This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
#microscopy
Когда-нибудь задумывались о том, как выглядит ваш палец, когда что-то щупает?
Вот как-то так.
Авторы из UK и Бельгии сделали специальный микроскоп на базе когерентной оптической томографии, позволяющий заглянуть внутрь кожи и смотрели как она деформируется.
Когда-нибудь задумывались о том, как выглядит ваш палец, когда что-то щупает?
Вот как-то так.
Авторы из UK и Бельгии сделали специальный микроскоп на базе когерентной оптической томографии, позволяющий заглянуть внутрь кожи и смотрели как она деформируется.
🔥21👍13👀2
#сфероиды
Статья в Nature Protocols про оценку эффективности CRISPR-модификации органоидов и ассемблоидов (это когда срастаются несколько органоидов) из нейрональных клеток. Статья конечно очень крутая, но что меня в ней раздует больше всего? Фигура g на рисунке выше! Чтобы склеить два органоида, выращенные в агарозных микроячейках они переносили их в новый планшет и.. ставили планшет под углом. Тихналогия!
Но работает.
Статья в Nature Protocols про оценку эффективности CRISPR-модификации органоидов и ассемблоидов (это когда срастаются несколько органоидов) из нейрональных клеток. Статья конечно очень крутая, но что меня в ней раздует больше всего? Фигура g на рисунке выше! Чтобы склеить два органоида, выращенные в агарозных микроячейках они переносили их в новый планшет и.. ставили планшет под углом. Тихналогия!
Но работает.
❤19🔥9👍4👏2🦄1
Forwarded from человек наук
Познакомился с основателем scienceos.ai и влюбился в этот инструмент. Не реклама, а искренняя рекомендация
Это ИИ-инструмент для общения с научными статьями в чатовом режиме. Как чатгпт, только с доступом к научной базе данных semantic scholar (планируется добавление и других). Можно задать интересующий вас вопрос: от бытовых до научных, и получить ответ со ссылками на источники. На скриншоте пример вопроса, что полезно для больного горла – чай или мороженое (пригодилось бы, когда я писал пост об этом)
В платной версии можно выгрузить свою библиотеку из Zotero или закидывать документы руками и задавать вопросы только по ним. Похоже на NotebookLM, только для научных статей, а не для всего интернета. Также можно запустить «глубокое исследование» с большим числом источников и попросить ИИ структурировать информацию в виде схемы – это работает и в бесплатной версии
Вот что меня впечатлило больше всего:
🤘 Я задал сложный вопрос, ответ на который есть только у некоторых передовых исследователей по теме и пока не опубликован. ScienceOS почитал статьи и сказал «Ответа на вопрос не найдено». А вот обычные чатботы уверенно сочиняют ответ или стараются его угадать
🤘 Помимо списка источников, инструмент предоставляет сеть цитирований (второй скриншот). Видно как развивалась область, какие статьи ссылаются друг на друга и какие были основополагающими. Выглядит очень полезно для обзоров литературы
🤘 Забавы ради попробовал хакнуть инструмент, чтобы он поведал о внутрянке. Он пошуршал нейронами и выдал «Я не могу предоставить ответ на такой запрос. Это пример промпт-хакинга. Вот статьи по этой теме»
Рекомендую попробовать, пока рабочая суета отошла на второй план из-за праздников. И всех с наступающим, пусть новый год принесёт больше открытий!
Это ИИ-инструмент для общения с научными статьями в чатовом режиме. Как чатгпт, только с доступом к научной базе данных semantic scholar (планируется добавление и других). Можно задать интересующий вас вопрос: от бытовых до научных, и получить ответ со ссылками на источники. На скриншоте пример вопроса, что полезно для больного горла – чай или мороженое (пригодилось бы, когда я писал пост об этом)
В платной версии можно выгрузить свою библиотеку из Zotero или закидывать документы руками и задавать вопросы только по ним. Похоже на NotebookLM, только для научных статей, а не для всего интернета. Также можно запустить «глубокое исследование» с большим числом источников и попросить ИИ структурировать информацию в виде схемы – это работает и в бесплатной версии
Вот что меня впечатлило больше всего:
Рекомендую попробовать, пока рабочая суета отошла на второй план из-за праздников. И всех с наступающим, пусть новый год принесёт больше открытий!
