Aspiring Data Science
371 subscribers
425 photos
11 videos
10 files
1.87K links
Заметки экономиста о программировании, прогнозировании и принятии решений, научном методе познания.
Контакт: @fingoldo

I call myself a data scientist because I know just enough math, economics & programming to be dangerous.
Download Telegram
#featureengineering #python #architecture

Возникла архитектурная задача. Мне нужно рассчитывать признаки на большом количестве дней. Сырые данные по дню лежат в 3 отдельных файлах. Что делается сейчас в цикле по дням:

1) файлы дня последовательно открываются как фреймы пандас, делается фильтрация и простой общий препроцессинг. работает 1 ядро. занимает 30 секунд.
2) обработанные файлы направляются в joblib.Parallel уже на все ядра с указанием, какой кусок данных просчитывать конкретному воркеру (ядру). работают все ядра, фаза занимает на текущем железе 10 минут. как происходит направление файлов: 2 передаются просто как параметры, их numpy прозрачно memmap-ит (в течение нескольких секунд). третий содержит столбец массивов (dtype=object), не родной тип numpy, поэтому memmap не происходит. приходится обработанный файл сохранять как временный(в паркет, это оказалось быстрее всего), и уже изнутри каждого рабочего потока открывать по ссылке. как и при сериализации, здесь дублируется RAM, но работает быстрее.

Неизбежно какие-то ядра заканчивают работу быстрее остальных, и в итоге утилизация процессора на какое-то время падает со 100% до, скажем, 30%. Ну и пока файлы готовятся, утилизация составляет жалкие проценты. Рабочие потоки, кстати, возвращают результаты как фреймы панадас, которые потом сливаются в 1 фрейм в главном потоке (2сек) и дампятся в файл (15сек). Итого выходит, что до 10% времени железо простаивает.

Как бы лучше организовать непрерывную подачу файлов и обеспечить постоянную загрузку поближе к 100%? Интуитивно, ближе к концу батча уже есть ресурсы, чтобы независимо подготовить следующий батч, и потом сразу наачать исполнять его на всех ядрах, но как это реализовать в коде?

Пока думаю в отдельном потоке готовить файлы и складывать в очередь, если её длина меньше 3. иначе спать минуту. А уже в основном потоке брать из очереди и засылать на параллельное выполнение. Да, вспомогательный поток уменьшит на 1 число рабочих потоков, но так кодить будет проще, утилизация повысится с 90% до 99%. Также надо подумать об асинхронном мёрдже и сохранении результатов. Может, как раз в тот же вспомогательный поток результаты засылать? Пока остальные молотят расчёты, этот пусть будет завхозом, который файлы открывает, готовит, результаты собирает и сохраняет...