Имени капитана Очевидность трижды краснознамённая дивизия наступает - оказывается, если вести процесс в контролируемых условиях и задать поддержку нужного узкого диапазона растворённого кислорода (см. Lot 1), то и выход продукта больше! Ба, а мужики-то не знали! Статья 2018 года, если что.
Forwarded from Три звезды
Вчера мне удалось сильно испортить себе настроение. Полночи я валялся в кровати и размышлял о том, какой мир вокруг жестокий и хуевый, и как мне не нравится в нем жить. Просто так избавиться от этих мыслей не удавалось, так что я решил отвлечься и поискать какие-нибудь интересные статьи про грибы. Я так иногда делаю - когда меня все заебывает, я посвящаю свое время изучению какой-нибудь странной, никому не нужной темы, и обычно от этого попускает. Вот и сейчас сработало - я наткнулся на набор занимательных статей про грибные митохондриальные плазмиды, повтыкал на них, и жизнь снова заиграла всеми своими красками.
Я люблю грибы по многим причинам. Во-первых, они все очень красивые, и это самоочевидно. Во-вторых, это одни из наших ближайших родственников среди опистоконт, родственные души, короче. В-третьих, грибы - это такие как бы недоделанные эукариоты - у них маленькие геномы, а фукционально связанные гены часто организованы в кластеры, как у прокариот. Еще у грибов есть всякие странные молекулярные реликты - вроде линейных митохондриальных плазмид, похожих на геномы тективирусов, или митовирусов - вирусов, реплицирующихся в митохондриях, потомков бактериофагов с РНК-геномами. Еще грибы нравятся мне тем, что они в большинстве своем (кроме дрожжей) плохо изучены и, похоже, нахуй никому не нужны. Последний факт (нахуй-никому-не-нужность) свидетельствует о том, что изучение грибов близко к Высшей Цели:
https://t.me/c/1278567619/721
Вчера я узнал, что у грибов (у некоторых штаммов Neurospora crassa) есть еще так называемые ретроплазмиды - кольцевые ковалентно замкнутые митохондриальные плазмиды, которые кодируют ген обратной транскриптазы и реплицируются через цикл транскрипции - обратной транскрипции [1]. Подробности репликации этих плазмид мне выяснить не удалось, и, похоже, что с 90-х годов статей на эту тему не выходило. Неясных деталей там достаточно много.
Во-первых, пишут, что транскрипты этих плазмид (возможно конкатамерные) процессируются так, что на конце оказывается тРНК-подобная структура с CCA на 3' конце. Кто процессирует эти транскрипты, неясно.
Во-вторых, пишут, что обратная транскриптаза инициирует синтез кДНК с 3'-CCA, и ей типа не нужен праймер. Я про такое вообще никогда не слышал, ну ладно, допустим, бывает. Почему для инициации синтеза кДНК нужна именно тРНК-подобная структура? Складывается впечатление, будто ревертазы испытывают к тРНК какую-то давнюю любовь.
В-третьих, вообще непонятно, как происходит синтез второй цепи и превращение кДНК в кольцевую двуцепочечную плазмиду.
В общем, есть большой простор для размышлений. Когда я в следующий раз найду в своем холодильнике заплесневелый хлеб, мне будет о чем задуматься.
Вместе с кольцевыми ретроплазмидами у N. crassa встречаются плазмиды-спутники [2]. Одна из таких плазмид называется VS (Varkud satellite, спутник плазмиды Varkud). Это такая маленькая (~800 нк) плазмида, которая существует, видимо, в форме кольцевых ДНК и кольцевых РНК. Пишут, что репликация у нее проходит типа так - с ДНК-формы транскрибируются длинные конкатамерные транскрипты, которые автокаталитически процессируются (разрезание+циклизация) с образованием кольцевых РНК-форм. Обратная транскриптаза, заимствованная у ретроплазмид, синтезирует кДНК. Как происходит образование ДНК-формы VS плазмиды неизвестно.
Зато известно, как происходит процессинг длинных транскриптов VS. Специфическое расщепление РНК и лигирование катализирует специальный рибозим - большой, сложный и непохожий на остальные известные рибозимы с рибонуклеазной активностью.
https://en.wikipedia.org/wiki/VS_ribozyme
В общем, похоже, что из-за этого рибозима эти плазмиды и привлекли к себе внимание, а на все остальное все как-то забили.
