Ivan Begtin
7.98K subscribers
1.82K photos
3 videos
101 files
4.53K links
I write about Open Data, Data Engineering, Government, Privacy, Digital Preservation and other gov related and tech stuff.

Founder of Dateno https://dateno.io

Telegram @ibegtin
Facebook - https://facebook.com/ibegtin
Secure contacts ivan@begtin.tech
Download Telegram
В рубрике крупнейших наборов данных в мире GenBank [1] база геномной информации о человеке от Национального центра биотехнологической информации США. В общей сложности размер последней 263 версии базы GenBank составляет около 6.4 ТБ первичных данных и около 2.7 ТБ данных закодированных по ASN.1 [2]. Все эти данные доступны на сайте через веб интерфейс и для скачивания через FTP сервер.

В общей сложности база GenBank включает 5.13 миллиардов записей и 36.5 триллионов атрибутов/значений.

Много ли это? Да, безусловно это большие данные требующие существенных ресурсов для их обработки и анализа. И в мире геномной информации это далеко не единственный крупный архив данных.

Если сравнить его с открытыми данными публикуемыми на госпорталах открытых данных, то GenBank будет больше их всех вместе взятых, за исключением порталов с геоданными.

Ссылки:
[1] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/
[2] https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2024/10/24/genbank-release-263/

#opendata #datasets #openaccess #genetics
Подборка ссылок про данные, технологии и не только:
- OpenSeaMap [1] аналог OpenStreetMap для морей, открытая краудсорсинговая карта морей и морской инфраструктуры. Нигде не видел сравнений масштабов проекта с коммерческими, но может быть есть шанс повторить судьбу OSM ?
- Data Formulator [2] инструмент по автоматизации визуализации данных с помощью ИИ. Создан исследователями из Microsoft в рамках научной работы. Впервые опубликовали в январе 2024, а в октябре добавили возможность запускать его локально
- 30DayMapChallenge [3] глобальный конкурс для GIS специалистов с ежедневными задачками по визуализации геоданных. В этот раз задачки на ноябрь 2024. Для тех кто хочет показать что умеет визуализировать данные - это очень хороший конкурс чтобы показать себе и другим уровень своих навыков.
- A Business Analyst’s Introduction to Business Analytics [4] книга по бизнес аналитике в открытом доступе. Все примеры на языке R, для тех кто интересуется первым и знает второе - самое оно.
- First aid for figures [5] добротная подборка ресурсов о том как учёным лучше оформлять их работы, научные иконки для замены текстов, оформление таблиц, оформление изображений и тд.
- Chart.css [6] один из самых простых инструментов рисования графиков с помощью элементов HTML и CSS стилей. Поддерживает много видов графиков, очень просто настраивается и очень легковесен.
- A vision for public sector data in Scotland [7] в Шотландии моделируют стратегию региона по работе с госданными. Для этого там создали группу экспертов из 30 человек и под названием Horizon Scan Group после чего те разработали вот такой документ долгосрочного видения
- Using Rust in Non-Rust Servers to Improve Performance [8] большой гайд о том как оптимизировать выполнение задач с помощью Rust для проектов не на Rust. Ваш код медленно работает? Так его можно переписать на Rust, во много как альтернатива переписывания его на C++.

Ссылки:
[1] http://openseamap.org
[2] https://github.com/microsoft/data-formulator
[3] https://30daymapchallenge.com/
[4] https://www.causact.com/
[5] https://helenajamborwrites.netlify.app/posts/24-10_linkcollection/
[6] https://chartscss.org/
[7] https://community.thedatalab.com/news/2187703
[8] https://github.com/pretzelhammer/rust-blog/blob/master/posts/rust-in-non-rust-servers.md

#opensource #gis #dataviz #opendata
В рубрике больших интересных наборов данных Annual National Land Cover Database (NLCD) [1] датасет с измерениями покрытия почвы в США с 1985 по 2023 годы, почти 40 лет.

Распространяется в виде GeoJSON, GeoTIF, SHP файлов и с помощью разных инструментов выгрузки и онлайн доступа.

В общей сложности это десятки гигабайт геоданных.

Ранее этот датасет охватывал только период 2001-2021 годов с шагом в 3 года, а теперь охватывает 38 лет с шагом в один год.

