✏️یک پایگاه داده از ساختار پروتئین ویروس کرونا با وضوح بالا

ویروس SARS-CoV2، عامل اتیولوژیک COVID-19، تهدید عمومی و فوری برای سلامت جهانی می‌باشد. نیاز فوری به واكسن‌های موثر و داروهای درمانی، منجر به افزایش سریع تعیین ساختار و تعداد ساختارهای سه بعدی با وضوح بالا پروتئین‌های SARS-CoV2 می‌شود كه در مجموع، نقشه‌ای از آسیب‌پذیری ویروس را نشان می‌دهد. برای کمک به طراحی واکسن‌ها و روش‌های درمانی مبتنی بر ساختار، در برابر SARS-CoV2 و ویروس‌های مختلف کرونا، این مطالعه پایگاه داده و منبع ساختاری پروتئین ویروس کرونا را با نام CoV3D ایجاد کرده است که به صورت هفتگی به روزرسانی می‌شود. این پایگاه داده مجموعه‌های کاملی از ساختار پروتئین‌های ویروس کرونا، ساختار ویروس-آنتی‌بادی و همچنین ویروس‌های مجتمع شده با گیرنده‌ها و مولکول‌های کوچک را در اختیار کاربران قرار می‌دهد. ساختار مولکولی مجتمع شده به کاربران امکان می‌دهد تا ساختار اسپایک گلیکوپروتئین را غربال‌گری نمایند. این ساختار اسپایک گلیکوپروتئین هدف اصلی آنتی بادی‌های خنثی کننده بوده و می‌تواند کمک شایانی به ساخت واکسن و مجموعه آنتی بادی پروتئین اسپایک نمایند.

ادامه مطلب...


تعداد کلمات: 600 کلمه
⏰زمان مطالعه:4دقیقه

📝 تهیه و تنظیم:#پرهام_حاجی_شفیع
دانش آموخته کارشناسی ارشد #بیوانفورماتیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

#سوژه_های_برگزیده

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
وب سایت:
🌐https://www.codecool.ir
اینستاگرام
@codecool_bioinformatics🌟
تلگرام:
@Iran_Bioinformatics💫

📌منبع:
academic

📎 ترکیب حس بینایی و لامسه در ربات‌ها


✏️ دانشمندان پروژه مغز انسان در EBRAINS، یادگیری عمیق الهام گرفته از مغز را به ربات‌های زیست تقلید متصل کردند.

اینکه چطور مغز به ما اجازه می‌دهد تا جهان را درک و پیمایش کنیم، یکی از جذاب‌ترین جنبه‌های شناخت است. هنگام جهت‌‎گیری، ما دائماً اطلاعات مربوط به حواس ششگانه خود را به روشی ظاهراً بی دردسر ترکیب می‌کنیم، ویژگی که حتی پیشرفته‌ترین سیستم‌های هوش مصنوعی نیز در صدد تقلید آن هستند.در زیرساخت‌های تحقیقاتی جدید EBRAINS، دانشمندان علوم مغز و اعصاب شناختی با همکاری مدل‌سازهای محاسباتی و رباتیک در تلاش هستند تا بتوانند مکانیزم عصبی چنین پدیده‌ای (ترکیب حواس) را درک کنند. آنها برای این کار ربات‌هایی را ساخته‌اند که عملکرد داخلی آنها مبتنی بر تقلید از مغز است.Cyriel Pennartz، استاد علوم اعصاب شناختی در دانشگاه آمستردام می‌گوید: "ما معتقدیم که ربات‌ها می‌توانند با استفاده از دانش مغز بهبود یابند. اما در عین حال‌، می‌توانند به ما در درک بهتر مغز نیز کمک کند."

