Мы только порадовались объявлению Нобелевской премии по физике, так печальная новость.
Ушел Джон Гердон — нобелевский лауреат 2012 года.
Вы можете не знать его имени, но точно знаете его открытие. Овечка Долли стала продолжением его работы с ядерным переносом. Но первыми клонированными позвоночными стали лягушки, с которыми Гердон работал в 1960 г.

Гердон смог удалить ядра из яиц лягушек и заменить их на ядра из кожи. Несмотря на эти манипуляции, образовывались здоровые эмбрионы и головастики.

Позже последовали эксперименты на мышах, знаменитая Долли, а также технологии основанные на том факте, что в ядрах наших клеток содержится вся информация, нужная для нашего развития.
Индуцированные стволовые клетки, полученные Синъей Яманакой, который разделил с Гердоном Нобелевку 2012, стали достойным продолжением этого знания.

Я начинала свою карьеру молекулярщика с этих тем, поэтому уход легенды для меня особо печален.
Спасибо, Сэр Гердон!

https://www.magd.cam.ac.uk/news/professor-sir-john-gurdon-frs-1933-2025

Комментирую для Биомолекулы свежие новости!
Про муравьев, клонирующих чужой вид, это вообще улёт! Советую прочитать, если вы пропустили эту новость.

Из нового дайджеста вы узнаете скандальные подробности размножения муравьев Messor ibericus, а также новинки в разработке способов лечения митохондриальных заболеваний.

Читайте на нашем сайте.

Приятного чтения!

Автор: Екатерина Грачева

#Биомолекула_дайджест

Побит рекорд по прочтению генома в клинических условиях. От образца крови ребенка в реанимации новорожденных в 7 утра до данных к 15:00. Плюс вышла статья в NEJM.

Сегодня на конференции Американского общества генетики человека Broad Institute представили данные о семи новорожденных, которым было сделано клиническое секвенирование в попытке найти диагноз.

Получилось это благодаря новому методу прочтения ДНК от Roche, который они представили в начале года. Этот метод, использующий экспандосомы, отличается от Illumina, Element, и методов длинных прочтений, типа нанопоры.

Это огонь, предыдущий такой прецедент занимал 13 часов, когда у ребенка диагноз был поставлен с помощью секвенирования ДНК. Здесь все ещё быстрей.

В пресс-релизе про клинические решения ничего нет, но если в статье покопаться, то у четырех детей ничего не нашли, у двух — мутации, одна из которых уже описана в ситуациях с судорогами у новорожденных, и ещё у одного — транслокацию 14 на 10.

Реалии мира: ты можешь делать самое крутое секвенирвание, а оно все равно не скажет, что происходит у пациента.

Но, кстати, про то, что просто секвенирование не дало результаты. Возможно, это неподходящая методика.

Секвенирование бывает длинными и короткими прочтениями. Условно: либо читаем блоками по 200-600 букв (это Roche, Illumina, Element, Ultima Genomics), либо длинными кусками (10 - 20 тыс для PacBio и до 40-60 тыс — нанопора).
Так вот, длинные прочтения лучше улавливают разные истории с повторами, удалением части ДНК и прочими крупными аномалиями.

Плюс, длинные прочтения можно использовать для понимания метилирования ДНК (и тут я, как эпигенетик, особо заинтересована), и они могут сильно влиять на то, как будет читаться ДНК, даже если она условно без мутаций.

Illumina на той же конференции объявила о своей новой химии, чтобы тоже уметь читать метилирование, но на коротких фрагментах ДНК. И это очень интересно, потому что неясно, как это поменяет уже наш уголок life sciences, где мы разрабатываем методы чтения эпигенома, а не генома. Надеюсь, что скоро будет понятней.

Почему гренландские киты живут так долго и счастливо?
Образцово-показательная работа из лабораторий Веры Горбуновой, Андрея Селуанова и Яна Вейга, которые по кирпичикам разгадали сверхспособности кита: более усиленная репарация ДНК.

Кто интересуется эволюционной биологией, точно слышал про парадокс Пето: чем больше животное, то по идее чем больше клеток, тем чаще должен встречаться рак. Но это не так.
У гренландских китов это точно нет так.
И в этой статье показано, что это происходит за счёт более точной и эффективной репарации ДНК после повреждения. Теломераза, которую часто приписывают к спасителю от старения, это вообще не универсальный механизм.

С точки зрения методологии статья просто конфетка. Есть клетки кожи гренландского кита, которые изучили просто всеми возможными методами. Если кто-то из авторов это читает (Денис Фирсанов, один из первых авторов, например), я просто снимаю шляпу.