Для любых практических исследований в области сельского хозяйства и изменения климата - это бесценный датасет. Жаль лишь что он не охватывает весь мир, а только одну страну.

Ссылки:
[1] https://www.usgs.gov/news/national-news-release/usgs-releases-new-products-map-four-decades-land-cover-change

#opendata #datasets #geodata
В поиска крипто-датасетов по блокчейну, биткоину, Ethereum и тд. Вот наглядный пример поиска в Google Dataset Search, в Perplexity, в AI помощнике Quora и в Dateno при поиске по слову "Ethereum".

ИИ помощники выдают неплохие результаты, но очень ограниченные основными первоисточниками. Google Dataset Search выдаёт разное, делая акцент на Kaggle и свои продукты, но сразу после первой страницы идут разного рода коммерческие и недоступные источники.

В Dateno сейчас всего 34 результата по слову "Ethereum" и часть ссылок уже не работает, удалены в первоисточнике.

Это один из примеров запросов и тем где требуется больше усилий чем просто собрать метаданные откуда попало.

Я на днях анализировал почему датасетов по крипте в Dateno мало и следующие выводы:
1. Открытые датасеты по крипте чаще всего большие и чаще встречаются в каталогах данных для машинного обучения. Их будет сильно больше после индексирования Kaggle, Hugging Face и др.
2. Многие крипто данные доступны только как открытые и коммерческие API, надо индексировать их описание.
3. Криптодатасеты есть в маркетплейсах данных Amazon, Google BigQuery, Azure и тд. Там не так много датасетов всего, но объёмы датасетов и востребованность велики.

Собирать данные по криптодатасетам не похоже на многие другие, но мы вскоре начнём их загружать в Dateno.

#opendata #crypto #cryptodata
В рубрике закрытых и открытых данных в России
Росстат перестал публиковать ежемесячную статистику по миграции и по общей численности населения России.[1] - об этом пишет демограф Алексей Ракша со ссылками на последние публикации на сайте ведомства. Эти данные никогда не были открытыми в смысле машиночитаемости, но были открыты в форме текста/картинок/таблиц в докладе.
Роскосмосу разрешили продавать снимки ДЗЗ [2] хотя он и раньше их продавал, но теперь может продавать их и госорганам. Это очень противоположная тенденция тому что происходит в мире, там наоборот, в геопространственных проектах ЕС и США всё больше общедоступных спутниковых снимков охватывающих весь мир.
В России приготовились засекретить работу правительства в случае военного положения [3] Минюст РФ предложил закрывать часть общедоступных сведений об органах власти в случае военного положения. Ну, хотя бы не предложили интернет отключать, но в остальном без комментариев.
ФНС России опубликовали новый набор открытых данных, сведения о специальных налоговых режимах [4]. На сегодняшний день это чуть ли не единственный российский ФОИВ публикующий регулярно и обновляющий осмысленные наборы данных.

Ссылки:
[1] https://t.me/RakshaDemography/3911
[2] https://www.pnp.ru/social/a-iz-nashego-okna-zemlya-v-illyuminatore-vidna.html
[3] https://www.moscowtimes.ru/2024/10/22/yuzhnaya-koreya-zadumalas-opostavkah-letalnogo-vooruzheniya-ukraine-iz-za-privlecheniya-rossiei-soldat-kndr-a145553
[4] https://t.me/nalog_gov_ru/1529

#opendata #closeddata #russia
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
Написал краткий обзор новых возможностей [1] в Dateno, включая открытую статистику, расширенный поисковый индексы, фасеты и API.

Лонгриды буду и далее разворачивать на Substack на русском языке, а на английском языке на Medium [2]

Ссылки:
[1] https://open.substack.com/pub/begtin/p/dateno?r=7f8e7&utm_campaign=post&utm_medium=web&showWelcomeOnShare=true
[2] https://medium.com/@ibegtin/just-recently-we-updated-our-dateno-dataset-search-dateno-io-065276450829

#opendata #datasearch #dateno #datadiscovery
В рубрике как это устроено у них один из крупнейших научных репозиториев данных в мире ScienceBase.gov [1] поддерживается Геологической службой США (USGS) и содержит более чем 18.7 миллионов записей включающих наборы данных, точки подключения к API, файлы данных тайлов и многие другие относящиеся к геологии, геодезии, географии и другим гео наукам в США.

