Genomics UA
778 subscribers
80 photos
2 files
146 links
Громадська організація "Геноміка ЮА". Ваш дім біоінформатики та омік в Україні.

Чат: https://t.me/BioinformaticsUA
Вебсайт: genomics.org.ua
YouTube: https://www.youtube.com/@genomicsUA
Download Telegram
R - база! 📊
Багато зареєстрованих на курс з аналізу секвенування РНК ніколи не працювали із R. Тож ми приготували практичну зустріч, щоб вам допомогти.

На воркшопі ви побачите та спробуєте наступне:
Навігація в Rstudio.
Корисні стартові команди.
Синтаксис R, типи та структури даних.
Зберігання та завантаження файлів.
Прості маніпуляції із даними.
Петлі та галуження коду, написання функцій.
Створення графічного відображення даних.
Робота із пакетом tidyverse.

Коли: 23 вересня 2023, о 19:00 (Київ) / 18:00 (CET)
Де: Zoom

Для участі необхідно попередньо встановити R та Rstudio. Ми рекомендуємо це зробити за зразком цього відео. Якщо ви маєте операційну систему відмінну від Windows, встановлюйте файли із назвою вашої операційної системи.

Додати до Google календаря
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
Genomics UA
R - база! 📊 Багато зареєстрованих на курс з аналізу секвенування РНК ніколи не працювали із R. Тож ми приготували практичну зустріч, щоб вам допомогти. На воркшопі ви побачите та спробуєте наступне: Навігація в Rstudio. Корисні стартові команди. Синтаксис…
Всім привіт!

1) Ми вже додали відео вчорашньої практичної зустрічі. Подивитися її можна ось тут: https://youtu.be/ET01eAXm1tE

2) Декілька людей написали, що не отримали листа щодо курсу з аналізу даних РНК секвенування. Якщо ви реєструвалися, то були включені у розсилку 19-го вересня, але Gmail іноді ховає розсилки у спам. Якщо листа все ж нема, то напишіть @xander_petrenko і ми це виправимо.

З учасниками курсу ми побачимося вже 26-го вересня!
Genomics UA
Photo
Сьогодні перший день курсу з РНК-секвенування, під час реєстрації на який спільнота Геноміки зібрала 36797.64 грн для БФ "Повернись живим"!

Ми вирішили перевести фонду цю частину вже сьогодні, щоб ці кошти працювали на нашу перемогу. Але залишаємо активною банку:
https://send.monobank.ua/jar/6aaDHfuuG8
Якщо вам особливо сподобалася певна зустріч під час п'яти тижнів курсу - ви знаєте, куди перевести свої декілька гривень ;). Те, що нам разом вдасться добрати, переведемо наприкінці курсу.
Вітаємо, друзі. Хочемо поділитися новиною.

Марина Коршевнюк з команди Геноміки, яка, окрім іншого, ініціювала школу з single-cell RNA sequencing, заснувала стартап з персоналізованої медицини Apixmed і хоче найняти фахівця на позицію Research Manager (part-time, remote). Ми думаємо, що в нашій спільноті є багато людей, яким це було б цікаво.

Подивитися на опис вакансії можна ось тут: https://docs.google.com/document/d/1d2Y5dzuQ4b7M8JtlCgTRPlRrsZ6YDbEiHEf_cRmAir0/edit. Також там є контакт для надсилання резюме та/або запитань.
Колеги рекрутують, ділимося цікавою вакансією. Нумо відправляти CV 📄

Шукаємо в команду для проведення спільного українсько-швейцарського грантового проєкту в галузі ревматології на тему: «IDENTIFICATION OF MOLECULAR TARGETS FOR THERAPY IN EARLY SYSTEMIC SCLEROSIS - THE ROLE OF ADHESION MOLECULES» біоінформатика/біоінформатикиню.

📌Робота – part-time, remote + можливість співпраці з колегами із Центру експериментальної ревматології міста Цюриха.
✍️Виконання проєкту заплановано на жовтень 2024 - жовтень 2027 рр.
‼️Вимоги:
1. досвід роботи з R програмування та Python для scRNA-seq, CITE-seq data analysis та proteomics analysis;
2. вільне володіння англійською та українською мовами;
3. наявність публікацій цитованих у Scopus журналах.

Якщо Ви бажаєте приєднатися до нашої команди, надсилайте своє резюме на електронну адресу l.petelytska@gmail.com.
Починається останній тиждень нашого курсу, де учасники будуть презентувати результати аналізу даних секвенування РНК. Як того набору даних, який ми аналізували разом, так і тих, що відібрали учасники самостійно. Ми переконані, що ці навички допоможуть у пошуку роботи й для наукових проєктів. Разом з тим, ми відкрили доступ до платформи тестування, і перший учасник вже отримав сертифікат. Вітаємо Святослава!