Авторы нашли, что в процессе устойчивости к повреждениям ДНК важную роль играет белок CIRBP, который вероятно помогает удерживать по кусочкам вместе всю молекулярную машину починки разрывов ДНК. И это уберегает клетки от того, чтобы они стали раковыми (и это авторы тоже протестировали!), а не просто предположили.

Это уже второе исследование за последнее время, которое в деталях описывает механизмы долговечности животных. Предыдущая большая статья была в Science от китайских учёных, которые подробно изучили причины долголетия голого землекопа. Они тоже нашли белок, улучшающий репарацию ДНК, но он действует так только у голого землекопа, а не человека или мыши. Я подробней об этом писала в дайджесте для Биомолекулы в октябре.

Теперь не удивляюсь, почему Андрей Сeлуанов и Вера Горбунова писали комментарий к этой статье в Nature, ведь там и вышла их крутейшая статья про китов. Хочется больше молекулярных погружений в животный мир!

Вместе с проектом Gita Zone снова отвечаем на ваши вопросы о генетической генеалогии.
Обсудим, что нового у известных игроков и как это может пригодиться в поиске предков.

Приходите на наш эфир 9 ноября 2025 — 21:00 по Еревану / 20:00 по Мск / 09:00 по Сан Диего

https://youtube.com/live/f9-N4Z0MatA

Буду рада вашим вопросам!

Посчитала, что Джеймс Уотсон вписался в проект по расшифровке структуры ДНК в 23 года, опубликовался в 25, получил Нобелевку в 34, между этим как раз руководя группой по изучению роли РНК в Гарварде. Эта группа сделала довольно важные открытия в роли мРНК, тРНК и рибосом.

Но потом Уотсон, как Нобелевский лауреат и человек, который наслаждался высокими позициями и почетом, в основном занимался лидерской работой. .. В такой позиции ожидается, что ты образец для подражания, но Уотсон в отношениях с людьми этим не отличался.

Я не читала легендарную Двойную Спираль, но судя по отзывам и людей, которые читали, и которые с ним работали, лучше мне не надо. Вчера на реддите было слишком много людей, которые лично общались с ним, и это укрепило меня в этом мнении.

Я уверена, впрочем, что Розалинд получила бы Нобелевскую премию. Но у нас нет бы. И мы имеем, что имеем в этой истории.

Вот-вот начнется наш генеалогическо-генетический стрим!
Присоединяйтесь!

Уже через 2 часа начнем наш стрим! Постараемся дублировать стрим в Тг, но все-таки советуем смотреть из ютуба. Ждем вас! И вопросы обязательно задавайте. Думаю, может, на нем книжку разыграть?

Стрим будет на ютубе вот тут

Еноты сами себя одомашнивают? Возможно это происходит прямо сейчас!

Вышла статья, в которой данные о почти 20 тысячах енотов показывают: еноты, живущие рядом с человеком, становятся милее.

Вы точно слышали об эксперименте по одомашниванию лис, который уже больше 50 лет идёт в Новосибирске, и вероятно знаете, что у таких лис короче мордочка, чем у диких. Схожее наблюдается и у норок, и вообще есть гипотеза одомашненного фенотипа — при одомашнивании идёт отбор, который приводит к милоте, и связан с изменением в развитии эмбриона, а конкретно с развитием нервного гребня. Затрагивает это и пигментацию (пигментные клетки и нейроны имеют общее происхождение), и строение черепа.

Так вот: еноты кажется тоже попадают под такие изменения.

Исследователи проанализировали больше 19 тысяч фотографий енотов с платформы iNaturalist, и тоже видят, что морда становится короче и милей. Возможно, чтобы мы енотов больше любили и оставляли им пожрать. Хотя бы мусор.

Эта милота — представитель возможно нового царства живых организмов.
Solarion arienae — простейшее, которое нашли по простой случайности. Учёные из Чехии вообще-то выращивали другое. Но оно сдохло. А в воде, где выращивали, оказались эти красавчики, на которых не обращали внимание.
Длинные лучики с пупырками у солариона играют примерно ту же роль, что и стрекательные клетки медуз.
А почему новое царство?
Потому что митохондрии.

Теория симбиогенеза — это о том, что наши клетки стали такими, как есть, так как предковые клетки захватили (ну или ужились) с другими клетками. Например, митохондрии до сих пор имеют днк и рибосомы. Их предками были альфапротеобактерии.
И именно у солариона в работе митохондрий сохранились те особенности альфапротеобактерий, которых уже нет ни у кого современного с митохондриями.

