занятный лонгрид о действии антидепрессантов на фертильность и т. д.

Beeder, L. A., & Samplaski, M. K. (2019). Effect of antidepressant medications on semen parameters and male fertility. International Journal of Urology. doi:10.1111/iju.14111

Программный текст из разряда "накипело".
Каждый, кто занимается биотехом, знает такое явление как "проприетарные коммерческие среды".
Суть заключается в следующем - композицию классических сред (RPMI-1640, EMEM, DMEM, F12 и прочая) можно легко нагуглить, и в случае необходимости оценить их влияние на эксперимент. Например, совершенно тривиальная задача - работа с MCF-7 для оценки чего-нибудь антиракового. Большинство не заморачивается, и растит культуры на том, на чём привыкли в их лаборатории. Однако, даже замена DMEM на DMEM/F12 может повлиять на результат эксперимента - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6037242/
Но, повторюсь, состав всех этих сред можно найти.

А что делать, если вы работаете в промышленной биотехнологии? Или, что ещё хуже, занимаетесь изучением наработки терапевтических белков и векторных вирусов?
Здесь вы, согласно логике производителей сред, должны ВЕРИТЬ. Причём ещё более искренне, чем во время посещения казино.
Вы должны ВЕРИТЬ, что их Super-Duper CHO-MegaMix заставит ваши СНО вырабатывать 146% белка по сравнению с контролем, что белок будет правильно прогликозилирован и что всё будет супер-дупер.
Мне такой подход в упор не понятен, равно как и не понятно почему FDA вообще разрешает использование подобных сред в биофармацевтике. Хочешь чтоб твои мега-супер-гига-экспрессионные среды допустили к использованию - раскрывай состав.
Такая игра в партизана - контрпродуктивна. Ведь если учёный захочет оценить влияние состава среды на конечный продукт - у него ничего не получится, т.к. состав нигде не опубликован, а оценивать % содержание десятков компонентов в образце - ебанёшься.
Так и живём: состав сред известен лишь приблизительно, на уровне слухов - "А я слышал, что в Gibco AEM много глюкозы и нуклеозидов!".

Чувствительный нейрон

И снова у нас — картинка дня из свежего конкурса Nikon Small World. На сей раз — четвертое место основной призовой группы. На нем чилийская нейробиолог Паула Диас сфотографировала сенсорный нейрон эмбриона мыши. Флуоресцентная микроскопия, всего 10-кратное увеличение, а какая красота!

http://neuronovosti.ru/chuvstvitelnyj-nejron/

Credit:Paula Diaz, Pontificia Universidad Católica de Chile
MinusPain Department of Physiology Santiago, Chile

Котики, вот тут я репостнул фотку с флуоресцентной микроскопией - https://t.me/smallpharm/2123
И в личке у меня состоялся диалог с любителем квантовых точек - мол они не выгорают, в отличие от классических флуоресцентных красителей.
Так-то оно так, но проблема квантовых точек, конъюгированных с антителами, в том, что они как и любые штучки-дрючки на основе наночастиц очень любят слипаться. И вместо равномерного окрашивания мембраны очень часто получаются какие-то непрокрашенные плеши.
Кроме того, ими очень сложно покрасить внутриклеточные структуры - при классических методиках частичного растворения мембраны (пермеабилизации, как правило тритоном или низкими концентрациями SDS) они практически не пролезают вовнутрь.

Аудиальная обработка: слова отдельно, звуки отдельно

Quanta Magazine об августовской публикации в The Cell:

Оказывается, вдобавок к иерархической, мозг использует параллельную обработку какофонического массива звуков, чтобы вычленять и распознавать речь и звуки.

Новизна в том, что поток информации разделяется еще ДО первичной слуховой коры, которая, как считалось ранее, одна ответственна за все распознавание и превращение акустических репрезентаций в лингвистические.

Экспериментально нарушая работу отдельных регионов мозга исследователи обнаружили, что:

➢ Стимуляция первичной слуховой коры (primary auditory cortex) не нарушала функцию распознавания речи, но порождала звуковые галлюцинации

➢ Стимуляция верхней височной извилины (superior temporal gyrus) не нарушала восприятие звуков, но с речью были сложности "я слышу, как вы говорите, но не могу понять, что именно".

