25 июня 1942 года во время бомбардировки и артиллерийского обстрела в здание панорамы попали бомбы. Загорелось живописное полотно. Борьба за спасение картины длилась около двух часов. Только героическими усилиями моряков-черноморцев и солдат, бросившихся в огонь, удалось спасти 86 отдельных частей картины. Ночью 27 июня уцелевшие фрагменты произведения были погружены на последний корабль, прорвавшийся в осаждённый город — лидер эсминцев «Ташкент». На его борту разместились также 2000 человек — раненые, женщины и дети. В невероятно трудных условиях, под непрекращающейся бомбёжкой немецких самолётов, героическому экипажу корабля во главе с его командиром В. Н. Ерошенко удалось доставить людей и ценный груз в Новороссийск. Но трюмы, где находились фрагменты картины, оказались затоплены. Затем с приближением фронта к Новороссийску полотно эвакуировали в Кустанай, оттуда ввиду отсутствия условий для хранения перевезли в Новосибирск, в конце 1943 года доставили в Третьяковскую галерею. Там специальной комиссией было установлено, что из полотна общей площадью 1610 м² спасены две трети картины площадью 1116 м², но состояние полотна (оно было разрезано на 86 фрагментов, на уцелевших фрагментах имелось около 6000 повреждений, не считая следов грязи) исключало возможность его реставрации.