JafaRiLab
746 subscribers
160 photos
27 videos
45 files
224 links
Nothing in Biology makes truly sense except in the light of Systems Biology

Direct to admin: @MohieddinJafari
jafareem@gmail.com
Download Telegram
#مقاله_جدید_ما

عنوان:

امضای متابولیک اسیدهای آمینه در پلاسمای بیماران با ویتیلیگو غیر سگمنتال

چکیده:

- اگر چه نقش متابولیسم رنگدانه ها در بیماری زایی ویتیلیگو شناخته شده است اما پاتوژنز ویتیلیگو همچنان پیچیده بوده و تا کنون چندین احتمال برای آن پیشنهاد شده است.

- ما نقش اسیدهای آمینه در ویتیلیگو را با استفاده از رویکرد متابولومیک هدفمند بررسی کردیم.

- غلظت افتراقی اسیدهای آمینه و غلظت نسبی آنها مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. در بیماران ویتیلیگو، هشت اسید آمینه و دو غلظت نسبی از اسید آمینه ها به صورت معنی داری متفاوت از گروه سالم بودند.

- این آنالیز با در نظر گرفتن درصد درگیری سطح پوست در گروه بیماران نیز انجام شد و غلظت متفاوت یک اسید آمینه در بیماران با درگیری کمتر و بیشتر از 25 درصد مشاهده گردید.

- در نهایت، سیستئین و لیزین به عنوان کاندیدهای امیدوارکننده ای برای تشخیص و گسترش بیماری با دقت بالا در این مطالعه معرفی شدند (0.96).

- یافته های ما با سازوکار نشان داده شده قبلی ویتیلیگو، مانند کمبود تولید ملانین، افزایش فعالیت ایمنی و استرس اکسیداتیو مطابقت دارد. به علاوه، در این مطالعه شواهد جدیدی با استفاده از پروفایل اسیدهای آمینه در پلاسما برای اولین بار ارائه گردید.

مجله:
Metabolomics
(Official journal of the Metabolomic Society)

لینک های دسترسی:

https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11306-021-01843-x
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34562159/

@JafaRiLab
#از_R_لذت_ببریم

Homoscedasticity vs. Heteroscedasticity

فارغ از اینکه تلفط عباراتی که بالا نوشتم یه مقدار چالش برانگیز هست (هر کی میگه راحته می تونه صوتش را در کامنت های این پست بگذاره تا هممون یاد بگیریم 😇 البته سه بار پشت سرهم به وزن شیش سیخ جگر ... 😉)، انجام دادن این آنالیز در R خیلی راحت هست.

از طرفی اگر با مدل های رگرسیون خطی سروکار دارید یا نتایج این مدل ها را مبنای نتیجه گیری هاتون قرار می دید، فراموش نکنید بررسی اسکدستیسیتی بسیار ضروری است. برای اطلاعات بیشتر مقاله و آزمون Goldfeld-Quandt برای بررسی اسکدستیسیتی همسان یا ناهمسان که در لینک های زیر آمده را مطالعه کنید:

t.ly/3jqf
t.ly/WGS5

@JafaRiLab
#از_R_لذت_ببریم
نسخه جدید (R (4.1.2 با نام "Bird Hippie" منتشر شده است.

@jafaRilab
#از_R_لذت_ببریم

دو خط کد حیاتی!!!

برای دوستانی که از R لذت میبرند 😇 ، بسیار اتفاق افتاده که (۱) قبل از ذخیره کردن کدها و فایل های Rmd ناگهان برنامه بسته شده و کامپیوتر خاموش شده 😉 (البته بسته به مشخصات کامیپوتر، حجم داده ها و دستوری که زده میشه این اتفاق میفته) یا (۲) اینکه سهوا به صورت دستی فایل ها بدون ذخیره شدن بسته شوند (دقیقا اتفاقی که دیروز برای من افتاد بعد از یک روز کد زدن و به علت خسته شدن از جواب مطلوب نگرفتن 😅).

برای مورد اول اگر در تنظیمات پیش فرض RStudio را تغییر ندهیم با روشن کردن دوباره برنامه، فایلها به صورت خودکار ریکاوری می شوند، اما برای مورد دوم من تا دیروز هیچ راهی سراغ نداشتم.🤔

این دو خط کد، روحی تازه به کالبدم دمید و جانی دوباره یافتم (الهی نور به قبر رفتگان مینتینر (maintainer) پکیج یعنی Jonathan عزیز بباره 😇🌈):

remotes::install_github("jmcphers/rsrecovr")
rsrecovr::recovr()

اطلاعات بیشتر در مورد این پکیج را از این لینک بخوانید:

t.ly/khpP

@JafaRiLab
#آگهی

biologystudents_union
‌‌
🌐 اتحاد زیست‌شناسان ایران (مجله‌ی علمی بایوکن)، به مناسبت هفته‌ی پژوهش برگزار می‌کند:

🔵 به منظور ارتقا سطح #دانشجویان در حوزه‌های #پژوهشی از ۲۱ آذر ماه تا ۲۵ آذر ماه هر شب در یک گفتگو به صورت لایو از جنبه‌های مختلف به بررسی حوزه‌های #پژوهش می‌پردازیم و در انتهای هفته با #کارگاه اصول سرچ و آشنایی با دیتابیس‌ها #هفته_پژوهش را به اتمام می‌رسانیم.