Получается, что обработка аудиальных сигналов распараллеливается на субкортикальном уровне.

https://bit.ly/3C7qc2D

#brain

Интересный факт хозяюшке на заметку - первое оружие на основе наночастиц фактически было применено ещё в Первую Мировую войну. Суть такова:
При газовых атаках применялась тактика "стрельба крестами", названная так в честь условных пометок на снарядах. Сначала проводился обстрел позиций противника снарядами с маркировкой в виде синего креста - под таким условным обозначением в кайзеровских и австро-венгерских войсках использовали соединения мышьяка. Затем проводили обстрел с помощью снарядов помеченных зелёным крестом - как правило, они снаряжались фосгеном.
Суть в том, что при разрыве снаряда с "синим крестом", арсины (дифенилхлорарсин, адамсит, люизит) конденсировались во взвесь нано- и микрочастиц, которые проходили через поры противогаза не реагируя с сорбентом - частицы были гораздо меньше размера пор.
Эти вещества обладают раздражающими свойствами и их применение должно было заставить противника снять противогазы для проведения обработки лица, слизистых оболочек и глаз. Но! Практически одновременно на позиции противника сыпались снаряды с фосгеном, который через противогаз не проходил.
Соответственно, получалась такая неприятная ситуация - люди снимали противогазы для обработки от соединений мышьяка и вдыхали фосген.

На глаза попалась интересная статья по изучению внутриклеточного ответа на интересные вещества. В "Материалах и методах" перечислены клеточные линии, которые использовались авторам.
Ну, я же человек дотошный - доебусь и до марки BSA при желании.
Смотрю, читаю, охуеваю -
https://www.perkinelmer.com/product/opioid-mu-aequozen-es-542-af

Хорошо! Кучеряво ребята устроились! Продают модифицированные линии, экспрессирующие различные рецепторы (в данном случае - мю-опиоидный) и экворин. Принцип работы таков - чем больше кальциевый ток, тем сильнее люминесцирует экворин (биолюминесцентный белок медуз). В принципе, всё логично.
Но проблема в том, что они продают фиксированное количество клеток... не способных к размножению. Скорее всего, в плазмиду встроен какой-то аналог kill switch, но с цитостатическим действием. У себя в лабе они размножают клетки в присутствии какого-то кастомного фактора роста (вернее - фактора, отключающего стоп-кран для деления в плазмиде).
Вот присылают тебе 10 млн клеток - и крутись как хочешь. С потерями при разморозке можно считать, что за ~1000 евро приобретаются 6-7 миллионов живых, функциональных, клеток, с которых ещё каким-то образом нужно получить вменяемые результаты.

Апдейт:
Похоже что "защиты" нет и авторы статьи написали про невозможность размножения клеток чтоб не попасть под нарушения соглашения при покупке, которое прямо запрещает попытки экспансии купленных клеток.

Апдейт 2:
Нет, защита от размножения всё-таки есть - покопавшись в документации к этому эссею я нашёл упоминание о том, что клетки подвергаются гамма-облучению.

С московской конференции биохакеров убрали доклад о пересадке головы из-за неэтичности темы.

19 октября на ВДНХ прошла Biohacking Conference Moscow. Изначально в программу включили лекцию футуролога Данилы Медведева и предпринимателя Петра Кондаурова о трансплантологии. Вещать должны были о том, что ещё великий и ужасный Демихов в 50-е годы проводил опыты по подсаживанию голов одних животных другим. А сейчас и технологии, и медицина так развились, что можно возобновить попытки.

Но среди биохакеров нашлись люди ранимые и неготовые к таким экспериментам. Они пожаловались на неэтичность темы. Организаторы решили не рисковать и сняли доклад из программы. Кондауров и Медведев посчитали этот шаг антинаучным, но рук не опустили: планируют доказать свою правду не словом, а делом. Кроме них работы по пересадке головы в Китае ведут Серджио Канаверо (про него мы рассказывали в нашей документалке) и Жень Сяопин.

одна голова хорошо, а две — травмируют психику

А вот кстати разбор статьи, о которой я упоминал тут - https://t.me/smallpharm/2130

Статья с длинным названием - "In vitro characterization of new psychoactive substances at the m-opioid, CB1, 5HT1A, and 5HT2A receptors—On-target receptor potency and efficacy, and off-target effects", 2020 год. Статья посвящена скринингу внутриклеточного ответа на различные интересные соединения.
Сразу оговорюсь:
1) Высокая внутренняя активность не означает высокую психотомиметическую активность. Ни одно психоактивное соединение не действует только на один тип (или подтип) рецепторов. Тот же ЛСД (который использовалось в качестве эталона) является дикой шлюшкой в отношении профиля связывания.
2) За меру активации рецепторов брали повышение уровня ионов кальция, которую измеряли с помощью клеток-репортеров экспрессирующих рецептор интереса + экворин. О повышении уровня кальция судили по повышению люминесценции (с помощью окисления целентеразина экворином, активность которого уже регулируется уровнем ионов кальция).
3) В посте-анонсе я упоминал, что могу доебаться до марки BSA - это сделано не случайно. В среду для клеток перед анализом добавляется BSA, причем не простой, а protease-free, от Сигмы.
4) В статье не указано, какой из вариантов мю-опиоидных рецепторов экспрессируется в CHO-K1 - т.к. существует до десятка форм, существующих благодаря альтернативному сплайсингу.

