🧬 Транскриптомика единичных клеток
📚 Один из ключевых курсов магистратуры - «Транскриптомика единичных клеток» (2 семестр, 108 часов), посвящён современным подходам к анализу данных single-cell RNA-seq.
В рамках курса студенты знакомятся с основными технологиями секвенирования РНК единичных клеток и возможностями их применения, осваивают полный цикл анализа данных: от предобработки, контроля качества и нормализации до кластеризации, визуализации и анализа дифференциальной экспрессии. Особое внимание уделяется задачам идентификации клеточных типов, анализу траекторий развития, а также изучению межклеточных коммуникаций. Практическая часть курса включает работу с реальными биомедицинскими данными.
✨ Курс ведёт Хозяинова Анна Алексеевна, младший научный сотрудник лаборатории биологии опухолевой прогрессии НИИ онкологии Томского НИМЦ. Среди приглашённых лекторов Alexander Predeus (Principal Bioinformatician, Wellcome Sanger Institute) с лекцией о деконволюции клеточного состава и биологической интерпретации данных РНК-секвенирования при помощи референсных транскриптомных атласов единичных клеток и Roman Sankowski (Medical Professional, University Medical Center Freiburg), прочитает лекцию о коррекции батч-эффекта в данных РНК-секвенирования.
Подробнее о программе магистратуры: https://master-omics.ru/
📚 Один из ключевых курсов магистратуры - «Транскриптомика единичных клеток» (2 семестр, 108 часов), посвящён современным подходам к анализу данных single-cell RNA-seq.
В рамках курса студенты знакомятся с основными технологиями секвенирования РНК единичных клеток и возможностями их применения, осваивают полный цикл анализа данных: от предобработки, контроля качества и нормализации до кластеризации, визуализации и анализа дифференциальной экспрессии. Особое внимание уделяется задачам идентификации клеточных типов, анализу траекторий развития, а также изучению межклеточных коммуникаций. Практическая часть курса включает работу с реальными биомедицинскими данными.
✨ Курс ведёт Хозяинова Анна Алексеевна, младший научный сотрудник лаборатории биологии опухолевой прогрессии НИИ онкологии Томского НИМЦ. Среди приглашённых лекторов Alexander Predeus (Principal Bioinformatician, Wellcome Sanger Institute) с лекцией о деконволюции клеточного состава и биологической интерпретации данных РНК-секвенирования при помощи референсных транскриптомных атласов единичных клеток и Roman Sankowski (Medical Professional, University Medical Center Freiburg), прочитает лекцию о коррекции батч-эффекта в данных РНК-секвенирования.
Подробнее о программе магистратуры: https://master-omics.ru/
🔥4❤1👍1🥰1
🧬 От клеточных моделей к биоинформатике единичных клеток
Магистрант Томского НИМЦ Роза Сарыглар рассказала о своем опыте обучения по программе «Биоинформатика: мультиомика единичных клеток» и исследованиях на стыке экспериментальной биологии и анализа данных.
🔗 Подробнее в материале
🎓 Подробнее о программе магистратуры
Магистрант Томского НИМЦ Роза Сарыглар рассказала о своем опыте обучения по программе «Биоинформатика: мультиомика единичных клеток» и исследованиях на стыке экспериментальной биологии и анализа данных.
«Программа «Биоинформатика: мультиомика единичных клеток» закрывает именно тот разрыв, который я ощущала в своей подготовке: она объединяет глубокое понимание биологии с современными вычислительными подходами. Для меня важно, что нас обучают преподаватели, которые сами активно работают в области single-cell исследований».
🔗 Подробнее в материале
🎓 Подробнее о программе магистратуры
❤4👍2
🎓 Мы запускаем цикл открытых онлайн-лекций!
Приглашаем студентов и всех заинтересованных присоединиться к первой лекции.
