если вас спрашивают о политических взглядах, то не уклоняйтесь и отвечайте честно (если это не нанесёт вам вред, конечно). Иронично, что в научной среде это может потребовать отпределённого мужества, так как оппозиция и мейнстрим поменялись местами.

Из приятного, среди моих коллег-физиков имеется немало людей, которые повесточки как раз не придерживаются. Только они не занимаются написанием научнопопулярных книг и ведением Телеграм-каналов.

Я завидую химикам - у них большая часть экспериментов требует лишь около суток на осуществление.

Недавно задумался о суицидогенном потенциале некоторых веществ - например, лирики и амитриптилина. Следующая мысль была довольно логична - а существуют ли доклинические модели такого поведения вообще?
А таких моделей - не существует.
Можно смоделировать ажитацию, страх, панику, агрессивность, повышенное или пониженное либидо и прочее и прочее, но суицид - нельзя.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5416692/
>Despite conceptual attempts to draw parallels between self-killing behavior in nonhuman animals and suicidal behavior in humans, our position is that suicide as it exists in humans is the outcome of a unique cognitive process. It involves insight, planning, and intent that is unlikely to be present in nonhuman animals, and in particular rodent model systems that are a focus of this review.

1) Выделяют три компоненты - возникновение мысли о суициде, планирование и намерение (интенцию)
2) Конкретно этот коллектив авторов, из статьи на которую я дал ссылку, придерживается концепции о том, что осознанный суицид - это побочный продукт эволюции человеческого разума.
Проще говоря - это "продукт" нашей способности к экстраполяции.

Примером может служить древняя Сардиния, жители которой убивали стариков, т.к. стареющий организм не может получать то же удовольствие от жизни, что и раньше. Человек, из-за наличия разума, осознаёт, что усиливающаяся ломота в суставах, скованность в движениях, снижение либидо, чувства вкуса, туман в голове и прочие признаки старения - не пройдут, как простуда, а со временем будут усугубляться больше и больше. Благодаря способности к рефлексии и экстраполяции древние сардинцы решили, что как только признаки старения становятся очевидными - то всё, стоп машина. Оттуда же пошло и выражение - сардоническая улыбка, когда старик выжимал из себя последнюю улыбку во время ритуального убийства.
Другим примером суицида, основанного на способности к экстраполяции, является давняя армейская традиция - на войне, на случай окружения, оставлять последний патрон для себя, с целью избежать плена, пыток и длинной и мучительной смерти.

Котики, а кто-нибудь из подписчиков работал в After Effects?

https://www.youtube.com/watch?v=wkES6aHpWXk
Когда в лабе нету восстановителей, но у тебя есть 50 рублей на морковь.

Как фиксить проблемы в биологических системах: порезать, потрясти, склеить заново ;)

Хромотрипсис - удивительное и страшное явление, при котором одна или несколько хромосом в одной клетке претерпевают тысячи перестроек одновременно. Они как бы превращаются в крошево, которое потом кое-как склеивается в совершенно новом порядке. Казалось бы, если даже от единичной геномной перестройки вред несопоставим с пользой (если она вообще может быть), может ли такая дикая перетасовка кусков ДНК между хромосомами (да даже в пределах одной хромосомы) принести что-то путное? В подавляющем большинстве случаев, конечно же, нет. Однако есть один удивительный пример спонтанного излечения от тяжелого наследственного заболевания, которым мы обязаны хромотрипсису. Одна женщина долгие годы страдала от синдрома WHIM (от Warts, Hypogammaglobulinemia, Immunodeficiency, and Myelokathexis). Этот синдром влечет за собой прежде всего хроническую нейтропению, то есть снижение количества нейтрофилов в крови, а это, в свою очередь, дает почву для тяжелого иммунодефицита. Как и против большинства других наследственных болезней, против синдрома WHIM пока нет одобренной схемы лечения. И вот в районе 2015 года наша пациентка сдала плановые анализы, которые показали, что она... излечилась от WHIM! В чем тут дело? Конечно, столь неординарный случай самоизлечения от редкого наследственного синдрома не мог не привлечь внимания ученых. Оказалось, что одна из гемопоэтических стволовых клеток пациентки претерпела спонтанный хромотрипсис, который совершенно внезапным образом привел к тому, что эта клетка стала функционировать как нормальная. Спустя некоторое время кровь женщины мало отличалась по клеточному составу от крови здорового человека. Вот такая вот удивительная история! Подробнее прочитать о ней можно тут.

Во времена кринжа, простой здравый смысл становится базой.

Okno, okno, okno
Day of sun
Day of sun

«К учёным степеням не рвался. Уговорили защититься. Так я на защите кандидатской вместо диссертации выложил на стол перед оппонентами и учёным советом мои автоматы, пулемёты. Сразу докторскую присвоили. Так сказать, под дулом»
Мемуары Михаила Калашникова, о правильном оформлении работ по ГОСТу