Путаница с количеством аминокислот, входящих в состав белков
В литературе и статьях встречается два основных варианта:
• В состав белков входит 20 α-аминокислот;
• В состав белков входит 21 α-аминокислота.
Отличие всего на одну аминокислоту — селеноцистеин. Почему один автор пишет про него, а другой нет? Может второй умнее? Или знает больше?
Формулировка «в состав белков входит» туманна. Даже слишком. К примеру, если я возьму коллаген и начну изучать его структуру, то найду две аминокислоты, которые не относятся к 20/21 стандартным: 4-гидроксипролин и 5-гидроксилизин.
Значит ли это, что в состав белков входят 22 или 23 аминокислоты? Нет! Если постараться, то можно найти ещё 4 аминокислоты, которые встречаются в некоторых белках: 6-N-метиллизин, гамма-карбоксиглутамат, десмозин и пирролизин.
Почему же некоторые аминокислоты относят к стандартным, а другие нет? Тут нужно добавить новое понятие — протеиногенные аминокислоты. Это аминокислоты, которые кодируются генетическим кодом - имеют свой триплет или кодон. Следовательно, эти аминокислоты включаются в белок в ходе трансляции — его синтеза.
Ниже можно посмотреть на такие аминокислоты. И их всего 20!
Гидроксипролин, гидроксилизин, гамма-карбоксиглутамат и десмозин не имеют своих кодонов - они образуются за счёт модификации аминокислот. Модификация — это изменение аминокислоты после того, как белок был синтезирован.
Эти аминокислоты будут получены из протеиногенных: гидроксипролин из пролина, гидроксилизин из лизина и так далее.
Модификация придаёт аминокислотам дополнительные свойства, которые потребуются белку.
Заметили, что я не назвал две аминокислоты? Да, селеноцистеин и пирролизин. С ними всё сложно...
Дело в том, что они включатся в состав белка в процессе его синтеза — во время трансляции. Но своих триплетов в генетическом коде не имеют. Пирролизин нас не интересует, потому что он встречается только у некоторых бактерий. Но селеноцистеин входит в состав белков нашего организма. Пример такого белка — глутатионпероксидаза.
Каким же образом селеноцистеин включается в белок, если у него нет триплета? Специальным способом — через стоп-кодон UGA. Но при одном условии — матричная РНК должна включать определенную последовательность. Она называется последовательность вставки селеноцистеина (SECIS) и включает ~ 60 нуклеотидов. Эта штука входит в мРНК, которые отвечают за синтез селен-содержащих белков. SECIS заставляет встраивать селеноцистеин на месте кодона UGA.
Если же в мРНК такой последовательности нет, то кодон UGA вызывает остановку синтеза белка.
Не каждый стоп-кодон UGA вызывает встраивание селеноцистеина - это, скорее, редкое исключение для некоторых матричных РНК.
Примерно такой же механизм характерен для пирролизина.
Из-за этого селеноцистеин не всегда относят к протеиногенным кислотам: где-то напишут про 20 аминокислот, а где-то про 21. И это не совсем честно, потому что пирролизин остаётся без внимания. Хотя имеет тот же механизм встраивания - пусть и встречается он только у бактерий.
В литературе и статьях встречается два основных варианта:
• В состав белков входит 20 α-аминокислот;
• В состав белков входит 21 α-аминокислота.
Отличие всего на одну аминокислоту — селеноцистеин. Почему один автор пишет про него, а другой нет? Может второй умнее? Или знает больше?
Формулировка «в состав белков входит» туманна. Даже слишком. К примеру, если я возьму коллаген и начну изучать его структуру, то найду две аминокислоты, которые не относятся к 20/21 стандартным: 4-гидроксипролин и 5-гидроксилизин.
Значит ли это, что в состав белков входят 22 или 23 аминокислоты? Нет! Если постараться, то можно найти ещё 4 аминокислоты, которые встречаются в некоторых белках: 6-N-метиллизин, гамма-карбоксиглутамат, десмозин и пирролизин.
Почему же некоторые аминокислоты относят к стандартным, а другие нет? Тут нужно добавить новое понятие — протеиногенные аминокислоты. Это аминокислоты, которые кодируются генетическим кодом - имеют свой триплет или кодон. Следовательно, эти аминокислоты включаются в белок в ходе трансляции — его синтеза.
Ниже можно посмотреть на такие аминокислоты. И их всего 20!
Гидроксипролин, гидроксилизин, гамма-карбоксиглутамат и десмозин не имеют своих кодонов - они образуются за счёт модификации аминокислот. Модификация — это изменение аминокислоты после того, как белок был синтезирован.
Эти аминокислоты будут получены из протеиногенных: гидроксипролин из пролина, гидроксилизин из лизина и так далее.
Модификация придаёт аминокислотам дополнительные свойства, которые потребуются белку.
Заметили, что я не назвал две аминокислоты? Да, селеноцистеин и пирролизин. С ними всё сложно...
Дело в том, что они включатся в состав белка в процессе его синтеза — во время трансляции. Но своих триплетов в генетическом коде не имеют. Пирролизин нас не интересует, потому что он встречается только у некоторых бактерий. Но селеноцистеин входит в состав белков нашего организма. Пример такого белка — глутатионпероксидаза.
Каким же образом селеноцистеин включается в белок, если у него нет триплета? Специальным способом — через стоп-кодон UGA. Но при одном условии — матричная РНК должна включать определенную последовательность. Она называется последовательность вставки селеноцистеина (SECIS) и включает ~ 60 нуклеотидов. Эта штука входит в мРНК, которые отвечают за синтез селен-содержащих белков. SECIS заставляет встраивать селеноцистеин на месте кодона UGA.
