Nice.

DeepMind в проекте AlphaFold совершила прорыв, рывком достигнув почти абсолютной точности угадывания структуры белка, с ошибкой порядка диаметра атома (1.6Å).
Используя 128 ядер TPUv3, за несколько (?) недель они обучились на 170 тысячах известных структур.

Я бы поспорил с @addmeto насчёт его смелых выводов, что синтез белка теперь не нужен. [Вот что бывает, если спешишь постить про то, в чём не сечёшь даже на уровне введения].

Формально, для перебора структур он уже и так давно не был нужен (это то, зачем вообще существует вычислительное сворачивание белков, и добились этой цели быстро), плюс, я не вижу в архитектуре ни единого блока квантовых расчётов.

Это так не работает, ML это по-прежнему всего лишь высокоэффективная угадайка, и хотя бы одна стадия отжига [с применением MM (Molecular Mechanics) с каким-нибудь хорошим потенциалом типа BIO+ или поновее, а то и полуэмпирическим типа DFTB3], очевидно, по-прежнему нужна.

Конечно, не могли не хайпануть на современном угадаечном тренде и на SARS-Cov-2. О чём говорить, если в их блогпосте нет ни слова quantum? Как всегда, хипстеры закидали проблему баззвордами, а настоящим учёным за ними потом уборку делать.

Тем не менее, я конечно же рад случившемуся, проблема настолько важна, что бросить на неё с разных сторон всю мощь армии 22-летних счетоводов давно пора.

Вот вам гифка на тему сворачивания белков

подъехал ответ от млщика. там классика Даннинга-Крюгера.
цитаты:
> Баззворд quantum — ну примерно все вероятностные модели (и ML следом) про это.
> Отжиг — так вообще просто один их методов оптимизации
> Хз, учитывали ли BIO+/DFTB3 при настройке модели (и хз что это)
> Эмпирика по-определению инструмент до-ML-эпохи.

ок, ответы:
> quantum — это даже близко не про угадайки, это квантовохимические вычисления. если в статье про квантовую химию (а форма молекул всяко имеет отношение к квантовой химии, не правда ли?) нет ни одного слова «кванты» — то это не статья, а так, на заборе написано.
> отжиг — это действительно общий метод оптимизации, но в квантах это абсолютно определённый метод, который в совершенно прямом смысле делается через увеличение температуры и её снижение.
> «хз что такое полуэмпирические квантовые потенциалы», ну норм, может стоит хотя бы немного сечь в предметной области, чтобы начинать возражать?
> «эмпирика это что-то до наших турбоугадаек». нет, опять в лужу. полуэмпирические методы это совершенно определённый класс методов вычисления энергии (не оптимизации) молекулы, второй из классической последовательности оптимизации MM->Semi-empirical->Ab initio.
В полуэмпирике имеется в виду совсем не что-то идиотское типа «если в молекуле связь С-С, то её длина вот такая» к которому вы в ML привыкли, а всего лишь немного упрощённый расчёт потенциалов орбиталей, с объединением орбиталей и кучей упрощений типа Хартри-Фока и я не буду лезть глубже.
BIO+ это один из потенциалов в MM2, оптимизированный под белки.
DFTB3 это один из потенциалов в полуэмпирике, опять же показывающий хорошие результаты на белках.

По итогу, моё отношение к ML-щикам упало примерно в ноль. Нет, парни, если надёргать устоявшихся терминов из других областей, дать им другие определения и прийти оценивать другие области этими своими понятиями — наукой это не станет. Даже если тщательно делать вид. Угадывать можно даже очень точно (в каких-то кейсах), но понимания вам совершенно явно не хватает.
Ну и совет: побольше бы вам разобраться в области, прежде чем лезть советовать и тем более опровергать, не поняв ни слова в тексте.

Если вы даже не собираетесь уточнять ваше угаданное нормальными методами, учитывающими реальную физику процессов — то ну наверное, грош цена вашим методам. Критерий Поппера оно не проходит.
И поменьше самоуверенности. Вы сами себя дискредитируете.

Обнаружены классные матрицы от ON Semi AR0330: 60 FPS при разрешении 2304*1536.
Подключается по параллельному RGB, по стандартному MIPI и по проприетарному HiSPi, про который я раньше никогда не слышал.
Последовательность инита есть, драйвера под линукс есть, стоит дёшево.

А теперь эмоции.
Я долго искал подходящие матрицы для проекта AR-протогена, и все они были или всего 30 FPS при нужном разрешении, вообще не доставали до 1440 в высоту, были совершенно недоступны в магазинах, или без даташита/инита/драйвера.
А вот эта матрица выглядит просто идеальной. Я заказал две, посмотрим чо получится: https://aliexpress.ru/item/33033370411.html

Оптика это минимальная из проблем, но тоже пора поискать да заказать.

#AR_протоген #компоненты

Несколько читателей пожаловались, что всё очень интересно, но ничего непонятно.
Мы с @slesarew договорились подготовить серию научно-популярных постов на эту тему, думаю что недели нам будет достаточно.

