#آگهی
👇👇👇
پست زیر به درخواست یکی از همکاران آورده شده است و محتوای آن ارتباطی با @JafaRiLab ندارد
👇👇👇

بورسیه‌های سه‌ساله توسط Adaptmet برای سال تحصیلی 2025-2026 ارائه می‌شوند که از طریق فراخوان DN–Marie Skłodowska-Curie Actions تأمین مالی می‌گردند. ۱۶ دانشجوی دکتری با انگیزه برای همکاری در پروژه‌های تحقیقاتی انتخاب خواهند شد. برای مطالعه بیشتر به سایت زیر مراجعه کنید:

https://adaptmet.eu/recruitment/

#کتاب
#یادداشت

مخاطبان و همراهان محترم کانال،

مدتی است که برخی از همراهان محترم کانال و علاقه‌مندان به کارهای علمی از من درخواست دسترسی به تنها کتاب چاپی‌ام را داشته‌اند و از طریق مختلف پیگیر این موضوع بوده‌اند. این کتاب را سیزده سال پیش ترجمه کرده بودم و ده سال پیش به چاپ رسید و اکنون نسخه چاپی آن نایاب شده است. در آن دوران، این کتاب برای من چون همدمی علمی بود و ترجمه‌اش آغازگر مسیری در تحقیقاتی شد که تا به امروز ادامه یافته است.

اگر شرایط ایجاب می‌کرد، بدون تردید نسخه‌ای به‌روزتر از کتاب، همراه با ویرایش جدید و حل‌المسائل و اطلاعات تکمیلی در اختیار شما قرار می‌دادم. اما از آنجایی که امکان این امر از راه‌هایی که می‌شناختم فراهم نبود، تصمیم گرفتم نسخه دیجیتال آن را منتشر کنم، البته با هماهنگی با ناشر قبلی.

امیدوارم این نسخه دیجیتال، به‌ویژه برای شما که در این حوزه علاقه و اشتیاق دارید، مفید واقع شود و گامی کوچک در راه ارتقای دانش و بینش علمی شما باشد.

@JafaRiLab

#از_R_لذت_ببریم
#آگهی

🎬 مَسترکلاس پروتئومیکس حالا روی یوتیوب! 🎬

دوستان عزیز،
سال گذشته یه مَسترکلاس آنلاین درباره تحلیل داده‌های طیف‌سنجی جرمی با R برگزار کردیم که استقبال خوبی داشت. حالا خوشحالم که می‌تونم ویدیوهای این دوره رو به‌صورت رایگان روی یوتیوب در اختیارتون بذارم! 🙌🎥

🧪 توی این ۶ جلسه آموزشی سعی کردم از مبانی طیف‌سنجی جرمی گرفته تا آنالیز و پردازش داده‌ها رو به زبانی ساده و کاربردی توضیح بدم.

📌 برخی از مباحث دوره:
✅ طیف‌سنجی جرمی چطور کار می‌کنه؟
✅ چطور داده‌های خام رو پردازش کنیم؟
✅ مقایسه طیف‌ها و تحلیل داده‌های کمی

🎓 ۱۰ ساعت آموزش تخصصی حالا روی یوتیوب در دسترسه!

🔗 لینک پلی لیست مربوط به این کارگاه در کانال یوتیوب آزمایشگاه

🔗 لینک پلی لیست مربوط به معرفی نرم افزارهای ما در کانال یوتیوب آزمایشگاه

🔗 لینک پلی لیست مربوط به آخرین مقالات منتشر شده ما در کانال یوتیوب آزمایشگاه

#آگهی
👇👇👇
پست زیر به درخواست یکی از همکاران آورده شده است و محتوای آن ارتباطی با @JafaRiLab ندارد
👇👇👇

#آگهی
#یادداشت

ISW 2025 – 4th Interdisciplinary Signaling Workshop

خوشحالم که مجدد به این رویداد دعوت شدم. این کارگاه همیشه فضای فوق‌العاده‌ای برای بحث‌های علمی عمیق بوده است و متخصصانی از رشته‌های زیست‌شناسی سیستم‌ها، علوم شبکه و سیگنال‌دهی سلولی را گرد هم می‌آورد.

زمانی که اولین بار در سال 2017 در این کارگاه شرکت کردم، واقعاً از ترکیب منحصربه‌فرد علم پیشرفته، شبکه‌سازی معنی‌دار و روحیه همکاری قوی الهام گرفتم. حتی آن زمان تجربیات خودم را نوشته بودم—می‌توانید داستان کامل را اینجا بخوانید:

https://vrgl.ir/hd04G

ترکیب سخنرانان امسال، از جمله آلبرت-لاسلو باراباشی، ادواردو ویلا بلانکا، فالک هیلدبراند و بسیاری دیگر، وعده بینش‌های عمیق‌تر و دیدگاه‌های تازه و هیجان‌انگیزی را می‌دهد.