В эту же группу добавили ещё несколько простейших, например Метеору, а также группу Provora, которые тоже хищничают и забавно передвигаются.

Это Метеора. И она лапками эть-эть-эть

Ссылки:

https://www.nature.com/articles/s41586-025-09750-0

https://www.the-microbiologist.com/news/mysteries-of-the-arm-swinging-protist-meteora-sporadica-uncovered/2498.article

Дорогие друзья!
С наступающим и наступившим!

Пусть сбываются большие и маленькие мечты! И пусть мир радует позитивными новостями!
Ваша Ека

Конференция. Жду доклад, который очень хочу послушать. Ем батончик. Думаю о том, будут ли результаты анализа хроматина спермы барана отличаться от мыши, если использовать мышиный метод анализа.

А различие в том, что мышей не 🍆💦💦, им вскрывают семенники и выделяют сперматозоиды. А вот баранов как раз это...

Вот и пригодился курс по репродуктивным биотехнологиям.

Секрет идеального порядка в однокомнатной квартире в том, что она двухкомнатная?)

Так моя подруга отреагировала на эту статью.
А статья о том, что стволовые клетки умеют себя регулировать, притворяясь эмбрионом.

У стволовых клеток есть два важных свойства:
Дифференцировка — они могут стать другими клетками
Самообновление — это что они остаются стволовыми клетками, даже когда делятся.
А деление — это вообще для клетки опасно, так как процесс сложный: надо все удвоить, а потом равномерно разделить. Значит где-то обязательно будет косяк!

А косяки в процессе нам не нужны — так, например, могут появляться опухоли в случае простых клеток, и мутации, в случае развития эмбриона.

И вот китайские учёные посмотрели, что же происходит в культуре мышиных эмбриональных стволовых клеток, когда они делятся.

А там оказалось вообще что-то странное.
Часть клеток в момент деления начинает изображать себя "эмбрион из двух клеток". Молекулярно, конечно.
Тогда начинается процесс контроля всех позиций, и вся ДНК, которая выглядит поврежденной мигрирует в одну клетку, которая погибает. А здоровая — будет основной следующего поколения клеток.

От всех косяков не избавится, но шансы на дальнейшую долгую жизнь улучшит.

И вот теперь мой профессиональный тейк:

Вообще эти эмбриональные стволовые клетки — это попытка воссоздать то, что происходит при раннем развитии эмбриона.

Это клеточная культура, а не настоящий эмбрион. Будет ли в эмбриональном развитии то же? Я не знаю!

И ещё: если такая штука присутствует в культурах эмбриональных стволовых клеток, то не вносим ли этим мы предвзятость в моделирование развития с их помощью.

🧬 Геном за 100 долларов 🧬

Вчера началась очередная конференция AGBT, к которой часто объявляют о разных новых геномных продуктах. Местная для меня компания Element Biosciences выпустила новый секвенатор, который радостно выдает геномы за 100 долларов.

То, что они это могут, это круто. В середине моего аспира цена за геном только достигла 1000 долларов.

Но! Тут маркетинговая уловка!
Что такое геном за 100 долларов?

Во-первых, это только цена за реагенты, которые понадобятся, чтобы машина прочитала ДНК. В учёт не входят ни реагенты для того, чтобы эту ДНК подготовить, ни ресурсы, чтобы проанализировать. А если мы ещё добавим клиническое прочтение геномов — это ещё и цена выделения образца и самой ДНК.

Во-вторых, читать придется в огромном объеме. Геном в 100 долларов уже пробит раньше, только читать придется от 20 до 50 тыс в год, чтобы оптом закупить реагенты.
Реально в среднем прочтение генома до клинического стандарта стоит 400 долларов.

Новый прибор, насколько понимаю, снимает необходимости читать так много геномов, чтобы достигнуть сотки за геном. Ну и он дешевле, чем нынешние гиганты секвенирования.

В общем, рада за Element, что наступает на пятки Illumina. Хотя уверена, что та обязательно ещё придумает какой-нибудь очередной патентный процесс. Но это в будущем, после того, как все отвеселятся на AGBT.

Спина бифида лечится?

Супер интересные результаты клинического исследования стволовых клеток для лечения спина бифида — оно работает!

Суть этого порока развития — нарушение в развитии нервной трубки — может не полность развиться позвоночник. Можно даже не знать, что это происходит, а в серьезных случаях часть спинного мозга и окружающие ткани могут торчать наружу.

Если при пренатальном скрининге обнаруживают этот порок развития, то плоду могут сделать операцию. Но в большом количестве случаев при тяжёлых формах родившийся ребенок все равно будет иметь проблемы.

