Попросил GPT написать статью на счёт важной темы.

Как заставить раковые клетки снова стать здоровыми?

Учёные нашли неожиданный и многообещающий способ борьбы с раком!

Новое исследование, опубликованное в журнале Advanced Science («Control of Cellular Differentiation Trajectories for Cancer Reversion»), демонстрирует, как теория сетей позволяет перепрограммировать раковые клетки обратно в нормальное состояние.

Это значит, что клетки, которые обычно бесконтрольно делятся и образуют опухоль, могут быть снова превращены в здоровые клетки кишечника.

На картинке из статьи показана сеть генов, управляющих развитием клеток кишечника.

Красные стрелки обозначают гены, которые активируют друг друга, а синие — подавляют.

С помощью специальных математических алгоритмов учёные выявили три ключевых гена (MYB, HDAC2 и FOXA2), которые играют важную роль в сохранении клетки в состоянии опухоли.

Когда исследователи одновременно подавили эти гены в экспериментах, раковые клетки резко снизили свою способность к бесконтрольному делению и начали превращаться в нормальные клетки кишечника.

Что же такое теория сетей?

Представьте себе карту города: каждый ген — это перекрёсток, а взаимодействия между генами — это дороги, связывающие эти перекрёстки. Некоторые дороги важнее других, и некоторые перекрёстки — настоящие транспортные узлы. Теория сетей — это раздел науки, который изучает такие структуры и помогает понять, какие узлы и дороги являются самыми важными. Применительно к раку теория сетей позволяет найти те ключевые гены, которые нужно «отключить», чтобы остановить опухоль.

Другие важные подходы, использующие теорию сетей в лечении рака:

1. Выявление центральных «хабов» раковых клеток

Используя теорию графов, ученые могут выявить наиболее важные узлы («хабы») в сети взаимодействий белков раковых клеток. Например, исследование, опубликованное в Nature Communications (Lee et al., 2022), продемонстрировало, что таргетированное воздействие на центральные «узлы» сетей раковых клеток подавляет их выживаемость более эффективно, чем воздействие на случайные мишени.

2. Перепрограммирование раковых клеток («Cancer Reversion»)

Подобно рассматриваемой работе, существуют исследования, где сетевой подход применяется для перепрограммирования раковых клеток в нормальные или менее злокачественные состояния. Например, исследование группы Чо (Cho et al., 2016-2023) использовало сетевые модели, чтобы найти регуляторы, заставляющие клетки печени возвращаться из ракового в здоровое состояние путём их трансдифференцировки.

Также с помощью сетевого подхода можно выявить не просто отдельные гены, а целые группы генов или сигнальные пути, подавление которых в комбинации блокирует большинство путей выживания опухоли. Например, работы Альберт-Ласло Барабаши и коллег показали, что комбинированная терапия, подобранная на основе сетевого анализа, эффективнее одиночных препаратов.

Дальше бла-бла-бла всё очень перспективно, это сократил. Подробное объяснение слайда в комментах.

#Наука #ТеорияСетей #ЛечениеРака #Биоинформатика #МедицинаБудущего

Прочитал обзор.

Майкл Левин во всём прав, мы просто какие-то электрические машины.

…весь цитоскелет может служить электрической сетью для обмена и обработки информацией.

В старении прям новая эра — биоэлектричество.

…Примером важности электрических свойств белков является агрегация белка, которая, как это, например, происходит при

болезни Альцгеймера

с

накоплением β-амилоидных бляшек.

И, конечно, митохондрии, прям «думают»:

Митохондрии выделяются не только своим высоким мембранным потенциалом, но и тем, что они могут образовывать митохондриальные сети, которые могут быть электрически связаны. Митохондрии можно рассматривать как электрические передающие волокна.

Ну, что когда нам ждать ElectroDAO?

Вакансия для программиста в Longevity. Если вы не в Испании, то помогут с релакацией в Испанию

Fullstack Developer – Sleep & Wearable. Data Analytics

About Us
We are a small AI-driven health tech startup working on wearable data analytics to
improve sleep tracking and circadian rhythm insights. Using well-curated biobank
samples, we have developed a prototype ML model that processes and imputes wearable
sensor data (sleep, step counts, heart rate, sleep stages). Our Python engine computes
daily sleep-wake circadian features and weekly/monthly trends.

