Researcher App
#tools
Следующие несколько постов я хочу посвятить некоторым инструментам, которые оказываются полезными для моей деятельности. Первая заметка — про приложение "Researcher", которое помогает мне заниматься той частью науки, о которой легко забыть, а именно — читать новые статьи и успевать отслеживать их появление.
#tools
Следующие несколько постов я хочу посвятить некоторым инструментам, которые оказываются полезными для моей деятельности. Первая заметка — про приложение "Researcher", которое помогает мне заниматься той частью науки, о которой легко забыть, а именно — читать новые статьи и успевать отслеживать их появление.
Telegraph
Researcher App
Учёный не только проводит эксперименты, обрабатывает данные и выступает на конференциях, но и читает. Читать приходится много, ведь даже самую узкую тему покрывают десятки и сотни статей. Перед проблемой систематизации прочитанного, которой я коснусь в одном…
Amazing Marvin
#tools #продуктивность
Продолжаю серию постов про инструменты для поддержания продуктивности и эффективности. Сегодняшняя заметка — о необычном менеджере задач Amazing Marvin, который умеет делать всё.
В комментариях предлагаю поделиться опытом использования подобных приложений или подходов для выполнения задач и сохранения нужного ритма.
#tools #продуктивность
Продолжаю серию постов про инструменты для поддержания продуктивности и эффективности. Сегодняшняя заметка — о необычном менеджере задач Amazing Marvin, который умеет делать всё.
В комментариях предлагаю поделиться опытом использования подобных приложений или подходов для выполнения задач и сохранения нужного ритма.
Telegraph
Удивительный Amazing Marvin
Сложно представить успешное распределение собственного времени без ведения списка задач. В стандартных приложениях наподобие Todoist мне не хватало средств для того, чтобы встраивать свои задачи в более широкий контекст, планируя их не только на уровне дней…
Тексты с примесью скриптов
#tools #продуктивность
Продолжая рассказывать об инструментах, которые помогают мне в академической деятельности, коснусь темы оформления курсовых, дипломов, диссертаций, тезисов на конференцию или статей для рецензируемых журналов. Долгое время моей самой нелюбимой частью по подготовке того или иного академического текста являлась проверка его соответствия всем требованиям по оформлению, борьба со съезжающими графиками, непредсказуемым образом ведущими себя ссылками на литературные источники, неприлично медленным вводом формул и прочими прелестями, с которыми можно столкнуться, используя Word и его аналоги. И даже если документ получался приличным, его повторное открытие в другой версии программы могло приводить к нарушению всего оформления.
Решением, которое оптимизировало этот процесс для меня, стал отказ от системы WYSIWYG (what you see is what you get), в которой финальный вид документа совпадает с его видом в процессе редактирования. Вместо Word уже несколько лет я использую LaTeX.
Эта система разметки основана на противоположном принципе WYSIWYM (what you see is what you mean): при наборе текста в редакторе отображается только содержание, а оформление и структура документа обеспечиваются вводом дополнительных команд в том же редакторе. Поначалу такой подход кажется неудобным и напоминает смесь программирования и обычной печати. Но постепенно ввод кратких команд становится привычным и не прерывает сам процесс письма, позволяя фокусировать внимание на содержании. Когда текст написан, файл компилируется и преобразуется в качественно оформленный документ в формате PDF.
Примеры того, как LaTeX избавляет от лишней головной боли:
- К каждому объекту (изображению, таблице, формуле) можно привязать ссылку, при обращении к которой номер этого объекта будет обновляться автоматически. Например, в фразе "На рисунке 1 изображено..." номер рисунка будет автоматически изменён на двойку, если в тексте перед указанным изображением добавится ещё одно.
- Изображения и таблицы не плавают. Достаточно задать ряд параметров (размер и т. д.), а оптимальное расположение и обтекание текстом обеспечивается системой.
- Оформление ссылок на литературные источники не требует использования сложных плагинов. Достаточно иметь список источников в формате BibTex (легко копируется из Google Scholar и прочих баз данных) и ссылаться на источник через его краткий тэг.
