💯 پاسخ تست.
💯 مباحث از جزوه جرد.

🖥 جهت مطالعه مباحث رفرنس جرد، این هشتگ را دنبال کنید ⇦ #نکات_جرد


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#تست_روز

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

📌 انوتیشن‌ها کلاسترها در آنالیز Single cell با استفاده از پکیج

🔴 توضیحات ◀️

🔴 معمولا موقع انوتیشن کلاسترها به صورت automated و با استفاده از پکیج، SingleR پرکاربردترین و معتبرترین پکیجی هست که می‌شه ازش استفاده کرد. اما علاوه بر SingleR، پکیج‌های دیگه‌ای هم توسعه پیدا کردن که با استفاده از دیتابیس‌های مستقل، می‌تونن به‌عنوان ابزارهای مکمل در انوتیشن سلول‌ها به‌کار برن؛ از جمله scMayoMap و EasyCellType.

🟢 کدهای پکیج SingleR ←

library(SingleR)
library(celldex)
library(SingleCellExperiment)
ref <- HumanPrimaryCellAtlasData(ensembl = F)

mylabels <- SingleR(test = as.SingleCellExperiment(srobj_clus),
                    ref = ref,
                    labels = ref$label.main)
View(data.frame(table(mylabels$labels)))
View(data.frame(mylabels$scores))

srobj_clus$CellTypes <- mylabels$labels
DimPlot(object = srobj_clus,
        reduction = "umap",
        label = T,
        group.by = "CellTypes") +
  NoLegend()

* به‌طور خیلی ساده، SingleR از یک دیتای رفرنس pre-annotated استفاده می‌کنه و پروفایل بیانی این دیتا رو با پروفایل بیانی دیتای خودمون مقایسه می‌کنه و در نهایت لیبل‌ها رو ترنسفر می‌کنه.

🟠 کدهای پکیج scMayoMap ←

devtools::install_github("chloelulu/scMayoMap")
library(scMayoMap)
scMayoMap.obj <- scMayoMap(data = markers,
                           database = scMayoMapDatabase,
                           tissue = "prostate")
class(scMayoMap.obj)
View(scMayoMap.obj$res)
plt <- scMayoMap.plot(scMayoMap.object = scMayoMap.obj)

🟣 کدهای پکیج EasyCellType ←

BiocManager::install("EasyCellType")
BiocManager::install("org.Mm.eg.db")
library(EasyCellType)
markers_easy <- markers[, c("gene", "cluster", "avg_log2FC")]
colnames(markers_easy) <- c("gene", "cluster", "score")
markers_easy <- markers_easy[order(markers_easy$score, decreasing = TRUE), ]
View(markers_easy)
data(cellmarker_tissue)
View(cellmarker_tissue$Human)
easy_annot <- easyct(data = markers_easy,
                     db = "cellmarker",
                     genetype = "symbol",
                     species = "Human",
                     tissue = "Prostate",
                     p_cut = 0.5,
                     test = "GSEA",
                     scoretype = "pos")
class(easy_annot)

* توجه کنید که آبجکت markers نتیجه‌ی تابع FindAllMarkers طبق پایپ‌لاین Seurat هست.


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#بیوانفورماتیک

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

📌 برنامه‌ریزی دو ماهه (پارت اول)

🔴 توضیحات ◀️

🔴 دوستان تو این پست در مورد مهم‌ترین فصل‌های امری و شروعی دوباره صحبت شد. با توجه به این موضوع تصمیم گرفتم یه برنامه دو ماهه برای دوستانی که مطالعه کمی داشتن یا نیاز به مرور کنار برنامه اصلی‌شون دارن، تنظیم کنم.

🟢 این برنامه‌ریزی بر اساس پست‌های درسی کانال طراحی شده، اما می‌تونید بجاش کتاب یا جزوه خودتون رو مطالعه کنید. بر اساس این برنامه فصل‌های ۲، ۳، ۶، ۹، ۱۴، ۱۷، ۱۸ و ۱۹ که مهم‌ترین فصل‌های ژنتیک هستن، تو این دو ماه مطالعه و مرور می‌شن.

🟠 مباحث رو می‌تونید از طریق هشتگ‌ها تو لیست کانال دنبال کنید. لینک پست اول ۵ فصل برنامه‌ریزی 👈🏻
پست اول فصل الگوهای توارث
پست اول فصل ژنتیک مولکولی
پست اول فصل سایتوژنتیک
پست اول فصل ناهنجاری‌های کروموزومی
پست اول فصل اختلالات تک‌ژنی

🟡 دوستان پست رو برای بقیه فوروارد کنید تا همه بتونن از این برنامه‌ریزی استفاده کنن.