За останній місяць ми переробили сайт і перенесли його на окремий сервер, а разом з тим впровадили GenomicsID. Це - єдиний логін на наші чинні та майбутні сервіси, які ми будемо додавати та розробляти. Наразі це ними є пошта на @genomics.org.ua та платформа для тестування. Якщо раптом комусь з учасників спільноти потрібна така адреса пошти для професійних цілей, можемо надати доступ в обмін на пожертву фонду "Повернись живим". За бажанням, відправляйте скриншот свіжого донату разом зі своїм ім'ям на hello@genomics.org.ua
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
Відкрита дослідницька позиція з квантової біоінформатики для аспірантів, випускників та магістрантів

Команда з КАУ шукає мотивованих постдоків, аспірантів або магістрантів для участі в проекті з проектування та розробки квантових алгоритмів для вирішення біоінформатичних проблем, наприклад, співставлення послідовностей ДНК, вирівнювання послідовностей і тому подібних.

На цій посаді ви будете працювати з літературою, аналізувати існуючі схеми, пропонувати вдосконалення, розробляти прототипи алгоритмів на обраній вами мові та комунікувати з командою.

Передумови:
- знання основних класичних алгоритмів та їх складності; бажано знайомство з динамічним програмуванням
- вміння програмувати хоча б однією з мов програмування (бажано Python)
- знання лінійної алгебри, основ квантових обчислень (кубіти, квантові вентилі, тензорні добутки)
- технічна англійська мова

Залучення може бути як на повний, так і неповний робочий день. Ми очікуємо, що проект триватиме 1 рік з подальшими можливостями для досліджень. Ми пропонуємо досвід, підтримку та гідну компенсацію.

Будь ласка, надсилайте своє резюме на адресу:

Данило Якименко, danylo.yakymenko@gmail.com, КАУ, ІМ НАНУ
Аліна Фролова, fshodan@gmail.com, КАУ, ІМБГ НАНУ
🎓🔬Запрошуємо вас приєднатися до лекції на тему "Вступ до фармакогеноміки", яку читатиме Марина Коршевнюк, член команди Genomics UA, співзасновниця компанії Apixmed та PhD кандидат у сфері персоналізованої медицини.

📅 Дата: 20 лютого (вівторок)
🕑 Час: 14:00 (за київським часом)
🔍 Ви дізнаєтеся про основи фармакогеноміки та її застосування у медичній практиці. Ця лекція буде корисна для студентів медичних спеціальностей та всіх, хто цікавиться медичною наукою.
🔬 Посилання для приєднання: Google Meet
Не пропустіть цю нагоду розширити свої знання та збагатити свій досвід у сфері персоналізованої медицини!
З нетерпінням чекаємо на зустріч☺️!
Друзі, наші колеги з кафедри біохімії ПНУ імені Василя Стефаника планують відкрити нову магістратуру з біоінформатики.

Вони запрошують колег та студентів для громадського обговорення. Ми з командою Геноміки вважаємо, що треба їм допомогти. Якщо для вас це є релевантним, то деталі щодо освітньої програми та форму для зв'язку можна знайти:
1) у дописі Володимира Швадчака (лінк)
2) на сайті ПНУ (лінк)
Хочемо запросити вас на семінар від наших друзів з Bioinformatics for Ukraine. Наступного четверга вони проводять зустріч, присвячену експресії генів. На ній буде про те, що таке транскриптоміка, в яких дослідженнях її застосовують, та чому вміння аналізувати транскриптомні дані відкриває багато кар'єрних можливостей

Розповідати про це буде Олександр Петренко, науковий співробітник Медичного університету Відня, співзасновник Геноміки ЮА та один з інструкторів курсу з аналізу даних РНК-секвенування.

Коли: 21-го березня, 7 вечора за Києвом.
Реєстрація: Google Spreadsheet. Зв'язок з організаторами: лінк.

- - -
📩 Чат спільноти Геноміки ЮА | 📹 Youtube-канал | 🌐 Вебсайт | ☁️ genomicsua.bsky.social | 🔗 LinkedIn сторінка
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
Пам'ятаєте нашу "біоінформатичну поплаву" в 2022-му? Якщо ви слідкували за його співорганізаторкою, пані Оленкою, то знаєте, що вона регулярно закриває великі збори, зокрема для бойових потреб підрозділу, де служить її чоловік. Вона звернулася до нас з проханням підтримати новий збір від неї та її колеги волонтера, який нещодавно доставив 100 FPV та декілька машин для підрозділу ГУР (окремий канал для минулих звітів від Оленки, а ось від її колеги).

В рамках їх великого збору (див. нижче), ми поставили собі мету - зібрати їм 50 000 грн від спільноти Геноміки ЮА. Спробуймо зробити це за березень. Ми прозвітуємо тут про переказ на їх банку, а після, коли вони повністю закриють великий збір, перепостимо результат їх закупок на наш канал.

