📝پاسخنامه تشریحی آزمون جامع تألیفی ۱۱.

💯 تست‌ها از کانال VIP و پاسخ‌نامه تشریحی از جزوه‌ها.

🔒 رمز فایل (حروف بزرگ و کوچک رعایت شود): GeneticsAS

موفق باشید 🥇


✨ جهت ثبت‌نام در دوره برنامه‌ریزی و مشاوره ۱۴۰۶ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆رتبه‌ها - مصاحبه‌ها🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#آزمون
#آزمون_جامع

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠⚡️🔠🔠

📝 دوستان این فایل حاوی تمامی سوالات خارج از امری به همراه پاسخ‌نامه کاملا تشریحی از سال ۹۹ تا ۱۴۰۴ هست؛ دوستانی که فرصت نکردن سوالات کنکور از منابع دیگه ژنتیک رو کار کنن، این فایل رو خوب بخونن 🌹

💯 همین‌طور می‌تونید جزوه تمام سوالات ژنتیک ۱۲ سال اخیر رو به همراه پاسخ‌نامه کاملا تشریحی تهیه کنید.

🔒 رمز فایل (حروف بزرگ و کوچک رعایت شود): GeneticsAS

موفق باشید 🥇


✨ جهت ثبت‌نام در دوره برنامه‌ریزی و مشاوره ۱۴۰۶ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆رتبه‌ها - مصاحبه‌ها🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠⚡️🔠🔠

🟡 لیست آپدیت‌شده از بهترین ویدیوهای آموزشی یوتوب در رابطه با تکنیک‌های آزمایشگاهی، بیوانفورماتیک و مهارت‌های مربوط به بایولوژی (آپدیت یازدهم) 👈


🤔 تکنیک‌های آزمایشگاهی 👈

🖥 تکنیک PCR (تئوری)
🖥 تکنیک PCR (عملی)
🖥 تکنیک Real-time PCR (تئوری)
🖥 تکنیک Real-time PCR (عملی)
🖥 تکنیک ARMS PCR (تئوری)
🖥 تکنیک Tetra ARMS PCR (تئوری)
🖥 تکنیک Hot start PCR (تئوری)
🖥 تکنیک Nested PCR (تئوری)
🖥 تکنیک Nested PCR (تئوری و عملی)
🖥 تکنیک Droplet Digital PCR
🖥 تکنیک RFLP (تئوری)
🖥 تکنیک Southern Blot (تئوری)
🖥 تکنیک Northern Blot (تئوری)
🖥 تکنیک Gel Electrophoresis (تئوری)
🖥 تکنیک Gel Electrophoresis (عملی)
🖥 تکنیک DNA Microarray (تئوری)
🖥 تکنیک Methylation Microarray (تئوری)
🖥 تکنیک Sanger Sequencing (تئوری)
🖥 تکنیک Pyrosequencing (تئوری)
🖥 تکنیک Ion Torrent (تئوری)
🖥 تکنیک Illumina Sequencing (تئوری)
🖥 تکنیک PacBio Sequencing (تئوری)
🖥 تکنیک Oxford Nanopore Sequencing
🖥 تکنیک Bisulfite sequencing (تئوری)
🖥 تکنیک Single cell RNA-seq (تئوری) (۱)
🖥 تکنیک Single cell RNA-seq (تئوری) (۲)
🖥 تکنیک CUT & RUN
🖥 تکنیک CUT & TAG
🖥 تکنیک فلوسایتومتری (تئوری)
🖥 تکنیک CRISPR-Cas9 (تئوری)
🖥 تکنیک ChIP-Seq (تئوری)
🖥 تکنیک ATAC-Seq با توضیحات کوتاه (تئوری)
🖥 تکنیک ATAC-Seq با توضیحات تکمیلی (تئوری)
🖥 تکنیک Hi-C
🖥 تکنیک FISH (تئوری)
🖥 استخراج RNA با استفاده از trizol (تئوری)
🖥 استخراج RNA با استفاده از trizol (عملی)
🖥 سنتز cDNA (تئوری)


🤔 دیتابیس‌های زیستی 👈

🖥 دیتابیس NCBI
🖥 دیتابیس UCSC
🖥 دیتابیس TCGA
🖥 پلی‌لیست آموزش کامل دیتابیس TCGA
🖥 دیتابیس Xena Browser
🖥 دیتابیس Enrichr
🖥 آدیتابیس gprofiler
🖥 دیتابیس DAVID
🖥 دیتابیس STRING
🖥 دیتابیس miR2Disease
🖥 دیتابیس‌های TargetScan، miRDB و RNA22


