🐛Тест на микробиоту кишки

Я уже писала ранее о том, что тесты на микробиоту на сегодня совершенно бесполезны и даже ложны.
Вот и группа исследователей решила проверить на одном образце 7 коммерческих тестов на микробиоту, что предлагается людям по миру.

Они использовали стандартизированный фекальный материал, однородный, чтобы убрать биологическую неоднородность самого стула, у 7 компаний купили по 3 набора тестов, и отправили обратно компаниям на анализ. Через 6-8 недель получили результаты.

🦋Они смотрели на разницу в результатах одного и того же сжмпла в разных компаниях
🦋На разность результата между 3 одинаковыми образцами в одной компании
🦋Ну и насколько разброс результатов между компаниям сравним с разбросом между разными донорами.

Все компании использовали свои оригинальные протоколы, часть делала секвенирование WMS / shotgun metagenomics, часть 16SrRNA.

‼️Результаты:

🩸Итак, между компаниями результаты отличались колоссально, причем не было зависимости результата по глубине ридов. Одна компания при относительно небольшой глубине сообщала более 600 видов бактерий, а другая при более 10 миллионов ридов — всего около 100 видов.

🩸Разброс результатов для одного и того же образца, но в разных компаниях, был не меньше, а иногда и больше, чем различия между разными донорами. То есть если вы отправите образец стула своего в 2 разные компании, вы получите 2 настолько разных ответа, как будто это были какашки от 2 разных доноров.

Для подавляющего большинства родов варьябельность была не в биологии, а в методе.

🩸Во всех анализах суммарно нашли 1208 уникальных таксонов, но только 17 родов присутствовали во всех образцах всех компаний и методов. Это при условии удаления одного особо странного образца, а так всего 3.

🩸При этом число определенных родов колебалось от 34 до 906 в зависимости от теста. То есть дело не то, что в пропорциях между бактериями, а сами бактерии, их виды, компании определяли совершенно по разному.

🩸Один и тот же образец внутри одной компании, когда его анализировали трижды (и не знали об этом, что это один и тот же)— получались совершенно разные результаты, вплоть до 2 образца признаны здоровыми, один нездоровым. (Это притом, что изначально все образцы были стандартизированы).

🩸Конечно авторы посмотрели на самые «популярные» рода бактерий, типа бифидобактерии, бактероиды, клостридии, розебурии… их уровни резко отличались между компаниями, как и пороги «нормы», нередко то, что в одной считалось «нормой» в другой было уже патологией.

🩸Из 7 компаний, 3 сообщили, что клостридия diff присутствует в образце, а 4 других, что она отсутствует.

Основная причина всего этого безобразия — методологическая варьябельность, начиная с забора образца, заканчивая интерпретацией.
Методы не валидированы клинически и не стандартизированы. На сегодня в клинической практике мы НЕ можем анализировать микробиом. Речь сейчас даже не об интерпретации, речь просто о технической стороне вопроса, быть уверенным, что в образце то, что написала фирма после анализа — вы никак не можете. А значит и базировать свои клинические решения на таком анализе, будь вы хоть пятьсот раз гуру микробиоты и новатор— вы не можете.

О том, что результаты зависят даже от времени забора образца, я писала ранее вот тут.


https://www.nature.com/articles/s42003-025-09301-3