1. Lambowitz, A. M., and Chiang, C.-C. (1995) The Mauriceville and Varkud plasmids: primitive retroelements found in Neurospora mitochondria , Can. J. Bot., 73, 173–179.
Я люблю грибы по многим причинам. Во-первых, они все очень красивые, и это самоочевидно. Во-вторых, это одни из наших ближайших родственников среди опистоконт, родственные души, короче. В-третьих, грибы - это такие как бы недоделанные эукариоты - у них маленькие геномы, а фукционально связанные гены часто организованы в кластеры, как у прокариот. Еще у грибов есть всякие странные молекулярные реликты - вроде линейных митохондриальных плазмид, похожих на геномы тективирусов, или митовирусов - вирусов, реплицирующихся в митохондриях, потомков бактериофагов с РНК-геномами. Еще грибы нравятся мне тем, что они в большинстве своем (кроме дрожжей) плохо изучены и, похоже, нахуй никому не нужны. Последний факт (нахуй-никому-не-нужность) свидетельствует о том, что изучение грибов близко к Высшей Цели:
https://t.me/c/1278567619/721
Вчера я узнал, что у грибов (у некоторых штаммов Neurospora crassa) есть еще так называемые ретроплазмиды - кольцевые ковалентно замкнутые митохондриальные плазмиды, которые кодируют ген обратной транскриптазы и реплицируются через цикл транскрипции - обратной транскрипции [1]. Подробности репликации этих плазмид мне выяснить не удалось, и, похоже, что с 90-х годов статей на эту тему не выходило. Неясных деталей там достаточно много.
Во-первых, пишут, что транскрипты этих плазмид (возможно конкатамерные) процессируются так, что на конце оказывается тРНК-подобная структура с CCA на 3' конце. Кто процессирует эти транскрипты, неясно.
Во-вторых, пишут, что обратная транскриптаза инициирует синтез кДНК с 3'-CCA, и ей типа не нужен праймер. Я про такое вообще никогда не слышал, ну ладно, допустим, бывает. Почему для инициации синтеза кДНК нужна именно тРНК-подобная структура? Складывается впечатление, будто ревертазы испытывают к тРНК какую-то давнюю любовь.
В-третьих, вообще непонятно, как происходит синтез второй цепи и превращение кДНК в кольцевую двуцепочечную плазмиду.
В общем, есть большой простор для размышлений. Когда я в следующий раз найду в своем холодильнике заплесневелый хлеб, мне будет о чем задуматься.
Вместе с кольцевыми ретроплазмидами у N. crassa встречаются плазмиды-спутники [2]. Одна из таких плазмид называется VS (Varkud satellite, спутник плазмиды Varkud). Это такая маленькая (~800 нк) плазмида, которая существует, видимо, в форме кольцевых ДНК и кольцевых РНК. Пишут, что репликация у нее проходит типа так - с ДНК-формы транскрибируются длинные конкатамерные транскрипты, которые автокаталитически процессируются (разрезание+циклизация) с образованием кольцевых РНК-форм. Обратная транскриптаза, заимствованная у ретроплазмид, синтезирует кДНК. Как происходит образование ДНК-формы VS плазмиды неизвестно.
Зато известно, как происходит процессинг длинных транскриптов VS. Специфическое расщепление РНК и лигирование катализирует специальный рибозим - большой, сложный и непохожий на остальные известные рибозимы с рибонуклеазной активностью.
https://en.wikipedia.org/wiki/VS_ribozyme
В общем, похоже, что из-за этого рибозима эти плазмиды и привлекли к себе внимание, а на все остальное все как-то забили.
1. Lambowitz, A. M., and Chiang, C.-C. (1995) The Mauriceville and Varkud plasmids: primitive retroelements found in Neurospora mitochondria , Can. J. Bot., 73, 173–179.
Forwarded from Три звезды
2. Kennell, J. C., Saville, B. J., Mohr, S., Kuiper, M. T., Sabourin, J. R., Collins, R. A., and Lambowitz, A. M. (1995) The VS catalytic RNA replicates by reverse transcription as a satellite of a retroplasmid., Genes Dev., 9, 294–303.
