Приходите на мою лекцию 23 мая в 17:00 в Точку Кипения новосибирского технопарка или подключайтесь онлайн. Буду рассказывать про генетические тесты, на чем они основаны, их точности и многое другое. Эта лекция не про медицинские тесты, которые назначил вам врач, а про те, о которых говорят “ради развлечения”. Стоят они дорого. Вот только “протестировать” себя можно совершенно бесплатно, используя лишь здравый смысл. Кликайте на ссылку ниже, регистрируйтесь и буду ждать вас и ваши вопросов 23 мая в 17:00!

Получил только что такое приятное письмо. Спасибо Точке Кипения Новосибирского Академпарка и персонально Алисе за организацию лекции по генетическим тестам.

Точное предсказание возраста по крови

На прошлой неделе опубликовали интересное исследование, где нашли 204 белка в плазме крови, позволяющие оценить (биологический) возраст человека с большой точностью. Корреляция между биологическим возрастом и хронологическим (по паспорту) составляет r = 0.94. Максимальная разница между биологическим и хронологическим - 6.3 года. То есть, только лишь используя информацию об этих 204 белках из плазмы крови можно с большой точностью определить возраст человека.

Еще более интересен другой факт. Разница между биологическим и хронологическим возрастом хорошо предсказывает смертность. На рисунке к этому посту показаны три кривые: голубая, оранжевая и зеленая. Каждая кривая соответствует смертности в последующие 10 лет. Синяя кривая - для людей чей биологический возраст примерно на 6 лет больше хронологического, зеленая - биологический возраст примерно на 6 лет меньше хронологического, оранжевая - биологический возраст и хронологический возраст совпадают. Горизонтальная ось - возраст человека, когда для него была произведена оценка по 204 белкам, вертикальная - сметртность в %. Видим, что, если человек в 65 лет биологически страше на шесть лет (синия кривая), то вероятность его смерти в следующие 10 лет равняется почти 60% .

Детали исследования: Измерили 2,897 белков в плазме крови у 45,441 участников возрастом 20-80 лет UKBB биобанка. Используя алгоритм отбора фич Boruta и SHAP, отобрали 204 с высокой предсказательной способностью.

Как я думаю, широкое использование похожих моделей позволит в ближайшем будущем существенно увеличить продолжительность жизни и сильно уменьшить затраты на здравоохранение. Точное предсказание смертности позволит дискриминировать людей с высоким риском и выделять больше ресурсов на поддержание их здоровье. Как известно лечение заболевание обходится намного дороже чем его предотвращение. А вы бы захотели измерить свой биологический возраст?

Эпизод из Новой Зеландии
Около 10 лет назад работал я в компании Livestock Improvement Corporation в Новой Зеландии. Компания со 100-летней историей, разводит племенных быков, 80% новозеландского рынка осеменения коров, предприятие стратегического значения, контроль государства и тд. Мне предложили хорошую зарплату, купили билеты на самолет, сняли жилье, в аэропорту встретил человек от компании, дали корпоративную машину. Все серьезно. Мою кандидатуру согласовывали на уровне министерства сельского хозяйства Новой Зеландии. Офис у компании в загородном поместье. Прямо перед окнами офиса - пальмы, бассейн под открытым небом и теннисный корт. Казалось все шикарно. После устройства на работу, я пришел на встречу со своим менеджером по имени Энн, чтобы войти в курс дел и получить первую задачу. Встреча была короткой. На мой вопрос, что конкретно от меня ожидается в компании получил ответ: "Ты будешь анализировать данные". “Это все?” - спросил я. “Это все.” - ответила Энн. После нескольких секунд замешательства от столь краткой постановки задачи я спросил: “Где взять данные?” и получил ответ, что данные у девушки в соседнем кабинете. Девушка из соседнего кабинета молча переслала мне всю информацию. Затем повернулась ко мне и сказала следующее: “Максим, мы к тебе хорошо относимся только потому, что нас попросили к тебе хорошо относиться.“. Это был мой первый рабочий день в Новой Зеландии. Задачу я себе поставил и выполнил сам. Даже в местной газете про мою работу написали. Позже я понял причину такого отношения ко мне. В этой компании было две борющихся за власть группировки. Меня взял на работу генеральный менеджер возглавляющий одну группировку и отдал в подчинение другой. Забросил меня в самое логово врага 😂, чтобы они там себя дискомфортно чувствовали. Типичная корпорация.