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#مشاوره

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

❗️ ژن‌های تو، خاطرات والدینت را حمل می‌کنند! ❗️

والدین فقط DNAشون رو به فرزند نمی‌دن، بلکه وضعیت روحی، تغذیه، استرس و سبک زندگی‌شون هم‌ می‌تونه قابل توارث باشه. روی DNA یک لایه‌ی نامرئی به نام اپی‌ژنوم وجود داره که تعیین می‌کنه ژن‌ها روشن یا خاموش باشن. این لایه تجربه‌های زندگی رو ذخیره و از طریق اسپرم و تخمک به جنین منتقل می‌کنه.

☠️ قحطی هلند (۱۹۴۴)
مادرانی که در دوران بارداری گرسنگی شدیدی رو تحمل کردن، فرزندانی به دنیا آوردن که متیلاسیون ژن IGF2شون تغییر کرده بود و تا ۶۰ سال بعد هم خطر دیابت، چاقی و بیماری قلبی بالاتری داشتن.

😰 استرس شدید پدر
در مطالعات Cell و Nature Neuroscience نشون داده شده که استرس، الگوی بیان miRNAهای اسپرم رو تغییر می‌ده. این miRNAها بعد از لقاح، رشد مغز جنین را بازبرنامه‌ریزی می‌کنن؛ نتیجه‌ش می‌شه افزایش ریسک اضطراب و افسردگی در نسل بعد.

🚬 سیگار کشیدن پدر
فرزندان ِپدران سیگاری، متیلاسیون غیرطبیعی ژن‌های تنفسی دارن و بیشتر مستعدِ آسم و مشکلات ریوی‌ هستن.

😴 کم‌خوابی و شب‌بیداری مزمن والدین
تو این حالت، ژن‌های ساعت زیستی (CLOCK / BMAL1) در جنین دچار اختلال اپی‌ژنتیکی می‌شن و در نتیجه، ریسک اختلالات خواب و افسردگی در آینده بالا می‌ره.

🧪 بنابراین تو فقط نتیجه‌ی ژنتیک نیستی؛ تو خروجی سبک زندگیِ نسل قبل هستی؛ بدنت ممکنه بارهایی رو حمل کنه که هرگز در زندگی خودت اتفاق نیفتادن، اما در DNA تو نوشته شدن. و حالا سؤال مهم اینه که سبک زندگی امروز تو، چه چیزی رو در ژنِ نسل بعد خواهد نوشت؟


😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#رازهای_ژنتیک

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

🔹 بررسی تست ⇐

✏️ هنگام مواجهه با یک وضعیت پزشکی جدی، ضروری است که مراجعه‌ی فوری پزشکی را به تعویق نندازیم.

✅ Embrace: در آغوش گرفتن، پذیرفتن
❌ Put off: به تعویق انداختن، عقب انداختن
❌ Prioritize: در اولویت قرار دادن
❌ Enhance: تقویت کردن
🔊 Face: مواجه شدن، روبرو شدن
🔊 Serious: جدی
🔊 Medical: پزشکی
🔊 Condition: وضعیت، بیماری
🔊 Essential: ضروری، حیاتی
🔊 Seek: جستجو کردن
🔊 Prompt: فوری، سریع
🔊 Attention: توجه، رسیدگی، مراقبت

🔹 این واژه‌ها رو اشتباه حفظ نکنید: Put off به معنی به تعویق انداختن - Put out به معنی خاموش کردن - Put up و Put on هم بر اساس جمله‌ای که در آن به‌کار رفتند، معانی مختلفی دارند:
Put up the flag → نصب کردن، بالا بردن
He put me up for the night → اسکان دادن
They put up a candidate → پیشنهاد دادن
I can't put up with him → تحمل کردن
Put on your coat → پوشیدن
He put on weight → اضافه کردن (وزن)
She put on a smile → تظاهر کردن
Put on the light → روشن کردن
They put on a concert → برگزار کردن

💯 مباحث و تست‌ از جزوه لغات زبان پزشکی.

🖥 جهت مطالعه لغات بیشتر، این هشتگ را دنبال کنید ⇦ #لغات_زبان


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#تست_زبان

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

سلام
تسلیت به همه هم‌وطنای عزیز 🖤

⚪️ زمان ثبت‌نام آزمون کارشناسی ارشد وزارت بهداشت به تأخیر افتاده و هفته آخر بهمن ماه اعلام می‌شه. به دوستان‌تون اطلاع بدید.

⚪️ همین‌طور با توجه به ناپایدار بودن شرایط اینترنت، دوستانی که آنلاین شدن، می‌تونن فایل‌های موردنیاز رو از کانال دانلود کنن تا زمان قطعی اینترنت، بتونن مطالعه کنن.

