📌 آموزش اجرای Mendelian Randomization (MR) با R؛ از دریافت GWAS تا تحلیل و بررسی حساسیت

🔴 توضیحات ◀️

🔴 دوستان در "این پست"، در مورد MR توضیحات ابتدایی ارائه شد؛ تو یه ورک‌فلو استاندارد برای اجرای MR، ابتدا SNPهای مناسب به عنوان ابزار ژنتیکی برای Exposure انتخاب می‌شن، بعد اثر همین SNPها روی Outcome استخراج می‌شه؛ سپس، دو مجموعه داده از نظر آلل‌ها Harmonise می‌شن و در نهایت MR با روش‌هایی مثل IVW، MR-Egger، Weighted Median و Weighted Mode انجام می‌شه. در ادامه یک ورک‌فلو عملی برای بررسی رابطه BMI و Coronary Artery Disease/Heart Disease با استفاده از دیتابیس OpenGWAS و پکیج TwoSampleMR آورده شده.

1️⃣ نصب و ایمپوت پکیج‌ها.

remotes::install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")
library(TwoSampleMR)
library(data.table)
library(dplyr)
library(ggplot2)
library(forestploter)
library(MRPRESSO)
library(ieugwasr)

2️⃣ اتصال به OpenGWAS؛ برای اتصال به دیتابیس OpenGWAS به ساخت اکانت و تولید یک API نیاز دارید. برای این کار ابتدا وارد سایت api.opengwas.io/profile/ بشید و با یک ایمیل آکادمیک، ثبت‌نام کنید؛ لینک تأیید به ایمیل‌تون ارسال می‌شه و با زدن این لینک، می‌تونید وارد پروفایل‌تون در OpenGWAS بشید. در قدم بعد، از قسمت Token (JWT)، توکن مخصوص خودتون رو کپی کنید. بعد با کد زیر، یک .Renviron بسازید و مراحل گفته شده رو انجام بدید.

file.edit("~/.Renviron")
OPENGWAS_JWT=copy your token!
Save!
Restart R!

می‌تونید توکن خودتون رو چک کنید.

ieugwasr::get_opengwas_jwt() 
ieugwasr::user()

3️⃣ انتخاب GWAS مناسب؛ در این آموزش، BMI به عنوان Exposure و Coronary Artery Disease (CAD) به عنوان Outcome در نظر گرفته شده.

ao <- available_outcomes() 
bmi_gwas <- ao[grepl("body mass index|BMI", ao$trait, ignore.case = TRUE), ] 
cad_gwas <- ao[grepl("coronary artery disease | coronary heart disease", ao$trait, ignore.case = TRUE), ]

4️⃣ انتخاب SNPهای Instrument؛ تو این مثال SNPهای مرتبط با BMI انتخاب می‌شن.

exposure_dat <- extract_instruments(outcomes = "ieu-b-40", p1 = 5e-8, clump = 1, r2 = 0.001, kb = 10000)

5️⃣ استخراج اثر SNPها روی Outcome؛ تو این مرحله اثر همون SNPهای انتخاب‌شده روی Outcome استخراج می‌شه.

outcome_dat <- extract_outcome_data(snps = exposure_dat$SNP, outcomes = "ieu-a-8", proxies = TRUE)

6️⃣ هماهنگ کردن آلل‌ها یا Harmonisation؛ این مرحله خیلی مهمه، چون باید اثر SNP روی Exposure و Outcome نسبت به یک آلل یکسان تعریف شده باشه.

dat <- harmonise_data(exposure_dat = exposure_dat, outcome_dat = outcome_dat, action = 2) 
dat_mr <- dat[ dat$mr_keep == TRUE, ]

7️⃣ اجرای MR.

mr_results <- mr(dat = dat_mr, method_list = c( "mr_ivw", "mr_egger_regression", "mr_weighted_median", "mr_weighted_mode"))
mr_results

8️⃣ تبدیل β به Odds Ratio.

mr_results$OR <- exp(mr_results$b)
mr_results$OR_lower <- exp( mr_results$b - 1.96 * mr_results$se) 
mr_results$OR_upper <- exp( mr_results$b + 1.96 * mr_results$se)

9️⃣ آنالیز Sensitivity؛ برای اینکه فقط به نتیجه اصلی MR اکتفا نکنیم، چندتا آنالیز حساسیت مهم انجام می‌دیم.