Большая часть записей там это разрезанные по регионам очень крупные базы данных такие как: National Elevation Dataset (NED) - 7.4 миллиона записей и
3D Elevation Program (3DEP) - 6.1 миллион записей и так далее.

Многие датасеты в этом репозитории - это описания физических объектов и содержан они, как машиночитаемое представление, так и многочисленные фотографии. Почти у всех датасетов есть геопривязка в форме точки на карте или полигон где находится множество точек/объектов.

Этот каталог по масштабам можно сравнить с Data.one и Pangaea, но по объёму и числу датасетов он гораздо больше.

При этом у него, как и у многих предметно тематических научных репозиториев, собственные API для доступа и форматы публикации метаданных. Это и собственная схема описания данных, и стандарт FGDC используемый в США, и стандарт ISO TC 211.

Важно и то что USGS требует от исследователей публиковать данные в этом репозитории и он непрерывно наполняется результатами профинансированных ими проектами, данных геофондов на уровне штатов и результатами работ научных институтов.

А с точки зрения поиска, это довольно хорошо структурированный репозиторий, с возможностью фасетного поиска. Из видимых недостатков у него нет bulk выгрузки метаданных, так чтобы была возможность выгрузить все записи целиком, да и некоторые датасеты тоже. Это кажется очень логичным, изучая практики публикации геномных данных, с одной стороны, с другой стороны в геологии нет такой всеобъемлющей широты использования онтологий и бесконечного числа идентификаторов. Датасеты менее гомогенны, но и в этом направлении явно идёт постепенная работа.

Ссылки:
[1] https://www.sciencebase.gov

#opendata #datasets #datacatalogs #geology #geography #geodata
Кстати, в качестве регулярного напоминания, кроме всего прочего какое-то время назад я занимался разработкой утилиты metacrafter, она довольно умело умеет идентифицировать семантические типы данных. При этом в ней нет нейросетей, ИИ, а лишь очень много правил в виде регулярных выражений и их аналога в синтаксисе pyparsing с помощью которых можно быстро сканировать базы данных и файлы для выявления смысловых полей данных.

Чтобы собрать те правила я тогда перелопатил около 10 порталов открытых данных и кучу других собранных датасетов для выявления повторяющихся типов данных. И то типов данных собрал больше чем потом сделал правил, реестр типов, при этом вполне живой.

Так вот одна из интересных особенностей Dateno - это бесконечный источник данных для обучения чего-либо. Например, у меня сейчас для экспериментальных целей уже собрано около 5TB CSV файлов из ресурсов Dateno, а также несколько миллионов мелких CSV файлов из потенциальных каталогов данных, ещё в Dateno не подключённых. А это гигантская база для обучения алгоритмов на выявление типовых паттернов и атрибутов.

Вообще в планах было подключить к Dateno возможность фильтрации по распознанным семантическим типам данных, правда уже сейчас понятно что самым распространённым атрибутом из CSV файлов будет геометрия объекта, атрибут the_geom который есть в каждом экспорте слоя карт из Geoserver.

В любом случае Dateno оказывается совершенно уникальным ресурсом для тех кто хочет поделать себе обучающих подборок данных на разных языках, в разных форматах, из разных стран и заранее обладающим множеством метаданных позволяющих упростить задачи классификации распознавания содержимого.

Я уже общался недавно с группой исследователей которые так вот запрашивали подборки CSV файлов именно на разных языках: английском, испанском, арабском и тд. и желательно из разных источников, чтобы были и примеры с ошибками, с разными разделителями и тд.

Впрочем в Dateno проиндексированы не только CSV файлы, но и многие JSON, NetCDF, Excel, XML, KML, GeoTIFF, GML, DBF и других. Можно собирать уникальные коллекции именно для обучения.

А какие файлы для каких задач для обучения нужны вам?

#opendata #thougths #dateno #algorithms
Большая область работы в дата инженерии - это геокодирование данных. Причём относится это не только к датасетам, но ко всем цифровым объектам для которых привязка к конкретной геолокации необходима.

Например, в Dateno есть геопривязка датасетов к странам, макрорегионам и субрегионам (территориям). Она, в большей части, реализована относительно просто. Изначально полувручную-полуавтоматически геокодированы источники данных, а их всего около 10 тысяч и далее с них геопривязка транслируется на датасеты. Это довольно простая логика работающая со всеми муниципальными и региональными порталами данных и куда хуже работающая в отношении национальных порталов данных, реестров индикаторов, каталогов научных данных и так далее.