⚪️ تو این مدت اگه ببینم دوستان تمایلی به فایل‌ها و مباحث درسی دارن، حتما مباحث موردنیاز رو تو کانال آپلود می‌کنم که حداقل بتونید مطالعه داشته باشید.


#اخبار
#کارشناسی_ارشد

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

📢 شروع ثبت‌نام دوره جمع‌بندی ژنتیک پزشکی برای کنکور ۱۴۰۵ 📢

🏆 امکانات و آپشن‌های این دوره 👈

1️⃣ جزوه جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری: در این دوره، یک جزوه کم‌حجم فصل به فصل، از تمام مباحث و نکات مهم رفرنس امری داده می‌شه؛ در چهار سال اخیر، رتبه برترهای زیادی از جمله رتبه‌های ۲، ۳، ۵، ۹، ۱۱، ۱۳، ۱۴، ۲۲، ۲۳، ۳۲، ۳۱، ۳۴ و ... از این جزوه استفاده کردن که کارنامه‌شون تو کانال موجود هست (رتبه‌ها - مصاحبه‌ها).

2️⃣ آنالیز کامل آزمون‌های کنکور و تالیفی: نقطه قوت این دوره تحلیل آزمون هست؛ ۷ آزمون تالیفی و سوالات ژنتیک آزمون‌های ۱۱ سال اخیر کنکور ارشد بهداشت، به طور کامل و دقیق آنالیز می‌شن (در مجموع ۱۸ آزمون). تست‌ها هم به‌صورت فصل به فصل ارائه می‌شن.

⭕️3️⃣ تست‌های تألیفی و فصل‌ به فصل از منابع جرد، تامپسون و استراخان: با توجه به اینکه هر سال تست‌های بیشتری از منابع غیر از امری طرح می‌شه، تو دوره جمع‌بندی امسال تست‌های تألیفی فصل به فصل از جرد، تامپسون و استراخان ارائه می‌شه که برای سوالات احتمالی آماده باشید. تمامی تست‌ها پاسخنامه کاملا تشریحی دارن.

4️⃣ برنامه‌ریزی جامع تا روز کنکور: تو این دوره، برنامه‌ریزی روزانه و دقیق بر اساس صفحات جزوات و آزمون‌ها ارائه می‌شه. به طوری‌ که اگه طبق برنامه پیش بیاید، تا روز کنکور می‌تونید چهار دور جزوات رو مطالعه کنید. حجم برنامه هم کاملا منطقی هست و سنگین نیست.

5️⃣ ارزیابی روزانه عملکرد دانشجو تا روز کنکور: هر شب عملکرد و مطالعه دانشجو به‌طور اختصاصی بررسی می‌شه تا مطالعه و برنامه‌ریزی، دقیق‌تر پیش بره. در واقع این دوره، مشاوره‌محور هم هست.

6️⃣ رفع اشکال روزانه تا روز کنکور: به تمامی سوالات شما تا روز کنکور پاسخ داده می‌شه. همین‌طور برای یک ماه آخر، به گروه رفع اشکال اضافه می‌شید.

7️⃣ جزوات فصل به فصل تامپسون: مطابق با فصل‌های امری، جزوات فصل به فصل تامپسون، شامل تمام مباحث تامپسون، داده می‌شه.

⭕️8️⃣ جزوات فصل به فصل جرد طبق آخرین ادیشن: مطابق با فصل‌های امری، جزوات فصل به فصل جرد شامل تمام مباحث این رفرنس داده می‌شه.

9️⃣ نکات فصل‌های مهم استراخان: نکات فصل‌های مهم استراخان ارائه می‌شه. امسال فصل‌ها و نکات بیشتری از استراخان تو دوره قرار داده می‌شه.


🔥 همه‌ی این آپشن‌ها، تمام و کمال، در دوره جمع‌بندی امسال قرار دارن و مطمئن باشید با اجرای برنامه‌ریزی منطقی دوره، تمامی مباحث رو می‌تونید چندبار مطالعه و مرور کنید 🧪💯

⏱️ زمان شروع دوره: ۲۰ بهمن
⌛️ زمان ثبت‌نام دوره: از همین حالا تا ۱۸ بهمن
✏️ ظرفیت دوره: بسیار محدود
💵 امکان پرداخت قسطی با هزینه‌ای کم
🟢 به دوستانی که تا ۱۲ بهمن ثبت‌نام کنند، ۱۵٪ تخفیف و دو جزوه رایگان لغات مهم زبان وزارت بهداشت تعلق می‌گیره 🟢