در پروژه مغز انسان، Pennartz با کمک مدل‌سازان محاسباتی Shirin Dora, Sander Bohte and Jorge می‌خواهند مدل شبکه عصبی پیچیده‌ای را ایجاد کنند که قادر است، داده‌های حسی واقعی که از یک موش گرفته شده است را درک (پردازش) نماید. نام این مدل Multiprednet است و از سه بخش ورودی دیداری، ورودی لمسی و بخش ترکیب کننده (دیداری و لمسی) تشکیل شده است. به گفته Pennartz این مدل قادر است که، آنچه را می‌بیند احساس کند و همینطور آنچه را که احساس می‌کند، ببیند. روش آموزش این مدل همانند یادگیری مغز ما انسان‌ها است. در واقع دانشمندان فکر می‌کنند که مغز با تولید مداوم پیش‌بینی‌ها درمورد جهان و مقایسه آن با ورودی‌های حسی و اصلاح شبکه نورونی، فرآیند یادگیری را انجام می‌دهد.

ادامه مطلب...

📝تعداد کلمات: 454
⏰زمان مطالعه: 3 تا 4 دقیقه


📝 تهیه و تنظیم:#کریم_رحیمیان
دانشجوی کارشناسی ارشد #بیوانفورماتیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

#سوژه_های_برگزیده


✅کانال بیوانفورماتیک ایران
وب سایت:
🌐https://www.codecool.ir
اینستاگرام
@codecool_bioinformatics🌟
تلگرام:
@Iran_Bioinformatics💫
📌منابع:
Neurosciencenews

نمای ساختاری سه بعدی شناسایی پاتوژن توسط گیرنده‌های لکتین در پستانداران


انسان و سایر پستانداران با شناختن عوامل غیر‌خودی در برابر عوامل بیماری زای بیرونی مقاومت می‌کنند.
بدن آن‌ها چطور این کار را انجام می‌دهد؟ پاسخ در تشخیص گیرنده‌های لکتین پستانداران از گلیکان‌ها است که معمولاً در سطح عوامل بیماری‌زا یافت می شوند و ساختار شیمیایی آن‌ها خاص گونه است. بعضی از اجزای گلیکان، مانند گالاکتوفورانوز، فقط در میکروب‌ها وجود دارد و عامل اصلی است که گیرنده‌های لکتین پستانداران غیر خود را تشخیص می‌دهند. اکثر لکتین‌ها دارای مکان‌های اتصال مونوساکارید اولیه و ثانویه هستند که با هم ویژگی گیرنده گلیکان‌های میکروبی را تعیین می کنند.
چگونه گیرنده‌های لکتین پستانداران چنین گلیکان‌های برون‌زایی را از گلیکان‌های درون‌زای فراوان تشخیص می دهند؟ پاسخ توسط ساختار‌های سه بعدی و حالت‌های متقابل گیرنده‌های لکتین پستانداران ارائه شده‌است. ساختار‌های سه بعدی گیرنده‌های لکتین در بانک اطلاعات پروتئین (PDB) وجود دارد و بدین‌صورت می‌توان بررسی کرد که چگونه گلیکان توسط گیرنده‌های لکتین شناخته می‌شود.

این مقاله که در ماه May سال 2021 در Frontiers in Molecular Biosciences به چاپ رسیده‌است، می‌تواند مقدمه‌ای باشد بر دانش فعلی موجود در مورد مکانیسم‌های شناسایی پاتوژن توسط گیرنده‌های لکتین در پستانداران.

ادامه‌ی مطلب...

📝تعداد کلمات: ۵۰۸ کلمه
⏰زمان مطالعه: حدود ۴ دقیقه

📝تهیه و تنظیم: #فاطمه_محمدی
دانشجوی دکتری #بیوفیزیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

#سوژه_های_برگزیده

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
وب سایت:
🌐https://www.codecool.ir
اینستاگرام
@codecool_bioinformatics🌟
تلگرام:
@Iran_Bioinformatics💫

