Lab Mouse
2.16K subscribers
705 photos
205 videos
6 files
299 links
Генетика 🧬 Биоинформатика 💻 Data Science
Инста: https://www.instagram.com/lab.mouse
TikTok: https://www.tiktok.com/@labmousetalks

▫️Здесь о том, как ГМО спасают мир, а ученые возрождают мамонтов
▫️Биоинформатик Аня @thornni, иллюстратор Марья
Download Telegram
Live stream started
Live stream finished (6 seconds)
Live stream started
Live stream finished (6 seconds)
Lab Mouse
Трансляция будет тут!! Начинаем!! https://youtube.com/live/e-SUoRv6gMo?feature=share
Мы все! Запись обрабатывается и будет доступна (надеюсь) уже в эти сутки.

Маякните, кто смотрел! Как вам? Есть ли вопросы?
Запись лекции уже доступна вот тут. Буду рада вашей обратной связи! (и вашим донатам на лечение/стерилизацию/вакцинацию/транспортировку наших подопечных котиков ☺️)

Спасибо огромное @LAN_YVN за организацию и площадку, а моему другу Максу за эту возможность стрима и записи 💚

Мне тут дали классную обратную связь, каких деталей хотелось бы больше. Я теперь про это много думаю.
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
Сегодня записали очешуенный выпуск подкаста Мышь погрызла с биологом и преподавателем полового воспитания Анастасией Клешниной. Собрались поговорить о ее книжке про эндемичные виды животных «Дикая Армения», а в итоге поговорили не только про книгу и миллион всякого биологического, но про эмиграцию и стресс, про отношения в мире животных, про программу полового воспитания в школах, а еще про феминизм. Руки чешутся начать монтировать!!

За кадром наш друг и техно-волшебник Макс, с которым мы из деталек и на коленке собрали настоящую домашнюю студию записи 😍
В октябре в Белграде пройдёт крупнейший фестиваль науки о конце света «НоосФест: От апокалипсиса до самоуничтожения»🔥

С 4 по 6 октября в Сербии вновь пройдёт фестиваль популяризации науки «НоосФест». На первом фестивале в мае я выступала 🐭, сейчас очередь других популяризаторов науки:) В этот раз темой станет конец света.

Спикеры рассмотрят различные теории и предположения, а также проанализируют сценарии, которые могут привести к гибели нашей планеты. Препати с научпоп стендапом в баре, дискуссии, афтепати вместе со спикерами — будет интересно!

Фестиваль объединит учёных, популяризаторов науки, журналистов и блогеров. В «Ноосфесте» примут участие Александр Панчин, Армен Захарян, Владимир Раевский, Вячеслав Авдеев, Артём Акшинцев, Илья Гомыранов, Максим Таланов, Иван Квасов и Дмитрий Горчаков.

Билеты по ссылке https://clck.ru/3DLJUz.

Для моих подписчиков действует промокод LABMOUSE на скидку 15%!
🎙«Все, что я делаю, выходит про феминизм» — о книге Дикая Армения с Анастасией Клешниной

Я наслаждалась каждой минутой этого разговора и искренне надеюсь, что вы испытаете те же чувства. Анастасия Клешнина — не только создательница книги «Wild Armenia», но преподавательница биологии и Sex Education, заведующая кафедрой STEM в Le Sallay Dialogue. А еще моя соведущая лекции о настоящей, не прилизанной и не подогнанной под человеческие «нормы», жизни животных.

А поговорили мы конечно не только о ее книге (представляете, двуязычной книге, выпущенной в новой для Насти стране!), но еще о том, как рассказывать детям о их теле и его границах, как прожить стресс иммиграции и помочь это сделать другим. А уж сколько удивительного из мира биологии мы успели обсудить! Короче, включайте скорее!

И пожалуйста-пожалуйста, оставляйте комментарии к этому выпуску там, где вы его послушали (НО ЛУЧШЕ ВСЕГО В YOUTUBE🙏🙏). Это очень поможет подкасту, чтоб о нем узнало побольше людей.

Канал Насти:
🌅Инста: https://www.instagram.com/oh.mohh/

Поддержать работу над подкастом и помочь нам стерилизовать и лечить уличных животных:
💰https://boosty.to/labmouse
💰https://www.patreon.com/LabMouse
💰или задонатить на карту с подписью «помощь котикам» (за реквизитами в личку любой соцсети)

Каналы подкаста:
📌Телеграм: https://t.me/lab_mouse
📌Инста: https://www.instagram.com/lab.mouse.podcast / https://www.instagram.com/lab.mouse
📌TikTok: https://www.tiktok.com/@labmousetalks

Огромная благодарность Максу Дементьеву за аудио и видео этого подкаста, а Павлу Хамидулину за замечательный джингл💚

Слушайте "Мышь погрызла" на:
💡Apple Podcasts
💡YouTube
💡CastBox
💡Spotify
💡Yandex.Подкастах
💡и всех доступных платформах

#подкаст_Мышь_Погрызла
Хорошая (все еще надеюсь) статья — это как заковыристый танец: шаг вперед, два шага в сторону, шаг назад, три шага в другую сторону, пара шагов вперед, четыре назад... Продолжать до точки. До какой точки? А похоже что точки как с ремонтом.
Вот это вот "ремонт невозможно закончить, в нем можно только поставить точку".

