Нейроинфекции, как правило, имеют очень длинный инкубационный период. Это очень большой парадокс - не смотря на то, что нервная система (а в особенности мозг) самая "глюкозолюбивая". Например, инкубационный период бешенства (рабдовирус проникает в нервную клетку через Н-холинорецептор, используя его как "якорь" для интернализации) - может растянуться до полугода, инкубационный период вируса Нипах (проникает через рецептор эфринов, нейротропных факторов, механизм интернализации практически аналогичен бешенству) - до 40 дней. И ладно бы это относилось к вирусам, которые целиком полагаются на синтетический аппарат клетки-хозяина, но такое происходит и с бактериальными нейроинфекциями! Например, с боррелиями - где инкубационный период также может достигать полугода.

Сегодняшний поучительный хадис будет о том, как внутрикорпоративные социально-иерархические срачи погубили хороший проект. На заре своей карьеры я работал на довольно большого частника, и занимался иммуногистохимией, а точнее разработкой наборов для диагностики. Большими дяденьками было решено поставить в лабораторию такое же оборудование, какое стоит в большинстве патологоанатомических (а ИГХ относится к патанам) отделений российских онкоцентров. С консультантами проконсультировались, список составили, ждём. Первым приезжает ротационный микротом. Кто не знает - это такая шарманка с ультра-тонким лезвием, которая срезает с кусочка ткани, залитого в парафин, срезы толщиной 3-4 микрона, которые потом АККУРАТНО переносятся на стекло, окрашиваются, и просматриваются патоморфологом с целью установки диагноза (или типирования уже удалённой опухоли). Распаковываем микротом, устанавливаем, пытаемся сделать хотя бы один срез... на первом обороте ручки раздаётся отвратительнейший скрип, вызывающий кровь из ушей. При движении лезвие трясётся как при паркинсоне, идёт туго. А это означает полную непригодность микротома - когда даже невидимые глазу вибрации рвут и портят срез на микроуровне, такой отвратительный, видимый глазу, ход механизма, превращает сам парафиновый блок с образцом "в мясо". Вызываем местных in-house инженеров - они с умным видом пытаются осмотреть это чудо прецизионной механики, но уходят со словами - "Вы работать просто не умеете". Вызываем ещё раз, тычем им сертификатами специалиста - они снова осматривают - "Вы конкретно с этой моделью работать не умеете". Ну что же, окей - находим лабораторию, где стоит такая же шарманка, через начальство организуем визит их технишена. Он уже осведомлён об этой истории и приезжает с набором парафиновых блоков из органов мышей, инженеры предупреждены, что едет суперквалифицированный гистолог. Гистолог приезжает, в присутствии инженеров пытается сделать срез... и лезвие рвёт материал. Так повторяется раз десять, затем у того технишена всё-таки получается срез. В глазах инженеров неподдельная детская радость - "Получилось! Получилось! 1 из 10, но получилось! Аппарат работает!". Ни одно сравнение с Люцифером и Гитлером не способно передать той ненависти, с которой технишен смотрел на инженеров. Ни один словарь ни одного из существующих языков не способен передать то, как технишен пытался донести до них, что 1 из 10 удачных срезов - это НИ ЧЕРТА не норма. Но инженеры настояли на своём! Они требовали окраски! Технишен покрасил срез стандартным Г&Э, поставил в микроскоп, специально включил камеру и показал отвратительнейший срез мышиной почки, чуть ли не в клочья изорванный микротомом-паркинсоником.
Спустя сутки он передал через своих начальников письмо, в котором говорилось - "Микротом неисправен, заявляю ответственно. Число, подпись." Но и тут in-house инженеры нашли лазейку - "Может быть микротом и неисправен, но вы всё равно не можете быть уверены, что сотрудники этой лаборатории умеют работать! Пока не убедимся - разрешение на покупку нового оборудования и микротома не согласуем."
Раз они так хотят - пожалуйста! Меня с коллегой на неделю отправляют за счёт конторы на "стажировку и обучение" в филиал, где доклиника и гистология поставлена на поток. Приезжаю, знакомлюсь, объясняю ситуацию - за три часа нарезаю и окрашиваю несколько блоков, люди убеждаются что я с коллегой умеем работать с микротомом ;) Остальную часть недели гоняю чаи, хожу по местным достопримечательностям.
Возвращаемся, нам вслед летит грамота - "Они умеют работать на микротоме. Число, подпись." Моя начальница идёт к руководству, с двумя жалованными грамотами, и на очной ставке главу in-house инженеров заставляют подписать покупку нового оборудования.