В продолжении к предыдущей истории
Дабы “не нагнетать” я сделал вид, что все ок. Хотя, согласитесь, такое отношение неприятно. У меня на самом деле выбор был небольшой. Я поставил на эту компанию все, поэтому пути назад не было. В первый месяц я подготовил план работ на несколько лет и приступил к выполнению. Каждые две недели встречался с Энн и докладывал об успехах. Энн приходила на совещания, говорила привет и садилась рядом на стул. Следующие 10-15 минут говорил только я, а Энн сидела все это время и молчала. Через пару месяцев я про себя начал называть ее “мороженная рыба” из-за ее молчания и холодного неподвижного взгляда широко открытыми глазами куда-то в сторону. Возможно, мне стоило обсудить эту ситуацию с Генеральным, однако весь мой предыдущий опыт говорил, что ни в коем случае. Генеральный затеял игру. Я в ней пешка, а пешку при необходимости легко пускают в расход. Лучше пока сидеть тихо.

Следующие два года я активно делал свою работу: анализировал данные и искал гены, отвечающие за молочность коровы. Докладывал о результатах мороженной рыбе Энн и иногда на общих совещаниях департамента. Генеральный постоянно нахваливал меня. Иногда упоминал на общекорпоративных собраниях. Через два года я уже совсем освоился. Отсутствие доверия между мной и Энн стало создавать все больше проблем. На одном из совещаний я с ней завел разговор о том, что мне хотелось бы выстроить более эффективные рабочие отношения. Я очень-очень издалека, аккуратно подбирая слова, попытался донести до нее мысль о том, что мы вместе можем сделать отличную работу и, что я хочу заниматься только наукой и быть в стороне от их корпоративных конфликтов. Я в первый раз увидел как Энн оживилась, начала кивать головой и сказала, что подумает.

Однако, эффект был ровно противоположный тому, на который я надеялся. Примерно через неделю Генеральный назначает мне встречу. В положенное время захожу в кабинет. Там сидит сам Генеральный и начальник R&D департамента по имени Бевин - руководитель Энн и, соответственно, мой непрямой руководитель. Сажусь напротив них. Генеральный сухо рассказывает мне о том, что недавно разговаривал с Энн и рукой пододвигает мне листок А4 сложенный пополам. Беру листок, раскрываю. Там написано, что я проявил неуважение к своему менеджеру, компания просит меня так больше не делать и назначает мне нового менеджера в лице Бевина. “Вот тебе, бабушка, и Юрьев день” - подумал я. Корпоративные игры они такие. Вроде как пожурили меня, но с другой стороны бумага эта была не из отдела кадров и, поэтому дальше этого кабинета она не ушла. Позже я узнал, что Энн перевели на неполную ставку и обязали посещать психолога (офигеть, да?). Хитрый лис Генеральный понял, что его пешка пытается уклониться от своей роли пешки и щелкнул меня по носу. В то же время он воспользовался ситуацией и хоть и немного, но уменьшил влияние конкурирующей группировки через сокращение рабочего дня Энн. Этот небольшой эпизод - следствие очень давней конкуренции между Генеральным и Бевином, которая началась еще в 90-х.

А могли бы жить дружно

Откуда вообще появился конфликт между Генеральным и Бевином? Почти 10 лет я проработал заграницей и видел подобную ситуацию много раз. Все дело в том, что в современном представлении о корпоративном управлении на западе принято считать, что необходимо создавать конкуренцию внутри команды для повышения ее эффективности. Считается, что конкуренция, а конкретно страх потерять рабочее место у каждого в команде приведет к тому, что все будут работать более эффективно. Это выражение западного индивидуализма в корпоративном управлении. Индивидуализм этот заключается в том, что каждый в жизни (также как и в команде) сам за себя. Если каждый сам за себя, то всё друг с другом конкурируют. Конкуренция считается на западе хорошо и ее необходимо стимулировать. В России же всегда использовалась коллективный подход к жизнеустройству: коллектив - это хорошо, а желание индивидуально себе плюшек нахапать - плохо.