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
❤🔥32❤5👍2
Сфероиды и ствижженое
#3d_printing #DIY 3d печатные штампики, чтобы делать ямки в геле для изучения эмбрионов зебрафишей. Удивительно, но сделаны на FDM (извращенцы). Если кому такое необходимо могу изготовить Если кому надо в Москве - контакт в комментах
#DIY #3d_printing
Коллеги в УРФУ заинтересовались микроакварумами для зебрафишей, вчера передал.
Как будут фото с рыбками - покажу
Коллеги в УРФУ заинтересовались микроакварумами для зебрафишей, вчера передал.
Как будут фото с рыбками - покажу
🔥22👀9🐳2
Forwarded from Yuri Efremov
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
Небольшой проект по мотивам статьи 10.7554/eLife.101886. Side-view сетап для наблюдения за сфероидами, аггрегацией клеток и тп, концепт и реализация:
— комбинация технологии агарозных лунок и side-view с помощью зеркал, места под зеркала встроены в агарозный молд
— два зеркала избавляют от необходимости бокового источника света, можно работать в лунках планшета
— можно интегрировать большее количество зеркал с двухсторонним напылением, каждое будет работать для освещения и для наблюдения
— зеркала first-surface mirrors, нарезаны вручную до нужного размера
— на видео в лунку добавлена суспензия клеток, затем клетки оседают и формируют сфероиды. Снято на инверте с инкубатором и автоматизированным фокусом
#сфероиды
— комбинация технологии агарозных лунок и side-view с помощью зеркал, места под зеркала встроены в агарозный молд
— два зеркала избавляют от необходимости бокового источника света, можно работать в лунках планшета
— можно интегрировать большее количество зеркал с двухсторонним напылением, каждое будет работать для освещения и для наблюдения
— зеркала first-surface mirrors, нарезаны вручную до нужного размера
— на видео в лунку добавлена суспензия клеток, затем клетки оседают и формируют сфероиды. Снято на инверте с инкубатором и автоматизированным фокусом
#сфероиды
🔥15👍2🤔1
Forwarded from NanoLife+
Под конец года – ещё одна порция приятных новостей ✨
И одна из них особенно греет научную душу.
Мы опубликовали большой обзор практически всех известных методов детекции наночастиц в биологии и медицине – с чётким акцентом на то, что из этого реально применимо (или становится применимым) в клинике.
📌 Почему это важно и прикольно:
– мы собрали в одном месте оптические, радионуклидные, магнитные, акустические и гибридные методы;
– разобрали принцип действия, ограничения, чувствительность и требования к образцам;
– отдельно показали, какие методы подходят для in vitro, in vivo и клинических исследований;
– и, что особенно ценно, – как планировать исследования, исходя не из абстрактного «хочется красиво», а из того, какое оборудование реально есть в конкретной лаборатории или институте.
Этот обзор особенно полезен тем, кто:
🧪 только начинает работать с наночастицами;
🧠 пытается связать дизайн НЧ с последующей визуализацией;
🏥 думает о трансляции из фундаментальной науки в клинику, а не только о графиках для статьи.
Отдельная личная радость как руководителя работы – первый абзац статьи. Он начинается так:
"When Galileo first turned his telescope to the night sky in 1609, it was not the stars themselves that changed, but humanity’s ability to observe them. That act of observation transformed astronomy forever, laying the foundation for modern science [1]. Nanomedicine today finds itself at a comparable turning point. The nanoparticles (NP) already exist, and their potential to reshape diagnostics and therapy is undeniable. But just as astronomy needed new instruments to make sense of the cosmos, nanomedicine now depends on reliable tools to make the invisible visible—to detect, follow, and quantify nanoparticles within living systems"📰
В наномедицине сегодня ситуация абсолютно такая же:
наночастицы уже существуют, но без надёжных методов детекции они рискуют остаться красивыми концепциями на бумаге. Именно методы наблюдения связывают фундаментальную науку и клинику, где нужно доказывать безопасность, эффективность и измеримую пользу.