#читаювсякоеговно
#читаювсякоеговно
В связи с грядущим окончанием новогодних праздников стоит рассказать про такую штучку как белая горячка.
Один мой знакомый знакомого, будучи в Чехии, решил справить католическую пасху по всем канонам, максимально используя все выходные дни, предоставляемые университетом. Началось всё вечером последнего учебного дня - 0,5 бехеровки + 200 рома Божков (химоружие, которое следует запретить). На следующий день он пошёл в магазин, где увидел ящики бехеровки, сложенные пирамидками (не галлюцинация, а объективная реальность - я тоже видел это). Там он успешно приобрёл и выпил полтора литра бехеровки.
На третий день выпит литр божкова.
На четвёртый - изысканное ассорти из вишнёвого ликёра божков ~15 оборотов (не путать с 40* ромом), вина, литра рома.
На пятый день человек мучался похмельем и просил его пристрелить.
А вот дальше началось интересное - с вечера шестого дня началось какое-то беспокойство, вечером седьмого дня к нему добавились едва-едва уловимые образы на периферии зрения. В ночь на восьмой день - сложенные на кровати брюки казались спящим котом.
Утром восьмого дня он начал форсированную детоксикацию с феназепамом и огромным количеством МАГНИЯ для вязкости. Магний, кстати, поступал в организм с такой замечательной жидкостью как Magnesia - минералкой с его крайне высоким содержанием. На девятый-десятый день вся симптоматика (беспокойство, дисфория, бессонница) прошла.
Уже гораздо позже я краем уха услышал от чешских военных токсикологов, что эта минералка - спасение душ белогорячечных. Почти что секретная разработка чехословацкого ВПК, по уровню полезности в народном хозяйстве сравнимая с советской Боржоми.
Сейчас она продаётся за 12 крон, как и в 2014 году -
https://nakup.itesco.cz/groceries/cs-CZ/products/2001120546410
Один мой знакомый знакомого, будучи в Чехии, решил справить католическую пасху по всем канонам, максимально используя все выходные дни, предоставляемые университетом. Началось всё вечером последнего учебного дня - 0,5 бехеровки + 200 рома Божков (химоружие, которое следует запретить). На следующий день он пошёл в магазин, где увидел ящики бехеровки, сложенные пирамидками (не галлюцинация, а объективная реальность - я тоже видел это). Там он успешно приобрёл и выпил полтора литра бехеровки.
На третий день выпит литр божкова.
На четвёртый - изысканное ассорти из вишнёвого ликёра божков ~15 оборотов (не путать с 40* ромом), вина, литра рома.
На пятый день человек мучался похмельем и просил его пристрелить.
А вот дальше началось интересное - с вечера шестого дня началось какое-то беспокойство, вечером седьмого дня к нему добавились едва-едва уловимые образы на периферии зрения. В ночь на восьмой день - сложенные на кровати брюки казались спящим котом.
Утром восьмого дня он начал форсированную детоксикацию с феназепамом и огромным количеством МАГНИЯ для вязкости. Магний, кстати, поступал в организм с такой замечательной жидкостью как Magnesia - минералкой с его крайне высоким содержанием. На девятый-десятый день вся симптоматика (беспокойство, дисфория, бессонница) прошла.
Уже гораздо позже я краем уха услышал от чешских военных токсикологов, что эта минералка - спасение душ белогорячечных. Почти что секретная разработка чехословацкого ВПК, по уровню полезности в народном хозяйстве сравнимая с советской Боржоми.
Сейчас она продаётся за 12 крон, как и в 2014 году -
https://nakup.itesco.cz/groceries/cs-CZ/products/2001120546410
Forwarded from Выпускайте КракенаZ!
Тревожные новости из Алма-Аты. По информации СМИ, неизвестные прорвались в местную военную биолабораторию - это совместный проект Минобороны КЗ и Пентагона. По словам очевидцев, возле объекта работают специалисты в химзащите.
Ранее по поводу захвата этой лаборатории выражал свои опасения главный санитарный врач РФ Геннадий Онищенко. Он отметил, что на таком объекте могут быть неограниченные по опасности составом вещества, бактерии и вирусы для угрозы человечеству.