🤔 مهارت‌های برنامه‌نویسی 👈

🖥 آموزش زبان برنامه‌نویسی R سطح مبتدی
🖥 آموزش زبان برنامه‌نویسی Python سطح مبتدی
🖥 آموزش کتابخانه numpy در پایتون
🖥 آموزش کتابخانه pandas در پایتون
🖥 آموزش کتابخانه matplotlib در پایتون
🖥 آموزش پکیج ggplot2 در R
🖥 آموزش پکیج dplyr در R
🖥 پلی‌لیست آموزش پکیج stringr در R
🖥 آموزش نصب سیستم عامل Linux ubuntu
🖥 آموزش نصب ماشین مجازی در ویندوز
🖥 آموزش کامندهای لینوکس (دوره کامل)
🖥 آموزش کامندهای ضروری لینوکس (در ده دقیقه)
🖥 پلی‌لیست آموزش Shell Scripting در لینوکس
🖥 کامندهای ضروری Git


🤔 مهارت‌های بیوانفورماتیکی 👈

🖥 طراحی پرایمر PCR با استفاده از ابزار primer blast دیتابیس NCBI
🖥 طراحی پرایمر PCR با وبسایت Primer3plus
🖥 طراحی پرایمر Real-time PCR با ابزار primer blast دیتابیس NCBI
🖥 بررسی اختصاصیت پرایمر طراحی‌شده با primer blast دیتابیس NCBI
🖥 بررسی اختصاصیت پرایمر طراحی‌شده با in silico PCR دیتابیس UCSC
🖥 آشنایی با مفهوم Gene Ontology
🖥 آشنایی با آنالیز Pathway
🖥 نحوه‌ی دانلود دیتاهای سرطان از دیتابیس TCGA
🖥 آنالیز دیتای Microarray با ابزار GEO2R
🖥 آنالیز دیتای Microarray با پکیج affy در زبان برنامه‌نویسی R
🖥 آنالیز Gene Ontology پکیج custerProfiler در زبان‌ برنامه‌نوسی R
🖥 آنالیز دیتای فلوسایتومتری با نرم‌افزار Flowjo
🖥 آموزش آنالیز شبکه هم‌بیانی وزن‌دار (WGCNA)
🖥 توضیحات تئوری پکیج DESeq2 برای آنالیز RNA-seq
🖥 کار با پکیج DESeq2 برای آنالیز RNA-seq (پارت 1)
🖥 کار با پکیج DESeq2 برای آنالیز RNA-seq (پارت 2)
🖥 معرفی فایل‌های SAM و BAM
🖥 پلی‌لیست آموزش ابزار samtools
🖥 معرفی فایل‌های تولیدشده در آنالیز ChIP-seq
🖥 آنالیز دیتای ChIP-seq در R
🖥 مجموعه ویدیوهای آمار و آمار زیستی
🖥 مجموعه ویدیوهای تئوری آنالیز بقا (Survival analysis)
🖥 انجام آنالیز بقا در زبان برنامه‌نویسی R
🖥 مفهوم Mendelian Randomization
🖥 آنالیز دیتای Methylation array با پکیج minfi در R
🖥 مفهوم Spatial transcriptomics
🖥 مجموعه ویدیوهای آموزش Graphpad Prism
🖥 مجموعه ویدیوهای آموزش Graphpad Prism (فارسی)

💬 توجه: دوستان زیرنویس انگلیسی برای همه‌ی این ویدیوها اکتیو هست و می‌تونید برای یادگیری بهتر ازش استفاده کنید. دوستانی که ویدیوهای بهتر تو یوتوب یا جاهای دیگه دیدن، می‌تونن لینکش رو برام بفرستن که من تو این لیست قرار بدم. همین‌طور این لیست به مرور زمان آپدیت می‌شه و ویدیوهای تخصصی‌تر، مخصوصا تو حوزه بیوانفورماتیک که خودم‌ ازشون استفاده کردم، به لیست اضافه می‌شن.


✨ جهت ثبت‌نام در دوره برنامه‌ریزی و مشاوره ۱۴۰۶ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#تکنیک
#ویدیو_آموزشی

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

📝پاسخنامه تشریحی آزمون جامع تألیفی ۱۲.