🔥 И вишенка на торте:
у обзора уже есть первое цитирование, хотя с момента публикации не прошло и двух недель.
Ссылка на статью:
👉 https://www.mdpi.com/2079-6374/15/12/809
Гордимся, делимся и надеемся, что этот обзор реально поможет кому-то выстроить исследования быстрее, грамотнее и без лишней боли 🤍
#наночастицы #наномедицина #NanoLifePlus #чтотонаинтересном #nanolifeplus #BRCLab #улыбаемсяипашем #мынебоимсятрудностеймыихнезамечаем
И одна из них особенно греет научную душу.
Мы опубликовали большой обзор практически всех известных методов детекции наночастиц в биологии и медицине – с чётким акцентом на то, что из этого реально применимо (или становится применимым) в клинике.
📌 Почему это важно и прикольно:
– мы собрали в одном месте оптические, радионуклидные, магнитные, акустические и гибридные методы;
– разобрали принцип действия, ограничения, чувствительность и требования к образцам;
– отдельно показали, какие методы подходят для in vitro, in vivo и клинических исследований;
– и, что особенно ценно, – как планировать исследования, исходя не из абстрактного «хочется красиво», а из того, какое оборудование реально есть в конкретной лаборатории или институте.
Этот обзор особенно полезен тем, кто:
🧪 только начинает работать с наночастицами;
🧠 пытается связать дизайн НЧ с последующей визуализацией;
🏥 думает о трансляции из фундаментальной науки в клинику, а не только о графиках для статьи.
Отдельная личная радость как руководителя работы – первый абзац статьи. Он начинается так:
"When Galileo first turned his telescope to the night sky in 1609, it was not the stars themselves that changed, but humanity’s ability to observe them. That act of observation transformed astronomy forever, laying the foundation for modern science [1]. Nanomedicine today finds itself at a comparable turning point. The nanoparticles (NP) already exist, and their potential to reshape diagnostics and therapy is undeniable. But just as astronomy needed new instruments to make sense of the cosmos, nanomedicine now depends on reliable tools to make the invisible visible—to detect, follow, and quantify nanoparticles within living systems"
В наномедицине сегодня ситуация абсолютно такая же:
наночастицы уже существуют, но без надёжных методов детекции они рискуют остаться красивыми концепциями на бумаге. Именно методы наблюдения связывают фундаментальную науку и клинику, где нужно доказывать безопасность, эффективность и измеримую пользу.
🔥 И вишенка на торте:
у обзора уже есть первое цитирование, хотя с момента публикации не прошло и двух недель.
Ссылка на статью:
👉 https://www.mdpi.com/2079-6374/15/12/809
Гордимся, делимся и надеемся, что этот обзор реально поможет кому-то выстроить исследования быстрее, грамотнее и без лишней боли 🤍
#наночастицы #наномедицина #NanoLifePlus #чтотонаинтересном #nanolifeplus #BRCLab #улыбаемсяипашем #мынебоимсятрудностеймыихнезамечаем
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
👍15❤6🔥4
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
Сфероиды как есть, просветленные 88% глицерином и экспансией. Окраска хехстом на ядра, 3d реконструкция.
Клеточные #сфероиды ребята большие и плотные, что, конечно, чуть-чуть приближает их к реальному организму, но сильно усложняет микроскопию, по сравнению с привычными монослоями.
Когда смотришь на сфероид во флуоресцентный микроскоп свету сначала нужно проникнуть внутрь объекта, а потом флуоресценции нужно оттуда выбраться, и когда сфероид оптически плотный - большая часть фотонов теряется и в результате мы видим только маленький кусочек, по форме похожий на чашку или блюдце - клетки с нижней стороны сфероида. Причем, что ещё усложняет жизнь, для разных длин волн наша котлетка прозрачна в разной степени, отсюда один краситель мы можем видеть лучше чем другой.