Ранее по поводу захвата этой лаборатории выражал свои опасения главный санитарный врач РФ Геннадий Онищенко. Он отметил, что на таком объекте могут быть неограниченные по опасности составом вещества, бактерии и вирусы для угрозы человечеству.
Forwarded from Микола Канян
В 1970х гг. заговорили о пост-методной науке ("эпистемологический анархизм" Фейерабенда). Определить, в чем именно заключается "научный метод", стало сложно, и решили считать наукой попросту то, чем занимаются ученые.
Решение привело к следующим типовым диалогам:
— Не могли бы вы объяснить, как вы получили эти результаты? Заранее благодарю.
— Ты на кого батон крошишь, пес? У меня докторская степень из университета Лиги Плюща! Я выжил в конкурентной борьбе за бессрочную позицию на кафедре! У меня нобелевская премия!
Может показаться, что с тем открылся путь в науку для шарлатанов, но это не так. Если некоторая научная теория окажется ложной, несоответствующей веяниям времени, то кафедру можно, все-таки, отобрать, да и нобелевскую премию тоже. Тогда её автор будет не ученый, а в говне моченый, и все его теории перестанут быть научным знанием.
В 2020х гг. начали говорить о пост-теорной науке (post-theory science). Ученым стало сложно обобщать экспериментальные данные в формальную, математизированную теорию, ведь данных так много, и они такие разнообразные. Предлагается принять в качестве эталона научного результата не теорию, а "магию чисел"^W^Wмодель, полученную машинным обучением на экспериментальных данных.
Как и при помощи теорий, при помощи моделей можно предсказывать поведение мира. А конечной целью науки является именно возможность гадания^Wпредсказания.
Предполагаю, что набор типовых диалогов в скором времени пополнится вот таким:
— Не могли бы вы объяснить, как вы получили эти результаты? Заранее благодарю.
— Мы собрали экспериментальные данные и использовали 80% из них чтобы обучить вот эту модель. На оставшихся 20% данных, не использовавшихся при обучении, модель имеет точность в 99%, значит, она вполне верна.
— Как вы собирали экспериментальные данные?
— С этим нам помог индустриальный партнер, компания Пфайзер. У нее развитая клиентская сеть, без её помощи, силами одного только университета, мы столько данных не собрали бы.
— Как вы обучали модель?
— При помощи продукта Scientific Mind, лицензированного нам другим индустриальным партнером, компанией Гугл. Силами одной только нашей исследовательской группы мы не разработали бы все необходимое ПО и не построили бы всю необходимую инфраструктуру.
— Хорошо, а посмотреть на модель можно?
— К сожалению, она слишком большая и помещается только в дата-центре Гугла. Вот, можете поспрашивать её через API. Ознакомьтесь, пожалуйста, с расценками на запросы и подпишите пользовательское соглашение.
В 2022 г. в науку, действительно, остается разве что верить. Предварительно перекрестившись.
Решение привело к следующим типовым диалогам:
— Не могли бы вы объяснить, как вы получили эти результаты? Заранее благодарю.
— Ты на кого батон крошишь, пес? У меня докторская степень из университета Лиги Плюща! Я выжил в конкурентной борьбе за бессрочную позицию на кафедре! У меня нобелевская премия!
Может показаться, что с тем открылся путь в науку для шарлатанов, но это не так. Если некоторая научная теория окажется ложной, несоответствующей веяниям времени, то кафедру можно, все-таки, отобрать, да и нобелевскую премию тоже. Тогда её автор будет не ученый, а в говне моченый, и все его теории перестанут быть научным знанием.
В 2020х гг. начали говорить о пост-теорной науке (post-theory science). Ученым стало сложно обобщать экспериментальные данные в формальную, математизированную теорию, ведь данных так много, и они такие разнообразные. Предлагается принять в качестве эталона научного результата не теорию, а "магию чисел"^W^Wмодель, полученную машинным обучением на экспериментальных данных.
Как и при помощи теорий, при помощи моделей можно предсказывать поведение мира. А конечной целью науки является именно возможность гадания^Wпредсказания.
Предполагаю, что набор типовых диалогов в скором времени пополнится вот таким:
— Не могли бы вы объяснить, как вы получили эти результаты? Заранее благодарю.