جهت ثبت‌نام و کسب اطلاعات بیشتر به این آی‌دی پیام دهید: @Cyaxares


کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

🔈 تقویم دوره جمع‌بندی ژنتیک پزشکی ۱۴۰۵ 🔈

🟥 دوستان دوره جمع‌بندی بر اساس این تقویم برگزار می‌شه. طبق این تقویم، تمامی مباحث ارائه می‌شه و برنامه‌ریزی کاملا دقیق، بر اساس مباحثِ داده‌شده، تنظیم می‌شه. این برنامه‌ریزی سنگین نیست و کاملا مطابق با فواصل زمانی طراحی شده. یک برنامه‌ریزی جدا هم برای ۲۸ روز آخر براتون در نظر گرفته شده که بتونید باز هم مرور داشته باشید.

📌 دوستانی که تا دوشنبه ثبت‌نام کنن، بهشون تخفیف و دو جزوه لغات زبان پزشکی تعلق می‌گیره. ضمن اینکه امکان پرداخت قسطی هزینه دوره وجود داره.

📝 مشاهده مشخصات دوره جمع‌بندی ژنتیک پزشکی

جهت ثبت‌نام و کسب اطلاعات بیشتر به این آی‌دی پیام دهید: @Cyaxares


کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

سلام دوستان 🖤

📌 در رابطه با دوره جمع‌بندی ژنتیک، مثل سال قبل به دوستانی که تو کنکورهای قبل رتبه خوبی کسب کردن ولی به‌هردلیلی قبول نشدن، تخفیف زیادی در نظر گرفته شده. به این صورت که برای دوستانی که رتبه زیر ۶۰ کسب کردن، ۵۰٪ و برای دوستانی که رتبه ۶۰ تا ۹۰ کسب کردن، ۴۰٪ تخفیف داده می‌شه. با این کار داوطلبایی که نزدیک به قبولی هستن، با هزینه‌ای کم می‌تونن به امکانات جمع‌بندی ژنتیک و همه جزوه‌ها دسترسی پیدا کنن و شانس‌شون رو برای کسب رتبه موردنظر افزایش بدن. اگه اشخاصی رو با این شرایط می‌شناسید، حتما این پست رو براش بفرستید تا از این آپشن استفاده کنن.

📌 ضمن اینکه به زودی مباحث مهم برای جمع‌بندی و آزمون‌های تألیفی فصل به فصل و جامع ژنتیک و همین‌طور زبان تو کانال قرار داده می‌شه.


✨ جهت ثبت‌نام دوره جمع‌بندی ژنتیک پزشکی ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆


کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

درود
امیدوارم حالتون خوب باشه 🌱

📌 دوستان تو این روزها تا کنکور، لازمه که من یک لیست آپدیت‌شده از مباحث مهم که تو این مدت به دردتون می‌خوره رو تو این پست بذارم؛ تو این مدت این فایل‌ها رو حتما مطالعه و مرور کنید.

🟢 تحلیل تست‌های ارشد ژنتیک انسانی ۱۴۰۱-۱۴۰۰
🟢 تحلیل تست‌های ارشد ژنتیک انسانی ۱۴۰۲-۱۴۰۱
🟢 تحلیل تست‌های ارشد ژنتیک انسانی ۱۴۰۳-۱۴۰۲
🟢 تحلیل تست‌های ارشد ژنتیک انسانی ۱۴۰۴-۱۴۰۳
🟢 تحلیل تست‌های ارشد ژنتیک انسانی ۱۴۰۵-۱۴۰۴
🟢 جداول مهم رفرنس امری
🟢 مباحث مهم رفرنس تامپسون
🟢 لیست مباحث مهم فصل‌های رفرنس امری
🟢 لغات ضروری زبان پزشکی (پارت یک)
🟢 لغات ضروری زبان پزشکی (پارت دو)
🟢 لغات ضروری زبان پزشکی (پارت سه)
🟢 جدول بیماری‌های تک‌ژنی (پارت ۱)
🟢 جدول بیماری‌های تک‌ژنی (پارت ۲)
🟢 جدول بیماری‌های تک‌ژنی (پارت ۳)
🟢 جدول بیماری‌های تک‌ژنی (پارت ۴)
🟢 جدول بیماری‌های بیوشیمیایی (پارت ۱)
🟢 جدول بیماری‌های بیوشیمیایی (پارت ۲)
🟢 جدول بیماری‌های بیوشیمیایی (پارت ۳)
🟢 جدول بیماری‌های بیوشیمیایی (پارت ۴)
🟢 جدول بیماری‌های بیوشیمیایی (پارت ۵)
🟢 جدول بیماری‌های بیوشیمیایی (پارت ۶)
🟢 جدول بیماری‌های مادرزادی
🟢 جدول‌ بیماری‌های کروموزومی (پارت ۱)
🟢 جدول‌ بیماری‌های کروموزومی (پارت ۲)
🟢 جدول‌ بیماری‌های کروموزومی (پارت ۳)
🟢 جدول‌ بیماری‌های کروموزومی (پارت ۴)
🟢 جدول‌ بیماری‌های سیستم ایمنی (پارت ۱)
🟢 جدول‌ بیماری‌های سیستم ایمنی (پارت 2)
🟢 جدول بیماری‌های مولتی‌فاکتوریال
🟢 لیست آزمون‌ها و کوییزها