И сейчас я приоткрою завесу тайны, почему же инженеры так настаивали на работоспособности микротома, что аж 3-4 месяца не признавали его полной непригодности - в той конторе покупку каждой дорогостоящей единицы оборудования согласовывал главный инженегр по оборудованию. Он согласовывал именно каждое КП от каждого поставщика, ознакомившись с предложением. Если бы он признал, что купил микротом качества не "слегка б/у", а "отнести в металлолом", то потерял бы очки репутации (как он считал). Мораль - никогда не играйте в социальные игры на инженерных и технических должностях, вы так и себе и людям жизнь испортите.

Таких историй у меня и знакомых - воз и маленькая тележка. Но есть другой тип факапов, которые всерьёз заставляют задуматься об имптортозамещении в биотехе. О нормальном импортозамещении, а не о простом переклеивании шильдиков на китайской технике.
Многое оборудование продаётся с т.н. hardware-ключами для запуска, в том числе и после длительного простоя для диагностики и ПНР + с обязательным заключением контракта на сервисное обслуживание и гарантийный ремонт. Вы просто не сможете запустить некоторые девайсы в отсутствии инженера от компании-производителя. Но в одном из мест закупщики этого не знали, и решили купить девайс стоимость 15 млн б/у от после южноамериканского НИИ. Девайс привозят... а он стоит мёртвым грузом в уголке, как куча хлама. В конце концов начальники начальника одумываются, идут на полон в российское представительство, мол "Так-то так-то, неразумные парубки, решили копеечку сэкономить, в землю-матушку кланяемся - возьмите на гарантийное обслуживание!", и за много денег выписали наладчика. Наладчик от производителя приехал, поругался - половина плат и датчиков оказалась нерабочей. За много денег их поменяли. В итоге, вместо 1-2 млн (стоимость гарантии при покупке "в белую"), девайс обошёлся на 5млн дороже (вызов и оплата инженеров от производителя, замена начинки, и гарантийное обслуживание).
Другой тип факапов уже больше относится к импортозамещению. После 2014 года некоторые компании отказываются продавать биореактора, мол "будете использовать для наработки сибирской язвы против демократии!!!". Особенно этим грешат американские компании, продающие так называемые single use bioreactors - двухсоставные биореакторы, состоящие из греющей рубашки, газовой системы, блока управления и собственно одноразового мешка-реактора, простерилизованного гамма-пушкой. Для обхода таких ограничений некоторые конторы заказывают аналоги (по сути - реплики) таких систем в Китае... лучше бы не заказывали. Здесь всё настолько плохо, что даже в анонимном телеграм-канале это описывать не буду из профессиональной солидарности и сочувствия тем, кому приходится работать с такими поделиями. Ребята, держитесь!
Если бы я был абстрактным Потаниным или Вексельбергом, и если бы хотел инвестировать в биотех, то первым делом дал бы денег на создание компаний, аналогичных по набору и качеству продукции Corning и Cytiva (бывшее биотех подразделение GE). Сначала пластик и расходка - и уже потом об антителах можно думать.

https://youtu.be/TtmVfWj20nY
Научпоп здорового человека. Никакой анимации, весёлой музыки, а простое и понятное изложение протокола трансформации бактерий и принципа метода.