📌منبع:
Frontiersin

📌لینک مقاله:
NCBI

✏️محاسبات بدون سرور چیست

محاسبات بدون سرور روشی برای ارائه خدمات Backend به صورت معمول است. یک ارائه دهنده بدون سرور به کاربران اجازه می‌دهد بدون هیچ نگرانی در مورد زیرساخت‌های اساسی، کدی را بنویسند و کامپایل کرده و فراخوانی نمایند. شرکتی که از یک فروشنده بدون سرور خدمات دریافت می‌کند، بر اساس میزان محاسبه سرور شارژ می‌شود و مجبور نیستند مقدار مشخصی از پهنای باند یا تعداد سرورها را رزرو و پرداخت کند، زیرا پایه اصلی این سرویس مقیاس خودکار است. باید توجه داشت که با وجود نام سرویس بدون سرور، همچنان از سرورهای فیزیکی استفاده می‌شود اما توسعه دهندگان نیازی به آگاهی از آنها ندارند.
در روزهای ابتدایی وب و اپلیکیشن‌های بر پایه وب، کسی که می خواست یک برنامه تحت وب پیاده‌سازی کند باید سخت افزار فیزیکی مورد نیاز برای راه‌اندازی سرور را تهیه می‌نمود که معمولا این کاری بسیار سخت، فنی و گران است. سپس رایانش ابری(Cloud Computing) به‌وجود آمد، جایی که تعداد ثابت سرورها یا مقداری فضای سرور از راه دور توسط توسعه‌دهندگان وب اجاره می‌گردید. هم اکنون نیز توسعه‌دهندگان و شرکت‌هایی که این واحدهای ثابت فضای سرور را اجاره می‌کنند معمولاً بیش از حد مورد نیاز خود رزرو می‌نمایند تا اطمینان حاصل شود که افزایش ترافیک یا فعالیت آن‌ها از حد ماهیانه ذکر شده در قرارداد فراتر نمی‌رود. زیرا در صورت بروز چنین اتفاقی محاسباتشان ممکن است قبل از رسیدن به نتایج مطلوب متوقف شود و این امر کابوسی برای شرکت های توسعه دهنده وب است.

ادامه مطلب را اینجا بخوانید.

تعداد کلمات: 600 کلمه
⏰زمان مطالعه:4دقیقه

📝 تهیه و تنظیم:#پرهام_حاجی_شفیع
دانش آموخته کارشناسی ارشد #بیوانفورماتیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

شنبه‌ها : #سوژه_های_برگزیده

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
وب سایت:
🌐https://www.codecool.ir
اینستاگرام
@codecool_bioinformatics🌟
تلگرام:
@Iran_Bioinformatics💫

📌منبع:
Cloudflare

📎کامل‌ترین نقشه سیاه‌ چاله‌ها توسط تلسکوپ اشعه ایکس

✏️ تلسکوپ فضایی eROSITA، در حال ایجاد دقیقترین نقشه در از سیاه چاله‌ها و ستاره‌های نوترونی است. این دستگاه در دو سال گذشته بیش از 3 میلیون شی جدید در آسمان پیدا کرده است. این تلسکوپ که در سال 2019 کار خود را آغاز کرده است اولین تلسکوپ مبتنی بر اشعه ایکس است که قابلیت عکس برداری از کل آسمان را دارد و در ناحیه‌‌ای موسوم به لاگرانژ 2 (یکی از 5 نقطه پایدار در سیستم زمین-خورشیدی) قرار گرفته است، جایی که نیروهای جاذبه بین زمین و خورشید در حالت تعادل قرار دارد. جایگاه تلسکوپ این امکان را می‌دهد که دید واضحی از کل جهان داشته باشد و ابزار قدرتمند تشخیص اشعه ایکس عملکرد آن را دوچندان می‌کند.


ادامه مطلب ...


📝تعداد کلمات: 477
⏰زمان مطالعه: 4 دقیقه

📝 تهیه و تنظیم:#کریم_رحیمیان
دانشجوی کارشناسی ارشد #بیوانفورماتیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

شنبه : #سوژه_های_برگزیده

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
وب سایت:
🌐https://www.codecool.ir
اینستاگرام
@codecool_bioinformatics🌟
تلگرام:
@Iran_Bioinformatics💫
📌منابع:
Space

🎯نقش هیپوکسی درتوسعه سلول‌های سرطانی، رویکرد جدیدی برای درمان


هیپوکسی یا همان کاهش سطح اکسیژن یکی از ویژگی‌های مشترک تومور‌های متراکم و منسجم است و به دلیل رشد سریع تومور به‌وجود می‌‌آید. گاهی رشد تومور به‌قدری زیاد می‌شود که رگ‌های محیطی توانایی تأمین اکسیژن و مواد مورد نیاز توده سلولی را ندارند، همین امر باعث می‌شود فرایند آنژیوژنز یا رگ‌زایی فعال شود. به همین دلیل می‌توان بین هیپوکسی و متاستاز تومور رابطه برقرار کرد. زمانیکه آنژیوژنز فعال شود، رشد تومور بیشتر می‌شود، در نتیجه می‌تواند تهاجم را افزایش دهد و خطر متاستاز، افزایش بقای تومور و همچنین سرکوب سیستم ایمنی و ایجاد اختلال در درمان تومور را به همراه داشته‌باشد.

