⚡️ پارت دوم و آخر جدول بیماری‌های ژنتیک سرطان 💯
پارت اول

🔒 رمز فایل (حروف بزرگ و کوچک رعایت شود): GeneticsAS

⚡️ اگر هم می‌خواید به پست‌ها و نکات درسی کامل این فصل دسترسی داشته باشید، هشتگ #ژنتیک_سرطان رو دنبال کنید (پست اول).


✨ جهت شرکت در دوره برنامه‌ریزی و مشاوره و جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

💯 پاسخ تست (سطح تست: سخت).
💯 مباحث از جزوه جرد.

🖥 جهت مطالعه مباحث رفرنس استراخان، این هشتگ را دنبال کنید ⇦ #نکات_جرد


✨ جهت شرکت در دوره برنامه‌ریزی و مشاوره و جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید: @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#تست_روز

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

💬 چهار پسیج تألیفی شبیه‌ساز زبان کنکور ارشد (سطح سوالات: آسان)

🔒 رمز فایل (حروف بزرگ و کوچک رعایت شود): GeneticsAS

✔️ کلید سوالات در صفحه آخر


✨ جهت شرکت در دوره برنامه‌ریزی و مشاوره و جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#زبان
#تست_زبان

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

✔️ فصل توارث چندعاملی رفرنس جرد: واریانت‌های مستعدکننده دیابت شیرین (این نکات، نکاتی هستن که در رفرنس امری گفته نشده یا کمتر گفته شده).

💯 مباحث از جزوه ژنتیک پزشکی جرد.

✏️ فصل مرتبط در رفرنس امری: فصل ۱۰ (توارث چندعاملی)؛ دیابت شیرین


✨ جهت شرکت در دوره برنامه‌ریزی و مشاوره و جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#ژنتیک
#نکات_جرد

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

💯 پاسخ تست (سطح تست: سخت).
🔹 خیلی از دوستان گزینه FTO رو انتخاب کردن؛ درسته که واریانت‌های FTO با افزایش خطر چاقی در جمعیت عمومی ارتباط دارن، اما وقتی سؤال به چاقی شدید (severe obesity) اشاره می‌کنه، پاسخ درست MC4R هست.

💯 مباحث از جزوه جرد.

🖥 جهت مطالعه مباحث رفرنس استراخان، این هشتگ را دنبال کنید ⇦ #نکات_جرد


✨ جهت شرکت در دوره برنامه‌ریزی و مشاوره و جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید: @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#تست_روز

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

🔍 تاریخ ثبت‌نام آزمون کارشناسی ارشد وزارت بهداشت ۱۴۰۵ اعلام شد؛ از ساعت ۹ صبح ۱۰ام تا ساعت ۱۳ ظهر ۱۸ام مردادماه.
🔴 زمان برگزاری این آزمون: ۷ و ۸ آبان‌ماه.


#اخبار
#کارشناسی_ارشد

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

📌 فیچر سلکشن و انتخاب بایومارکرهای پیش‌بینی‌کننده کاندید با روش XGBoost (Extreme Gradient Boosting)

🔴 توضیحات ◀️

🔴 این الگوریتم (الگوریتم موردعلاقه خودم 🙂) یکی از قدرتمندترین روش‌های یادگیری ماشین مبتنی بر درخت‌های تصمیمه که تو خیلی از مسائل طبقه‌بندی، پیش‌بینی و کشف بایومارکر مورد استفاده قرار می‌گیره؛ برخلاف روش‌های سنتی Random Forest که تعداد زیادی درخت رو به صورت مستقل ایجاد می‌کنن، XGBoost یه روش Gradient Boosting هست؛ یعنی درخت‌ها به صورت متوالی ساخته می‌شن و هر درخت جدید تلاش می‌کنه خطای مدل قبلی رو کاهش بده. در واقع، اول یه درخت تصمیم ساخته می‌شه، بعد نمونه‌هایی که مدل تو پیش‌بینی‌شون اشتباه کرده، وزن بیشتری تو مرحله بعد می‌گیرن تا درخت‌های بعدی تمرکز بیشتری روی اصلاح اون خطاها داشته باشن. این فرآیند چندبار تکرار می‌شه تا در نهایت یک مدل قدرتمند با توانایی بالای تفکیک کلاس‌ها ایجاد بشه. بعد از ساخت مدل، اهمیت فیچرها بر اساس پارامترهای زیر محاسبه می‌شن:
🟡 پارامتر Gain: میزان کاهش خطا یا بهبود عملکرد مدل توسط یک فیچر هنگام تقسیم‌بندی درخت‌ها.
🟢 پارامتر Cover: تعداد نمونه‌هایی که تحت تأثیر اون فیچر در تصمیم‌گیری درخت قرار گرفتن.
🔵 پارامتر Frequency: تعداد دفعاتی که یک فیچر برای تقسیم‌بندی درخت‌ها استفاده شده.