- Введение математических формул не отвлекает от написания основного текста и не занимает много времени, если освоить нотацию математических символов и операций.
- Существует большое число шаблонов, заточенных под требования конкретных изданий или учреждений. Достаточно скачать шаблон и заполнить содержательную часть, не задумываясь о требованиях к оформлению. Также оказываются полезными красивые шаблоны резюме, постеров или отчётов, имеющиеся в открытом доступе.
К минусам использования LaTex относится то, что к нему нужно привыкнуть (в моём случае это окупилось экономией времени и ресурсов внимания). Единственная особенность LaTeX, к которой я до сих пор не привыкла, – это заполнение таблиц. Впрочем, существуют сторонние ресурсы, позволяющие оформлять таблицы в удобном виде, а потом переводить их на "язык" LaTeX. Вторая сложность заключается в том, что в российской нейронауке LaTeX используется редко, и бывали случаи, когда со стороны редколлегий материалов конференций или журналов выдвигались требования присылать документы исключительно в формате Word. Этот же аспект непопулярности LaTeX зачастую приводит к необходимости создавать тексты статей в соавторстве с коллегами в Google Документах (этот опыт уже не раз приводил к нарушению цитирований в тексте и прочим огрехам).
Естественно, не стоит ударяться в снобизм. Если мне нужно написать текст общего содержания и поделиться им, я с большей вероятностью буду использовать Google Документы или Notion. Но оформление профессиональных материалов или красивых документов теперь доверяю только LaTeX.
#tools #продуктивность
Продолжая рассказывать об инструментах, которые помогают мне в академической деятельности, коснусь темы оформления курсовых, дипломов, диссертаций, тезисов на конференцию или статей для рецензируемых журналов. Долгое время моей самой нелюбимой частью по подготовке того или иного академического текста являлась проверка его соответствия всем требованиям по оформлению, борьба со съезжающими графиками, непредсказуемым образом ведущими себя ссылками на литературные источники, неприлично медленным вводом формул и прочими прелестями, с которыми можно столкнуться, используя Word и его аналоги. И даже если документ получался приличным, его повторное открытие в другой версии программы могло приводить к нарушению всего оформления.
Решением, которое оптимизировало этот процесс для меня, стал отказ от системы WYSIWYG (what you see is what you get), в которой финальный вид документа совпадает с его видом в процессе редактирования. Вместо Word уже несколько лет я использую LaTeX.
Эта система разметки основана на противоположном принципе WYSIWYM (what you see is what you mean): при наборе текста в редакторе отображается только содержание, а оформление и структура документа обеспечиваются вводом дополнительных команд в том же редакторе. Поначалу такой подход кажется неудобным и напоминает смесь программирования и обычной печати. Но постепенно ввод кратких команд становится привычным и не прерывает сам процесс письма, позволяя фокусировать внимание на содержании. Когда текст написан, файл компилируется и преобразуется в качественно оформленный документ в формате PDF.
Примеры того, как LaTeX избавляет от лишней головной боли:
- К каждому объекту (изображению, таблице, формуле) можно привязать ссылку, при обращении к которой номер этого объекта будет обновляться автоматически. Например, в фразе "На рисунке 1 изображено..." номер рисунка будет автоматически изменён на двойку, если в тексте перед указанным изображением добавится ещё одно.
- Изображения и таблицы не плавают. Достаточно задать ряд параметров (размер и т. д.), а оптимальное расположение и обтекание текстом обеспечивается системой.
- Оформление ссылок на литературные источники не требует использования сложных плагинов. Достаточно иметь список источников в формате BibTex (легко копируется из Google Scholar и прочих баз данных) и ссылаться на источник через его краткий тэг.
- Введение математических формул не отвлекает от написания основного текста и не занимает много времени, если освоить нотацию математических символов и операций.
- Существует большое число шаблонов, заточенных под требования конкретных изданий или учреждений. Достаточно скачать шаблон и заполнить содержательную часть, не задумываясь о требованиях к оформлению. Также оказываются полезными красивые шаблоны резюме, постеров или отчётов, имеющиеся в открытом доступе.