Конечно это решаемые проблемы, когда ты о них знаешь. С одной стороны это решается самим микроскопом (лайтшит, если он есть, сильно упростит жизнь), с другой стороны пропоподготовкой - оптическим просветлением (optical clearing).
Клеточные #сфероиды ребята большие и плотные, что, конечно, чуть-чуть приближает их к реальному организму, но сильно усложняет микроскопию, по сравнению с привычными монослоями.
Когда смотришь на сфероид во флуоресцентный микроскоп свету сначала нужно проникнуть внутрь объекта, а потом флуоресценции нужно оттуда выбраться, и когда сфероид оптически плотный - большая часть фотонов теряется и в результате мы видим только маленький кусочек, по форме похожий на чашку или блюдце - клетки с нижней стороны сфероида. Причем, что ещё усложняет жизнь, для разных длин волн наша котлетка прозрачна в разной степени, отсюда один краситель мы можем видеть лучше чем другой.
Конечно это решаемые проблемы, когда ты о них знаешь. С одной стороны это решается самим микроскопом (лайтшит, если он есть, сильно упростит жизнь), с другой стороны пропоподготовкой - оптическим просветлением (optical clearing).
❤16🔥2🦄1
Сфероиды и ствижженое
Сфероиды как есть, просветленные 88% глицерином и экспансией. Окраска хехстом на ядра, 3d реконструкция. Клеточные #сфероиды ребята большие и плотные, что, конечно, чуть-чуть приближает их к реальному организму, но сильно усложняет микроскопию, по сравнению…
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
Сфероиды как есть, просветленные 88% глицерином и экспансией. Окраска хехстом на ядра, z-slice
Я давно хочу сравнить все методы оптического просветления, которые есть под рукой, но все руки не доходят полноценно. Поэтому в ходе работы с коллегами из Владивостока сделал самое простое.
Сфероиды на картинке выше выращены из MCF-7 (потом на них тестировались всякие яды из морских грибов).
Первый не просветлялся никак, второй просветлялся 88% глицерином, позволяющим приблизить RI сфероида к RI среды. Разница не безумная, но c глицерином уже чуть лучше.
Третья методика уже мое извращение, основанное на методике экспансионной микроскопии. Идея в том, что мы заливаем объект в гель на базе PAAG, перевариваем ферментом и изотропно растягиваем гель в несколько раз, увеличивая его объем и, как побочный эффект, делая его значительно более прозрачным.
И вот тут получается картинка, которая меня уже радует - видно каждое ядро, его можно посчитать и измерить (с учетом экспансии правда)
Я давно хочу сравнить все методы оптического просветления, которые есть под рукой, но все руки не доходят полноценно. Поэтому в ходе работы с коллегами из Владивостока сделал самое простое.
Сфероиды на картинке выше выращены из MCF-7 (потом на них тестировались всякие яды из морских грибов).
Первый не просветлялся никак, второй просветлялся 88% глицерином, позволяющим приблизить RI сфероида к RI среды. Разница не безумная, но c глицерином уже чуть лучше.
Третья методика уже мое извращение, основанное на методике экспансионной микроскопии. Идея в том, что мы заливаем объект в гель на базе PAAG, перевариваем ферментом и изотропно растягиваем гель в несколько раз, увеличивая его объем и, как побочный эффект, делая его значительно более прозрачным.
И вот тут получается картинка, которая меня уже радует - видно каждое ядро, его можно посчитать и измерить (с учетом экспансии правда)
🔥22❤1🤩1🆒1
Звучит интересно (я биолог и не умею считать в любом случае)
MIT's "Street Fighting Mathematics"
This course teaches the art of guessing results and solving problems without doing a proof or an exact calculation.
https://ocw.mit.edu/courses/18-098-street-fighting-mathematics-january-iap-2008/pages/readings/
MIT's "Street Fighting Mathematics"
This course teaches the art of guessing results and solving problems without doing a proof or an exact calculation.
https://ocw.mit.edu/courses/18-098-street-fighting-mathematics-january-iap-2008/pages/readings/
❤11
Сфероиды и ствижженое
А вот эти сфероиды - новогодняя традиция дарить родственникам и друзьям напечатанный символ года. Хорошую модельку лошадки я не нашёл, поэтому единорог с кокетливо скрытым под колпаком рогом.