Что касается результатов: для скрининга соединений на активность в отношении мю-опиоидных рецепторов в качестве соединения-эталона был выбран обычный советский фентанил - его, с большим отрывом на порядок, победил 2-фторфентанил. И интересное замечание - при малых концентрациях такой монстр как карфентанил проигрывает обычному фентанилу, но при повышении коцентрации карфентанил быстро превосходит фентанил в активности.
Ещё интересные выводы по опиоидам - такое соединение как фуранилфентанил, вполне возможно, является лишь частичным мю-агонистом, т.к. даже при повышении концентрации максимально возможная активность составляет лишь 50% от морфина.

При изучении активности в отношении 5HT2A-рецепторов картина, в целом, ожидаемая - бромо-драгонфлай и нБОМы превосходят ЛСД по активности. Единственное, что меня удивило - это то, что 25N-nBOMe оказался идеальным лигандом, с т.з. внутриклеточного ответа. Один мой знакомый токарь-многостаночник начал своё знакомство с психотомиметиками именно с этого вещества - и его рассказы и воспоминания подтверждают высокую активность этого соединения лишь частично.

Интерес представляет секция по оффтаргет эффектам. Там скринили, например, 25I-nBOMe в отношении мю-опиоидных рецепторов - и ВНЕЗАПНО, эта активность у него есть! Пусть и небольшая.

Жалко, что не провели полного перекрёстного тестирования всех соединений на всех клеточных линиях - я, конечно, понимаю, что это дорого, но тогда эти результаты были бы ещё ценнее.
Сама статья постом ниже.

Мелатониновая эволюция

Мелатонин относится к классу индолов, появился на Земле более 3,5 млрд лет назад, задолго до начала эпохи бактерий. О древности этого вещества свидетельствует широкая представленность мелатонина у альфа-протео- и цианобактерий. Согласно эндосимбиотической теории, предки альфа-протео- и цианобактерий, содержащие мелатонин, в ходе эволюции послужили пищей для примитивных эукариотов. Однако в результате ряда превращений сложился симбиоз, в котором протобактерии с мелатонином взяли на себя функции митохондрий, а цианобактерии с мелатонином – хлоропластов. По всей вероятности, первая функция мелатонина была связана с нейтрализацией свободных радикалов для защиты клеток от окисления после повышения концентрации кислорода в атмосфере Земли около 2,5 млрд лет назад . При этом вновь образованные органеллы (как митохондрии, так и хлоропласты) сохранили функцию продуцирования мелатонина. Именно поэтому все живые организмы на Земле на клеточном уровне обладают способностью синтезировать мелатонин в митохондриях (растения и животные) или хлоропласте (только растения). Впоследствии первые дали начало эволюции клеток животного царства, а вторые – клеток растительного царства.

В отличие от одноклеточных, где фотопериодизм непосредственно определяет выработку мелатонина и метаболизм клетки, многоклеточные, значительная часть клеток которых не доступна для света, нуждались в веществе, молекулы которого взяли бы на себя функцию информирования о фотопериодических изменениях в окружающей среде. Мелатонин, способный синтезироваться в митохондриях всех клеток, стал соединением, определяющим суточную динамику метаболизма и реализацию многих физиологических функций организма в зависимости от изменений освещенности среды. Пока что не совсем понятно, как это реализуется у беспозвоночных животных. Но у позвоночных в результате эволюции нервной системы образовался эпифиз, контролирующий централизованную выработку мелатонина в организме. Централизованная выработка мелатонина сделала адаптацию многоклеточных хладнокровных к суточному ритму более эффективной за счет возможности поддержания активного состояния организма днем и развития оцепенения организма ночью. До наших дней сохранились некоторые низшие позвоночные, у которых при смене дневной активности ночным покоем свет по-прежнему может непосредственно влиять на функционирование эпифиза. [Выдержка из статьи Психотропные свойства препаратов мелатонина в эксперименте и клинике Е.В. Вербицкий]