И вот попробовали сочетать эту операцию с терапией стволовых клеток из плаценты. И это сработало! Залечило место удаленной грыжи и восстановило спинной мозг.

Удивило что стволовые клетки были из донорской плаценты. Я бы подумала, что как-то используются ткани матери или плода, но нет. Даже ИПС клетки (стволовые клетки, созданные из взрослой ткани) не сработали.
Плацентарные оказались самой удобной системой. Видимо, потому что их много и можно сделать достаточно качественную популяцию для лечения.

Исследование проводилось в UC Davis, а первые шаги были сделаны вообще на овечках (UC Davis — один из лучших вет. школ) и вот на человеке.

В исследовании участвовало 6 женщин (явление все же редкое, так что много набрать не получилось бы). К счастью, профилактика этого порока состоит в том, чтобы обеспечить плод на ранних этапах развития фолатами. Фолаты, кстати, мои любимые, обеспечивают правильное метилирование ДНК и в целом нужны для того, чтобы эпигеном не страдал. Так что особенно для тех, кто планирует, принимать его дополнительно важно. И для тех, кто нет, получать с пищей тоже.

Эпигенетическое сообщество последние дни чуток грустит.
Вышли результаты двух исследований, которые пугают тех, кто ставит на диагностику ранней онкологии по метилированию ДНК.

В чем загвоздка?
В нашей крови (и не только) плавают остатки клеток, которые погибли. В том числе и их ДНК.
Эту ДНК можно по-разному анализировать: просто читать или изучать ее метилирование.

Метилирование особо крутое, потому что у нас хоть и ДНК одинаковая (почти) во всех тканях, но метилирование этой ДНК разное.

А ещё есть раковые клетки, и при довольно большом числе опухолей, эти клетки выдают огромную пропорцию внеклеточной ДНК. И у нее свое метилирование.

Но ещё встречаются всякие геномные поломки, которые тоже можно отловить.

На этом принципе работает диагностика по внеклеточной ДНК, которая
- даёт нам возможность найти опухоль
- даёт нам возможность найти ее без биопсии
- по пропорциям разных вариантов определить, где она, и на какой стадии
- и ещё можно узнать прогноз для пациента.

Короче, перспективы огонь.
Но тут включается реальный мир.

Компания GRAIL уже давно пытается создать тест, который может найти все. Они используют внеклеточную ДНК, читают метилирование и дают результат: есть ли рак, и какой.

Но вышли результаты, и кажется они провалились :(

С другой стороны, компания Caris Life Sciences выпустила результаты исследования своего теста на разные виды опухолей. И он работает. Причем безумно работает: раннюю степень рака молочной железы распознал в 53%. Это просто супер. А для рака поджелудочной железы, где в принципе нет никакого скрининга, 71% — это вообще что-то невероятное.

Причем вероятность того, что он скажет здоровому человеку о том, что у него рак — 0.9%, и это шикарно!

Они используют не анализ метилирования ДНК, а очень глубокое прочтение ДНК и РНК, и конечно же анализ с помощью машинного обучения. Тест пока прошел первую фазу клинических исследований, и будет стоить немало — $3500.

А нам, любителям метилирования, остаётся ждать более точных методов его исследования, ну и может быть чуток сбавить градус надежды на универсальный тест, а сфокусироваться на чем-то более конкретном.

Помните этот крутой прорыв прошлого года, когда появились удачные результаты первого КИ препарата от болезни Хантингтона?

У компании сейчас большие тормоза с одобрением в FDA... Типа недостаточно данных, чтобы начать применять в США. Они предлагают сделать ещё одно исследование: двойное слепое, рандомизированное, с плацебо. Только вот чтобы дать плацебо, надо пациентам тоже провести операцию на мозге, но не ввести препарат. Это делали в первом исследовали, но в бо‌льшем масштабе — это большой риск для пациентов, которые зазря должны пройти через 12 часовую операцию.

И тут получается засада. Потому что FDA себе противоречит.
Во-первых, договаривались, что результатов первого КИ хватит
Во-вторых, они вроде как собирались упростить решения для генной терапии.

У меня есть конспирологическая теория, что это потому что они используют РНК-технологии, а для FDA сейчас это как красная тряпка для быка. В такую же ситуацию попала Moderna, которая только что закончила обсужденное раньше КИ вакцины от гриппа, но теперь FDA настолько пошла обратным ходом, что отказалась оценивать документы, которые ей отправили по итогам.

Но может быть там есть ещё какие-то формальные причины, но их не понимает кажется никто.