🟡 برای یادگیری تئوری این الگوریتم، اول ویدیوهای زیر رو ببینید:
Decision and Classification Trees (Part 1)
Decision and Classification Trees (Part 2)
Random Forest (Part 1)
Random Forest (Part 2)
Gradient Boost (Part 1)
Gradient Boost (Part 2)
Gradient Boost (Part 3)
Gradient Boost (Part 4)
XGBoost (Part 1)
XGBoost (Part 2)
XGBoost (Part 3)
XGBoost (Part 4)

🟠 و اما برای اجرای عملی این روش روی دیتای خودتون، یه استراتژی اینه که اول آنالیز افتراقی بیان دیتای خودتون رو انجام بدید و ژن‌های up و down رو به دست بیارید؛ بعد مراحل downstream، مثل رسم شبکه PPI و WGCNA رو ادامه بدید تا در نهایت به تعدادی هاب‌ژن برسید. تو مرحله بعد با فیچر سلکشن با روش XGBoost می‌تونید از بین این هاب‌ژن‌ها، بایومارکرهای کاندید رو انتخاب کنید.

1️⃣ آماده‌سازی دیتا؛ توجه کنید که دیتاتون باید دیتای بیانی نرمالایزشده باشه؛ دیتای ورودی باید شامل هاب‌ژن‌ها تو ستون‌ها و سمپل‌ها تو ردیف‌ها و همین‌طور حاوی یک ستون که شرایط سمپل‌ها رو نشون‌ می‌ده (مثلا نرمال و تومور)، باشه.

df <- dataset1[rownames(dataset1) %in% hubs, ]
df <- t(df)
df <- data.frame(df)
x <- as.matrix(df[, -ncol(df)])
y <- c(rep(1,25), rep(0, 25))

🔴 متغیر hubs یک وکتور حاوی اسامی هاب‌ژن‌ها و dataset1 هم دیتای بیانی نرمالایزشده هست.

2️⃣ تبدیل داده‌ها به فرمت DMatrix برای افزایش سرعت و کاهش مصرف حافظه.

library(xgboost)
library(caret)
library(Matrix)
dtrain <- xgb.DMatrix(data = x,
                      label = y)
class(dtrain)

3️⃣ آموزش مدل XGBoost:

params <- list(booster = "gbtree",
               objective = "binary:logistic",
               eval_metric = "logloss")
xgb_model <- xgb.train(params = params,
                       data = dtrain,
                       nrounds = 100,
                       verbose = 0)

🔹 آرگومان booster = gbtree: استفاده از درخت‌های تصمیم به عنوان مدل پایه.
🔹 آرگومان eval_metric = logloss: معیار ارزیابی عملکرد مدل هنگام آموزش.

4️⃣ محاسبه اهمیت فیچرها:

importance <- xgb.importance(model = xgb_model)
print(importance)

🔹 خروجی: پارامترهای Gain، Cover و Frequency یا Weight.

5️⃣ رسم نمودار اهمیت فیچرها (پلاتی که باید تو مقاله‌تون بذارید).

xgb.plot.importance(importance_matrix = importance,
                    top_n = 29,
                    col = col)

6️⃣ استخراج بایومارکرهای منتخب:

top_markers <- importance$Feature[1:5]
print(top_markers)

⚪️ بسته به پروژه خودتون می‌تونید تعداد فیچر بیشتری انتخاب کنید.

⭐️ به این مقاله که چند ماه پیش نوشتم، توجه کنید؛ یکی از استپ‌ها مربوط به فیچر سلکشن هست.
Machine learning and WGCNA reveal the PVT1/miR-143–3p/CDK1 ceRNA axis as a key regulator in NSCLC


✨ جهت شرکت در دوره برنامه‌ریزی و مشاوره و جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#بیوانفورماتیک

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

🔍 آغاز دریافت و ویرایش کارت ورود به جلسه آزمون کارشناسی ارشد وزارت علوم ۱۴۰۵ در سایت سازمان سنجش.
🔴 زمان برگزاری این آزمون: ۲۵ و ۲۶ تیرماه.


#اخبار
#کارشناسی_ارشد

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

💯 پاسخ تست (سطح تست: بسیار سخت).

💯 مباحث از جزوه جرد.