هیپوکسی این تأثیرات را با چندین مکانیسم بالقوه ایجاد می‌کند. تغییر بیان ژن، فعال سازی انکوژن‌ها، غیر فعال سازی ژن‌های سرکوب کننده تومور، کاهش ثبات ژنومی و ... از جمله این مکانیسم‌ها است.

در این مقاله مروری که در ۲۱ ژانویه سال جاری در ژورنال Cancer Cell International به چاپ رسیده‌است، راهکار‌های احتمالی برای مدیریت هیپوکسی در محیط اطراف تومور بررسی شده‌است.



ادامه‌ی مطلب...


📝تعداد کلمات: ۵۵۸ کلمه
⏰زمان مطالعه: حدود ۳ دقیقه

📝تهیه و تنظیم: #فاطمه_محمدی
دانشجوی دکتری #بیوفیزیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس


#سوژه_های_برگزیده


✅کانال بیوانفورماتیک ایران
وب سایت:
🌐https://www.codecool.ir
اینستاگرام
@codecool_bioinformatics🌟
تلگرام:
@Iran_Bioinformatics💫

📌منبع:
Cancerci
📌لینک مقاله:
Cancerci

✏️واقعیت مجازی و واقعیت افزوده


اصطلاحات واقعیت مجازی (Virtual Reality) و واقعیت افزوده(Augmented Reality) بسیار مورد استفاده قرار می‌گیرد. هدست‌های واقعیت مجازی ، مانند Oculus Quest یا Valve Index و برنامه‌ها و بازی‌های واقعیت افزوده، مانند Pokemon Go ، هنوز هم محبوب هستند. آنها از نظر ساختار شبیه به‌نظر می‌رسند و با پیشرفت فناوری‌های مرتبط، کمی در یکدیگر ادغام می‌شوند. اما آنها دو مفهوم کاملاً متفاوت هستند، با ویژگی‌هایی که به آسانی یکی را از دیگری متمایز می‌کند.
✏️ابزار واقعیت مجازی چیست؟
هدست‌های واقعیت مجازی کاملاً بینایی شما را تحت‌تأثیر قرار می‌دهند تا این تصور را به شما القا کنند که در جای دیگری هستیدHTC Vive Cosmos ، PlayStation VR ، Oculus Quest ،Valve Index و هدست‌های دیگر مات هستند و هنگام استفاده از آن‌ها محیط اطراف شما را مسدود می‌کنند. اگر آن‌ها را هنگامی که خاموش هستند بپوشید، ممکن است فکر کنید چشمانتان بسته است و هیچگونه دیدی به بیرون ندارند.
با روشن شدن هدست، پنل های LCD یا OLED در داخل توسط لنزها شکسته می‌شوند تا میدان دید شما را با آنچه نمایش داده می‌شود پر کنند. موارد استفاده آن‌ها می‌تواند یک بازی، یک فیلم 360 درجه یا فقط فضای مجازی رابط پلتفرم‌ها باشد. از نظر بصری، شما به هر کجا که هدست می خواهد می‌توانید بروید و دنیای بیرون‌ برای شما با یک دستگاه مجازی جایگزین می‌شود.
هدست‌های VR متصل مانند Index و PS VR و هدست های VR مستقل، مانند Quest 2، از ردیاب حرکت شش درجه (6DOF) استفاده می‌کنند. در‌ این فناوری از حسگرها یا دوربین‌های خارجی یا دوربین‌های رو به بیرون استفاده می‌شود. این بدان معناست که هدست‌ها نه تنها جهت حرکت شما را تشخیص می‌دهند، بلکه هر‌حرکتی را که در آن جهت انجام دهید ، تشخیص می دهند. این خصوصیت همراه با کنترل کننده‌های حرکت 6DOF ، به شما امکان می‌دهد در یک فضای مجازی، با دستان مجازی حرکت کنید. این فضا معمولاً به عرض چند متر مربع محدود می‌شود ، اما بسیار واقعی‌تر از این است که فقط بی‌حرکت بایستید و در جهات مختلف نگاه کنید. تنها اشکال آن این است که باید مراقب باشید به کابل‌هایی که هدست را به رایانه یا سیستم بازی شما متصل می‌کند برخورد نکنید و باعث پاره شدن آن‌ها نشوید.