✨ جهت ثبت‌نام دوره جمع‌بندی ژنتیک پزشکی ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

📌 برنامه‌ریزی دو ماهه (پارت دوم)

🔴 توضیحات ◀️

🔴 دوستانی که از برنامه‌ریزی ماه اول برای فصل‌های مهم استفاده کردن، می‌تونن این برنامه‌ریزی رو برای ماه دوم پیش ببرن. تو این برنامه‌ریزی فصل‌های ۹، ۱۴، ۱۸ و ۱۹ رو می‌تونید کامل مطالعه و مرور و همین‌طور فصل‌های ۲، ۳، ۶ و ۱۷ رو که ماه قبل خوندید، مرور کنید.

🟠 مباحث رو می‌تونید از طریق هشتگ‌ها تو لیست کانال دنبال کنید. لینک پست اول ۴ فصل برنامه‌ریزی 👈🏻
پست اول فصل ژنتیک سرطان
پست اول فصل ژنتیک تکوین
پست اول فصل ناهنجاری‌های بیوشیمیایی
پست اول فصل اختلالات تک‌ژنی

🟢 مورد بعد اینکه امروز دوره جمع‌بندی ژنتیک پزشکی ۱۴۰۵ شروع شد و دوستانی که به این دوره نیاز دارن، هنوز هم فرصت ثبت‌نام دارن؛ اگه می‌خواید طبق برنامه‌ریزی دقیق پیش برید، ثبت‌نام رو به تأخیر نندازید.


✨ جهت ثبت‌نام دوره جمع‌بندی ژنتیک پزشکی ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

📎 دوستان پلت‌فرم مکتب‌خونه دوباره یک‌سری از دوره‌هاش رو رایگان کرده که می‌تونید یکیش رو انتخاب کنید؛ دوره گیت‌هاب جادی، دوره جامع مشین‌لرنینگ و ... رو می‌تونید با کد تخفیف hamdeli2 رایگان دریافت کنید؛ فقط اگه دوره‌ای که انتخاب کردید تیک «دسترسی کامل» داره، اون تیک رو بردارید و آموزش رو به سبد خریدتون اضافه کنید. فرصت استفاده از این کد تخفیف تا ۲۴ بهمن هست.

📎 لینک مشاهده دوره‌ها:
https://land.maktabkhooneh.org/hamdeli2/


✨ جهت ثبت‌نام دوره جمع‌بندی ژنتیک پزشکی ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

📌 مفهوم و آنالیز Trajectory در دیتاهای سینگل‌سل

🔴 توضیحات ◀️

🔴 وقتی فرایندهای پویای سلولی مثل تمایز سلولی یا پاسخ سلول به یک محرک خاص رو بررسی می‌کنیم، می‌بینیم که سلول‌ها از یک حالت عملکردی به حالت دیگه تغییر می‌کنن. در طول این تغییر، بیان ژن‌ها عوض می‌شه؛ یعنی یک‌سری ژن‌ها در حالت اول فعال هستن و در حالت بعدی، ژن‌های دیگه‌ای فعال می‌شن. پس در واقع سلول‌ها به‌صورت پیوسته از یک وضعیت به وضعیت دیگه حرکت می‌کنن.

🟡 حالا اگر داده‌های سینگل‌سل داشته باشیم، متوجه می‌شیم که همه سلول‌ها دقیقاً در یک مرحله نیستن؛ مثلاً در یک مجموعه از سلول‌های B، ممکنه بعضی‌ها immature، بعضی mature و برخی هم به پلاسماسل تبدیل شده باشن؛ یا مثلا ممکنه تو دیتا بعضی از سلول‌ها استم سل باشن، بعضی دیگه وارد مرحله پیش‌ساز شده‌ باشن و بعضی هم در حال تبدیل شدن به سلول‌های تخصص‌یافته باشن.

