История храма в Марьиной Роще в Москве восходит к чудесному явлению мученика Трифона, помогшего сокольничему Иоанна III вернуть царского сокола, в память о чем и был возведен первый деревянный храм в Напрудном.

В 1750 году указом Елизаветы Петровны здесь было устроено Лазаревское кладбище - общественный некрополь для погребения бедных. Во время чумной эпидемии благотворитель Лука Иванович Долгов, удостоенный дворянства за помощь больным, начал строительство каменного храма в благодарность за спасение семьи. После его смерти храм достроила вдова: в 1787 году освятили ротонду в стиле «корабль» с приделами апостола Луки и праведного Лазаря. Росписи выполнили итальянские мастера, при храме действовала богадельня по уставу святителя Филарета Московского.

Лазаревское кладбище (около 50 тысяч захоронений) стало местом упокоения бояр Колычевых, князей Голицыных и Оболенских, матери Ф.М.Достоевского, художника В.М. Васнецова, а также видных представителей интеллигенции — профессоров Московского университета, основателей Первого Московского государственного медицинского университета им. И.М.Сеченова.

В годы гонений храм, приговоренный к сносу, уцелел благодаря статусу памятника архитектуры первой категории, однако был доведен до аварийного состояния.

Храм вернули Церкви в 1991 году. С 1994 года его настоятелем стал архимандрит Сергий (Рыбко), под руководством которого началось восстановление храма. При храме действует Сестричество во имя святителя Игнатия Ставропольского, образованное в 2003 году. Основная миссия сестер милосердия — духовная, психологическая и физическая помощь нуждающимся.
При храме также действует Издательство Сестричества во имя святителя Игнатия Ставропольского.

Поскольку само Лазаревское кладбище в советское время полностью уничтожили, в память о всех погребенных при храме построили часовню в честь Владимирской иконы Божией Матери.