🔷 مجموعه لایوهای چگونه #پژوهشگر شویم، با حضور اساتید برجسته‌ در حوزه‌های مختلف

در صفحه‌ی #اینستاگرام مجله‌ی #علمی بایوکن:
@biocan_magazine

@JafaRiLab
JafaRiLab pinned a photo
👇👇👇 پست زیر به درخواست یکی از همکاران آورده شده است و محتوای آن ارتباطی با آزمایشگاه ندارد 👇👇👇
Forwarded from Nɪʟᴀ
بزرگترین رویداد بین‌المللی بیوانفورماتیک کشور
با همکاری انجمن بیوانفورماتیک ایران و پردیس‌های بین‌المللی دانشگاه تهران و دانشگاه علوم پزشکی تهران در جزیره کیش
اولین کنفرانس بین‌المللی و دهمین کنفرانس ملی بیوانفورماتیک ایران
سوم تا پنجم اسفند ماه ۱۴۰۰
مهلت ارسال چکیده مقالات: ۱۹ بهمن ۱۴۰۰
وبسایت همایش: icb10.ut.ac.ir
ما را در شبکه‌های اجتماعی دنبال بفرمایید:
لینکداین:
https://www.linkedin.com/in/iranian-bioinformatics-society-ibis-8b9a65120/
تلگرام:
https://t.me/IranianBioinformaticsSociety
واتس آپ:
https://chat.whatsapp.com/IB0EGSGCiYhH2BYNJUyOGC
توییتر:
https://twitter.com/IrBioInfoSoc
اینستاگرام:
www.instagram.com/ibis1383
#پادکست

‏اپیزود پانزدهم، پنجمین اپیزود از فصل دوم پادکست منتشر شد.

این اپیزود محتوای صوتی برنامه لایو اینستاگرام به میزبانی مجموعه اتحاد زیست شناسان ایران است که در تاریخ ۲۴ آذر ۱۴۰۰ صورت گرفته است.
(پیشاپیش از برخی از نویز های ناشی از کیفیت اینترنت و غیرقابل ادیت عذرخواهی می کنم)
در مدت این برنامه در مورد مباحث زیر صحبت شد و پاسخ ها بر مبنای تجربیات شخصی من به عنوان یک پژوهشگر در حوزه علوم زیستی است:

- مهارت های مورد نیاز پژوهشگر
- نکاتی در بررسی ارزش انواع مقالات
- چگونه ارتباط گرفتن با اساتید به منظور مشارکت در طرح های ‍پژوهشی
- تفاوت پژوهشگر بودن در ایران و خارج از ایران

عنوان قسمت پانزدهم:
چگونه پژوهشگر -زیستی- شویم؟

امیدوارم مورد پسند شنوندگان پادکست قرار بگیره و نظراتتون از نحوه اجرا و محتوای این اپیزود را با ما در میان بگذارید.
برای ارسال نظرات میتوانید از طریق ادمین کانال تلگرامی یا توییتر پادکست در تماس باشید.
لینک پادکست در Google Podcast و Spotify و Anchor:

t.ly/6jqG
t.ly/i2nv
t.ly/L001

@JafaRiLab
#از_R_لذت_ببریم

اگر دوست دارید همزمان که از R لذت می برید از اپلیکیشن واتساپ با تمام محدودیت ها و مشکلاتش در مقایسه با تلگرام لذت ببرید، پیشنهاد می کنم حتما به پکیج rwhatsapp هم سر بزنید. یک دیتاست رایگان و در دسترس برای تمرین تحلیل های متن کاوی و آنالیز احساسات (Sentiment analysis) در تلفن همراه همه ماست که می توان در روابط اجتماعی از آن استفاده های مفید کرد. برای جزییات بیشتر و مشاهده مثال به این صفحه رجوع کنید:

t.ly/3YOK

@JafaRiLab
JafaRiLab pinned «ضمن خوشامدگویی به همراهان جدید و قدردانی از همراهان قدیمی کانال @JafaRiLab میخواستم توضیح بدم که غالب مطالبی که در این کانال مشاهده می کنید، شامل ۵ دسته است که با ۵ هشتک زیر نمایش داده شده و قابل جستجو هستند: #از_R_لذت_ببریم محتوای آموزشی و اطلاع رسانی…»
#از_R_لذت_ببریم