К минусам использования LaTex относится то, что к нему нужно привыкнуть (в моём случае это окупилось экономией времени и ресурсов внимания). Единственная особенность LaTeX, к которой я до сих пор не привыкла, – это заполнение таблиц. Впрочем, существуют сторонние ресурсы, позволяющие оформлять таблицы в удобном виде, а потом переводить их на "язык" LaTeX. Вторая сложность заключается в том, что в российской нейронауке LaTeX используется редко, и бывали случаи, когда со стороны редколлегий материалов конференций или журналов выдвигались требования присылать документы исключительно в формате Word. Этот же аспект непопулярности LaTeX зачастую приводит к необходимости создавать тексты статей в соавторстве с коллегами в Google Документах (этот опыт уже не раз приводил к нарушению цитирований в тексте и прочим огрехам).
Естественно, не стоит ударяться в снобизм. Если мне нужно написать текст общего содержания и поделиться им, я с большей вероятностью буду использовать Google Документы или Notion. Но оформление профессиональных материалов или красивых документов теперь доверяю только LaTeX.
Автоматизация мета-анализов
#resources #tools
Решила поделиться тремя полезными ресурсами, которые могут пригодиться как на этапе планирования исследования, так и на этапе интерпретации уже полученных результатов. Их основной принцип заключается в автоматическом объединении результатов проведённых ранее исследований.
1. Neurosynth: соотносит психологические параметры с активацией или функциональной связностью на фМРТ.
2. NeuroQuery: на основе свободного текстового запроса (например, "spatial memory in prefrontal cortex ") предсказывает распределение активности фМРТ. Основное отличие от Neurosynth заключается в том, что позволяет проанализировать запрос, выходящий за рамки существующей литературы.
3. ERPscanr: соотносит всевозможные компоненты вызванных потенциалов с когнитивными доменами (например, восприятием или памятью) или с конкретными расстройствами.
#resources #tools
Решила поделиться тремя полезными ресурсами, которые могут пригодиться как на этапе планирования исследования, так и на этапе интерпретации уже полученных результатов. Их основной принцип заключается в автоматическом объединении результатов проведённых ранее исследований.
1. Neurosynth: соотносит психологические параметры с активацией или функциональной связностью на фМРТ.
2. NeuroQuery: на основе свободного текстового запроса (например, "spatial memory in prefrontal cortex ") предсказывает распределение активности фМРТ. Основное отличие от Neurosynth заключается в том, что позволяет проанализировать запрос, выходящий за рамки существующей литературы.
3. ERPscanr: соотносит всевозможные компоненты вызванных потенциалов с когнитивными доменами (например, восприятием или памятью) или с конкретными расстройствами.
Избавление от ненужного
#programming #tools
В последнее время я стараюсь как можно больше заниматься диссертацией и проверяю работу некоторых алгоритмов на разнообразных симуляциях мозговой активности. Сценарии симуляций множатся, я вхожу в раж, пробую разные параметры, и всё это приводит к тому, что мой код превращается в длинное полотно, некоторые фрагменты которого уже нерелевантны.
Поэтому сейчас решила вынести часть кода в модули и функции в соответствии с культурой программирования, которую я упоминала в одном из прошлых постов. На этом страдания не закончились, так как при создании модулей обнаружила большое число ненужных переменных и импортов неиспользуемых библиотек. Казалось бы, можно было бы просто не допускать их появления, но в моём случае красивый код и научное вдохновение редко сопутствуют друг другу.
К счастью, даже для моего хаотичного подхода находятся автоматизированные решения: в данном случае — тулбокс Autoflake. Теперь достаточно одного запроса, и в питоновском файле автоматически удалятся все ненужные импорты и неиспользуемые переменные.
#programming #tools
В последнее время я стараюсь как можно больше заниматься диссертацией и проверяю работу некоторых алгоритмов на разнообразных симуляциях мозговой активности. Сценарии симуляций множатся, я вхожу в раж, пробую разные параметры, и всё это приводит к тому, что мой код превращается в длинное полотно, некоторые фрагменты которого уже нерелевантны.