💯 تست‌ها از کانال VIP و پاسخ‌نامه تشریحی از جزوه‌ها.

🔒 رمز فایل (حروف بزرگ و کوچک رعایت شود): GeneticsAS

موفق باشید 🥇


✨ جهت ثبت‌نام در دوره برنامه‌ریزی و مشاوره ۱۴۰۶ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆رتبه‌ها - مصاحبه‌ها🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#آزمون
#آزمون_جامع

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠⚡️🔠🔠

درود به همه دوستان 🌱

💯 تا الان حدود ۲۵۰ تست از مباحث مهم جرد، استراخان و تامپسون با پاسخ‌نامه کاملا تشریحی و نکات مهم تو کانال تست VIP قرار گرفته و این روند تا روز کنکور ادامه داره؛ اگه احساس می‌کنید هنوز روی این رفرنس‌ها تسلط کافی ندارید، این تست‌ها می‌تونن فرصت خیلی خوبی برای مرور، تثبیت مطالب و آشنایی با نکات مهم و تستی باشن.

💯 و اما دوستانی که تو پنج کوییز آخر کانال، رتبه ۱ تا ۱۰ رو کسب کردند، بهم پیام بدن تا کانال تست VIP با هزینه‌ای فوق‌العاده کم در اختیارشون قرار داده بشه.


✨ جهت ثبت‌نام در دوره برنامه‌ریزی و مشاوره ۱۴۰۶ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆رتبه‌ها - مصاحبه‌ها🏆


کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠⚡️🔠🔠

📝 دوستان، این فایل شامل تمامی سوالات ژنتیک پنج سال اخیر به همراه پاسخ‌نامه‌های تشریحی است؛ پاسخ‌نامه‌هایی که هر سال به‌صورت پراکنده تو کانال قرار داده بودم رو حالا به صورت یک‌جا دارید. این یک ماه خیلی بدردتون می‌خوره 🙂

💯 و اینکه دیگه آخرین فرصت خوندن منابع غیرامری هست؛ اگه هنوز منابع غیرامری رو نخوندید، همچنان فرصت دارید و می‌تونید با تهیه کانال تست VIP از زمان باقی‌مونده استفاده کنید.

🔒 رمز فایل (حروف بزرگ و کوچک رعایت شود): GeneticsAS

موفق باشید 🥇


✨ جهت ثبت‌نام در دوره برنامه‌ریزی و مشاوره ۱۴۰۶ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆رتبه‌ها - مصاحبه‌ها🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠⚡️🔠🔠

🔍 ثبت‌نام مجدد و ویرایش اطلاعات آزمون کارشناسی ارشد وزارت بهداشت ۱۴۰۵ آغاز شد.

لینک ثبت‌نام:
https://arshad4.sanjeshp.ir/1405/startpage.aspx
‼️مهلت ثبت‌نام: تا ۶ مهر.


#اخبار
#کارشناسی_ارشد
#وزارت_بهداشت

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠⚡️🔠🔠

📌 آموزش اجرای Mendelian Randomization (MR) با R؛ از دریافت GWAS تا تحلیل و بررسی حساسیت

🔴 توضیحات ◀️

🔴 دوستان در "این پست"، در مورد MR توضیحات ابتدایی ارائه شد؛ تو یه ورک‌فلو استاندارد برای اجرای MR، ابتدا SNPهای مناسب به عنوان ابزار ژنتیکی برای Exposure انتخاب می‌شن، بعد اثر همین SNPها روی Outcome استخراج می‌شه؛ سپس، دو مجموعه داده از نظر آلل‌ها Harmonise می‌شن و در نهایت MR با روش‌هایی مثل IVW، MR-Egger، Weighted Median و Weighted Mode انجام می‌شه. در ادامه یک ورک‌فلو عملی برای بررسی رابطه BMI و Coronary Artery Disease/Heart Disease با استفاده از دیتابیس OpenGWAS و پکیج TwoSampleMR آورده شده.

1️⃣ نصب و ایمپوت پکیج‌ها.

remotes::install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")
library(TwoSampleMR)
library(data.table)
library(dplyr)
library(ggplot2)
library(forestploter)
library(MRPRESSO)
library(ieugwasr)

2️⃣ اتصال به OpenGWAS؛ برای اتصال به دیتابیس OpenGWAS به ساخت اکانت و تولید یک API نیاز دارید. برای این کار ابتدا وارد سایت api.opengwas.io/profile/ بشید و با یک ایمیل آکادمیک، ثبت‌نام کنید؛ لینک تأیید به ایمیل‌تون ارسال می‌شه و با زدن این لینک، می‌تونید وارد پروفایل‌تون در OpenGWAS بشید. در قدم بعد، از قسمت Token (JWT)، توکن مخصوص خودتون رو کپی کنید. بعد با کد زیر، یک .Renviron بسازید و مراحل گفته شده رو انجام بدید.

file.edit("~/.Renviron")
OPENGWAS_JWT=copy your token!
Save!
Restart R!

می‌تونید توکن خودتون رو چک کنید.

ieugwasr::get_opengwas_jwt() 
ieugwasr::user()

3️⃣ انتخاب GWAS مناسب؛ در این آموزش، BMI به عنوان Exposure و Coronary Artery Disease (CAD) به عنوان Outcome در نظر گرفته شده.

ao <- available_outcomes() 
bmi_gwas <- ao[grepl("body mass index|BMI", ao$trait, ignore.case = TRUE), ] 
cad_gwas <- ao[grepl("coronary artery disease | coronary heart disease", ao$trait, ignore.case = TRUE), ]

4️⃣ انتخاب SNPهای Instrument؛ تو این مثال SNPهای مرتبط با BMI انتخاب می‌شن.

exposure_dat <- extract_instruments(outcomes = "ieu-b-40", p1 = 5e-8, clump = 1, r2 = 0.001, kb = 10000)

5️⃣ استخراج اثر SNPها روی Outcome؛ تو این مرحله اثر همون SNPهای انتخاب‌شده روی Outcome استخراج می‌شه.

outcome_dat <- extract_outcome_data(snps = exposure_dat$SNP, outcomes = "ieu-a-8", proxies = TRUE)

6️⃣ هماهنگ کردن آلل‌ها یا Harmonisation؛ این مرحله خیلی مهمه، چون باید اثر SNP روی Exposure و Outcome نسبت به یک آلل یکسان تعریف شده باشه.

dat <- harmonise_data(exposure_dat = exposure_dat, outcome_dat = outcome_dat, action = 2) 
dat_mr <- dat[ dat$mr_keep == TRUE, ]

7️⃣ اجرای MR.

mr_results <- mr(dat = dat_mr, method_list = c( "mr_ivw", "mr_egger_regression", "mr_weighted_median", "mr_weighted_mode"))
mr_results

8️⃣ تبدیل β به Odds Ratio.

mr_results$OR <- exp(mr_results$b)
mr_results$OR_lower <- exp( mr_results$b - 1.96 * mr_results$se) 
mr_results$OR_upper <- exp( mr_results$b + 1.96 * mr_results$se)

9️⃣ آنالیز Sensitivity؛ برای اینکه فقط به نتیجه اصلی MR اکتفا نکنیم، چندتا آنالیز حساسیت مهم انجام می‌دیم.

# Leave-One-Out (LOO)
loo <- mr_leaveoneout(dat_mr)
mr_leaveoneout_plot(loo)

# Heterogeneity
mr_heterogeneity(dat_mr)

# Horizontal Pleiotropy
mr_pleiotropy_test(dat_mr)

0️⃣1️⃣ روش MR-PRESSO و بررسی Outlierها.

mr_presso_result <- mr_presso(BetaOutcome = "beta.outcome", BetaExposure = "beta.exposure", SdOutcome = "se.outcome", SdExposure = "se.exposure", OUTLIERtest = TRUE, DISTORTIONtest = TRUE, data = dat_mr, NbDistribution = 1000, SignifThreshold = 0.05)

🔴 دوستان آنالیز MR پیچیدگی‌ها و مفاهیم خاص خودش رو داره که تو این پست کاور نشد؛ اما این ورک‌فلو برای یه آنالیز استاندارد، کافیه. با این حال اگه به ارور خاصی برخورد کردید یا سوالی در مورد انتخاب دیتاست GWAS، گرفتن توکن OpenGWAS یا مفاهیم آنالیز حساسیت داشتید، می‌تونید از من بپرسید.


✨ جهت ثبت‌نام در دوره برنامه‌ریزی و مشاوره ۱۴۰۶ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید: @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید: 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#بیوانفورماتیک

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