We are looking for a Fullstack Developer to refine and scale our platform. This role involves
debugging and improving our codebase, implementing UI/UX prototypes, and
designing test benchmarks for data science on real-world data. Over time, this role may
evolve into a CTO position.

Responsibilities
Fullstack Development & Debugging
● Debug, refine, and optimize our existing Python-based ML pipeline.
● Implement frontend and backend features for a web, API & mobile application.
● Improve API performance and integrate ML models into production.
UI/UX Prototyping & Web/Mobile App Implementation
● Design and implement UI/UX prototypes for sleep analytics dashboards.
● Ensure seamless frontend-backend data communication.
● Work with designers and freelancers to refine UI components.

Testing, Benchmarking & Freelance Coordination
● Develop test cases and benchmarks for real-world data validation.
● Submit and verify freelancer tasks for frontend/backend development.
● Optimize database queries, API endpoints, and data visualization performance.Requirements
Technical Skills
Proficiency in Fullstack Development
● Frontend: JavaScript, React (or Vue), TailwindCSS.
● Backend: Python (FastAPI, Flask, or Django), Node.js is a plus.
● Databases: PostgreSQL, Firebase, or NoSQL (MongoDB).
Experience with RESTful APIs & WebSocket communication.
Ability to debug and optimize code for ML workflows.
Experience working with wearable sensor data (sleep, heart rate, step counts,
etc.) is a plus.
Familiarity with DevOps (Docker, AWS, or GCP) is a bonus.
● English level: Conversational or better

Soft Skills
Self-driven and able to work independently.
Ability to coordinate with freelancers and external developers.
Strong problem-solving skills and product-driven mindset.
Interest in health tech, sleep science, and wearable technology.

Why Join Us?
Work at the intersection of AI, health tech, and wearable data
Opportunity to grow into a CTO role
Flexible, remote-friendly startup environment
Build a real-world product that improves sleep and health tracking

How to Apply
Send your CV, GitHub, or portfolio to admin@actogram.ai along with a short note about
your experience with fullstack development and interest in health tech

На школе LBF в Беркли был задан вопрос: "Что если ключ к долголетию человека находится вне досягаемости традиционных методов, которые мы используем для продления жизни?"

Это очень хороший вопрос, который побуждает нас вырваться из довольно растерянной ситуации отсутствия значимого прогресса в борьбе со старением.

Я подумал, что быстренько за вечер пятницы напишу про биоэлектричество, как вариант ответа.

Вся суббота уже прошла, три AI пыхтят часами, а осталось сделать больше, чем сделано.

При этом, просто хочу в общих чертах рассказать.

А ещё рядом тема есть, которая к старению, как бы не имеет отношения, но долгие годы меня интригует: как научиться вырабатывать ток с помощью живых организмов? Желательно геннонагенерить, гигантские электрические деревья. Постараюсь удержаться и не свалиться ещё и туда.

Не хотелось бы, чтобы ещё и воскресенье провалилось в пучину теории Майкла Левина о грандиозной, вселенской роли биоэлектричество. Ну, теперь уж надо доделать.

Кстати, этот же вопрос уместен и про саму борьбу со старением, даже в большей степени. Может быть, на самом деле, нельзя ничего поменять теми инструментами, которыми сейчас пользуется сообщество Longevity?

А какие могут быть новые инструменты? Я б даже аудикомнату запустил сейчас, чтобы обсудить такое. У меня очень интересное соображение на этот счёт появилось.

Важный организационный пост от Дерио Унутмаза. Мне, кажется, нет никакого иного пути, к продлению жизни, как этот:

Я создал это сообщество в июне 2024 года, чтобы следить за прогрессом, достигнутым в результате выпуска AlphaFold 3. С тех пор нас стало более 1500 участников! Я считаю, что сейчас самое время расширить фокус за пределы AlphaFold, чтобы охватить более широкое влияние ИИ на будущее биологических систем. Чтобы отразить этот сдвиг, я переименовал сообщество вокруг следующей миссии:

«Распространять достижения, достигнутые с помощью искусственного интеллекта в биологии, и проектировать живые системы, используя методы синтетической биологии и биохакинга. Конечные цели — обратить вспять старение и расширить возможности человека за пределы нынешних биологических ограничений — концепция, часто описываемая как Человек 2.0, которую я также предложил 20 лет назад как точку, к которой мы достигнем, и которую я называю Биосингулярностью».