🧬 Тема: Поиск антивирусных препаратов широкого спектра для подготовки к будущим пандемиям
🧑🔬Лектор: Александр Яневски, PhD, Европейский университет в Санкт-Петербурге
📅 Дата: 5 мая
🕒 Время: 12:00 Мск
💻 Платформа: Zoom
На лекции будут рассмотрены современные подходы биоинформатики к разработке противовирусных препаратов, а также роль вычислительных методов в подготовке к будущим эпидемиологическим вызовам.
🔗 Регистрация по ссылке
🎓 Подробнее о магистратуре
Приглашаем студентов и всех заинтересованных присоединиться к первой лекции.
🧬 Тема: Поиск антивирусных препаратов широкого спектра для подготовки к будущим пандемиям
🧑🔬Лектор: Александр Яневски, PhD, Европейский университет в Санкт-Петербурге
📅 Дата: 5 мая
🕒 Время: 12:00 Мск
💻 Платформа: Zoom
На лекции будут рассмотрены современные подходы биоинформатики к разработке противовирусных препаратов, а также роль вычислительных методов в подготовке к будущим эпидемиологическим вызовам.
🔗 Регистрация по ссылке
🎓 Подробнее о магистратуре
🔥11❤1
🎓 Преподаватели магистратуры: Константин Оконечников
Продолжаем рубрику «Наставники». Сегодня познакомим Вас с преподавателем магистерской программы «Биоинформатика: мультиомика единичных клеток» Константином Оконечниковым.
— Магистратура Томского НИМЦ открывает широкие возможности как для научной карьеры, так и для работы в высокотехнологичных направлениях биомедицины, фармацевтики и IT. Это время, когда можно углубиться в выбранную специализацию, получить практический опыт исследований, научиться работать с современными данными и технологиями, а также сформировать профессиональные связи с научными группами и индустрией.
Особенно важно понимать, что технологии сегодня развиваются очень быстро: инструменты анализа, методы секвенирования и вычислительные подходы постоянно меняются. Однако базовые навыки, полученные в магистратуре такие как умение анализировать данные, критически мыслить, работать с научной литературой, решать сложные задачи и быстро осваивать новое, остаются актуальными на протяжении всей карьеры. Именно они дают устойчивую основу для профессионального роста.
Мой курс «Использование методик секвенирования единичных клеток в исследованиях и диагностике рака» посвящён современным подходам к изучению онкологических заболеваний на уровне отдельных клеток. В рамках курса рассматриваются вопросы гетерогенности опухолей, их эволюции и метастазирования, а также роль геномных, транскриптомных и эпигеномных изменений в развитии рака. Особое внимание уделяется методам single-cell секвенирования (ДНК, РНК, эпигеномика), мультиомиксным подходам и пространственной транскриптомике, а также их применению в диагностике и прецизионной онкологии. По итогам курса магистранты формируют понимание современных технологий анализа опухолей на уровне единичных клеток, осваивают базовые подходы к работе с соответствующими данными и учатся применять эти методы для решения исследовательских и клинических задач в онкологии.
Желаю нашим магистрантам не бояться сложных задач и новых областей знаний. Биоинформатика находится на стыке биологии, медицины, математики и программирования, поэтому сначала может казаться, что нужно знать слишком много. Но именно постепенное освоение разных направлений делает обучение особенно интересным и перспективным.
Я бы посоветовал больше пробовать самостоятельно: запускать программы, анализировать реальные данные, читать современные статьи, задавать вопросы и не бояться ошибок. Практика даёт гораздо больше, чем пассивное изучение теории. Также важно сохранять любопытство — именно оно помогает двигаться вперёд, замечать новые возможности и находить нестандартные решения. Магистратура — это хорошее время, чтобы экспериментировать, искать свою специализацию и закладывать фундамент будущей карьеры.
🔗 Подробнее о программе магистратуры
Продолжаем рубрику «Наставники». Сегодня познакомим Вас с преподавателем магистерской программы «Биоинформатика: мультиомика единичных клеток» Константином Оконечниковым.