Зі своєї сторони ми вирішили додати бонус: якщо ми впораємося і зберемо 50 000 грн, то викладемо усі записи практичного курсу з аналізу даних РНК-секвенування у відкритий доступ.

Монобанка: https://send.monobank.ua/jar/3FGSbU8mWy

Ось мета великого збору:
КОМАНДНИЙ ЗБІР НА FPV І ТАЧКИ 6 000 000🦅🚘

Збираємо на:
• 6 авто (4 пікапи + 2 буси)
• 126 товстих FPV
• 1 000 000 на постійний ремонт 10 авто в війську (6 куплених з цього збору + 4 з попередніх наших зборів: пікап 79-й бригаді, НГУ на Сході 2 пікапи + 1 бус
• Мобільне СТО для постійного і швидкого ремонту корчів в зоні бойових дій донецького напрямку

Для:
- 72 ОМБР імені Чорних Запорожців
- Бригади Національної Гвардії України «Буревій»
• роти ударних БПЛА
• піхотинців
• зенітного підрозділу ППО
- 44 ОАБР підрозділ аеророзвідки
За тиждень спільнота Геноміки ЮА поповнила банку на 20% від мети збору - дякуємо за це!

Нагадуємо, що ми долучилися до великого збору на авто та FPV-дрони для 72 ОМБР імені Чорних Запорожців, НГУ "Буревій" та 44 ОАБР. Наша мета - зібрати 50 000 грн для волонтерів, які усе закуплять, привезуть та передадуть прямо в руки бійцям.

Будемо вдячні за будь-які донати, адже сотні навіть самих маленьких пожертв приводять до того, що наше військо матиме усі необхідні інструменти для ефективних бойових дій.

Ми обіцяли, що за досягнення мети ми викладемо у відкритий доступ наш практичний курс з секвенування РНК, який провели інструктори з досвідом в індустрії та академії. Перший тиждень курсу вже на нашому ютуб-каналі! Подальші розблокування:
40% - тиждень про диференційну експресію
60% - тиждень про візуалізацію даних
80% - тиждень про функціональний аналіз
100% - тиждень про біоінформатичні звіти та презентації проєктів.

Наша банка тут: https://send.monobank.ua/jar/3FGSbU8mWy. Також будемо вдячні за репост.

- - -
📩 Чат спільноти Геноміки ЮА | 📹 Youtube-канал | 🌐 Вебсайт | ☁️ genomicsua.bsky.social | 🔗 LinkedIn сторінка
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
Літо наближається - біоінформатики збираються!

🚨🎉 Наші друзі організовують школу з біоінформатики та обчислювального аналізу сучасних типів даних у біології!

😎Безумовно рекомендуємо скористатися можливістю зустрітися із біоінформатиками з різних куточків світу, однодумцями з України та опанувати омріяні навички!

UBDS^3:
🙊двомовна школа Українська & English
🕔триває 2 тижні (7-20 липня 2024)
🎓включає лекції+практичні заняття (перший тиждень)+міні-дослідницькі проекти (другий тиждень)
🗞для бакалаврів та магістрів, громадян або резидентів України
💻з досвідом програмування і без (але з великою мотивацією!)
участь безкоштовна

Програма включає багато-багато всього!

🟡Аналіз оміксних даних, обчислювальну нейробіологію, кількісну/статистичну/функціональну/еволюційну генетику, обчислювальну екологію та популяційну біологію, філогенетику/філогеноміку, а також багато інших більш спеціалізованих тем.
🔵Студенти матимуть можливість попрактикуватися в та/або навчитись програмувати на R та Python, аналізувати зображення, аналізувати та візуалізувати дані, використовувати загальновживані та спеціалізовані біоінформатичні програми, а також опанувати основи машинного навчання.

Дедлайн: заявки приймаються за посиланням до 22 квітня 2024. Ви також можете знайти більше деталей про Школу на веб-сайті організаторів: https://www.bds3.org/.

- - -
📩 Чат спільноти Геноміки ЮА | 📹 Youtube-канал | 🌐 Вебсайт | ☁️ genomicsua.bsky.social | 🔗 LinkedIn сторінка
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
🧬 Пошук фахівців у галузі біоінформатики для роботи над high risk/high reward проєктом "Targeting 8-oxo-G Epigenetic Signature in Response to Chemotherapy for the Treatment of Lung Cancer"

▶️ З нами зв'язалася Надія Липова (Assistant Professor, Dept. of Medicine, University of Louisville, USA). Вона шукає мотивованих фахівців з біоінформатики для роботи над проєктом, сфокусованим на ролі окисненого гуаніну (8-oxo-G) як епігенетичної мітки у регуляції метаболічного фенотипу раку легень у відповідь на хіміотерапію.

