⁉️ ПЦР - есть ли проблема?

ВОЗ получила отзывы пользователей о повышенном риске ложных результатов SARS-CoV-2 при испытании образцов с использованием реагентов RT-PCR на открытых системах и выпустила заявление на эту тему.

🟢 Общий итог заявления:
"Вероятность того, что человек, имеющий положительный результат, действительно инфицирован SARS-CoV-2, падает с уменьшением уровня позитивности, независимо от специфики анализа (чем больше циклов, тем менее точна ПЦР). Поэтому медицинским работникам рекомендуется принимать во внимание результаты анализов наряду с клиническими признаками и симптомами, подтвержденным статусом любых контактов и т.д. Читайте инструкцию к вашим тест-системам, рассмотрите любой положительный или отрицательный результат в сочетании с типом образца, клиническими наблюдениями, историей болезни и эпидемиологической информацией.

🔴 Сложно сказать, искренне ли ВОЗ засомневалась в точности ПЦР или их заявление имело под собой почву в виде решения португальского суда 1 ноября 2020 года, где судья заявил: "A single positive PCR test cannot be used as an effective diagnosis of infection" (то есть ставить диагноз по 1 положительной ПЦР нельзя).

В итоге столкнулись между собой 2 точки зрения ученых - точка зрения ВОЗ (97% результатов больше 35 прогонов ложно-положительные) и точка зрения тех, кто считает, что неважно, сколько циклов в ПЦР - она не ошибается.
Чья в итоге окажется верной - время покажет.

‼️ Чем опасна новая мутация коронавируса?
⚠️ Более подробный обзор ветви B.1.1.7 и мутации VUI — 202012/01.

Группа ученых из Великобритании описала предварительную геномную характеристику новой мутации SARS-CoV-2.

1️⃣ В сентябре 2020 года в наборе данных наблюдения COG-UK был обнаружен отдельный филогенетический кластер, названный линейкой В.1.1.7. Этот кластер стремительно рос в течение последних 4 недель и с тех пор наблюдается в других местах Великобритании, что указывает на его дальнейшее распространение.

2️⃣ Штамм VUI — 202012/01 характеризуется необычайно большим количеством генетических изменений, в частности, в белке шипа. На сегодняшний день вычислено 17 изменений (14 замен аминокислот и 3 выпадения), что является беспрецедентным в глобальных геномных данных вируса для пандемии COVID-19. Некоторые из этих мутаций потенциально биологически значимы и были описаны ранее в различной степени:
✅ Мутация N501Y является мутацией в рецепторно-связывающем домене (RBD) и идентифицирована как усиливающая сродство к ACE2.
✅ Выпадение в локализации 69-70del было описано ранее в контексте уклонения от иммунного ответа человека (ее находили у тех самых истребленных датских норок).
✅ Мутация P681H находится в непосредственной близости от места расщепления фурина.
✅ Мутация белка ORF8 - Q27stop - усекает белок ORF8 или делает его неактивным. Укорочение белка ORF8 оказывает воздействие на репликацию вируса в клетках дыхательных путей человека по сравнению с вирусами с обычным белком. Этот белок сигнальный и должен обманывать иммунную систему, выдавая зараженную клетку за здоровую; нарушение в структуре белка ломает и саму эту функцию, в результате клетка быстрей подвергается иммунной защите.
✅ Никогда ранее N501Y и Р681Н не находили in vivo вместе.

3️⃣ Два самых ранних отобранных генома, принадлежащих к линии B.1.1.7, были собраны 20 сентября 2020 года в графстве Кент и 21 сентября 2020 года в Большом Лондоне.

❓Какие эволюционные процессы или селективные давления могли привести к появлению ветви B.1.1.7 и штамма VUI — 202012/01?

Ранее сообщалось о высоких темпах накопления мутаций в течение коротких промежутков времени в исследованиях иммунодефицитных или иммунодепрессивных пациентов, хронически инфицированных SARS-CoV-2. У них обнаруживают РНК SARS-CoV-2 в течение 2-4 месяцев или более (хотя имеются также сообщения о длительных инфекциях у некоторых иммунокомпетентных лиц). Таких пациентов лечат плазмой реконвалесцентов (иногда несколько раз), а также, как правило, ремдесивиром.