Не так уж просто оказалось подключить эти матрицы к Nvidia Jetson Nano, по крайней мере к той версии которая у меня есть. 4-лейновый MIPI CSI у него только один, остальные 2-лейновые, и агрегации (вроде бы) нет. А у этих матриц 4 600-мегабитных лейна, на меньшем количестве не запустить.
В свежей версии Nano есть два порта MIPI по 4 лейна на каждом, но странно покупать вторую (или третью, я уже запутался в их нумерации) версию того что уже есть.

У Lattice есть такое решение этой задачи: https://www.latticesemi.com/Products/FPGAandCPLD/CrossLink
Например, LIF-MD6000-80:
• стоит $10.5
• имеет два железных блока D-PHY MIPI 1.1 (до 6.0 Гб/с), умеющих вход и выход по 4 лейнам
• имеет два софтовых блока D-PHY MIPI 1.1 (до 1.2 Гб/с), умеющих вход по 7 и 8 лейнам
(все эти блоки умеют работать с CSI-2 и DSI)
• cистему клокинга и даже встроенный генератор на 48 МГц
• 180 кБ Block RAM
• FPGA фабрику, в которую нужно зашить IP от леттиса, которые получаются по лицензии. С этим пока неясно: есть evaluation лицензия, ядро по которой работает в течение 4 часов, насколько я понимаю перезагрузка это решает. Это совершенно нестрашно, у меня и так длительность работы девайса от батарей составит 3-4 часа.
Этот 2:1 MIPI CSI-2 Bridge Soft IP сшивает кадры с двух камер в один кадр удвоенной ширины, и отправляет его на выход (с удвоенной скоростью, конечно)

Мои 590 Мб/с/лейн прекрасно влезут в модуль входа (ограничение 1.2 Гб/с), и склеенные 2*590=1.18 Гб/с тем более влезут в выходные 6 Гб/с.

Вообще, идея очень хороша: покупаете железку с нужным вам количеством входов/выходов MIPI, и зашиваете в неё ту функцию, которая вам нужна.

Например, сейчас мне нужно сшивать два кадра с камер в один, и я возьму 2:1 MIPI CSI-2 Bridge Soft IP.

А потом захочу подключить две матрицы по одному MIPI, и мог бы взять стандартную Toshiba TC358870 (HDMI -> 2*MIPI DSI), а могу купить ещё одну такую же LIF-MD6000-81 и зашить в неё ядро 1:2 DSI MIPI Splitter.

Офигеть-какие-маленькие микросхемы DRAM выпущены https://etronamerica.com/products/rpc-dram/
Пока есть только чипы на 256 Мбит, но посмотрите, какая дикая плотность.
Нет смысла пересказывать (да и покупать пока, наверное, тоже рано), просто полистайте картинки в треде: https://twitter.com/GregDavill/status/1300562224474279936 и объясните их маленькость.

Прямо сейчас идёт Live Embedded Event 2020: https://liveembedded.virtualconference.com#/conference/5fb24a2904fdfb001b5d9d7f

Советую присоединиться, там много параллельных воркшопов, конкретно по линку собирают Buildroot для RISC-V прямо в онлайне за 45 минут.
…ну и делает это лично основатель компании, хотя бы ради этого стоит посмотреть.

Будут доступны записи, так что вы ничего не пропускаете.

Вот вам ещё затравка для интереса :)

Дальше — введение в ASoC: ALSA for SoC от инженера из Bootlin: https://bit.ly/3g4gcNj

Доклад, которого я ждал больше всего: GPU processing of V4L2 live video on NVIDIA Jetson with CUDA.
Это же именно то, над чем я думаю последние пару недель, так что очень пригодится.
Только что говорили про реализацию Rebayer между байер-матрицами камеры и дисплея.
К сожалению, не успел на начало, но запись точно будет.

https://bit.ly/39DEX1z

USB2.0 разъём со встроенной ESD-защитой:
1. Что-то очень похожее на ST USBLC6-2 на линиях данных;
2. Common mode choke на линиях данных;
3. LC П-фильтр на питании.

Ну а главное, что по размерам не отличается от обычных разъёмов, т.е. это pin-to-pin замена. Единственное, что в нём расстраивает — это цена :)
Суть: как будто обычный разъём USB, только с кучей (необязательных) защит.

https://www.we-online.de/katalog/en/WE-EPLE_SIZE

Модульный, расширяемый, портативный FOSS микрокомпьютер.
А ещё у него есть термопринтер.

Можно выбрать процессорный модуль с одним из 3 процессоров (до 4 ядер * 1.4 ГГц + 2 * 1.8) и разный объём RAM, (до 4 ГБ), а также разрабатываются модули с RISC-V, ARM+FPGA и x86.
Обещаются модули SDR, 4G/5G, FPV, AI.

https://www.clockworkpi.com/devterm