Ivan Begtin
7.99K subscribers
1.82K photos
3 videos
101 files
4.53K links
I write about Open Data, Data Engineering, Government, Privacy, Digital Preservation and other gov related and tech stuff.

Founder of Dateno https://dateno.io

Telegram @ibegtin
Facebook - https://facebook.com/ibegtin
Secure contacts ivan@begtin.tech
Download Telegram
К вопросу о каталогах научных данных, я писал про многие инициативы, а про одну всё не упоминал. В научной среде существуют продукты которые называются CRIS (Current Research Information System) которые также называют RIMS (Research Information Management System) [1].

В отличие от систем публикации статей или каталогов научных данных эти системы создаются для учёта всей научной деятельности научной организации/отрасли (научной дисциплины) или страны. Например, в CRIS вносятся данные по исследовательским центрам, исследователям, научным публикациям, данным, лабораториям, оборудованиям и так далее.

Такие системы могут быть как внутренними, так и открытыми. В последние годы эти системы почти все являются открытыми, или по большей части открытыми, но есть они далеко не у всех исследовательских центров и университетов, но их становится всё больше. Большая их часть создаётся на базе примерно десятка коммерческих продуктов и некоторого числа продуктов с открытым кодом.

Для университетов у которых есть такие системы, публикация данных является частью таких систем.

Реестр таких систем ведёт НКО euroCRIS [2] существующая при поддержке Евросоюза, этот реестр называется DRIS [3], там 1387 репозиториев по всему миру, большая часть из которых находятся в Индии и Норвегии, но, в принципе, рассеяны по всему миру.

Данные из систем CRIS собираются в глобальные агрегаторы такие как OpenAIRE, для чего разработан стандарт CERIF [4] для описания метаданных и для их предоставления через REST API, а у OpenAIRE есть ещё и подробное руководство для работы CRIS систем [5].

Большая часть CRIS систем - это университетские системы, но есть и крупные национальные CRIS системы в: Австралии, Испании, Финляндии и многих других странах. В реестре DRIS упомянуто 24 такие системы национального уровня, о каждой из них можно рассказывать долго и по отдельности.

Так вот CRIS системы можно также рассматривать как каталоги открытых научных данных, с оговоркой что данные там не приоритет, а скорее сопутствующий результат, а основное - это функции предоставления информации о всех результатах и инструментах исследований.

И, напоследок, можно посмотреть как это устроено на примерах националных CRIS систем, в Бразилии BrCRIS [6], в Словакии [7], в Латвии [8], в Норвегии [9].

Ссылки:
[1] https://en.wikipedia.org/wiki/Current_research_information_system
[2] https://eurocris.org/
[3] https://dspacecris.eurocris.org/cris/explore/dris
[4] https://eurocris.org/services/main-features-cerif
[5] https://guidelines.openaire.eu/en/latest/cris/index.html
[6] https://brcris.ibict.br
[7] https://www.skcris.sk/portal/
[8] https://sciencelatvia.lv
[9] https://www.cristin.no/

#openaccess #openresearch #opendata #research
В рубрике как это работает у них о публикации открытых научных данных в Финляндии. В Финляндии Министерство образования и культуры создало и поддерживает портал Fairdata.fi [1] для распространения подхода принципов FAIR при публикации научных данных [2].

Помимо руководств и обучения инициатива включает 5 проектов помогающих исследователям:
- IDA Research Data Storage
- Etsin Research Dataset Finder
- Qvain Research Dataset Description Tool
- Digital Preservation Service for Research Data
- AVAA Open Data Publishing Platform

Например, система Etsin позволяет искать по более чем 5 тысячам наборам данных и размещать там свои наборы. А в системе AVAA доступны каталоги геоданных.

Кроме всего прочего данные из Etsin доступны на иследовательском портале страны Research.fi [3]. В свою очередь Research.fi был создан в 2020 году как CRIS (Current Research Information System) страны и включает, как открытые научные данные, так и базу публикаций, исследователей, исследовательских центров.

Ссылки:
[1] https://www.fairdata.fi/en/
[2] https://www.go-fair.org/fair-principles/
[3] https://research.fi/en/results/datasets

#finland #research #openaccess #opendata #openscience
Команда Mozilla опубликовала очередное интересное исследование по приватности, на сей раз приватности при использовании автомобилей 25 брендов и о том как вендоры собирают информацию [1] из которого можно узнать что:
- все без исключения вендоры собирают персональные данные
- 84% вендоров закладывают право передавать или продавать эти данные
- 92% вендоров не дают контроля над своими персональными данными
- 56% вендоров закладывают право передавать данные по запросу госорганов, вне зависимости официальные ли это запросы или "неформальные"
- ни один из вендоров не соответствует минимальным стандартам безопасности которые Mozilla продвигала ранее.
- Nissan, кроме всего прочего, собирает данные о сексуальной активности, не шутка.

В исследовании есть развернутая информация по каждому вендору, а анализ проходил путем изучения их условий использования, политик приватности и иных связанных с техническим оснащением документов. Иначе говоря исследователи проводили бумажный анализ, а не полевой с выявлением куда и как передаются данные, но и юридический бумажный анализ рисует вот такую неприглядную картину.

Ссылки:
[1] https://foundation.mozilla.org/en/privacynotincluded/articles/its-official-cars-are-the-worst-product-category-we-have-ever-reviewed-for-privacy/

#privacy #data #mozilla #research
Свежий европейский доклад Mapping the landscape of data intermediaries [1] о таких посредниках в работе с данными как: системы управления персональной информацией (PIMS), информационные кооперативы, трасты данных, профсоюзы данных, рынки данных и пулы обмена данными.

Много примеров из европейской практики, включая разбор бизнес моделей каждого из 6 типов посредников.

Например, малоизвестные мне ранее, профсоюзы данных (data unions) объединяющие людей предоставляющих свои данные, их примеры: TheDataUnion [2] и Unbankx [3].

А также многое другое. Полезно всем кто хочет знать как изнутри устроены _некоторые_, не все, рынки данных.

Ссылки:
[1] https://publications.jrc.ec.europa.eu/repository/handle/JRC133988
[2] https://thedataunion.eu
[3] https://www.unbanx.me

#data #research #readings #eu
Data Provenance Explorer [1] большая инициатива по анализу, систематизации и аудиту наборов данных используемых для обучения больших языковых моделей.

В общей сложности более 1800 наборов данных с указанием их происхождения, лицензий, создателей, источников и других метаданных.

Проект является результатом написания одноимённой научной статьи The Data Provenance Initiative:
A Large Scale Audit of Dataset Licensing & Attribution in AI
[2] коллективом 18 авторов из разных академических и коммерческих организаций.

Статья не менее интересная и полезная и сама идея кажется очень правильной, заглянуть на то чём обучаются языковые модели и исправлять там где надо исправлять.

Ссылки:
[1] https://dataprovenance.org
[2] https://www.dataprovenance.org/paper.pdf

#opendata #datasets #ai #research #data
Команда исследователей из Microsoft и Github'а разместили препринт статьи Open Data on GitHub: Unlocking the Potential of AI [1], о том что на Github'е хостится порядка 800 миллионов файлов открытых данных общим объёмом около 142 терабайт.

Статья интересная самим фактом рассмотрения Github'а в роли портала открытых данных, но с большими методическими ошибками из-за которых цифрам верить нельзя. Я также анализировал Github как источник наборов данных и главное что понял что как хостинг файлов он хорош, а в остальном, не особо.

Конкретно в этом случае у исследователей есть три фундаментальные ошибки:
1. Недостаточная фильтрация файлов с расширениями вроде .json которые не про данные, а разного рода конфиги из-за чего завышенное число файлов
2. Отсутствие учёта файлов в формате XML, что особенно поразительно, из-за чего, наоборот, занижение числа файлов
3. Отсутствие учёта файлов архивов XZ, GZip, BZ2 и ZIP, которые могут использоваться для хранения всякого, но можно было хотя бы учесть файлы с двойными расширениями .csv.xz, .xml.gz и так далее. Из-за этого очень сильное занижение объёмов хранимых данных.

В любом случае статья полезна для всех кто ищет данные, думает о том как их искать, и, в целом, думает про данные.

Ссылки:
[1] https://arxiv.org/abs/2306.06191

#opendata #research #microsoft #github #readings
Возвращаюсь из недельной командировки совмещённой с отпуском, надеюсь что читатели не заскучали по материалам про данные. И сразу же интересный свежий доклад The State of Open Data 2023 [1] от команды Digital Science, стартапа/компании предоставляющих Figshare и другие порталы и сервисы для открытой инфраструктуры для научных публикаций.

Доклад не про то что вы можете подумать публикуется на порталах открытых данных, а про то как исследователи публикуют свои данные. В каких дисциплинах чаще, с какой мотивацией, что они об этом думают, помогают ли им и так далее. Тем кто хочет знать как развивается открытость науки в головах исследователей - это полезный документ. Он составлен через опросы как и большая часть докладов жанра "The State of ...", и главный вывод который можно сделать в том что открытость данных в науке - это долговременный постепенно развивающийся и не останавливающийся тренд.

Ссылки:
[1] https://digitalscience.figshare.com/articles/report/The_State_of_Open_Data_2023/24428194

#opendata #openaccess #research #science
Любопытная статья [1] и связанные с ней наборы данных [2] про WikiWebQuestions, набор данных SPARQL аннотированных данных из Wikidata и о том что большие языковые модели вроде LLaMa меньше галлюцинируют и точность их ответов повышается. Всячески полезное чтение и возвращение к вопросу о том насколько и как структурированные и качественно аннотированные базы данных могут повлиять на качество ИИ-инструментов. До сих пор в основе больших языковых моделей были очень большие базы текстов, а тут базы фактов. При всей неидеальности и неполноте Wikidata баз таких объёмов и такой структуризации одновременно очень мало.

Ссылки:
[1] https://arxiv.org/abs/2305.14202
[2] https://github.com/stanford-oval/wikidata-emnlp23

#ai #opendata #wikidata #datasets #research #readings
В рубрике интересных наборов данных WikiTables [1] набор данных из 1.6 миллионов таблиц извлечённых из английской Википедии и сопровождающий его набор состоящих из записей в этих таблицах слинкованными с объектами в DBPedia. Помимо того что это само по себе интересная и важная задача при создании связанного графа знаний, это ещё и огромная база для обучения разного рода алгоритмом.

Данные связаны со статьёй TabEL: Entity Linking in WebTables [2] ещё 2015 года и ещё много где использовались и используются они и по сей день.

Лично я эти данные использую для проверки и обучения утилиты metacrafter для идентификации семантических типов данных, но им не ограничиваясь.

Ссылки:
[1] http://websail-fe.cs.northwestern.edu/TabEL/index.html
[2] https://www.semanticscholar.org/paper/TabEL%3A-Entity-Linking-in-Web-Tables-Bhagavatula-Noraset/8ffcad9346c4978a211566fde6807d6fb4bfa5ed?p2df

#readings #data #datasets #research #understandingdata #datadiscovery
В рубрике как это устроено у них открытые научные данные в такой, далеко не всем известной научной дисциплине как материаловедение.

Как и ряд других дисциплин она активно сдвигается в сторону открытости науки и открытости исследовательских данных.

Вот пример, 4-х научных проектов:
- AFlow [1] - база из 3.5 миллионов компонентов материалов и более чем 734 миллионов их свойств, под Public Domain для научного использования
- OQDM [2] база рассчитанных термодинамических и структурных характеристик более чем 1.2 миллионов материалов. Под Creative Commons
- The Materials Project [3] база по более чем 320 тысячам молекулам и материалам, а также проекты по машинному обучению предсказания свойств материалов
- NOMADS [4] база из 13 миллионов записей о материалах, как теоретических, так и полученных из экспериментов

У всех проектов лицензии на распространение материалов или Creative Commons или Public Domain, есть API на получение и на загрузку данных. Их наборы данных и отдельные записи индексируются научными поисковиками и агрегаторами. Ко всем есть API, библиотеки на Python для автоматической работы с данными, открытый код и сформировавшаяся экосистема.

Общий объём раскрываемых данных измеряется в сотнях теребайт. Начиная с 100 GB в OQMD и до 119 TB в NOMAD.

Ссылки:
[1] http://aflowlib.org/
[2] https://oqmd.org/
[3] https://next-gen.materialsproject.org/
[4] https://nomad-lab.eu/nomad-lab/

#opendata #openaccess #openscience #science #research #materials #molecules
Не все данные называются наборами данных или базами данных или даже просто данными. Например, научные работы состоящие из данных или включающие данные могут называть datasets и, чаще всего, именно так и называют в репозиториях научных данных или в институциональных репозиториях научных и университетских исследовательских центров.

Однако, современные научные журналы - это, тоже, далеко не только тексты статей, там есть довольно много разных технологизированных тенденций и одна из них это публикация статей с данными. Такие статьи называют не datasets, а data paper, data report, data article и data note. Они включают сам текст статьи и уведомление о доступности данных включающее ссылки на первичные данные или данные полученные в результате работы.

Например, издательство Frontiers размещает data reports в своих онлайн изданиях [1]. Пока немного, всего 597 статей из 512 тысяч, это меньше чем 0.1%, но, тем не менее. Постепенно их число растёт.

В GBIF есть описание о том что такое data paper и примеры изданий их публикующих [2], подсказка , много таких изданий. Например, data paper есть в изданиях издательства Pensoft [3] и ещё немало специализированных журналов для данных вернее для статей с данными.

Есть подборки таких журналов [4] и их несложно найти при желании.

Подобные работы иногда сопровождаются приложенными дата файлами, а чаще ссылками на публикации данных в научных репозиториях. Таких как Dryad, Zenodo, Mendeley и ещё много других.

Для меня лично незакрытым вопросом остаётся воспринимать ли data papers как предмет индексирования поисковой системы по данным. С одной стороны большая часть данных из них доступны в каталогах данных, с другой стороны большая часть - это не все и многие данные в каталоги данных не попадают.

Ссылки:
[1] https://www.frontiersin.org/articles?publication-date=01%2F01%2F2007-06%2F04%2F2024&type=123
[2] https://www.gbif.org/data-papers
[3] https://mycokeys.pensoft.net/browse_journal_articles.php?form_name=filter_articles&sortby=0&journal_id=11&search_in_=0&section_type%5B%5D=134
[4] https://zenodo.org/records/7082126

#openaccess #thoughts #research #data #datasets
Прекрасное чтение Watching the Watchdogs: Tracking SEC Inquiries using Geolocation Data [1] в виде научной статьи, но я перескажу простыми словами.

Если вкратце, то группа исследователей:
1) Нашли поставщика данных у которого они закупили данные по всем телефонам с которыми ходили люди в офисе комиссии по ценным бумагам в США (SEC) по своим офисам
2) Идентифицировали сотрудников из общего числа устройств,
3) Сопоставили множество геоданных, вплоть до шейпфайлов штабквартир публичных компаний
4) Определили когда сотрудники SEC приходили в эти офисы
5) Разобрали как SEC проверяет публичные компании и когда эта информация публична
6) Сопоставили проверки с изменениями стоимости ценных бумаг

И вуаля, так и хочется сказать, почему эти гении люди обо всём этом написали научную статью, вместо того чтобы существенно обогатится на полученных данных!

Многое бы бизнес во многих странах отдал бы за отслеживание того куда ходят налоговики, силовики, представители горных национальных республик и ещё много чего.

А статью рекомендую, жаль лишь что они источник данных не указывают.

Ссылки:
[1] https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=4941708

#dataanalysis #research #privacy #geodata