کارگاه‌هایی مثل این بیشتر از یک کنفرانس هستند—آن‌ها فرصتی برای ارتباط با ذهن‌های درخشان، ایجاد ایده‌های نو و تقویت همکاری‌هایی هستند که فراتر از این رویداد ادامه پیدا می‌کنند. اگر به تحقیق در زمینه سیگنال‌دهی و علوم بین‌رشته‌ای علاقه‌مندید، قطعاً این تجربه‌ای است که باید امتحان کنید.

🔗 برای جزئیات بیشتر:
2025.signalingworkshop.org
🔗 فهرست سخنرانان:
2025.signalingworkshop.org/speakers.php

#آگهی

🔹 فرصت ویژه برای پژوهشگران مقیم آمریکا! 🔹

دانشگاه هلسینکی برنامه‌ی بورسیه‌ی پژوهشی کوتاه‌مدت را برای گسترش همکاری‌های علمی میان محققان UH و پژوهشگران آمریکایی راه‌اندازی کرده است! 🌍✨

✅ مدت زمان: ۲ تا ۹ ماه متوالی (پاییز ۲۰۲۵ – بهار ۲۰۲۶)
✅ مبلغ بورسیه: ۴,۰۰۰ یورو در ماه
✅ میزبان: یک پژوهشگر دارای جایگاه PI در UH
✅ مهلت ارسال درخواست: ۱۴ آوریل ۲۰۲۵❗️❗️❗️

اگر علاقه‌مند هستید، حتماً با من تماس بگیرید تا اطلاعات بیشتری در اختیارتان بگذارم! این یک فرصت عالی برای گسترش شبکه‌ی پژوهشی و همکاری‌های علمی بین‌المللی است. 📩

@JafaRiLab

#مقاله_جدید_ما

عنوان:
پایش تغییرات پس از ترجمه عملکردی با استفاده از یک خط لوله اطلاعاتی پروتئوم داده‌محور

چکیده:

🔬📊 خوشحالیم که می‌توانیم جدیدترین مقاله خود را در مورد تحلیل تغییرات پس از ترجمه (PTMs) با استفاده از یک خط لوله اطلاعاتی نوآورانه به اشتراک بگذاریم!

🧬 تغییرات پس از ترجمه نقش کلیدی در انتقال سیگنال‌های سلولی و فرآیندهای بیماری‌زا دارند. در این تحقیق، ما یک روش محاسباتی جدید ارائه دادیم که بدون نیاز به اطلاعات اولیه، تغییرات مرتبط را پیش‌بینی و تحلیل می‌کند. این رویکرد امکان شناسایی دقیق‌تر تغییرات عملکردی و درک بهتر مکانیسم‌های بیماری را فراهم می‌کند.

💡 به عنوان یک کاربرد عملی، از این خط لوله برای مطالعه گلیکوپروتئومیک در سرطان سلول سنگفرشی دهان و شناسایی تغییرات ناشی از داروهای مهارکننده چندکینازی استفاده کردیم. نتایج نشان داد که این روش می‌تواند تغییرات مهمی را که در جستجوهای اولیه شناسایی نشده‌اند، تشخیص دهد.

🧪 یافته‌های ما نشان می‌دهد که ادغام تحلیل‌های محاسباتی در موتورهای جستجوی پروتئومیک می‌تواند به بهبود شناسایی تغییرات پس از ترجمه کمک کند و راه را برای تحقیقات آینده در این زمینه هموار سازد.

مجله:
Proteomics
Proteomics and Systems Biology

📖 مقاله کامل را در اینجا مطالعه کنید.

@JafaRiLab

#از_R_لذت_ببریم

نسخه جدید (R (4.5.0 با نام "how about a twenty-six" منتشر شده است.

@jafaRilab

#از_R_لذت_ببریم
#یادداشت

📢 از تاریخ تا تحلیل داده‌ها

🔹داستان Bruno Ponne، دانشجوی سیاست عمومی که از یک علاقه‌مند به تاریخ به یک تحلیلگر داده با زبان برنامه نویسی R تبدیل شد، نشان می‌دهد که چگونه یادگیری مهارت‌های جدید می‌تواند مسیر زندگی و حرفه‌ای شما را دگرگون کند!

📌 نکات کلیدی از تجربه Bruno:
✅ اولین چالش‌ها با R و تبدیل شکست‌ها به فرصت‌های یادگیری.
✅ کشف DataCamp و نقش آن در تسلط بر R و آمار.
✅ تأثیر پاندمی روی یادگیری عمیق‌تر برنامه‌نویسی.
✅ استفاده از هوش مصنوعی برای خطایابی، بدون وابستگی به آن.
✅ انجام پایان‌نامه با R و ورود به دنیای Git و GitHub.

💡 پیام اصلی:
"یادگیری R ممکن است در ابتدا سخت به نظر برسد، اما با پشتکار و استفاده از منابع درست، نه‌تنها ممکن است، بلکه می‌تواند زندگی حرفه‌ای شما را متحول کند!"