▶️ Проєкт передбачає проведення низки дослідів на 3D культурі клітин раку легень та мапування мітки 8-oxo-G на геномі із застосуванням методів RNA-Seq, OxiDiP-Seq та ChiP-Seq.

▶️ Вимоги:
• володіння всіма необхідними методами для дизайну експериментів та аналізу даних секвенування
• володіння англійською мовою
• афіліація з академічною установою
• доступна фінансова компенсація (~2-5% effort) для co-investigator (незалежний дослідник). Для технічної позиції можлива компенсація зарплати.

▶️ Наразі проєкт перебуває на стадії подачі пропозиції до грантової агенції (США, дедлайн - 1 квітня, 2024 року).
Ми очікуємо, що в разі фінансування, проєкт триватиме 2 роки (старт 01/2025).

Будь ласка, надсилайте свої запитання чи своє резюме на адресу: Надія Липова, nadiia.lypova@louisville.edu

- - -
Від себе додамо, що це - чудова можливість для українських дослідників залучитися до проєкту з цікавими методами в актуальному напрямку у разі успіху грантової заявки.
- - -
📩 Чат спільноти Геноміки ЮА | 📹 Youtube-канал | 🌐 Вебсайт | ☁️ genomicsua.bsky.social | 🔗 LinkedIn сторінка
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
🧬 В Україні набирає популярності формат журнальних клубів: отримали запрошення від друзів з Інституту високих технологій КНУ, ділимося з вами!

Цієї суботи буде зустріч їх журнального клубу за темою генетичних ножиць CRISPR/Cas9. Катерина Жишкевич, студентка ІВТ, розповість про їхню історію, механізм роботи та потенціал у лікуванні ВІЛ.

➡️ Коли: 30 березня (субота) о 14:00.
➡️ Де: Глушкова 4Д, Читалка факультету комп'ютерних наук та кібернетики КНУ
➡️ Реєстрація: до 29-го березня у формі
➡️ Зв'язок з організаторами: журнальний клуб та Читалка

- - -
📩 Чат спільноти Геноміки ЮА | 📹 Youtube-канал | 🌐 Вебсайт | ☁️ genomicsua.bsky.social | 🔗 LinkedIn сторінка
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
▶️ До нас звернувся учасник спільноти, який шукає фахівця для співпраці з приводу наукової роботи.

▶️ В нього є дані зимової орнітофауни на території міських агломерацій, декілька тисяч спостережень за чотири роки на території чотирьох міст. Для завершення роботи він потребує фахівця зі статистичної обробки та аналізу даних (наприклад, в середовищі R).

▶️ Умови співпраці: співавторство в публікації або оплата послуг.

▶️ Зв'язок та запитання: t.me/cas_tielll_d6 або Castielllua@gmail.com. Будемо також вдячні за поширення.

- - -
📩 Чат спільноти Геноміки ЮА | 📹 YouTube | 🌐 Вебсайт | ☁️ genomicsua.bsky.social | 🔗 LinkedIn
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
▶️ Сьогодні вийшла публікація "The resilience of Ukrainian scientists" в Cell Systems, серед співавторів якої є багато учасників нашої спільноти.

▶️ Це - важлива композиція коментарів про те, як війна впливає на українську науку і науковців. Вона містить ті думки та послання, які особливо важливо побачити нашим закордонним колегам та друзям: від Валерія, який поставив кар'єру на паузу та мобілізувався одразу після вторгнення; від дослідників в українських інститутах, які продовжують працювати попри все; та від українських дослідників в закордонних інститутах.

▶️ Дуже важливо поділитися публікацією з вашими закордонними колегами, особливо якщо ви користуєтеся 🔗 LinkedIn та 👥 Twitter або аналогічними платформами - тож будемо вам вдячні за це. Доступ: https://www.cell.com/cell-systems/fulltext/S2405-4712(24)00091-7#%20

- - -
📩 Чат спільноти Геноміки ЮА | 📹 YouTube | 🌐 Вебсайт | ☁️ genomicsua.bsky.social | 🔗 LinkedIn
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
Перед голосуванням за пакет допомоги США для України трампісти у конгресі знов згадали про українські біолабораторії. Як бачимо, докази очевидні: анонімний учасник спільноти Геноміки ЮА допоміг зі збором для артилеристів від колективу Розвідка Ноєм, і снаряд M107 скоро полетить / вже полетів розносити бурятовіруси.

Make Ukrainian Biolabs Great Again, так би мовити. Сподіваємося, конгресвумен Марджорі Тейлор Грін пишатиметься нами.

- - -
📩 Чат спільноти Геноміки ЮА | 📹 YouTube | 🌐 Вебсайт | ☁️ genomicsua.bsky.social | 🔗 LinkedIn
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM