🔍 ثبت‌نام آزمون ارشد وزارت علوم ۱۴۰۵ شروع شد.

لینک ثبت‌نام:
https://register1.sanjesh.org/nrgarshad405/

⬅️ مهلت ثبت‌نام: تا ۲۳ آذر
⬅️ تاریخ برگزاری آزمون: ۱۷ و ۱۸ اردیبهشت ۱۴۰۵


#اخبار
#ارشد
#وزارت_علوم

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

⚡️ پارت دوم (آخر) جدول اختلالات مرتبط با سیستم ایمنی (پارت اول) 💯

⚡️ اگر هم می‌خواید به پست‌ها و نکات درسی کامل این فصل دسترسی داشته باشید، هشتگ #ایمونوژنتیک رو دنبال کنید (پست اول).

🔒 رمز فایل (حروف بزرگ و کوچک رعایت شود): GeneticsAS


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

✅ بیماری نفرونوفتیزیس و کلیه کیستیک مدولاری (بسیار مهم).

💯 مباحث از جزوه جامع و جمع‌بندی امری اکسترکشن.


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#امری
#بیماری‌های_تک‌ژنی
#پارت۲۰

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

✅ سندرم آلپورت (بسیار مهم؛ احتمال طرح تست برای کنکور بعد).

💯 مباحث از جزوه جامع و جمع‌بندی امری اکسترکشن.


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#امری
#بیماری‌های_تک‌ژنی
#پارت۲۰

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

📌 اشتراک‌گیری بین مجموعه‌ها با UpSet plot

🔴 توضیحات ◀️

🔴 گاهی اوقات در تحلیل داده‌ها نیاز داریم ببینیم چند عنصر بین مجموعه‌های مختلف، مشترک هستن؛ به‌عبارت دیگه، می‌خوایم رابطه و همپوشانی بین مجموعه‌ها رو بررسی کنیم. این کار به ما کمک می‌کنه الگوهای جالبی در داده‌ها کشف کنیم؛ مثل ژن‌هایی که بین چندین شرایط آزمایشی مشترک هستن.

🟢 یکی از رایج‌ترین روش‌ها برای نمایش همپوشانی و اشتراک بین مجموعه‌ها، نمودار وِن است. در این نمودارها، هر مجموعه با یک دایره نمایش داده شده و نواحی اشتراک، نشان‌دهنده عناصر مشترک بین مجموعه‌ها هستن. با توجه به اینکه نمودار وِن ساده هس، می‌شه اون رو سریع‌تر درک کرد و همین‌طور برای ۲ تا ۴ مجموعه مناسب‌تره. اما با افزایش تعداد مجموعه‌ها، نمودار شلوغ و گیج‌کننده و مقایسه دقیق تعداد عناصر مشترک سخت می‌شه.

🟠 نمودار UpSet یک جایگزین قوی برای نمودارهای وِن هست، مخصوصاً وقتی تعداد مجموعه‌ها زیاد باشه. در این نمودار مجموعه‌ها به صورت سطر و ترکیب‌های اشتراک در ستون‌ها نشان داده می‌شن. ارتفاع ستون هم نشون‌دهنده تعداد عناصر در هر اشتراک است. با UpSet می‌تونیم مقایسه‌ی ساده‌ای بین تعداد زیادی از اشتراک‌ها انجام بدیم.

🟣 پکیج‌های مختلفی در R برای ساخت UpSet plot وجود دارن که از معروف‌ترین اونا می‌تونیم به پکیج UpSetR اشاره کنیم.

## Install and Load the package
install.packages("UpSetR")
library(UpSetR)


## Input Sets
listInput <- list(A = c("Gene 1", "Gene 2", "Gene 3", "Gene 4", "Gene 5"), B = c("Gene 2", "Gene 3", "Gene 4", "Gene 1", "Gene 6"), C = c("Gene 1", "Gene 6", "Gene 5"), D = c("Gene 2", "Gene 3", "Gene 1", "Gene 6"), E = c("Gene 1", "Gene 4", "Gene 3", "Gene 5", "Gene 6"), F = c("Gene 5", "Gene 1", "Gene 2"))
length(listInput)

## Create the UpSet Plot
upset(fromList(listInput),
      order.by = "degree",
      nsets = 11,
      main.bar.color = "black",
      matrix.color = "black",
      sets.bar.color = "black",
      point.size = 3,
      shade.color = "grey",
      line.size = 1)

✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#بیوانفورماتیک

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

🔹 بررسی تست ⇐

✏️ در کارآزمایی‌های بالینی برای درمان‌های بالقوه‌ی سرطان، پژوهشگران اغلب نیاز دارند تا بیمارانی که معیارهای مشخصی دارند و مایل به شرکت در مطالعه هستند را جذب کنند.

✅ Exclude: خارج کردن، حذف کردن
✅ Disregard: نادیده گرفتن
❌ Recruit: جذب کردن افراد برای یک پروژه، مطالعه، آزمایش یا شغل
❌ Diagnose: تشخیص دادن بیماری
🔊 Clinical trial: کارآزمایی بالینی
🔊 Potential: بالقوه
🔊 Treatment: درمان
🔊 Researcher: محقق
🔊 Criteria (جمع Criterion): معیارها
🔊 Willing: مشتاق
🔊 Participate: شرکت کردن

🔹 این واژه‌ها رو اشتباه حفظ نکنید: Recruit به معنی جذب کردن، استخدام کردن - Circuit به معنی مدار - Recreate به معنی بازسازی کردن، تفریح کردن - Rectify به معنی اصلاح کردن.

💯 مباحث و تست‌ از جزوه لغات زبان پزشکی.

🖥 جهت مطالعه لغات بیشتر، این هشتگ را دنبال کنید ⇦ #لغات_زبان


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#تست_زبان

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

❗️ بعد از مرگ، ژن‌ها هنوز حرف می‌زنند! ❗️

ما همیشه فکر می‌کنیم مرگ سلولی پایان داستانه. اما واقعیت ترسناک‌تره؛ حتی بعد از مرگ، برخی سلول‌ها حرف می‌زنند!

🧬 تاناتوترنسکریپتوم (Thanatotranscriptome)
این واژه به مجموعه ژن‌هایی اشاره داره که بعد از مرگ فعال می‌شن و شروع به تولید RNA می‌کنن. بله، درست شنیدید؛ ژن‌ها بعد از مرگ همچنان فعالیت می‌کنن! مطالعات نشون دادن که برخی از ژن‌ها، حتی تا چند روز بعد از مرگ روشن می‌شن و مسیرهای سلولی مرتبط با استرس، التهاب و حتی رشد سلولی را فعال می‌کنن.

💋 دقیقا چه اتفاقی می‌افتد؟
بعد از مرگ، سلول‌ها هنوز به شرایط محیطی واکنش نشون می‌دن و ژن‌هایی که با استرس، التهاب و پاسخ‌های سلولی مرتبط هستن، فعال می‌شن. همین‌طور شگفت‌انگیزه که بعضی از ژن‌ها حتی مسیرهای مرتبط با تقسیم و رشد سلولی رو فعال می‌کنن، انگار که سلول‌ها تلاش می‌کنن تا خودشون رو احیا کنن! بعضی از ژن‌ها حتی تا ۴۸ ساعت بعد از مرگ، در نمونه‌های موش و انسان فعال باقی می‌مونن.

💀 کاربردها و اهمیت علمی
تحلیل تاناتوترنسکریپتوم می‌تونه به تعیین زمان دقیق مرگ کمک کنه. همین‌طور درک این پدیده باعث می‌شه بفهمیم که مرگ سلولی یک پروسه ناگهانی نیست و با واکنش‌های پیچیده‌ای همراه هست. حتی برخی از مسیرهای فعالِ بعد از مرگ می‌تونن الهام‌بخش تحقیقات در مورد ترمیم بافت‌ها و سلول‌ها باشن.

☠️ پس تصور کنید سلول‌های در حال مرگ، هنوز داستانی برای گفتن دارن. DNA شما بعد از مرگ هنوز می‌تونه "پیغام" بده… پس بعد از مرگ، شاید چیزی فراتر از سکوت وجود داره… ژن‌ها هنوز حرف می‌زنن!


😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#رازهای_ژنتیک

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

💯 پاسخ تست.
💯 مباحث از جزوه استراخان.

🖥 جهت مطالعه مباحث رفرنس استراخان، این هشتگ را دنبال کنید ⇦ #نکات_استراخان


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#تست_روز

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

یلـــــدا مبارک 🍉🍉


کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

✅ هموفیلی A؛ علائم بالینی (بسیار مهم؛ احتمال طرح تست برای کنکور بعد).

💯 مباحث از جزوه جامع و جمع‌بندی امری اکسترکشن.


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#امری
#بیماری‌های_تک‌ژنی
#پارت۲۱

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

✅ هموفیلی A؛ ژنتیک (پارت ۱) (بسیار مهم؛ احتمال طرح تست برای کنکور بعد).

💯 مباحث از جزوه جامع و جمع‌بندی امری اکسترکشن.


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#امری
#بیماری‌های_تک‌ژنی
#پارت۲۱

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

📌 شروعی دوباره!

🔴 توضیحات ◀️

🔴 قطعا خیلی از شما دوستان در نظر دارید که از الان مطالعه درس ژنتیک رو برای کنکور ۱۴۰۵ شروع کنید، ولی حس می‌کنید تایم زیادی رو از دست دادین و نمی‌دونید که مطالعه این درس رو از کجا باید شروع کنید! خبر خوب اینه که هنوز هم می‌تونید درصد خوبی از این درس کسب کنید.

🟢 قبلا تو کانال یک آنالیز از توزیع سوالات ژنتیک طی کنکورهای ۱۰ سال اخیر انجام دادم که تو این پست می‌تونید ببینید؛ اگه دقت کنید، می‌بینید که تقریبا ۶۰٪ سوالات، فقط از فصل‌های ۲، ۳، ۶، ۹، ۱۴، ۱۷، ۱۸ و ۱۹ طرح شده؛ یعنی با مطالعه و تسلط روی این فصل‌ها، می‌تونید به درصد بیش از ۵۰٪ برسید.

🟠 همین‌طور فقط ۸٪ از کل سوالات از فصل‌های ۱، ۴، ۷، ۸، ۱۰، ۱۱، ۱۲، ۱۶ و ۲۱ طرح شد! بنابراین، منطقیه که طبق آمار، این فصل‌ها رو تو اولویت آخرتون قرار بدید.

🟡 در نتیجه در وهله اول سعی کنید روی فصل‌های ۲، ۳، ۶، ۹، ۱۴، ۱۷، ۱۸ و ۱۹ مسلط بشید؛ اگه وقت اضافه داشتید، فصل‌های ۵، ۱۳ و ۱۵ رو هم بخونید. اما با توجه به زمان، از فصل‌های ۱، ۴، ۷، ۸، ۱۰، ۱۱، ۱۲، ۱۶ و ۲۱ می‌تونید صرف نظر کنید. 


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#مشاوره

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

📌 انتخاب بایومارکرهای کاندید با استفاده از Feature selection

🔴 توضیحات ◀️

🔴 وقتی با داده‌های اُمیکس (RNA-seq, microarray, proteomics و …) کار می‌کنیم، معمولا با هزاران ژن و فقط چند ده یا چند صد نمونه سر و کار داریم. این یعنی اگه همه ژن‌ها وارد یک مدل یادگیری ماشین بشن، مدل overfit می‌شه، نتایج فیک می‌شن و بایومارکر واقعی پیدا نمی‌شه؛ در نتیجه تفسیر بیولوژیکی سخت می‌شه و هزینه‌ی آزمایشگاهی بالا می‌ره.

🟢 اینجاست که feature selection وارد می‌شه؛ با این متود، از بین ژن‌هایی که وارد مدل یادگیری ماشین شدند، ژن‌هایی انتخاب می‌شن که بیشترین قدرت تشخیصی بین تومور و نرمال رو دارن که بهشون می‌گیم Candidate Diagnostic Biomarkers.

🟠 برای feature selection می‌تونیم از الگوریتم‌های مختلفی استفاده کنیم؛ مثل LASSO، RF، SVM-RFE، XGBoost، AdaBoost، Boruta، BRT و ... . برای یادگیری هر کدوم از این الگوریتم‌ها، نیازه که اول مفاهیم یادگیری ماشین رو بلد باشیم و در نهایت تئوری پشت هر الگوریتم رو یاد بگیریم. اما خبر خوب اینه که در R پکیج‌هایی داریم که با چند خط کد ساده، می‌شه feature selection رو با انواع مختلفی از الگوریتم‌ها انجام داد و در نهایت به‌عنوان خروجی، یک لیستی از ژن‌ها رو به دست آورد که بیشترین قدرت تشخیصی و کمترین نویز رو دارن و در نهایت بهترین کاندیدها برای ساخت مدل تشخیصی هستن.

🟣 برای هر الگوریتم، پکیج‌های مختلفی تو R داریم که پکیج‌های زیر، پرکاربردترین پکیج‌ها هستن:
LASSO ➡️ glmnet
RF ➡️ randomForest
SVM-RFE ➡️ e1071
Boruta ➡️ Boruta
XGBoost ➡️ xgboost
AdaBoost ➡️ adabag
BRT ➡️ gbm
دوستان اگه می‌خواید کدهای مربوط به هر الگوریتم رو به‌صورت بهینه و ساده تو پست‌های بعدی بذارم، پست رو شِیر کنید و ری‌اکشن بزنید.



✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#بیوانفورماتیک

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

✅ هموفیلی A؛ ژنتیک (پارت ۲) (بسیار مهم؛ احتمال طرح تست برای کنکور بعد).

💯 مباحث از جزوه جامع و جمع‌بندی امری اکسترکشن.


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#امری
#بیماری‌های_تک‌ژنی
#پارت۲۲

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

✅ هموفیلی B (بسیار مهم؛ احتمال طرح تست برای کنکور بعد).

💯 مباحث از جزوه جامع و جمع‌بندی امری اکسترکشن.


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#امری
#بیماری‌های_تک‌ژنی
#پارت۲۲

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

💯 پاسخ تست.
💯 مباحث از جزوه جرد.

🖥 جهت مطالعه مباحث رفرنس جرد، این هشتگ را دنبال کنید ⇦ #نکات_جرد


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#تست_روز

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

📌 انوتیشن‌ها کلاسترها در آنالیز Single cell با استفاده از پکیج

🔴 توضیحات ◀️

🔴 معمولا موقع انوتیشن کلاسترها به صورت automated و با استفاده از پکیج، SingleR پرکاربردترین و معتبرترین پکیجی هست که می‌شه ازش استفاده کرد. اما علاوه بر SingleR، پکیج‌های دیگه‌ای هم توسعه پیدا کردن که با استفاده از دیتابیس‌های مستقل، می‌تونن به‌عنوان ابزارهای مکمل در انوتیشن سلول‌ها به‌کار برن؛ از جمله scMayoMap و EasyCellType.

🟢 کدهای پکیج SingleR ←

library(SingleR)
library(celldex)
library(SingleCellExperiment)
ref <- HumanPrimaryCellAtlasData(ensembl = F)

mylabels <- SingleR(test = as.SingleCellExperiment(srobj_clus),
                    ref = ref,
                    labels = ref$label.main)
View(data.frame(table(mylabels$labels)))
View(data.frame(mylabels$scores))

srobj_clus$CellTypes <- mylabels$labels
DimPlot(object = srobj_clus,
        reduction = "umap",
        label = T,
        group.by = "CellTypes") +
  NoLegend()

* به‌طور خیلی ساده، SingleR از یک دیتای رفرنس pre-annotated استفاده می‌کنه و پروفایل بیانی این دیتا رو با پروفایل بیانی دیتای خودمون مقایسه می‌کنه و در نهایت لیبل‌ها رو ترنسفر می‌کنه.

🟠 کدهای پکیج scMayoMap ←

devtools::install_github("chloelulu/scMayoMap")
library(scMayoMap)
scMayoMap.obj <- scMayoMap(data = markers,
                           database = scMayoMapDatabase,
                           tissue = "prostate")
class(scMayoMap.obj)
View(scMayoMap.obj$res)
plt <- scMayoMap.plot(scMayoMap.object = scMayoMap.obj)

🟣 کدهای پکیج EasyCellType ←

BiocManager::install("EasyCellType")
BiocManager::install("org.Mm.eg.db")
library(EasyCellType)
markers_easy <- markers[, c("gene", "cluster", "avg_log2FC")]
colnames(markers_easy) <- c("gene", "cluster", "score")
markers_easy <- markers_easy[order(markers_easy$score, decreasing = TRUE), ]
View(markers_easy)
data(cellmarker_tissue)
View(cellmarker_tissue$Human)
easy_annot <- easyct(data = markers_easy,
                     db = "cellmarker",
                     genetype = "symbol",
                     species = "Human",
                     tissue = "Prostate",
                     p_cut = 0.5,
                     test = "GSEA",
                     scoretype = "pos")
class(easy_annot)

* توجه کنید که آبجکت markers نتیجه‌ی تابع FindAllMarkers طبق پایپ‌لاین Seurat هست.


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#بیوانفورماتیک

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