Поэтому сейчас решила вынести часть кода в модули и функции в соответствии с культурой программирования, которую я упоминала в одном из прошлых постов. На этом страдания не закончились, так как при создании модулей обнаружила большое число ненужных переменных и импортов неиспользуемых библиотек. Казалось бы, можно было бы просто не допускать их появления, но в моём случае красивый код и научное вдохновение редко сопутствуют друг другу.
К счастью, даже для моего хаотичного подхода находятся автоматизированные решения: в данном случае — тулбокс Autoflake. Теперь достаточно одного запроса, и в питоновском файле автоматически удалятся все ненужные импорты и неиспользуемые переменные.
Атласы для нейроисследователей и врачей
#resources #tools
Некоторое время назад я публиковала пост со ссылками на ресурсы с автоматическим объединением результатов нейроисследований по соотнесению психологических параметров и данных фМРТ, а также вызванных потенциалов, выделенных на основе ЭЭГ.
Дополнением к этим коллекциям могут стать онлайн-атласы, которые можно использовать для тренировки "насмотренности":
1. EEG Atlas. В этом атласе можно выбрать возрастную группу, состояние сознания (бодрствование, сон, кома), степень ЭЭГ-нарушений, указать наличие конкретных паттернов (межсудорожные спайки, моторные ритмы и т. д. ) и получить пример ЭЭГ-сегмента с выделенными паттернами, соответствующими запросу. В интерактивном режиме можно менять монтаж ЭЭГ. В ряде примеров дополнительно доступны аннотация из истории болезни пациента или описание свойств самих наблюдаемых паттернов.
2. EEGpedia: ЭЭГ-википедия с описаниями и примерами клинических, стандартных физиологических паттернов и артефактов. Дополнительно есть раздел с квизом, в котором по одному примеру ЭЭГ нужно определить диагноз (правда, судя по всему, этот раздел не особо обновляется).
3. Central XNAT: база, в которой по ключевым словам и параметрам можно найти примеры МРТ, ПЭТ или КТ и изучить их во встроенном просмотрщике.
4. Radiology Masterclass: галерея КТ мозга с интерактивными аннотациями для различных диагнозов. Там же есть квиз для самопроверки.
5. NeuroVault: открытый репозиторий фМРТ- и ПЭТ-карт.
6. ACMEGS: образовательные примеры по МЭГ нескольких пациентов.
#resources #tools
Некоторое время назад я публиковала пост со ссылками на ресурсы с автоматическим объединением результатов нейроисследований по соотнесению психологических параметров и данных фМРТ, а также вызванных потенциалов, выделенных на основе ЭЭГ.
Дополнением к этим коллекциям могут стать онлайн-атласы, которые можно использовать для тренировки "насмотренности":
1. EEG Atlas. В этом атласе можно выбрать возрастную группу, состояние сознания (бодрствование, сон, кома), степень ЭЭГ-нарушений, указать наличие конкретных паттернов (межсудорожные спайки, моторные ритмы и т. д. ) и получить пример ЭЭГ-сегмента с выделенными паттернами, соответствующими запросу. В интерактивном режиме можно менять монтаж ЭЭГ. В ряде примеров дополнительно доступны аннотация из истории болезни пациента или описание свойств самих наблюдаемых паттернов.
2. EEGpedia: ЭЭГ-википедия с описаниями и примерами клинических, стандартных физиологических паттернов и артефактов. Дополнительно есть раздел с квизом, в котором по одному примеру ЭЭГ нужно определить диагноз (правда, судя по всему, этот раздел не особо обновляется).
3. Central XNAT: база, в которой по ключевым словам и параметрам можно найти примеры МРТ, ПЭТ или КТ и изучить их во встроенном просмотрщике.
4. Radiology Masterclass: галерея КТ мозга с интерактивными аннотациями для различных диагнозов. Там же есть квиз для самопроверки.
5. NeuroVault: открытый репозиторий фМРТ- и ПЭТ-карт.
6. ACMEGS: образовательные примеры по МЭГ нескольких пациентов.