# Leave-One-Out (LOO)
loo <- mr_leaveoneout(dat_mr)
mr_leaveoneout_plot(loo)

# Heterogeneity
mr_heterogeneity(dat_mr)

# Horizontal Pleiotropy
mr_pleiotropy_test(dat_mr)

0️⃣1️⃣ روش MR-PRESSO و بررسی Outlierها.

mr_presso_result <- mr_presso(BetaOutcome = "beta.outcome", BetaExposure = "beta.exposure", SdOutcome = "se.outcome", SdExposure = "se.exposure", OUTLIERtest = TRUE, DISTORTIONtest = TRUE, data = dat_mr, NbDistribution = 1000, SignifThreshold = 0.05)

🔴 دوستان آنالیز MR پیچیدگی‌ها و مفاهیم خاص خودش رو داره که تو این پست کاور نشد؛ اما این ورک‌فلو برای یه آنالیز استاندارد، کافیه. با این حال اگه به ارور خاصی برخورد کردید یا سوالی در مورد انتخاب دیتاست GWAS، گرفتن توکن OpenGWAS یا مفاهیم آنالیز حساسیت داشتید، می‌تونید از من بپرسید.


✨ جهت ثبت‌نام در دوره برنامه‌ریزی و مشاوره ۱۴۰۶ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید: @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید: 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#بیوانفورماتیک

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

📝پاسخنامه تشریحی آزمون جامع تألیفی ۱۳.

💯 تست‌ها از کانال VIP و پاسخ‌نامه تشریحی از جزوه‌ها.

🔒 رمز فایل (حروف بزرگ و کوچک رعایت شود): GeneticsAS

موفق باشید 🥇


✨ جهت ثبت‌نام در دوره برنامه‌ریزی و مشاوره ۱۴۰۶ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆رتبه‌ها - مصاحبه‌ها🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#آزمون
#آزمون_جامع

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠⚡️🔠🔠

📝گلچینی از سوالات دکتری ژنتیک پزشکی ۱۴۰۳-۱۴۰۴ به‌همراه پاسخ‌نامه تشریحی؛ سوالات صرفا بر اساس رفرنس‌های ارشد انتخاب شده تا به درد دوستانی که کنکور ارشد دارن هم بخوره.

💯 پاسخ‌نامه تشریحی از جزوه‌های امری و غیرامری.

🔒 رمز فایل (حروف بزرگ و کوچک رعایت شود): GeneticsAS

موفق باشید 🥇


✨ جهت ثبت‌نام در دوره برنامه‌ریزی و مشاوره ۱۴۰۶ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆رتبه‌ها - مصاحبه‌ها🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠⚡️🔠🔠

⌛ چند نکته برای روزهای پایانی تا کنکور

🚨 این روزها احتمالاً حسابی درگیر مرور، تست‌زدن و جمع‌بندی هستید و اگه دارید با جدیت به برنامه‌ریزی‌تون ادامه می‌دید، عالیه! اما یه نکته مهم؛ این ۲۰ روز فقط برای زیاد کردن اطلاعات نیست؛ اتفاقاً خیلی وقت‌ها نحوه‌ی مدیریت همین روزهای آخر، نتیجه‌ی کنکورتون رو تعیین می‌کنه.

🚨 استرس‌تون رو مدیریت کنید!
استرس تا یه حدی طبیعیه؛ حتی می‌تونه باعث بشه جدی‌تر درس بخونید؛ ولی وقتی از یه حدی بیشتر بشه، تمرکز و دقت رو پایین میاره. قرار نیست تو این ۲۰ روز به خودتون بگید نباید استرس داشته باشم، بلکه قراره یاد بگیرید با وجود استرس، کارتون رو درست انجام بدید. خواب کافی، استراحت کوتاه، فاصله گرفتن از فضای کنکور و مقایسه نکردن خودتون با بقیه، موضوع بسیار مهمیه.