— Магистратура Томского НИМЦ открывает широкие возможности как для научной карьеры, так и для работы в высокотехнологичных направлениях биомедицины, фармацевтики и IT. Это время, когда можно углубиться в выбранную специализацию, получить практический опыт исследований, научиться работать с современными данными и технологиями, а также сформировать профессиональные связи с научными группами и индустрией.
Особенно важно понимать, что технологии сегодня развиваются очень быстро: инструменты анализа, методы секвенирования и вычислительные подходы постоянно меняются. Однако базовые навыки, полученные в магистратуре такие как умение анализировать данные, критически мыслить, работать с научной литературой, решать сложные задачи и быстро осваивать новое, остаются актуальными на протяжении всей карьеры. Именно они дают устойчивую основу для профессионального роста.
Мой курс «Использование методик секвенирования единичных клеток в исследованиях и диагностике рака» посвящён современным подходам к изучению онкологических заболеваний на уровне отдельных клеток. В рамках курса рассматриваются вопросы гетерогенности опухолей, их эволюции и метастазирования, а также роль геномных, транскриптомных и эпигеномных изменений в развитии рака. Особое внимание уделяется методам single-cell секвенирования (ДНК, РНК, эпигеномика), мультиомиксным подходам и пространственной транскриптомике, а также их применению в диагностике и прецизионной онкологии. По итогам курса магистранты формируют понимание современных технологий анализа опухолей на уровне единичных клеток, осваивают базовые подходы к работе с соответствующими данными и учатся применять эти методы для решения исследовательских и клинических задач в онкологии.
Желаю нашим магистрантам не бояться сложных задач и новых областей знаний. Биоинформатика находится на стыке биологии, медицины, математики и программирования, поэтому сначала может казаться, что нужно знать слишком много. Но именно постепенное освоение разных направлений делает обучение особенно интересным и перспективным.
Я бы посоветовал больше пробовать самостоятельно: запускать программы, анализировать реальные данные, читать современные статьи, задавать вопросы и не бояться ошибок. Практика даёт гораздо больше, чем пассивное изучение теории. Также важно сохранять любопытство — именно оно помогает двигаться вперёд, замечать новые возможности и находить нестандартные решения. Магистратура — это хорошее время, чтобы экспериментировать, искать свою специализацию и закладывать фундамент будущей карьеры.
🔗 Подробнее о программе магистратуры
🔥7❤1👍1
🎓 Продолжаем цикл открытых онлайн-лекций!
Приглашаем всех заинтересованных присоединиться ко второй лекции.
🧬 Тема: 3D-геномика единичных клеток
🧑🔬Лектор: Никита Ваулин, Медицинский университет Вены
📅 Дата: 12 мая
🕒 Время: 11:00 Мск
💻 Платформа: Zoom
На лекции обсудим, что конформация хроматина — ключ к пониманию и механистическому описанию регуляции экспрессии генов. Single-cell Hi-C и родственные методы позволяют увидеть, как разные ген-регуляторные программы реализуются в разных клеточных типах, а комбинация scHi-C с мультиомиксными подходами даёт возможность изучать эти программы сразу на нескольких уровнях.
🔗 Регистрация по ссылке
🎓 Подробнее о магистратуре
Приглашаем всех заинтересованных присоединиться ко второй лекции.
🧬 Тема: 3D-геномика единичных клеток
🧑🔬Лектор: Никита Ваулин, Медицинский университет Вены
📅 Дата: 12 мая
🕒 Время: 11:00 Мск
💻 Платформа: Zoom
На лекции обсудим, что конформация хроматина — ключ к пониманию и механистическому описанию регуляции экспрессии генов. Single-cell Hi-C и родственные методы позволяют увидеть, как разные ген-регуляторные программы реализуются в разных клеточных типах, а комбинация scHi-C с мультиомиксными подходами даёт возможность изучать эти программы сразу на нескольких уровнях.
🔗 Регистрация по ссылке
🎓 Подробнее о магистратуре
🔥6❤3👍1
Forwarded from Bioinformatics Institute
Продолжается приём заявок на интенсив по статистике для биологов и медиков, который пройдёт с 20 мая по 13 июня!
bioinf.me/education/workshops/stat | Регистрация открыта до 18 мая, 23:59 МСК
Если вы давно хотели разобраться в статистике, но не знали, с чего начать – этот интенсив для вас!