И да, кстати, самая лучшая национальная идея для России - национал-трансгуманизм.
Все кто против - новиопы на зарплате и англичано-шведы.

Я, будучи перфекционистом, был в ужасе, когда узнал, что для создания гибридомных линий многие люди используют пульпу селезёнки. Простой гомогенат, мол - "видимых неоднородностей нет - и так сойдёт".
Как надо, программа минимум: пропустить гомогенат селезёнки животного через клеточное ситечко (cell strainer).
Как надо, программа максимум: пропущенные клетки почистить на фиколле.
Как надо, если вы буржуй и перфекционист: выделять В-клетки на сортере из лимфоцитарной фракции, очищенной на фиколле.

Пока только теория, но интересно.

Опубликована новая гипотеза о том, как именно происходит кодирование памяти в мозге. Бенджамин Голт (Benjamin Goult), нейробиолог из Кентского университета (Великобритания), полагает, что информация откладывается в бинарном виде в виде конфигураций белков, чувствительных к механическим воздействиям (механочувствительных белков). Так, белок под названием «талин» предположительно служит базовой единицей, чем-то вроде механического переключателя, сохраняющего информацию в синапсе (соединении между нейронами).

Большие скопления механочувствительных белков образуют сеть переключателей (mesh), в которой записывается код (meshCODE). Электрические сигналы (потенциалы действия), генерируемые и получаемые нейронами, воздействуют на механизмы, являющиеся частью цитоскелета, и эти механизмы «обновляют» записанную информацию.

Гипотеза Голта опубликована в журнале «Frontiers in Molecular Neuroscience» (импакт-фактор 4) в открытом доступе по свободной лицензии Creative Commons. #Нейробиология #Память #Гипотезы https://medicalxpress.com/news/2021-03-theory-memories-brain.html

Биоинформатик делает нейросеть: сидит на стуле, пишет код, насиживает простатит и геморрой.

Мокрый биолог делает нейросеть: УУИИИИ САМОЛЁТИКИ УПРАВЛЯЕМЫЕ НЕЙРОНАМИ!
https://youtu.be/1w41gH6x_30

К слову, запись довольно старая, а сама публикация (найду, если будет время) вышла у группы аж в 2004 году.

А вот и сама публикация. Они покрывали микроэлектроды PEI и ламинином, для того чтоб дать клеткам, севшим на эти области, преимущество. Но я уверен, что за 16 лет с момента публикации, кто-то додумался до чего-то более крутого.

Генетическая инженерия позволяет создать т.н. "гуманизированные" антитела. Когда видоспецифичный Fc-фрагмент от антитела, полученного изначально в мышиных, кроличьих или крысиных клетках, заменяется на человеческий. Такие антитела более чем пригодны для терапии, т.к. к ним не образуются вторичные антитела.
Существует также методика иммунизации in vitro, о ней сегодня и будет хадис. Антитела к некоторым веществам или патогенам достаточно сложно получить из-за этических или технических причин. Например, для увеличения иммунного ответа, вещества иногда химически связывают с иммуногенным белком-носителем, что не есть хорошо - бывают случаи, когда на уровне организма иммуногенность белка-носителя настолько высока, что выделить клетки, продуцирующие антитела к объекту интереса не представляется возможным. Кроме того, иммунизация животного может занимать около месяца, селекция гибридомы - ещё столько же.
Для иммунизации in vitro (IVI, in vitro immunization) обычно нужны лишь три основные вещи: PBMC животного или человека, пептид LLME (он выключает клетки-супрессоры, оставляя активными только В-клетки из всего множества выделенных лимфоцитов), и два коротких сигнальных нуклеотида. Принцип крайне прост: к выделенным и отмытым PBMC на 20-30 минут добавляют супрессорный пептид LLME, затем от него отмывают 2 раза, добавляют сигнальный олиг, ИЛ2 и ИЛ4, рассаживают на плашки, добавляют антиген интереса (белок, инактивированный патоген, низкомолекулярное вещество и т.п.), через три дня добавляют второй сигнальный олиг, а через 4 дня начинают скрининг.
Всё легко и просто! И всего за 2 недели можно получить нужное антитело + его генетическую последовательность для встройки в экспрессионную плазмиду для дальнейшего биотехнологического шаманства.