🚨 در خوندن سوالات و گزینه‎ها، دقت کافی داشته باشید!
فقط بلد بودن مطالب کافی نیست! ممکنه جواب یه سؤال رو کامل بدونید، ولی به خاطر ندیدن یک کلمه مثل «نیست»، «به‌جز»، «صحیح نیست» و «همه موارد به‌جز» گزینه‌ی اشتباه رو انتخاب کنید. از الان وقتی تست می‌زنید و آزمون کار می‌کنید، فقط دنبال درصد نباشید؛ ببینید چرا غلط زدید. گاهی مشکل علمی نیست، مشکل از عجله و بی‌دقتیه.

🚨 نقاط ضعف‌تون رو پیدا و برطرف کنید!
این روزا زمان خیلی خوبی برای مرور مطالبی هست که تا الان مطالعه کردید و بلدید؛ اما اگه یه مبحث رو همیشه تو تستا اشتباه می‌زنید یا اگه بعضی نکات رو مدام فراموش می‌کنید، همین‌ موارد الان ارزشمندترین مباحث و نکات برای وقت گذاشتن هستن. قرار نیست تو این ۲۰ روز همه‌چیز رو از صفر کامل بخونید؛ ولی می‌تونید بیشتر روی نقاط ضعفتون کار کنید و اونا رو برطرف کنید. توجه کنید که اشتباهاتتون، یکی از بهترین منابع مرور شما تو روزای آخرن.

🚨 با شرایط واقعی کنکور تمرین کنید!
گاهی تست‌ها رو دونه‌دونه و بدون فشار زمانی می‌زنیم و فکر می‌کنیم آماده‌ایم؛ ولی سر جلسه، مدیریت زمان و خستگی، خودشون تبدیل به یک چالش می‌شن. چند بار در این روزها شرایط آزمون رو شبیه‌سازی کنید؛ زمان مشخص، تعداد سؤال مشخص، بدون حواس‌پرتی و مهم‌تر از همه، تحلیل بعد از آزمون. این کار کمک می‌کنه روز کنکور، شرایط براتون غریبه نباشه. بهترین منبع برای اینکه شرایط آزمون رو برای خودتون شبیه‌سازی کنید، حل دفترچه‌های چند سال اخیر بر اساس زمان دفترچه هست.

🚨 خودتون رو با بقیه مقایسه نکنید!
«فلانی روزی ۱۲ ساعت می‌خونه...»، «فلانی فلان کتاب رو چند دور خونده...»، «فلانی درصدهاش خیلی بالاست...». سم مهلک! رقیب اصلی شما در این ۲۰ روز، کسی نیست که توی کانال و گروه درصدش رو اعلام می‌کنه. رقیب اصلی شما، نسخه‌ی ضعیف‌تر خودتونه. به جای اینکه ببینید بقیه چقدر جلو رفتن، ببینید امروز چه چیزی رو می‌تونید بهتر از دیروز انجام بدید.

موفق باشید 🥇


✨ جهت ثبت‌نام در دوره برنامه‌ریزی و مشاوره ۱۴۰۶ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆رتبه‌ها - مصاحبه‌ها🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#مشاوره

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

سلام دوستان

📌 لیست آپدیت‌شده آزمون‌ها و مباحث مهم برای مرور رو مجدد براتون می‌ذارم تا بتونید تو این مدت تقریبا دو هفته‌ای ازش استفاده کنید ⬇️