И вот мы все танцуем и танцуем. Коллеги (вне этого проекта) уже подтрунивают, что вот мы, мол, два года пишем, а статья то где? А мы не два! мы три года уже😂😂 И уже раза два казалось, что осталось лишь дописать выводы в текст и отправлять на рецензию. А потом мы сами находили у себя слабые места.

И все это с мыслями на фоне:
— А что если кто-то сделает это раньше нас и опубликуется, и тогда можно все выкидывать в мусорку мусорный журнал?
— А что если отсутствие "конкурентов" означает тупиковость нашей идеи? что если другие уже сделали, у них не получилось и они просто решили не публиковаться?

Вот так вот, короче. Эх
Почему ученые ненавидят Индиану Джонса?

Этот текст можно посмотреть в виде видео в тиктоке или инстаграме. А в виде текста прочитать тут, на бусти или на патреоне.

Когда я была ребенком, я мечтала быть ученым, как Индиана Джонс. А когда выросла и стала ученым, захотела посильнее надавать ему по шляпе!

Привет! Я Аня — биоинформатик и специалист по анализу биологических данных.

Я специализируюсь на изучении древней ДНК и сейчас расскажу вам, почему лучше бы Индиана Джонс не попадался на пути настоящих ученых.
Во всех фильмах франшизы Индиана за чем-нибудь охотится — будь то Святой Грааль, Ковчег Завета или Хрустальный череп. Тут историки и культурологи могут рассуждать об их реальности, а точнее о реальных штуках, которые вдохновили сценаристов на выдумку таких артефактов. А я в это время буду громить чудовищные, варварские, антинаучные методы, которыми работает профессор Джонс (дорогой Харрисон Форд, не принимай на свой счет).

Нельзя сказать, чтобы сам исторический артефакт был для историков не важен. Но его научная ценность стремительно падает, как только мы бездумно извлекаем его из контекста. А тут важно ВСЕ! В каком культурном слое вещь была найдена, если ее достали при раскопках. Как вещь была расположена, чтобы понять ее назначение и использование, а еще то, кому она могла принадлежать. Только так картина прошлого складывается целиком. Сам артефакт лишь маленький кусочек огромного пазла!

Но больше всего у меня претензий к Индиане конечно как у исследователя древней ДНК. Сегодня чувствительность и точность технологий позволяет точно установить не только состав пива, которое хранилось в кувшине в гробнице, но даже рассказать, на каком лугу и в какое время года собрали для него зерна. Глиняная табличка теперь может рассказать не только о том, что на ней написано, но и какие травы росли, какие животные бегали в тех местах, откуда на нее взяли глину[1] 3000 лет назад. Да что там! Сегодня можно узнать, откуда пришли предки девушки, что 20 000 лет назад носила кулон из лосиной кости[2] и что кулон этот передавали из рук в руки. Такие малые детали складывают для нас полную картину жизни нашей планеты и наших пра-пра на ней.

Но все это было бы совершенно невозможно, если бы ученые следовали примеру Индианы Джонса в работе с находками! «Убить» ценность такого кулона можно всего лишь раз чихнув на него! Что уж говорить о приключениях артефакта во время погонь, когда он болтается в потной рубашке «ученого». Древняя ДНК очень хрупкая штука. Ее испортит изменение температуры при извлечении на поверхность из мерзлоты, пещеры или гробницы. Ее испортит попавшая влага, увеличившаяся температура. Но хуже всего придется ей от загрязнения свежей ДНК — от современных бактерий, от пробегавших мимо животных и оставленных ими фекалий, и конечно же ДНК неосторожных исследователей. Поэтому ученые в «поле» работают крайне осторожно: никаких капель пота, упавших волосков, чешуек их кожи или даже обычного дыхания. Работают в масках и защитной одежде, не допускают на раскоп посторонних. А уж что начинается в лаборатории, когда сняв внешние загрязненные слои, можно добраться до нетронутой запрятанной глубоко в объекте ДНК! Тут не только маски и стерильная одежда, ученые как в фантастических фильмах принимают обеззараживающий душ в специальных шлюзах, прежде чем войти в помещение с исследуемым объектом. А само помещение должно даже иметь отдельную от всего остального здания вентиляцию!