🟠 وقتی این حالت‌های مختلف رو کنار هم قرار می‌دیم، می‌تونیم مسیر تغییر و تحول این سلول‌ها رو ببینیم. به این مسیر پیوسته تغییرات، مسیر زیستی یا Trajectory بیولوژیکی گفته می‌شود. برای ساخت trajectory، پکیج‌های مختلفی تو R و Python وجود داره که یکی از معروف‌ترین آن‌ها Monocle3 هست که با استفاده از الگوی بیان ژن‌ها، سلول‌ها رو در یک مسیر پیوسته مرتب می‌کنه و مراحل تمایز یا پاسخ سلولی رو نشان می‌ده.

🟢 کدهای پکیج monocle3 ←

remotes::install_github("bnprks/BPCells/r")
remotes::install_github("satijalab/seurat-wrappers")
devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3')
BiocManager::install("monocle")
library(monocle3)

cds <- load_mm_data(mat_path = "matrix.mtx.gz", 
                    feature_anno_path = "features.tsv.gz", 
                    cell_anno_path = "barcodes.tsv.gz")
class(cds)

cds <- preprocess_cds(cds = cds,
                      num_dim = 50,
                      method = "PCA",
                      scaling = TRUE,
                      use_genes = NULL,
                      norm_method = "log")

plot_pc_variance_explained(cds)

cds <- reduce_dimension(cds = cds,
                        reduction_method = "UMAP",
                        preprocess_method = "PCA",
                        umap.metric = "cosine",
                        umap.min_dist = 0.1,
                        umap.n_neighbors = 15,
                        max_components = 2)
cds@reduce_dim_aux$UMAP

cds <- cluster_cells(cds = cds,
                     reduction_method = "UMAP",
                     k = 20,
                     resolution = 1e-5,
                     cluster_method = "leiden")
table(as.numeric(cds@clusters$UMAP$cluster_result$optim_res$membership))

plot_cells(cds = cds,
           reduction_method = "UMAP",
           color_cells_by = "cluster",
           group_label_size = 4)

marker_test_res <- top_markers(cds = cds,
                               group_cells_by = "cluster",
                               reference_cells = 1000,
                               cores = 8)

cds <- learn_graph(cds = cds,
                   use_partition = TRUE,
                   close_loop = FALSE)

plot_cells(cds = cds,
           reduction_method = "UMAP",
           color_cells_by = "cluster",
           group_label_size = 4,
           show_trajectory_graph = TRUE,
           trajectory_graph_color = "darkgreen",
           trajectory_graph_segment_size = 2,
           label_roots = TRUE,
           graph_label_size = 2)

cds <- order_cells(cds = cds,
                   reduction_method = "UMAP")

🔴 دوستان توجه کنید که کلاسترها رو قبل از مرحله learn_graph، باید annotate کنید. همین‌طور تو مرحله order_cells، باید root node انتخاب کنید. دوستانی که تو نصب این پکیج و ورک‌فلو ارور می‌گیرن یا سوال دارن، به من پیام بدن.
🔴 ورک‌فلو کامل: https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3/docs/installation/


✨ جهت ثبت‌نام دوره جمع‌بندی ژنتیک پزشکی ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#بیوانفورماتیک

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

🔍 زمان ثبت‌نام آزمون کارشناسی ارشد وزارت بهداشت ۱۴۰۵ اعلام شد.

🟢 زمان ثبت‌نام: از ۱۶ تا ۲۶ اسفند.
🟢 زمان برگزاری آزمون: ۲۱ و ۲۲ خرداد.


#اخبار
#مشاوره
#وزارت_بهداشت

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

📎 دوستان DataCamp تا ۲۲ فوریه (یک‌شنبه) دسترسی به کورس‌هاش رو رایگان کرده. فرصت خوبیه که مهارت یاد بگیرید و رزومه‌تون رو تقویت کنید. فقط با یک ایمیل می‌تونید تو این سایت پروفایل بسازید و از همه دوره‌هاش به‌طور نامحدود استفاده کنید. ضمن اینکه با تکمیل کردن هر دوره، بهتون سرتیفیکت معتبر می‌ده که می‌تونید تو رزومه‌تون بذارید. بچه‌های ارشد و دکتری از دست ندید.