🖥 جهت مطالعه مباحث رفرنس استراخان، این هشتگ را دنبال کنید ⇦ #نکات_جرد


✨ جهت شرکت در دوره برنامه‌ریزی و مشاوره و جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید: @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#تست_روز

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

سلام دوستان 🌱
امیدوارم حالتون عالی باشه

💯 با توجه به اینکه احتمالاً امسال سهم سؤالات طراحی‌شده از رفرنس‌های جرد، تامپسون و استراخان بیشتر از سال‌های قبل باشه، سعی می‌کنم این مدت مباحث و تست‌های بیشتری از این رفرنس‌ها تو کانال قرار بدم‌. بنابراین روند مباحث رایگان و تست‌های تألیفی تا روز کنکور حفظ می‌شه 🌹

💯 با این وجود تعدادی از دوستان گفتن که به تست‌های بیشتری از منابع مختلف نیاز دارن که تا روز کنکور بتونن مرور خوبی داشته باشن؛ به همین دلیل تصمیم گرفتم یک کانال VIP درست کنم و تا روز کنکور، روزانه تست‌های مختلفی قرار بدم.

💯 تا روز کنکور بیش از ۴۰۰ تست تألیفی از منابع مختلف تو این کانال قرار داده می‌شه و هر تست هم یک پاسخ‌نامه تشریحی کامل داره؛ یعنی با مطالعه روزانه این پاسخ‌نامه‌ها، بخش‌های زیادی از منابع ژنتیک رو می‌تونید مطالعه و مرور کنید و نگرانی‌تون از بابت این منابع رو تا حد زیادی کاهش بدید؛ چون سعیم بر اینه که تست‌ها رو خط به خط منابع طرح کنم.

💯 همین‌طور این تست‌ها مخصوصاً برای دو گروه می‌تونه خیلی مفید باشه:
✅ دوستانی که هنوز فرصت مطالعه کامل منابع غیرامری رو نداشتن.
✅ دوستانی که منابع رو خوندن ولی نیاز به مرور و تثبیت مطالب دارن.

✏️ برای کسب اطلاعات بیشتر به من پیام بدید:
@Cyaxares


کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

💯 پاسخ تست (سطح تست: بسیار سخت).

🔴دوستان این تست از مجموعه تست‌های خط به خط کانال نکته و تست انتخاب شده؛ شروع فعالیت این کانال از یک مرداد هست و هنوز فرصت دارید که ثبت‌نام کنید.

💯 مباحث از جزوه جرد.

🖥 جهت مطالعه مباحث رفرنس جرد، این هشتگ را دنبال کنید ⇦ #نکات_جرد


✨ جهت شرکت در دوره برنامه‌ریزی و مشاوره و جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید: @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆رتبه‌ها - مصاحبه‌ها🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#تست_روز

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠⚡️🔠🔠

💯 پاسخ تست (سطح تست: متوسط).

🔹🔹 دوستان این تست از مجموعه تست‌های خط به خط کانال نکته و تست انتخاب شده؛ شروع فعالیت این کانال از یک مرداد هست و هنوز فرصت دارید که ثبت‌نام کنید.

💯 مباحث از جزوه جرد.

🖥 جهت مطالعه مباحث رفرنس جرد، این هشتگ را دنبال کنید ⇦ #نکات_جرد


✨ جهت شرکت در دوره برنامه‌ریزی و مشاوره و جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید: @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆رتبه‌ها - مصاحبه‌ها🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#تست_روز

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠⚡️🔠🔠

💯 پاسخ تست (سطح تست: سخت).

🔹🔹 دوستان این تست از مجموعه تست‌های خط به خط کانال نکته و تست انتخاب شده؛ شروع فعالیت این کانال از یک مرداد هست و هنوز فرصت دارید که ثبت‌نام کنید.

💯 مباحث از جزوه جرد.

🖥 جهت مطالعه مباحث رفرنس جرد، این هشتگ را دنبال کنید ⇦ #نکات_جرد


✨ جهت شرکت در دوره برنامه‌ریزی و مشاوره و جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید: @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆رتبه‌ها - مصاحبه‌ها🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#تست_روز

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠⚡️🔠🔠

💯 پاسخ تست (سطح تست: بسیار سخت).

🔹🔹 دوستان این تست از مجموعه تست‌های خط به خط کانال نکته و تست انتخاب شده؛ شروع فعالیت این کانال از فردا هست؛ اگه می‌خواید طبق برنامه‌ریزی کانال پیش برید، تا فردا ثبت‌نام رو انجام بدید.

💯 مباحث از جزوه جرد.

🖥 جهت مطالعه مباحث رفرنس جرد، این هشتگ را دنبال کنید ⇦ #نکات_جرد


✨ جهت شرکت در دوره برنامه‌ریزی و مشاوره و جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید: @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆رتبه‌ها - مصاحبه‌ها🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#تست_روز

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠⚡️🔠🔠