Хозяюшке на заметку - до сих пор я не видел нормального объяснения и описания того, что творится с генетическим аппаратом клетки при её превращении в гибридому и слиянии с клеткой-партнёром. Но, как известно, биология - это наука эмпирическая, и один пуэрториканец-иммунолог решил попробовать воплотить в 1989 году совершенно отбитую идею - создать межвидовую линию-гибридому. Как думаете, что он взял? Клетки крысы и мыши? Клетки мыши и человека? А вот нет - он слил клетки печёночного сосальщика и мышиной миеломы Sp2/0. И что самое весёлое - линия была жизнеспособной (после НАТ-селекции!) и даже наблюдалась экспрессия антигенов печёночного сосальщика на поверхности клетки. К сожалению, фуллтекст утерян - сам автор, Джордж Хилльер умер в 2015, скайхаб сайт The American Journal of Tropical Medicine and Hygiene не парсит, написать некому.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/2641645/

P.S. Как позже выяснилось, в процессе написания этой заметки, межвидовые гибридомы - это не такое уж редкое явление, например:
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/7248932/ - кролик/мышь
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1453832/ - человек/мышь
Но, это всё млекопитающие - по степени генетического расстояния почти родственники.

Подписчики пишут:
Broke: нету в открытом доступе, штош не почитаю
Woke: нету в скайхабе, штош не почитаю
Bespoke: нету в живых автора, штот не почитаю
Thespoketh: напишем запрос в БАН РАН

Врач-стоматолог имплантолог (#СПб)
Зарплата: от 160 000 ₽ на руки

Обязанности:

• Выполнение всех хирургических манипуляций: удаление всех видов сложности, проведение операций имплантации зубов
• Послеоперационное наблюдение
• Планирование хирургического лечения и составление комплексного плана лечения
• Заполнение медицинской документации.
• Изготовление зуботехнических протезов, съемное и несъемное протезирование и пр.

Подробнее: https://medach.pro/vacancy/26

Санкт-Петербург, максимальное внимание и репост!

Институт Мозга Человека им. Н.П. Бехтеревой РАН объявляет набор добровольцев для участия в психофизиологическом исследовании по картированию функций мозга. Требуются здоровые мужчины и женщины от 20 до 40 лет. Метод исследования — функциональная МРТ.

Требование:
- отсутствие признаков ОРВИ: при их наличии доброволец не допускается к прохождению исследования;
- неотягощенный неврологический анамнез;
- правши;
- хорошие зрение и слух;
- отсутствие приема медикаментов (витамины сюда не относятся) ;
- отсутствие абсолютных МРТ-противопоказаний. К таковым относятся любые инородные тела любой локализации, электронные водители ритма, электронные медицинские девайсы (типа инсулиновых помп), сосудистые клипсы, послеоперационные скобы;
- отсутствие некоторых относительных противопоказаний (неснимаемый пирсинг, массивные стоматологические конструкции типа брекетов, ретейнеров);

В период пандемии с необходимостью соблюдения мер противоэпидемического режима порядок прохождения следующий:

1. Посещение института для общения с сотрудниками лаборатории и сдачей экспресс-теста на SARS-Cov-2 за 2-3 дня до прохождения исследования. Только в случае отрицательного результата доброволец допускается к прохождению исследования.
2. Прохождение фМРТ-исследования после получения результатов теста.

Даты предварительного посещения и исследования оговариваются.

Если Вы участвовали в наших исследованиях в предыдущие годы - можете сделать это снова.

Участие в исследовании оплачивается.

Если будут какие-либо вопросы - пишите мне:
https://vk.com/myz_artem

Ломающие новости!

https://www.psychologytoday.com/us/blog/i-got-mind-tell-you/201508/the-amygdala-is-not-the-brains-fear-center Интервью с главным щекотателем крыс в нейронауке)