✅ لینک سایت:
https://www.datacamp.com/
✅ لینک دانلود اپلیکیشن از گوگل‌پلی:
https://play.google.com/store/apps/details?id=com.datacamp

📎 چندتا از دوره‌‌های دیتاکمپ که برای بیوانفورماتیک می‌تونه بدردتون بخوره:
✅ Introduction to R
✅ Intermediate R
✅ Network Analysis in R
✅ Survival Analysis in R
✅ Machine learning with caret in R
✅ RNA-Seq with Bioconductor in R
✅ Differential Expression Analysis with limma in R


✨ جهت ثبت‌نام دوره جمع‌بندی ژنتیک پزشکی ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#بیوانفورماتیک

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

درود 🪴

⚡️ خیلی از شما دوستان احتمالا با مباحث فصل ۱۰ امری (بیماری‌های چندعاملی) مشکل دارید؛ این فصل از دو بخش مباحث آماری و بیماری‌های چندعاملی تشکیل شده که تست‌ها هم معمولا از بخش بیماری‌ها طرح می‌شه؛ به همین دلیل این بیماری‌ها رو به‌صورت خلاصه درآوردم تا اگه این فصل رو نخوندید یا می‌خواید مرور کنید، کارتون راحت‌تر بشه ✅

🔒 رمز فایل (حروف بزرگ و کوچک رعایت شود): GeneticsAS


✨ جهت ثبت‌نام دوره جمع‌بندی ژنتیک پزشکی ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

🟡 لیست آپدیت‌شده از بهترین ویدیوهای آموزشی یوتوب در رابطه با تکنیک‌های آزمایشگاهی، بیوانفورماتیک و مهارت‌های مربوط به بایولوژی (آپدیت هشتم) 👈🏻


🤔 تکنیک‌های آزمایشگاهی 👈

🖥 تکنیک PCR (تئوری)
🖥 تکنیک PCR (عملی)
🖥 تکنیک Real-time PCR (تئوری)
🖥 تکنیک Real-time PCR (عملی)
🖥 تکنیک ARMS PCR (تئوری)
🖥 تکنیک Tetra ARMS PCR (تئوری)
🖥 تکنیک Hot start PCR (تئوری)
🖥 تکنیک Nested PCR (تئوری)
🖥 تکنیک Nested PCR (تئوری و عملی)
🖥 تکنیک Droplet Digital PCR
🖥 تکنیک RFLP (تئوری)
🖥 تکنیک Southern Blot (تئوری)
🖥 تکنیک Northern Blot (تئوری)
🖥 تکنیک Gel Electrophoresis (تئوری)
🖥 تکنیک Gel Electrophoresis (عملی)
🖥 تکنیک DNA Microarray (تئوری)
🖥 تکنیک Sanger Sequencing (تئوری)
🖥 تکنیک Pyrosequencing (تئوری)
🖥 تکنیک Illumina Sequencing (تئوری)
🖥 تکنیک PacBio Sequencing (تئوری)
🖥 تکنیک Oxford Nanopore Sequencing
🖥 تکنیک Single cell RNA-seq (تئوری) (۱)
🖥 تکنیک Single cell RNA-seq (تئوری) (۲)
🖥 تکنیک CUT & RUN
🖥 تکنیک CUT & TAG
🖥 تکنیک فلوسایتومتری (تئوری)
🖥 تکنیک CRISPR-Cas9 (تئوری)
🖥 تکنیک ChIP-Seq (تئوری)
🖥 تکنیک ATAC-Seq با توضیحات کوتاه (تئوری)
🖥 تکنیک ATAC-Seq با توضیحات تکمیلی (تئوری)
🖥 تکنیک Hi-C
🖥 استخراج RNA با استفاده از trizol (تئوری)
🖥 استخراج RNA با استفاده از trizol (عملی)
🖥 سنتز cDNA (تئوری)


🤔 دیتابیس‌های زیستی 👈

🖥 دیتابیس NCBI
🖥 دیتابیس UCSC
🖥 دیتابیس TCGA
🖥 پلی‌لیست آموزش کامل دیتابیس TCGA
🖥 دیتابیس Xena Browser
🖥 دیتابیس Enrichr
🖥 آدیتابیس gprofiler
🖥 دیتابیس DAVID
🖥 دیتابیس STRING
🖥 دیتابیس miR2Disease