🟢تحلیل تست‌های ارشد ژنتیک انسانی ۱۴۰۱-۱۴۰۰
🟢تحلیل تست‌های ارشد ژنتیک انسانی ۱۴۰۲-۱۴۰۱
🟢تحلیل تست‌های ارشد ژنتیک انسانی ۱۴۰۳-۱۴۰۲
🟢تحلیل تست‌های ارشد ژنتیک انسانی ۱۴۰۴-۱۴۰۳
🟢تحلیل تست‌های ارشد ژنتیک انسانی ۱۴۰۵-۱۴۰۴
🟢 پاسخ‌نامه تشریحی سوالات پنج سال در یک فایل
❓ آزمون تألیفی اول
✅ کلید آزمون تألیفی اول
❓ آزمون تألیفی دوم
✅ کلید آزمون تألیفی دوم
❓ آزمون تألیفی سوم
✅ کلید آزمون تألیفی سوم
❓ آزمون تألیفی چهارم
✅ پاسخنامه تشریحی آزمون تألیفی چهارم
❓ آزمون تألیفی پنجم
✅پاسخنامه تشریحی آزمون تألیفی پنجم
❓ آزمون تألیفی ششم
✅پاسخنامه تشریحی آزمون تألیفی ششم
❓ آزمون تألیفی هفتم
✅پاسخنامه تشریحی آزمون تألیفی هفتم
❓ آزمون تألیفی هشتم
✅پاسخنامه تشریحی آزمون تألیفی هشتم
❓ آزمون تألیفی نهم
✅پاسخنامه تشریحی آزمون تألیفی نهم
❓ آزمون تألیفی دهم
✅پاسخنامه تشریحی آزمون تألیفی دهم
❓ آزمون تألیفی یازدهم
✅پاسخنامه تشریحی آزمون تألیفی یازدهم
❓ آزمون تألیفی دوازدهم
✅پاسخنامه تشریحی آزمون تألیفی دوازدهم
❓ آزمون تألیفی سیزدهم
✅پاسخنامه تشریحی آزمون تألیفی سیزدهم
❓ لیست کوییزهای فصل به فصل
❓ سوالات خارج از امری با پاسخ‌نامه تشریحی ۹۹ تا ۱۴۰۴
📖 جداول مهم رفرنس امری
📖 مباحث مهم رفرنس تامپسون
📖 لیست مباحث مهم فصل‌های رفرنس امری
📖 لغات ضروری زبان پزشکی (پارت یک)
📖 لغات ضروری زبان پزشکی (پارت دو)
📖 لغات ضروری زبان پزشکی (پارت سه)
📖 جدول بیماری‌های تک‌ژنی (پارت ۱)
📖 جدول بیماری‌های تک‌ژنی (پارت ۲)
📖 جدول بیماری‌های تک‌ژنی (پارت ۳)
📖 جدول بیماری‌های تک‌ژنی (پارت ۴)
📖 جدول بیماری‌های بیوشیمیایی (پارت ۱)
📖 جدول بیماری‌های بیوشیمیایی (پارت ۲)
📖 جدول بیماری‌های بیوشیمیایی (پارت ۳)
📖 جدول بیماری‌های بیوشیمیایی (پارت ۴)
📖 جدول بیماری‌های بیوشیمیایی (پارت ۵)
📖 جدول بیماری‌های بیوشیمیایی (پارت ۶)
📖 جدول بیماری‌های مادرزادی
📖 جدول‌ بیماری‌های کروموزومی (پارت ۱)
📖 جدول‌ بیماری‌های کروموزومی (پارت ۲)
📖 جدول‌ بیماری‌های کروموزومی (پارت ۳)
📖 جدول‌ بیماری‌های کروموزومی (پارت ۴)
📖 جدول‌ بیماری‌های سیستم ایمنی (پارت ۱)
📖 جدول‌ بیماری‌های سیستم ایمنی (پارت ۲)
📖 جدول بیماری‌های مولتی‌فاکتوریال
📖 جدول بیماری‌های ژنتیک سرطان (پارت ۱)
📖 جدول بیماری‌های ژنتیک سرطان (پارت ۲)
📖 جدول بیماری ژنتیک تکوین (پارت ۱)
📖 جدول بیماری ژنتیک تکوین (پارت ۲)
📖 جدول بیماری ژنتیک تکوین (پارت ۳)
📖 جدول بیماری ژنتیک تکوین (پارت ۴)
📖 جدول بیماری ژنتیک تکوین (پارت ۵)


✨ جهت ثبت‌نام در دوره برنامه‌ریزی و مشاوره ۱۴۰۶ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆رتبه‌ها - مصاحبه‌ها🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