ادغام و الحاق دو جدول (یا همان فرمت دیتافریم) در R یکی از لذت بخش ترین مراحل کدنویسی است که کاربردهای بسیار زیادی داره. خصوصا زمانی که خروجی های متعددی دارید و میخواهید همه آنها را یکپارچه در یک جدول یا دیتافریم نمایش بدید. کمی آشنایی با نظریه مجموعه ها و مفهوم اشتراک، اجتماع، تفاضل متقارن و ... می تونه به شما در استفاده از دستورهای merge از پکیج base و خانواده دستورهای join از پکیج dplyr کمک شایانی بکنه. برای آشنایی بیشتر مطالعه راهنمای زیر را پیشنهاد می کنم:

t.ly/s2Sv

@JafaRiLab
#از_R_لذت_ببریم

هنوز از پاورپوینت نمی تونی دل بکنی؟
هنوز فکر می کنی که سریعترین و بهترین راه برای آماده کردن اسلایدهای یک ارائه علمی، پاورپوینته؟

بهتره به این مقاله یه سر بزنی و ببینی که به راحتی می تونی نتایج تحقیقت را به کمک زبان شیرین R به صورت های مختلف، گزارش دهی کنی از جمله پاورپوینت. فقط کافی یه مقدار وقت بگذاری و با فرمت Rmd آشنا بشی. بعدش تمرکز کاملت را بگذاری روی محتوای ارائه ات، چون R بسیاری از کارهای لازم برای قالب اسلایدها را خودکار برات فراهم می کنه. به این مقاله نگاه کن برای جزئیات بیشتر:

t.ly/fN0Q

@JafaRiLab
#یادداشت

افزایش تعداد ارجاع به مقاله پژوهشی

اهمیت تعداد ارجاع یا سایتیشن برای محققین در رشته های مختلف پوشیده نیست. جذب گرنت، استخدام در پوزیشن های شغلی جدید و حتی گرفتن ترفیع یا پروموشن در زندگی آکادمیک همگی به نوعی تحت تاثیر تعداد ارجاع قرار می گیره. البته واضحه که اگه شما در مجله مشهورتر و با ایمپکت فاکتور بالاتر بتونی مقاله ات را چاپ کنی قطعا باید انتظار سایتیشن های بیشتری داشته باشی.
اما به هر حال امروزه تمامی مقالات در بستر اینترنت منتشر می شن و آشنایی با این بستر و به طور خاص روش کار موتورهای جستجو در دیده شدن مقاله شما در وهله اول و متعاقب اون تعداد ارجاع به مقاله شما تاثیر داره. بیش از نیمی از ترافیک کتابخانه آنلاین انتشارات وایلی WILEY، از Google و Google Scholar و سایر موتورهای جستجو هست و برای همینه که امروزه ناشران و مجلات بر روی استراتژی های سئو برای کمک به بهبود استناد مقالات خود تمرکز کردن.
در این پست ویرگول، چند نکته برای افزایش ارجاع (قبل و بعد از چاپ مقاله) آوردم که در ادامه در موردش توضیح میدم....

@JafaRiLab

https://vrgl.ir/dDsVI
JafaRiLab pinned «#یادداشت افزایش تعداد ارجاع به مقاله پژوهشی اهمیت تعداد ارجاع یا سایتیشن برای محققین در رشته های مختلف پوشیده نیست. جذب گرنت، استخدام در پوزیشن های شغلی جدید و حتی گرفتن ترفیع یا پروموشن در زندگی آکادمیک همگی به نوعی تحت تاثیر تعداد ارجاع قرار می گیره.…»
#آگهی
👇👇👇
پست زیر به درخواست یکی از همکاران آورده شده است و محتوای آن ارتباطی با آزمایشگاه ندارد
👇👇👇
Forwarded from Zahra Salehi
سلسله وبینارهای آموزشی آنالیز داده های امیکس- تحلیل داده های توالی یابی کل اگزوم

فرصتی بی نظیر برای افزایش دانش و مهارت تحلیل داده

کسب توانایی تحلیل و تفسیر بالینی جهش های ژنتیکی دخیل در بیماری ها

آشنایی با تدوین گزارش بالینی در آزمایشگاه های ژنتیک

همراه با پرسش و پاسخ

زمان: 12 اسفند‌ماه 1400، ساعت 8 الی 16

برای اطلاعات بیشتر و ثبت نام، از اینجا 👇 اقدام کنید:
🔸sysbioma.com
🔸️http://instagram.com/sysbioma
🔸09050420722
🔸02188224007
#از_R_لذت_ببریم

لوله کشی کدهای R

در مورد عملگر پایپ (%<%) قبلا هم در کانال صحبت کردم که چطور کمک می کنه تا از ایجاد متغیرهای اضافی و توابع تودرتو خلاص بشیم. اما به علت اهمیت استفاده از این عملگر در داشتن کدی زیبا، تمیز و درعین حال کارآمد، پیشنهاد میدم که مقاله زیر را مرور کنید:

t.ly/YIvJ

@JafaRiLab