의제매입세액공제는 농축수산물을 면세로 구입해 부가가치세가 과세되는 재화를 제조·가공하는 사업자에게 일정 금액을 매입세액으로 공제해주는 제도다. 농수산물 구입 시 부가세를 내지 않아 발생하는 세액 불균형을 해소하기 위한 조치로, 자영업자들에게는 실질적인 세 부담 경감 효과가 컸다.

업종별로 살펴보면 음식점업 개인사업자의 경우 과세표준 1억원 이하는 현재 75%에서 50%로, 2억원 이하는 70%에서 50%로 공제율이 축소된다. 제조업 분야도 마찬가지로 2억원 이하 개인사업자는 65%에서 50%로 공제 혜택이 줄어든다.

법인사업자들도 예외는 아니다. 모든 과세표준 구간에서 현행 50%에서 30%로 공제율이 20%포인트 대폭 하락한다. 특히 농수산물을 주원료로 사용하는 식품가공업체나 대형 음식점 체인의 경우 상당한 세 부담 증가가 불가피할 것으로 보인다.