📌 متود CIBERSORT

🔴 توضیحات ◀️

🔴 بعضی وقتا می‌خوایم بدونیم که چه نوع سلول‌های ایمنی در یک بافت یا تومور وجود دارن و هر کدوم تقریباً چه سهمی از جمعیت سلولی رو تشکیل می‌دن. مثلاً، می‌خوایم بدونیم که در بافت سرطان ریه، چه میزان از سلول‌های ایمنی مثل ماکروفاژها، سلول‌های T، سلول‌های B و سلول‌های NK حضور دارن و آیا ترکیب این سلول‌ها بین بافت توموری و بافت سالم تفاوتی داره یا نه؟

🟡 اما مشکل اینجاست که در بسیاری از مطالعات، به‌جای اینکه انواع سلول‌ها رو به‌صورت جداگانه بررسی کنیم، داده‌های بیان ژن کل بافت (Bulk Gene Expression) رو در اختیار داریم (مثل یک دیتاست bulk RNA-seq یا microarray)؛ این داده‌ها حاصل ترکیب سیگنال بیان ژن از انواع مختلف سلول‌های موجود در نمونه هستن؛ یعنی مشخص نیست که هر ژن دقیقاً توسط کدوم نوع سلول بیان شده. برای مثال، اگه بیان یک ژن در نمونه توموری افزایش پیدا کرده باشه، نمی‌تونیم صرفاً از روی داده‌های Bulk مشخص کنیم که این تغییر ناشی از افزایش فراوانی سلول‌های بیان‌کننده اون ژن بوده یا تغییر در الگوی بیان ژن درون این سلول‌ها؛ البته ممکنه هر دو عامل نقش داشته باشن. اینجاست که CIBERSORT می‌تونه کمک‌کننده باشه.

🟠 در واقع، CIBERSORT یک روش محاسباتی برای تخمین ترکیب سلولی نمونه‌ها از روی داده‌های بیان ژن هست. این روش با استفاده از یک مجموعه ژنی مرجع (Signature Matrix) که الگوی بیان ژن در انواع مشخصی از سلول‌ها رو نشان می‌ده، تلاش می‌کنه سهم نسبی هر نوع سلول رو در داده‌های بیان ژن کل بافت تخمین بزنه.

🔵 مثلاً فرض کنیم می‌خوایم ترکیب سلول‌های ایمنی رو در نمونه‌های سرطان ریه بررسی کنیم. به‌جای اینکه لازم باشه تمام سلول‌های هر نمونه رو به‌صورت جداگانه شناسایی کنیم، می‌تونیم داده‌های بیان ژن نمونه‌های توموری و سالم رو به CIBERSORT بدیم. این روش با مقایسه الگوی بیان ژن نمونه‌ها با الگوهای مرجع، می‌تونه فراوانی نسبی انواع مختلف سلول‌های ایمنی رو تخمین بزنه. بعد می‌تونیم این فراوانی‌ها رو بین گروه توموری و سالم مقایسه کنیم یا ارتباط فراوانی سلول‌های ایمنی رو با بیان ژن‌های موردنظر و سایر ویژگی‌های بالینی بررسی کنیم.

🟢 یکی از کاربردهای مهم CIBERSORT در مطالعات سرطان، بررسی ریزمحیط تومور (Tumor Microenvironment) و شناسایی تفاوت‌های ترکیب سلول‌های ایمنی بین نمونه‌هاست. برای مثال، می‌تونیم بررسی کنیم که آیا فراوانی ماکروفاژها یا سلول‌های T تنظیمی در بافت توموری نسبت به بافت سالم تغییر کرده یا نه.

🟣 برای انجام روش CIBERSORT می‌تونیم از پکیج cibersort در R استفاده کنیم؛ کدهای کامل این متود رو تو پست‌های بعدی قرار می‌دم.


✨ جهت ثبت‌نام در دوره برنامه‌ریزی و مشاوره ۱۴۰۶ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆رتبه‌ها - مصاحبه‌ها🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