Тем не менее загрязнение все равно будет. Но здесь уже за работу по очистке ДНК беремся мы — биоинформатики и наши мощные вычислительные кластеры. Хотите узнать об этой части работы больше? Дайте знать в комментариях и я обязательно расскажу больше и отвечу на ваши вопросы!

Но знаете что? Не смотря ни на что, глупо не признать, сколько людей выбрали профессию ученого, насмотревшись фильмов про Индиану. А потому мы все равно будем любить эти фильмы. Ну ладно, не только потому…

[1] https://www.scientificamerican.com/article/scientists-sequence-dna-from-a-3-000-year-old-brick
[2] https://www.nature.com/articles/s41586-023-06035-2
Media is too big
VIEW IN TELEGRAM
Для тех, кто предпочитает видео, гружу и его сюда.
Слушайте, а дайте знать, так вообще надо или вы в телегу за текстами ходите, а за видео, если очень надо, откроете инсту или тикток?

Короткие вертикальные видео больше не выкладываю в ютуб (но тоже не уверена в своем решении).

В идеале хочется так:
- в тг тексты
- в инсту (и тикток, но это понятно) короткие ролики
- в ютуб длинные видео и подкаст
- на патреон и бусти видео с ютуба и длинные тексты из тг

Но это в идеале.
Все мы знаем, что технологии распознавания лиц накрепко в нашей повседневной жизни. Но как вы думаете, могут ли нейросети так же просто распознавать и животных? А если могут, как это можно было бы использовать?

Очень хочу с вами пофантазировать, а потом расскажу о том, что тут интересного нарисечила для лекции в эту пятницу (кстати, приходите, если в Ереване! В пятницу мне экстренно пришлось удалять зуб мудрости и лекцию перенесли на эту субботу, подробности по ссылке)

Жду идеи в комментарии 👻️️️️️️
Вчера уставшая яростно объясняла другу в кафе, как я заколебалась выяснять, какие останки из какой могилы вытащили (мне нужны датировки останков, а некоторые исследователи датируют сами захоронения и через них уже датируют сами останки. Но не всегда они пишут какое имя косточки вышло из какого раскопа (в некоторых случаях действительно это могилы)). Когда мужики с соседнего стола с офигевшими глазами обернулись, поняла, что что-то говорю не то 🙈️️️️️️

В начале недели рассказывала друзьям, как хочу сама "откопать этих обезглавленных римлян и обезглавить их заново", потому что ну сил никаких моих нет как семечки из коровьей лепешки выковыривать по десятку источников намеки на датировки захоронения 😤️️️️️️

Финишная прямая статьи это всегда такой цирк🙈️️️️️️
Но пасаран, короче. Гребем дальше. Символично будет закончить к Хэллоуину 😂️️️️👻️️️️️️
Вечер пятницы, но я все равно это сделаю 😂 Тут котятки из Бластима (знаю, я уже задолбала вас про них рассказывать, но они любят меня, я люблю их, так что снова расскажу ☺️) запускают хороший курс. Напомню, что проходила их курсы дважды (по анализу NGS данных), ни разу не пожалела, регулярно пользуюсь полученными там практическими знаниями. Поэтому снова смело советую.
Подробности всякие ниже 👇

▫️▪️▫️▪️▫️▪️▫️▪️▫️

🔵 Python - второй по популярности язык программирования в мире. На нем можно делать почти что-угодно в программировании: писать нейросетки, обрабатывать большие массивы данных и писать бэкенд и фронтенд программ, если потребуется.

Освоить этот универсальный инструмент можно на нашем курсе «Машинное обучение на Python для решения биоинформатических задач». Он пройдет с 15 октября по 30 ноября!

🍋Зачем стоит идти на курс:

- Вы увеличите свою конкурентоспособность на рынке труда, ведь вы узнаете, как на практике обращаться с новым инструментом.
- Откроете новые варианты развития карьеры, ведь Python можно применять в огромном количестве сфер.
- Сможете продолжать заниматься любимой наукой, только с более прокачанными навыками.

⭐️Что будем изучать:

- Научимся работать с библиотеками для анализа данных в Python: Pandas и Numpy
- Освоим классические инструменты машинного обучения и азы работы с нейросетками
- Научимся подбирать гиперпараметры и оценивать качество моделей
- Пройдем методы кластеризации и снижения размерности
- Поймем, зачем брать производную и что такое градиентный спуск
- Повторим статистику, но в этот раз на питоне.

🕸 Но это еще не все. Вот, что останется с вами после курса Blastim:

- Постоянные встречи в формате рандом-кофе с такими же студентами, как и вы. Вы узнаете, кто учился вместе с вами и заведете несколько полезных знакомств. Кто знает, может это ваш будущий коллега?
- Устроим онлайн-встречу с преподавателями курса.
- Встреча с карьерным консультантом. Он обьяснит, где можно наиболее выгодно применить новые полученные навыки.
- Онлайн-сообщество в Telegram. Если будут трудности, то сразу можно задать вопрос в беседе и у кого-нибудь обязательно найдется ответ.