📖 متن کامل این داستان الهام‌بخش را اینجا بخوانید:
لینک به مطلب اصلی

@JafaRiLab

#یادداشت

https://www.linkedin.com/posts/mohieddinjafari_proteomics-massspec-raceday-activity-7333514137282490368-IXdz?utm_source=share&utm_medium=member_desktop&rcm=ACoAAA5GseEBOFoe5Ul6gAujo31BYEGmb2uiD6Q

#یادداشت

📚 چرا تدریس در دانشگاه برای من معنا دارد؟ 🎓

به عنوان یک پژوهشگر، همیشه به این موضوع فکر می‌کنم که مسیر دانشگاهی در مقایسه با صنعت چه چیزی را ارائه می‌دهد. شاید در نگاه اول، مشاغل صنعتی جذاب‌تر به نظر برسند—با درآمد بالاتر و امکانات بیشتر. اما چیزی که به مسیر آکادمیک من عمق و معنا می‌بخشد، نه فقط پژوهش، بلکه تدریس و تعامل با دانشجویان است.

واقعیت این است که بدون تدریس، کار پژوهشی در دانشگاه ممکن است تنها نسخه‌ای کم‌درآمدتر از تحقیق در صنعت باشد. اما همراهی با دانشجویان، دیدن رشد فکری آن‌ها، و شنیدن بازتاب یادگیری‌شان، چیزی است که شاید محیط صنعتی نمی‌تواند جایگزین آن باشد.

اخیراً بازخوردهایی ناشناس از دانشجویانم در یک دوره آموزشی در حوزه پروتئومیکس دریافت کردم که برای من بسیار ارزشمند بود:

🗣 «این دوره واقعاً به من کمک کرد. دانش من از ۵ به ۷۰ رسید... حالا پروژه دکتری‌ام را خیلی بهتر می‌فهمم.»

🗣 «نمی‌دانستم بیوانفورماتیک یا R چیست، ولی حالا هم ابزارهای جدیدی یاد گرفتم و هم علاقه‌مند شدم.»

🗣 «اینکه یادگیری را در یک پروژه واقعی پیاده‌سازی کنیم، خیلی به درک عمیق‌تر مفاهیم کمک کرد.»

🗣 «پیش از این، فقط نمونه‌ام را به آزمایشگاه می‌فرستادم؛ حالا دقیقاً می‌دانم با داده خام چه کنم و اطلاعات نهایی چطور تولید می‌شود.»

این جملات برای من فقط بازخورد نیستند—بلکه یادآوری‌هایی‌اند از اینکه چرا هنوز این مسیر را با علاقه ادامه می‌دهم. تعامل با دانشجویان، انتقال تجربه، و دیدن اثر مثبت یادگیری چیزی است که مطمئن نیستم که موقعیت های شغلی در صنعت بتواند جای آن را بگیرد.

https://www.linkedin.com/posts/mohieddinjafari_academia-highereducation-bioinformatics-activity-7337841016017772544-KjkC?utm_source=share&utm_medium=member_desktop&rcm=ACoAAA5GseEBOFoe5Ul6gAujo31BYEGmb2uiD6Q

#یادداشت

به مطلبی برخوردم که اگرچه خیلی تازه نیست (منتشرشده در سال ۲۰۲۰)، اما چون دیدم هنوز برخی از همکاران از تأثیر انتشار پژوهش‌ها در سرورهای پیش‌چاپ (Preprint servers) مطلع نیستند یا اهمیت آن را دست‌کم می‌گیرند، تصمیم گرفتم خلاصه‌ای از آن را اینجا به اشتراک بگذارم.

✍️ پیش‌چاپ‌ها و تأثیر آن‌ها
در یک مطالعه‌، محققان داده‌های پیش‌چاپ‌های bioRxiv بین نوامبر ۲۰۱۳ تا دسامبر ۲۰۱۷ را با مقالات منتشرشده‌ی بعدی در مجلات داوری‌شده مقایسه کردند و نتایج زیر را به دست آوردند:

🔹 افزایش ارجاعات (Citations): مقالاتی که ابتدا به‌صورت پیش‌چاپ منتشر شده بودند، به‌طور میانگین حدود ۷ ارجاع دریافت کردند، در حالی که مقالات بدون پیش‌چاپ حدود ۴ ارجاع داشتند.
🔹 افزایش اشتراک‌گذاری آنلاین (Altmetric): این پیش‌چاپ‌ها در توییتر، وبلاگ‌ها و سایر شبکه‌های علمی بیشتر مورد بحث و بازنشر قرار گرفتند.
🔹 ارجاعات مستقیم به پیش‌چاپ‌ها: حتی پیش‌چاپ‌هایی که هنوز در مجلات منتشر نشده‌اند، در مقالات علمی دیگر مستقیماً ارجاع داده شده‌اند.

لینک خلاصه مطلب:
tinyurl.com/2947thpc
لینک اصلی مقاله:
tinyurl.com/29cw4kz8

@JafaRiLab
https://vrgl.ir/YcGGz