Исследователи из Университета штата Иллинойс разработали бумажный электрохимический диагностический тест на COVID-19, позволяющий получить результат всего за пять минут. Этот простой тест работает на использовании проводящих свойств графена и золота и содержит золотые наночастицы, покрытые чувствительными зондами нуклеиновых кислот, которые могут связываться с РНК вируса SARS-CoV-2. 

⁉️ Бессимптомные - заразны или всё-таки нет?
(Китайская статистика от 20 ноября 2020 г. на PubMed Central)

В период с 23 января по 8 апреля 2020 года в Ухане были введены строгие меры контроля COVID-19.

C 14 мая по 1 июня 2020 года в Ухане провели тотальную проверку на ПЦР, право на участие в ней имели все жители города в возрасте шести лет и старше - 9 899 828 человек.

🟢 Не было выявлено ни одного нового симптоматического случая и 300 бессимптомных случаев.

🟢 Положительных результатов анализов среди 1 174 лиц, имеющих тесный контакт с бессимптомными случаями, не выявлено.

🟢 107 из 34 424 выздоровевших пациентов с COVID-19 снова получили положительный результат.

🟢 Вирусные культуры были отрицательными для всех бессимптомных положительных и повторных положительных случаев, что указывает на отсутствие "жизнеспособного вируса" в положительных случаях, выявленных в данном исследовании.

Все бессимптомные положительные случаи, повторные положительные случаи и их тесные контакты все равно были изолированы по крайней мере в течение 2 недель до тех пор, пока результаты ПЦР не стали отрицательными.

Аналогичное исследование, проведенное в Южной Корее, не выявило подтвержденных случаев COVID-19 путем мониторинга 790 контактов из 285 бессимптомных случаев с положительной реакцией.

Для проведения ПЦР были одновременно протестированы два целевых гена. Несмотря на это, оставалась возможность получения ложноотрицательных результатов, особенно в программах массового скрининга. Однако, даже если бы тестовая чувствительность составляла всего 50% и фактическая распространенность была бы в два раза выше, чем сообщалось в этом исследовании, то все равно она была бы очень низкой.

Случай заражения двумя штаммами SARS-CoV-2 одновременно, описанный российскими учеными. Пациент старше 90 лет, скончался.

В процессе нахождения в стационаре были одновременно выявлены оба штамма в пропорции 70/30 в первом анализе и 3/97 во втором. Второй штамм вытеснил первый в силу своей повышенной инфекционности.

Сравнив геномы обнаруженных ими штаммов коронавируса с базой данных GISAID, исследователи заметили, что второй штамм встречается в мире часто — его обнаруживали более тысячи раз в разных странах, из них 78 раз — в России. А вот для первого штамма совпадений в базе не нашлось. Авторы работы смогли вычислить только 571 ближайшего родственника этого штамма, и из них только три встречались в России. При этом оба штамма со слизистой пациента близкими родственниками не были и относились к разным кладам на филогенетическом дереве SARS-CoV-2.

Список всех найденных в этих штаммах мутаций (в цифровом коде GISAID) можно найти в оригинальной статье.

Минздрав РФ внёс вакцинацию от коронавируса в календарь прививок по эпидемиологическим показаниям (с указанием приоритетных групп населения).

Как это было в Китае.
Автор статьи Ирина Якутенко есть на Фейсбуке.

Работа турецких авторов от 24 ноября идёт вразрез с моим предыдущим постом о незаразности бессимптомных пациентов.

✅ По их результатам, бессимптомные пациенты несут гораздо большую вирусную нагрузку и в состоянии заражать других. Но при этом - "Factors associated with poor prognosis are found to be significantly correlated with low viral load" (то есть плохой прогноз и тяжелое течение коррелируют с низкой вирусной нагрузкой).

Великая гуманистическая цивилизация убила 1,5 миллиона человек из-за желания ходить в рестораны, летать на юга и нежелания «носить намордник».
=================
Достаточно категоричное мнение о демократии в рамках коронакризиса, но не лишено смысла.

В ряде регионов России (в том числе и в Приморье) ощущение выхода на плато вызвано достижением пиковой нагрузки на лаборатории.

"А спасённые от тюрьмы «звёзды» принялись раздавать полные тупого пафоса интервью, чтоб прям ни у кого не оставалось сомнений, что они белые, и пушистые..."

Мне кажется, я понимаю, почему сайт medrussia находится не в зоне ru, а в зоне org.
Потому что они ну вот совсем не "ru".

Швецию, конечно, ругают, но что делать с этой статистикой?

⁉️Изменился ли SARS-CoV-2 за год и насколько существенно?

Ученые из Университета Майами опубликовали промежуточные итоги изучения изменчивости вируса SARS-CoV-2 за истекший год его существования в человеческой популяции.
Они предложили всесторонний анализ того, насколько SARS-CoV-2 изменился за год, используя коллекцию из более чем 223 000 геномов, сохраненных в банке данных Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID).