— Мы собрали экспериментальные данные и использовали 80% из них чтобы обучить вот эту модель. На оставшихся 20% данных, не использовавшихся при обучении, модель имеет точность в 99%, значит, она вполне верна.
— Как вы собирали экспериментальные данные?
— С этим нам помог индустриальный партнер, компания Пфайзер. У нее развитая клиентская сеть, без её помощи, силами одного только университета, мы столько данных не собрали бы.
— Как вы обучали модель?
— При помощи продукта Scientific Mind, лицензированного нам другим индустриальным партнером, компанией Гугл. Силами одной только нашей исследовательской группы мы не разработали бы все необходимое ПО и не построили бы всю необходимую инфраструктуру.
— Хорошо, а посмотреть на модель можно?
— К сожалению, она слишком большая и помещается только в дата-центре Гугла. Вот, можете поспрашивать её через API. Ознакомьтесь, пожалуйста, с расценками на запросы и подпишите пользовательское соглашение.
В 2022 г. в науку, действительно, остается разве что верить. Предварительно перекрестившись.
При всём уважении к Никитию, такое в чистом виде работает только для ML и бигдаты.
В экспериментальной науке такие модели отбраковываются в статьях-ревью (аналог военного трибунала) или напротив методов, изложенных в статьях, если они оказались нерабочими, ставится пометочка карандашём - pizdyuozh.
В экспериментальной науке такие модели отбраковываются в статьях-ревью (аналог военного трибунала) или напротив методов, изложенных в статьях, если они оказались нерабочими, ставится пометочка карандашём - pizdyuozh.
Forwarded from Mayonnaise PET
Приехал свежий препринт о механизмах развития болезни Альцгеймера. Коллабораторы взяли когорту из 327 участников с разным амилоидным и когнитивным статусом, у которых были измерены: а) уровень растворимого гиперфосфорилированного тау-белка в спинномозговой жидкости, б) уровень когнитивных нарушений, в) отложение в мозге амилоидных бляшек (измеренное при помощи Ab-PET) и г) накопление в мозге нерастворимых аггрегатов тау белка (tau-PET), причем последнее измерялось неоднократно, что позволяло оценить скорость распространения тау в разные регионах мозга.
Авторы опирались на несколько ранее доказанных явлений, а именно: что амилоидные бляшки возникают в начале БА и не коррелируют с развитием симтомов, а тау-включения – напротив, коррелируют что распространение тау в мозге осуществляется по проводящим путям, т.е. по аксонам, а также – что наличие в межклеточной жидкости амилоидных бляшек стимулирует нейрональную активность, в частности аксонарный транспорт.
Путем сложных (реально сложных!) статистических вычислений – тестирования различных гипотез взаимодействия четырех вышеуказанных измерений, авторы сконструировали модель патогенеза БА, которая вкратце выглядит так – см. рисунок. Вначале накопление амилоидных бляшек вызывает увеличение количества растворимого гиперфосфорилированного тау и его распространение через аксоны и синапсы. Повышение концентрации растворимого тау ведет к образованию нерастворимых включений неправильно свернутого тау, которые, в свою очередь, начинают самореплицироваться и через гибель нейронов обуславливают когнитивный дефицит. Причем быстрое распространение растворимого тау в отдаленные регионы характерно для начальных стадий болезни, до появления симптомов, тогда как локальная аггрегация нерастворимых включений и расширение "очагов патологии" наблюдается уже на поздних стадиях.
Из работы следуют и практические выводы по терапии. Существующие (и провалившиеся в клинисследованиях) анти-амилоидные препараты, равно как и разрабатывающиеся анти-тау агенты, снижающие выработку и фосфорилирование тау, могут быть эффективны только на очень ранних стадиях, до того, как патология распространилась по всему мозгу. Пока не разработаны специфические ингибиторы реакции свертывания тау, все, на что мы можем влиять – скорость развития болезни. Но и это немало: пример с лечением ВИЧ говорит нам о том, что болезнь можно успешно купировать и контролировать в течение долгих лет.
Остается добавить от себя, что как только появится эффективная терапия, станет осмысленной и ранняя диагностика – все эти дорогие ПЭТ-исследования с амилоид- и тау-специфичными лигандами, которые разработаны и верифицированы много лет назад, но в нашей, например, стране до сих пор не используются за ненадобностью.