В этих условиях ожидается, что эволюционная динамика популяции вируса внутри пациента будет сильно отличаться от таковой при типичной инфекции.
☑️ Во-первых, отбор из числа естественных иммунных ответов у иммунодефицитных/дефицитных пациентов будет слабым или вообще отсутствовать.
☑️ Во-вторых, отбор, возникающий в результате терапии антителами, может быть более жестким и конкурентным из-за высоких концентраций антител в плазме.
☑️ В-третьих, если терапия антителами назначается после многих недель хронической инфекции, популяция вируса может быть к этому времени генетически крайне разнообразной, что создаст подходящие условия для быстрой фиксации изменений вируса путем прямого отбора (то есть мутации, против которых не сработают антитела, закрепятся и передадутся дальше).

‼️ В настоящий момент предположение о том, что источником мутации мог стать человек с иммунодефицитом или пациент, пролеченный плазмой с антителами или противовирусным препаратом, является гипотезой.
❗️Вирус предположительно(!) имеет более высокую заразность (на 71%) и скорость распространения, увеличивая базовое число R почти до 1.
⛔️ Показатели смертности и летальности пока что не выросли.
🟢 Данных, что вакцины будут бессильны против него - нет.

Картинка "просто посмотреть и подумать" (из отчёта Счётной палаты по анализу "майских указов", 2020 год)

‼️ Кому суждено заболеть COVID-19?

Генетические механизмы тяжелого течения COVID-19.

Группа авторов провела исследования генома почти 3000 тяжело больных пациентов и около 1 миллиона человек в контрольной группе.
Выявлены несколько генов, дефекты в которых гарантированно приводят их владельцев к тяжелым формам COVID-19.
Это гены, отвечающие за правильную работу макрофагов и интерферона.

Для самых любопытных и вдумчивых теоретиков чуть подробнее:
✅ низкая экспрессия IFNAR2 и высокая экспрессия TYK2 и CCR2 связана с тяжелыми COVID-19 (все эти гены участвуют в регуляции врожденного и приобретенного иммунитета).

🟢 Дальше все просто:
(советую пройти по этой ссылке на Facebook):

1⃣ необходимо выполнить секвенирование генома человека в части тех мест, где предполагается мутация;
2⃣ лечить его препаратами, активирующими или выключающими неправильно работающие участки.

Первое в мире уже не очень дорого, второе - существует(!) и разрешено к применению.

Антарктида лишилась "коронавирусной девственности".

На чилийской антарктической станции "Хенераль-Бернардо-О'Хиггинс" выявлена вспышка заболевания (26 военнослужащих и 10 гражданских лиц).
Все заражённые эвакуированы в Чили.
(По информации сайта emol.com от 21.12.20)

Лонгрид об отравлении берлинского пациента, "44-летнего молодого мужчины, ранее здорового".

«Да поверьте на слово!» - в последнее время именно такой подход стал трендом в науке, в СМИ, в политике. Говорится это с лёгкой пренебрежительной улыбкой, разведёнными руками и пожатием плеч – мол, ну как в это можно не поверить? Поверьте, уж я-то знаю, что говорю!

Докатилось это и до медицины.
Протокол испытаний вакцины «Спутник V» изменен – теперь испытания продолжатся, но плацебо колоть перестанут. Многие добровольцы, сдав анализы и поняв, что им досталось плацебо, вакцинировались гарантированным «Спутником V», чтобы получить антитела.
Испытания – с научной точки зрения – провалены, потому что если всем колоть только вакцину, то статистика коренным образом изменится, а группа сравнения просто исчезнет. А про то, что добровольцы делали, что хотели, во время исследования – тут и сказать нечего.

«Минздрав разрешил остановить, кажется, на вчерашний или на сегодняшний день, набор (добровольцев для введения плацебо/ — РБК) в связи с тем, что там все доказано, а пандемия идет, и плацебо это совсем не хорошо» - заявил директор Центра им. Гамалеи Александр Гинцбург.

Что не особо отличается от фразы «Уж поверьте мне на слово!»

⁉️Кто болеет тяжелее и почему?

"Степень тяжести COVID-19 зависит от того, насколько велика доля антител вырабатываемых к белку шипа" - основной вывод из работы ученых из Stanford Medicine.

Они изучили изучили 254 человека с бессимптомными, легкими или тяжелыми формами COVID-19, которые были выявлены либо в результате планового тестирования или скрининга в Стэнфордской клинике, либо поступили туда с симптомами заболевания. Из людей с симптомами 25 лечились амбулаторно, 42 были госпитализированы в общее отделение, а 37 лечились в отделении реанимации и интенсивной терапии. От болезни умерло 25 человек.