ادامه مطلب...

تعداد کلمات: حدود 800 کلمه
⏰زمان مطالعه:5 دقیقه

📝 تهیه و تنظیم:#پرهام_حاجی_شفیع
دانش آموخته کارشناسی ارشد #بیوانفورماتیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

شنبه‌ها : #سوژه_های_برگزیده

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
وب سایت:
🌐https://www.codecool.ir
اینستاگرام
@codecool_bioinformatics🌟
تلگرام:
@Iran_Bioinformatics💫

📌منبع:
Pcmag

✏️شبکه‌هاي هوشمند و تکنيک پردازش سيگنال

شبکه‌هاي هوشمند یک زمینه تحقیقاتی در حال ظهور در دهه اخیر است. يکي از بزرگترين پروژه‌هاي شبکه‌هاي هوشمند در شبکه برق رساني کشورهاي صنعتي مورد استفاده قرار گرفته است. از ویژگی‌های متمایز شبکه‌هاي هوشمند مي‌توان به قابلیت نظارت و یکپارچه‌سازی داده‌ها، تجزیه و تحلیل پیشرفته برای پشتیبانی از کنترل سیستم، افزایش امنیت برق و ارتباط موثر برای تامين تقاضای برق اشاره نمود. مصرف انرژی کارآمد و حداقل هزینه‌ها نیز در ویژگی‌های فوق‌العاده شبکه هوشمند گنجانده شده است. پیاده‌سازی شبکه هوشمند مستلزم تعامل هوشمند بین دستگاه‌های تولید کننده و مصرف کننده برق است که می‌توان با نصب دستگاه‌هایی که قادر به پردازش داده‌ها هستند آن‌ها را محاسبه نمود. کارایی این دستگاه‌ها بستگی زیادی به انتخاب و اجرای تکنیک‌های پیشرفته پردازش سیگنال دیجیتال دارد. این مقاله یک بررسی جامع در مورد کاربرد تکنیک‌های پردازش سیگنال در شبکه‌های هوشمند، و چالش‌ها و کاستی‌های این تکنیک‌ها ارائه کرده است. علاوه بر این، برخی از جهت‌های تحقیقاتی آینده را در ارتباط با کاربردهای پردازش سیگنال در شبکه‌های هوشمند ترسیم می‌کند. در چنین سناریوی پیچیده‌ای، تکنیک‌های پردازش سیگنال برای درک، برنامه‌ریزی، طراحی و راه اندازی شبکه‌های الکترونیکی هوشمند آینده پیچیده و ضروری است. علاوه بر این، پردازش سیگنال کاربردهای گسترده‌ای دارد و در حال تبدیل شدن به یک ابزار مهم برای تجزیه و تحلیل سیستم قدرت الکتریکی است. این به این دلیل است که اندازه گیری‌های بازیابی شده از مکان‌های متعدد شبکه می‌تواند برای تجزیه و تحلیل داده‌ها استفاده شود.

ادامه مطلب ...

تعداد کلمات: حدود 550 کلمه
⏰زمان مطالعه: حدود 4 دقیقه

📝 تهیه و تنظیم:#پرهام_حاجی_شفیع
دانش آموخته کارشناسی ارشد #بیوانفورماتیک آزمایشگاه #بیوانفورماتیک دانشگاه #تربیت_مدرس

#سوژه_های_برگزیده

✅کانال بیوانفورماتیک ایران
وب سایت:
🌐https://www.codecool.ir
اینستاگرام
@codecool_bioinformatics🌟
تلگرام:
@Iran_Bioinformatics💫

📌منبع:
https://hcis-journal.springeropen.com/articles/10.1186/s13673-018-0126-9