Если же в мРНК такой последовательности нет, то кодон UGA вызывает остановку синтеза белка.
Не каждый стоп-кодон UGA вызывает встраивание селеноцистеина - это, скорее, редкое исключение для некоторых матричных РНК.
Примерно такой же механизм характерен для пирролизина.
Из-за этого селеноцистеин не всегда относят к протеиногенным кислотам: где-то напишут про 20 аминокислот, а где-то про 21. И это не совсем честно, потому что пирролизин остаётся без внимания. Хотя имеет тот же механизм встраивания - пусть и встречается он только у бактерий.
Зацените аргументы против Дарвиновской теории прямиком из 1867 года:
Представим себе белого человека, потерпевшего кораблекрушение на острове, населённом неграми… Наш выживший герой, возможно, станет среди них королём; он убьёт очень много чернокожих людей в борьбе за выживание; он заведёт очень много жён и детей, в то время как множество его подданных будут жить холостяками и умрут холостяками… Качества и способности нашего белого человека несомненно помогут ему дожить до глубокой старости, но даже его длинной жизни явно не хватит для того, чтобы кто-то из его потомков в каком-либо поколении стал полностью белым… В первом поколении будет несколько дюжин смышлёных молодых мулатов, чей ум будет в среднем превосходить негритянский. Нас не удивит, что трон в течение нескольких поколений будет принадлежать более или менее желтокожему королю; но сможет ли поверить кто-то, что население всего острова постепенно станет белым или пусть даже жёлтым?..
В нашем случае признак попал в исключительно благоприятные условия, способствующие его сохранению, — способствующие, и всё же неспособные закрепить и сохранить его.
-Флеминг Дженкин.
Тогда Мендель ещё не был широко известен научному миру, поэтому для Дарвина такие аргументы были неоспоримы - он даже назвал их «Кошмарами Дженкина»
Представим себе белого человека, потерпевшего кораблекрушение на острове, населённом неграми… Наш выживший герой, возможно, станет среди них королём; он убьёт очень много чернокожих людей в борьбе за выживание; он заведёт очень много жён и детей, в то время как множество его подданных будут жить холостяками и умрут холостяками… Качества и способности нашего белого человека несомненно помогут ему дожить до глубокой старости, но даже его длинной жизни явно не хватит для того, чтобы кто-то из его потомков в каком-либо поколении стал полностью белым… В первом поколении будет несколько дюжин смышлёных молодых мулатов, чей ум будет в среднем превосходить негритянский. Нас не удивит, что трон в течение нескольких поколений будет принадлежать более или менее желтокожему королю; но сможет ли поверить кто-то, что население всего острова постепенно станет белым или пусть даже жёлтым?..
В нашем случае признак попал в исключительно благоприятные условия, способствующие его сохранению, — способствующие, и всё же неспособные закрепить и сохранить его.
-Флеминг Дженкин.
Тогда Мендель ещё не был широко известен научному миру, поэтому для Дарвина такие аргументы были неоспоримы - он даже назвал их «Кошмарами Дженкина»
Всё-таки меня удивляет самоуверенность жизни. Весь метаболизм держится на ферментах, но многие из них требуют коферментов. Что сделает умное существо? Правильно, будет синтезировать витамины, а из них получать коферменты. Большинство прокариот так и делает, что позволяет им освободиться ото всех цепей. Почти ото всех.
Что сделает ещё более умное существо? Откажется от метаболических путей, которые приводят к синтезу этих витаминов. И поставит себя в полную зависимость от пищи. Абсурд? Но это работает…
Не поймите меня не правильно, плюс у такого отказа есть и большой - не придется набирать армию ферментов, проводящих синтез витаминов. Так клетка освободит себе много энергии и аминокислот.
Но только представьте себе первую клеточку, которая решила порвать связи с самостоятельным синтезом. Это настоящая героиня. И все мы её потомки.
Что сделает ещё более умное существо? Откажется от метаболических путей, которые приводят к синтезу этих витаминов. И поставит себя в полную зависимость от пищи. Абсурд? Но это работает…
Не поймите меня не правильно, плюс у такого отказа есть и большой - не придется набирать армию ферментов, проводящих синтез витаминов. Так клетка освободит себе много энергии и аминокислот.
Но только представьте себе первую клеточку, которая решила порвать связи с самостоятельным синтезом. Это настоящая героиня. И все мы её потомки.
ЭТО ПРОСТО ВАУ - https://reactome.org/PathwayBrowser/
reactome.org
Reactome | Pathway Browser
A Systems Biology Graphical Notation (SBGN)-based interface, that supports zooming, scrolling and event highlighting. It exploits the PSICQUIC web services to overlay molecular interaction data from the Reactome Functional Interaction Network and external…
Вчера смотрел на водомерок. Всегда думал, что они держатся на воде только за счёт гидрофобных липидов на лапках, но нет - там всё покруче. На лапках водомерок огромное количество микроскопических волосков, что увеличивает длину границы соприкосновения. Кстати, что-то похожее есть и у гекконов.
И вот эти волоски нужно постоянно покрывать липидами, а то водомерка утонет.
И вот эти волоски нужно постоянно покрывать липидами, а то водомерка утонет.
А вот ещё что-то интересненькое. Этот жук бегает прямо под водой! Предполагается, что под брюшком у него создаётся воздушный пузырь
YouTube
Watch this beetle walk upside down underneath the water’s surface | Science News
An aquatic beetle (possibly family Hydrophilidae) walks along the underside of the water’s surface in the Watagan Mountains in New South Wales, Australia. Th...