Я надеюсь, что это новое направление будет способствовать еще большему взаимодействию, обсуждению и открытому обмену идеями и открытиями в нашем сообществе, что позволит нам сообща стремиться к одной из самых амбициозных целей человечества.

И смотрите. Все у нас будут действовать только так и никак иначе — создавать миллион AI-биоагентов.

Знаете, самая важная задача здесь: придумать правила, по котором будет действовать такой коллективный интеллект людей и AI-агенты.

Можно взять даже совсем простые правила, для начала, лишь они были. Короче, сегодня вечером воскресенье созвон, расскажу

Давайте в 23:00 по Москве соберемся поговорим в аудикомнате на тему двух предыдущих постов

О, Жан Хёберт ищет сотрудников. Речь идёт о восстановлении ткани мозга

🥳 NewBrain is hiring a scientist – iPSC and Neural Progenitor Cell Biology

NewBrain is an early-stage biotech startup focused on advancing regenerative therapies for the brain. We are developing stem cell-based technologies to generate region-specific neural tissues with the goal of supporting brain repair and functional recovery e.g. for Alzheimer's and aging. If you know the work if Jean Hebert - we are building on it to make replacement of hippocampus a reality!

Location: NYC
Position Type: Full-time

JD and apply: https://docs.google.com/document/d/1dtaOgBv2vBPZdtVCCSKYdjiI4FAZM1dBLhzkEPxCRSg/edit?tab=t.0

Would appreciate any sharing 😇

Какая же дикая круть! Изолируют кровеносную систему органа лечат (рак) отдельный орган (конечность) химиотерапией, за счёт этого они могут давать больше дозы, потом промывают и обратно восстанавливают общее кровоснабжение. Посмотрите, 11 минут.

А ведь точно также можно попытаться и омолодить органы. Попробовать на животных лошадиные дозы того, что токсично, скажем, для печени.

Тут как бы всё наоборот: изолируем печень, а лечим организм животного.

Например, у ибупрофена были эффекты на мышах на продление жизни, но он гепатоксичен в больших дозах.

Посоветовался с GPT и решили делать делать двойную перфузию: одну для тела, другую для печени. Подобрали комбинации препаратов.

Ну, я говорю, давай тогда уже три перфузионных аппарата поставим: отдельно ещё в мозг будем вливать нейропротекторы. Она, говорит, вообще, класс, того же Семакса нальем от души. Придумал новые комбинации.

Я спросил, за сколько времени можно провести операцию? Говорит можно, конечно, попробовать за 45 минут, ну реалистично за два часа. Ещё надо тренироваться, чтобы не повреждать ткани во время операции.

А потом решили, раз пошла такая пьянка, то давай не геропротекторы, а факторы частичного перепрограммирования клеток специфичные для того или иного органа. GPT в восторге, предлагает на свиньях всё делать. Тоже подобрала комбинации.

Вы тоже с ней пообщайтесь по теме, там в диалоге ещё несколько идей. Увлекательно невероятно))

С Максимом Холиным у нас развернулась драматическая дискуссия в Твиттере.
Максим негодует, потрясён и поражён.

Как так вышло, что величайшая статья в истории науки о старении получила всего 9 цитирований?

Одно из важнейших открытий в биологии — и это почти никого не ебёт?

Прошло пять лет после их первой статьи, и вот — команда учёных, поддержанная Google (компанией, которой сейчас руководит председатель Apple и бывший CEO Genentech, да, той самой, купленной Roche за $50 млрд), снова подтвердила: старение не является законом природы.

И что? Девять цитирований. Вот и всё. Девять…

Мой ответ прост: виноват в этом сам Google. Идея заработка на старении победила идею победы над старением. Почитайте, я там разбираю ещё один любопытный факт.