Компоненты, в которых мутации происходили с наиболее высокой частотой:
1️⃣ Spike protein - Мутация D614G была связана с ростом инфекционности, но не с увеличением тяжести заболевания.
2️⃣ Белок NSP12. Мутация P323L в белке NSP12 сопровождает мутацию D614G (S) в большинстве случаев. Она может воздействовать на скорость репликации вируса.
3️⃣ Белок нуклеокапсида - мутации в нем R203K и G204R могут повлиять на темпы и качество транскрипции и репликации вируса атипичной пневмонии.
4️⃣ NS9c вспомогательный белок - в нем также часто происходят мутации (основные G50N и L67F), их роль в жизненном цикле вируса до конца непонятна.

Временные промежутки возникновения мутаций:
✅ Наблюдались две различные мутационные тенденции в период с декабря 2019 года по июнь 2020 года и с июля по ноябрь 2020 года. Геном вируса изменялся постепенно с течением времени, достигая максимальной вариабельности в ноябре 2020 г.
✅ Рост мутаций D614G и P323L был более резкий, чем остальных, максимум пришелся на март-апрель.
✅ Скорость мутаций R203/G204 нуклеокапсида и G50 во вспомогательном белке NS9c нарастала более медленно.

С точки зрения географии:
☑️ Мутация D614G впервые обнаружена в Германии, еще в январе 2020 года, затем она появилась в Австралии и Китае.
☑️ В феврале другие страны продемонстрировали заметный рост присутствия D614G
мутации, например Саудовская Аравия, Швейцария, Италия, Франция. Австрия, Нидерланды и Бразилия.
☑️ Резкое увеличение частоты мутации D614G случилось в марте 2020 года (добавились Эстония, Марокко, Аргентина, Румыния, Фарерские Острова, Венгрия, Босния и Герцеговина, Россия).

🟢 Из всех выявленных на текущий момент мутаций нет каких-либо серьезных изменений, несущих с собой увеличение тяжести заболевания или роста смертности. Так же в природе сейчас нет таких мутаций, которые бы полностью делали невозможным процесс вакцинации.
(вывод мой на основании этой работы и нескольких предыдущих на тему изменчивости генома вируса)

Не все же о коронавирусе, вот и вакцина от ВИЧ испытывается и даже с хорошими результатами.

В "Векторе" сообщили, что профилактическая вакцина против ВИЧ/СПИДа является полиэпитопной, то есть содержит небольшие фрагменты основных вирусных белков, которые являются высоко консервативными для трех субтипов ВИЧ-1 (А, В и С).

"Преимущества полиэпитопных вакцин в том, что они включают в себя только необходимые для формирования специфического иммунитета фрагменты вирусных белков, не содержат в своем составе полноразмерных структур вируса, которые могут являться факторами патогенности и/или могут ингибировать формирование протективного иммунитета или стимулировать развитие аутоиммунных реакций", - уточнили в научном центре.

Китайцы еще 25 сентября выложили статью на PubMed, где обсудили инфекционность мутации N501Y, которую они изучали на мышах.

В частности, они указали, что "структурная ремоделяция также показала, что замещение N501Y в RBD белка SARS-CoV S увеличило связующую способность с ACE2 у мыши... Повышенная вирулентность SARS-CoV-2 у мышей, вероятно, была связана с появлением замещения N501Y в RBD белка SARS-CoV-2".

🟢 После испытания субъединичной вакцины (рекомбинантные протеины Spike RBD Fc) на мышах, зараженных этим штаммом, было установлено, что мутация не мешает выработке хорошего титра антител, а мыши с антителами выдерживали после заражения большую вирусную нагрузку.

‼️ Уточню, что данная работа выполнялась не ради исследования конкретной мутации, а для создания мышиной модели для изучения вакцины, что и было сделано. Но работали они именно с N501Y.

⁉️ ПЦР - есть ли проблема?

ВОЗ получила отзывы пользователей о повышенном риске ложных результатов SARS-CoV-2 при испытании образцов с использованием реагентов RT-PCR на открытых системах и выпустила заявление на эту тему.

🟢 Общий итог заявления:
"Вероятность того, что человек, имеющий положительный результат, действительно инфицирован SARS-CoV-2, падает с уменьшением уровня позитивности, независимо от специфики анализа (чем больше циклов, тем менее точна ПЦР). Поэтому медицинским работникам рекомендуется принимать во внимание результаты анализов наряду с клиническими признаками и симптомами, подтвержденным статусом любых контактов и т.д. Читайте инструкцию к вашим тест-системам, рассмотрите любой положительный или отрицательный результат в сочетании с типом образца, клиническими наблюдениями, историей болезни и эпидемиологической информацией.