Сама публикация

https://youtu.be/pmnzIhbX2bg
С одной стороны, можно поржать над пьяными мартышками, с другой - очень интересный тезис, что % умеренно пьющих и клинических алкоголиков примерно одинаков у обезьян и людей.

Бионические глаза и нейропротезы

Порядка 40 млн слепых людей во всем мире нуждаются в технологиях, которые смогут вернуть им способность видеть. Однако до сих пор не существует доступного способа протезирования зрения. Мы привыкли ассоциировать зрение лишь с глазами – тем не менее, помимо самих глазных яблок в процессе участвует зрительная кора головного мозга, которой мы фактически «видим», и нервные пути, которые соединяют глаза с мозгом. В зависимости от определённой патологии можно попытаться реализовать протезирование практически на каждом из этих этапов.

В 1956 году австралийский ученый Дж. И. Тассикер запатентовал первый ретинальный имплант, который почти не давал полезного зрения, но смог показать, что можно искусственно вызывать зрительные сигналы. Ретинальный имплант (имплант сетчатки) вводит визуальную информацию в сетчатку, электрически стимулируя её выжившие нейроны. На тот момент вызванные зрительные восприятия имели довольно низкое разрешение, достаточное лишь для распознавания простых объектов. Из-за технологических ограничений прошло очень много времени, прежде чем появились какие-то реальные разработки, способные дать зрение, с которым человек мог бы полноценно видеть. Так, в 2019 году в мире насчитывалось около 50 активных проектов, фокусирующихся на протезировании зрения.

Пару лет назад на рынке было доступно три ретинальных импланта, которые прошли клинические испытания и были сертифицированы государственными регулирующими органами: европейским CE Mark и американским FDA.

1) Second Sight Medical Products, США
2) Pixium Vision, Франция
3) Retina Implant AG, Германия

IRIS II (Pixium Vision) и Argus II (Second Sight) имели внешние устройства (очки с видеокамерой и блок обработки видеосигнала). Слепой человек смотрит при помощи камеры, с нее картинка направляется в процессор, где изображение обрабатывается и распадается на 60 пикселей (для системы Argus II). Затем сигнал направляется через трансмиттер на электродную решетку, вживленную на сетчатке, и электрическим током стимулируются оставшиеся живые клетки.

В немецком импланте Alfa АMS (Retina Implant) нет внешних устройств, и человек видит своим собственным глазом. Имплант на 1600 электродов вживляется под сетчатку. Свет через глаз попадает на светочувствительные элементы и происходит стимуляция током. Питается имплант от подкожного магнитного коннектора. Все три ретинальных импланта больше не производятся, так как появилось новое поколение кортикальных протезов (для стимуляции коры головного мозга, а не сетчатки глаза), но они остались своего рода вехой в индустрии, и технологии, на которых они основываются, продолжает совершенствоваться.

Однако, несмотря на значительное количество проектов фундаментальных разработок по улучшению ретинальных имплантов, ни один из них ещё не прошел клинические испытания:

1) Улучшенный имплант DRY AMD PRIMA компании Pixium с увеличением количества электродов для стимуляции большего количества клеток сетчатки проходит клинические испытания;
2) Retina Implant AG закрыли производство;
3) Second Sight проводят клинические испытания своего кортикального импланта, но в марте 2020 года компания уволила 80% сотрудников из эксплуатационно-производственного подразделения.

В следующей публикации продолжим разговор об основных фундаментальных технологиях в области ретинальных имплантов.