За месяц участники пройдут путь от основ биостатистики до многофакторного анализа данных, познакомятся с языком программирования R и научатся грамотно визуализировать и интерпретировать данные.
Для участия необходимо до 18 мая, 23:59 МСК:
🌱 пройти вводный курс на Stepik
🌱 заполнить анкету, которая станет доступна после прохождения курса
Ждём ваших заявок!❤️
✨ Мы в VK | Мы в почте | Мы в Telegram
#bioinf_education #bioinf_online #bioinf_workshop @bioinformatics_institute
bioinf.me/education/workshops/stat | Регистрация открыта до 18 мая, 23:59 МСК
Если вы давно хотели разобраться в статистике, но не знали, с чего начать – этот интенсив для вас!
За месяц участники пройдут путь от основ биостатистики до многофакторного анализа данных, познакомятся с языком программирования R и научатся грамотно визуализировать и интерпретировать данные.
Для участия необходимо до 18 мая, 23:59 МСК:
Ждём ваших заявок!
#bioinf_education #bioinf_online #bioinf_workshop @bioinformatics_institute
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
🔥3❤1👍1
Новый сервер для биоинформатических вычислений студентов
✨Хорошие новости! Для студентов магистерской программы "Биоинформатика: мультиомика единичных клеток" теперь доступен вычислительный сервер для анализа данных и работы с биоинформатическими задачами.
В распоряжение магистрантов предоставлен сервер HPE ProLiant DL380 Gen10, оснащённый двумя процессорами Intel Xeon Gold 6252, 256 ГБ оперативной памяти и дисковым пространством около 5 ТБ.
Сервер позволит студентам выполнять ресурсоёмкие вычисления, работать с большими биомедицинскими данными и запускать собственные аналитические пайплайны в рамках учебных и исследовательских проектов.
🎓 Подробнее о программе магистратуры
✨Хорошие новости! Для студентов магистерской программы "Биоинформатика: мультиомика единичных клеток" теперь доступен вычислительный сервер для анализа данных и работы с биоинформатическими задачами.
В распоряжение магистрантов предоставлен сервер HPE ProLiant DL380 Gen10, оснащённый двумя процессорами Intel Xeon Gold 6252, 256 ГБ оперативной памяти и дисковым пространством около 5 ТБ.
Сервер позволит студентам выполнять ресурсоёмкие вычисления, работать с большими биомедицинскими данными и запускать собственные аналитические пайплайны в рамках учебных и исследовательских проектов.
🎓 Подробнее о программе магистратуры
🔥11❤1
🎓 Продолжаем цикл открытых онлайн-лекций!
Приглашаем всех заинтересованных присоединиться к третьей лекции.
🧬 Тема: Применение технологий единичных клеток в онкологии
🧑🔬Лектор: Константин Оконечников, руководитель лаборатории биоинформатики и анализа больших данных, НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина
📅 Дата: 19 мая
🕒 Время: 11:00 Мск
💻 Платформа: Zoom
На лекции будет рассказано, как технологии анализа единичных клеток помогают изучать опухоли на новом уровне: видеть различия между отдельными клетками, выявлять редкие клеточные популяции и понимать устройство опухолевого микроокружения. Отдельное внимание будет уделено тому, как single-cell подходы применяются в онкологических исследованиях для поиска механизмов прогрессии опухоли, устойчивости к терапии и потенциальных диагностических или терапевтических мишеней.
🔗 Регистрация по ссылке
🎓 Подробнее о магистратуре
Приглашаем всех заинтересованных присоединиться к третьей лекции.