Но действительно — ни эта статья, ни другие не приводят к резким переменам. Наука движется своим чередом, и всё.

Сложность проблемы невероятна. Лично я считаю, что нам противостоит коллективный интеллект и даже коллективное бессознательное по Юнгу.

Как это устроено — чёрт его знает. Гипотез может быть множество. В Витализме один британский учёный предположил, что люди не готовы принимать этические позиции, противоречащие тому, что читали в детских книжках. Людьми управляют нарративы. А в сказках говорится, что стремиться к бессмертию — плохо.

Мы и сами не раз приходили к выводу, что создание новых нарративов важнее всего. Но это не так-то просто. Плюс как то никто толком не занимается маркетингом бессмертия. Я вот тут тоже на эту тему распространялся.

Вся это пиар история с лютоволком с одной стороны нехорошая, хотя и ожидаемая, а с другой возможна масса странных последствий.

Компания Colossal Biosciences заявляет, что возродила вымерший вид - лютоволка. Но вот по судите сами, как восстановила? Они произвели 20 замен в генах волка, а отличие с лютоволком примерно в 1 000 000 пар оснований.

Они провели, дай бог, если 1/50 000 всей работы. Без научной публикации, без публикации генома лютоволка и объяснений, что конкретно сделали, публикаций в Time и оценка своей компании в 10 миллиардов долларов.

Бен Шапиро из Colossal просто ссыт нам в уши:

Все сводится к тому, как вы определяете виды, говорит Шапиро. "Концепции видов - это системы человеческой классификации, и все могут не соглашаться, и все могут быть правы", - говорит она. «Вы можете использовать концепцию филогенетических [эволюционных отношений] видов, чтобы определить, как вы собираетесь назвать вид, что вы подразумеваете... Мы используем концепцию морфологических видов и говорим, что если они похожи на это животное, то они являются животными».

Они всего лишь сломали ген окраски и сделали волка-альбиноса. А с таким определением можно было его белой краской покрасить и сказать, что раз похож, значит мы возродили лютоволка.

В ответ кто-то скажет, что на компанию работают 170 дорогих исследователей и они создадут массу технологий. То же оживление мамонта вдохновляющая цель, которая позволила привлечь 400 миллионов.

Давайте разберемся слегка в аудикомнате, хорошо это всё или плохо и какое отношение имеет к продлению жизни (Спойлер: самое прямое). Там возникает один очень сложный вопрос. Его и хочу обсудить.

Кажется платформ с биоагентами будет много и это очень хорошо. В нашей сфере они будут прежде всего направлены на индивидуальные консультации по здоровью, что неплохо, конечно.

Но, тогда наша задача придумать алгоритм действия AI-агента, как борца со смертью.

Сейчас, всё, что нейросети говорят о старении или о борьбе со старением — это крайне стереотипные и поверхностные высказывания.

Он, во-первых, дико ленится и ему надо давать под нос актуальные статьи. К базам данным обращаться не умеет. Иерархию важности выстраивает плохо. Падок на пиар.

Аналитика чата GPT носит больше ознакомительный характер. Глубоко он не погружается.

При этом генерит неплохие гипотезы, мне кажется, выше среднего, если особенно поспрашивать, как следует. Учёные сообщаю, что он иногда прям может решить научную задачу (не про старение). Экономит тьму времени. Все обращают внимание на пользу диалога между AI-чатами.

Полное ощущение, что он не заточен, как именно надо делать. Пусть прямо сейчас у него мало сырых данных о старении, это проблема решится.

Его надо научить действовать наилучшим образом и он будет действовать день и ночь.

Ну как он? Они. Миллионы биоагентов.

Тогда сейчас самое ценное: пользовательский опыт. И надо нам сделать пока закрытые зумы, как и кого, что получается. А на основании собственного опыта, создать хорошие алгоритмы для AI-агентов.

Я поговорил с чатом GPT насчёт того, а почему Сэм Альтман создал компанию по борьбе со старением, а сам чат GPT имеет такие поверхностные суждения о старении и продлении жизни и явно никакая дополнительная выборка не была загружена.