🔴 Сложно сказать, искренне ли ВОЗ засомневалась в точности ПЦР или их заявление имело под собой почву в виде решения португальского суда 1 ноября 2020 года, где судья заявил: "A single positive PCR test cannot be used as an effective diagnosis of infection" (то есть ставить диагноз по 1 положительной ПЦР нельзя).

В итоге столкнулись между собой 2 точки зрения ученых - точка зрения ВОЗ (97% результатов больше 35 прогонов ложно-положительные) и точка зрения тех, кто считает, что неважно, сколько циклов в ПЦР - она не ошибается.
Чья в итоге окажется верной - время покажет.

‼️ Чем опасна новая мутация коронавируса?
⚠️ Более подробный обзор ветви B.1.1.7 и мутации VUI — 202012/01.

Группа ученых из Великобритании описала предварительную геномную характеристику новой мутации SARS-CoV-2.

1️⃣ В сентябре 2020 года в наборе данных наблюдения COG-UK был обнаружен отдельный филогенетический кластер, названный линейкой В.1.1.7. Этот кластер стремительно рос в течение последних 4 недель и с тех пор наблюдается в других местах Великобритании, что указывает на его дальнейшее распространение.

2️⃣ Штамм VUI — 202012/01 характеризуется необычайно большим количеством генетических изменений, в частности, в белке шипа. На сегодняшний день вычислено 17 изменений (14 замен аминокислот и 3 выпадения), что является беспрецедентным в глобальных геномных данных вируса для пандемии COVID-19. Некоторые из этих мутаций потенциально биологически значимы и были описаны ранее в различной степени:
✅ Мутация N501Y является мутацией в рецепторно-связывающем домене (RBD) и идентифицирована как усиливающая сродство к ACE2.
✅ Выпадение в локализации 69-70del было описано ранее в контексте уклонения от иммунного ответа человека (ее находили у тех самых истребленных датских норок).
✅ Мутация P681H находится в непосредственной близости от места расщепления фурина.
✅ Мутация белка ORF8 - Q27stop - усекает белок ORF8 или делает его неактивным. Укорочение белка ORF8 оказывает воздействие на репликацию вируса в клетках дыхательных путей человека по сравнению с вирусами с обычным белком. Этот белок сигнальный и должен обманывать иммунную систему, выдавая зараженную клетку за здоровую; нарушение в структуре белка ломает и саму эту функцию, в результате клетка быстрей подвергается иммунной защите.
✅ Никогда ранее N501Y и Р681Н не находили in vivo вместе.

3️⃣ Два самых ранних отобранных генома, принадлежащих к линии B.1.1.7, были собраны 20 сентября 2020 года в графстве Кент и 21 сентября 2020 года в Большом Лондоне.

❓Какие эволюционные процессы или селективные давления могли привести к появлению ветви B.1.1.7 и штамма VUI — 202012/01?

Ранее сообщалось о высоких темпах накопления мутаций в течение коротких промежутков времени в исследованиях иммунодефицитных или иммунодепрессивных пациентов, хронически инфицированных SARS-CoV-2. У них обнаруживают РНК SARS-CoV-2 в течение 2-4 месяцев или более (хотя имеются также сообщения о длительных инфекциях у некоторых иммунокомпетентных лиц). Таких пациентов лечат плазмой реконвалесцентов (иногда несколько раз), а также, как правило, ремдесивиром.

В этих условиях ожидается, что эволюционная динамика популяции вируса внутри пациента будет сильно отличаться от таковой при типичной инфекции.
☑️ Во-первых, отбор из числа естественных иммунных ответов у иммунодефицитных/дефицитных пациентов будет слабым или вообще отсутствовать.
☑️ Во-вторых, отбор, возникающий в результате терапии антителами, может быть более жестким и конкурентным из-за высоких концентраций антител в плазме.
☑️ В-третьих, если терапия антителами назначается после многих недель хронической инфекции, популяция вируса может быть к этому времени генетически крайне разнообразной, что создаст подходящие условия для быстрой фиксации изменений вируса путем прямого отбора (то есть мутации, против которых не сработают антитела, закрепятся и передадутся дальше).

‼️ В настоящий момент предположение о том, что источником мутации мог стать человек с иммунодефицитом или пациент, пролеченный плазмой с антителами или противовирусным препаратом, является гипотезой.
❗️Вирус предположительно(!) имеет более высокую заразность (на 71%) и скорость распространения, увеличивая базовое число R почти до 1.
⛔️ Показатели смертности и летальности пока что не выросли.
🟢 Данных, что вакцины будут бессильны против него - нет.

Картинка "просто посмотреть и подумать" (из отчёта Счётной палаты по анализу "майских указов", 2020 год)

‼️ Кому суждено заболеть COVID-19?