Так вот, возвращаясь в Новую Зеландию. В далекие 90-е в компанию на работу наняли двоих талантливых студентов: Ричарда (будущий Генеральный) и Бевина. Я подозреваю, что в компании есть две группировки акционеров, которые и пролоббировали найм каждого из них. В следующие 20 лет Ричард и Бевин блистательно выполняли свои обязанности и каждый из них, я думаю, представлял себя в будущем составе топ менеджеров. Компания послала Ричарда делать кандидатскую в Европу в Wageningen University, а Бевина - в США в University of Iowa. Первый университет - лучший по животноводству в Европе, а второй - лучший в США. Навряд ли выбор Европы и США - это случайность. Скорей всего одни акционеры связывали развитие компании с Европой, а другие - с США, Кстати, Wageningen University находится в Голландии и именно этот университет заканчивала моя руководительница из Голландии, у которой я делал кандидатскую. Совпадение? Не думаю! Так вот исход этой 20ти летней конкурентной гонки между Ричардом и Бевином понятен был изначально: один из них должен был умереть проиграть. В конце нулевых ситуация сложилась в пользу Ричарда и Бевин остался в пролете. Проигрывать и уходить никто не любит. Да, и некуда в маленьком новозеландском городке с населением в 100 тыс. уходить. Да и во всей Новой Зеландии подобную позицию найти почти невозможно. Вот и стал Ричард методично выковыривать из компании Бевина, который сам уходить отказывался. Вот так. А могли бы жить дружно (шутка, конечно же нет 😂).

В ближайшее время они лишаться ипотечных домов, кредитных машин, пенсий ...

Новая Зеландия занимает доминирующее положение на мировом рынке сухого молока с долей в 30%. Для них сухое молоко то же самое, что для России нефть и газ. Почти все молоко, производимое в мире, потребляется в радиусе 150-200 км от места, где оно произведено. Есть глобальный рынок сухого молока. Он небольшой и Новая Зеландия на нем - ключевой игрок. Компания, где я работал - Livestock Improvement Corporation (LIC) - занимает 80% рынка осеменения молочных коров в Новой Зеландии. Следовательно, чтобы конкурентам отобрать рынок Новой Зеландии, нужно для начала убрать с рынка LIC.

В 2014 для стратегического планирования и помощи в проведении реструктуризации LIC наняла международную американскую консалтинговую компанию McKinsey & Company. Это одна из трех крупнейших консалтинговых компаний, которые печально известны тем, что их консалтинг часто приводит к банкротствам компаний и дефолтам государств. Несколько лет спустя прочитал вот эту статью про их махинации и совсем не удивился. Все события, которые я наблюдал в течении следующих двух лет в компании хорошо укладываются в картину того, что McKinsey пришло сюда, чтобы разрушать. Первым делом LIC расформировала (наверняка по совету McKinsey) отдел, который отвечает за вычислительные мощности. Объяснение было простое: “Зачем поддерживать дорогостоящие сервера, если дешевле их арендовать на стороне?”. Сервера продали и перешли на аутсорс. Через какие-то полгода аутсорс компания резко поднимает цены :-) ! Ну как так? Кому-то было не понятно, что держать свои сервера дешевле и безопасней?

В один из прекрасных новозеландских дней в компании проводилась общекорпоративная встреча. Собрали всех сотрудников в большом зале и начали выступать топ менеджеры. Говорили как идут дела в компании, о начале реструктуризации, что пригласили консалтинговую компанию и тд. В заключении выступил представитель McKinsey. Это был мужчина средних лет, с испанским акцентом, в строгом костюме, с легкой улыбкой и нервным прищуром. Он резко отличался от всех присутствующих. Человек, который долгое время находится в стрессе и нервозности сильно сжимает веки. Вот он был такой. Смотрел он куда угодно, но только не в глаза людей. Думаю, он знал, что судьба многих присутствующих здесь простых работяг уже решена. Люди считывали его состояние. Еще не осознавали, но уже чувствовали, что с легкой руки этого человека в ближайшее время они лишаться ипотечных домов, кредитных машин, пенсий в частном фонде, некоторые потеряют семьи.

Мы зашли внутрь. Ворота за нами закрыли на большой амбарный замок. Барак облили бензином и подожгли...

У нас в R&D департаменте поползли слухи о том, что скоро будут большие сокращения, что штат уменьшат с 40 до 3-5 человек или, вообще, выделят департамент из компании и продадут новому хозяину. Наш Генеральный говорил, что скорей всего все будет ок, но это не точно. А теперь представьте эмоциональное состояние людей, которые чувствуют, что их, возможно, скоро уволят, но пока держат в неведении. Зачем эмоционально вкладываться в компанию, если любой день может быть у тебя здесь последний? Через пару недель после выступления представителя McKinsey мы узнаем, что полностью сократили соседний IT департамент. В один день уволили 100 человек. Многие ожидали, что мы будем следующими.

Наш департамент часто выезжал на разные мероприятия за пределы компании. Сажали деревья, играли в гольф, ухаживали за коровами и даже чистили вольеры для жирафов в зоопарке. Однажды нас всех пригласили в большой конференц зал, который находился в бараке где-то далеко за городом посреди поля. Странное место. Мы зашли внутрь. Ворота за нами закрыли на большой амбарный замок. Барак облили бензином и подожгли... Шучу. Там в большом пустом зале вдоль стен стояли стулья, на которые всех пригласили присесть. К нам вышла женщина средних лет и в следующие 30 минут рассказывала о том как себя нужно везти в сложной жизненной ситуации. Что нужно быть на позитиве. Если, что-то неприятное происходит в жизни, то это к лучшему. Если, ну, например, чисто гипотетически вас всех завтра уволят, то не огорчайтесь 😂. Когда она закончила, встала одна наша коллега и спросила: “Зачем вы это с нами делаете? Если собираетесь нас уволить, так скажите это прямо.”. Именно сидя в этом зале я и принял решение, что надо из этой компании валить. Жизнь коротка, чтобы тратить ее на эти игры.

Отдыхать надо на выходных, а не ерундой заниматься

Новая Зеландия отличается от всех остальных стран, что я видел тем как местно население расслабленно относиться ко всему. Где-то после месяца в Новой Зеландии в пятницу поздним вечером (в 16:00) я стоял в офисе возле принтера и ждал пока распечатаются мои документы. Так как четыре часа - это конец рабочего дня, то мимо меня проходили люди, спешащие домой. Пробегая мимо меня, продак-менеджер по имени Скотт остановился, и удивлено спросил а что это я распечатываю здесь (в столь поздний час). Я ответил, что распечатываю научные статьи. Буду изучать их на выходных. Реакция Скотта удивила. Он поморщился и сказал, что-то вроде: “Отдыхать надо на выходных, а не ерундой заниматься”. И убежал. Я еще пару минут стоял у принтера и переваривал эту ситуацию. Только что человек, который отвечает за наш продукт укорил меня за то, что я собираюсь поработать над этим продуктом на выходных.

Великое Заселение

Вчера 8 декабря 2024 в 12:00 нск свершилось Великое Заселение в нашу лабораторию отцов основателей (и матерей) будущего первого российского племенного стада утки. Утята готовы к походу и к бою 🫡 запуску пилотного проекта 🚀.

Мы все здесь для того чтобы страдать и песенки тут неуместны.

Каждый рабочий день ровно в 10:00 и 15:00 по условиям контракта у сотрудников обязательный перерыв на чай на 15 мин. Кстати, этот перерыв был обязанностью сотрудника, а не его правом. Все выходили на улицу, брали кофе или чай, вставали в кружок и обсуждали что-нибудь. В понедельник это всегда было обсуждение того кто куда съездил и как отдохнул. В другие дни обсуждали куда кто собирается поехать. Работу в перерыве обсуждать было как-то не принято. Я ходил на эти совместные перерывы первые год-полтора пока не наскучило. В один из перерывов я как обычно вышел на улицу и заметил бородатого улыбающегося мужика, который ходил по территории компании, играя на гитаре и распевая песни. Явно недавно устроился на работу. Видел его пару раз а потом он куда-то пропал. Наверное, наткнулся на какого-нибудь топ менеджера, который объяснил ему, что мы все здесь, чтобы страдать и песенки тут неуместны.

Всем добрый вечер!

Есть ли у кого знакомый биоинформатик на непыльную проектную работу? Работа удаленно. Владение инструментами из списка R/Python/Jupyter, Linux, bash, conda, git, NCBI, NGS, WGS, SNP calling, GWAS, BLUP... и еще длинный список. Можно изучить в процессе. Работа с геномными браузерами и базами данных NCBI, OMIM, dbSNP и др. Чтение научной литературой. Владение английским языком. Знание молекулярной биологии и генетики.

В качестве первого проекта необходимо добавить в существующий программный продукт возможность делать Principle Component Analysis с использованием геномных данных из 1000G. Это необходимо для определения расовой принадлежности пациента. Также требуется добавить поддержку импутации генотипов пациента и оценить точность импутирования. Емайл для контакта - maksim@computebio.pro.

Посылая свое резюме вы даете свое согласие компании КомпьютБио на обработку своих персональных данных.