Во-первых, интервью с Кеном Робинсоном — трагическая история про то, как роль биоэлектричества не призывалась на протяжении 50 лет. История о том, как на каждом этапе банально не хватило денег. Дед прям сильно переживает, что не получилось, что хотел сделать.

Во-вторых, мне понравился очень вопрос Майкла Левина об эпителии, как генераторе информации развития, что информация о трехмерной структуре эмбриона генерируется на двухмерной поверхности эпителия и может управлять глубокими трехмерными структурами под ней. (53:00)

https://youtu.be/-0JgwBpntp4?si=nqQJRaBIa7e082oO

Интервью с Мустафой Джамгозом и Майклом Левиным «Биоэлектричество в эпоху генетического кода». Основная тема интервью: электрическая активность раковых клеток является ключевым механизмом их агрессивность. Плюс интересно послушать, как подробный рассказ, как люди придумывают лекарства.

Джамгоз отмечает, что его исследования привели к новому видению процесса метастазирования рака, основанному на биоэлектричестве.

Сейчас биоэлектричество как область процветает, существует научный журнал по этой теме, появляются новые открытия, например, об активности потенциалов действия в глиобластомах.

Ионные каналы присутствуют во многих типах рака и образуют сети, driving сложный процесс развития рака, особенно метастазирования.

Результаты показали наличие натриевого канала в агрессивных клетках, который отсутствовал или был слабо выражен в неагрессивных.

Джамгоз объясняя, что для метастазирования раковые клетки становятся возбудимыми, подобно эпилептическому мозгу, что облегчает их случайное попадание в кровоток.

Исследования показали наличие вольтаж-зависимых натриевых каналов почти во всех изученных типах рака, за исключением рака поджелудочной железы. Почему так я не понял.

Ученые обнаружили эмбриональный вариант натриевого канал в раке молочной железы и толстой кишки, что сразу позволило создать моноклональное антитело для его специфического нацеливания.

Джамгоз упоминает случай, когда публикация в Sunday Times о применении тетродотоксина вызвала волну предложений о финансировании. Он также делится опытом получения гранта от Совета медицинских исследований после того, как он связал активность натриевых каналов с основными механизмами рака, такими как фактор роста. Это подчеркнуло важность интеграции новых открытий с уже известными процессами в онкологии.

Советы по профилактике рака и рассуждения о интегративной медицине мне не зашли. Можно сказать, слегка смазал им впечатление.. Ешьте меньше соли.

https://youtu.be/nf7uKA68R3I?si=QnPmyjIl68UQSDLG

Вышла важная статья Скотта Александера, бога рационализма, об AI в ближайшем будущем.

Что мы сделали с ней? Мы с помощью LLM разбили её на мемы и предложили их классификацию. А теперь нам надо увидеть, как эти мемы будут взаимодействовать друг с другом.

Посмотрите, пожалуйста, отчет. На мой взгляд получилось классно.

Любой человек может сгенерировать такой отчет, загрузив промт, который мы опубликуем следующим постом.

Это пример того, что нужно сделать со всей областью Longevity: увидеть область как эволюцию, сотрудничество и конкуренцию наборов мемов.

Тогда мы поймем, что какие именно мемы ведут к полезным действиям.

Здесь, конечно, потребуется не только анализ текстов и видео, но и анкетирование, но следующий этап.

Мне кажется, мы будем иметь дело с десятью, двадцатью тысячами высказываниями достаточно полно описывающих всю деятельность по продлению жизни.

И здесь может быть множество гипотез, как поступать правильно, но именно действий в координатах мемов помогут нам лучше понимать, что происходит.

Включу в 22:00 по Москве включу аудикомнату и обсудим, что можно сделать в мемическом пространстве Longevity.

Основные мифы в Longevity, конечно, не про перенаселение или скуку жизни, они, прежде всего, в оценке ситуации. И в том, что социальные гипотезы толком не проверяются. Действует какая-нибудь избитая установка, которую пора отправить на свалку, и вредит. Вот с этим надо разобраться, скоро включу аудикомнату.