بیوانفورماتیک و لینوکس
بیوانفورماتیک تعاریف مختلف و گسترده ای دارد ولی در نظر گرفتن این رشته به عنوان رابطی بین کاربرد ریاضیات، محاسبات و آمار برای آنالیز اطلاعات بیولوژیکی در بین تمام آنها مشترک است. هدف بیوانفورماتیک ایجاد دیدگاههای جدید در بیولوژی و قابل درک تر کردن آن است. بیوانفورماتیک در زمینه تحقیقات ژنوم انسان بسیار مهم است. این به دلیل اهمیت و گسترش فناوری های اندازه گیری با مقیاس بزرگ مانند ریزآرایه ها، توالی یابی DNA، و متابولومیکس می باشد. نرم افزارها و سخت افزارهای مبتنی برلینوکس کمک قابل توجهی به بیوانفورماتیک کرده اند. ابزارهای زیادی تحت مجوز متن باز برای بیوانفورماتیک در لینوکس موجود هستند. در این مجموعه از پست ها قصد داریم شما را با تعدادی از این نرم افزارها در زمینه های آنالیز توالی، مدل سازی مولکولی، دینامیک مولکولی، آنالیز فیلوژنتیک و... آشنا کنیم.
با ژن فن همراه باشید
#linux
#bioinformatics
@genomefan

1.Bioconductor
احتمالا زیاد اسمش رو شنیدید و شاید باهاش کار هم کرده باشید. این ابزار بطور گسترده ای در پلتفرم لینوکس مورد استفاده قرار می گیرد و یک ابزار بیوانفورماتیکی منبع باز و آزاد است که بطور منسجم در زیست پزشکی برای آنالیز های با توان بالا کاربرد دارد. عمدتا از زبان برنامه نویسی R استفاده ولی از زبان های برنامه نویسی دیگرهم پشتیبانی می کند.
از ویژگی های Bioconductor می شود به گستردگی نوع داده هایی که آنالیز می کند، از آرایه های اولیگونوکلئوتیدی، آنالیز توالی ها و فلوسایتومتری تا تصویر سازی های قوی برای داده ها اشاره کرد. همچنین این ابزار، بسته های نرم افزاری جهت آنالیز بیان ژن مانند Limma، cDNA Arrays، Affy Arrays، Digital Gene Expression دارد.
اگر علاقه دارید که بیشتر با bioconductor آشنا بشید، ویدئو زیر را تماشا کنید.
#linux
#bioinformatics
#bioconductor
@genomefan

Introduction To Bioconductor #linux
#bioinformatics
#bioconductor
@genomefan

2.geWorkbench
این ابزار به عنوان یک میز کار ژنومی بر پایه ی جاوا، یکی از کاربردی ترین برنامه های بیوانفورماتیکی لینوکس است. این نرم افزار بیش از 70 پلاگین مختلف برای کارهای متفاوت دارد از جمله تصویر سازی و آنالیز داده های توالی. از مزایای geWorkbench می توان به وجود ابزار هایی برای آنالیز های محاسباتی نظیر t-test، self-organizing map و hierarchial clustering اشاره کرد. همچنین ابزارهایی جهت بررسی شبکه های میانکنش مولکول ها، ساختارهای پروتئینی و pathwayها را نیز دارا می باشد.
#linux
#bioinformatics
@genomefan

3.Biopython
🔴ابزار بیوانفورماتیکی Biopython که توسط یک تیم بین المللی توسعه دهنده ایجاد شده و مبتنی بر برنامه پایتون نوشته شده است ، برای محاسبه بیولوژیکی استفاده می شود. این ابزار دسترسی گسترده ای را ارائه می دهد. BLAST ، Clustalw ، FASTA ، Genbank و دسترسی به خدمات آنلاین مانند NCBI و Expasy را امکان پذیر می کند.
#linux
#bioinformatics
@genomefan

4.GROMACS
🔵یک شبیه ساز مولکولی پویا است. این بسته تطبیق پذیر است و می تواند روی دینامیک مولکولی کار کند. برای مثال؛ می تواند معادله حرکت نیوتن را از صدها تا هزاران ذره شبیه سازی کند. در مرحله اول ، برنامه ریزی شده بود تا روی مولکول های بیوشیمیایی ، یعنی پروتئین و چربی هایی که با فعل و انفعالات پیچیده پیوند خورده اند ، کار کند.

#linux
#bioinformatics
@genomefan

🐧لینوکس یا گنو/لینوکس روز به روز بیشتر مورد استفاده ما قرار میگیره.
از موبایل ها تا تلویزیون های هوشمند و سرور های بزرگ همگی در حال استفاده از لینوکس هستند.

در این پست سعی شده به بخشی از سوالات شما عزیزان در رابطه با لینوکس و چرایی لزوم یادگیری آن برای بیولوژیست ها پاسخ داده بشه.

امیدواریم که این پست برای شما مفید باشه🙏
اگر مطلب رو مفید دیدید لطفا برای دوستان خودتون هم فوروارد کنید

#linux
#bioinformatics
@genomefan