"На сегодняшний день это одно из наиболее всесторонних исследований иммунного ответа антител на SARS-CoV-2 у людей во всем спектре тяжести заболевания, от бессимптомного до смертельного. Это одна из первых больших картин этого заболевания", - сказал Скотт Бойд (Scott Boyd), доктор медицины, доктор философии, доцент кафедры патологии.

✅ В этом исследовании выяснилось, что у людей с тяжелой формой заболевания выявляется низкий титр антител к белку шипа и высокий титр антител, нацеленных на другие мишени.

Исследователи подтвердили, что у людей с бессимптомными и легкими заболеваниями уровень антител в целом был ниже, чем у людей с тяжелыми заболеваниями. После выздоровления уровни IgM и IgA у большинства пациентов неуклонно снижались до низких или необнаруживаемых уровней в течение примерно 1-4 месяцев после появления симптомов или предполагаемой даты заражения, а уровни IgG значительно снижались.

"Это вполне соответствует тому, что наблюдалось с другими коронавирусами, которые регулярно циркулируют в наших сообществах, вызывая простуду", - сказал Бойд. - Нередки случаи, когда кто-то повторно заражается в течение года, а иногда и раньше".

При этом ученые понимают, что прогнозировать течение заболевания только по титру антител ошибочно, потому что широта иммунного ответа у разных людей достаточно велика.
================
От себя могу добавить, что 254 человека, конечно, не самая большая выборка, и от этого заявление доктора Бойда выглядит несколько самоуверенно и хвастливо, но информация достаточно интересная.

‼️Отличная лекция о D-димере.

Не стоит пугаться ни слова "лекция", ни термина "D-димер".
Материал изложен очень просто, доступно и помогает разобраться в вопросе, насколько этот тест информативен при коронавирусе и прочей патологии.
Из текста вы узнаете, как происходит формирование тромбов, на каком этапе образуется D-димер и что такое вообще гиперкоагуляция.

⁉️ Как работает вакцинная мРНК и откуда она берется.

Перед вами, пожалуй, самый подробный разбор новой вакцины BioNTech/Pfizer от коронавируса COVID-19 и первый русский перевод этого разбора.

Материал сложноват, но, как и предыдущая лекция о Д-димере, интересен и хорошо изложен. В конце статьи вас посетит ощущение волшебства и восхищения тем, что люди умеют делать такие штуки.
По крайней мере, меня - посетило совершенно точно.

По дороге домой видел несколько машин, которые торгуют фейерверками, как говорится, прямо с капота. Вэлкам ту хэлл.

Берегите себя.
Покупайте только сертифицированный фейерверк. Не стойте рядом, не заглядывайте в невыстрелившие тубусы, не берите в руки, если сомневаетесь, дымится или нет. Будьте готовы потушить, если что-то пошло не так. Не давайте запускать эти штуки детям.
Это я вам говорю сейчас как врач ожогового отделения.

ФМБА удивляет в новом году своими откровениями.
Сначала антидот от коронавируса, а теперь, наоборот, умеренное диссидентство.
Я даже немного завис от этого заявления - похоже, в ФМБА правая рука не знает, что делает левая.

В Великобритании вакцина AstraZeneca разрешена к массовому использованию 30.12.20. Это, в целом, не новость, уже почти неделя прошла.
Но есть еще один документ - решение о массовой вакцинации против COVID-19 от того же числа, где приведены данные о том, что первая инъекция эффективна к выработке протективных антител на 73% - и в связи с этим:

1️⃣ Можно значительно расширить диапазон между первой и второй инъекциями.

2️⃣ И как следствие - в настоящий момент не делать вторую инъекцию тем, кто уже получил первую, а освободившиеся дозы направить на первую инъекцию для невакцинированных.

"Having studied evidence on both the Pfizer/BioNTech and Oxford University/AstraZeneca vaccines, the JCVI has advised the priority should be to give as many people in at-risk groups their first dose, rather than providing the required two doses in as short a time as possible" - при этом речь идет сразу и про вакцину AstraZeneca, и про вакцину Pfizer, хотя по этой вакцине данных нет.

✅ Аналогичные стратегии рассматриваются в Бельгии и Канаде.

⬆️ Вполне честные ответы. Хотя не очень понятен 11 пункт - что в нем таинственного и секретного?..

‼️ "Нас обманывают! Люди, не верьте врачам! Если сделать прививку тому, кто уже переболел, то все ваши антитела исчезнут, а новые не появятся!!!"

У тех, кто утверждает подобное, очень слабое представление об иммунитете. Они видят с одной стороны зеленый шарик с шипами, а с другой какую-то загадочную хрень с замочком, которая надевается на шарик и убивает его, не давая навредить организму.