Генетические механизмы тяжелого течения COVID-19.

Группа авторов провела исследования генома почти 3000 тяжело больных пациентов и около 1 миллиона человек в контрольной группе.
Выявлены несколько генов, дефекты в которых гарантированно приводят их владельцев к тяжелым формам COVID-19.
Это гены, отвечающие за правильную работу макрофагов и интерферона.

Для самых любопытных и вдумчивых теоретиков чуть подробнее:
✅ низкая экспрессия IFNAR2 и высокая экспрессия TYK2 и CCR2 связана с тяжелыми COVID-19 (все эти гены участвуют в регуляции врожденного и приобретенного иммунитета).

🟢 Дальше все просто:
(советую пройти по этой ссылке на Facebook):

1⃣ необходимо выполнить секвенирование генома человека в части тех мест, где предполагается мутация;
2⃣ лечить его препаратами, активирующими или выключающими неправильно работающие участки.

Первое в мире уже не очень дорого, второе - существует(!) и разрешено к применению.

Антарктида лишилась "коронавирусной девственности".

На чилийской антарктической станции "Хенераль-Бернардо-О'Хиггинс" выявлена вспышка заболевания (26 военнослужащих и 10 гражданских лиц).
Все заражённые эвакуированы в Чили.
(По информации сайта emol.com от 21.12.20)

Лонгрид об отравлении берлинского пациента, "44-летнего молодого мужчины, ранее здорового".

«Да поверьте на слово!» - в последнее время именно такой подход стал трендом в науке, в СМИ, в политике. Говорится это с лёгкой пренебрежительной улыбкой, разведёнными руками и пожатием плеч – мол, ну как в это можно не поверить? Поверьте, уж я-то знаю, что говорю!

Докатилось это и до медицины.
Протокол испытаний вакцины «Спутник V» изменен – теперь испытания продолжатся, но плацебо колоть перестанут. Многие добровольцы, сдав анализы и поняв, что им досталось плацебо, вакцинировались гарантированным «Спутником V», чтобы получить антитела.
Испытания – с научной точки зрения – провалены, потому что если всем колоть только вакцину, то статистика коренным образом изменится, а группа сравнения просто исчезнет. А про то, что добровольцы делали, что хотели, во время исследования – тут и сказать нечего.

«Минздрав разрешил остановить, кажется, на вчерашний или на сегодняшний день, набор (добровольцев для введения плацебо/ — РБК) в связи с тем, что там все доказано, а пандемия идет, и плацебо это совсем не хорошо» - заявил директор Центра им. Гамалеи Александр Гинцбург.

Что не особо отличается от фразы «Уж поверьте мне на слово!»

⁉️Кто болеет тяжелее и почему?

"Степень тяжести COVID-19 зависит от того, насколько велика доля антител вырабатываемых к белку шипа" - основной вывод из работы ученых из Stanford Medicine.

Они изучили изучили 254 человека с бессимптомными, легкими или тяжелыми формами COVID-19, которые были выявлены либо в результате планового тестирования или скрининга в Стэнфордской клинике, либо поступили туда с симптомами заболевания. Из людей с симптомами 25 лечились амбулаторно, 42 были госпитализированы в общее отделение, а 37 лечились в отделении реанимации и интенсивной терапии. От болезни умерло 25 человек.

"На сегодняшний день это одно из наиболее всесторонних исследований иммунного ответа антител на SARS-CoV-2 у людей во всем спектре тяжести заболевания, от бессимптомного до смертельного. Это одна из первых больших картин этого заболевания", - сказал Скотт Бойд (Scott Boyd), доктор медицины, доктор философии, доцент кафедры патологии.

✅ В этом исследовании выяснилось, что у людей с тяжелой формой заболевания выявляется низкий титр антител к белку шипа и высокий титр антител, нацеленных на другие мишени.

Исследователи подтвердили, что у людей с бессимптомными и легкими заболеваниями уровень антител в целом был ниже, чем у людей с тяжелыми заболеваниями. После выздоровления уровни IgM и IgA у большинства пациентов неуклонно снижались до низких или необнаруживаемых уровней в течение примерно 1-4 месяцев после появления симптомов или предполагаемой даты заражения, а уровни IgG значительно снижались.

"Это вполне соответствует тому, что наблюдалось с другими коронавирусами, которые регулярно циркулируют в наших сообществах, вызывая простуду", - сказал Бойд. - Нередки случаи, когда кто-то повторно заражается в течение года, а иногда и раньше".

При этом ученые понимают, что прогнозировать течение заболевания только по титру антител ошибочно, потому что широта иммунного ответа у разных людей достаточно велика.
================
От себя могу добавить, что 254 человека, конечно, не самая большая выборка, и от этого заявление доктора Бойда выглядит несколько самоуверенно и хвастливо, но информация достаточно интересная.