Авторы опирались на несколько ранее доказанных явлений, а именно: что амилоидные бляшки возникают в начале БА и не коррелируют с развитием симтомов, а тау-включения – напротив, коррелируют что распространение тау в мозге осуществляется по проводящим путям, т.е. по аксонам, а также – что наличие в межклеточной жидкости амилоидных бляшек стимулирует нейрональную активность, в частности аксонарный транспорт.
Путем сложных (реально сложных!) статистических вычислений – тестирования различных гипотез взаимодействия четырех вышеуказанных измерений, авторы сконструировали модель патогенеза БА, которая вкратце выглядит так – см. рисунок. Вначале накопление амилоидных бляшек вызывает увеличение количества растворимого гиперфосфорилированного тау и его распространение через аксоны и синапсы. Повышение концентрации растворимого тау ведет к образованию нерастворимых включений неправильно свернутого тау, которые, в свою очередь, начинают самореплицироваться и через гибель нейронов обуславливают когнитивный дефицит. Причем быстрое распространение растворимого тау в отдаленные регионы характерно для начальных стадий болезни, до появления симптомов, тогда как локальная аггрегация нерастворимых включений и расширение "очагов патологии" наблюдается уже на поздних стадиях.
Из работы следуют и практические выводы по терапии. Существующие (и провалившиеся в клинисследованиях) анти-амилоидные препараты, равно как и разрабатывающиеся анти-тау агенты, снижающие выработку и фосфорилирование тау, могут быть эффективны только на очень ранних стадиях, до того, как патология распространилась по всему мозгу. Пока не разработаны специфические ингибиторы реакции свертывания тау, все, на что мы можем влиять – скорость развития болезни. Но и это немало: пример с лечением ВИЧ говорит нам о том, что болезнь можно успешно купировать и контролировать в течение долгих лет.
Остается добавить от себя, что как только появится эффективная терапия, станет осмысленной и ранняя диагностика – все эти дорогие ПЭТ-исследования с амилоид- и тау-специфичными лигандами, которые разработаны и верифицированы много лет назад, но в нашей, например, стране до сих пор не используются за ненадобностью.
medRxiv
Amyloid-associated increases in soluble tau is a key driver in accumulation of tau aggregates and cognitive decline in early Alzheimer
For optimal design of anti-amyloid-β (Aβ) and anti-tau clinical trials, it is important to understand how Aβ and soluble phosphorylated tau (p-tau) relate to the accumulation of tau aggregates assessed with PET and subsequent cognitive decline across the…
Forwarded from Mayonnaise PET
Нерастворимый Тау распространяется из региона первичного накопления в височной доле в медиальную теменную и латеральную лобную области. Рост количества тау-аггрегатов составляет 3,6% в год у недементных (начальная стадия БА) и 10% в год у дементных пациентов. У участников с отсутствием амилоидных бляшек рост базового уровня нерастворимого тау фактически отсутствовал
Если есть подписчики из Пущино/Серпухова/Оболенска - пишите в чятик, у вас есть уникальная возможность побухать с админом, кек
ПРИЕХАЛ ПО РАБОТЕ В НАУКОГРАД
@
НОЧЬЮ В ВЕДОМСТВЕННОМ ОБЩЕЖИТИИ КТО-ТО ОРЁТ ПЕСНЮ ВАЛЕНТИНА СТРЫКАЛО "МАМА Я ГЕЙ"
Полёт нормальный
@
НОЧЬЮ В ВЕДОМСТВЕННОМ ОБЩЕЖИТИИ КТО-ТО ОРЁТ ПЕСНЮ ВАЛЕНТИНА СТРЫКАЛО "МАМА Я ГЕЙ"
Полёт нормальный
Хорошее повтори, и ещё раз повтори!
https://t.me/smallpharm/277
https://t.me/smallpharm/277
Telegram
Small Pharma
Для людей, которые знают меня лично (и читают этот канал) не секрет, что я с особой теплотой отношусь к трансгуманизму и биохакингу. Причём не школолольному (ололо давайте наедаться пирацетамом!) и не айтишному (когда погромист "вооружённый" техническим мышлением…