Да что греха таить, многие медики видят работу иммунитета именно так. Отсюда и эта бесконечная спекуляция наличием титра антител в анализах. Люди меряются тем, у кого титр больше, не доверяют разным системам измерения, шарахаются от тех, у кого меньше.

Я очень сомневаюсь, что при проведении вакцинации "Спутником V" будут массово брать у всех анализы на антитела. Есть уже масса подтверждений тому, что этого не происходит - просто вакцинируют, и всё.
Хотя главный терапевт Минздрава РФ достаточно четко сказала - переболевших в эту кампанию не вакцинируют для перенаправления потоков вакцины нуждающимся в ней. Сказать сказала, а процесс выявления людей с антителами пустили на самотек - иди сам и узнавай.

✅Но вернемся к прививке у переболевших.
Антитела у них никуда не денутся. Да, часть их будет автоматически израсходована на борьбу с вакцинным антигеном - так же как антитела к аденовирусу пойдут на нейтрализацию самого вектора, несущего антиген.

✅Но ведь иммунитет - это не только антитела.
Это еще и В-лимфоциты, которые у переболевших превратились и в плазмоциты ("фабрики антител"), и в клетки памяти - и даже если неким фантастическим способом изъять из крови абсолютно все антитела, то при встрече с антигеном клетки памяти вновь запустят процесс.
Это еще и Т-лимфоциты - которым В-лимфоциты представляют в особой форме антиген (происходит некая "презентация", клетка так и называется - антиген-презентирующая), после чего Т-клетки начинают убивать антиген независимо от наличия в организме антител.

💉Легенда о "съедании прививками антител" уходит корнями в вакцинацию от кори - до сих пор многие уверены, что первая прививка нужна для того, чтобы убрать из крови младенца антитела, доставшиеся ему от матери, а уже только при помощи второй создается свой собственный иммунитет.
Это не так. Антитела матери до 6 месяцев достаточно сильны, а иммунная система младенца, напротив, слаба для того, чтобы произвести сероконверсию, поэтому вакцинация от кори до 6 месяцев практически бессмысленна (антитела переболевших матерей сильнее, чем антитела вакцинированных, что еще немного отдвигает срок первой прививки).

Изучая вакцинный иммунитет от кори, ученые выяснили, что на 8-9 месяц успех сероконверсии уже достигает 90%, а в возрасте 11-12 месяцев - 99%. Вот он, срок самостоятельного ухода материнских антител. Именно поэтому по нашему календарю первая прививка от кори делается в 1 год, а вторая - в 6 лет, перед поступлением ребенка в школу.

🟢 Несмотря на то, что концентрация антител, индуцированная вакциной (или заболеванием), со временем снижается и может быть неопределяемой, сохраняется иммунологическая память, и большинство вакцинированных лиц вслед за воздействием на них вируса вырабатывают защитный иммунный ответ.

Как работает вакцина "Спутник. V".
Вполне достаточно Гугл Транслейт для понимания смысла.

Очень интересный документ "Совместное заявление Совета и Общества православных врачей России о проблемах вакцинации в России".
Ему уже 11 лет, но я ранее о нем не слышал.
Формулировки, конечно, крайне интересные. Впервые узнал о существовании так называемых "этических" вакцин.

Неплохо прочитать тем, кто считает, что в вакцинах содержится абортивный материал (а такое "авторитетное" мнение часто попадается в дискуссиях о вреде прививок). Уже и в "Спутнике V" ищут эти клетки.

Вслед за просто "Итогами года" в ленте фейсбука стали появляться врачебные "Итоги ковидного года". И там довольно часто попадается мантра: "Прививаться не буду, вирус мутирует, штаммы новые, вакцина за ними не успевает". И это не просто случайные люди в комментах пишут - это сами врачи так говорят.

🖨 Вот препринт статьи о нейтрализации вакциной Pfizer штамма вируса с мутацией N501Y. Если коротко - титры нейтрализующих антител для штаммов 501N и 501Y эквивалентны - то есть вакцина действует против обоих вариантов вируса. А это тот самый "британский вариант", о котором кричат "Все пропало, мутация всех убьет!"

💉 А тем временем американский журналист Эндрю Крамер из New York Times, работающий в московском бюро, привился вакциной "Спутник V". Ранее в своих статьях он уделял много внимания разработке и испытаниям этой вакцины.

Вакцинный Ковид-трекер в реальном времени.
Интересная штука. Посмотреть можно, где и как прививают.