🤔 مهارت‌های بیوانفورماتیکی 👈

🖥 طراحی پرایمر PCR با استفاده از ابزار primer blast دیتابیس NCBI
🖥 طراحی پرایمر PCR با وبسایت Primer3plus
🖥 طراحی پرایمر Real-time PCR با ابزار primer blast دیتابیس NCBI
🖥 بررسی اختصاصیت پرایمر طراحی‌شده با primer blast دیتابیس NCBI
🖥 بررسی اختصاصیت پرایمر طراحی‌شده با in silico PCR دیتابیس UCSC
🖥 آشنایی با مفهوم Gene Ontology
🖥 آشنایی با آنالیز Pathway
🖥 نحوه‌ی دانلود دیتاهای سرطان از دیتابیس TCGA
🖥 آنالیز دیتای Microarray با ابزار GEO2R
🖥 آنالیز دیتای Microarray با پکیج affy در زبان برنامه‌نویسی R
🖥 آنالیز Gene Ontology پکیج custerProfiler در زبان‌ برنامه‌نوسی R
🖥 آنالیز دیتای فلوسایتومتری با نرم‌افزار Flowjo
🖥 آموزش آنالیز شبکه هم‌بیانی وزن‌دار (WGCNA)
🖥 توضیحات تئوری پکیج DESeq2 برای آنالیز RNA-seq
🖥 کار با پکیج DESeq2 برای آنالیز RNA-seq (پارت 1)
🖥 کار با پکیج DESeq2 برای آنالیز RNA-seq (پارت 2)
🖥 آموزش زبان برنامه‌نویسی R سطح مبتدی
🖥 آموزش زبان برنامه‌نویسی Python سطح مبتدی
🖥 آموزش کتابخانه numpy در پایتون
🟢 کتابخانه‌ای در پایتون جهت انجام اعمال ریاضی روی Arrayها
🖥 آموزش کتابخانه pandas در پایتون
🟢 کتابخانه‌ای در پایتون جهت دست‌ورزی دیتاها
🖥 آموزش کتابخانه matplotlib در پایتون
🟢 کتابخانه‌ای در پایتون جهت رسم نمودار
🖥 آموزش پکیج ggplot2 در R
🟢 بهترین پکیج در R جهت رسم نمودار
🖥 آموزش پکیج dplyr در R
🟢 پکیجی در R جهت دست‌ورزی دیتاها
🖥 مجموعه ویدیوهای آمار و آمار زیستی
🖥 مجموعه ویدیوهای تئوری آنالیز بقا (Survival analysis)
🖥 انجام آنالیز بقا در زبان برنامه‌نویسی R
🖥 مجموعه ویدیوهای آموزش Graphpad Prism
🖥 مجموعه ویدیوهای آموزش Graphpad Prism (فارسی)
🖥 آموزش نصب سیستم عامل Linux ubuntu
🖥 آموزش نصب ماشین مجازی در ویندوز
🖥 آموزش کامندهای لینوکس (دوره کامل)
🖥 آموزش کامندهای ضروری لینوکس (در ده دقیقه)
🖥 پلی‌لیست آموزش Shell Scripting در لینوکس

💬 توجه: دوستان زیرنویس انگلیسی برای همه‌ی این ویدیوها اکتیو هست و می‌تونید برای یادگیری بهتر ازش استفاده کنید. دوستانی که ویدیوهای بهتر تو یوتوب یا جاهای دیگه دیدن، می‌تونن لینکش رو برام بفرستن که من تو این لیست قرار بدم. همین‌طور این لیست به مرور زمان آپدیت می‌شه و ویدیوهای تخصصی‌تر، مخصوصا تو حوزه بیوانفورماتیک که خودم‌ ازشون استفاده کردم، به لیست اضافه می‌شن.


✨ جهت ثبت‌نام دوره جمع‌بندی ژنتیک پزشکی ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#تکنیک
#ویدیو_آموزشی

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

دوستان عزیزم بیشتر از همیشه مراقب خودتون باشید. براتون امنیت و آرامش آرزو می‌کنم ❤️

سلام دوستان
امیدوارم سالم و سلامت باشید

❤️ می‌دونم شرایط خیلی سخت و غیرعادیه؛ اگه حس می‌کنید درس خوندن براتون سخت شده، تمرکز ندارید یا کیفیت مطالعه‌تون پایین اومده، کاملا طبیعیه و تقریبا همه همین شرایط رو تجربه می‌کنن. بنابراین فکر نکنید که الان همه دارن می‌خونن و فقط شما تو مطالعه مشکل دارید؛ نگران این موضوع نباشید.

❤️ با توجه به اینکه نمی‌دونیم این شرایط تا کی ادامه داره، سعی کنید کم کم و به مرور برنامه مطالعه‌تون رو پیش ببرید. لازم نیست همه چیز پرفکت باشه؛ همین که تلاش می‌کنید و تو این شرایط قدم کوچیک برمی‌دارید، خودش کار بزرگیه.

❤️ خیلی از دوستان ممکنه به خاطر قطعی اینترنت این پست رو نبینن؛ دوستانی که وصل هستن، لطفاً برای بقیه هم تو اپ‌های دیگه بفرستید تا استرسشون کمتر بشه و بتونن برنامه‌شون رو ادامه بدن. به امید آرامش و امنیت برای همه، مراقب خودتون باشید 🇮🇷


کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