А вот сейчас будет весьма неожиданный для канала текст - разбор Гарри Поттера с позиций криптоколониальных концептов Галковского. Всем очевидно (хотя, может кому-то не особо) что само общество магов в поттериане - это аллюзия на английскую аристократию. Родился магом - пожалуйста, прилетает сова и ты едешь в частную школу. Родился магом в семье магглов (профанов, пролов) - тоже едешь, но над тобой будут издеваться за отсутствие родовитости. Иногда, в случае семейства Дурслей, представительница знатного рода выходит за мещанина (в книгах сделан акцент на том, что Дурсль-старший является торговцем) и теряет свои позиции в очереди наследования аристократических титулов (политкорректно названных "магией" в книге) - так выглядит неравнородный морганатический брак. Что там ещё? "Заклинания" - это аллюзия на масонские пароли, по мере продвижения по службе или учёбе подмастерью открываются всё новые и новые возможности. Использование самых страшных паролей (авада кедавра, например), после которых в реальном мире люди обычно бросаются под поезд или выходят в окно, перечислив остатки своих средств в оффшоры, контролируется местной гебухой (политкорректно названной в книге "мракоборцами"). С внешней политикой вообще всё хорошо - главный злодей назван французским именем, что является подколкой (почти)автохтонного германского народонаселения по отношению к франкоговорящей знати. При этом писательница честно выводит название факультета, поставляющего кадры на "хорошей" гебни к французскому языку - Гриффиндор означает Золотой Грифон, видимо, просыпается народная память о повышении уровня культуры после приезда в страну франкоязычных аристократов, научивших местное население работать чуть тоньше. Кстати, книжная дата основания Хогвартса примерно совпадает с походами Вильгельма Завоевателя - ещё одна монетка в копилку теории о народной благодарности старофранцузам. "Спасибо, вбили в нас ум!"
Такой серьёзный пропагандистский труд не мог остаться незамеченным заокеанскими конкурентами, которые через подконтрольные им каналы влияния запустили распространение фанфиков (не удивлюсь, если первые фанфики были написаны ЦРУшниками на зарплате, а уже потом подключились идейные школьницы), высмеивающих бисексуализм английской аристократии.

Broke: делать сфероиды из клеток методом "висячей капли" и каждый раз очковать при переносе чашки Петри.
Woke: делать сфероиды в шикарных агарозных молдах, пропитанных питательной средой.

Спрашивают о различиях некроза и апоптоза/ферроптоза/пироптоза и прочих видах клеточной смерти. Поясняю в очень усреднённой форме - некроз, это единственный вид клеточной смерти при котором на, собственно, разрушение клетки не тратится собственная энергия. Допустим, вы - клетка, и вы умрёте. И вам предоставлен выбор - застрелиться (и потратить АТФ на поднятие пистолета, т.е. совершить апоптоз) или быть застреленным (некроз, вы не тратите АТФ, всё сделают за вас).

Армянское радио устраивает прямую линию с подписчиками, свои вопросы для разбора можете скидывать на smallpharm@protonmail.com - обязательно писать под прокси ;) Или с протона ;)

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6927749/
Интересная статья о пограничном расстройстве, сочетанном с нарко и алкозависимостью. Авторы предлагают в первую очередь лечить зависимости, и уже после периода отмены и сопутствующих ему изменений восприятия и настроения, уточнять анамнез по ПРЛ у конкретного пациента.
Однако, сами же авторы отмечают, что ПРЛ у многих пациентов пытаются лечить до излечения от зависимости. Что не есть хорошо, с моей точки зрения.

​​​​​​Открываем новый сезон "Ноль по Хиршу" с подкаста, посвященному ментальному здоровью и психике. Сегодня у нас в гостях Марина Ветрова, психиатр-нарколог, научный сотрудник Санкт-Петербургского государственного медицинского университета имени И.П. Павлова. Мы поговорили о том, что такое психическое здоровье, когда нужно обращаться к специалисту, действительно ли работает медитация и как работа в академической среде может отразиться на психике.

Подкаст, как всегда, вели Ростислав (@chempsycho) и Quantum Forest (@scisay)

Также мы подготовили анкету, которая позволит исследовать явление психологического дистресса в научной среде на территории СНГ: https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLScuNj--GAU7N5gwwYJMV5GY9yxCoG01SN5w-PIp_sbZyq_6pQ/viewform

Как военная медицина обогатила список русских фразеологизмов. В те времена, когда Россия занимала 1/6 часть суши, а Прокудин-Горский составлял крупнейший фотоальбом крупнейшей империи, в её столице, Санкт-Петербурге, функционировала Обуховская больница при Императорской Медико-Хирургической академии (ныне - ВМедА). Там располагалось одно из крупнейших психиатрических отделений, стены здания коего были выкрашены в ярко жёлтый цвет. Обстановка этого заведения настолько полюбилась петербуржской богеме, что даже Пушкин направлял туда своих книжных героев из "Пиковой дамы" на лечение. Слава об этом доме душевного здоровья разлетелась на всю Россию. С тех пор любую психбольницу во всех уголках нашей необъятной и называют "жёлтым домом".

Артур Залевский
Околонаучный ФБ захлестывает волна AlphaFold2/CASP хайпа. Прежде чем фанаты AI (в смысле ML) спишут мою профессию в синие воротнички, позвольте обратить ваше внимание на несколько моментов:

1. Во-первых, AlphaFold не решает проблему фолдинга. В том смысле, что они предсказывают финальную структуру, но ничего не говорят о том, как она достигается в живой клетке. Практически идентично, в миллиардах живых клеток, ежесекундно. Но именно на нарушении (а правильнее даже сказать управлении) процессом фолдинга в живой клетке основаны эффекты многих мутаций и лекарств.

