راز اصلی غار صدفی، نه در ظاهر خیره‌کننده آن، بلکه در منشأ ناشناخته‌اش نهفته است. هنوز مشخص نیست چه کسی این مجموعه را ساخته و دقیقاً چه کاربردی داشته است. در طول زمان نظریه‌هایی درباره منشأ فنیقی، رومی یا حتی مذهبی آن مطرح شده، اما هیچ‌یک به‌طور قطعی اثبات نشده‌اند.
با این حال، Historic England آن را به احتمال زیاد اثری متعلق به اوایل قرن نوزدهم می‌داند و وجود آثار آجر مدرن در یکی از طاق‌ها نیز با این دیدگاه سازگار است. در عین حال، پژوهش‌های تاریخی نشان می‌دهد که سنت ساخت غارهای صدفی در انگلستان از قرن‌های پیش‌تر وجود داشته و این نوع تزئینات در سده‌های هفدهم و هجدهم رواج داشته است.
بنابراین، با وجود نظریه‌های فراوان، پاسخ دقیق به پرسش چه کسی و چرا این میلیون‌ها صدف را کنار هم قرار داده است؟ همچنان ناشناخته باقی مانده؛ و همین ابهام، غار صدفی مارگیت را به یکی از جذاب‌ترین معماهای میراث معماری انگلستان تبدیل کرده است.