Главная причина в том что национальные порталы часто агрегируют данные из локальных, научные данные могут происходить из любой точки мира, а индикаторы могут быть как глобальными, так и локализованными до стран, групп стран и отдельных городов и территорий.

Для самых крупных каталогов данных у нас есть дополнительная геопривязка датасетов через простое геокодирование стран по внутреннему справочнику и использованию pycountry.

Но это всё даёт геокодирование, максимум, 40-60% всех датасетов и многие значимые наборы данных привязки к конкретной стране/региону могут не иметь.

Что с этим делать?

Один путь - это использовать существующие открытые и коммерческие API геокодирования такие как Nominatim, Geonames, Googe, Yandex, Bing и другие. У автора библиотеки geocoder они хорошо систематизированы и можно использовать её как универсальный интерфейс, но одно дело когда надо геокодировать тысячи объектов и совсем другое когда десятки миллионов. Кроме того остаётся то ограничение что может не быть отдельных полей с данными геопривязки у первичных датасетов. На национальном портале могут быть опубликованы данные у которых геопривязка может быть только в названии или в описании, но не где-то отдельным полем.

Вот, например, набор данных исторических бюджетов города Мальмо в Швеции на общеевропейском портале открытых данных. Там геопривязка есть только до страны поскольку сам датасет в общеевропейский портал попадает со шведского национального портала открытых данных. При этом в публикации на шведском портале открытых данных можно через API узнать что там есть геокод города Malmo через Geonames и есть он в оригинальных данных на портале данных города.

При этом геоидентифицирующие признаки могут быть разнообразны, начиная со ссылок на geonames, продолжая ссылками на справочники Евросоюза, тэгами и просто текстовым описанием на любом условно языке.

Другой путь в попытке применить LLM для геокодирования в идеале так чтобы отправить туда JSON объект с кучей атрибутов и запросом на то чтобы по нему получить код территории/страны по ISO 3166-1 или ISO 3166-2.

Что выглядит интересно ещё и потому что у всех API геокодирования есть серьёзные ограничения на число запросов и на их кеширование.

И, наконец, данные о геопривязке могут быть в самих данных датасета, но это самая дорогая операция поскольку требует уже принципиально других вычислительных усилий.

#opendata #dateno #geodata #thoughts
Лично я постоянно ищу какие есть поисковики по данным, глобальные и национальные, а недавно обнаружил что оказывается такой поисковик есть у правительства Шотландии find.data.gov.scot и по многим параметрам он напоминает Dateno, что хорошо😜, но тысячу раз меньше поэтому не конкурент😂.

Итак, в Шотландии пр-во достаточно давно планирует осуществить открытие портала открытых данных data.gov.scot, но пока они этого не сделали они пошли по австралийскому пути создания национального поисковика по данным.

Всего на портале на главной странице декларируется что присутствует 17 тысяч датасетов, а на странице поиска только 11 тысяч. Метаданные о них собираются из примерно 60 источников данных (data hosts) через парсеры нескольких видов API.

Что мне нравится, ребята явно идут нашим путём и проанализировали не меньше пары сотен источников данных, систематизировали их API, идентифицировали ПО некоторых каталогов данных о которых я не знал (MetadataWorks, USmart и др.), но при этом про наш каталог Dateno registry явно не знали. Плюс у них в источниках данных многое что каталогами данных назвать нельзя, публикации файлов отдельными ведомствами, но для сбора датасетов на региональном уровне явно полезно..

В итоге поисковик у них получается, на самом деле, не совсем поисковик, поскольку у каждого датасета есть веб страница с метаданными.

Из всего что я видел - это, пока, наибольшее приближение к подходу в Dateno, за исключением, масштаба, конечно.

Если делать внутристрановой поисковик по данным то на их проект стоит обратить внимание. Они явно писали HTML парсеры под разделы статистики на многих сайтах и значительная часть датасетов там - это PDF файлы статистики нескольких инспекций.

В любом случае любопытно, в том числе как референсные оценки числа датасетов в Шотландии. В Dateno их сейчас около 8 тысяч, в этом местном поисковике их около 11 тысяч. Есть куда стремиться 🛠

#opendata #scotland #datasets #data #datasearch #dateno