2. Они тренировались на полном банке PDB и, соответственно, предсказывают такие же усредненные структуры. Для многих белков, например Ca2+ зависимых сенсорных белков, которые кардинально меняют конфигурацию в зависимости от условий, это может иметь очень существенный эффект.

Более того, по-факту, AlphaFold предсказывает только ограничения на положения некоторых аминокислот и фрагментов белка, которые потом собираются в финальную структуру старыми добрыми алгоритмами и подходами родом из 90х, если не раньше. (google Modeller)

3. Текущие метрики приводятся на основании данных по доменам, но не целым белкам. Некоторые белки состоят из заметного числа доменов, чья взаимная пространственная ориентация может иметь существенный эффект на структуру и функцию белка. Особенно в динамике.

4. Точно предсказания даже по Ca атомам все равно весьма примерная. Цитата: These are for single domains-not whole proteins-and there are a few poor predictions. So corner cases remain but core problem appears solved: 88% of predictions are <4Å, 76% <3Å, 46% <2Å.

При этом даже 0.6Å достаточно, чтобы кардинально повлиять на результаты докинга и, соответственно, дизайна лекарств.

Не говоря уже о положениях отдельных боковых радикалов аминокислот. Там нередко одна аминокислота может сломать весь докинг/моделирование реакции. И люди десятилетями бьются чтобы понять, в какой же конфигурации и состоянии эта аминокислота (привет-привет Glu197 в ацетил- и бутирил- холинэстеразах человека. Остаток, из-за которого, в том числе, до сих пор нет эффективных антидотов для органофосфатов. Все же помнят Навального и "Святой источник"?)

5. Автоматизированные высокопроизводительные подходы порождают иллюзию уверенности. Вот сейчас-то мы сможем все! Структурная биология встала с колен, хо-хо! Нет. Достаточно посмотреть на предсказанные структуры всех белков SARS-CoV-2 одним из лидеров упомянутого CASP challenge. Их нуклеокапсидный белок (для которого, между прочим, известно аж 60-70% структуры в виде X-ray структур!) не вызывает ничего, кроме истерических слез. Но, я более чем уверен, кто-то на полном серьезе будет делать докинг препаратов в нее и на голубом глазу утверждать, что вот сейчас то они придумали лекарство!

P.S. Но вообще, конечно, товарищи молодцы. Возбудили невероятный интерес к классической теме и, если смотреть их выступления на специализированных эвентах, рассказывают все аккуратно и со всеми оговорками. К сожалению, популяризация снова победила науку :(

И, конечно, ждем детального описания и кода, чтобы поиграться! xD

Обзор психопластогенной (увеличивающей сложность ветвления и число шипиков) активности производных диметилтриптамина.

Dunlap, L. E., Azinfar, A., Ly, C., Cameron, L. P., Viswanathan, J., Tombari, R. J., … Olson, D. E. (2020). Identification of Psychoplastogenic N,N-Dimethylaminoisotryptamine (isoDMT) Analogues through Structure–Activity Relationship Studies. Journal of Medicinal Chemistry. doi:10.1021/acs.jmedchem.9b01404

Новости краеведения. Фенотропил оказался DAT-ингибитором и, кроме того, превентирует рост TNF-alpha, IL-1beta и iNOS при воспалительной атаке липополисахаридом.
Авторы работы связывает дофаминергическую активность с противовоспалительной. Воспалительные цитокины повышают экспрессию переносчиков моноаминов и их внутриклеточные концентрации.

Ввиду того, что тема коронавируса всем надоела, я разбавлю информационный поток заметкой о не менее замечательном вирусе - ATCV-1. Изначально считалось, что этот вирус инфицирует только водоросли, но потом он был также выделен из носоглоточных мазков у человека. Причём это не было просто бессимптомным носительством - у инфицированных людей нашли поведенческие отклонения, в том числе - снижение когнитивных способностей! https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4234575/
Попадая в нервную систему ATCV-1 не убивает человека (или мышь, данные по ним тоже представлены), а влияет на экспрессию около тысячи различных генов в клетках гиппокампа, слегка нарушая мнестические способности.
Выводы - не плавать в озёрах, где живут тупые люди.

P.S. Само наличие такого вируса в человеке (это вам не с панголинов перепрыгивать - тут с водорослей на млекопитающее!) являлось объектом бокса по переписке -
Вот тут утверждается, что результаты - результат контаминации -
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25654983/
А тут вот авторы перепроверили всё и убедились, что это не контаминация -
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25654982/