🧬 Тема: Применение технологий единичных клеток в онкологии
🧑🔬Лектор: Константин Оконечников, руководитель лаборатории биоинформатики и анализа больших данных, НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина
📅 Дата: 19 мая
🕒 Время: 11:00 Мск
💻 Платформа: Zoom
На лекции будет рассказано, как технологии анализа единичных клеток помогают изучать опухоли на новом уровне: видеть различия между отдельными клетками, выявлять редкие клеточные популяции и понимать устройство опухолевого микроокружения. Отдельное внимание будет уделено тому, как single-cell подходы применяются в онкологических исследованиях для поиска механизмов прогрессии опухоли, устойчивости к терапии и потенциальных диагностических или терапевтических мишеней.
🔗 Регистрация по ссылке
🎓 Подробнее о магистратуре
🔥9❤2
Магистрант Александр Чайковский: «Никогда не скучно учиться чему-то новому»
🎓 Подробнее о программе магистратуры
Свой путь в науку я начал с аспирантуры в 2009 году. Сейчас являюсь научным сотрудником лаборатории патофизиологии и экспериментальной терапии НИИ фармакологии и регенеративной медицины им. Е.Д. Гольдберга Томского НИМЦ. Мои научные интересы сконцентрированы на поиске новых препаратов при нейродегенеративных состояниях, и, в частности, на фармакологической стимуляции нейрогенеза при болезни Альцгеймера и алкогольной энцефалопатии.
Отчасти решение поступить в магистратуру было неожиданным даже для самого себя. Главный стимул – получение принципиально новых знаний в области биоинформатики, которые могут сильно помочь в научных изысканиях нашей лаборатории. Никогда не скучно учиться чему-то новому!
В рамках магистерской диссертации я планирую изучить, какие изменения на уровне генов происходят в разных клетках мозга из-за хронического недосыпа. Известно, что одни клетки при недосыпе «испытывают стресс, работают плохо», а другие, наоборот, «активизируются» — именно этот дисбаланс приводит к нарушениям памяти, психоэмоциональным проблемам, а также повышает риск сосудистых катастроф и онкологических заболеваний.
Наша цель — найти универсальный генетический ответ мозга на депривацию сна, общий как для лабораторной мыши, так и для человека.
В перспективе это исследование может быть полезно при разработке новых лекарственных препаратов для лечения бессонницы и сопутствующих ей проблем.
Обучение в магистратуре очень интенсивное. Большой плюс сама программа: максимум необходимых предметов и ничего лишнего. За время обучения я значительно расширил свой кругозор. Например, раздел по основам программирования стал для меня абсолютно новым опытом.
По окончании обучения в магистратуре есть планы применить полученные знания в рамках исследований в области фармакологической стратегии регенерации нервной ткани.
🎓 Подробнее о программе магистратуры
👍6🔥3❤2
🎓 Продолжаем цикл открытых онлайн-лекций.
Приглашаем всех заинтересованных присоединиться к четвертой лекции.
🧬 Тема: Multimodal data integration
🧑🔬Лектор: Dr. Roman Sankowski, University Medical Center Freiburg
📅 Дата: 2 июня
🕒 Время: 11:00 Мск/10:00 CEST
💻 Платформа: Zoom
Как объединять разные типы single-cell данных, и зачем это нужно современной биоинформатике? Мы поговорим о подходах к интеграции данных транскриптомики, эпигеномики, пространственных и других single-cell технологий, и о том, какие новые биологические выводы можно получить благодаря их совместному анализу.
🔗 Регистрация по ссылке
🎓 Подробнее о магистратуре
Приглашаем всех заинтересованных присоединиться к четвертой лекции.
🧬 Тема: Multimodal data integration
🧑🔬Лектор: Dr. Roman Sankowski, University Medical Center Freiburg
📅 Дата: 2 июня
🕒 Время: 11:00 Мск/10:00 CEST
💻 Платформа: Zoom
Как объединять разные типы single-cell данных, и зачем это нужно современной биоинформатике? Мы поговорим о подходах к интеграции данных транскриптомики, эпигеномики, пространственных и других single-cell технологий, и о том, какие новые биологические выводы можно получить благодаря их совместному анализу.
🔗 Регистрация по ссылке
🎓 Подробнее о магистратуре
🔥5