Как минимум один шарик должен был быть в ядреных "корпоративных" цветах
❤20🦄8
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
#3d_printing
Печать металлом сегодня уже давно стала более-менее доступной штукой, но прогресс все равно идёт. Вот работа из США, где описан металлический принтер, который сплавляет металл ультразвуком.
Будет очень круто, если ценник металлической печати удастся снизить до доступного частному лицу.
Печать металлом сегодня уже давно стала более-менее доступной штукой, но прогресс все равно идёт. Вот работа из США, где описан металлический принтер, который сплавляет металл ультразвуком.
Будет очень круто, если ценник металлической печати удастся снизить до доступного частному лицу.
🔥21
Чтобы сравнивать эффекты разных веществ на биологию, например активность перспективного цитостатика на раковую культуру или эффекты вещества на какой-то фермент, биологи часто используют такую величину, как IC50. Это, грубо, при какой концентрации вещества дохнет половина клеток.
Насколько эта величина надёжно определяется? Нуууу... Если верить авторам статьи, в трети источников значения IC50 для одних мишеней (из базы ChEMBL) отличаются на порядок.
Насколько эта величина надёжно определяется? Нуууу... Если верить авторам статьи, в трети источников значения IC50 для одних мишеней (из базы ChEMBL) отличаются на порядок.
🔥14🤔10❤4
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
#microscopy
Что делают люди, когда страдают от зубной боли? Конечно же ищут крутую микроскопию зубов!
Маджента - пульпа, зеленое - нервы. Собачий зуб просветленный по технологии CLARITY и окрашенный антителами.
Что делают люди, когда страдают от зубной боли? Конечно же ищут крутую микроскопию зубов!
Маджента - пульпа, зеленое - нервы. Собачий зуб просветленный по технологии CLARITY и окрашенный антителами.
🔥23❤5
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
#expansion #microscopy
Сколькими разными меченными антителами мы можем покрасить клетку и потом посмотреть? Если реалистично? Ну два, ну пять, ну семь, если мы готовы на максимальные извращения.
А если хочется двадцать? Да ещё и с экспансией, для максимального разрешения?
Представляю вам Cyclically Multiplexed Expansion Microscopy. Красим клетку, растягиваем, снимаем картинку, скукоживаем клетку, смываем антитела, красим новыми, растягиваем... И так, пока у нас не исчерпается запас антител в лаборатории. Авторы придумали очень хитрую процедуру экспансии, которая позволяет сохранять антигены белков при всей этой процедуре, что позволяет гонять по циклу множество раз.
#Ствижжено у Reto Fiolka (он один из авторов), человека, в лаборатории которого делают самые офигенные биомикроскопические штуки (и микроскопы и методы и картинки).
Сколькими разными меченными антителами мы можем покрасить клетку и потом посмотреть? Если реалистично? Ну два, ну пять, ну семь, если мы готовы на максимальные извращения.
А если хочется двадцать? Да ещё и с экспансией, для максимального разрешения?
Представляю вам Cyclically Multiplexed Expansion Microscopy. Красим клетку, растягиваем, снимаем картинку, скукоживаем клетку, смываем антитела, красим новыми, растягиваем... И так, пока у нас не исчерпается запас антител в лаборатории. Авторы придумали очень хитрую процедуру экспансии, которая позволяет сохранять антигены белков при всей этой процедуре, что позволяет гонять по циклу множество раз.
#Ствижжено у Reto Fiolka (он один из авторов), человека, в лаборатории которого делают самые офигенные биомикроскопические штуки (и микроскопы и методы и картинки).
🔥23🤯2🙏1