👉 Переходите по ссылке. Здесь будет самая подробная информация о курсе. Ждем всех :)

Blastim
Продолжу гореть попой, пока добиваю данные на статью.
На фразу "датировка останков", наверное, почти каждый сразу ответит "ну радиоуглерод". Но это же ААААААА.

ну потому что:
Если кучка ваших косточек лежала себе 5000 лет под горкой, под деревом, под земляным холмиком, то все у вас хорошо. Погрешность будет небольшая, косточек разрушить вам хватит, чтоб и датировку снять и потом что-то археологам передать осталось.

А если косточка одна? Где палец Денисовца, я вас спрашиваю? Нет больше пальца Денисовца! (ну ладно, тут и палеогенетикам досталось чего разрушить)
А если под горкой, под деревом, под земляным холмиком половину срока стояло болото? А если река меняла свое русло и протекала там? А если каждую весну там стояла вода с горки той самой?
А если косточкам не 5000 лет, а 50000?

Вот тогда все плохо.

Поясню за теорию: вот вы сейчас живете, этот текст читаете. Ваше тело потребляет из атмосферы углерод-14 и отдает его обратно. Концентрация углерода-14 в атмосфере примерно стабильна. Как только вы умрете, ваше тело продолжит углерод-14 отдавать, а потреблять уже не сможет. Всего через 5730 лет в ваших останках будет ровно половина того углерода 14, что ожидался в них на момент смерти. Через 11460 лет половина от половины. Через 23000 лет, восьмая часть. Через 46 000 лет — шестнадцатая. С каждым годом в глубину времен считать и детектировать все сложнее, точность падает.

К этому добавим, что вообще-то во фразе "концентрация углерода-14 в атмосфере примерно стабильна" главное слово "примерно". Эта концентрация значительно меняется в связи с важными событиями, типа взрывов вулканов. А потом человечество вообще придумало атомную бомбу и ее испытания. И полетели все "примерно" к чертям на куличики. Поэтому вообще-то все радиоуглеродные датировки еще и считаются не как "от сегодня", а как "возраст от 1950 года".

Упс, мне на совещание пора. Про проблемы из-за воды и есть ли из всего этого выход, могу позже рассказать, если вам интересно будет.

Мне осталось добить данные несколькими геномами по 9 000- 10 000 лет, потому что там вышел провал. Вот меня и бомбит от датировок вида 9500-6200 BCE. 3000 лет разницы и вот думай, как из этого брать число в обучение модели 🙈️️️️️️
Привет! Ваша мастер анонсов опять протерялась🙈 Ереван! Всего через пару часов на пару с Анастасией Клешниной (мы вместе водим прогулки 18+ в зоопарк Еревана и вообще Настя жутко крутая) в рамках благотворительной книжной ярмарки проведем public talk. Обещаем, что будет интересно и практически полезно. А еще все благотворительно и деньги от фестиваля идут на помощь людям и животным.
Forwarded from Letters and Numbers Coworking, Coffee Shop and more
В рамках осеннего благотворительного книжного фестиваля приглашаем вас на public-talk с Анастасией Клешниой и Анной Ивановой: "Адаптация через познание"📖

Мир слишком быстро меняется. Новая реальность в нем — миграция. И в этой реальности всем нам придется жить. И хочется в ней жить с меньшей тревогой.

Об этом думала Анастасия Клешнина, когда писала книгу "Дикая Армения". Книгу про природу новой для нее страны — Армении, и про способ, которым Настя принимает этот мир — познавая. Ведь это делает место не только знакомым, но и ценным. Каким его хочется сберечь.

Об этом думает Анна Иванова (@lab_mouse), работая над книжкой о программах сохранения и восстановления исчезающих видов животных.

Однажды Аня и Настя создали совместный проект — прогулки в зоопарк Еревана. Чтобы там говорить о принятии новой страны, познавая ее природу. Чтобы делать свой вклад в образование и интерес к живому миру. Чтобы помогать популярности рекреационных программ. Чтобы показать, как много может сделать любой человек (например, с помощью проектов гражданской науки) для сохранения нашей планеты для следующих поколений.

Обо всем этом мы и зовем вас поговорить на public talk "Адаптация через познание".

📅 Воскресенье, 20 октября
Сбор гостей 13:45, начало 14:00
💰 Donation - любая армянская купюра

☑️ Регистрация через форму lettersandnumbers.am

Коворкинг и кофейня Letters and Numbers
📍 Туманяна, 35Г
🐕 Можно с животными